2H34A

Apoenzyme crystal structure of the tuberculosis serine/threonine kinase, pkne
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
263
structure length
243
Chain Sequence
GPYRLRRLVGRGGMGDVYEAEDTVRERIVALKLMSETLSSDPVFRTRMQREARTAGRLQEPHVVPIHDFGEIDGQLYVDMRLINGVDLAAMLRRQGPLAPPRAVAIVRQIGSALDAAHAAGATHRDVKPENILVSADDFAYLVDFGIGTLYYMAPERFSEYRADIYALTCVLYECLTGSPPYQGDQLSVMGAHINQAIPRPSTVRPGIPVAFDAVIARGMAKNPEDRYVTCGDLSAAAHAALA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Conserved Dimer and Global Conformational Changes in the Structure of apo-PknE Ser/Thr Protein Kinase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase pknE
molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 58
structure length 243
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2006-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2h34A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2h34A01
4PTEA 5KMMA 3ANQA 3FAAA 3AC2A 5LVPA 1PYXA 4NUSA 3U4UA 3ZYAA 5IISA 4OTQA 1PXPA 3DNDA 2HY0A 1ZAOA 2QKWB 3DQXA 4ANLA 1YHSA 3EMGA 3KL8A 4RQVA 4U7ZA 4MX9A 4JQ7A 5CF5A 3WE4A 3JVSA 4FK3A 2R7IA 3PA3A 2JDTA 5IQBA 4FEUA 2OH4A 3CQUA 4X2JA 4XX9A 3OROA 4E5BA 4ZJIA 1UNLA 3VF8A 3O51A 4IBMA 3PXRA 2XK3A 2Z60A 5CNOA 2PVKA 3MFSA 4U40A 5EM5A 3UGCA 3UNZA 4EQMA 5BX0A 4PY1A 4M0YA 2VWVA 3P23A 2H34A 1W98A 3R8ZA 4FV3A 2UVXA 3Q4CA 5AA9A 4FIFA 4M14A 2LGCA 4LI5A 5AUWA 4C61A 4FSNA 4MF1A 4DEAA 4DYMA 4K33A 2Y9QA 5AM6A 1QPEA 3PIZA 4NFNA 2OICA 4FGRA 4MD9E 2UW9A 4DINA 4CRLA 3U51A 1V0BA 3HRBA 4IVAA 4MXOA 1OL5A 2O64A 3F69A 1UU8A 2FSLX 4YO6A 4EKKA 5K0XA 5E92A 5DRBA 1M14A 4FG8A 3MFRA 3UIMA 4XBUA 3M11A 4QYYA 4Z9LA 1GZ8A 4R7BA 2CKOA 5CAOA 4P7EA 5CU4A 4D1XA 3FMLA 4X3FB 4USDA 2ITOA 2H9VA 2C6LA 2OFUA 2ONLC 5JFWA 4YJTA 1U59A 5TF9A 5B7VA 1DM2A 2W1HA 1SNUA 1UVRA 2UZEA 5A9UA 1PXLA 4JS8A 3LIJA 2JFMA 3DCVA 4I21A 3OEZA 4ANSA 5IQIA 1YHWA 3NVKI 2XBJA 3D14A 3GC0A 4DITA 3NCZA 4G34A 4K1BA 1V1KA 3ZBXA 4MBJA 5EM8A 3R7GA 4D2SA 4RGJA 2W1ZA 2QODA 4IWQA 4ERKA 3HDNA 2PVFA 4F0IA 4YZ9A 3V5WA 3GOKA 3VS1A 1JKKA 3DFAA 4J97A 3ORZA 4Y72A 3EFWA 4FEVA 4WNMA 3VHKA 