2BRNA

Structure-based design of novel chk1 inhibitors: insights into hydrogen bonding and protein-ligand affinity
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
271
structure length
268
Chain Sequence
VEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEEAVAVKIVDMKRCPENIKKEICINKMLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVYLHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLKRREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLALLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of Novel Chk1 Inhibitors: Insights Into Hydrogen Bonding and Protein-Ligand Affinity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 75
structure length 268
sequence length 271
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2005-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2brnA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2brnA01
2CKEA 2OH0E 3GB2A 3OCBA 4M97A 4W8DA 2F7EE 3LW0A 5AUWA 5BVNA 4BCIA 1ZY4A 2Z8CA 2WB8A 3VUIA 4D4RA 5FTOA 2R3RA 3GQLA 2O3PA 3MPTA 4WNMA 3WF5A 4EUTA 3W32A 4FKLA 4CMUA 4CTBA 3SHEA 4UYNA 4O7WA 1P2AA 4K77A 3MFUA 4RX9A 2I0YA 4RJ4A 4EKKA 4F9AA 3DJ5A 2DWBA 3POZA 4ZP5A 5JZJA 5DG5A 2W1FA 3F3UA 3ZXTA 3IS5A 4BIEA 5HIEA 2ITZA 3MY5A 5BX0A 3PA3A 3DCVA 2QU5A 4UXLA 3QRUA 5BUJA 3NRMA 1W84A 2QOKA 4JX7A 4RC4A 3QQLA 4TY1A 1Q3WA 5CAPA 5AUUA 2XIRA 5C8NA 1IG1A 1ZMWA 4A9SA 4L8MA 2ZM3A 3AC5A 4R1YA 4TL0A 3I0QA 1QPJA 2BUJA 5CSWA 2OZAA 1NVRA 4ZMFA 3AC2A 4X21A 3R8UA 4CFFA 4II5A 5CTPA 2WMRA 5EHLA 4RWIA 5C8KA 2G9XA 5CLPA 2RSVA 4UN0C 3OT8A 3FLNC 4KSQA 3A62A 1CM8A 2UW9A 4IBMA 3ZZEA 2XMYA 5CVFA 3AC8A 5ACKA 3OS3A 3UDBA 4PY1A 2W0JA 2DUVA 3KVWA 1R0EA 3SX9A 1YI6A 4DEIA 4IWQA 2C6IA 3MB7A 2C5OA 5A9UA 4O7VA 2VO6A 3LPBA 1ZMUA 4FL3A 4FF8A 4M69A 2WELA 2BFXA 4Y5QA 3WIGA 4RJ5A 1M14A 1U5RA 3KRWA 2YDIA 4YPSA 2XEZA 3LQ8A 3ZTXA 4AWIA 5J9LA 4EBVA 4O0XA 4X3FA 