1VEBA

Crystal structure of protein kinase a in complex with azepane derivative 5
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
340
structure length
338
Chain Sequence
EQESVKEFLAKAKEDFLKKWENPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHMETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFSEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based optimization of novel azepane derivatives as PKB inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
molecule tags Transferase
source organism Bos taurus
total genus 100
structure length 338
sequence length 340
ec nomenclature ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date 2004-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1vebA01
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1vebA02
4QMSA 3TNPC 2W1EA 1JPAA 3I0OA 2ZM3A 3GQIA 1WFCA 3EQDA 5IA3A 3GVUA 1OL7A 4ZOGA 3MPTA 3CS9A 4DTKA 4HVIA 4I6HA 5AIRA 3F3VA 2YZAA 3NGAA 4G1WA 4C58A 5I3RA 4PL3A 3ZLYA 1G5SA 1SVHA 4AS0A 4DEDA 4EWQA 5LXMA 3C0HA 4O1OA 4X3FB 3OEZA 2PYWA 2OSCA 4TYIA 4PUZA 4KUJA 1YHWA 4NW5A 2OIQA 2ZVAA 3OXIA 3DOGA 3DBQA 1PXPA 1ZZLA 2A27A 2OJGA 5AR4A 4USDA 2Z7QA 5GZ9A 4DFYA 5BVKA 3G90X 3NPCA 5IU2A 2I6LA 4I92A 3UOHA 1G8SA 1GIIA 2PVMA 4MXAA 5LCJA 3UO5A 5DYJA 2J0JA 2ACXA 2QD9A 4XV3A 4BDJA 2V5QA 4EQUA 2VTOA 2ETRA 2GS2A 4X2KA 2OK1A 4R78A 4FSTA 3PVBA 4IVCA 2PZRA 4FL3A 3V3VA 4RX7A 5DH3A 2C6OA 5DR9A 1Q3WA 5DVRA 3NUUA 2VTMA 1ZZ2A 3HNGA 2Q0NA 3PP0A 2I1MA 1P2AA 3C1XA 3ID6C 4K11A 4FGBA 5IH4A 4RC4A 2Z7RA 3NCGA 3FZOA 4ZY5A 3K3IA 3DB6A 3E5AA 3FZRA 4EH6A 1F3MC 4FOCA 4KA3A 4DGOA 4FG7A 4AAAA 3UNJA 4YSJA 2ZJWA 1XBCA 2UZDA 3BWJA 2CGWA 3PXFA 2A4LA 3G9NA 2H9VA 1YRPA 4GJ3A 1R0EA 3S00A 3R8ZA 3RINA 4AP7A 4E93A 5T3QA 3L9PA 5EYDA 4BCMA 3GC8A 4G31A 1YOJA 3VUDA 5IQAA 2OG8A 5JKGA 4L67A 4BRXA 4Z16A 4BZOA 4TNBA 3FZPA 1UNHA 4B8LA 1KWPA 2B54A 3QTZA 1OIRA 3TNHA 1GNGA 1TQMA 3CSVA 2GTNA 4AZWA 4Y46A 1YHSA 3MN3A 3FWQA 3F3ZA 4BY9E 4EH9A 3Q60A 4FK3A 4FTRA 4EH4A 5IF1A 2PPQA 4ACCA 2WQBA 2JFMA 3BGZA 3C4FA 2WTJA 1YXTA 3GB2A 3RAKA 4F6WA 5CXHA 4LGGA 2WIPA 