2GHL | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	348
structure length	334
Chain Sequence	RPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGHRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLARATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLAQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0351058010882728__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0351058010882728__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2GHL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0351058010882728__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0351058010882728","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2GHL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0351058010882728__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Mus musculus
publication title	Development of N-2,4-pyrimidine-N-phenyl-N'-phenyl ureas as inhibitors of tumor necrosis factor alpha (TNF-alpha) synthesis. Part 1. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mitogen-activated protein kinase 14
total genus	101
structure length	334
sequence length	348
ec nomenclature	ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date	2006-03-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	2ghlA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	2ghlA01

3NNUA 3OWJA 3Q04A 5HHWA 5HU3A 3TDVA 3RBWA 4C7TA 4FSMA 4USDA 4XS2A 2XH5A 3IDCA 2WQMA 2BKKA 4BCFA 2WQBA 2PK9A 2QU6A 2ITWA 2CGXA 2QG5A 5EQPA 2WB8A 3NYNA 3OBGA 3LQ3A 1V0OA 2WTKC 3HRFA 2YDJA 5M51A 2R3NA 4RJ7A 2EB2A 5CZIA 4IVAA 4MXXA 4GV1A 4UWBA 3UYSA 1OKVA 5A4EA 4AZVA 1ZZLA 3BWJA 3EQFA 2UVXA 4ZY4A 4MH7A 2G9XA 3FXXA 4BDFA 4UBAA 4C3FA 4HCUA 4BCPA 5DGZA 2CNQA 3NUXA 5FLFA 4JG8A 1W8CA 2UW5A 3HV3A 3THBA 3V01A 4IXPA 4OAVB 2XZSA 4O86A 3FE3A 2WQNA 2HZ4A 3O8PA 4IMYA 4BHNA 3L9PA 5GZ8A 2ZDUA 3DBEA 4GK4A 4RBLA 1GOLA 2WMRA 2YCSA 3EMGA 3HDMA 4JIAA 4O91A 5CSVA 4NTTA 3C1XA 3WE8A 3LQ8A 4RJ3A 3W1FA 3QRIA 5BNJA 4EWHA 5IPJA 3PIYA 5ICPA 1PXKA 2BRMA 3IG7A 4NT4A 1KE9A 4QMZA 1SVGA 4DEIA 2EU9A 5FEDA 4ANLA 2V55A 1KV1A 5HIEA 3QYWA 4R3RA 2EXEA 4JRVA 4CTBA 3ROYA 5BVKA 4BWXA 2V62A 3I1AA 4QPSA 2VTHA 1Y8YA 3OD6X 4O0RA 5JK3A 2ZV8A 2QODA 1ZYJA 