1M52A

Crystal structure of the c-abl kinase domain in complex with pd173955
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
YDKWEMERTDITMKHKLGGGQYGEVYEGVWKKYSLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLGVCTREPPFYIITEFMTYGNLLDYLRECNRQEVSAVVLLYMATQISSAMEYLEKKNFIHRDLAARNCLVGENHLVKVADFGLSRLMTGDTYTAHAGAKFPIKWTAPESLAYNKFSIKSDVWAFGVLLWEIATYGMSPYPGIDLSQVYELLEKDYRMERPEGCPEKVYELMRACWQWNPSDRPSFAEIHQAFETMFQESSI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of the Kinase Domain of c-Abl in Complex with the Small Molecule Inhibitors PD173955 and Imatinib (STI-571)
pubmed rcsb
molecule tags Transferase
source organism Mus musculus
molecule keywords PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ABL1
total genus 80
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2002-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1m52A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1m52A01
2XEZA 2X9FA 3OOMA 4OTIA 4N57A 5CU4A 4F70A 4I0RA 5CZHA 5AV1A 3QQLA 5AAEA 2GQSA 3VS1A 2UW0A 5CANA 4EQUA 4FKLA 4N6ZA 4OT5A 1G3NA 2C68A 4GCJA 1I09A 1WBNA 4BKYA 4DITA 4ANBA 3HUCA 4RLLA 3Q9ZA 2BVAA 4XMOA 2J6MA 3TNQB 4P5QA 4AW0A 4A9TA 3GNIB 4C2WA 5L6WL 1FMOE 4DFLA 4PTGA 2ZV8A 2ERKA 2YCQA 4XLVA 5HO7A 2QKWB 4FT5A 4P90A 2ETMA 4MNFA 4FIGA 3UGCA 3T8OA 5G1XA 3B2TA 5CX9A 3R9RA 5A4EA 4C02A 4O6LA 4UMRA 2VWUA 2VO6A 3AMBA 2G9XA 3BE2A 3I81A 4I92A 4JR3A 2YIRA 4DEGA 4EEVA 4IZ5A 5HTCA 2W1IA 5EDQA 3E8EA 3PJ2A 4OBPA 3PSCA 5GHVA 4A07A 3AMYA 1Y6BA 4EH6A 2IG7A 3FI3A 1U46A 2XH5A 1FOTA 1Q97A 3GVUA 4CCBA 3DNEA 4DG0E 1JWHA 4IB3A 4FMQA 4O2ZA 4PP9A 5I4NA 3I0OA 2NPQA 1WVYA 2PMNX 5HORA 2XK8A 2PVLA 4FL3A 4I3ZA 3W18A 3KF4A 3KL8A 5AUYA 5M57A 3E62A 3UIMA 1OIRA 1KE6A 3K3IA 3D14A 4FICA 1PYEA 4C33A 2WEIA 3R7OA 3N4VA 3GU7A 4RA5A 3VBVA 3IW4A 4WRGA 3ZFYA 1QL6A 4EOQA 3JY9A 4BDDA 5KMNA 4I24A 1PXMA 2UVZA 2ZYBA 3K54A 5HEZA 3UG1A 2UW5A 1P2AA 4NW5A 3P5KA 3TL8A 2CNQA 3QZHA 4X0MA 3R7YA 4CV9A 4EK8A 2YLFA 4Q2AA 1WBWA 3MS9A 3RCDA 2JBPA 2ITYA 3KQ7A 4ZY6A 3T3UA 3TXOA 1ZARA 3PPZA 4BI2A 3VUGA 3ZHPC 3HMOA 4R8QA 3RP9A 4A7CA 