1Y8YA 1CM8A 3EYGA 5IMEA 3F61A 3DAEA 5LVNA 3JVRA 1P14A 3TT0A 3O8TA 3M1SA 4BFMA 4ZTQA 2R3JA 4GCJA 4DEBA 5C4LA 2BDJA 2Y4IC 4YZBA 3RK7A 4AX8A 5HU3A 4I3ZA 4R5YA 4ZMEA 3I60A 4IW0A 1DAYA 3ODZX 5I4NA 5HORA 2QO2A 5FEDA 5HBEA 2DWBA 3EQCA 3HUBA 5G6VA 3DJ5A 4DFBA 3MH3A 3VUHA 3Q4UA 4QYYA 5HBJA 3EFJA 4Z9LA 1SNUA 3NAYA 2GNIA 4G3DA 4UBAA 2W1ZA 3NUSA 3NSZA 3OFMA 4R5SA 3ZBXA 4XUFA 3HV4A 1ERKA 1WAKA 4JQEA 5HLPA 3ZLXA 2JEDA 3QRTA 3MIAA 4L7SA 3R30A 4W8DA 5FRIA 4M15A 1WBPA 1NA7A 3FHIA 4FKOA 4NKSA 4PV0A 3V5TA 4ZMFA 3H0YA 3HV7A 5I9XA 5HNIX 3LFDA 1YKRA 3IPHA 3B2WA 4KIOA 4CCUA 2RL5A 3O50A 3QFVA 4IWPA 4C4FA 5LVOA 5E4HA 5CX9A 5EHYA 5C4KA 4YJPA 5DN3A 3MS9A 4KKHA 2GNLA 3PJ8A 4RGJA 2PUUA 4I4FA 1VJYA 3PA4A 1H07A 2OF2A 3LLAA 2WGJA 4KKGA 3DA6A 3V5PA 5IUIA 2CSNA 5FLFA 4C4EA 2UW4A 5ICPA 2HWPA 4D2TA 1M2QA 5M4CA 5D7VA 2XEZA 4JI9A 2XRWA 4A9TA 1STCE 3ZDUA 3K2LA 4QPSA 4HVHA 1KE9A 4RT7A 2JDVA 5FDPA 3QRKA 3TIYA 4GV1A 4ALUA 4II5A 3VF8A 5LVMA 3LFBA 5L4QA 2OJ9A 3EMGA 3NAXA 5DG5A 3NUXA 3PPZA 2XMYA 4O0UA 3PY3A 4IZ5A 4PF4A 3BU3A 3GC7A 2ZB1A 3UQFA 2W1HA 4J98A 1DS5A 1UVRA 3FMHA 4L42A 5K0XA 5HG5A 1YXXA 2C0IA 4KIQA 3RAWA 4IMYA 1IG1A 3LQ5A 4YZDA 3S4QA 3MVJA 2QCSA 3QC4A 4O7SA 3BE9A 3PVUA 4L52A 5AA9A 4F6UA 5EM7A 1OGUA 4OUCA 5B2KA 4MNEA 3QZIA 4RIYB 5CS6A 3IW8A 3FUPA 4QQ5A 3OT3A 4A06A 1TQIA 4Y5QA 4N70A 1OL6A 4B6LA 3P79A 3OCTA 3TUDA 2ZDTA 1DI8A 3NEWA 4F7NA 4DF3A 4DTAA 4FKSA 4PQNA 4C33A 1MRYA 2P3GX 3DDPA 4MD8E 3FV8A 3REPA 2Y4PA 3TM0A 4RFMA 3QUDA 3Q4CA 2XIYA 3QLFA 3QTSA 5KNJA 4JRVA 2WTKC 2VU3A 2BDWA 2XBAA 2XNNA 2YEXA 2UZNA 4WRSA 3BWFA 1YQJA 5CEPA 5M56A 3T9IA 3QQJA 4AW2A 3R6XA 4F9WA 4DH8A 1YXUA 2BZIB 4I0RA 4DH3A 4E6CA 4CQGA 3RZFA 3NVMB 2VX3A 4HYSA 1LEWA 1UKIA 4O6EA 2QHNA 4HVSA 5IQHA 3A61A 4ZTSA 4ZSEA 4HVGA 3TV4A 4FVPA 2ZV9A 3T3UA 4MTAA 4BBFA 2JKQA 3DKCA 4XOZA 4IHPA 4A4OA 2R7IA 2I0VA 3GP0A 5H8BA 1JQHA 1ND4A 5F20A 4O7VA 2IZUA 2YIYA 4KNBA 4TYEA 4Q2AA 4GS6A 4G34A 3WBLA 2VTPA 4I24A 4CGAA 2BZKB 2ZAZA 4NSTA 3EQRA 2XIRA 2W9ZB 3O71A 3RVGA 4DA5A 3RNIA 3CJFA 3LQ8A 4YC3A 4DITA 5M08A 2QKWB 4JR3A 5AP6A 5JGAA 3U54A 3ROYA 3BYMA 