1XBCA

Crystal structure of the syk tyrosine kinase domain with staurosporin
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
274
structure length
268
Chain Sequence
VYLDRKLLTLEDKELGSGNFGTVKKGYYQMKKVVKTVAVKILPALKDELLAEANVMQQLDNPYIVRMIGICEAESWMLVMEMAELGPLNKYLQQNRHVKDKNIIELVHQVSMGMKYLEESNFVHRDLAARNVLLVTQHYAKISDFGLSKALRADENYYKAQTHGKWPVKWYAPECINYYKFSSKSDVWSFGVLMWEAFSYGQKPYRGMKGSEVTAMLEKGERMGCPAGCPREMYDLMNLCWTYDVENRPGFAAVELRLRNYYYDVVNE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A novel mode of Gleevec binding is revealed by the structure of spleen tyrosine kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tyrosine-protein kinase SYK
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 268
sequence length 274
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2004-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1xbcA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1xbcA01
2X8EA 2OJFE 3ORLA 4RFYA 5L8JA 2QC6A 2X9EA 3QTWA 5E8TA 1EH4A 5KHWA 3BE9A 5HLWA 4DCAA 3BLHA 5AR5A 2OF4A 5HVYA 4MK0A 4IX6A 3ZHPC 1KE9A 4IH8A 4U6RA 2GTMA 5ANIA 3JUHA 4FSQA 4NH1A 5AP2A 3V5PA 4P5QA 3WF5A 3R1YA 2WTWA 1SMHA 3AC2A 3JY9A 1M2PA 5IG1A 3SG8A 4P5ZA 2QR7A 3LFEA 3QD2B 3FLNC 5JQ5A 4UWYA 5K5NA 1M52A 3G9NA 4GU6A 4C36A 5KCVA 2R7BA 1XJDA 4FZ7A 4IZAA 2ESMA 4JG6A 2DWBA 3GC8A 4X7QA 5F20A 3ZFXA 4J1RA 4ZSEA 5HU9A 3HRCA 5HVKA 5IF1A 4QT1A 2WMUA 2ZVAA 4TNBA 4UWBA 5FLFA 2QI8A 2O8YA 4P90A 2VNYA 2X4ZA 4YBJA 4ZTRA 3DU8A 1WBTA 2W17A 1BLXA 5EQEA 4Y95A 2R4BA 2I1MA 2VTQA 2W1GA 4NJ3A 5BUEA 1XO2B 5TOZA 3BYUA 3Q6UA 4IX5A 4AN3A 3ORKA 4MNEB 4AOIA 3RAKA 3SGCA 3G5DA 1J1CA 3RALA 4UWCA 4N70A 1NVQA 4PDYA 1FINA 5J9LA 4JQ7A 5BMMA 1UU7A 4F9YA 1JLUE 2UZVA 3S4QA 3G33A 3NSZA 4IWQA 4L3JA 4QQ5A 4CCUA 4E3CA 3VF8A 3QUEA 3SXSA 5E90A 3NRMA 5DR9A 5FUTA 1Q5KA 4FBXA 5EKNA 4FG7A 3ID6C 1W84A 3EHAA 4GIIA 3LZBA 3O50A 4K6ZA 2OU7A 1OKYA 2XIZA 3WIKA 2W4OA 1P4FA 4G6LA 4AZVA 3VS3A 4CLJA 2C3LA 4U40A 3GCUA 3EKNA 3BQCA 2AYPA 5HKMA 3ZFYA 4AQCA 4NYEA 4BDBA 4CMOA 4L3PA 2IZTA 3C4XA 5CAPA 2A19B 2XNGA 3O7LB 3UP7A 4EBWA 1ATPE 4NIFB 