1Y8YA

Crystal structure of human cdk2 complexed with a pyrazolo[1,5-a]pyrimidine inhibitor
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
298
structure length
292
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-guided design of pyrazolo[1,5-a]pyrimidines as inhibitors of human cyclin-dependent kinase 2.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cell division protein kinase 2
total genus 79
structure length 292
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2004-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1y8yA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1y8yA01
3HRBA 3P9JA 3SW4A 2VV9A 2HIWA 2E9UA 3BHUA 3FI4A 5LWMA 2QURA 2RKUA 4E6AA 1R0PA 2W1DA 4OTIA 1GJOA 2Z7RA 3UP7A 4WBOA 2OZAA 1F0QA 4AGCA 5K3YA 2WQBA 4EOIA 4OW8A 4AACA 4F65A 3NUUA 3DS6A 4QO9A 4S33A 5AAGA 4EH3A 3HUCA 4S30A 1KOAA 4QPSA 1I44A 4G3FA 2ZMDA 2WTJA 3BYVA 4BIDA 4HVHA 4FKJA 4QMTA 5CF6A 2BUJA 4IWDA 3CEKA 2VUWA 4AA5A 1OBDA 3V6SA 3HV6A 2C3LA 5KMLA 3BYOA 3PE1A 4G3GA 2WHBA 4IDVA 4GT4A 4D4YA 4E5BA 4B0GA 1VZOA 1L8TA 1CDKA 3R2BA 4RJ7A 1RQQA 1ZMUA 5A6NA 3FY0A 3R30A 4UBAA 3EN5A 2CKQA 3TV7A 2WMRA 3QBNA 3R7UA 4FKPA 3TZ9A 3FLNC 3R0TA 1PXIA 3HGKA 3BBTB 3F3TA 2VTSA 1BI8A 4CFVA 2PUPA 1KV1A 4YBKA 2XIXA 4NFMA 4QYFA 4CCBA 5HE2A 3QTSA 5L6PA 3E3BX 4M97A 5CSVA 1J7LA 3LXLA 4FNZA 4IE9A 4BVUA 2GHMA 3LLAA 3R1QA 1IASA 2B9IA 4IFGA 4PQNA 3WYYA 3II5A 3UOJA 4B9DA 3OVVA 4DH5A 3VW6A 2GFCA 1ZYSA 5DNRA 5LARA 4AT4A 2F7ZE 3D0EA 4BZOA 4FL1A 4QQJA 4R7HA 2ZM4A 4X3JA 2CGUA 3ZC6A 3HAVA 4FC0A 4BCFA 3LZBA 3I79A 4H1MA 3FZPA 4A07A 2QONA 3PWDA 4RWLA 5BYZA 2BHHA 5K0KA 4C4JA 4Y83A 3FQHA 4AW2A 3NW5A 3OOMA 4EQMA 2WMXA 2C5XA 3PFQA 4ARKA 2PVLA 5AIKA 5J95A 5FLFA 4EK3A 5HQ0A 4DG2E 4FK6A 4DFYA 4WT6A 3BEAA 4HGEA 5EM6A 4JJRA 3MJ1A 1W82A 3NYNA 2DQ7X 4M0YA 5JKGA 