1Q62 | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	338
structure length	336
Chain Sequence	ESVKEFLAKAKEDFLKKWENPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHMETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYAPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLMIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFSEF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1762844233508982__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1762844233508982__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1Q62/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1762844233508982__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1762844233508982","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1Q62/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1762844233508982__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Bos taurus
publication title	Mutants of protein kinase A that mimic the ATP-binding site of protein kinase B (AKT) pubmed doi rcsb
molecule keywords	cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
total genus	113
structure length	336
sequence length	338
ec nomenclature	ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date	2003-08-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	1q62A01
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	1q62A02

2XKDA 4EOQA 3HMMA 4EC8A 2XNPA 4QYHA 4D4YA 5I3RA 4RWLA 4JRNA 3GB2A 4GVJA 4ASZA 5FGKA 3N9XA 3D14A 2F7EE 5HIBA 5HOAA 3QUPA 2Q83A 3Q5ZA 1PRYA 4MYGA 4PNIA 4FV2A 2BALA 1YW2A 4FV1A 4I6FA 3OOGA 4HGLA 4RX9A 4HGSA 4BYIA 4O7WA 3OFMA 2O5KA 4IZ5A 3T3VA 3WYYA 4LM5A 3G15A 3SGCA 3POOA 3U4UA 4ALWA 4RJ3A 1JLUE 3VQUA 3QQGA 3ZSHA 5HX6A 2XM9A 4UZDA 3EMGA 2YM4A 2V22A 3SD0A 3VS5A 3AGLA 4OLIA 2J9MA 4LV5A 4QP6A 1UU9A 4IJPA 4ASXA 5LMBA 3QTIA 4G17A 3IW6A 4L8MA 5IUHA 2J7TA 2X6DA 3RP9A 4PY1A 4RQKA 4ERKA 4NM3A 2QOFA 2IVSA 3DXPA 2QG5A 3TKIA 4F64A 1XO2B 3NMUF 4M13A 4OTIA 4FIFA 1YXUA 4LUEA 3UMXA 1MRYA 3HLLA 3GC7A 3GOPA 3HECA 3ZO2A 4TT7A 2R2PA 1SNUA 4L42A 1W98A 4JBPA 2CJMA 4QMNA 4GSBA 3PPJA 1XH6A 5L2TA 3FUPA 2XK7A 2H9VA 5CNNA 3LXKA 2WMWA 2BFYA 5AIRA 2W06A 4IFGA 4ERWA 2XKFA 4I24A 3UOHA 4KS7A 4GJ2A 3FLQA 3UIXA 4C3FA 