1UA2A

Crystal structure of human cdk7
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
299
structure length
286
Chain Sequence
EKLDFLGEGQFATVYKARDKNTNQIVAIKKINRTALREIKLLQELSHPNIIGLLDAFGHKSNISLVFDFMETDLEVIIKDNSLVLTPSHIKAYMLMTLQGLEYLHQHWILHRDLKPNNLLLDENGVLKLADFGLAKSFGSPNRAYHQVVTRWYRAPELLFGARMYGVGVDMWAVGCILAELLLRVPFLPGDSDLDQLTRIFETLGTPTEEQWPDMCSLPDYVTFKSFPGIPLHHIFSAAGDDLLDLIQGLFLFNPCARITATQALKMKYFSNRPGPTPGCQLPRPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of Human CDK7 and Its Protein Recognition Properties
pubmed doi rcsb
molecule tags Cell cycle, transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cell division protein kinase 7
total genus 66
structure length 286
sequence length 299
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2004-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1ua2A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1ua2A01
2BZHB 1VYWA 2ERKA 5FM3A 3V6SA 3HAMA 2VWVA 3EN4A 5EQEA 5AM7A 2BAQA 3R63A 3VJOA 4O27B 1CMKE 1JLUE 3ZXTA 3LCKA 1ZY5A 2H8HA 4L53A 4WOVA 1OKZA 4IVBA 1OIQA 4EK8A 3VBXA 1UU9A 1ZXEA 3HDMA 1QL6A 2OW3A 4M97A 4E4NA 1H00A 3BE9A 3TL8A 4EHVA 5L3AA 3U9NA 4IWQA 4BWXA 5HBJA 5J1VA 3OVVA 2ITPA 4EKKA 3IKAA 2EU9A 5M4UA 4G3GA 5HLPA 3PY0A 3LCDA 4NTTA 4FTAA 1RJBA 3IW5A 5AV4A 4QMLA 4MXOA 3QTZA 3MN3A 2QLQA 3UVRA 5BX0A 5E90A 2FO0A 3D5UA 3DAJA 4EHEA 3F9NA 3ZH8A 4WNOA 1PW2A 3NCZA 2G1TA 1IASA 4M84A 4U79A 4FSRA 3ZM4A 4HW7A 3EYHA 5CSPA 4FIGA 5K5NA 5KKRC 2XRWA 5M56A 3Q04A 5T68A 5IQGA 3ZLXA 3P1AA 4S2ZA 3FMJA 4R5YA 2F2CB 4MBJA 3E62A 1ZYDA 2I6LA 4CG8A 2W4OA 3KULB 5HBEA 3UPZA 2R5TA 4RX5A 3BWJA 4AP7A 3WF5A 4NU1A 3JR1A 4Z9LA 4AA5A 2EWAA 3AOXA 2VTPA 2VTNA 3N51A 5M06A 2DQ7X 3H0ZA 3T3UA 4W8DA 3D0EA 4L42A 2F57A 2W1IA 4XLIA 5I3RA 4R77A 3ZZWA 3GFWA 3NNWA 3WE4A 3EB0A 3NIEA 3KRJA 1UU3A 1YWVA 4EEVA 4RIWA 2A19B 3LOKA 1QPJA 3ENHA 4QP7A 3MFSA 1QPDA 3S2PA 