1PXL | Genus

Total Genus 81

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	298
structure length	290
Chain Sequence	MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__479727256805399__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__479727256805399__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1PXL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__479727256805399__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"479727256805399","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1PXL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__479727256805399__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Discovery of a novel family of CDK inhibitors with the program LIDAEUS: structural basis for ligand-induced disordering of the activation loop pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cell division protein kinase 2
molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
total genus	81
structure length	290
sequence length	298
ec nomenclature	ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date	2003-07-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	1pxlA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	1pxlA01

2GSFA 5LMBA 3LXPA 4RVMA 4IM2A 5M09A 3U6JA 1ZYSA 3Q60A 1M2RA 2ZV8A 4C4EA 2WD1A 5IA0A 3CC6A 1MRYA 4WIHA 2IW9A 4AN3A 4O27B 3UNZA 4AT5A 3TCPA 2HK5A 2WU6A 3LM0A 2OIQA 3C0IA 1PRYA 1OL5A 4L6QA 4BDEA 4A4LA 4MXCA 4DAWA 4C3RA 5EI6A 3TWJA 2BUJA 5IA4A 4RC4A 4D2PA 2EUFB 4M14A 1YI3A 2PWLA 5I5ZA 4EOPA 3FMMA 3BV3A 4M12A 1MQBA 2B7AA 4MAOA 4HOKA 2XJ2A 2FSMX 3BELA 3KA0A 3HECA 1GZNA 4R7HA 5IUIA 4EQUA 4CKRA 5IQFA 3R7VA 4O7RA 4KRCA 5B7VA 1YI4A 2BCJA 2XJ0A 1YOMA 5E8SA 1STCE 2UVYA 5J9YA 3FSFA 3KF4A 4IJ9A 4L8MA 3GC9A 3ETAA 4AZEA 1YXUA 3NNVA 4I0SA 3ZEPA 4QP8A 2C6KA 2AUHA 4O21A 2BDWA 5A4TA 1B39A 5A4QA 2IW6A 4A9SA 2BZIB 4ZSEA 4BTKA 3LAUA 2VO3A 2UVZA 3LMHA 3PJCA 3QZFA 4JBQA 4A9YA 4K9YA 4L44A 3S2PA 2VU3A 