2F2CB

X-ray structure of human cdk6-vcyclinwith the inhibitor aminopurvalanol
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
297
structure length
280
Chain Sequence
ADQQYECAEIGGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPQAFAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYFQDLER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Toward understanding the structural basis of cyclin-dependent kinase 6 specific inhibition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin homolog
molecule tags Cell cycle/transferase
source organism Herpesvirus saimiri (strain 11)
total genus 64
structure length 280
sequence length 297
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2005-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2f2cB02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2f2cB01
4BDFA 4D1ZA 2CNVA 3OFMA 2XP2A 3UZRA 4FKTA 4EORA 3LM0A 2GQGA 3M11A 4X7QA 3HV4A 3MVLA 3I6UA 5G1XA 1BL6A 1SMHA 2C0IA 4TYGA 4I5MA 4WG4A 1OECA 2A2AA 1YI4A 3I0OA 1H24A 1KWPA 5C8KA 4NH1A 5HCXA 2BKZA 3FMNA 1B39A 3QRTA 4WUAA 2O64A 4KBKA 5L4QA 3UBDA 4HGLA 4BCMA 4Z9LA 4EUTA 5DPVA 1O9UA 3BPRA 4YZ9A 5KCVA 2YM4A 4CKJA 4IH8A 4H58A 4W4WA 3ZFYA 5IA5A 4TKSA 4A7CA 1XH6A 3BCEA 3QQFA 4BC6A 4Z7GA 5IMXA 4BDGA 1YDTE 1UNLA 4OBOA 4GUEA 4F9WA 5M09A 3U9CA 4FZ6A 4RIWA 5HO7A 1A48A 3R04A 4EONA 2F9GA 4TYEA 5TOZA 5HZNA 3A99A 3EN5A 3RZFA 3PZHA 4JQ8A 5AUWA 4MNFA 3P08A 4LGDA 4YHTA 1YWVA 4Q5HA 5DVRA 2VX0A 4GKHA 3ZEPA 2WTWA 4G5PA 5BVOA 5A14A 3HRCA 2P33A 2JBOA 2WXVA 1XO2B 3DJ7A 5TO8A 3RPOA 3TNHA 2YIRA 4BCIA 1CKPA 2VD5A 5FEEA 2B9IA 3GXLA 4R3PA 4B8MA 3HLLA 2VX3A 4FI1A 5F95A 3OP5A 5HOAA 4ZIMA 2W1DA 3P1AA 5FG8A 3NIEA 3F5UA 4FG9A 4F9AA 4GEOA 4IVAA 3IDBA 4BZDA 2XNMA 5EDPA 2QC6A 4XH6A 3V6SA 2RGPA 5KMMA 2JKQA 4R3RA 2Y4IC 4AFEA 5IUHA 1NXKA 2PVNA 3ZHPC 5DA3A 3G5DA 4NSTA 4EUUA 5IA1A 4BCGA 