4EBWA 5HCXA 2QNJA 3LVPA 5CASA 2XBJA 3ODZX 4IZYA 1CTPE 2BIYA 3UMWA 3ZYAA 4A7CA 2UZBA 2PVHA 3BYSA 5KCVA 2XK3A 5FTQA 4F70A 4ZAUA 4W4XA 2VNYA 2A4LA 5B7VA 4FSZA 4FSNA 3PJ2A 4EOJA 4EQMA 1MP8A 1SNUA 4GUEA 4OR5A 1UU7A 3OUNB 4AA4A 4FOBA 4BCJA 3WE8A 4CYIA 1K3AA 1P14A 1Q41A 3F2NA 3PZHA 2BZJA 3Q2MA 4UYAA 2IW9A 2OICA 5FXQA 1FGIA 4CKIA 5DYJA 2WQEA 3TKHA 4GKHA 2YWPA 5HNIX 3ZUVA 2WEVA 2YM8A 4O0XA 4Z16A 3VS1A 3FMEA 5CU6A 2C30A 1K9AA 2QVSE 3GOKA 3PLSA 4LMUA 1FGKA 4XG7A 3UTOA 1KOBA 3F3VA 3PVWA 4OGRA 4D0WA 3SW7A 3TZ7A 2IVTA 3HRCA 3NAXA 3OD6X 4KKGA 4L45A 4XHKB 4C34A 2XJ1A 4C7TA 3UDBA 3L8SA 2EB3A 5D7VA 4RJ5A 2C3LA 2YHVA 2BAJA 3O51A 4NM5A 5J87A 4QP1A 1IA9A 3CQEA 2FSMX 3F2RA 2VTSA 3IDBA 4EHGA 3IQ7A 5DH3A 4NK9A 1Q8YA 5CU2A 4EHZA 2PVLA 3H30A 3KCFA 5CXHA 3RBWA 3LFSA 4QQJA 2WQBA 4ZIMA 3G15A 3E7VA 5KBQA 4I0TA 4EQCA 4EZ5A 1JOWB 3AMBA 1Q97A 2OXXA 4I5MA 1DI8A 4KUJA 1OITA 4BTMA 4IX5A 4NM0A 4YO6A 3BCEA 4AWIA 1UNLA 3BLQA 3ZBFA 2X2KA 4AS0A 4L46A 2UW5A 4I6QA 4DEAA 2X39A 4O2PA 1NT2A 4E93A 3W2PA 1GY3A 4YMJA 4M14A 4FT3A 4FKGA 3HRBA 4G6NA 5CAOA 5AA9A 4IAFA 3UOJA 3ZUUA 2RFNA 2WMRA 3GCUA 3BHUA 4IC8A 4PNKA 4GK3A 3WZEA 4F08A 2OGVA 3PVBA 4A9RA 2Y6OA 3PXRA 4G34A 1WBPA 5DGZA 2PUNA 4FKVA 4ONAA 2X81A 5DEYA 4D55A 2X7GA 3R8ZA 4B0GA 1SZMA 3QYZA 1XHAA 4F65A 3MTFA 4KIKB 4P5QA 1PRYA 1VJYA 4OUCA 2WMTA 5CZHA 3G90X 1OPLA 2WTKC 3ZEWA 5KMOA 4ZXTA 1AQ1A 3EKNA 3F3TA 5AUZA 5IZFA 2VUWA 3EN5A 3SDJA 4EWQA 1W83A 3EJ1A 2KULA 4HZSA 4GJ3A 4MQ2A 4QMNA 2DUVA 5EK7A 4NEUA 3A60A 3BYVA 4R3CA 1A48A 2XIKA 3C4FA 3ORLA 3ZZEA 4APCA 2IG7A 4F9CA 5KHXA 4BDIA 4F64A 2B9IA 3AXWA 4QMMA 3LMIA 4LQMA 5ANIA 2XNMA 3QRKA 2F2UA 1YWRA 2XUUA 4LV8A 4X2FA 3S4QA 4G6OA 3OT8A 4K6ZA 4L3JA 3LXKA 4FL2A 1G8AA 5IDPA 1U5QA 4B8MA 2R7BA 4FT5A 2UZNA 4BDCA 2V22A 5LQFA 5CNNA 5CI7A 2H9VA 4L01A 3RWPA 3NNXA 4TXCA 3HP5A 2VWWA 4HYHA 2AYPA 4F1MA 5CS6A 3CQUA 3DXQA 1UKIA 4TWCA 5DR2A 5LVNA 