3L1SA 4O7RA 3MWUA 4CKIA 3V6SA 3GCQA 4OTGA 4NKAA 3ERKA 5HE2A 3BZ3A 4LRMA 3KY2A 4FKIA 1PY5A 4D2SA 5CAQA 3QUEA 4KIKA 3Q2MA 2C6IA 3G51A 4RVTA 3MSSA 4HNFA 1J3HA 1F0QA 4JBPA 5E1EA 2VN9A 3E64A 1XBBA 2F2CB 3HZTA 2YM7A 4FUXA 3CKWA 4JRNA 5JMSA 1B39A 1OPLA 3HRFA 2W06A 3MB6A 3FSFA 2BVAA 3FMKA 5IZFA 3GU5A 3SKCA 4F64A 5IA5A 3LIJA 2IZSA 4KKEA 4ZZOA 1UU8A 3I6WA 4FTCA 4I0SA 2YABA 3FZ1A 5M57A 1XJDA 3UIXA 1Z5MA 2VWXA 4G6NA 5FDXA 5GZ8A 3FC2A 2YCRA 1GIHA 4FKRA 2X8IA 2RFSA 4BWPA 5J5SA 3IG7A 2OZOA 4EUUA 3E93A 2PK9A 3U55A 3HRCA 3E62A 5EM6A 4APCA 2CKPA 2HY0A 4D4YA 4IE9A 2PVLA 2GDOA 3BE2A 5CT7A 3C4CA 3R7OA 3RNYA 4E4XA 2WPAA 2HXQA 2C30A 1S9JA 3L9LA 2WMBA 2HW7A 1UU9A 5L6WL 5DR2A 1MQBA 3BGQA 5TOZA 2PTKA 4G5PA 5C26A 4YC6A 4DH5A 3ODYX 4U42A 3RMFA 4PTCA 5AUZA 4BDEA 4IAFA 3LLTA 3UQCA 4ZY6A 1V0OA 5L8KA 3ZUUA 3TWJA 1XKKA 3MVHA 4QMLA 5H2UA 2IWIA 2WD1A 3NNXA 4EORA 3MESA 4FYNA 3OTVA 2B9IA 2CNVA 4DFUA 4YJOA 3DFAA 2NRUA 4E6QA 3COMA 3MIYA 2G2FA 3VUIA 3AD6A 5AAFA 2RFDA 2VTIA 3BYSA 5EHOA 3EN5A 5DT3A 3RM6A 5I9ZA 4AW5A 3ALNA 4OR5A 4RSSA 5FBNC 4FZ7A 4C7TA 4YLJA 4WO5A 2G2IA 5BPYA 1M2PA 4RIXA 5F4NA 4BCOA 2P2IA 4EOQA 3IGGA 4NJDA 5H9BA 4TYJA 5CF5A 1R0PA 4ZLYA 4J97A 5E8TA 3KRRA 2WQMA 3EQPA 5EM5A 4IB1A 4CFFA 4FICA 5GJDA 4GFOA 5LMBA 4CG9A 4P7EA 3MH2A 3NS9A 1ATPE 3B8QA 4NU1A 4K1BA 4YTFA 1ZOHA 3BHYA 4TWPA 4ZSLA 4G5JA 5AM7A 5KMLA 3CKXA 3I5NA 3BQCA 3KF4A 5DI1A 1QPEA 4GEOA 4RIWB 1B38A 2C47A 3BELA 2BCJA 4E3CA 4WBBB 2HELA 4GW8A 5LWMA 2HZ0A 4QOXA 1Q3DA 4X2NA 2B1PA 5KX8A 2X4ZA 1FBNA 5I3OA 3BYVA 5JN2A 3PA3A 4QP9A 5J87A 4FVQA 3OXZA 4HCVA 2PY3A 4K2RA 4C2VA 4OTRA 3NUAA 5LVLA 4MH7A 1V0PA 4FKJA 4B8MA 3ZZWA 3PIXA 3NIEA 4IACA 4EONA 1GY3A 3ACJA 2R0UA 3OMVA 3FLSA 1VEBA 4O0SA 2YN8A 2UZBA 4J7BA 3RKBA 2XBJA 4CNHA 4HGEA 1H27A 5E8UA 1KOBA 3OS3A 3LMIA 3V8WA 1BL6A 4RPVA 3HGKA 1M2RA 3FI2A 2YFXA 3BX5A 3F3TA 3SC1A 2VWIA 3PG1A 3TI1A 3VW8A 4IANA 3RBWA 4DG0E 2X9FA 4FA2A 2HZ4A 4BIEA 5HNBA 5C8NA 1Q8UA 4FV4A 5CEKA 3UPZA 3A7GA 3VQUA 3WF6A 1IA8A 4NM5A 3CQEA 3O8PA 1XBAA 5IDPA 5AR7A 5J8IA 4ZLZA 2R3IA 3VS3A 5CALA 5KKRB 3OZ6A 4TPTA 2B7AA 2PMIA 