3LOKA 4L7SA 2VTHA 2C0IA 2WTCA 4FIEA 3SG9A 5M08A 4AE9A 1H1PA 2XUUA 4O27B 4MAOA 4HVSA 3COIA 4BHNA 3SV0A 5M4CA 5B2MA 3KC3A 1IASA 3QALE 2C47A 4AOTA 2PWLA 3BHUA 3RMFA 5ETCA 1Q8ZA 3CLYA 4CTBA 5HD4A 1ZMVA 4I1ZA 3KVXA 1MP8A 3Q96A 4BDGA 1K9AA 3HRCA 5FEEA 4QMXA 4EK5A 2Y7JA 2C6OA 1PW2A 2X2LA 3D83A 4KB8A 3KCKA 2WZJA 3HA6A 3QF9A 3GI3A 2XK4A 4NM0A 3E5AA 4M8TA 4QYFA 3UO6A 1H1SA 4KUJA 4QTDA 4QTBA 2YITA 4S34A 5CZIA 3Q4TA 3KF4A 3NSZA 3FY2A 3QTZA 2BUJA 4MQ1A 5BVEA 2VTNA 2RFNA 2EXCX 2EWAA 3EYGA 2FH9A 4HGLA 4B6LA 5JT2A 1KE7A 3I0QA 3DBCA 3QQLA 3LPBA 2I6LA 4RIXB 5K9IA 3VBTA 3R28A 4WUNA 4M68A 4ZMEA 2GU8A 3NYNA 1FGIA 5HU3A 3A4PA 3ZRMA 4O6LA 3CJFA 2XNOA 4W9WA 5ANIA 3QLGA 2VGPA 5KMIA 4F9BA 3ENHA 4FTLA 3UTOA 1JSVA 1P14A 2UV2A 3DT1A 2QVSE 4R1VA 2QO2A 4NW6A 4OTHA 3W1FA 5DT3A 2F7ZE 2Y4PA 3A7GA 3PJ3A 4DFUA 3AC8A 4RLLA 3G9LX 2X6EA 1JSUA 3MVHA 3OBJA 4ITHA 2B9FA 4DGLC 4O7VA 1PY5A 2GSFA 1OB3A 3ATSA 3ZCLA 4P2KA 5LMBA 3GCQA 2A4LA 2FGIA 4KWPA 2C5XA 5CNNA 3U6HA 2QONA 2YIQA 3BU6A 5CANA 4D2VA 2ZOQA 5L8JA 1WBOA 4IAAA 4AF3A 5LWMA 5CYIA 4JX3A 3W2OA 3S00A 1H07A 1UKHA 3OTVA 5AV1A 1STCE 2P2IA 2CKQA 2PULA 3FQHA 4DEGA 1PMVA 4NKAA 5EHLA 1ERKA 3I7BA 4AG8A 3D0EA 3CY3A 4IM2A 4XP0A 3RCJA 2G2IA 3B2WA 4WG5A 4IC8A 4E5WA 4K11A 4ZTQA 4C4HA 3OWLA 3SKCA 3FPMA 3MFUA 5EW8A 2YM4A 3MB6A 5DE2A 5IA5A 1J7UA 3N4UA 4BCKA 5AUUA 3BHHA 4OBQA 5AUVA 4P5QA 2HW7A 4I5PA 1Q8TA 2C5YA 1WMKA 3I60A 5DH3A 3FKOA 3P86A 1WBSA 3EN9A 4IB5A 5CENA 5M51A 2GQRA 5IEYA 3KK8A 3C51A 5KMLA 5HGIA 2WMVA 1OL7A 2VNWA 4O0WA 4C3RA 3I1AA 1OMWA 2ACXA 4N4SA 1JQHA 2VWBA 3K2LA 1KWPA 1T46A 4QT1A 4OW8A 2OLCA 4GYGA 1M2QA 4C57A 2JGZA 1CM8A 2ITQA 4D2PA 5HI2A 3QRTA 2GMXA 3ZEWA 4FNXA 3FYKX 4FZAB 3OXZA 4MD7E 4U3ZA 3ZS5A 3H9OA 3NAYA 1UU3A 4QPSA 3OCGA 2F7EE 4U5JA 5FP5A 4II5A 3R7OA 3UOKA 3WF9A 2ITYA 3HDMA 5EOLA 5CQUA 3ZFXA 3IECA 1G8SA 2YEXA 4RFMA 4CZTA 4V01A 3R8UA 3KB7A 3PYYA 3L8VA 1QPJA 4X2NA 1FVRA 1G3NA 1Q8UA 4TNBA 4KIKA 5IH5A 2B0QA 3MV5A 3V8TA 2R5TA 4HVHA 2UW8A 4JXFA 3RVGA 3TZ9A 4AA5A 5LCJA 2C69A 4FV4A 2JKMA 3JPVA 2YCSA 2E2BA 4UWYA 4PX6A 2RG5A 4FSRA 4I4EA 4BCNA 1XH8A 3DTWA 4LMNA 2WMBA 4EHZA 