2XKFA 3FLZA 2HXQA 3QA8A 4NCTC 4EYMA 4FTNA 4O7RA 5A4CA 4D9UA 1WBWA 1H1RA 5BVKA 5KBRA 3TNPC 1ZAOA 4FEWA 3F2AA 5D41A 2EXMA 4FT0A 4GUBA 3NYVA 4IVDA 2GQRA 2WMQA 3DU8A 2RFSA 3HV7A 4UMTA 2V5QA 3C4EA 3ZLWA 3A7JA 4C35A 4YC8A 4XLVA 2ITVA 2W5BA 4UZHA 3TNHA 3ZEPA 4FEUA 4FGBA 3E8EA 4BIBA 4C62A 2WIHA 4PTEA 1B6CB 4DEBA 4W4WA 3EFLA 3UODA 2VX1A 3TNQB 5CXZA 5JZJA 3QTRA 4FTLA 3P7BA 4DTBA 3KF7A 3QZIA 4DFZE 4CG9A 4IEBA 2OH4A 2ITOA 4QP2A 4MNFA 5B2MA 3KKVA 1LEZA 2F9GA 1R78A 4JR7A 4RIXB 1WBNA 1FVRA 1Q24A 3G0EA 3GNIB 2CLXA 4XH6A 1F5QA 3BU3A 5J79A 2X8EA 5TE0A 5EQPA 5C27A 4IE9A 4BDFA 5A4EA 3R73A 1F3MC 4IDVA 3RAWA 4L6QA 3E88A 4FIEA 4E6DA 2PVJA 3NS9A 2BCJA 2RFDA 4YO4A 3CQWA 3KU2A 5HVJA 3BHYA 2GFCA 3IECA 1G5SA 2GNGA 3QLGA 4GYGA 4IB5A 3ZCLA 3SA0A 3QC9A 1M52A 1OUYA 2Z7RA 4XV1A 3D5XA 5HIEA 4AN3A 4PP9A 2OIQA 3U54A 1OPKA 4M13A 5TR6A 3SXRA 3VBVA 2F7EE 4FK6A 5AM6A 4BDEA 3QBNA 3T9TA 5AP4A 2QOFA 1MRUA 4TYHA 3Q52A 2XIZA 4KS7A 4O7ZA 1YVJA 3RPVA 2NPQA 2Y6MA 5HIBA 5CEPA 5I0BA 2PVRA 3CJGA 4BI1A 1WVWA 4EJ7A 3B2TA 2WOTA 2C6MA 3ORPA 2BKKA 1L3RE 3CE3A 2W1ZA 2X8DA 4RPVA 3MFTA 4F9AA 2V7OA 5KX8A 4TNBA 3ZO1A 3ZOSA 3C50A 5D11A 3V8TA 3OEFX 5EDRA 2ITXA 5IA1A 3DY7A 3AD6A 3KN6A 1RQQA 4Q9ZA 4DTKA 4DBNA 3JPVA 3D7ZA 4L3PA 3C5UA 4X2GA 1W84A 3HYHA 3ZDIA 4MX9A 2QODA 2B7AA 3LM0A 1P2AA 4I5PA 1ZYSA 2FB8A 3JVSA 3ORKA 2ZM4A 5B0XA 5DRBA 5HCYA 4Y73A 4C33A 5J8IA 3ZFMA 5C1QB 3SLSA 3VQUA 4ZEGA 3SOAA 1G3NA 4FOCA 3CJFA 1P4FA 3QKKA 2DS1A 4MNEB 4FG9A 3V5JA 3GT8A 4EOKA 5L6WL 5KMMA 2WMBA 3TI1A 3V01A 2RG6A 4CFUA 5J7BA 3SX9A 3BRBA 3ZS5A 3QCYA 4BGGA 3BV2A 2OF4A 5DIAA 5KE0A 2H34A 1WVYA 2J90A 3F61A 4K1BA 3QZFA 4E6CA 2PY3A 2VO6A 1E1VA 3HUBA 3ETAA 3CPBA 4I6BA 1OMWA 5M09A 4QP9A 3FI3A 4E4XA 4FV2A 1XH9A 3MESA 2O5KA 5AAEA 3QLFA 4NM7A 4A9YA 4OBPA 5H2UA 4HGLA 1GZNA 4M69B 4GJ2A 4YNOA 4YSMA 5DN3A 2G2IA 5IA3A 3TUCA 2UV2A 5HLWA 3TM0A 2VWBA 4HCUA 2RKUA 3PA5A 3PDTA 3G9NA 