2YDJA 1KOBA 4FKUA 3CXWA 5ICPA 3UC3A 3PJ1A 2X9FA 2JGZA 2X8IA 3TCPA 3ZXZA 4F08A 3TM0A 3UZPA 1ZXEA 3Q04A 3QTQA 4CZUA 2RIOA 3DS6A 4ZSLA 1KV2A 4O84A 4OGRA 2VTQA 1VR2A 2GS7A 3OXTA 3VS6A 3ZOSA 3OCSA 2J90A 3MH0A 2ZMDA 2BRHA 3EB0A 2WMUA 3UIMA 4MNFA 5HTBA 4TYEA 1O6LA 4YLKA 4OTFA 4QYEA 2W06A 5LMBA 3HAMA 4A4XA 1GZ8A 3DTCA 3NUAA 5J9YA 3E64A 4WSYA 3QL8A 3MJ1A 2XNPA 2BZIB 2QC6A 5IZFA 3KRLA 4XG4A 1H25A 3SA0A 5E8TA 5FG8A 4L43A 4ALWA 4DF3A 4ZTLA 2J0JA 3QBNA 3KK8A 2GFCA 3GUBA 5AM6A 2I0VA 4N4SA 3MFRA 5H9BA 1OBDA 5M4FA 4C4FA 4FV5A 5HCZA 2JFMA 2P55A 5FGKA 4WUNA 2WMWA 4QMSA 1IAHA 3TZ9A 2R5TA 4WD5A 2YM3A 3UQFA 3TN8A 4AT3A 2YWVA 3C9WA 5CNOA 4U9AA 4U0IA 3EFJA 3FZSA 3BYVA 5HTIA 3BGZA 3E92A 1U46A 4NUSA 4R8QA 2O5KA 3ZFXA 2XCHA 4E6AA 4BB4A 3FPQA 4EK4A 4FTTA 4K33A 3IDPA 4YBKA 1PKDA 3RI1A 5AUVA 2IWIA 4M15A 4JR7A 2UZUE 5EK7A 3VUTA 1NW1A 4GYGA 3R9OA 4JBVA 4XV1A 1H26A 5KBQA 3BYMA 3RCDA 2X7OA 4FT7A 4NJ3A 3DNEA 2YITA 5HEZA 5ANEA 3C4FA 1A9UA 3TWJA 4IADA 1OITA 3PXRA 1FVTA 3MGYA 3OWPA 2PZYA 4KKEA 5AFVA 4BF2A 3IGOA 1UNLA 2WKMA 4YMJA 4MWIA 5LVMA 3Q6UA 4YC3A 4ZY5A 4HZSA 2WQNA 3DDQA 4LRMA 4KBCA 3VUKA 4F7SA 3D5VA 4XG6A 3EHAA 3KEXA 4XUFA 1GZNA 4FNZA 1RQQA 2XYNA 5CVHA 1T46A 3E8DA 3NPCA 5ETAA 3KRXA 4ZSAA 3H30A 1Q8TA 2VTLA 4TWPA 5AV4A 2PVHA 2IG7A 5E9EA 2C6EA 5CU4A 3TZ7A 5BYYA 4UMPA 2OO8X 1ND4A 3C5UA 5BVFA 2UZOA 3TJCA 3DNDA 4BZOA 4BDGA 4CQEA 4K18A 5CQWA 3FLZA 4IDVA 3SVVA 4QTBA 3EQIA 3PUPA 3RALA 2J51A 4B6LA 4HYUA 3VS0A 3DXPA 5M08A 3NUXA 2ZV9A 3A4PA 5FEQA 2C6DA 2PZPA 1ZYDA 1HCKA 4F7JA 3ZH8A 2WTWA 3MA3A 3ORZA 3CGFA 2XRUA 2OJJA 3SW7A 5K9IA 3R02A 3GGFA 3M42A 3FKLA 4RIXB 4E5AX 3KXGA 3MPAA 4A9RA 3F3VA 3LFFA 3DLSA 4X2JA 1CKIA 1FINA 3MVJA 5AM7A 3OWKA 3ZDUA 3QFVA 4ACDA 3D7ZA 4R3RA 4QMVA 4QPSA 3U6IA 4ZS0A 3QC9A 4YZCA 4CXAA 3NAXA 4UBAA 5A4TA 4A4LA 3CKWA 4KKHA 4RRVA 5LJJA 3C4ZA 1UNGA 3FKOA 3GC9A 4XBUA 1U4DA 4BN1A 4HGTA 