2HOG | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	279
structure length	272
Chain Sequence	AVPFVEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEEAVAVKIVDMKNIKKEICINKMLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVYLHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLKRREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLALLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__452228264523147__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__452228264523147__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2HOG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__452228264523147__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"452228264523147","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2HOG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__452228264523147__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	3-(Indol-2-yl)indazoles as Chek1 kinase inhibitors: Optimization of potency and selectivity via substitution at C6. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Serine/threonine-protein kinase Chk1
total genus	80
structure length	272
sequence length	279
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2006-07-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	2hogA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	2hogA01

5DBXA 3GC8A 3GNIB 4ZZOA 1P2AA 5H8EA 3DBEA 3QWJA 5IH5A 4O7WA 2HENA 5DPVA 2F7EE 3KMWA 5EG3A 2F49A 3R7GA 4WO5A 5F95A 4KKHA 4FG8A 4QMTA 4G9CA 1SVGA 2WU6A 2YIQA 3OD6X 3EQGA 5AR7A 5JK3A 4FTCA 4L52A 5CU2A 4FL3A 4FICA 1R78A 1WMKA 1KV1A 5CQWA 4GK2A 4ZTQA 3KMUA 4ZY5A 2IWIA 3THBA 4EC9A 2G2HA 4MWHA 4QP2A 4N4SA 4RX7A 4L9IA 3QTIA 2QKRA 1GNGA 1VEBA 4ZOGA 3ZUUA 4YZNA 4EQMA 2EXMA 4I21A 4FTQA 2ITNA 2YJRA 4FNZA 5E8VA 4R5YA 4K18A 3ODZX 4FGBA 4AA4A 4RMZA 1JOWB 2C5YA 3DTWA 5ITAA 4XJ0A 4X0MA 1H27A 5AUVA 4MNEA 3HA6A 1AGWA 2C6LA 4AA0A 4I4FA 3LCSA 2HK5A 5FBNC 3GFEA 3ORTA 4XNEA 4ANBA 4CFXA 3AQVA 3EL8A 1LPUA 4IB3A 4PQNA 1XH9A 4B9DA 4QMNA 4FVRA 3H9FA 1Q8ZA 3BYVA 4GJ2A 3V8SA 1XH8A 2EVAA 5DIAA 4E6DA 2VWBA 1ZMVA 3FZ1A 4RBLA 4KIKA 4C59A 4BCKA 4XG6A 5CXHA 3C0HA 2O64A 2R3NA 5AUYA 5IQBA 3FMMA 2BIYA 1KUTA 4N57A 3A7JA 4GVJA 2A27A 1T46A 4F7LA 4KKEA 4L3JA 1XBAA 4BGQA 4EZ7A 2J0KA 3IDBA 3PVWA 3SXSA 1HCLA 3N9XA 4WNKA 3S2PA 3D2KA 4B8LA 4IANA 5AP4A 4EOKA 3DAKA 4F7JA 4BFMA 2A19B 3IO7A 2PVJA 3QYWA 5HG8A 4X6RA 4HYSA 3GUBA 2OBJA 3R2BA 3WILA 2V7OA 3KL8A 4GKIA 1K2PA 4FTTA 5EYKA 3RPSA 4D58A 4YO4A 3O0GA 3QQLA 3SG8A 3Q5IA 5IH6A 1OUYA 2JLDA 4IWPA 3QD4A 3SKCA 4C4FA 3R7VA 1MRVA 3FJQE 3QZHA 4C7TA 