3DXPA 4I6FA 4N0SA 4YTIA 2YWVA 3VUDA 3S1HA 4TYEA 4FZ6A 3VS7A 4CFUA 1RE8A 1PKDA 2VTPA 2NNWB 4IM2A 3U6IA 3W2PA 4IJ9A 3VO3A 5FXQA 4BN1A 3FMNA 4KB8A 5CQUA 3ACKA 3M2WA 3HX4A 4ACMA 1WBOA 4FKWA 5I9WA 3BHVA 2OF2A 3NAXA 3QL8A 3NVMB 4MBLA 2KULA 3VS6A 3VBWA 2PUPA 3EQHA 4CG9A 3MY5A 3BPRA 3TUDA 5CLPA 3FJQE 4FI1A 5M07A 2DYLA 5EM6A 5FG8A 3QTSA 4CFVA 3LXLA 4FTOA 4R78A 3E7OA 3Q4ZA 4JR7A 4X3FB 5CEOA 4BZDA 4HNIA 5H3QA 2VWZA 3ZZEA 3MJ1A 3QCSA 3Q2JA 1CKJA 2JKKA 3EOCA 3QXPA 4EC8A 2QURA 2C4GA 2WTJA 4GS6A 4IVAA 2GSFA 2VGOA 2EU9A 3ZOSA 3RWPA 3MWUA 3COMA 4AA4A 2YM8A 4I0RA 5B2MA 4WUAA 3VVHA 3PXZA 3DJ5A 1ZYJA 5JZNA 4PDOA 4DGOA 3FI8A 4N57A 4UB7A 5HOAA 3WOWA 5JQ8A 3PPZA 5FDXA 2YAAA 3R9OA 4HGLA 3TNHA 3B8QA 3QBNA 1Y8GA 3I5NA 3DB6A 3RAIA 4GT3A 1KSWA 4UMUA 3DNEA 3F3ZA 4JQ8A 4U81A 3RZFA 3HKOA 3F6XA 3EN5A 4G3EA 4CZUA 5FTOA 4D2VA 3F7WA 4DGLC 1QPCA 3OW4A 4IB5A 4FT0A 4RX9A 3O8TA 3UIBA 4ZS0A 5M4FA 4H3PA 3NYNA 2RG5A 1H1WA 5DH3A 3IW5A 4PPCA 3LHJA 3AC5A 3FKOA 3NUNA 3GENA 4I23A 2IPXA 2CNQA 2IZRA 4JI9A 5KZIA 1FMKA 1Y57A 4W4XA 2R3MA 4QYFA 4O6EA 2YHVA 3DPKA 4OTFA 3S2PA 3D7TA 3FKLA 2PZPA 3G0FA 3E88A 1OKVA 1YXTA 2ZB0A 3G51A 1BUHA 4RJ8A 3UG1A 3CY2A 4IDTA 2UZDA 4RX7A 3NNUA 3QRKA 4BCKA 3D5VA 4Z9LA 2GNGA 2QLUA 4JJRA 2ZB1A 3R8PA 2P2HA 2EWAA 3ZUTA 2UW5A 2IVTA 4WKQA 5FP5A 4V0GA 4MVFA 5IKWA 2W1EA 3VBQA 1U4DA 1ZYLA 2QOOA 1HOWA 1WBVA 3FZOA 4P7EA 3V04A 2BRGA 3M1SA 3RM7A 3BBTB 4RC3A 4DN5A 4MF0A 2HYYA 4W4VA 5EW9A 4CKJA 3RK5A 1FVRA 4L3LA 3KRRA 5AP0A 4U9AA 4FNWA 3MN3A 4LV5A 3WZEA 4C4FA 1FQ1B 4D5HA 4PNKA 1PJKA 4QMYA 3BYOA 3O23A 5A4QA 2I0EA 2XKCA 3UTOA 4EJ7A 5EYKA 3ACJA 5KZ0A 4DTBA 3RK7A 5EYCA 4BCPA 4J7BA 4IB0A 3CS9A 4FIGA 4KBCA 4QP9A 4RLLA 3TKHA 3KREA 3NYVA 2VO7A 1KWPA 4YC8A 4AGUA 2CCIA 4XYFA 4PRJA 4B8MA 4C62A 1XWSA 3AOXA 4CT1A 3D94A 2QCSA 3W16A 2HWOA 4TY1A 5JFVA 2ITUA 4JRNA 5FEDA 3MY1A 4NL0A 4FK6A 3KVXA 2R3LA 4FKTA 3HVCA 1Q3DA 2WXVA 2BROA 4JQEA 5AAGA 4C4JA 3EQRA 2HELA 4IM3A 4XX9A 2W1FA 2X8DA 3ITZA 4TYHA 2ITZA 3UYSA 3BEGA 1A48A 4YTCA 3MTFA 3KRLA 2PZYA 5M4CA 1NY3A 4H39A 3CR0A 3V5WA 2X8IA 4IX3A 4ZJVA 3AGMA 3O96A 5EKOA 4USFA 5J79A 