4C59A 4C4FA 3FI4A 3QX2A 4EHVA 2A2AA 3UO5A 1PXKA 1PXLA 5DR6A 3EN6A 5FEDA 4I6BA 2W0JA 3SX9A 1UWJA 1DI8A 3JXWA 4F9YA 3MB6A 2O5KA 4FSUA 4MKCA 3UOHA 3V6SA 3TM0A 1RJBA 2IZRA 2DWBA 3MH1A 4FTKA 4TY1A 3G90X 4H1JA 3TCPA 4AT3A 5L2IA 1R1WA 3DK7A 4QMXA 5DFPA 4F9WA 1OPLA 3W2QA 3DBFA 4NM0A 1Q8TA 1NT2A 3PG1A 3TV7A 5FP6A 2HOGA 4MF0A 5T6KA 2CKEA 2ZMDA 4IJPA 1J7IA 2ONLA 1KE5A 3QD4A 5ANKA 4FKOA 5H3QA 3G9NA 3FHIA 4O27B 5ANEA 3W1FA 4H58A 1YOJA 5D12A 5IUGA 4FUYA 4F7SA 3DKCA 4YTCA 4J8NA 3NR9A 4DGOA 4FKUA 2V0DA 3SW7A 2XNBA 3CEKA 5B2LA 3KRWA 4CVAA 3SV0A 1Q8WA 4PPBA 4ZP5A 4JAJA 4Y73A 2VX1A 3KXZA 3D7TA 3W2OA 3H9RA 3IPHA 2IZSA 1M2PA 1MRYA 5FDPA 3NVKI 3SRVB 3MA6A 2JAMA 5H9BA 4X3FA 2WKMA 3FMKA 4RIYA 3G5DA 3KREA 2OK1A 4UZDA 4N70A 5DN3A 3Q9XA 2WMRA 4HW7A 3KMMA 4O0TA 5C1QB 4QP1A 3PVWA 3F5XA 2RFNA 4FV5A 3VUTA 4OBQA 3PG3A 2BZKB 3R00A 2G2HA 2R3MA 2CN5A 2ESMA 3QGWA 3GC0A 4WNMA 4Y5QA 4KA3A 2OZAB 4DEBA 5A4CA 1ZLTA 4IX5A 4WIHA 5HD7A 3QKLA 4TW9A 4MWIA 3OCTA 1ZOEA 3GCSA 3PVBA 3TT0A 3QTWA 4LRKA 4GT5A 4O83A 2V62A 2YJSA 3WF8A 5GZ8A 4UMTA 4BKJA 4ANSA 3LVPA 4I4FA 4DEEA 4NSTA 5EM8A 3OCBA 3LJ0A 1XH6A 3HP5A 3TV6A 5JFSA 3Q2MA 1KV2A 4CFVA 4GJ3A 3ZLWA 1UU9A 4O84A 2VD5A 2GHLA 1YWVA 4IX4A 3H3CA 4J97A 5BVKA 3OP5A 4C62A 5HO8A 4ZK5A 4U79A 5IQCA 2XF0A 4CFNA 4R3CA 5KMLA 1ZXEA 4WHZA 5F9EA 5IA4A 4F64A 3QC9A 4AU8A 4E5WA 4Y83A 1T45A 5BYYA 5D1JA 3UG2A 4RVKA 4LUEA 4FV3A 4R5YA 5CLPA 3U55A 5E8UA 1H4LA 2BTRA 5CAPA 4O7RA 1Y6AA 5CF5A 4AZVA 2R4BA 4U7ZA 5EM6A 4FE2A 4NUSA 3Q96A 1H0VA 1YVJA 1GIHA 4FTMA 3Q4CA 4NFMA 1OMWA 3Q2JA 3LE6A 3TZMA 3KXNA 3BU5A 2AYPA 2UZLA 4QMZA 3U51A 4PX6A 3C9WA 4BI0A 3OCSA 2CGVA 4E93A 4BDGA 2BAKA 3LCDA 5LQFA 3BU6A 3MFRA 5CEPA 5L2TA 2OBJA 4YHFA 1SVGA 2OICA 1XO2B 2XKDA 4EKKA 3LM0A 5C8MA 4ORKA 2WXVA 3C0HA 5JK3A 3KCKA 3E93A 1CDKA 1O6KA 4I20A 5AWMA 3RBWA 5GJDA 1OI9A 4GRBA 3BV3A 5JRQA 2OW3A 4M84A 1BLXA 2R0IA 3QFVA 3LFCA 4MXYA 3UDBA 3LQ8A 2BR1A 2QG7A 1PMUA 4DLJA 4AN3A 4C37A 4EH9A 2YM7A 4S33A 4WUAA 1NVRA 3PXQA 4IVAA 3Q5IA 2BFXA 3LFDA 1IASA 2W4OA 2YACA 4O7TA 5T68A 1RDQE 3VS3A 4O7SA 3KULA 3PSDA 1JKLA 4UYAA 4WD5A 2PZIA 5BQ0A 