5A9UA 4E6DA 3R8VA 4UYNA 4U6RA 4ASEA 1SYKA 3IONA 5HLWA 2X2LA 4OTPA 3KL8A 3U6IA 3U6JA 1ZAOA 4CV9A 5M53A 2W1FA 2O64A 4O6LA 4YMJA 1A9UA 5ETAA 2ZM1A 2FYSA 4C0TA 4EOIA 3CJGA 3ULZA 4QP2A 3VVHA 2OO8X 2YAKA 3QWKA 4DGNA 5C8KA 3FMLA 3UG1A 4M3QA 3O23A 3GC9A 4XHKB 3ZONA 3F2AA 3DQWA 4PDOA 4ACGA 2WQNA 1KE7A 3CD3A 3Q32A 4PNIA 1M17A 2YDJA 1BI8A 3R8LA 4AW0A 4C57A 4KINA 3EIDA 4IB5A 4JG6A 4KBKA 2PVNA 5EYMA 3F2RA 4DFZE 5B2MA 4UY9A 4FEVA 4M97A 1OKYA 4DH1A 2YISA 1BKXA 4JJRA 4CXAA 4DLJA 3N4VA 3UPXA 2Z60A 2F7EE 1YI6A 4I93A 3R8PA 4LL5A 2E9UA 3QTRA 3UOKA 4HW7A 2VWYA 2CCIA 2X7OA 3FXWA 4HJOA 2QKRA 3R7YA 4BYJA 3W2SA 5K9IA 5CYIA 1XHAA 3Q52A 4LI5A 4XYFA 5HIDA 4I22A 4JX7A 5CF4A 1VYZA 3QQKA 5J9LA 4I6FA 4EH7A 4IFGA 4GKIA 2GQGA 3W32A 4MQ2A 5E1SA 4CRSA 4HZSA 3AC3A 3DJ7A 3ZSHA 3OROA 3RI1A 4QMUA 3H3CA 4LM5A 4KSPA 4DCEA 3F69A 4G2FA 4UYAA 4RLKA 5AWMA 4QMQA 3UVQA 4L9IA 2F9GA 3VF9A 4O7LA 4IH8A 4YNOA 5IH6A 5F94A 4FKTA 1V0BA 2Y9QA 2RKUA 4UXQA 5CSXA 4H58A 2X81A 3NR9A 5L8JA 5BVDA 3TUCA 3A2CA 2C5OA 4L44A 2OFVA 4NW6A 2PZPA 3ZC5A 3JYAA 2GFCA 5IG1A 4PX6A 4XBRA 5JFVA 2QOHA 1P4FA 4RX8A 4Q5HA 4WA9A 4TZRA 2BR1A 3VBXA 1M52A 4XG6A 2FSLX 1YWVA 4GYIA 1WBOA 4D2VA 2UZOA 4CFXA 3OY1A 4FV3A 5CSHA 4YHFA 3TZMA 2I40A 5IQGA 2CGVA 4AGDA 3FLYA 3DK3A 5EKOA 4O0XA 1SM2A 3PXZA 3QHRA 3EWHA 3M2WA 2WTDA 4O2PA 3A8WA 4P90A 3ZUTA 5H8EA 4AT4A 4EOOA 2CNQA 4ZTLA 3SRVA 2XZSA 4U97A 4RZVA 4CCBA 3GU4A 5I9VA 3E7VA 3ZFXA 2ZM4A 5JSMA 3LCDA 2W9FB 2X6EA 3V5LA 3KRLA 1QL6A 4PTGA 5T68A 4O21A 4C4GA 2BRHA 3OWPA 1CDKA 4BTMA 3LZBA 4J53A 3FZSA 2W5AA 4K18A 3NYVA 4RJ7A 1FGIA 3VS5A 3MA3A 4MXYA 3R7IA 2XVDA 4NCTA 4HZRA 2CGXA 5TKDA 2WHBA 2NNWB 3DKOA 2E9NA 3W18A 4XG4A 5HD4A 3LMGA 3ORZA 4OTIA 4OTQA 2Y8OA 2VTTA 3I1AA 4DBNA 3OWLA 5FUTA 2XIXA 4H3QA 1Y57A 3HA6A 5HO8A 3II5A 3R1SA 2DQ7X 3AT3A 4RJ8A 3R8MA 3RM7A 1W82A 4PL5A 3Q96A 3ITZA 4TW9A 5CNNA 5CSPA 4FSYA 4M0YA 4L68A 4RJ3A 1WBTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QMS A;  3TNP C;  2W1E A;  1JPA A;  3I0O A;  2ZM3 A;  3GQI A;  1WFC A;  3EQD A;  5IA3 A;  3GVU A;  1OL7 A;  4ZOG A;  3MPT A;  3CS9 A;  