4L45A 2NPQA 2QO9A 3RPYA 4OBOA 3R9DA 5DR6A 3UPXA 2OGVA 4EOMA 4I22A 1YOMA 4F1OA 5JFWA 3LQ5A 4IM3A 4OUCA 4J53A 4RRVA 1K9AA 3MV5A 5TE0A 3PVBA 3R21A 3BU5A 4ZSAA 3DQXA 1IASA 3ORTA 3B2TA 2VTPA 5J5SA 4H58A 4DBXA 1Q8ZA 3C13A 4KS7A 3VRZA 3ZTXA 2PZRA 4C4IA 4WBOA 4YBKA 2IW8A 2VTIA 2ETRA 3UP2A 5DVRA 3UG1A 5JT2A 3QCYA 1YI3A 4JQEA 3R00A 2A1AB 4K18A 4UWYA 5ACKA 4LMNA 3UVPA 4RJ5A 3BBTB 3GCSA 2QOOA 2VAGA 2Y4IB 4H1MA 3NIZA 3MIAA 3AC8A 3W32A 2OFVA 2YISA 4MX9A 3V51A 5BYZA 3GNIB 4MBLA 2RG5A 3CIKA 4E3CA 1Y6BA 1OIQA 3OCSA 3PXKA 5HX6A 3FC2A 3QHRA 2W17A 1J1BA 3MVLA 2WTDA 3LZBA 4P4CA 3QCQA 2V0DA 5AJQA 3P4KA 4RJ8A 3BIZA 4J7BA 2B9JA 5HIDA 5JQ8A 4ASEA 5EYMA 1JQHA 3L8SA 2IO6A 3NEWA 3EFJA 1U54B 1WVYA 4AN3A 3EN5A 4DLIA 2GHGA 3NW7A 4WNMA 3OY3A 2W9FB 3MDYA 4RVKA 2OKRA 1FVVA 3C4CA 3BLHA 2GFCA 4EYMA 2BRNA 3DY7A 3RALA 3ODZX 5KZIA 5AWMA 3OY1A 3WZJA 5CI7A 2GNHA 3R8UA 4BBEA 4DFBA 4PY1A 4O2ZA 2CGUA 3M42A 4QQ5A 2PE2A 4JG6A 3DKFA 4KINA 5ANIA 2R2PA 1YHSA 5HVYA 4M69A 3ODYX 4EK5A 3WYYA 5FXRA 5FG8A 1JSTA 5JKGA 3CTHA 4M66A 4TYEA 2REIA 3ID6C 2A27A 4S34A 1H25A 2GPHA 3NS9A 3HP5A 3ZXTA 1TQMA 3TI1A 2O0UA 2C6MA 4WUAA 2E9OA 2QOIA 3FUPA 3I5ZA 4F7LA 4R7IA 1NA7A 3T8OA 5CNNA 4BFMA 2VO7A 4QTAA 5CX9A 5IQEA 2HOGA 3BKBA 4YTCA 5L2QA 5F9EA 2BTSA 4FEQA 4FTQA 3QA8A 4FSUA 4YC3A 1JKSA 2DS1A 3TWJA 2P0CA 4D2RA 1Q8YA 4EH9A 1JWHA 2G15A 3F7WA 4OT6A 3DJ7A 5AFVA 4FR4A 4DG3E 4Y8DA 2RSVA 4M68A 5IU2A 3MFRA 4FV8A 5F20A 1OPLA 3CQUA 4X2GA 4YPDA 5KHXA 4FTRA 4LMUA 3EQIA 5L8LA 1K3AA 3CGFA 4F7JA 4K1BA 4B7TA 2VTSA 3OW3A 5HNBA 2G01A 4YR8A 5K9IA 5CU6A 2F7XE 2W05A 4IZYA 4FKLA 3QU0A 5IQBA 2RFNA 5J9ZA 1JLUE 3AGLA 3FMHA 1JKLA 2UW0A 4UYNA 5JZJA 4DGMA 3ZDIA 5J9YA 4I4FA 4EOJA 3HKOA 5CTPA 3BCEA 1TVOA 2YLFA 4XHKB 4YJUA 3KL8A 4NFNA 2UZVA 4EZ3A 3PXRA 3PA3A 4F70A 3EFLA 2EXCX 4ZTLA 3S2PA 1Q99A 4GSBA 5J79A 1ZAOA 5DH3A 5LMBA 3R9HA 1WBVA 4G3GA 3F5UA 3QTUA 2QKRA 4FSTA 5KBRA 2XM9A 1WBSA 1OIUA 5LOHA 3E7OA 4AZFA 4DH7A 5C27A 4ASDA 4EQMA 3V5JA 3R71A 5CLPA 3Q9YA 4ORKA 2WMVA 3PPKA 2OK1A 4PNIA 5AP6A 4DGLC 1ZARA 3IW8A 3QALE 3TNQB 3F9NA 1NW1A 2YZLA 3FY2A 4FIGA 2X2MA 2WD1A 3PVWA 4KBCA 2PYWA 2WIPA 3H9FA 3RHXA 4DINA 5B2LA 2WHBA 2XM8A 3AD5A 4FNXA 2PMOX 2X8EA 1UV5A 1E1XA 2F57A 3D5WA 3TUCA 4YLKA 1Y91A 2XIKA 4V04A 