3HRBA 4FV8A 3BU5A 4DHFA 5B2KA 1KV1A 2ZM3A 3NRMA 4W8DA 1JKKA 4D4RA 4AP7A 4ZY4A 4ZJJA 4GUBA 3LCSA 1XH4A 4MD8E 3B8QA 3MTLA 4PPAA 3U4UA 4CRSA 4PDYA 1XH9A 2WTJA 1M2QA 2F49A 2R3KA 1PXJA 3DQWA 3PSDA 3LJ2A 2OJJA 4FSNA 1WZYA 3HUBA 5DA3A 5AM7A 3KVWA 1KE6A 5C03A 1ZYCA 4LRKA 2R3MA 2VNYA 2YIXA 3IDPA 5CEMA 3OCBA 5HO7A 4NWMA 3ZFYA 2QO7A 2IZSA 1YHWA 3D9VA 4M0YA 5FEQA 5K9IA 5D7VA 2H9VA 3NUXA 4D2VA 2JDTA 3QWJA 2I7QA 3A60A 3I5ZA 2Y8OA 3CD3A 4YC8A 4ASZA 5EOLA 3HA8A 3R71A 4R7IA 3EQBA 3DZQA 2XK8A 4EK6A 5DN3A 2PMOX 3NLBA 5CXZA 3Q4TA 3UODA 3HV6A 3D4QA 3PG3A 1W84A 3DTWA 1UV5A 3QTIA 2F57A 5LQFA 4IAYA 4RLLA 4U6RA 4ZSJA 3ID6C 1GZOA 4I1ZA 2VRXA 3VNTA 3O7LD 1CSNA 4QYYA 2BRMA 2E9UA 2PZYA 1E1XA 5HG5A 2QG5A 1OL2A 2R3LA 4D9TA 3HMMA 4NH1A 1PMUA 3LXLA 4OTPA 2B9HA 3C4FA 4FC0A 2XEYA 5DG5A 4EOSA 3GC0A 4CZYB 2YHVA 3ORPA 2ITVA 4TT7A 3PSCA 1OM1A 3AC5A 3QA0A 4RWJA 1IEPA 3FL5A 4RIYB 4UEUA 5L2WA 4U40A 1P4FA 2J0MB 3BRBA 1GZ8A 3ZO1A 3VULA 3C1XA 1DAWA 2YZAA 3BCEA 3EYGA 4CCUA 3CKXA 3A7IA 4MHAA 2OWBA 3KRXA 5H9BA 4F1OA 4I41A 5FLFA 3BGPA 2PE1A 5JK3A 4PF4A 4JRVA 4OT6A 5M08A 4M7IA 3ZFXA 1UWHA 3ZXZA 4J8MA 4EC8A 4QMLA 5HNIX 4W8EA 2J5FA 1XQZA 4WSQA 1Q3WA 2J0LA 3II5A 3RK5A 3SW7A 1WBVA 2GTMA 4KABA 2BVAA 2HW7A 4KIPA 3T3UA 4WNOA 3OMVA 4F64A 5CF8A 1SZMA 2BDFA 4L67A 3BE2A 1M7QA 4EORA 4F6SA 4X3FB 4QMNA 4QMVA 5KKRB 3KRWA 3PVBA 4QQJA 2GPHA 4NJDA 4ZMFA 3SXSA 2J90A 5CAQA 1UVRA 2UZTA 2WO6A 4MF1A 5IUHA 1KE5A 4C59A 4M15A 4YNOA 3RJCA 5BUIA 4RG0A 3PLAE 3GUBA 3T8OA 3QCYA 1OL7A 4XP0A 3R8ZA 3DTCA 4MQ1A 3KU2A 4Q9ZA 2C0TA 4LYNA 4YTIA 2X8IA 2OFUA 2ZOQA 1U46A 2VWUA 3NCZA 2RGPA 2YJSA 4Y8DA 2PU8A 4XJ0A 5HIEA 2JIUA 4CV8A 2UZWE 3QWKA 4IB0A 2W17A 2Y6MA 4E4XA 3RPYA 2XNEA 4FKJA 3P7BA 3LVPA 2PVFA 1UNGA 5IEVA 4IAFA 4PY1A 2EB2A 4ERKA 5CU6A 1H1PA 2XP2A 4O91A 3OOMA 3WF7A 4U5JA 4JRNA 2BIKB 3R7EA 3R7UA 2UW8A 2OIDA 5EOBA 4F1MA 4YJSA 2V0DA 5BUJA 2OI4X 4BWPA 4EK4A 3O7LB 4QP4A 4TWCA 5DVRA 1F3MC 2H8HA 4I22A 3GVUA 2YISA 5L8KA 2PVHA 2R5TA 3MPAA 