3QLGA 1ZYCA 4AW5A 4G9RA 2JITA 4RRVA 4FEVA 3FZRA 3S4QA 3ZBXA 1QPDA 2ERKA 3E5AA 3BRBA 2Y4PA 3OBGA 3KA0A 4P5ZA 4MKCA 2VX1A 4A06A 4F9BA 1OL6A 2WTDA 3KMMA 4BDAA 2W1ZA 3COKA 3FAAA 4AXAA 4I5CA 4AZFA 5I9WA 1XBAA 2QO9A 5AV4A 1GIIA 5M4CA 2J90A 3FZOA 1M2RA 2R2PA 4H1JA 1H08A 2BFYA 3ZXZA 3L9NA 4KKGA 4QMSA 4W4YA 4DFLA 3OMVA 3VNTA 1FVTA 3SVVA 5CQUA 4DT9A 5CAVA 2EU9A 4CSVA 5BYYA 2WO6A 5EOLA 3VULA 3U54A 3EQHA 3OXIA 3TTIA 3E64A 3OY1A 1YKRA 3I6WA 3IG7A 3RP9A 3RK9A 5EQPA 3CGFA 2OGVA 4ZLYA 3D5XA 2ZB1A 2WELA 3NYOA 3EFLA 3PFQA 4MXAA 3AD4A 3GI3A 1PF8A 4ALUA 5CS6A 1UNHA 2C3JA 4NM0A 2BHHA 2EB3A 3C13A 5JZNA 2XIRA 1MQBA 2OJJA 3MVJA 3GCVA 5DT4A 4IB3A 3DNDA 3LZBA 4XG9A 3R1YA 5AR8A 5CXHA 2ITZA 3VS0A 4PMMA 3BQRA 1PY5A 3THBA 1ZARA 2QOQA 4IAIA 3GFEA 2WMBA 4FTCA 5IUGA 2HELA 3MY1A 3BLRA 4JLCA 4X2NA 2W99B 1H4LA 4I20A 4ANOA 5EYDA 1FBNA 3ZM9A 4HCTA 2CLXA 4I21A 4U3ZA 2UZDA 3ODYX 3OC1A 5BVDA 4LRKA 3KY2A 2X0GA 3C7QA 4PX6A 3DJ5A 3TZ7A 4EOPA 4FKVA 4E6QA 4O1PA 3EQCA 2HIWA 2ITUA 4ANMA 2VTNA 4PDOA 4D2RA 2OICA 4GRBA 3RI1A 4AUAA 2XK6A 3ZRKA 1Q3DA 2WMSA 4ZY4A 4F0IA 4WHZA 1PHKA 2C6EA 1OL1A 2GFSA 4O0UA 4ITIA 3R9RA 3SGCA 5LVOA 4CYIA 4BB4A 5M4IA 4RZWA 2PVHA 3LCKA 4ZXTA 2ETKA 2NPQA 3GC9A 4QP3A 3ALNA 3NR9A 5DRBA 4IZ5A 1YWRA 3RGFA 5AP6A 4BCOA 2J0LA 2E9UA 4AT5A 4FNYA 1OMWA 4ANLA 4D28A 2HW6A 3HX4A 5DYJA 3ZEWA 5C8MA 4GL9A 3AC3A 4MX9A 4R5YA 3CJGA 5HCYA 3TCPA 2X2LA 4L44A 2VU3A 3H9OA 4FKRA 3AC1A 2BKKA 3LXNA 5EI2A 3RAKA 2C1AA 3K2LA 3PY3A 5IA0A 1NA7A 4FL2A 5FDPA 5JRQA 5M08A 4EWHA 1YHSA 1OL7A 4FSNA 4HGSA 2XCKA 5CENA 4DTAA 1XH5A 3UNZA 5AAEA 2RFEA 5KMIA 3MESA 3Q4ZA 2JFMA 3HP2A 5HQ0A 4JX3A 2VV9A 3BU6A 4WOVA 4AQCA 3QFVA 3S3IA 5CNOA 2UW3A 3G6HA 2WIPA 4YJQA 4FODA 5EM6A 3MBLA 3LFAA 1Q61A 3UG2A 3NSZA 4ITHA 5IMEA 2PZPA 4QMLA 2BVAA 2DWBA 4CFFA 2G01A 3N4VA 5HLPA 3GENA 4MK0A 3I4BA 3NGAA 3QTRA 4TYHA 4O2ZA 5CAUA 3P7AA 4EL9A 5BUIA 