4DGLC 1I44A 1WAKA 4R77A 1DAYA 2C69A 4ZSAA 2YZLA 2IVVA 3HAMA 2BDWA 2WMTA 4TNBA 3QQFA 1DM2A 1P14A 3ORIA 4CYIA 4ZAUA 1PMUA 2GNFA 2XEZA 3ZXZA 1M17A 3B2TA 3MJ1A 3NLBA 3O17A 3PRIA 4K2RA 1L3RE 2W99B 4TN6A 4I0SA 4BC6A 3PVGA 3PY0A 4CV9A 4R6VA 3DOGA 2Y0AA 3QTSA 1PMEA 1S9JA 3L8VA 4TRLA 3ZMMA 2HWOA 3AC4A 4I6BA 2ZDTA 3RK5A 5IA0A 4D55A 4C62A 5KZ0A 1Q3DA 1NVSA 4GEOA 5J7BA 3DY7A 3V5JA 5BVWA 4QT1A 4BDGA 3LHJA 5A4TA 5CEMA 4WBBB 3IECA 3U4WA 3ZEPA 2B7AA 4ZLYA 4IX5A 2FUMA 4M69A 2R7BA 4AN3A 4UX9A 3FLNC 3B8QA 4G3CA 1G3NA 4R5SA 3ZLSA 3OEZA 4RJ5A 3C0GA 5DT4A 3UO6A 5AR8A 2JBPA 2WU7A 4QMZA 4PQNA 3NR9A 4CQEA 4C61A 4XG7A 3Q6WA 5AP6A 2ZVAA 4LYNA 4IADA 4KIPA 1Q8YA 4DEIA 5I9UA 4EH7A 1R0EA 2IZRA 3MVHA 4FV4A 3QD0A 4BICA 2OXYA 4MF0A 3K3IA 5HO7A 1OVEA 2CSNA 4CTBA 1YVJA 3QTZA 5DWRA 3DQXA 4FTNA 5ETCA 5HE0A 5TF9A 4ZTLA 3SW4A 5KMJA 2X9EA 4K9YA 4U0IA 3UC4A 4O6LA 2OLCA 3FKNA 5DRBA 3F2AA 3DZOA 2ITPA 2PULA 4A9UA 5J5SA 1UWHA 3LFDA 4XEYA 3QCQA 3R01A 5BVKA 5J9LA 2J0IA 3OT8A 4Q9SA 5GJDA 1OKVA 3D15A 3Q4CA 3F3UA 1MUOA 4L68A 4EOSA 4IVAA 4ZTNA 3NUAA 4D1XA 3OMVA 1YI4A 2B53A 3LFSA 3LFEA 3BQRA 1GIHA 2C5XA 3ZLYA 5M56A 3KRLA 4OUCA 4FK3A 5EYCA 1MRUA 2WKMA 2WMQA 4AACA 4C35A 4D0XA 4FL3A 2I7QA 1ATPE 3TNQB 1FPUA 1NXKA 4G3GA 2GPHA 3PZHA 4L3LA 1UV5A 3KXNA 4ZTRA 3CP9A 5ACKA 2CKPA 5KMOA 2RGPA 5DGZA 3CD3A 2PWLA 4WKQA 4NFNA 4WUNA 2IJMA 4FT3A 3PA5A 4TYIA 4G9CA 3I81A 4YBKA 1M7NA 2BZIB 3CQEA 3FI3A 4MHAA 4IH8A 5KBRA 4CFWA 4FV7A 2CNVA 4EHGA 3GCVA 4FG7A 4LQMA 3Q3BA 3Q4TA 3OT3A 3QL8A 4X2FA 2IPXA 5BVDA 2XKEA 4FKQA 4GKHA 4AF3A 2B0QA 1P2AA 5ANJA 4C4FA 4XCUA 4QMYA 4ZSGA 3FLSA 5CAPA 4EQCA 5EM5A 4FC0A 5GJFA 3NUNA 5LCKA 4O38A 1UNHA 4FKVA 3UNZA 4YHJA 4P4CA 1OB3A 3UJGA 1STCE 4MNFA 3TZMA 3V8TA 4FYNA 4KD1A 3DTCA 4JS8A 4PL4A 2W05A 5DR6A 4C36A 4CRLA 4EOMA 5BPYA 3TEIA 1W8CA 2VD5A 2PU8A 4IWDA 4QTDA 4AX8A 1TQIA 3W8QA 4AZWA 3R1SA 3IDBA 4JR7A 1YKRA 4L9IA 2WQBA 4L3JA 3FL5A 3UTOA 5L4QA 2WPAA 3FBVA 5HI2A 3W2OA 4X7QA 4AGCA 2UW8A 3TV6A 4EL9A 4EHEA 3W10A 3BYUA 4C4HA 3TIZA 4AN9A 3CKXA 3M2WA 3A99A 4F7SA 4A7CA 4C57A 2CNUA 1OECA 1UU7A 2WHBA 4YURA 3FZ1A 5EW3A 3DLSA 3HNGA 4FR4A 4J8MA 4EK6A 1H25A 4BKZA 2GNIA 3H9FA 1H8FA 4FV3A 4GT5A 3I0OA 1PXPA 4DEHA 5M09A 2C1BA 3DKCA 4JBOA 3EQHA 4EQMA 2PMOX 2UVZA 4BCNA 