4RA5A 4S33A 3R8VA 2PZIA 2XNEA 3PFQA 4WSQA 1BL6A 2IW6A 5M4IA 2WIPA 1H27A 4PDPA 5IUHA 2ITYA 4WD5A 5KHXA 4FVQA 1G3NA 1WBWA 2BRMA 3L1SA 2NRYA 2WMXA 3UVPA 4XV1A 3V5TA 5BPYA 2IN6A 3FPMA 4DFXE 2XZSA 4IJPA 4M69A 3LPBA 4FVRA 3RBWA 2YWPA 3AC1A 3THBA 1DAYA 1WBSA 2F9GA 2R3OA 3LCSA 3PSDA 2C5NA 4PPAA 4XP3A 4ARKA 2VWUA 2QU6A 4FVPA 4UXLA 5HD7A 4F4PA 4B9DA 4CQGA 2RFDA 4EHGA 2X2LA 3EFKA 4GJ2A 2IVSA 1GIIA 2CGWA 2BCJA 1KOAA 3IGGA 1OIRA 4EH2A 4USDA 2OJIA 3MS9A 4R6VA 4HPUE 2JITA 3E8DA 2QOLA 2R3IA 2XNOA 3QQUA 2YCSA 3VQUA 5E91A 3Q96A 3FMMA 5CSXA 5A4EA 1WFCA 3I79A 1V1KA 3FI4A 2YCRA 5LOHA 4NZWB 3CJGA 1NVSA 1JPAA 2G2IA 2Y7JA 2WTCA 4S34A 5FEQA 3A8XA 4D2WA 5CEKA 1F3MC 5C01A 1TKIA 1ZOHA 2QHNA 3H30A 3BIZA 3F2RA 4AE6A 3GOPA 4PV0A 4BKZA 4R3PA 4EUUA 4HZSA 5JRQA 4F1MA 4E4MA 3COKA 5BVOA 5EYMA 3ZSIA 4TYHB 5CYIA 3ENHA 2WQEA 5HLNA 4JIAA 1GY3A 3IW4A 4M0ZA 4M14A 3LJ2A 3CY3A 4LL5A 4RZWA 4F08A 4DGNA 2JIIA 3EYHA 4C59A 4RT7A 4BTFA 5DT0A 2XKEA 4DT9A 3R8UA 1NA7A 2BTRA 5HTCA 2XYUA 4YJSA 2UZNA 4FTNA 4ACHA 5CU4A 3VS1A 1HCLA 4CD0A 1QPEA 2BMCA 2C6TA 4YJVA 3HP5A 4Y83A 5E8WA 1UNHA 3DKGA 5CF8A 1TVOA 5DRBA 4OAUC 1Q8TA 4ZJJA 1Q41A 3DJ7A 2FGIA 4D4SA 5DFPA 2ZV9A 3OTVA 1PXOA 4EI4A 3W2QA 4AW1A 4QPMA 1XBCA 2O3PA 3MH3A 3NW6A 4MAOA 4CT2A 4K33A 4YNOA 5L2QA 2W05A 4Q5EA 4BCJA 5HX6A 3W18A 5KMJA 3L9NA 5JZJA 4GUEA 1MRVA 3QRTA 4WT6A 3HMMA 3KVWA 2ZYBA 5A46A 4UXQA 1ZMWA 3C4ZA 3NNWA 1NXKA 3BQRA 1IEPA 4YR8A 1LP4A 1B6CB 1Z57A 3D7ZA 3ZS5A 4YHJA 1MRYA 3HNGA 2X0GA 3TNPC 2OW3A 3LQ5A 5HHWA 3QGWA 3VBTA 5IQFA 3RJCA 3QQKA 2GFCA 3OFMA 3FWQA 3RMFA 2UZEA 4O2PA 2XIYA 4OUCA 4YLJA 4J98A 5EOLA 3C50A 5H2UA 5BVKA 4FTQA 3R7UA 3UQFA 4E5BA 3R8LA 4BI1A 3TIYA 4PUZA 3V5QA 4FNXA 2BDFA 1ZYDA 4JBOA 3TJCA 5J1WA 3U9NA 4BBEA 5KKRC 4QNAA 3WYYA 2ITTA 2CKOA 2PSQA 3VQHA 3NS9A 2HWPA 4YZMA 4FZFB 4K2RA 4AE9A 5KBRA 2RFEA 3ORZA 1OITA 4JNWA 1Q8ZA 2W9FB 2X6DA 5IEYA 3UO5A 1WVYA 1XH7A 4APPA 2I0VA 3E3PA 4FSTA 5FEEA 1H08A 5AV1A 2C3IB 2PTKA 3EIDA 3QHWA 3BX5A 2BALA 4QMNA 4OTPA 3VAPA 4FSMA 4KIKB 4EYJA 5B2LA 1PF8A 3SOAA 4BDAA 4MX9A 3PIXA 1H8FA 3OW3A 3ZXZA 3I0QA 4ZEGA 2BVAA 4EZ5A 3PIYA 