2R9SA 2XM9A 4YLLA 1OKVA 3TNPC 1YHVA 3QQJA 2QR8A 3KXZA 3UOHA 3DNEA 4M68A 3F7WA 2W9ZB 3TNIA 2CN5A 3DQWA 4NM7A 2GU8A 5CVFA 4G17A 4ORKA 4DE4A 4Q9SA 4ERWA 3VS1A 3BHHA 2ITTA 3CY3A 5AUUA 5LVNA 4C02A 4PF4A 4BYIA 2PWLA 4U80A 3VF8A 5FXRA 2JDRA 2IO6A 2XS0A 3DK6A 4DGLC 3R21A 3LHJA 4RG0A 3AQVA 4YJUA 3CLYA 4ZS0A 1KV2A 3GOKA 3H9FA 2UW0A 4LMNA 4ZTLA 2XK4A 4G3CA 5J5TA 3JYAA 1ZMVA 4BWKA 4FV6A 2QLUA 5CI6A 3B8QA 4F9YA 4NM3A 4TNDA 4Q2AA 4UZDA 3ZZEA 4FT9A 2PVYA 4LYNA 5DT3A 4E4XA 4EH6A 1CDKA 3R9HA 5K4IA 3N4UA 5HG8A 3R0TA 3C4EA 3FI3A 4GK2A 4DH7A 3I79A 3HMMA 4DFNA 3QX2A 3D5UA 3D83A 3R01A 3SRVB 4FSWA 1Q8UA 1FPUA 3BBTB 1OIQA 2Q0NA 1PXJA 3AT4A 4FNWA 2R0IA 2W5BA 4X3FB 3O50A 3F5XA 3R7IA 4FKSA 5DG5A 4CRSA 1QPCA 3NYNA 2A4LA 4FC0A 2HXLA 4YJPA 3QX4A 3IECA 5IUIA 4BGHA 5HIDA 4ACGA 5M51A 4OGRA 5M53A 3SV0A 4MCVA 4RLLA 3R1QA 1IR3A 3AC8A 3UYSA 1OUKA 3P86A 4B4LA 4FGRA 4PDYA 4K6ZA 5HE0A 4RIYB 2I1MA 4YNEA 2PE1A 2QO2A 5EI6A 4F1MA 3HAVA 3KCFA 3R1SA 3V5QA 4XG6A 4FSRA 4EKLA 2ZV7A 3KRLA 2XYNA 2XH5A 1W8CA 3N9XA 4OTHA 3MPAA 5E1SA 4BDHA 3QUDA 4FEQA 2F4JA 3ACKA 4KIKB 5CZIA 3UPXA 3TNQB 4DLJA 2B7AA 3FMLA 2YM7A 2FYSA 5AP4A 4QP8A 3FI4A 3NCGA 1ZYJA 4PMSA 4X2JA 4YPSA 4UZHA 4O7ZA 5C4KA 2Z60A 3MPTA 3FXZA 2J0IA 4KRDA 4B7TA 2VWVA 3QL8A 2C6MA 3LCDA 2B54A 4AGCA 3KVWA 5EM7A 4E6CA 1U54A 2UZUE 2RL5A 3LCSA 2YIXA 2BAJA 2IJMA 4WG3A 1CSNA 2P3GX 4W4XA 5DN3A 5EFQA 4LV5A 4KKEA 4RA4A 1ZLTA 1ZOEA 4MF0A 4PDPA 4CQEA 4CD0A 2VWZA 5T3QA 2YDJA 3BGZA 4RPVA 2BRHA 3KB7A 5EW9A 3V3VA 3MS9A 2DQ7X 5IEXA 2GPHA 1Q99A 1G5SA 3W2PA 2BHEA 4QO9A 3NRMA 1OIRA 2J5FA 3R71A 4R7HA 5TE0A 4K1BA 3HECA 3HMIA 4FIIA 1GIJA 3PPJA 4XBUA 3IQ7A 5L8JA 3KL8A 3G0FA 4J71A 3KCKA 4AGWA 5DI1A 3CKXA 3IW4A 2FUMA 2CDZA 3IW5A 4OBPA 3D0EA 1XWSA 4AF3A 4CMOA 5K4JA 4IAFA 3PLAE 4IM0A 3VUTA 4AT3A 3SXRA 4C62A 3PRFA 5AUXA 4CLIA 4G3GA 4IVDA 1Y6BA 4GG5A 3ORZA 3U8WA 5K5XA 3TT0A 3ZMMA 