2YDKA 3BIZA 3IO7A 1XBBA 3W10A 4FTTA 3ZXZA 4FVQA 4JJRA 3JY0A 4C37A 3NVKI 3O23A 2WMAA 5DT3A 1PXNA 2ITYA 2J0LA 5GJDA 4D1SA 1GAGA 3OROA 3OG7A 2WQMA 4PWNA 2YJRA 3LXPA 4LGHA 4Y46A 2YWVA 4EOOA 2VX3A 2XK8A 4L7FA 1KE7A 4JNWA 3FJQE 2OWBA 3FPMA 2Z7SA 2C6LA 4I0SA 2OU7A 4J53A 4MF0A 5AP7A 1LEWA 4FE2A 4OW8A 1ND4A 3U9CA 4TYIA 2OSCA 2WGJA 2Z60A 3V5QA 4R1VA 1JPAA 4RX7A 3UNZA 3WZJA 3ALOA 3D14A 3ZO2A 1JSUA 2UW0A 4O91A 5CU3A 3V04A 4B8LA 3W2CA 1IAHA 4YBKA 3MVMA 4OTRA 5HE2A 3R9NA 4D4RA 2OH0E 1B39A 5BQ0A 1DM2A 3PIXA 1M17A 3QZGA 5FRIA 3OT3A 4QMWA 4UMPA 1OIYA 1WBVA 2WMUA 1HOWA 3ELJA 1QCFA 2FGIA 3BHTA 3OWKA 4GT4A 4O38A 3SRVB 4D9TA 3VQHA 2B55A 5LJJA 1SMHA 3R7UA 2HY81 4FT7A 2XIYA 5EHOA 1GZKA 3ID6C 1KWPA 4CMUA 5BNJA 2JKMA 5AR5A 4CFMA 2Z7QA 4EH7A 3V8WA 4I92A 1YKRA 3WI6A 5AP3A 3WYYA 4O1PA 5AUVA 3GUBA 4EUUA 2O3PA 4MCVA 5L6PA 2WO6A 3FZPA 4K33A 5IA0A 2XM9A 2QOIA 3EH9A 4IWDA 4FL1A 2V55A 3OEZA 2YIRA 4FC0A 4MD7E 2PUUA 5HO8A 1S9JA 4AOJA 4GU6A 2WEIA 4BKJA 4CD0A 3R1QA 4H3PA 4LI5A 5IQEA 4JBVA 4W4YA 2J51A 3LE6A 4UBAA 1YI3A 2WQOA 4W4VA 5L8LA 3TN8A 3GOPA 1BKXA 2CNQA 4FYNA 1PXOA 3PE2A 3A61A 3QCQA 5IUIA 3W33A 3KB7A 3E87A 1H0WA 4R3PA 3BU5A 2PYWA 5IQCA 3KMWA 4D1XA 4R7BA 3LQ8A 1KSWA 2B0QA 2JDTA 4BFMA 4AZSA 2BRMA 1MQBA 3OMVA 2YCFA 4R6VA 5GZ9A 4JDJA 4QQTA 4E8AA 3COHA 3HV5A 3ZLSA 4C36A 4CRLA 4C2WA 3I7BA 4OTFA 4TKSA 3VS3A 2VWYA 2QHMA 2X9EA 4XOZA 2JFLA 4E5AX 4ZTQA 2LGCA 1OIUA 2VD5A 5CY3A 2Z7LA 3DJ5A 3JYAA 4PRJA 3G5DA 2GHGA 4V01A 4O6EA 3PP0A 1PXJA 2UZUE 3MH1A 4MTAA 5CSXA 5TO8A 5CSWA 2JIIA 4K11A 3D15A 5HTIA 4FIJA 4HCTA 4WA9A 3QGYA 5CQUA 3CY2A 4O81A 1R0PA 1OI9A 1H1QA 2OF2A 5ANGA 4FTRA 3DBFA 4DGOA 1JKTA 3HV3A 4MEDA 4NWMA 1XH4A 5ETAA 4ZTSA 2E9PA 4XS2A 2XK9A 5IF1A 2WTWA 3GCVA 4RZWA 4GK2A 2W5AA 3UO4A 4BCHA 1YI4A 4YBJA 4PPCA 5JT2A 3HDNA 1NA7A 3KN5A 3EKKA 5B2KA 4C61A 3DAEA 3HA8A 2C6TA 4EYJA 4LOOA 4FZ7A 3IGGA 5EI8A 2WMVA 2ZMDA 3EQCA 