3AQVA 3COHA 3O17A 2RF9A 4FNXA 2C6OA 5E1EA 5ITAA 3IGGA 3CPCA 2W1EA 2ETMA 3LMGA 3QKKA 3BU6A 4APCA 2HAKA 4C4EA 2BRGA 4USEA 4A07A 2OXXA 3WI6A 4A4OA 3U9CA 4V05A 1JOWB 5CNNA 4YTCA 3FZPA 3FHRA 5FXSA 3QQGA 5CU0A 3BGQA 3LFCA 5CWZA 5CF4A 4IAZA 4EH2A 4FTOA 4U3ZA 4E4NA 4ZTQA 4I6HA 4U45A 4AW5A 5FBNC 2VRXA 3BV2A 4WO5A 4F1TA 4F6SA 2W1DA 5G1XA 4PTEA 3ZLSA 4DFNA 2B54A 3DPKA 3UZRA 4MNEA 4OTWA 2BMCA 1P4OA 2X8DA 3KF7A 4U40A 5FEDA 3P78A 3ORMA 1CSNA 4H3QA 4FOBA 4QMQA 1EH4A 2VWUA 2O64A 4A9TA 4FVPA 4F9WA 5IH6A 2XBJA 5IQAA 1OUYA 2UVZA 2XVDA 5IQCA 1I09A 1M2QA 4FSUA 3I6WA 5H8EA 1W82A 3W2OA 5FP5A 4OR5A 1YXUA 1APME 1ERKA 2Y4IC 3RGFA 3FJQE 5EYMA 1CTPE 3LFBA 4ANNA 1B6CB 4OT6A 5F94A 2A1AB 2REIA 3EQGA 3CQUA 3HKOA 3D0EA 4GS6A 2IZSA 3EQCA 4UALA 3V01A 2OF4A 4BDCA 4HPTE 4BKYA 4EOQA 3ZYAA 5EM8A 2XH5A 2OLCA 4MBJA 4R3CA 4TWOA 3S4QA 4XRJA 4RX7A 3RAKA 4EK5A 3A7JA 5LARA 2ONLC 5FDPA 4G3DA 5KMOA 3F2AA 5E1SA 3UIBA 1REJA 1WVXA 2PVLA 3MIYA 4EH8A 5KMKA 5EOLA 3FV8A 4C4JA 4R5SA 4RC2A 4QP7A 2VO7A 3MWUA 5CQUA 2VGOA 3QLFA 5BUEA 5EOBA 4AFJA 4OAUC 4AXAA 5CXZA 2GNLA 4QTCA 3TV7A 3F7WA 4O7SA 4BDHA 2HK5A 3LCOA 2YHVA 5AA8A 4W4VA 3OT3A 5TR6A 3HVCA 3VNTA 2NP8A 1OPKA 2ESMA 2R2PA 4JX3A 4DLJA 2CNUA 3NEWA 5HCYA 2PMIA 3EWHA 4H05A 4BFMA 2F7ZE 4FT9A 2VV9A 3U6HA 4MF0A 3VHKA 1HCLA 4GEOA 5CU6A 1TQPA 3VVHA 4QMWA 3IW7A 3PIYA 4X3FB 3BU5A 3QALE 5DIAA 5HCXA 2PUIA 3RPSA 4O2PA 4EKLA 1JVPP 4MXAA 4BDFA 4GK4A 2QKRA 2QOLA 3DDPA 4RVKA 3F7ZA 4NM0A 4O82A 3NYOA 2E9VA 2BZKB 4LGGA 2PMOX 4MEDA 3D15A 4I6FA 4WUAA 4EOKA 3EQHA 1FMOE 4D2TA 2QOBA 5DN3A 1J7IA 4F65A 4S2ZA 5D10A 1E1XA 4BGHA 4IAAA 3PWDA 4CT1A 1AGWA 1J91A 1R39A 2HWPA 2ITXA 2VWXA 3O0GA 4YTHA 4BC6A 1YOMA 3NIEA 3THBA 2W1CA 4AN3A 3Q6WA 2IVUA 5K0XA 2ITVA 4W9XA 5AUZA 3ORTA 1STCE 4C0TA 4CCUA 2BCJA 3ACJA 4EZ7A 4GK3A 3PSCA 5HNGA 1M2RA 2O65A 2QOOA 1H08A 2ZMCA 3NYXA 4AQCA 4APPA 4BZDA 2Y4PA 4FL1A 3RK9A 1GOLA 