5IH5A 3C0IA 1GIIA 1M14A 2ITXA 4GG7A 5IQCA 1JKKA 3P08A 4MF1A 4V04A 5H8EA 3ZUVA 4XRLA 3ZFXA 3QQLA 3Q9ZA 2P2HA 3TJCA 2J4ZA 3DFAA 2FSTX 3QQUA 2QOIA 4D28A 5B7VA 4DGOA 4D0WA 3F2RA 3LVPA 3V8WA 2I0HA 3K54A 3PFQA 5E1SA 2X2KA 4EYJA 2PUIA 5F4NA 4G6NA 2BDJA 4TNDA 5LWMA 4KWPA 4U3YA 2I0YA 2WMSA 2C0TA 3NUXA 4IX4A 4BI2A 3Q4ZA 2HW7A 4X6RA 5E8UA 3Q96A 5CU2A 3IW7A 4BCPA 3VUMA 2YJRA 3A7IA 3ANQA 2VTMA 4J95A 2GDOA 4I4EA 4FT0A 4CMOA 3P78A 3WF6A 3QD2B 3QCXA 3VUKA 2X0GA 2X2LA 4C4JA 4RWKA 4ANLA 2VWUA 1YDTE 3EFLA 5HEZA 4YHFA 1DI8A 2PPQA 1O9UA 3VNTA 2VN9A 5ETFA 3T9IA 4LOQA 4NT4A 4ACHA 3O23A 3ORZA 4JAIA 3DFCB 1A48A 3BLQA 1E9HA 3MI9A 1J1BA 4MD8E 3MH1A 2IW6A 3C4XA 4YSMA 1OUKA 5TOZA 4IFCA 2YACA 4W8EA 4YZ9A 2RFEA 3W55A 3PE2A 2C30A 4DH1A 1OKYA 3KK8A 3A8XA 3DAEA 4R3PA 5ACBC 3K2LA 3AOXA 5AP5A 4R7IA 3UP7A 5JSMA 4AN2A 5K4JA 4F99A 3OWLA 4KIKA 4P90A 3IGGA 5H8BA 2GFSA 4WNMA 4IB3A 3WZUA 2XS0A 2XB7A 5AWMA 4DAWA 3R28A 3DXQA 2VGPA 5EDQA 2EUFB 3SOAA 4PMPA 4BTFA 5C1QB 4ANBA 2YJSA 3MB6A 2B54A 2O0UA 5AJQA 2PE0A 5EQPA 4PTEA 2DUVA 3BYVA 3KC3A 4BFMA 5E1EA 4TL0A 3MV5A 2REIA 3FE3A 4HYSA 4KNBA 3BQCA 4RIXB 4IACA 1REJA 5ANDA 4GJ3A 2Y4PA 5D1JA 3V5PA 5IMEA 3F3WA 2BTSA 3FJQE 3R0TA 4QP4A 1YOMA 4BTMA 4C4EA 5A4CA 3ZC6A 5DR2A 3IKAA 5GINE 3KFAA 4QTEA 2VTSA 3DLZA 2PVRA 1J91A 2R3PA 3A8WA 3LMGA 4ANSA 4MQ2A 3PE1A 3FV8A 4A4LA 4CFFA 3LMIA 4FIJA 3MY5A 3FPMA 3FLYA 3FXXA 4IAFA 4Q2AA 1XH7A 1OBGA 5IPJA 5KKRB 2ETMA 4FSUA 5EHYA 4YZNA 4DFNA 2CKEA 1H28A 2PZPA 4FV9A 4RWJA 4E4NA 3QX2A 3NVMB 2IG7A 2YCRA 1MQ4A 2UW6A 4QQ5A 3EQRA 5HCZA 5A6OA 5AADA 4YU2A 4HVIA 4FSQA 3CTHA 4ALUA 3P1AA 4I4FA 2BAJA 4DFUA 4W9XA 2V7AA 3UDBA 4D5KA 2W1FA 1OZ1A 2BAKA 2Q0BA 4BIEA 4D4SA 2QONA 5FG8A 5GIOE 5DLSA 3ZRMA 3PG3A 4QMUA 3V5TA 4NJDA 1CM8A 4BDDA 2C68A 2VO3A 3HMNA 3QKMA 2W4KA 4DEBA 3THBA 4DITA 4K18A 4D5HA 4EWQA 4IBMA 4NK9A 1JKTA 2GFCA 2YLFA 3MPAA 3IW8A 3PIZA 3AT3A 4BKJA 2AC3A 4XS2A 4PNKA 2C6MA 4PDOA 4HOKA 2ITVA 5E4HA 2G9XA 3C4WA 2F2UA 4LOPA 3FXZA 3FZSA 4BB4A 3GNIB 4Z7HA 5KUPA 1BLXA 4M3QA 3CQWA 3C4EA 3R7UA 1JSTA 1APME 1SVHA 3EN4A 3IDCA 1OUYA 3QWKA 4ZTQA 4EUUA 5D7AA 2JIUA 2WQOA 2PYWA 3P9JA 3KXGA 4APPA 3CTQA 5M55A 4FL2A 4FSWA 4XYFA 4Z7GA 4NZWB 3ATTA 3E7VA 4YGAA 3ZLWA 5KHWA 1KV2A 3C7QA 4KABA 4XBRA 4K0YA 4AWIA 