1YOMA

Crystal structure of src kinase domain in complex with purvalanol a
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
279
structure length
260
Chain Sequence
LAKDAWEIPRESLRLEVKLGQGCFGEVWMGTWNGTTRVAIKTLKPGTMSPEAFLQEAQVMKKLRHEKLVQLYAVVSEEPIYIVTEYMNKGSLLDFLKGETGKYLRLPQLVDMSAQIASGMAYVERMNYVHRDLRAANILVGENLVCKVADFPIKWTAPEAALYGRFTIKSDVWSFGILLTELTTKGRVPYPGMVNREVLDQVERGYRMPCPPECPESLHDLMCQCWRKEPEERPTFEYLQAFLEDYFTSTEPQYQPGENL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of active SRC kinase domain complexes
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
total genus 65
structure length 260
sequence length 279
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2005-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1yomA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1yomA01
1YRPA 1IEPA 2BIKB 4BKYA 4PMSA 5DBXA 5DR2A 4I20A 4KUJA 3R1QA 4N6YA 4QQ5A 4FTRA 4ERWA 3MB7A 4Y72A 3EFWA 4BFMA 3HRBA 5M57A 2ZB1A 3UDBA 3NUAA 2C47A 2OZAB 2ZMCA 3LLTA 3FZOA 2F9GA 3AOXA 3C0GA 3ETAA 3HECA 3MFUA 3BLQA 2PMIA 2R3IA 3SX9A 4IB3A 4FOBA 5EQEA 1VYWA 3FKNA 5AP0A 2RIOA 3O50A 4O6EA 4AWIA 3EN9A 4EOKA 4L68A 4FT0A 4CMUA 1UKIA 2C0OA 3QKLA 5IF1A 1Y57A 3EN7A 1GIHA 4FG8A 3WZDA 5AV4A 2XZSA 3GQIA 4M15A 1QCFA 4E4XA 4DT8A 4XG7A 2X7FA 4G6LA 2QODA 4EEVA 3C4CA 4FIFA 2CKQA 2CCHA 4DT9A 4K33A 4DH8A 4BB4A 2ITUA 4CQEA 3G5DA 4GYIA 4C4IA 4X3FB 4GG7A 2W5HA 2WTJA 3RAWA 3MB6A 3QA8A 4D4SA 3CSVA 3Q4ZA 4HVDA 4FZDB 5HQ0A 4EKKA 3OMVA 2YN8A 3TTIA 3VBXA 4IIRA 2PZYA 2JC6A 3MBLA 5IQAA 2IVVA 3I0OA 2E9UA 5D11A 4DEEA 3BU3A 5AV2A 2WQMA 5DEWA 5AM6A 4DH7A 1WCCA 5KMMA 3QQKA 4QP8A 4YU2A 3KGAA 2H96A 1ZMUA 5AP4A 2HZ4A 5E8WA 3P7BA 2O0UA 3HV5A 4D2VA 3SXFA 2O63A 4FK6A 2ITTA 3W2OA 3QUDA 2HELA 1TVOA 2HXQA 4NJ3A 3OHTA 1ZRZA 2XUUA 3MS9A 3NZ0A 4BCMA 4YTCA 1A06A 2VZ6A 3F88A 3UGCA 1UVRA 5CAVA 3AG9A 4PDSA 4V05A 