4UV0A 5FM2A 1VZOA 4IWPA 4RIWB 3W2OA 5M57A 4LRMA 3V01A 3DXPA 2VO0A 3R9OA 5BMSA 2G2IA 3ENHA 4F63A 2YWVA 4M8TA 4LMNA 3HV5A 4GK4A 3E3PA 4L7SA 4O81A 4LV5A 4NM7A 4AZFA 4EH5A 2QOQA 4G5PA 4RJ4A 1Q41A 4ACCA 3V5LA 4H58A 3RTPA 4BCJA 4CZUA 4UBAA 4DINA 1ERKA 2NNWB 3C51A 3D7TB 4BDGA 5FDPA 4AZSA 2PVLA 5CASA 5LMKA 1SNXA 4IJPA 4C0TA 4FTJA 4ALWA 3W2QA 5HBJA 4BCFA 5EH0A 4IBMA 4PRJA 5DPVA 4UN0C 3SA0A 5IQEA 2OJGA 3E88A 2ZVAA 4G3GA 5K5NA 4ORKA 3KULA 3RPRA 4ACMA 4EHVA 2C3IB 2JKQA 3RBWA 4ZLZA 2OGVA 1WCCA 4DFNA 4CFMA 1PXMA 2W1DA 4PMPA 2O2UA 4RZWA 3U8WA 5FTGA 2WPAA 3FKLA 3VUKA 4R77A 3KCFA 4JX7A 2XBJA 4K8AA 4D28A 5EQYA 4XBUA 1RE8A 3VHKA 3LXNA 3KN5A 4BI0A 4ZZOA 4FSRA 3RKBA 3MESA 3F6XA 4AN2A 5CWZA 2VTTA 2EXCX 4K11A 1M52A 1IR3A 4J98A 4PUZA 3CPBA 1W8CA 5EYMA 5JH6A 3O50A 2OXYA 2W99B 2WMVA 2YITA 2X1NA 3IO7A 4JJRA 4V01A 2C3JA 2J2IB 3RM6A 4BIBA 4QMWA 3VJOA 2CKPA 1IA9A 4MNEA 5FP6A 2IN6A 3TJCA 4BCQA 4CCBA 4CGAA 3GXLA 4JAJA 2YAKA 1BL7A 1UU3A 4RX8A 2IPXA 4GL9A 1YQJA 3KL8A 2YM4A 4C7TA 5IA5A 5JKGA 5EHLA 1A9UA 4YUQA 3TNHA 3E7VA 2WNTA 2QHNA 5J5SA 3G0FA 3HMNA 2KULA 1XH7A 3F9NA 3O17A 4GUEA 2BFYA 3CCNA 4LOPA 4RJ8A 4TYIA 3A8XA 4XUFA 4ANLA 5KX8A 2YM3A 5LVLA 3COMA 4HVIA 1LP4A 1Y8GA 3FKNA 4YO4A 4II5A 4TN6A 3ERKA 4USFA 3OEZA 4FEWA 4GK2A 3ORKA 4MWHA 4JDKA 1PY5A 3F88A 2WTKB 3WIGA 2YJRA 4YZMA 1I09A 2ZM1A 3AT3A 3QU0A 2QNJA 4P7EA 5M07A 4BGGA 4I6HA 2WQMA 4FKLA 3AC4A 3LW0A 4E6CA 1P5EA 3G2FA 4ZSAA 4FGBA 2OIBA 4I93A 1REJA 4NW6A 5HVYA 4C62A 2PE2A 5CEQA 4X2GA 3FQHA 2W4KA 3ORXA 2IVVA 4IX5A 4FL3A 3FMNA 5ANKA 1EH4A 2C5YA 3VHEA 4IC8A 4OUCA 2DQ7X 2XH5A 4QOXA 4XG2A 3QRIA 2ZV2A 3OEFX 4O7ZA 5GIOE 3KB7A 3S95A 3PY1A 2VTJA 1HCLA 4O1PA 2V7OA 4FKVA 1V0BA 4LRJA 2OF4A 4R6VA 2AYPA 5HBHA 3H9FA 5KBRA 5IQIA 4QPSA 1OPKA 3AC3A 4CD0A 1Q8YA 3AMYA 4FEQA 3SHEA 4Z55A 3I81A 4V0GA 3AD6A 3P7AA 3PVWA 3LJ1A 5CSHA 3D5XA 3MFTA 3R2BA 2WMUA 2OJFE 2OZOA 3WZEA 4P5QA 2YABA 5IPJA 5E1SA 2Y7JA 4DGMA 5CVHA 2VAGA 3EQHA 4AGUA 3BQRA 2XK4A 5AUZA 4XLIA 5DNRA 