2GNJA 4LRMA 4EZ5A 3WE8A 4I5MA 4P5ZA 3ZHPC 3Q52A 3R63A 5C03A 4AZSA 4EH4A 4DTKA 2W1GA 4DH7A 1JKSA 3CJGA 5JT2A 3I5ZA 3QQKA 1W83A 2QOHA 3K5VA 1YXTA 3UBDA 4C34A 4JX7A 1U5RA 3MPTA 3FQHA 4D9UA 3WF7A 2QKRA 4C58A 3QHWA 4BDAA 3QLGA 3BHUA 1XR1A 3PVWA 5IH4A 4O83A 2W5AA 4FTUA 5EK7A 4CG8A 3D5XA 2LGCA 4KIQA 2B4SB 4HVDA 3PLSA 3I5NA 4HNFA 1Q24A 4DG3E 4XH6A 2JKMA 2R3QA 4HJOA 3EHAA 1G8SA 5GJGA 4EZ7A 2NRYA 5CAQA 2JD5A 4K6ZA 4M97A 1FVRA 4XX9A 5BX0A 4Y83A 2HXQA 4AS0A 3VBTA 2O65A 3FZOA 4NM0A 4ZZMA 3MESA 3SW7A 3Q9WA 5FM2A 4AQCA 5BVEA 3ZRLA 3NCZA 4E4LA 3DTWA 4HYHA 5HG8A 5K0KA 4O1PA 2UZNA 5L8JA 3TTJA 5E8YA 3NSZA 4YR8A 2QD9A 5AUZA 2CN8A 5ANGA 1PMVA 1XH5A 2X2MA 4MWHA 4ENXA 3SVVA 4DHFA 3VF8A 4IB5A 4HVHA 5C27A 2Y4IC 3VC4A 4TTHB 5KZIA 3VBQA 3JY0A 3OWKA 4OTFA 5K3YA 4EC9A 4F70A 3DT1A 5AUUA 4IANA 3VS6A 4FTKA 5EM8A 4O7ZA 3HZTA 3BGZA 4BYJA 1AGWA 3W2RA 5IH6A 4YZBA 2I1MA 4YLLA 3WBLA 5M07A 3PVBA 4C33A 2J0MB 4JL9A 4BHZA 2XIZA 4Q9ZA 2R64A 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2XKD A;  4EOQ A;  3HMM A;  4EC8 A;  2XNP A;  4QYH A;  4D4Y A;  5I3R A;  4RWL A;  4JRN A;  3GB2 A;  4GVJ A;  4ASZ A;  5FGK A;  3N9X A;  3D14 A;  2F7E E;  5HIB A;  5HOA A;  3QUP A;  2Q83 A;  3Q5Z A;  1PRY A;  4MYG A;  4PNI A;  4FV2 A;  2BAL A;  1YW2 A;  4FV1 A;  4I6F A;  3OOG A;  4HGL A;  4RX9 A;  4HGS A;  4BYI A;  4O7W A;  3OFM A;  2O5K A;  4IZ5 A;  3T3V A;  3WYY A;  4LM5 A;  3G15 A;  3SGC A;  3POO A;  3U4U A;  4ALW A;  4RJ3 A;  1JLU E;  3VQU A;  3QQG A;  3ZSH A;  5HX6 A;  2XM9 A;  4UZD A;  3EMG A;  2YM4 A;  2V22 A;  3SD0 A;  3VS5 A;  3AGL A;  4OLI A;  2J9M A;  4LV5 A;  4QP6 A;  1UU9 A;  4IJP A;  4ASX A;  5LMB A;  3QTI A;  4G17 A;  3IW6 A;  4L8M A;  5IUH A;  2J7T A;  2X6D A;  3RP9 A;  4PY1 A;  4RQK A;  4ERK A;  4NM3 A;  2QOF A;  2IVS A;  3DXP A;  2QG5 A;  3TKI A;  4F64 A;  1XO2 B;  3NMU F;  4M13 A;  4OTI A;  4FIF A;  1YXU A;  4LUE A;  3UMX A;  1MRY A;  3HLL A;  3GC7 A;  3GOP A;  3HEC A;  3ZO2 A;  4TT7 A;  2R2P A;  1SNU A;  4L42 A;  1W98 A;  4JBP A;  2CJM A;  4QMN A;  4GSB A;  3PPJ A;  1XH6 A; 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1Q62A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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