4L3JA 3SLSA 4FTCA 4JQ7A 2ITOA 4BR3A 4ANLA 5C4LA 4I6HA 4I22A 5ANOA 4EK6A 4G2FA 4RIXB 2UZNA 2UW8A 3CGFA 3P7BA 4RC2A 5M51A 4JX7A 5AIKA 3ZUUA 5D10A 5EDPA 4ACDA 4D2TA 4IAIA 5L4QA 3IOKA 3AC5A 4PPCA 4K77A 2W1CA 3EKNA 3PWYA 3RPOA 4EZ3A 4IWQA 4RX5A 5CEQA 4GS6A 2J2IB 4G5PA 5I9UA 4AZFA 4YJUA 5HU9A 4JBOA 5F94A 4AUAA 4KD1A 3E5AA 2YZAA 2R7IA 2Y7JA 1XR1A 4P2KA 3DJ7A 5FD2A 2WMUA 3EIDA 4MYGA 3A7GA 2Q83A 5EM5A 3UOLA 3C51A 4MXAA 3DY7A 3AG9A 4IM3A 5H8BA 3FXXA 2QOFA 3QC4A 2CKPA 3T3VA 2VO3A 5CU0A 1GAGA 3OWLA 4MD8E 3LMGA 3R8MA 4KNBA 3KFAA 3PE1A 2WTKC 1IG1A 3FEGA 4BDAA 5J9LA 4G17A 3NX8A 3FI8A 4YC6A 4PY1A 4BGHA 1M7NA 2Q0NA 4EOOA 2ITUA 3DFCB 2UW9A 3Q52A 4M3QA 4AFEA 2PVNA 4DTKA 5E92A 5AV4A 5AP5A 3GOKA 4AG8A 4KIKA 3RK9A 4W8DA 2ONLC 3OROA 3PIZA 2VO7A 5T3QA 4O21A 4RBLA 3QXPA 1OL6A 4DCAA 4O91A 3IK3A 4LGDA 4IB1A 1PMNA 2X7FA 3F5UA 4PMTA 4FKSA 3DT1A 3NUXA 1QMZA 1IA8A 2HENA 4MF1A 4WBBB 5DRBA 3BCEA 5C8KA 2C0IA 2YJRA 4EOMA 4M69A 3QX4A 1FBNA 3AMAA 3H10A 2EXCX 5JT2A 4L01A 3S3IA 4FSRA 3FLQA 5CT0A 3Q4TA 4GU9A 3RINA 2H8HA 1V0PA 5LWMA 3QTXA 3LCOA 3MYGA 2C6TA 5IA0A 5EHOA 2UZOA 1PXNA 2GNLA 2I0EA 4QT1A 4ZXTA 5M4FA 2GFCA 4IEBA 3I0QA 5EI6A 4CKIA 3FZRA 4OTWA 4XLIA 5HO6A 2QNJA 2QO2A 3QGYA 3R22A 4F1OA 3MIAA 2ITQA 4F1MA 5HD4A 4O81A 2J0KA 3CY2A 1ZY5A 2ITPA 1Z5MA 3IGGA 5I5ZA 3GQLA 1LPUA 4L3LA 2FYSA 2GSFA 4OUCA 3CY3A 2BDFA 5CI7A 4RWKA 3E8CA 3R7EA 4BCGA 5E91A 4DG2E 4FSNA 4FBXA 3VS2A 5BUEA 5HVYA 4NWMA 3FQEA 4FKVA 3FDNA 5L6PA 5EYKA 3SC1A 4CT1A 4RMZA 3W2RA 5HE3A 5ACKA 2BZIB 3D5VA 4HVGA 3D15A 2O63A 2WPAA 5KZ0A 4WSQA 1U5RA 1SVHA 1Q5KA 3T9IA 3V6RA 5JH6A 1WBSA 5HOAA 2C5OA 3BYUA 5KE0A 1J1CA 3FL4A 3F7ZA 4KBAA 5KCVA 3SVVA 3PXZA 3CLYA 1BYGA 5AP3A 3HGKA 5CVFA 1Q3DA 2YABA 3ELJA 4L68A 5DG5A 3GT8A 4CTBA 3EQIA 2OG8A 4F65A 1W0XC 1URCA 3AD6A 3ZSIA 2GNGA 2IWIA 4L00A 5GJGA 3RPYA 2FGIA 2ITVA 4D1SA 4Y8DA 4WNKA 4Z55A 3DAEA 4DINA 4XV1A 4RC4A 2JBOA 4AZEA 4C8BA 2CMWA 1H08A 4AZTA 1UU8A 4BDHA 3H9FA 5BVOA 3UJGA 5K0XA 2ZB1A 2EWAA 3MI9A 4ERKA 4CSVA 2GNIA 4L44A 2OFUA 2ZB0A 3AC4A 4IACA 1LUFA 3BX5A 3ULZA 1OIYA 4UX9A 1BL6A 3I7BA 3JPVA 3R0TA 4HYHA 4CZUA 