1XH4 | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	337
structure length	334
Chain Sequence	SVKEFLAKAKEDFLKKWENPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHMETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFSEF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__391428429798231__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__391428429798231__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1XH4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__391428429798231__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"391428429798231","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1XH4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__391428429798231__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Design and crystal structures of protein kinase B-selective inhibitors in complex with protein kinase A and mutants pubmed doi rcsb
molecule keywords	cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Bos taurus
total genus	105
structure length	334
sequence length	337
ec nomenclature	ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date	2004-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	1xh4A01
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	1xh4A02

2X8EA 3TJCA 4QTEA 1OL1A 4FT9A 3A7FA 4BRXA 2E9UA 4OBQA 5HE0A 2BAJA 3IQ7A 4FKVA 2XF0A 3SW4A 4IVDA 2W1IA 4FTAA 5HEZA 2WNTA 3B2WA 3FMKA 4IFCA 5JGAA 3PP0A 3MIYA 4UMQA 5ETFA 4ZZMA 4RFZA 4RFYA 5KKRB 1ZYDA 5HCXA 1OIQA 5E4HA 3P79A 3V8TA 5JFSA 4RMZA 4PPAA 5CYIA 5IDPA 5I4NA 4FV9A 4X2NA 1OB3A 2QOHA 4U97A 1U54B 3C9WA 1FVRA 4FE2A 3Q32A 5JH6A 4QQCA 1YHSA 2VTIA 2ZOQA 4BYJA 4EEVA 3VS1A 1JSTA 4AT3A 5D12A 4NL0A 2OKRA 1K2PA 2J90A 1Y91A 3ROYA 1YDSE 3MW1A 5CU6A 5BNJA 3DKOA 1HCLA 4CV9A 3W2QA 2QLUA 3UOKA 1LPUA 4XCUA 3UZTA 3QUPA 4Q9SA 2PZ5A 3HV6A 3MA3A 4U0IA 4DEIA 1MUOA 3IGGA 3RCDA 5JN2A 5CLPA 4LGDA 2ZM3A 2G15A 4TYJA 1G8AA 3FLWA 4HZSA 3GENA 4K18A 1J7UA 2OZAA 4IM2A 5L8JA 2JKOA 2QOIA 3DJ6A 3QKMA 2WFYA 3NAXA 4FYOA 1KE8A 4QTCA 1OVEA 4OTFA 3E88A 3MY5A 3OWJA 4PDSA 4LUDA 3JXWA 5HLPA 3VBWA 5HO7A 2XNBA 2Q0BA 5HG5A 4O22A 1M7NA 5C4LA 4J8NA 1PYEA 3DXQA 3L8VA 3QRTA 5GZ8A 2R3QA 3NR9A 4CNHA 1FINA 