3UZRA 4O7YA 4TKSA 2BTSA 5EQYA 4JVGA 4DA5A 3PSBA 4EOPA 4XHKB 3KEXA 3MA3A 3BIZA 4FTCA 3OFMA 1NW1A 3OTUA 4CKJA 3LCSA 2X0GA 4F7JA 1HCKA 4AGWA 4KIPA 5IH6A 4TWCA 4A06A 3IGOA 4O21A 4OTFA 3L8PA 3NW6A 4ZMFA 2PSQA 4QPAA 3T9TA 5IQCA 4JQEA 5JRSA 3KRRA 4DFYA 4CFFA 4R5SA 4RX8A 2JKQA 2X9EA 5CSWA 3HGKA 3MFTA 5I9VA 2X9FA 4BTFA 2QI8A 2B9IA 4K6ZA 4GT5A 3DLZA 2VV9A 3CGOA 4GH2A 3VS3A 3TTJA 3E3PA 4Y95A 2FA2A 2HYYA 4ZSJA 4EQCA 3UOLA 2R3QA 4FKIA 3F66A 4FOBA 4ASDA 5BPYA 2WQNA 3MN3A 4RZVA 4KSQA 1E9HA 5AP3A 1OGUA 5E9EA 4H05A 3GCPA 4YZNA 2W1CA 4I24A 2WFYA 5HO7A 4B9DA 2VTJA 2HK5A 3O71A 3LM5A 5L2SA 4USFA 5JMSA 1NA7A 2HZ4A 2C4GA 3CE3A 1VEBA 3JXWA 2V7AA 3MSSA 1HCLA 1OKWA 3U9CA 4QQJA 4DGOA 2JBOA 3M2WA 1LP4A 3D5XA 4TYHB 1IAHA 3PXKA 3BWJA 4FIGA 3PPKA 2BPMA 3LMGA 2R3NA 3BI6A 3ZLSA 1SZMA 1KE6A 4IJ9A 3MWUA 3JVRA 2RGPA 4G1WA 2ZJWA 3DXQA 5KZIA 2BAQA 4AN2A 4A9SA 4NK9A 3OC1A 4NJDA 4ZZOA 1IR3A 5HCXA 2V22A 4BN1A 5M55A 3ORPA 4A9UA 4M66A 5IUGA 5AP0A 5FBNC 3TKHA 3QA0A 2GNFA 4BHZA 2RL5A 4EH9A 3DLSA 3S0OA 3LQ8A 3RI1A 4IIRA 3R9RA 2WB8A 4ENXA 3FC1X 2QOHA 3D5UA 3Q4UA 5EHOA 3QX2A 1KV1A 2Z7SA 4Z7GA 5H2UA 5CY3A 3CY2A 4N0SA 4PNIA 2EB3A 2A1AB 3FZ1A 4M69B 5A4CA 1RDQE 2ERZE 4HGEA 5AMNA 5A3XA 4BDCA 1Y57A 1XH6A 2J0LA 3GVUA 3HV4A 4RJ6A 4GJ2A 5AR7A 4ZTSA 3AGLA 3R0TA 4FV1A 4APCA 1OIYA 4AGUA 3NR9A 2BFXA 4K18A 4YO4A 3RHKA 4PDPA 3OG7A 3QD0A 4IX4A 1W84A 4MVFA 2BROA 4YLKA 2Z7QA 3JS2A 4U6RA 4NEUA 3BV3A 4AAAA 5A54A 5IH4A 2GHGA 2C3LA 3EQGA 3IOKA 4KRCA 4FKOA 4YBJA 4UYAA 5TT7A 3PP0A 4WNOA 2BHHA 2CGXA 2OH0E 3KRWA 4G5PA 1OUYA 3FXZA 4JAIA 4DEIA 4TWPA 4DT9A 3ROCA 1GAGA 5JFXA 3NLBA 3GGFA 4NIFB 2YZAA 1WBNA 3MTLA 3TM0A 2C5NA 2DS1A 3AT4A 2HWOA 5DEYA 3ZUVA 4NTTA 3WYXA 3O23A 4DLIA 1S9IA 2UW3A 5L8KA 2WIPA 4J8MA 4WRGA 4X0MA 5FXRA 2CGUA 3UG2A 4I0TA 4NT4A 2J5FA 4NCTA 3CQWA 3DNEA 3RNYA 1CSNA 3OUNB 3ENMA 5JGBA 3KQ7A 2CN8A 4EWQA 2XNBA 4FV8A 4AT4A 3JR1A 4QOXA 5D1JA 1YI4A 2Z2WA 3UPZA 5AR3A 2E9NA 3GT8A 3MBLA 3MTFA 4E26A 3KMMA 4CCBA 5KCVA 5L2TA 5EI8A 3TL8A 1QCFA 2W1GA 1J7LA 1ND4A 5K0KA 3FZTA 1GIIA 4NYEA 4D4SA 2CLXA 4I6HA 3VJNA 3WZUA 3FV8A 1H1RA 4AUAA 5IMEA 3MB7A 