5B0XA 3ZLSA 4ANSA 3G0EA 4PPBA 5EOLA 1NVRA 4BCGA 3MESA 3GU6A 3F88A 3CXWA 5A6NA 5FBOA 4BDDA 3H4JA 3OF0A 4K33A 4TYHB 4BGGA 4ZS0A 2HENA 3C7QA 5T3QA 2WOTA 3FI4A 4TPTA 4E6CA 1GAGA 2UZDA 4QP8A 4MXAA 4D9TA 3TM0A 3WIGA 3ENMA 4D5HA 5E1SA 3BGPA 3A4OX 4X6QC 3D15A 3Q53A 4BTFA 5D12A 3BU6A 2X0GA 4J71A 5HE2A 3LMGA 2C3KA 4FC0A 1U4DA 2HXQA 3TNIA 4AT5A 1ZYLA 4OBPA 5EM6A 1YRPA 3UOHA 2VUWA 4UX9A 5HI2A 3EL8A 4S31A 3UVQA 3QF9A 4GYGA 4M0YA 3UJGA 3GC7A 3K3IA 2QOBA 2LAVA 5DBXA 5HTCA 3A2CA 2F49A 1QPDA 3CTJA 2G2FA 1NY3A 4HPUE 4KB8A 4QQCA 5IA0A 3S0OA 3ZS5A 5J7BA 4FV7A 3DOGA 2Z60A 4E26A 4JDJA 1H00A 1SNXA 2HXLA 3R6XA 4L68A 3U4UA 5M07A 2ZJWA 3R2BA 1M2PA 3ANRA 3DBQA 3HNGA 2G1TA 1TQIA 3ORIA 5AAEA 3OT3A 3KMWA 4AXAA 4BIEA 3EN6A 4HVSA 1XBAA 4RIYB 1SVEA 4AAAA 3IDPA 2UW9A 3FEGA 3FMLA 2XBJA 4G3DA 3LMIA 2J7TA 5ANKA 1F0QA 2GS6A 3UC3A 1FBNA 3C4ZA 5LARA 1PHKA 4JIKA 1B38A 2FA2A 4KIKA 4YJVA 2B52A 4F99A 2PMLX 2R0UA 4FSWA 4ZTHA 3VW6A 2BZJA 3DAKA 3C0GA 4D0XA 5M44A 4YJRA 3DNDA 3G6GA 3DKOA 2R7BA 4I0TA 3GOKA 1U54A 4XOZA 3ROCA 5CAOA 3LLAA 1JPAA 3VUMA 4Y72A 5FM2A 4GW8A 4USFA 3PRFA 2OIBA 3C4WA 4NCTC 4J8MA 3E93A 4ITJA 4Y83A 4OTIA 4UMTA 2W0JA 4QTBA 3H30A 3WBLA 2I1MA 2OICA 1XWSA 3MWUA 4KAOA 1H24A 4W4WA 3UIMA 3UO6A 4CFNA 4TWCA 3MH1A 3OWKA 2QR7A 2Q83A 1KOAA 4OTRA 5JRSA 3L9LA 3TTIA 3AMYA 1E9HA 4GVJA 4CRSA 4HGLA 4DFYA 3HV5A 5CEQA 3V6RA 4BHZA 1ZOEA 2CKQA 4MNFA 3KXMA 4BCIA 2VO3A 1BUHA 1OECA 1TKIA 2JKOA 2X7GA 4HVIA 1M2QA 3NRMA 4CCBA 4QPMA 4ANNA 2W4KA 1QCFA 2X4ZA 3BU3A 3EWHA 3GFEA 4X21A 5KE0A 3ZEWA 4PTGA 4A4OA 4AZEA 4ENXA 1WAKA 3F6XA 3FMJA 1R3CA 1H4LA 2FSOX 3N4UA 3P7AA 5BVFA 3R22A 3BI6A 1WVWA 5KCVA 4H3BA 5BMSA 3EIDA 4BIBA 2IG7A 3S1HA 4EZ5A 4JDHA 4IANA 1FMKA 4FKQA 4X3FA 4W4VA 4XLVA 3TZ8A 5AR3A 4FTJA 4K9YA 2C6OA 4X3JA 1MRVA 3SXSA 3TNHA 5DG5A 2GU8A 2JIIA 4IVBA 1BL6A 1K2PA 3U55A 3E3BX 5D11A 5AUWA 5DMZA 4RA5A 5FDPA 2EB3A 3OOMA 3A62A 4FSRA 4O84A 3KXZA 4FV3A 3MSSA 4L52A 3FKOA 4LGDA 4QP3A 1JAMA 3HV6A 3QZIA 3RTPA 4NJ3A 2YCQA 4BB4A 3D0EA 3IONA 3KQ7A 3TACA 5CY3A 3C5IA 3P23A 5M56A 4PDPA 1YDRE 4K6ZA 4FVPA 5LVLA 3GCPA 5L6PA 4QO9A 2J0IA 3OC1A 2WTVA 5JN2A 1Q4LA 3MS9A 5GJGA 4XG3A 4QP1A 4C61A 4EORA 4I4EA 4QYGA 4AW5A 1WBWA 1HOWA 4GFGA 3Q9XA 3N4VA 5CEPA 4YJPA 2F4JA 3DXNA 