1OECA 4X21A 3O51A 4GKIA 3LQ5A 4NW6A 3E8NA 4BB4A 4JQ7A 2R7BA 3G51A 3NAYA 3QCQA 3BHHA 2PVFA 3BYSA 4TWPA 3TWJA 4CFUA 4O7TA 3GOPA 3R7OA 4O6LA 4G5JA 2X1NA 1V0BA 3F3VA 3RM7A 1M7NA 3DOGA 4FR4A 4QMWA 4GG7A 3COIA 4OTQA 2F57A 3FLQA 3ZM9A 4K8AA 2YDKA 5ETCA 4KBAA 4DTAA 1WAKA 2HY0A 3OCTA 2XS0A 3SX9A 5L4QA 4XP3A 1PXKA 3SLSA 3KXGA 2OGVA 4V04A 1CTPE 3VULA 4E7WA 1ZARA 1URWA 3BV3A 4PPBA 2JKMA 5M56A 5GZ9A 5FUTA 4O82A 3W32A 4MH7A 4YC8A 3MYGA 4LV5A 5HG8A 4RC2A 3VBYA 3RM6A 2UW6A 3ZXZA 3E8DA 3LCOA 5EOLA 3QRTA 4EZ3A 2C69A 3L8PA 3L9NA 1SMHA 2GNGA 2EUFB 2OJIA 2VO0A 5BQ0A 2XIYA 4HNFA 4EK4A 2WOUA 2IW9A 3A4PA 4FKRA 3R9NA 4EONA 2BR1A 2BZIB 2F4JA 3FKLA 3TUCA 5J9ZA 5JZNA 3TJCA 4EUUA 4F7LA 3AC2A 3TIYA 3W55A 4AP7A 2JGZA 2C6MA 4AZSA 2BKKA 2LAVA 3OS3A 5HVKA 4CD0A 2HZNA 3BV2A 4UMQA 2OF2A 3GC9A 5D12A 4ALVA 1W0XC 1ZZLA 5IU2A 2J4ZA 4GV1A 5LMAA 2YACA 5HICA 3ZONA 3OY1A 5CF5A 4AS0A 1Q62A 4UV0A 4IZAA 5G1XA 3OTVA 4DYMA 2X7OA 3RPVA 4QMOA 1FGKA 3L9PA 4YTFA 4IMYA 1H00A 5F1ZA 4CV8A 3AC4A 3SDJA 3VAPA 4O96A 1JWHA 4D9TA 5DG5A 2E2BA 5LMBA 3DK6A 3IW4A 4CEGA 4BI1A 2E9VA 2UVZA 2GNLA 4JX7A 5I9VA 2QG5A 3FWQA 1ZYJA 1JSTA 5JN2A 2X7FA 2P0CA 2C0IA 5E8XA 3PP1A 5K9IA 2CGVA 5HNGA 3GU7A 3RNIA 2W4JA 3KF4A 4G3EA 3A99A 4HCTA 3QGWA 4NT4A 5HCYA 5M51A 4DEEA 4YNEA 3S3IA 3IO7A 4Y85A 2E9PA 4CZUA 3B8RA 4F9WA 3H9FA 3BKBA 3RP9A 4KSPA 1IEPA 4A4LA 1Y8YA 5FP5A 3TV6A 4PF4A 5TKDA 4L7SA 1VR2A 2QOHA 3VUMA 4R3CA 5FTQA 5GIOE 4WSYA 4QNYA 5BUEA 2A4LA 4RZWA 5AP6A 5BUIA 4BRXA 4KS7A 4RQVA 4ANBA 3KVWA 4BI2A 2GHLA 2ITXA 4MNFA 2PY3A 4A9YA 3GC7A 5LVLA 1QPCA 3SOAA 3QRIA 4KUJA 4FTRA 4XYFA 5IDPA 5LWNA 5KKRC 4FEWA 4GFMA 3OROA 1DAYA 5DA3A 1ZY5A 3QLFA 3EQPA 4GS6A 3V8SA 4IACA 3TM0A 3JUHA 2J5FA 5KO1A 4ID7A 1NVQA 3HDMA 2LGCA 2XNMA 2VTOA 2QHNA 4KKHA 2R0UA 5CXZA 3JR1A 4GMYA 1ZMWA 2X6EA 3GUBA 4O91A 2OSCA 4U7ZA 3RNYA 