4DH8A 4J99A 3CE3A 5BVNA 4FEXA 4DEHA 2VWXA 5CXZA 4HNFA 4BHNA 3MY0A 1Y91A 1S9IA 4BY9E 3ORKA 4ANOA 4DH5A 1G8AA 4NM3A 2ZDUA 1TQIA 3FKNA 5IU2A 1ZMVA 1UU3A 3CKWA 5A46A 2W4JA 4NKSA 1FQ1B 3TZ7A 3BWFA 2IW6A 4EH3A 2UZEA 2PE2A 3COIA 5M09A 3ALNA 4OAUC 3TDVA 1GZNA 1GIJA 2C5VA 1BKXA 2BZJA 2QOQA 5K9IA 4I23A 2HELA 5CASA 4LV5A 2QURA 4FTOA 2RKUA 2ZJWA 4FNYA 2B53A 5LVLA 3FLZA 4EK5A 5JQ8A 4KKGA 2E9UA 3PE2A 5FBNC 3RAHA 5BVWA 5CS6A 4ZAUA 5DA3A 4DE4A 3OC1A 3D7ZA 4IMYA 2C1AA 3R6XA 4O0RA 2AC3A 2J0IA 4X7QA 2GNJA 4APCA 2HW6A 3ZM9A 4XJ0A 1PJKA 4ASDA 1HOWA 4UYNA 3IG7A 1Q61A 2AC5A 4A9RA 5AR8A 3SA0A 2J0LA 3LCTA 1WFCA 4IZAA 4U40A 4O82A 5C4KA 2W1GA 3R28A 4AACA 3ZOSA 4B7TA 3M1SA 4H1MA 3R8VA 2FH9A 4MQ1A 4CMOA 3R8LA 3QHRA 4BDFA 4ZSAA 5KKRB 4Q9SA 3JVSA 4JBQA 3QTRA 1OUKA 4I0TA 3HEGA 3SRVA 2YDKA 3BYVA 3QAME 2PUIA 4DA5A 3VF9A 2YCFA 4NTTA 2VWWA 3FZPA 4EZ7A 4CFUA 4RX9A 2NO3A 2IO6A 4K33A 4ZZNA 2QC6A 4FGRA 1GZ8A 4QPSA 4QRCA 3QQUA 3N51A 4LOQA 3GGFA 2OZAA 5LMKA 3EQHA 4TWNA 5BX0A 4ZS0A 3CQEA 3GENA 5HKMA 2ACXA 3L9LA 3UYSA 3FPQA 1UU7A 2GTNA 3BLHA 4AX8A 3V04A 5HG8A 2X1NA 2Q0BA 3RAIA 3R2YA 4BDKA 3BZ3A 2JDVA 2Z60A 4RJ8A 5IUIA 4TXCA 1E1XA 3L8XA 4L52A 4DHFA 4O7VA 2R3GA 2C30A 5HCZA 4FYNA 4UBAA 4RLKA 5HNBA 4AE9A 4MBLA 1FMKA 3QA8A 4DCEA 5FG8A 5K3YA 1PXIA 2PWLA 3VQHA 2B4SB 3QCYA 3PXFA 4TYGA 3MJ1A 1OECA 5LARA 1ZYJA 1CTPE 2HAKA 2P3GX 2CLXA 1ZWSA 3RPSA 3SW4A 2YM5A 3DXQA 2VTQA 3RGFA 1JAMA 2PUUA 4DBNA 5EQYA 2OXYA 3OY3A 4EH5A 3MBLA 5C01A 3MESA 3MY1A 1XBAA 4L9IA 4QMPA 4C4EA 4FSQA 3OFMA 1DI9A 5AV2A 4BDCA 5A14A 3QQHA 4XG2A 5CU3A 4U45A 4LYNA 3C0GA 4CRLA 4HGLA 3PUPA 4EC8A 2O2UA 4XX9A 5FXQA 4BIBA 4YSMA 1K2PA 2F49A 2XK9A 3NYNA 1Z57A 3VUIA 3MVHA 5BNJA 4M0YA 4CLJA 2WELA 2Y4IC 2YISA 4ASXA 3HRFA 1WBVA 3TIYA 4EQMA 4E20A 3HUBA 4NZWB 1OZ1A 2UVYA 4ERWA 3CS9A 1LR4A 3CCNA 4ACMA 2F7EE 1KOAA 4I5MA 3FMNA 2W1DA 3LPBA 3R9NA 4CFFA 4EH2A 1YHVA 3VBQA 2XIXA 2X8DA 3EN4A 3DQWA 1WVXA 3QD3A 3ZU7A 5KMMA 5J1WA 1NW1A 4WBOA 3QBNA 3GFWA 4Z9LA 2BIYA 3VWAA 3G2FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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