3LXLA 2JKKA 3R8VA 3W2RA 3UQCA 3QZGA 5AR8A 3V8WA 1ZWSA 3EJ1A 3K54A 1H0VA 4UMQA 2GNLA 3BX5A 3NNWA 5CZHA 1JSUA 2B0QA 2UUEA 4IX6A 3EQHA 4XV1A 3FXWA 4ZTSA 4LRKA 4G9CA 2ITTA 3B8QA 3FKNA 1ND4A 3OW4A 3GOPA 4A9SA 4FG9A 4ZZMA 2ZB1A 2G2HA 2X39A 2WO6A 2C4GA 4MAOA 2W99B 3TIZA 4CV9A 4BDIA 4QMXA 5FUTA 3A7GA 3GBZA 1OUKA 1H08A 3VNTA 2IZRA 4ITHA 3PFQA 5I3OA 4TYHA 1KE8A 2UZBA 1M52A 5LVOA 4TWOA 2RF9A 4UALA 5AV4A 4X2KA 1U59A 4I41A 4DG2E 1ZXEA 2WMUA 5AMNA 4R3CA 3V3VA 3S3IA 5GIPE 2WU7A 3FQEA 3NUSA 1YXVA 3BQRA 2C47A 4DEBA 4AP7A 4CNHA 2E9VA 4IX3A 4MWIA 3SA0A 2VX3A 1UA2A 4F9BA 4I3ZA 4GU9A 1GIJA 3MYGA 1PRYA 5AA8A 4AGUA 5JEBA 4UWCA 5HLPA 2YITA 1E1VA 3OHTA 4DEGA 3A7IA 3LJ2A 3E7VA 4F0GA 1S9JA 3A7FA 2ZDTA 3HEGA 5CVGA 4YGAA 3OMVA 4B4LA 3P1AA 3SGCA 2CCHA 4XEYA 4Y5QA 3NAXA 3BHUA 3C0HA 4L44A 2WEIA 4N6ZA 3R8PA 3OFMA 3KY2A 3NW6A 4NKAA 2WQEA 2ZM4A 4ZIMA 1CKPA 3G9NA 2C5NA 2P4IA 2ZM3A 5FP6A 3PJ8A 4DH3A 4QQTA 5J1WA 4OAUC 4BR3A 4QNAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3NNU A;  3OWJ A;  3Q04 A;  5HHW A;  5HU3 A;  3TDV A;  3RBW A;  4C7T A;  4FSM A;  4USD A;  4XS2 A;  2XH5 A;  3IDC A;  2WQM A;  2BKK A;  4BCF A;  2WQB A;  2PK9 A;  2QU6 A;  2ITW A;  2CGX A;  2QG5 A;  5EQP A;  2WB8 A;  3NYN A;  3OBG A;  3LQ3 A;  1V0O A;  2WTK C;  3HRF A;  2YDJ A;  5M51 A;  2R3N A;  4RJ7 A;  2EB2 A;  5CZI A;  4IVA A;  4MXX A;  4GV1 A;  4UWB A;  3UYS A;  1OKV A;  5A4E A;  4AZV A;  1ZZL A;  3BWJ A;  3EQF A;  2UVX A;  4ZY4 A;  4MH7 A;  2G9X A;  3FXX A;  4BDF A;  4UBA A;  4C3F A;  4HCU A;  4BCP A;  5DGZ A;  2CNQ A;  3NUX A;  5FLF A;  4JG8 A;  1W8C A;  2UW5 A;  3HV3 A;  3THB A;  3V01 A;  4IXP A;  4OAV B;  2XZS A;  4O86 A;  3FE3 A;  2WQN A;  2HZ4 A;  3O8P A;  4IMY A;  4BHN A;  3L9P A;  5GZ8 A;  2ZDU A;  3DBE A;  4GK4 A;  4RBL A;  1GOL A;  2WMR A;  2YCS A;  3EMG A;  3HDM A;  4JIA A;  4O91 A;  5CSV A;  4NTT A;  3C1X A;  3WE8 A;  3LQ8 A;  4RJ3 A;  3W1F A;  3QRI A;  5BNJ A;  4EWH A;  5IPJ A;  3PIY A;  3W0O A;  5ICP A;  1PXK A;  2BRM A;  3IG7 A;  4NT4 A;  1KE9 A;  4QMZ A;  1SVG A;  4DEI A; 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2GHLA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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