4NH1A 4D9TA 4OBPA 3QQLA 2OZOA 3IW7A 3C0HA 4AN9A 3LLTA 4FNXA 4N6ZA 4QMXA 3JPVA 4FNYA 4AW1A 4EOLA 2CHLA 2R3RA 4FEXA 4GJ3A 2F57A 4O0WA 4IH8A 2WQNA 4DH8A 4JX7A 5TKDA 3KULA 2BFYA 3E62A 2W1EA 5CVHA 5B2KA 4QMWA 4EQUA 2OF4A 4X2FA 5IISA 5TOZA 4XV3A 2WOTA 2JGZA 3CY2A 5A4CA 4ASEA 5M57A 3KY2A 2BDFA 3SOAA 2WEIA 3PY3A 5EQEA 5BPYA 3FHRA 3EZRA 4EC8A 3EYGA 5C4KA 4QPMA 3FKOA 5HU3A 3UZPA 4BTKA 3QC9A 4OAVB 5LMKA 3BHTA 3G2FA 5EW9A 3FMDA 4MQ1A 4ZTSA 2JD5A 2R3IA 1KE5A 4ANBA 3BGPA 2R3OA 3HV4A 3W1FA 3A7IA 4GKHA 2JBOA 4FKJA 4UZDA 4A9YA 5J5TA 4PTCA 1PXLA 3HL7A 1VYWA 4TT7A 2UW4A 4JQEA 3DKGA 2ZYBA 2WIPA 4YZBA 5HX6A 4FTOA 3PPJA 2W1FA 2YWVA 3BWFA 5DPVA 5AUTA 3U4WA 2LGCA 4DH7A 4DG2E 3FYJX 4I4FA 5IF1A 4USDA 3ZDUA 2VD5A 3BU3A 3P1AA 2WXVA 3COHA 3TUCA 4DGMA 2QURA 3QZIA 3ZONA 4O82A 2HW7A 3LXKA 3Q53A 3MJ1A 5EI2A 5IG1A 1JSVA 3GP0A 3ZSHA 4NKAA 3Q6UA 3CKXA 3C4ZA 2QG7A 4YBJA 1FGKA 5KMMA 2V5QA 3BPRA 5CEOA 3IK3A 3VRYA 3H0ZA 1WAKA 2CLXA 4II5A 5HD7A 3QXOA 4B4LA 3L9PA 4IX5A 2FVDA 4IX4A 4ZIMA 4W8DA 1SVEA 4LOOA 1XKKA 3OHTA 3QTXA 5JFWA 1KE9A 3WE4A 3KL8A 1CKJA 1UU8A 2CSNA 3IW5A 3R1QA 5TE0A 1UVRA 2OSCA 3BU6A 3DQWA 2OJFE 5AIKA 2GNLA 2AYPA 2O3PA 3UVPA 5E8SA 5EYDA 4QYYA 5A46A 1ZOEA 2X2LA 1J1BA 2CNQA 2QOCA 2YIWA 2X0GA 2IW9A 3UO6A 2BIKB 2NO3A 3NW7A 4JG6A 1K3AA 3MI9A 4YGAA 3KN5A 2V7OA 4LUEA 4EH9A 2J5EA 3ZSIA 4FV4A 4KINA 3MWUA 3DXNA 4EOPA 2VU3A 4JVGA 1YDTE 2C5VA 3TCPA 3UGCA 4BDIA 1SZMA 2EXEA 3AMYA 3NGAA 4C3RA 5KX8A 2A1AB 3UDBA 4BCGA 3GCSA 4RJ3A 5A4LA 3E5AA 3MY0A 4FKOA 2ZV9A 4XOYA 4C58A 4D0XA 4MVFA 3N4TA 4TTHB 5BVNA 3NX8A 4G1WA 5ETAA 5DR2A 4F6WA 3VBTA 1OKYA 1FBNA 3PXZA 3ZRLA 4ERWA 3Q5ZA 1PXIA 2JKMA 3D83A 3R7VA 4L43A 4ZY5A 1BI8A 4JLCA 4F6UA 2UW5A 3FZ1A 1WBSA 3WOWA 4C57A 2QQ7A 5TT7A 4IW0A 1KUTA 3SXFA 5F95A 2YJRA 4PP7A 2CKEA 2YAKA 4FMQA 4RPVA 4U81A 3UQGA 2QODA 2GPHA 3HGKA 4EH4A 2AC5A 3Q9YA 2VTLA 3OC1A 5DBXA 2RL5A 3OTUA 3PSDA 3QCQA 4IDVA 1Y8YA 5G6VA 3RAHA 2PUIA 3OFMA 5DRBA 4OR5A 3IS5A 4F7SA 4NIFA 2X8IA 3POOA 2I0HA 4M13A 4M84A 4QP3A 3RPVA 3ZOSA 3OT8A 4I5CA 5HBHA 4OLIA 4E6CA 5FBOA 1PXPA 4MX9A 4ZLZA 4BY9E 5E92A 5EFQA 4IB5A 4FTMA 3NNUA 4Q5HA 4IB3A 2ZMCA 2IZRA 1H25A 4PL3A 3HRCA 2HW6A 3PVUA 1GJOA 2XRWA 4OTWA 2Y4IB 1YWRA 3Q4CA 5FG8A 5IA5A 4AS0A 