2JKMA 4BDFA 3GNIB 4EK3A 2NP8A 2WXVA 2CCHA 4U9AA 4C61A 5HTBA 5HCZA 4BCNA 5AUYA 4W4YA 4S2ZA 5ETCA 3UG1A 4BBMA 4UYAA 5FXRA 4IZ5A 3WZJA 4MWIA 5AAEA 4G5JA 4ID7A 3WI6A 3D7ZA 4IVCA 3MSSA 5FG8A 3I5NA 2VWIA 4FTNA 3UP2A 5DEYA 3LHJA 2OF2A 2YEXA 3BGQA 4BDIA 5CAVA 3G6GA 5FWKK 3KRLA 4IEBA 4NYEA 2W1HA 3FHRA 4F9CA 5M56A 4FTRA 4Y83A 3BBTB 4YGAA 5DGZA 1GAGA 3R8UA 3C5IA 2C5XA 2R3JA 3M2WA 4NM3A 4KUJA 3PZHA 5CX9A 4XV3A 2C1BA 3PXQA 4FL1A 3ORNA 2OXDA 5HD7A 3PXYA 3RWQA 1OB3A 3QX4A 3SOAA 3BBWA 4G3DA 3VS7A 1CMKE 2JDRA 5BQ0A 4UALA 2C6LA 4I5HA 3P7CA 2JEDA 4ACGA 2A1AB 5D1JA 3K3IA 2VWYA 3BHVA 3WF6A 3ZO3A 5HOAA 4DCEA 5GJFA 2WMTA 3VVHA 1DS5A 3KMWA 4WO5A 4WD5A 2Z2WA 2GNHA 4JI9A 3E8CA 4O0TA 3VS1A 4YJTA 2ERKA 3IOPA 5M53A 3NPCA 4J53A 2OBJA 2H6DA 1UKHA 4FTOA 1Z9XA 3DNEA 3NUSA 5JN2A 1P2AA 4ENYA 5AUTA 4JDHA 1Q5KA 2W1ZA 3L9LA 3ZZWA 2BKKA 2XKFA 3UQGA 4EHZA 1I44A 5JZNA 3V6SA 2XBAA 4RT7A 4IDTA 4K18A 3C4ZA 2UW9A 2F7ZE 2ITPA 4U97A 4H36A 3QTWA 4OBQA 2XK3A 3EL7A 4AA0A 3V8TA 4HZSA 3ZHPC 3CXWA 1KE8A 3VAPA 1M7NA 1WBOA 4ZY6A 4EZ5A 4RA5A 2JFMA 2ITQA 5BVWA 4O2ZA 4E26A 1PKDA 5CVGA 3JY0A 3LZBA 4HGTA 5AR5A 4EEVA 5J79A 4ZTRA 4CSVA 3W8QA 4KAOA 3BYSA 3VBVA 2IVUA 4AN9A 2YA9A 4ACHA 3QD4A 5HEZA 4O6EA 2YFXA 4G6NA 2R4BA 1P4OA 2VZ6A 2V55A 4IB5A 5AM6A 2PVJA 2Z7RA 4JR3A 1OUKA 4U8ZA 4BYJA 5JT2A 2BALA 1AGWA 1YXTA 5LVMA 3RWPA 3E64A 3BZ3A 5HCYA 3QX2A 2B1PA 2ITOA 2P2IA 3QTRA 3A8WA 4JDIA 5FXSA 2ZMCA 3JY9A 4CYJA 4C34A 2RFEA 2W1IA 2XNPA 3QLFA 4YLJA 5LCJA 1OKYA 4M97A 3PPZA 4IWOA 1GZKA 3KK9A 3C50A 3ZM9A 1OI9A 3U87A 4EH4A 3A7HA 3UO4A 1IAHA 2QC6A 2WEIA 3R21A 4AOTA 3R6XA 2PMLX 4MH7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2GSF A;  5LMB A;  3LXP A;  4RVM A;  4IM2 A;  5M09 A;  3U6J A;  1ZYS A;  3Q60 A;  1M2R A;  2ZV8 A;  4C4E A;  2WD1 A;  5IA0 A;  3CC6 A;  1MRY A;  4WIH A;  2IW9 A;  4AN3 A;  4O27 B;  3UNZ A;  4AT5 A;  4F78 A;  3BL9 A;  3TCP A;  2HK5 A;  2WU6 A;  3LM0 A;  2OIQ A;  3C0I A;  1PRY A;  1OL5 A;  4L6Q A;  