4DTK A;  4HVI A;  4I6H A;  5AIR A;  3F3V A;  2YZA A;  3NGA A;  4G1W A;  4C58 A;  5I3R A;  4PL3 A;  3ZLY A;  1G5S A;  1SVH A;  1ST4 A;  4AS0 A;  4DED A;  4EWQ A;  5LXM A;  3C0H A;  4O1O A;  4X3F B;  3OEZ A;  2PYW A;  2OSC A;  4TYI A;  4PUZ A;  4KUJ A;  1YHW A;  4NW5 A;  2OIQ A;  2ZVA A;  3OXI A;  3DOG A;  3DBQ A;  1PXP A;  1ZZL A;  2A27 A;  2OJG A;  5AR4 A;  4USD A;  2Z7Q A;  5GZ9 A;  4DFY A;  5BVK A;  3G90 X;  3NPC A;  5IU2 A;  2I6L A;  4I92 A;  3UOH A;  1G8S A;  1GII A;  2PVM A;  4MXA A;  5LCJ A;  3UO5 A;  5DYJ A;  1G8K A;  2J0J A;  2ACX A;  2QD9 A;  4XV3 A;  4BDJ A;  2V5Q A;  4EQU A;  2VTO A;  2X0Q A;  2ETR A;  2GS2 A;  4X2K A;  2OK1 A;  4R78 A;  4FST A;  3PVB A;  4IVC A;  2PZR A;  4FL3 A;  3V3V A;  4RX7 A;  5DH3 A;  2C6O A;  5DR9 A;  1Q3W A;  5DVR A;  3NUU A;  2VTM A;  1ZZ2 A;  3HNG A;  2Q0N A;  3PP0 A;  2I1M A;  1P2A A;  3C1X A;  3ID6 C;  4K11 A;  4FGB A; 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 4YZB A;  3RK7 A;  4AX8 A;  5HU3 A;  4I3Z A;  4R5Y A;  4ZME A;  3I60 A;  4IW0 A;  4DHJ A;  3W0S A;  1DAY A;  3ODZ X;  5I4N A;  5HOR A;  2QO2 A;  5FED A;  5HBE A;  2DWB A;  3EQC A;  3HUB A;  5G6V A;  3DJ5 A;  4DFB A;  3MH3 A;  3VUH A;  3Q4U A;  4QYY A;  5HBJ A;  3EFJ A;  4Z9L A;  1SNU A;  3NAY A;  2GNI A;  4G3D A;  4UBA A;  2W1Z A;  3NUS A;  3NSZ A;  3OFM A;  4R5S A;  3ZBX A;  4XUF A;  3HV4 A;  1ERK A;  1WAK A;  4JQE A;  5HLP A;  3ZLX A;  2JED A;  3QRT A;  3MIA A;  4L7S A;  3R30 A;  4W8D A;  5FRI A;  4M15 A;  1WBP A;  1NA7 A;  3FHI A;  4FKO A;  4NKS A;  4PV0 A;  3V5T A;  4ZMF A;  3H0Y A;  3HV7 A;  5I9X A;  5HNI X;  3LFD A;  1YKR A;  3IPH A;  3B2W A;  4AXF A;  4KIO A;  4CCU A;  2RL5 A;  3O50 A;  3QFV A;  4IWP A;  4C4F A;  5LVO A;  5E4H A;  5CX9 A;  5EHY A;  5C4K A;  4YJP A;  5DN3 A;  3MS9 A;  4KKH A;  2GNL A;  3PJ8 A;  4RGJ A;  2PUU A;  4I4F A;  3VON A;  1VJY A;  3PA4 A;  1H07 A;  2OF2 A;  3LLA A;  2WGJ A;  4KKG A;  3DA6 A;  3V5P A;  5IUI A;  2CSN A;  5FLF A;  4C4E A;  2UW4 A;  5ICP A;  2HWP A; 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