2J6MA 3G6GA 3DK6A 4GL9A 4X2FA 4EOQA 5BVNA 1ZMWA 2PVLA 5CU2A 3FKLA 4LOPA 2HW6A 2FB8A 1O6KA 2XEZA 3CBLA 5KMKA 2PE1A 5JGDA 4F0FA 2PZPA 3VJOA 1OM1A 4NL0A 1H1QA 3L8SA 4E6DA 1VJYA 3PPZA 5L2QA 3QKKA 3BPRA 5A4TA 2O5KA 5CEIA 4H3PA 4EK3A 3V8SA 2X4ZA 4N57A 3EQBA 2QOOA 5L6WL 4MD8E 3KRXA 3V6SA 3KY2A 4LV8A 2X1NA 2Y6OA 5HX6A 2HENA 3LHJA 1FVVA 4MHAA 4C58A 3BLRA 4BI2A 4C0TA 4DLJA 4EL9A 3OCBA 5JZJA 4LRKA 3GBZA 4YZDA 3UBDA 4L67A 3H4JA 4QMOA 2DQ7X 3D15A 4EWHA 4M3QA 4O6EA 5HO6A 4CNHA 4EQUA 3F9NA 2YZLA 2GNGA 3ET7A 3TUCA 2XYNA 3FLQA 2JDOA 3Q53A 4MEDA 4P5ZA 1ZMUA 4KNBA 2XKCA 3GC9A 4XRJA 5HBJA 1OPKA 4E93A 3ZZEA 1XH5A 3P7CA 5HVJA 4L3LA 2XIYA 2JIIA 2XCHA 3LFSA 3ZH8A 1RE8A 4FSYA 4TNDA 2UZDA 1GNGA 5D10A 2CJMA 4F1MA 3FHIA 4XLIA 1GJOA 3KXHA 3BWFA 3O0GA 3RKBA 4ACCA 1M52A 2YABA 3DKGA 1YXVA 3KKVA 3QCYA 4AACA 3PVWA 5HOAA 2HCKA 2NP8A 4YJUA 4BBEA 4F9CA 5H9BA 3OWKA 4ANMA 3DAKA 3KULA 5IKWA 2GS2A 3IW5A 4ZZMA 3CEKA 4O96A 3RINA 3LFBA 4DGMA 1GY3A 2X39A 3GP0A 4H39A 3LZBA 2C6DA 4ZTNA 2V7OA 3FSFA 5KBRA 1ZZ2A 4FKVA 3RHXA 3UYSA 3A7IA 3DBEA 3VUIA 5EYKA 4P90A 1FMKA 3P78A 5AX9A 4X3JA 4FX3A 3P0MA 3K3JA 4WUAA 3OHTA 3PA5A 3ZO4A 4IAYA 4DH3A 2YAAA 2CN5A 4RVTA 1ZY5A 3E87A 4IFGA 3PJ2A 4PMPA 4GIIA 2OGVA 5JGAA 2JIVA 2R4BA 4BRXA 3FLZA 3W32A 4GS6A 4O7TA 3NYOA 4I0RA 1YWNA 2VTSA 3RK9A 2BZHB 2ITVA 2R3JA 4I23A 3ORLA 4JDKA 2YLEA 2NRUA 3CD8A 2EU9A 3PIXA 4KRDA 1R3CA 3QAME 4IWOA 3TZMA 1QL6A 2DWBA 2B1PA 2YM8A 4EJNA 2WMRA 5H3QA 5CQWA 3SRVB 3U8WA 1CDKA 2FO0A 3HX4A 3MIYA 2YN8A 4E8AA 4DCAA 3UVRA 2BAJA 2HY81 4AT5A 3SX9A 3KN6A 2JKKA 1MQ4A 5D9HA 5FTQA 2B53A 1H08A 3QZHA 3G51A 3EJ1A 4JRNA 4M0ZA 4CLIA 2REIA 4CZYB 3MH2A 2YHVA 1UKIA 3OCTA 1OBGA 2WHBA 1SVEA 2J4ZA 4OR5A 1REJA 5BQ0A 3VUKA 2LAVA 5KE0A 5CAUA 2JLDA 3DU8A 4CFNA 4LUDA 4AW0A 3NMUF 5CF8A 1NVRA 2BALA 4X6RA 3NCGA 2HXLA 4N6ZA 5M07A 4MNEA 1XWSA 2VTPA 5DG5A 1PKDA 5FP6A 2WMWA 2P3GX 5DFPA 5L2WA 2GDOA 2WIHA 3GXLA 4NU1A 3G33A 3FMKA 2WOUA 1UWHA 3BE9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PTE A;  5KMM A;  3ANQ A;  3FAA A;  3AC2 A;  5LVP A;  1PYX A;  4NUS A;  3U4U A;  3ZYA A;  5IIS A;  4OTQ A;  