5IQEA 4B8LA 3UNZA 4II5A 2YAAA 5AR2A 3TIYA 3F2RA 3ZXZA 5L6WL 4DEDA 4ZZNA 2YM5A 1CMKE 1ERKA 3ENMA 3ORTA 5KZ0A 4FK3A 4BY9E 3F5PA 4M97A 4FKSA 5CT0A 1YXUA 5DT3A 5J95A 3VN9A 3PRFA 4F0GA 5LVNA 1ZMVA 5M55A 4KB8A 3DNDA 2C5YA 3P4KA 1JQHA 3TZ7A 3F69A 2R3PA 3ZBFA 2R3OA 2CHLA 3HKOA 1M7QA 2X4FA 2JGZA 3WF5A 4EUUA 5BVOA 1OKVA 2XYUA 1OL2A 1OITA 4HVHA 4BGQA 2WMBA 2OIQA 3GUBA 3WF9A 1K9AA 1YWVA 4TY1A 5CF6A 3GC0A 3HMMA 4F9YA 4M8TA 2ETRA 4N0SA 2WFYA 4IZ7A 1OPLA 3PP1A 4DCEA 4AT3A 4CTBA 4BBEA 4WG4A 4EH4A 3VS2A 1Q61A 1H08A 1RQQA 3V5QA 4FKUA 4IE9A 5FDPA 4EHEA 3OS3A 3G15A 2Y4PA 3DZQA 4TTHB 3DB8A 3OD6X 4EL9A 2O2UA 3FMLA 4YLLA 2JKOA 3WF6A 4C35A 4R7IA 4XV3A 3UVPA 2FO0A 4MHAA 1Q8TA 4RZVA 4WBBB 5L4QA 5D7VA 3OT8A 4MK0A 4NTTA 4C8BA 1PYEA 3R73A 4GW8A 4K77A 2CN8A 3TNWA 3WYYA 1OPJA 4IZYA 3RZFA 5M51A 3NW6A 2OF2A 3QD4A 2CDZA 3EN4A 4ENXA 4E5WA 4EZ7A 1J7LA 5HLWA 1OIQA 2YIQA 4O83A 5E1SA 4FOCA 3QTIA 1H25A 3FLSA 4YP8A 1ZYSA 3H9RA 3ULZA 4C3RA 2WIPA 4LUEA 5LCKA 4ZJVA 5HIEA 3Q4CA 4IWOA 2WQEA 4M12A 4RIWA 3A7HA 3LFDA 3P86A 4WT6A 5AR3A 2IZSA 3OY1A 3Q52A 3OEZA 3PWDA 4KKEA 4XRLA 4CSVA 4E4NA 2JKKA 4YLKA 2ZV9A 3DA6A 3GOKA 4KIKA 3S1HA 4YBJA 2YA9A 3GBZA 3AD4A 3Q2MA 5E8XA 4PUZA 2W05A 2BFYA 5DI1A 2CJMA 4PWNA 4XG2A 4BWXA 3PY3A 4CV9A 5AWMA 1APME 3QD0A 4FSTA 3FZPA 3DK7A 4FSZA 4TRLA 5ETCA 3OXTA 4ZK5A 4O0SA 5C8MA 2Q83A 1GZ8A 2CGXA 2W5BA 3ZM9A 2E9NA 4Z7HA 2P0CA 1CKJA 4B7TA 4O84A 2W1IA 1UU3A 4GSBA 2B7AA 4QRCA 3NIEA 2VAGA 5BMMA 4O38A 3DFAA 3T8OA 5I5ZA 2VX0A 3C5UA 3BCEA 3UO5A 3B8QA 4FT9A 2QOQA 3NW7A 4XRJA 2GNIA 2EU9A 1YDRE 2Y9QA 2PZIA 3GC8A 3Q6UA 4O96A 1WVXA 2XIRA 4TNDA 4JG6A 5CU0A 2YDKA 3R01A 3V6SA 4ZTMA 3A8WA 5FXSA 4RIWB 5I4NA 2CMWA 3BYOA 4EK3A 3R7OA 2WD1A 3BLRA 4K6ZA 3BI6A 1GZNA 5CVHA 4DEGA 3DJ7A 2HXLA 3WI6A 4YR8A 4M0ZA 5HNIX 2FA2A 3SQQA 2PUPA 4KIKB 2XMYA 1YQJA 3OTUA 2WELA 4IW0A 3KN6A 4FZAB 4BDBA 4IB5A 3FAAA 