2UVYA 5L3AA 1UVRA 1REKA 3RVGA 3ATSA 4AZWA 4Q9ZA 3OXIA 4D4VA 2Q0NA 5I9XA 3A62A 3FMDA 3MIYA 4G9RA 4FBXA 5ETAA 4IVCA 4JG8A 4O7ZA 3TNQB 1KSWA 2C6DA 4QPMA 5LVPA 4AGWA 3ACJA 5EFQA 4CTCA 3LJ2A 4XG3A 1UWJA 1PMEA 4YZBA 4FF8A 5C01A 3RALA 2R3QA 3UYTA 5EKOA 3BIZA 3DB8A 3PVWA 5E1EA 2BHEA 5E7RA 5DFPA 3WE8A 3R8UA 3WYXA 4HVGA 5IA4A 3FZOA 4OBOA 3P0MA 1UNHA 4OBQA 3GU5A 4AZVA 2X8EA 3RPYA 5CT0A 2I40A 3ORIA 3QHRA 4MX9A 4MQ2A 4LG4A 1T45A 2R3KA 4DFLA 3FXZA 4FV8A 1X8BA 2P4IA 3MPTA 4IXPA 5D11A 5CXHA 4I23A 5E1SA 4BDCA 3IOKA 2BDFA 2BMCA 1E1XA 2R7IA 3EN7A 4MXZA 4ZJJA 3PDTA 4RJ3A 1OKYA 5CU3A 4C4FA 3DAJA 4USDA 3TN8A 1Q8UA 5H8GA 4EYJA 1H1RA 3KULB 3QRUA 3NCGA 5CAPA 4KKEA 5I5ZA 4M13A 5AADA 4QMQA 3R7VA 3S0OA 5DT4A 4TL0A 2ZDTA 2VTMA 1Q8ZA 2PMOX 5L8LA 3CS9A 5I3RA 3MB7A 3W2SA 3SRVA 2G2IA 3EIDA 4I93A 4NK9A 1HCLA 3QFVA 5GJGA 2PZRA 4YSJA 3E8EA 3I4BA 1WVWA 3K3IA 4BWKA 3ZLXA 4CV9A 2VNWA 5JFSA 3ZZEA 3C4EA 3CC6A 2RFEA 4MKCA 3ZUUA 2Y8OA 4D4RA 4U6RA 3OZ6A 2VRXA 4OTGA 5EW9A 2G2FA 3E88A 1OZ1A 5EH0A 2JIUA 2O2UA 3PXYA 2PVHA 3TNWA 1ND4A 1KE9A 3U4WA 3WBLA 5HGIA 5GNKA 5EM8A 5CI7A 2H8HA 3EQDA 3DLZA 4BN1A 5J8IA 1RE8A 3VWAA 3VC4A 4IAYA 2GHGA 4H3PA 4LV8A 5EYMA 3U8WA 3F66A 4QTEA 3QALE 4LUEA 2ITVA 4OR5A 5EHYA 2C6TA 2G01A 3R2YA 4TYJA 3E87A 5AP5A 4IVAA 5EYKA 5BVFA 4RVLA 2NRUA 4MNEB 3UQGA 4CVAA 4EI4A 3LFBA 4MYGA 4X2JA 1WZYA 3ERKA 4H3QA 3FQEA 4RFYA 5FTOA 4M69A 3D14A 3D5VA 2WPAA 3UTOA 1CKJA 2AC3A 2RFNA 1H1SA 3FJQE 3DPKA 3KN5A 1LUFA 1G5SA 2J9MA 3UG2A 3UVPA 2HWPA 2C3JA 3ALNA 2CSNA 4O86A 4TTHB 3SC1A 1GZKA 1H26A 3OT3A 2G15A 3ETAA 1DS5A 4USFA 2NNWB 1H1WA 3RCJA 2UW4A 2X7GA 1ZZ2A 2VTQA 5DRBA 4FZ7A 4X6QC 2VZ6A 2CKEA 4GIIA 4NKSA 5HNIX 5K4JA 4O7RA 2J6MA 3CQUA 4XRLA 5H8EA 3ZM4A 4W8EA 3DQWA 1U5QA 3A7GA 1P4FA 1OKWA 2PZPA 1PYXA 4M0ZA 5AUWA 4L3LA 4KBKA 2R3PA 3RKBA 3PA5A 4RX7A 2PL0A 5L2QA 