4BDE A;  4A4L A;  4MXC A;  4DAW A;  4C3R A;  5EI6 A;  3TWJ A;  2BUJ A;  5IA4 A;  4RC4 A;  4D2P A;  2EUF B;  4M14 A;  1YI3 A;  2PWL A;  5I5Z A;  4EOP A;  3FMM A;  3BV3 A;  4M12 A;  1MQB A;  2B7A A;  4MAO A;  4HOK A;  2XJ2 A;  2FSM X;  3BEL A;  3KA0 A;  3HEC A;  1GZN A;  4R7H A;  5IUI A;  4EQU A;  4CKR A;  5IQF A;  3R7V A;  4O7R A;  4KRC A;  5B7V A;  1YI4 A;  2BCJ A;  2XJ0 A;  1YOM A;  5E8S A;  1STC E;  2UVY A;  5J9Y A;  3FSF A;  3KF4 A;  4IJ9 A;  4L8M A;  3GC9 A;  3ETA A;  4AZE A;  1YXU A;  3NNV A;  4I0S A;  3ZEP A;  4QP8 A;  2C6K A;  2AUH A;  4O21 A;  2BDW A;  5A4T A;  1B39 A;  5A4Q A;  4BJJ B;  2IW6 A;  4A9S A;  2BZI B;  4ZSE A;  4BTK A;  4LV7 A;  3LAU A;  2VO3 A;  2UVZ A;  3LMH A;  3PJC A;  3QZF A;  4JBQ A;  4A9Y A;  4K9Y A;  4L44 A;  3S2P A;  2VU3 A;  3HRB A;  4FV8 A;  3BU5 A;  4DHF A;  5B2K A;  1KV1 A;  2ZM3 A;  3NRM A;  4W8D A;  1JKK A;  4D4R A;  4AP7 A;  4ZY4 A;  4ZJJ A;  4GUB A;  3LCS A;  1XH4 A;  4MD8 E;  3B8Q A;  3MTL A;  4PPA A;  3U4U A;  4CRS A;  4PDY A;  1XH9 A;  2WTJ A;  1M2Q A;  2F49 A;  2R3K A;  1PXJ A;  3DQW A;  3PSD A;  3LJ2 A;  2OJJ A;  4FSN A;  1WZY A;  3HUB A;  5DA3 A;  5AM7 A;  3KVW A;  3UDZ A;  1KE6 A;  5C03 A;  1ZYC A;  4LRK A;  2R3M A;  2VNY A;  2YIX A;  3IDP A;  5CEM A;  3OCB A;  5HO7 A;  4NWM A;  3ZFY A;  2QO7 A;  2IZS A;  1YHW A;  3D9V A;  4M0Y A;  5FEQ A;  5K9I A;  5D7V A;  2H9V A;  3NUX A;  4D2V A;  2JDT A;  3QWJ A;  2I7Q A;  3A60 A;  3I5Z A;  2Y8O A;  3CD3 A;  4YC8 A;  4ASZ A;  5EOL A;  3HA8 A;  3R71 A;  4R7I A;  3EQB A;  3DZQ A;  2XK8 A;  4EK6 A;  5DN3 A;  2PMO X;  3NLB A;  5CXZ A;  3Q4T A;  3UOD A;  3HV6 A;  3D4Q A;  3PG3 A;  1W84 A;  3DTW A;  1UV5 A;  3QTI A;  2F57 A;  5LQF A;  4IAY A;  4RLL A;  4U6R A;  4ZSJ A;  3ID6 C;  1GZO A;  4I1Z A;  2VRX A;  3VNT A; 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1PXLA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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