4M67A 4FTLA 3EYHA 2PZ5A 3ORZA 2LAVA 2JDVA 3OWKA 2E9PA 4O2ZA 4DFZE 3AQVA 2XKEA 5HESA 3KVWA 3CY2A 2DQ7X 2RG6A 3Q5ZA 3HP5A 3QYZA 4H3QA 5M4IA 2VTMA 3IQ7A 1B6CB 2FYSA 3R63A 4MXXA 5FXQA 4U97A 3M42A 3ORIA 4XG9A 4YTIA 5I9VA 4AZFA 4EOPA 3QYWA 4ANMA 4YZMA 3KKVA 3L8SA 3Q6WA 2CSNA 5ETFA 4IC8A 3LJ1A 4LI5A 2ERZE 3R7GA 5AADA 5KNJA 2GCDA 4QPAA 3QRTA 4R3RA 4LRKA 4QP4A 3ITZA 3PUPA 5J9YA 4QMYA 3U9CA 2WPAA 4U5JA 4U40A 3CXWA 3F3UA 4BF2A 3UBDA 3ZH8A 3UZTA 2B0QA 2W4OA 3KF4A 3O0GA 3VBWA 4BZOA 2WMVA 1H1SA 1PMVA 2XKCA 4IJPA 4NWMA 5CLPA 5FP6A 5GZ9A 4BZDA 3QA0A 3IPHA 5AAEA 2W1CA 4FL3A 2YIYA 4D4YA 5IH6A 2UUEA 2BRHA 1XO2B 4WA9A 2Y4IC 2VTLA 2BVAA 4AAAA 3PSBA 5HOAA 3NRMA 4HOKA 2OXDA 5CEIA 5HGIA 1OPKA 3NLBA 2PK9A 4J71A 4AP7A 3GU7A 4GRBA 3ERKA 5KMJA 3EQFA 3NNWA 1U5QA 3NYNA 3WIGA 4EOIA 4JDHA 5L3AA 3LFFA 4DG2E 1Q24A 3PLSA 3QBNA 5BUJA 2GNFA 2YZAA 3TG1A 4XLIA 2R3JA 5I9WA 3MJ1A 2BROA 3TZ8A 4C4JA 4E6CA 4O7SA 4F65A 3ZO1A 4JNWA 2PVFA 4C7TA 1G8SA 2XK6A 2OJJA 5IUGA 2PZRA 3EIDA 3NEWA 4HGEA 2R0UA 2JDRA 3IKAA 3NNXA 4JBQA 1ZYLA 3QTSA 3QZGA 2W1GA 4IADA 5CNOA 2OFVA 3A61A 3NYXA 5G6VA 3SXSA 4EQMA 5JGDA 3ATSA 3V51A 3Q5IA 2W0JA 4LV5A 3EL8A 2JBPA 3FZSA 2PPQA 4F9BA 3PDTA 5CEMA 3G0FA 3RGFA 2YDJA 4DEBA 3ZOSA 4TT7A 2VWUA 5HO8A 4ASZA 1CTPE 4FG9A 5JEBA 3O71A 3RAIA 5IMXA 5A54A 5EOBA 4EC8A 3VO3A 4E8AA 3RKBA 2WTKC 1ZOHA 3BHYA 4FI1A 1MRUA 3BHHA 4J95A 4L8MA 2VX3A 2UW4A 5EM8A 5AP1A 3UQGA 5E1EA 3E64A 3TZ9A 4ZSEA 4RJ8A 3ACKA 2BZHB 3TNIA 3SW7A 4DBXA 3PA3A 3T9TA 4R78A 4ACHA 4CYIA 1BI8A 2AYPA 3R1NA 5CYIA 4AW0A 3KXMA 3W18A 1F5QA 1NA7A 3FYKX 3F2NA 1YXVA 4YO6A 5BPYA 4S32A 4D58A 5ANJA 4PDPA 3KRRA 5H8BA 5HCZA 3ODZX 5M4CA 4D4VA 4C3PA 4GKHA 4DFLA 4ZTNA 1YWRA 4W9WA 4B99A 5ANGA 3BHTA 2UZDA 3BHUA 4CG9A 1XKKA 4LGHA 2VTTA 3PG1A 1BL7A 4TWNA 3V5WA 4AOJA 2PUIA 5B2MA 1AGWA 3UOKA 4AA0A 2I7QA 1OVEA 2OW3A 5CF8A 2VWXA 2BR1A 4G3CA 5HD4A 