2BZHB 5F95A 1FMKA 2HZNA 2WD1A 3BYUA 4P5ZA 4D2VA 4J53A 2Q83A 1WMKA 3OMVA 1YWVA 3MN3A 4F6UA 2UV2A 3W1FA 5DMZA 4MXZA 3ZRKA 4YO6A 4AW2A 4L3PA 3R7VA 4ANBA 4CNHA 3TIZA 4IHPA 4M7IA 4GFGA 3WF6A 3P23A 4MF1A 2C6TA 5BVOA 5J5SA 2JBPA 4OW8A 4JBPA 3PDTA 3V5PA 3AD6A 5JRQA 3HYHA 3QTWA 3I6UA 2WGJA 3LCSA 4YJOA 5M4CA 4H3BA 2WFYA 2QNJA 2PVFA 5ANJA 3OEFX 4BZNA 5J7HA 3TACA 4C35A 3QRTA 4TNDA 4DH1A 3P08A 4D4VA 2NRUA 3SV0A 4DTAA 4U80A 3IECA 5M44A 2OU7A 4NCTC 3QCQA 2JIVA 3IOKA 3VC4A 4CQGA 5JZNA 5AEPA 4IAIA 3MESA 5IA5A 2X81A 1PW2A 2XJ2A 4BGQA 3C5IA 1YOJA 3QUDA 1OVEA 1BL6A 3GCVA 5E4HA 1NY3A 4Q9ZA 3UVPA 2UZBA 1OIUA 4K1BA 1O6KA 3LCTA 4GV1A 4YR8A 1K3AA 2UW6A 5HVKA 2X6EA 3QQKA 4ZEGA 1ZZLA 5J1VA 2UUEA 3F6XA 3PP0A 1OI9A 5HIBA 5KCVA 1YHVA 3HMNA 3PPZA 3KQ7A 5J5TA 3E62A 4O21A 4C58A 1W8CA 2FYSA 4O6LA 4YPDA 4RJ8A 3TTJA 4OBQA 4BTFA 3KCKA 4BHNA 4FR4A 4Y73A 3TEIA 5IDNA 1I44A 1OPJA 2C3JA 3IQ7A 2VNWA 4EOSA 3VHEA 4O7TA 3Q9YA 4W4YA 2VO3A 3NUSA 4YJNA 3NUNA 4YLLA 3DB8A 4IDTA 3NNUA 4LL5A 4E4LA 3ALNA 3PVWA 2FA2A 2XK4A 3ERKA 5AMNA 4DCEA 3NCZA 3GU5A 2UZTA 3F5XA 4D1ZA 3K5UA 3DAJA 2CN5A 3BLQA 2WMXA 4S34A 2CCIA 1VJYA 4I5MA 3D2KA 5E8UA 2C5NA 5CI7A 4CRLA 2W7XA 3MYGA 5HX6A 2OXDA 3KN5A 4IJPA 2IJMA 3S0OA 3F66A 3DBDA 3N9XA 3SGCA 1L3RE 3RM6A 4YUQA 2XEYA 2R0IA 5CSXA 3UE4A 4KUJA 2JIIA 3VRYA 2JKKA 3OF0A 2HW6A 4FG8A 3IW5A 3ZS5A 3UZTA 4G9RA 2J7TA 4FNWA 2OICA 2P2IA 3IG7A 2C3IB 5JGBA 3OHTA 1T45A 4XMOA 3BWFA 3RKBA 3GQIA 4DH8A 4CRSA 4J95A 4JBOA 4KBKA 1OIRA 1F3MC 3G15A 5AR2A 4IB3A 3V5TA 4BI0A 3PE1A 5A6NA 5TO8A 2V55A 4BCHA 1M2PA 2PVYA 3UIUA 3G90X 2OFVA 4H58A 4IH8A 3UO4A 3W8QA 4D4SA 2EXMA 5EW9A 3VWAA 4EOJA 5CAVA 2HWOA 4RX8A 2YJRA 1G5SA 2JFLA 4CT2A 3RCJA 4C59A 3MVHA 3D9VA 4J71A 4KIOA 5HICA 2C5VA 3VUGA 4XBRA 2J2IB 1OKYA 1LR4A 4E73A 5DPVA 2J0IA 5CF5A 3N4TA 4EI4A 4AN9A 4F0IA 5EQEA 2OSCA 1Q41A 2YN8A 1YHSA 5HD7A 4J1RA 4HVIA 3LCKA 5AR8A 