2YDJA 1O6YA 4PUZA 5M08A 2O64A 3R7EA 4AG8A 2J7TA 3BGQA 4WG5A 4HNFA 4DTAA 4FT5A 2QNJA 5FP6A 1DM2A 1WBTA 1M2QA 2ITUA 4FVQA 5CU4A 1OZ1A 1S9IA 2BROA 1JLUE 2XEYA 2J51A 2XK9A 4I6QA 4BGQA 1T45A 5TF9A 2XK8A 5LVOA 4TW9A 4L3PA 4O7VA 3GC8A 1YXUA 4KIPA 1VR2A 4LG4A 5IUHA 4ANLA 3U6JA 5CEIA 2C5OA 4V01A 5IEXA 1V0OA 3R8MA 4WNPA 2QHMA 4LGHA 5JQ8A 4FVPA 5HG9A 4RX7A 1XH5A 1GIIA 2IPXA 5M07A 4MQ2A 2R3LA 2C3IB 3OF0A 5EYKA 4Y72A 3ENMA 1OBDA 2XVDA 5AMNA 4XV9A 2YWPA 4AUAA 1WBVA 5KZ0A 3TACA 5A9UA 4KBKA 4IB0A 1E1XA 1VJYA 1ZMUA 4TZRA 4G31A 5M55A 4FTLA 4Z3VA 4PP9A 4MWHA 3ITZA 4FSTA 3P7CA 4EK6A 3HRBA 4AW0A 2C0IA 3TKHA 5HG7A 3NYXA 4HYIA 5L8KA 4MXXA 4YNEA 4G5PA 3ACJA 3C5UA 4AZVA 3BZ3A 3OOGA 4L00A 2C30A 4DN5A 2QKRA 4CKJA 3CD3A 3MSSA 3FZPA 4O91A 4AW5A 1BL7A 5E8WA 5KCVA 3QTRA 4BN1A 4I0RA 2X4FA 5IQIA 5L6WL 2OFVA 1H28A 3MS9A 3I79A 4UMPA 3HDNA 3IO7A 4GK4A 3DK6A 2QI8A 4IM0A 5J8IA 5JRSA 1BLXA 4OTRA 4MXZA 2Y8OA 2Z7RA 4DYMA 4L6QA 4HOKA 2BZHB 2GDOA 4D2TA 4RA4A 4IE9A 4QMOA 5DEWA 4CFVA 5I9WA 4AWIA 2J50A 3F3WA 4FUXA 1W83A 5H8GA 5K0XA 2GHLA 4XP3A 2RSVA 4DT9A 4BBMA 1ZY5A 3H30A 4CLJA 5L2SA 3LMIA 3QQJA 4V0GA 2JDSA 4BCIA 5KMIA 4JRNA 2P0CA 1Q97A 2JIVA 2P4IA 2A19B 4FV5A 1BMKA 4GFOA 4IDTA 4LV5A 1Y6AA 5IQCA 2O8YA 4QTAA 4CFMA 1JAMA 4YJQA 3L9LA 3AC5A 3FPQA 4ARKA 5AAGA 3V5PA 1FVTA 4E6QA 2CGXA 4RX8A 4XBRA 4YHJA 5A4EA 4C4IA 4R77A 1OIYA 5IA4A 4IB1A 3R22A 2I7QA 4B6LA 3RNYA 3RCJA 3DK7A 3I60A 5J7HA 4IXPA 3KXMA 2CKPA 4J95A 2C3JA 4XG2A 1OKVA 5BQ0A 5IZFA 4NW5A 3PIYA 4PL5A 4TWOA 1H07A 4WBBB 3OCBA 3GQLA 3C4WA 2QU6A 4FV7A 3W55A 2O5KA 4CMOA 3MYGA 4ZLYA 3LMGA 3EFKA 3FXXA 3LE6A 4QPAA 3DTCA 4RC2A 3P9JA 3SQQA 3WF9A 4CXAA 4ZJIA 4BHNA 3UNKA 5FEDA 2BRMA 2G1TA 4ITIA 2G9XA 1CDKA 4MNEA 2VNWA 3KN6A 4JQ8A 4EH7A 4EJ7A 3R1SA 4G6LA 2P2IA 2GHMA 2ZDUA 4R7HA 1IR3A 1O6LA 4FSUA 2WMUA 4E1ZA 2C3KA 4UEUA 3D0EA 3TG1A 2XK7A 2W0JA 1RDQE 4XV2A 4B9DA 1FQ1B 2OXDA 3DS6A 3F61A 5AM6A 2CMWA 4NKSA 3V3VA 4B8MA 4XMOA 4K11A 4O6LA 5CSVA 3C51A 4BZOA 3IOKA 2XCKA 1M14A 3RPOA 5IH5A 3QA0A 4YC6A 4N70A 3K3JA 1PXOA 2RKUA 3QXPA 3A8XA 4I94A 5J9LA 3R8LA 3ZO2A 5G1XA 3LW0A 5CSPA 3VAPA 5AUYA 3BGZA 5AR3A 3CLYA 3SKCA 3QTQA 2PVMA 2H8HA 2VTPA 2WTVA 3R8PA 2Z2WA 2UZNA 4DFZE 3KA0A 3FL4A 5DE2A 5CALA 