2GTNA 3NRMA 2UW5A 4TW9A 3KKVA 3HV5A 3WIGA 4KRCA 2QC6A 3DGKA 3PPZA 4N0SA 4I6FA 4ZS0A 3OEFX 4F99A 1XH6A 3MFTA 3ZRKA 2XYNA 1H1QA 4I21A 4K2RA 3QQKA 2PE1A 3G5DA 5CSHA 2HYYA 2XM8A 5IEYA 3IONA 3LJ0A 3R7YA 5ANDA 3V04A 3JVRA 4BDFA 3AMYA 3QCYA 3EB0A 5FRIA 2DS1A 3CTQA 3DZOA 3JS2A 4QP6A 3W2OA 2QODA 4CFFA 4AGUA 2XCKA 2UZOA 4WRGA 2Q0BA 4D0WA 4QYYA 1GIJA 2OH4A 2BRGA 4LOPA 4YHFA 1DM2A 3EH9A 4EK5A 3A7HA 4RRVA 4YO6A 4ZTQA 4KIOA 4AT5A 1BYGA 2BAJA 4OLIA 3FLWA 2I1MA 3KCFA 4AFEA 2GFSA 2R3GA 3BGZA 4UY9A 3Q52A 3CR0A 1CKPA 5HIDA 4CTBA 4TYHB 5BNJA 4XBUA 2UZEA 5FXQA 5L2WA 4G16A 3Q32A 4FTCA 4YC3A 5A3XA 4FSYA 4G1WA 3LFFA 4XJ0A 2PTKA 4WG3A 5JFXA 3R28A 4HYSA 4YSMA 3REPA 2YJSA 5CASA 4YZNA 4FSNA 5FEEA 4PP7A 4BHZA 3FZRA 2WQOA 3ORLA 4AXAA 2XKFA 1JLUE 3CCNA 5AUTA 1JSVA 2CLQA 1WCCA 2JKQA 3JYAA 4FOBA 5HVYA 3TNHA 3PY0A 2ERKA 3RHXA 2W05A 3P08A 1BI7A 1YDRE 4I22A 3UMWA 3RJCA 4EZ5A 2PE0A 4O7YA 4FZAB 3LIJA 2VTTA 2YCQA 3R9OA 4IZYA 4O0RA 4F6UA 4CZYB 2J0MB 2JDRA 4PDSA 1L3RE 3KXNA 4MBIA 4P7EA 3Q60A 3R7IA 4EH4A 4ZAUA 4ZLYA 3K5UA 1UA2A 3WARA 4PV0A 5AP2A 3ZFYA 4BBEA 3QL8A 4C02A 4CFWA 5J87A 2QU6A 4EOLA 4FT9A 3IG7A 3G0FA 4QP1A 3DJ7A 4Q5HA 4Y72A 5IQAA 3DKGA 3MFSA 4DEBA 4E4MA 4NIFB 4NWMA 4DGGA 1ZOGA 4UX9A 4FICA 4L53A 2CMWA 3WE4A 5JRQA 3U6JA 4U42A 1OPLA 4YURA 3L8SA 2HENA 3VF8A 3BI6A 5HU3A 4UYAA 3RWPA 4C4IA 4R6VA 5A4LA 3P7CA 4LMNA 3ZXTA 4BCQA 4ZJVA 4X0MA 3D83A 3ZHPC 3ULIA 2NRYA 2XK4A 5AIRA 4TWOA 5I4NA 2QCSA 2OH0E 4PDOA 4MD7E 4BL1A 4I5HA 2IG7A 4GYIA 4PL5A 1M14A 3PPKA 2GS6A 4L7FA 3FMNA 3KRXA 5BMSA 1GOLA 4WOVA 2P2HA 2VWYA 5KE0A 4UWCA 1OL5A 1GNGA 3SG9A 3UOKA 1RW8A 3NUNA 3TXOA 5CYIA 1G8SA 3MA3A 4M68A 2R64A 2PUIA 4JX3A 3AC8A 1Z5MA 3P4KA 4O0VA 5AV3A 5GZ8A 5KBQA 1URCA 4WNMA 4XV9A 4X7QA 3RK9A 1ZOHA 4ACDA 3MH3A 5KNJA 2PVRA 3W2RA 3NNUA 1U46A 3QQGA 3ODZX 4R3RA 3VN9A 2VX3A 4IEBA 