4GW8A 4JRNA 4TT7A 3VUGA 4DH5A 4YTCA 3GVUA 4PDOA 4BI2A 3GQLA 4LRMA 4DEDA 3MFUA 2PL0A 4OAUC 4I20A 3LLAA 2C5XA 2UW6A 3DK6A 3ET7A 4KIQA 2RFEA 3UQCA 3DNEA 4DCEA 2ZV2A 3NUPA 3UBDA 2R7IA 4OTIA 3HEGA 4PTGA 2O2UA 2WD1A 5DRDA 4M67A 1M7QA 3O71A 3F5XA 3VO3A 4QYEA 4XP2A 4ZY4A 3H9RA 4PDSA 5AA8A 3H4JA 4GG5A 3OOGA 2R0UA 3O2MA 4Q2AA 3ZRKA 2XS0A 2QU5A 4BCMA 5ANKA 3IS5A 4FTCA 3CS9A 4Q5EA 4BIDA 4G3EA 4FV0A 5AR3A 4TN6A 4B99A 2BDWA 2GS7A 2OFUA 3E3PA 4AT4A 3EQDA 2PMNX 2GTNA 2O64A 4M0ZA 5F95A 1BX6A 1XH8A 5GJFA 4LRJA 3FYKX 2XMYA 3D83A 5E8UA 4AX8A 1FOTA 3OWLA 3FKNA 3ODYX 4YZDA 3TZMA 4RC4A 4YZBA 5EW9A 3GXLA 4UZDA 1H26A 5I5ZA 1GZOA 4GK4A 5L2IA 4HYSA 2QOBA 3I6UA 3PTGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BZH B;  1VYW A;  2ERK A;  5FM3 A;  3V6S A;  3HAM A;  2VWV A;  3EN4 A;  5EQE A;  5AM7 A;  2BAQ A;  3R63 A;  3VJO A;  4O27 B;  1CMK E;  1JLU E;  3ZXT A;  3LCK A;  1ZY5 A;  2H8H A;  2AQX A;  4L53 A;  4WOV A;  1OKZ A;  4IVB A;  1OIQ A;  4EK8 A;  3VBX A;  1UU9 A;  1ZXE A;  3HDM A;  1QL6 A;  2OW3 A;  4M97 A;  4E4N A;  1H00 A;  3BE9 A;  3TL8 A;  4EHV A;  5L3A A;  3U9N A;  4IWQ A;  4BWX A;  5HBJ A;  5J1V A;  3OVV A;  2ITP A;  4EKK A;  3IKA A;  2EU9 A;  5M4U A;  4G3G A;  5HLP A;  3PY0 A;  3LCD A;  4NTT A;  4FTA A;  1RJB A;  3IW5 A;  5AV4 A;  4QML A;  4MXO A;  3QTZ A;  3MN3 A;  2QLQ A;  3UVR A;  5BX0 A;  5E90 A;  2FO0 A;  3D5U A;  3DAJ A;  4EHE A;  3F9N A;  3ZH8 A;  4WNO A;  1PW2 A;  3NCZ A;  2G1T A;  1IAS A;  4M84 A;  4U79 A;  4FSR A;  3ZM4 A;  4HW7 A;  3EYH A;  5CSP A;  4FIG A;  5K5N A;  5KKR C;  2XRW A;  5M56 A;  3Q04 A;  5T68 A;  5IQG A;  3ZLX A;  3P1A A;  4S2Z A;  3FMJ A;  4R5Y A;  2F2C B;  1ST4 A;  4MBJ A;  3E62 A;  1ZYD A;  2I6L A;  4CG8 A;  2W4O A;  3KUL B;  5HBE A;  3UPZ A;  2R5T A;  4RX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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