4JDIA 4AZTA 3ZH8A 2HELA 5BVKA 1IA8A 4L67A 3UYTA 3PTGA 3R7GA 3O7LB 4I1ZA 4EH5A 4XEYA 3E93A 2Y0AA 2XNPA 3EH9A 3VRZA 3EYHA 1W7HA 4P7EA 3QUDA 4IX6A 3I5NA 3F88A 4O7WA 5CASA 3VS6A 3S00A 4O0TA 3ORMA 1PMVA 4XG6A 3MPTA 4XUFA 4I5MA 5I3OA 5ANJA 4I23A 2W1GA 4X3FA 4EBVA 2WPAA 3VHEA 3CJGA 4CMTA 1IRKA 2UZLA 3WARA 2BILB 4DITA 2JDRA 5CU3A 2HWOA 5BYYA 3NUPA 2VTHA 1ZZLA 2IVUA 1OL7A 3E64A 4IVAA 2EWAA 1M52A 2BAQA 4QRCA 4WNMA 4E3CA 5ITAA 3FHIA 2O2UA 3VUMA 5A6NA 1HOWA 3QFVA 4KAOA 3WYXA 1UNLA 3S1HA 2ITOA 4QMMA 4HVDA 3FZOA 3G51A 4RRVA 5DIAA 3UP2A 3THBA 2R3GA 4D1ZA 4GS6A 5DR9A 3FBVA 1IA9A 2UW9A 5LMBA 1WVWA 4CFWA 4WKQA 4BKZA 2BZJA 4OTQA 3ZO3A 5FXQA 2VGOA 3H4JA 2BKKA 3MFTA 4CZYB 4G2FA 1P2AA 4JRVA 3T8OA 3ZM4A 3NIEA 4FTJA 3BELA 3D7TA 5J9ZA 4C4GA 3EQHA 1Y6BA 2V7AA 4IM3A 3BHYA 2X39A 3F5PA 2W9ZB 1ZMVA 4DGOA 5ICPA 4DBXA 2P55A 4QP9A 2QONA 1DAYA 2VTNA 3PZHA 4TKSA 4ZK5A 4D2RA 4UXQA 4RIYB 2ZAZA 5EW3A 4O0RA 3EQCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2X8E A;  3TJC A;  4QTE A;  1OL1 A;  4FT9 A;  3A7F A;  4BRX A;  2E9U A;  4OBQ A;  5HE0 A;  2BAJ A;  3IQ7 A;  4FKV A;  2XF0 A;  3SW4 A;  4IVD A;  2W1I A;  4FTA A;  5HEZ A;  2WNT A;  3B2W A;  3FMK A;  4IFC A;  5JGA A;  3PP0 A;  3MIY A;  4UMQ A;  5ETF A;  4ZZM A;  4RFZ A;  4RFY A;  5KKR B;  1ZYD A;  5HCX A;  3P5J C;  1OIQ A;  5E4H A;  3P79 A;  3V8T A;  5JFS A;  4RMZ A;  4PPA A;  5CYI A;  5IDP A;  5I4N A;  4FV9 A;  4X2N A;  1OB3 A;  2QOH A;  4U97 A;  1U54 B;  3C9W A;  1FVR A;  4FE2 A;  3Q32 A;  5JH6 A;  4QQC A;  1YHS A;  2VTI A;  2ZOQ A;  4BYJ A;  4EEV A;  1TFF A;  3VS1 A;  1JST A;  4AT3 A;  5D12 A;  4NL0 A;  2OKR A;  1K2P A;  2J90 A;  1Y91 A;  3ROY A;  1YDS E;  3MW1 A;  5CU6 A;  5BNJ A;  3DKO A;  1HCL A;  4CV9 A;  3W2Q A;  2QLU A;  3UOK A;  1LPU A;  4XCU A;  3UZT A;  3QUP A;  4Q9S A;  2PZ5 A;  3HV6 A;  3MA3 A;  4U0I A;  4DEI A;  1MUO A;  3IGG A;  3RCD A;  5JN2 A;  5CLP A;  4LGD A;  2ZM3 A;  2G15 A;  4TYJ A;  1G8A A;  3FLW A;  4HZS A;  3GEN A;  4K18 A;  1J7U A;  2OZA A;  4IM2 A;  5L8J A;  2JKO A; 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1XH4A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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