4NFNA 4XLIA 3I1AA 1YXSA 3HGKA 3QU0A 4JVGA 5FEEA 3TDWA 4FT5A 3UQCA 3HMMA 5DI1A 4BDAA 5IG1A 2IZTA 2YM8A 3DKGA 4MK0A 2OW3A 3QX4A 2RG5A 2XS0A 4PDSA 5KKRC 3TNPC 5EDPA 3D14A 4FIIA 4DEDA 4MBIA 4RT7A 4B8LA 3QD2B 4JQ7A 4TXCA 4YC6A 2P0CA 4I0RA 3U4UA 3R7UA 3HV3A 4DCAA 4NU1A 4XH6A 1KOAA 3KULA 4EONA 2W1HA 5AP4A 3I60A 4DTBA 1Y8YA 3R9HA 3UO5A 3TNHA 4J97A 3QTUA 4ENXA 5CSHA 2PUNA 2RL5A 5KMIA 3DBFA 3E3PA 2R3LA 4JJRA 3OP5A 3GP0A 4V04A 4AT5A 4CKJA 2GCDA 3RWPA 3VS2A 2VTNA 3LXKA 4W4WA 3VS3A 4QPMA 3EYGA 3P1AA 3OWJA 4HYIA 4GT3A 4MQ2A 3TIYA 4F6WA 3BYOA 2OI4X 3UVQA 3FMDA 3G51A 4YZBA 5CI6A 5CS6A 4YSMA 4R78A 3O8TA 4EL9A 2OGVA 2PVKA 3HMPA 4FV2A 1XWSA 4ZTNA 3VJOA 3DZOA 4WNKA 4Z7GA 4RA4A 2X4FA 3GC7A 2R3PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CKE A;  2OH0 E;  3GB2 A;  3OCB A;  4M97 A;  4W8D A;  2F7E E;  3LW0 A;  5AUW A;  5BVN A;  4BCI A;  4AXF A;  1ZY4 A;  2Z8C A;  2WB8 A;  3VUI A;  4D4R A;  4DHJ A;  5FTO A;  4MUQ A;  2R3R A;  3GQL A;  2O3P A;  3MPT A;  4WNM A;  3WF5 A;  4EUT A;  3W32 A;  4FKL A;  4CMU A;  4CTB A;  3SHE A;  4UYN A;  4O7W A;  1P2A A;  4K77 A;  3MFU A;  4RX9 A;  2I0Y A;  4RJ4 A;  4EKK A;  4F9A A;  3DJ5 A;  2DWB A;  3POZ A;  4ZP5 A;  5JZJ A;  5DG5 A;  2W1F A;  3F3U A;  3ZXT A;  3IS5 A;  4BIE A;  5HIE A;  2ITZ A;  3MY5 A;  5BX0 A;  3PA3 A;  3DCV A;  2QU5 A;  4UXL A;  3QRU A;  5BUJ A;  3NRM A;  1W84 A;  2QOK A;  4JX7 A;  4RC4 A;  3QQL A;  4O4B B;  1Q3W A;  4TY1 A;  5AUU A;  2XIR A;  5CAP A;  1IG1 A;  5C8N A;  1ZMW A;  4A9S A;  4L8M A;  2ZM3 A;  3AC5 A;  4R1Y A;  4TL0 A;  3I0Q A;  1QPJ A;  2BUJ A;  5CSW A;  2OZA A;  1NVR A;  4ZMF A;  3AC2 A;  4X21 A;  3R8U A;  4CFF A;  4II5 A;  5CTP A;  2WMR A;  5EHL A;  4RWI A;  4O4E A;  5C8K A;  2G9X A;  5CLP A;  2RSV A;  4UN0 C;  3OT8 A;  3FLN C;  4KSQ A;  3A62 A;  1CM8 A;  2UW9 A; 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