4IX4A 4GH2A 4FTKA 5CU3A 4QPMA 4X3JA 4WO5A 4R7IA 4C3PA 4D0WA 5CY3A 5A4LA 2ZM3A 2XF0A 3GP0A 4XV3A 2C3LA 5FTOA 2JAMA 3A7JA 3ZO4A 3PTGA 4FKOA 4E4LA 4FKPA 4DEAA 1H0VA 5ANJA 2W06A 3RNIA 4CXAA 5GZ9A 4GIIA 2UZBA 3W33A 4XNEA 5EHYA 4L43A 3ENMA 3OUKA 4FTUA 4DGNA 3NZ0A 2YCQA 3FSKA 2WD1A 4GJ3A 4P2KA 3W8QA 4O82A 2GNHA 3DOGA 1Q8ZA 3EKKA 4HYHA 4IQ6A 5BVEA 5LCKA 4AZVA 4ACCA 1U59A 2BFXA 4GK4A 4JIKA 2P55A 4IIRA 1ATPE 3DBQA 3DLSA 1R0EA 5IA4A 1R3CA 3R9NA 2X8IA 4GT3A 5HBJA 1WAKA 4IW0A 3RZBA 4BWPA 3ZSGA 3NAYA 4DEDA 4CYJA 1STCE 3UNKA 3QZHA 3IW8A 5E8WA 3O8UA 3QQLA 5I0BA 4BKZA 4FTJA 4X6QC 4FIHA 4YO4A 4U8ZA 5E8TA 2PVRA 2IPXA 1K3AA 4EHZA 4FV2A 3ROYA 4UN0C 4QTCA 4DTBA 3FDNA 2W05A 3NYVA 3S95A 4DG3E 3D7TA 3QRIA 3KF7A 3UO6A 5CSHA 3A7HA 1YHWA 3VBVA 4RVTA 3TJCA 4YTIA 1UWHA 3UVPA 3AC5A 4AE6A 3N51A 4MQ2A 3CPCA 2VTJA 4FF8A 2OKRA 4OTPA 2YM3A 4K8AA 5HI2A 5BVNA 3CIKA 2C30A 4FNXA 5FUTA 2YWPA 4CNHA 5I4NA 4BDDA 1QCFA 1XBCA 2YM6A 3B2TA 5LCJA 5C9CA 4RIWB 3DZOA 2X2MA 4CVAA 3MI9A 3JY9A 2C6DA 1XHAA 2BROA 4I1ZA 1DI8A 2GNLA 2YJRA 5DFPA 4ZLZA 5B2KA 2EXCX 5AV0A 3NUPA 4QTDA 2XIXA 3UIBA 3MN3A 2YWVA 1YWNA 3LLAA 1G3NA 4I0SA 2XJ1A 3F3VA 1Y91A 3WZUA 4CFWA 4RX5A 4ONAA 5KBQA 4ASEA 4YZMA 4FE2A 4ZSGA 1KE8A 5BUEA 4AU8A 3E8EA 5FD2A 4TW9A 5JGAA 1P4FA 1YXSA 2O5KA 4EC8A 1SVHA 5I3OA 3K54A 4BYJA 4EH3A 4CMTA 4L6QA 4CTCA 5JSMA 2R3QA 2OK1A 4Y73A 4AAAA 1M2PA 4F1OA 1E1XA 1MUOA 3TKUA 3PJ8A 4EH7A 4UMRA 4JR3A 1OIUA 2X6DA 3FYJX 2IW9A 5DIAA 1VZOA 3W2RA 4RX8A 2VTSA 3GVUA 3OT8A 1V0BA 2Z2WA 3DTCA 4E6AA 5H2UA 1J1CA 4G6LA 1F3MC 2GQSA 3SOAA 4ZJVA 5FP6A 3HMOA 3ACJA 3A62A 3FUPA 5I9UA 4BF2A 4NEUA 4QQ5A 5TKDA 4B99A 1JKTA 3C4FA 2FA2A 3E8NA 3PVWA 3VS6A 1F5QA 5J9ZA 4YHFA 3NS9A 4BHZA 2XKDA 2QOBA 4ZTHA 2B52A 4YJOA 2BDFA 2BAKA 3KMWA 4G2FA 4U42A 4E7WA 4F99A 3ZM4A 4IM3A 4UWYA 3I7CA 4BCQA 3PA4A 1BMKA 3O23A 3LIJA 4E1ZA 2OU7A 1WBNA 2A1AB 3NLBA 3F3TA 