4I41A 5BVKA 5KKRB 2VNYA 4FV6A 5EQPA 3HKOA 5E4HA 2HW6A 3AD6A 3DKOA 4J96A 4J99A 4PUZA 3NNVA 3NSZA 4U45A 4Y46A 5BX0A 4N70A 4RIWA 1Q8TA 3SKCA 5GHVA 4NW5A 3EKKA 1LPUA 3MDYA 1OPJA 4FZDB 4YPDA 5C27A 3V8WA 1XQZA 3GFWA 5IA0A 2XNNA 1GZNA 3HP2A 2PU8A 1ZYCA 3Q9XA 4WNOA 5GJDA 4ZTNA 4G2FA 4AUAA 2QU5A 4B99A 5KX8A 1FMKA 2WQEA 2W1FA 3V5LA 2ZVAA 3R22A 2QOLA 3QD4A 4BTKA 4C36A 1GIIA 5CY3A 2VX0A 3PIZA 5HE3A 4BZDA 5HX6A 2OU7A 3H30A 4L67A 2OFVA 3FKOA 2W4OA 3NUXA 4UZHA 5EG3A 5EM7A 3VIDA 4ZLZA 3TG1A 5I0BA 5AR4A 4EBVA 1A48A 4I0TA 4QP3A 2ZV2A 1PXPA 3LQ8A 5AR7A 3FZ1A 3MH0A 4KBCA 3MGYA 1OIYA 3SD0A 4J71A 4L01A 2QLQA 3OWLA 2ZMCA 2RIOA 4FVQA 2P3GX 3PWYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HRB A;  3P9J A;  3SW4 A;  2VV9 A;  4DHJ A;  2HIW A;  2E9U A;  3BHU A;  3FI4 A;  5LWM A;  2QUR A;  2RKU A;  4E6A A;  1R0P A;  2IEW A;  2W1D A;  4OTI A;  1GJO A;  2Z7R A;  3UP7 A;  4WBO A;  2OZA A;  1F0Q A;  4AGC A;  5K3Y A;  2WQB A;  4EOI A;  4OW8 A;  4AAC A;  4F65 A;  3NUU A;  3DS6 A;  4QO9 A;  4S33 A;  5AAG A;  4EH3 A;  3HUC A;  4S30 A;  1KOA A;  4QPS A;  1I44 A;  4G3F A;  2ZMD A;  2WTJ A;  3BYV A;  4BID A;  4HVH A;  4FKJ A;  4QMT A;  5CF6 A;  2BUJ A;  4IWD A;  3CEK A;  2VUW A;  4AA5 A;  1OBD A;  3V6S A;  3HV6 A;  2C3L A;  5KML A;  3BYO A;  3PE1 A;  4G3G A;  2WHB A;  4IDV A;  4GT4 A;  4D4Y A;  4E5B A;  4B0G A;  1VZO A;  1L8T A;  1CDK A;  3R2B A;  4RJ7 A;  1RQQ A;  1ZMU A;  5A6N A;  3FY0 A;  3R30 A;  4UBA A;  3EN5 A;  2CKQ A;  3TV7 A;  2WMR A;  3QBN A;  3R7U A;  4FKP A;  3TZ9 A;  3FLN C;  3R0T A;  1PXI A;  3HGK A;  3BBT B;  3F3T A;  2VTS A;  1BI8 A;  4CFV A;  2PUP A;  1KV1 A;  4YBK A;  2XIX A;  4NFM A;  4QYF A;  4CCB A;  5HE2 A;  3QTS A;  5L6P A;  3E3B X;  4M97 A;  5CSV A;  1J7L A;  3LXL A; 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