3FQEA 3R1NA 4E4XA 3DTCA 3ANRA 3CE3A 3LIJA 4F0FA 4EHZA 2G9XA 2W5AA 3GNIB 4AAAA 4ZSAA 3W2CA 3KY2A 3E62A 4Z16A 4O81A 4V04A 3PUPA 4X3JA 2ITNA 4J96A 5JFWA 3FL5A 3OS3A 2W1DA 4IWDA 3HUBA 3B2TA 2BPMA 4C34A 3MVLA 2YM4A 5AUUA 3FSKA 3F82A 3BYSA 2CN8A 4I22A 4A4LA 1FBNA 5CAUA 4FC0A 2V55A 3WZUA 3FZSA 4BCNA 3H9RA 3PZHA 1PXLA 5KMMA 3PVWA 3Q32A 1E1VA 4KNBA 3NYOA 4PTGA 3R8ZA 3HMPA 3MH2A 3E7VA 3MSSA 4GYIA 4DG0E 3FLZA 5E7RA 1SNUA 3LFQA 2CNUA 5BMSA 4I1ZA 3UIMA 3VUMA 4CYIA 4Z3VA 1GZNA 3ZRLA 1J7IA 4I6QA 4BDEA 2QO2A 2UZOA 4M15A 2YZLA 4O96A 2F57A 3PWDA 2R0IA 4D0WA 4O82A 4Y8DA 3FZPA 4F0IA 3CC6A 3MBLA 2R5TA 4FIJA 4LRJA 5JN2A 1OBGA 2QONA 4IACA 4AWIA 4C33A 2Z02A 5CZIA 1FPUA 2UVXA 3U8WA 5EI8A 4KS7A 3RTPA 2XH5A 4BCQA 2YJSA 4A7CA 3FC2A 3PY3A 3OT8A 3H9OA 1XBAA 4FTAA 4BF2A 4EH9A 3VIDA 2XA4A 4Y72A 4RSSA 2PVMA 2XNMA 3AD5A 3FDNA 3PA3A 3L9PA 4IFGA 5BVEA 1J3HA 3I1AA 3V01A 4ASZA 2A27A 4G9CA 3UOLA 4MQ1A 1YHVA 5ANGA 3K5UA 4XH6A 4J99A 2FSTX 4G3FA 3ZZWA 4O91A 2BUJA 1FVTA 3C4WA 2W9ZB 5IDNA 2ETMA 2HOGA 3SA0A 2GQRA 4BDFA 3PLAE 4AZFA 2V7OA 5IQBA 3NAYA 4FV2A 4QPAA 2YLFA 2VTHA 4ANLA 3C0GA 4H05A 3L8XA 3TL8A 3DK6A 4QTAA 1OL2A 3MDYA 4ZZMA 4EKLA 4FSWA 1LEWA 5FDPA 2X1NA 3LQ8A 2RGPA 3KK8A 3PG1A 2Y8OA 3DS6A 5D7AA 4RIWB 5HU3A 4UMQA 4E7WA 4KSQA 3DFAA 3H3CA 3LCTA 2NO3A 3QCYA 2C6OA 4C3FA 4CKRA 4XP2A 5DHJA 4YJOA 5CU0A 1M2RA 5IA2A 2WU6A 1SM2A 3V3VA 2ETRA 1QCFA 4TTHB 4YC3A 3LCDA 4C7TA 4QYHA 5FM3A 5FTQA 4FV8A 4L45A 4FUYA 3A8WA 3BCEA 3FSFA 3QQGA 4AFEA 4I0TA 3E64A 1H28A 2R2PA 4L9IA 3GU8A 5K5XA 4NU1A 4CCBA 4FODA 4L43A 2WEVA 3UNJA 4L68A 4K9YA 3PP1A 5CNOA 3QCQA 5DYJA 3IOPA 1F0QA 3DBDA 3RPYA 3QA8A 5AUWA 4EZ3A 4OT6A 5EI6A 4O7WA 3MV5A 3QQHA 4M7IA 5C1QB 2PVRA 3E93A 4FZAB 4GVAA 4R7IA 1K3AA 2C6IA 4EH6A 3G6GA 2PHKA 5AP3A 1OZ1A 3R7YA 3PPJA 3WZKA 3R2BA 4EZ7A 2B9JA 1ZAOA 2WMQA 3ZONA 3FEGA 4M84A 4HW7A 4EH8A 3IDCA 3KKVA 4C8BA 3PY1A 4QP7A 5ETIA 2F49A 4GFMA 4E73A 4F64A 4NFNA 2C3KA 4K0YA 4LV8A 4AZTA 3IK3A 2GFSA 3KXXA 1OKWA 5GJGA 3UVRA 4O22A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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