3LCOA 3ORLA 3PSBA 4TPTA 5CEKA 3BWFA 4ZMFA 3MW1A 5J9YA 1WBSA 4V0GA 3AC2A 4PTEA 5CXZA 4UWCA 3LFBA 4IAZA 4XV1A 5GINE 3COIA 4QYEA 3DKFA 2WMAA 2YLEA 3LXPA 1J3HA 2ZMCA 4OBQA 4FTIA 5JFXA 2C3IB 4GJ2A 4PWNA 1PMUA 4D5HA 4D2SA 4H3PA 4ZTQA 1E9HA 3Q4TA 2JDTA 2YAKA 2BRGA 2NO3A 3HYHA 5A6NA 2ITVA 4I0TA 3HRFA 3SRVA 3EKNA 4QMVA 4U9AA 4XMOA 3MTLA 4F08A 5M06A 1H27A 3F82A 2HY81 2Z7QA 3HVCA 4RQVA 1Q8TA 4RC4A 2ETMA 4FV4A 3TL8A 4EOIA 2UW9A 4CG9A 3HKOA 1YXUA 3QQHA 3KN5A 3UE4A 4A9TA 4XUFA 2R5TA 1O6YA 2IVTA 2UZTA 5AJQA 3A7FA 3DDPA 2F7EE 4CV9A 4ZZMA 4W8DA 4XV9A 1DS5A 4M15A 3LXKA 3OD6X 3R00A 4WG5A 2GNJA 4QNAA 1GZ8A 5CANA 3NMUF 2NRYA 3SXSA 4C59A 3RPRA 3CCNA 3SX9A 2GNGA 5JRSA 3BV2A 3LKMA 1HOWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BDF A;  4D1Z A;  2CNV A;  3OFM A;  2XP2 A;  3UZR A;  4FKT A;  4EOR A;  3LM0 A;  2GQG A;  3M11 A;  4X7Q A;  3HV4 A;  3MVL A;  3I6U A;  5G1X A;  1BL6 A;  1SMH A;  2C0I A;  4TYG A;  4I5M A;  4WG4 A;  1OEC A;  2A2A A;  1YI4 A;  3I0O A;  1H24 A;  1KWP A;  5C8K A;  4NH1 A;  5HCX A;  2BKZ A;  3FMN A;  1B39 A;  3QRT A;  4WUA A;  2O64 A;  4KBK A;  5L4Q A;  3UBD A;  4HGL A;  4BCM A;  4Z9L A;  4EUT A;  5DPV A;  1O9U A;  3BPR A;  4YZ9 A;  5KCV A;  2YM4 A;  4CKJ A;  4IH8 A;  4H58 A;  4W4W A;  3ZFY A;  5IA5 A;  4TKS A;  4A7C A;  1XH6 A;  3BCE A;  3QQF A;  4BC6 A;  4Z7G A;  5IMX A;  4BDG A;  1YDT E;  1UNL A;  4OBO A;  4GUE A;  4F9W A;  5M09 A;  3U9C A;  4FZ6 A;  4RIW A;  5HO7 A;  1A48 A;  3R04 A;  4EON A;  2F9G A;  4TYE A;  5TOZ A;  5HZN A;  3A99 A;  3EN5 A;  3RZF A;  3PZH A;  4JQ8 A;  5AUW A;  4MNF A;  3P08 A;  4LGD A;  4YHT A;  1YWV A;  4Q5H A;  5DVR A;  2VX0 A;  4GKH A;  3ZEP A;  2WTW A;  4G5P A;  5BVO A;  5A14 A;  3HRC A;  2P33 A;  2JBO A;  2WXV A;  1XO2 B;  3DJ7 A;  5TO8 A;  3RPO A;  3TNH A;  2YIR A; 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