4QQTA 3LPBA 2CGVA 4FV1A 3W2PA 3MPAA 4F70A 3QUPA 4IAZA 4AUAA 4RPVA 4R7BA 3NR9A 4RFYA 3CJGA 3ZFMA 5IPJA 3SA0A 3WE4A 4LQMA 1CDKA 2AC5A 3BX5A 3QLGA 2E9OA 4NT4A 4W4YA 1PXLA 3LXKA 3SHEA 3OWLA 3LW0A 5LARA 3OFMA 4MBJA 3FC2A 5L2QA 2GNGA 4CFVA 3TKIA 3R8UA 3U4WA 5FRIA 2Z7QA 3PPKA 4G34A 3R0TA 2PUNA 1QPEA 4W8DA 5GZAA 5CEKA 2X0GA 4R3CA 2QI8A 3JVRA 3OBGA 4M13A 4L7SA 4APCA 4OTQA 2F49A 4FZ7A 3QRIA 1O6KA 3FKLA 3G2FA 3Q3BA 4NEUA 5EDRA 2QG5A 4GVJA 2J0IA 3CGFA 1BX6A 3KU2A 4I0RA 4ZY6A 4FYOA 4KRCA 4I6QA 4X0MA 2JAMA 3IECA 2PZPA 3GENA 4MX9A 1ZZ2A 1QPJA 3VNTA 4DGLC 1OMWA 4NZWB 2E2BA 2VNWA 4AW5A 5ITAA 2ZM4A 3ZRMA 5J8IA 2VWZA 3Q4UA 5J87A 3LFEA 1XJDA 1J3HA 2X2LA 4MAOA 3D7ZA 1H4LA 5EDQA 3LMIA 4O21A 5CZIA 3VF9A 1JVPP 5EM6A 4BGHA 5M4FA 2YIWA 4J99A 4P2KA 3PIZA 2QHMA 3VF8A 3E8DA 3BQRA 4KIQA 5TF9A 4AT5A 3G90X 4WKQA 5CENA 5CEOA 3HMNA 4A7CA 1V0BA 2WNTA 2JKQA 2WAJA 3U9NA 4ALVA 3A7IA 2BUJA 4C2VA 5JGBA 3O7LD 3UZRA 3PWYA 3Q32A 2UW9A 3VUTA 3MFRA 5CZHA 4JRVA 4D1SA 2OH4A 1PXMA 5BQ0A 5CAUA 3WBLA 4LRMA 3FMNA 3RK5A 3DBQA 3HLLA 3QQHA 3WF8A 2JIIA 4O81A 1JSUA 3RPVA 3C4XA 3OF0A 4C0TA 4C62A 4F6UA 2XNPA 3LJ2A 1IAHA 4BI0A 5E8ZA 3H4JA 4FG7A 3GI3A 2B54A 1OKZA 5HG8A 1OL7A 3HA8A 3QTXA 4OLIA 1JWHA 4K2RA 4RFZA 4UWBA 3DY7A 1WBTA 2WTIA 3UJGA 3ET7A 4HPUE 5A6NA 2ITOA 5AV0A 1K2PA 4C58A 2XBAA 4PPAA 4BYIA 4UZHA 2R3FA 2R7IA 4QYYA 4U41A 4IBMA 1JSVA 2F57A 5DPVA 3MVLA 4PV0A 3BKBA 2FB8A 4MTAA 4YO4A 3V8SA 3U51A 5LVPA 2WMSA 2BKZA 3IK3A 3H3CA 4EH2A 4JJRA 4AU8A 4PMTA 4Y85A 1S9IA 2XNMA 1XH5A 3FL5A 4MD8E 1WBSA 4I92A 1BLXA 2X2KA 2B55A 4AZWA 5LWMA 5M07A 1M17A 1HCLA 4I94A 5A14A 3HUBA 3OUKA 4NM0A 4A4OA 2QO7A 3EB0A 3AD6A 4L01A 3IONA 5DR6A 2C3JA 3VQUA 2J5EA 5FXRA 3PPJA 3QX4A 5KKRC 1SVHA 1H0WA 5AX3A 4CQGA 3QTZA 3FZ1A 4OAVB 3PJ2A 3FLYA 3D5XA 2G2FA 3GNIB 4JQEA 4LL5A 5CU4A 5T6KA 3QD2B 4FEVA 3LE6A 2WMTA 3H9OA 2HY81 2X39A 2XB7A 4U8ZA 5C4KA 