1PXP A;  3DND A;  2HY0 A;  1ZAO A;  2QKW B;  3DQX A;  4ANL A;  1YHS A;  3EMG A;  3KL8 A;  4RQV A;  4U7Z A;  4MX9 A;  4JQ7 A;  5CF5 A;  3WE4 A;  3JVS A;  4FK3 A;  2R7I A;  3PA3 A;  2JDT A;  5IQB A;  4FEU A;  2OH4 A;  3CQU A;  4X2J A;  4XX9 A;  3ORO A;  4E5B A;  4ZJI A;  1UNL A;  3VF8 A;  3O51 A;  4IBM A;  3PXR A;  2XK3 A;  2Z60 A;  5CNO A;  2PVK A;  3MFS A;  4U40 A;  5EM5 A;  3UGC A;  3UNZ A;  4EQM A;  5BX0 A;  4PY1 A;  4M0Y A;  2VWV A;  3P23 A;  2H34 A;  1W98 A;  3R8Z A;  4FV3 A;  2UVX A;  3W0N A;  3Q4C A;  5AA9 A;  4FIF A;  4M14 A;  2LGC A;  4LI5 A;  5AUW A;  4C61 A;  4FSN A;  4MF1 A;  4DEA A;  4DYM A;  4K33 A;  2Y9Q A;  5AM6 A;  1QPE A;  3PIZ A;  4NFN A;  2OIC A;  4FGR A;  4MD9 E;  2UW9 A;  4DIN A;  4CRL A;  3U51 A;  1V0B A;  3HRB A;  4IVA A;  4MXO A;  3ML1 A;  1OL5 A;  2O64 A;  3F69 A;  1UU8 A;  2FSL X;  4YO6 A;  4EKK A;  5K0X A;  5E92 A;  5DRB A;  1M14 A;  4FG8 A;  3MFR A;  3UIM A;  4XBU A;  3M11 A;  4QYY A;  4Z9L A;  1GZ8 A;  4R7B A;  2CKO A;  5CAO A;  4P7E A;  5CU4 A;  4D1X A;  3FML A;  4X3F B;  4USD A;  2ITO A;  2H9V A;  2C6L A;  2OFU A;  2ONL C;  5JFW A;  4YJT A;  1U59 A;  5TF9 A;  5B7V A;  1DM2 A;  2W1H A;  1SNU A;  1UVR A;  2UZE A;  5A9U A;  1PXL A;  4JS8 A;  3LIJ A;  2JFM A;  3DCV A;  4I21 A;  3OEZ A;  4ANS A;  5IQI A;  1YHW A;  3NVK I;  2XBJ A;  3D14 A;  3GC0 A;  4DIT A;  3NCZ A;  4G34 A;  4BJJ A;  4K1B A;  1V1K A;  3ZBX A;  4MBJ A;  5EM8 A;  3R7G A;  4D2S A;  4RGJ A;  2XAM A;  2W1Z A;  2QOD A;  4IWQ A;  4ERK A;  3HDN A;  2PVF A;  4F0I A;  4YZ9 A;  3V5W A;  3GOK A;  3VS1 A;  1JKK A;  3DFA A;  4J97 A;  3TYK A;  3ORZ A;  4Y72 A;  3EFW A;  4FEV A;  4WNM A;  3VHK A;  3LOK A;  4L7S A;  2VTH A;  2C0I A;  2WTC A;  4FIE A;  3SG9 A;  5M08 A;  4AE9 A;  1H1P A;  2XUU A;  4O27 B;  4MAO A;  4HVS A;  3COI A;  4BHN A;  3SV0 A;  5M4C A;  5B2M A;  3KC3 A;  1IAS A;  3QAL E;  2C47 A;  4AOT A;  2PWL A;  3BHU A;  3RMF A;  5ETC A;  1Q8Z A;  3CLY A;  4CTB A;  5HD4 A;  1ZMV A;  4I1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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