3RM6A 5H2UA 4X2JA 2V5QA 2CKEA 2UZBA 5CSHA 2I40A 4P5QA 3C0HA 4F99A 4EK4A 4E6AA 3AXWA 5AAGA 3G9NA 3NPCA 4X2GA 3IW4A 4C34A 4ALUA 4RX9A 3BRBA 4MD7E 1WVYA 4XS2A 5DNRA 2GSFA 2I0YA 1PMNA 4G2FA 3MTFA 1Q97A 4L00A 2ITQA 1PY5A 3MH0A 3PVBA 3CQWA 3DKOA 2XNGA 3SOAA 3EQCA 4W4XA 5TR6A 3G6GA 3R8MA 3PZHA 1FGIA 3QC4A 4FA2A 4UALA 2REIA 1UV5A 4D5HA 4U7ZA 4JI9A 2B9HA 5B0XA 1EH4A 4YJNA 3JPVA 4FZFB 3CQEA 3MVMA 1WBNA 3FZRA 4I3ZA 4L67A 4QP3A 2R3LA 4X2NA 2VTHA 3E93A 5CI6A 5AP6A 4B0GA 3EHAA 4L44A 4I22A 2X9FA 3Q04A 2PE2A 4UEUA 1XH7A 4YZDA 4FICA 2PY3A 3R83A 4M7IA 3QCSA 2JBOA 4V0GA 1JLUE 3GCVA 4C02A 5ETAA 2J6MA 1H01A 2UZWE 4FKGA 5JMSA 1NW1A 5CS6A 3TIZA 4O2PA 1R0PA 2YWVA 4LMUA 4HGSA 3OCGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YRP A;  1IEP A;  2BIK B;  4BKY A;  4PMS A;  5DBX A;  5DR2 A;  4I20 A;  4KUJ A;  3R1Q A;  4N6Y A;  4QQ5 A;  4FTR A;  4ERW A;  3MB7 A;  4Y72 A;  3EFW A;  4BFM A;  3HRB A;  5M57 A;  2ZB1 A;  3UDB A;  3NUA A;  2C47 A;  2OZA B;  2ZMC A;  3LLT A;  3FZO A;  2F9G A;  3AOX A;  3C0G A;  3ETA A;  3HEC A;  3MFU A;  3BLQ A;  2PMI A;  2R3I A;  3SX9 A;  4IB3 A;  4FOB A;  5EQE A;  1VYW A;  3FKN A;  5AP0 A;  2RIO A;  3O50 A;  4O6E A;  4AWI A;  3EN9 A;  4EOK A;  4L68 A;  4FT0 A;  4CMU A;  1UKI A;  2C0O A;  3QKL A;  5IF1 A;  1Y57 A;  3EN7 A;  1GIH A;  4FG8 A;  3WZD A;  5AV4 A;  2XZS A;  3GQI A;  4M15 A;  1QCF A;  4E4X A;  4DT8 A;  4XG7 A;  2X7F A;  4G6L A;  2QOD A;  4EEV A;  3C4C A;  4FIF A;  2CKQ A;  2CCH A;  4DT9 A;  4K33 A;  4DH8 A;  4BB4 A;  2ITU A;  4CQE A;  3G5D A;  4GYI A;  4C4I A;  4X3F B;  4GG7 A;  2W5H A;  2WTJ A;  3RAW A;  3MB6 A;  3QA8 A;  4D4S A;  3CSV A;  3Q4Z A;  4HVD A;  4FZD B;  5HQ0 A;  4EKK A;  3OMV A;  2YN8 A;  3TTI A;  3VBX A;  4IIR A;  2PZY A;  2JC6 A;  3MBL A;  5IQA A;  2IVV A;  3I0O A; 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