2BTSA 3FLQA 2KULA 4EJNA 2UW9A 2UZEA 1YDSE 2ITTA 4I5CA 5DA3A 3RCJA 1XJDA 2WMAA 4ASEA 3QA0A 1YWNA 2JDSA 3GFWA 4PL4A 4BBEA 4O7NA 4OT5A 3G6GA 5E92A 2Y0AA 4CMTA 3A7IA 4F9CA 2XK4A 4XHKB 5DGZA 4LMNA 2YZAA 3R21A 3TUBA 5GIPE 2C0OA 4NFMA 3TACA 3I0QA 5DR6A 5J87A 3GC0A 1CKJA 5DI1A 4IJ9A 3VQHA 5L6PA 3ATSA 4O83A 5D7VA 4Y83A 3LW0A 3HL7A 4JAIA 5HX6A 3V5JA 1MUOA 4EK8A 3IS5A 4IEBA 3BHYA 4NUSA 2HW6A 1OUKA 5DT4A 4CG9A 4HVSA 2VTAA 2VU3A 3QD3A 5EW9A 5FEDA 3SDJA 3NVKI 3QX4A 3WF7A 3FLNC 5KMNA 2BMCA 3LM5A 4U81A 1UVRA 2J9MA 2XJ0A 4KBCA 4WG5A 4USFA 5K4IA 4M67A 1J91A 2ITZA 5J9YA 4X2NA 3FQSA 3KFAA 5CXZA 3PP1A 3LIJA 4AG8A 4PTCA 5HX8A 3MA6A 5BVDA 3GU8A 4BTJA 4Q9ZA 3IKAA 2YIWA 2B0QA 4TKSA 4ITJA 4LM5A 3NCGA 4L67A 3RZFA 4FK3A 2XK7A 4Y8DA 5EI6A 3QWKA 3D7ZA 3OTUA 3S4QA 4F6SA 4M3QA 4BCNA 2JKKA 3FUPA 2J4ZA 2VNWA 3MB6A 4CV8A 2VTQA 4GFMA 2IZTA 4MCVA 3WF9A 3LQ3A 5E8WA 3HUCA 4L3LA 4O0SA 4BI0A 4IM3A 1PW2A 4DF3A 4OBQA 2WEIA 3FC2A 2EXCX 1M17A 3CPBA 2B1PA 4KBKA 3MJ1A 3VS5A 2XK6A 4LUEA 4XBUA 3C5IA 4QTDA 5IKWA 2BFYA 4EK3A 5F1ZA 2P55A 5D41A 4CT2A 4XV9A 4EK6A 1G5SA 2EU9A 5ACKA 3P4KA 4MBIA 3KCKA 3ZO1A 5KHXA 2F2UA 3IK3A 5HICA 2WTKB 2ZB0A 1FVVA 4X3FA 1FMKA 3W16A 4FK6A 3TKHA 2BPMA 3ZRKA 4C02A 2QCSA 2VTRA 1WBNA 3TZ9A 5AFVA 3WF5A 4D5KA 2GSFA 2IVVA 4MX9A 3DK7A 4DEBA 1Q99A 4NM7A 5HTBA 3KC3A 2IW8A 3V5PA 3U6IA 3ZYAA 1JWHA 3EQPA 5E8UA 4AGWA 3FXWA 2ESMA 2GNGA 4DCAA 3QHRA 2B53A 1ZY5A 3RGFA 3GU6A 3F9NA 3DKGA 4DN5A 2QQ7A 4M0ZA 3ALOA 2C1AA 4I20A 3Q5ZA 3F5XA 4U3ZA 4AFJA 3DCVA 2VN9A 4BR3A 4JX3A 2ERZE 3FV8A 4XYFA 3CPCA 4GYIA 5EDPA 3BLRA 1JNKA 1FVTA 3CS9A 4PRJA 2OXXA 2GCDA 3HMNA 3BWFA 3QC4A 3T9IA 4AT4A 1V0BA 1L8TA 4H3PA 4X2GA 3ZRMA 4BYIA 4PMSA 3MVMA 3NYOA 5A9UA 3BV2A 4AFEA 4YNEA 2W4OA 5DHJA 4Y46A 4JDJA 3QKMA 4EQCA 4JQEA 2PVLA 2NO3A 4UXQA 3PJ8A 3HMPA 2Z7RA 4GIIA 4OLIA 4A4OA 2CKPA 2UZUE 1ZYDA 5EDQA 1X8BA 3MV5A 3CBLA 1REKA 5CEOA 3E63A 2WOTA 3EZVA 3SG9A 3F6XA 1PXLA 2OJIA 4TYHA 5KMOA 4TT7A 5ETCA 5KCVA 2V5QA 3R9NA 4NM5A 1QPCA 2C6OA 2J90A 3UBDA 2VWXA 4JG7A 4QQJA 3ETAA 4U45A 3UQFA 2G01A 4OAUC 5ACBC 4DGOA 4OBPA 3FMHA 5CZIA 2Z60A 3TZ8A 4G6OA 4M69A 4ZMFA 3QQHA 2BALA 3V51A 5D1JA 3ZFMA 4O82A 1RQQA 5AAGA 4DITA 5C8NA 4UZHA 3TNHA 3O51A 4IFCA 3G90X 1V0PA 3RHXA 2CGXA 5LMKC 3FEGA 3LQ5A 3RHKA 5AP3A 5EHYA 2BRMA 4Y85A 4ZTSA 3NW7A 4XOZA 2XBAA 4FIIA 3EN7A 2HIWA 2WMXA 3CLYA 4H3BA 3GVUA 4E5AX 5FEQA 3TIZA 4AX8A 3NCZA 4I5HA 3FMLA 3Q3BA 2CN8A 3HVCA 4MWIA 5IQAA 4ANMA 3QQUA 4RVKA 4TYHB 5HU9A 5C8KA 3NW6A 4MAOA 4FNWA 3R7OA 1ZMUA 5CALA 4QRCA 3I81A 5TKDA 4EOPA 3UVRA 3R8UA 3F3WA 5KMLA 2JAVA 2X1NA 3SGCA 3NWWA 2HOGA 1PYXA 4O6LA 2JDTA 4O7RA 3QZGA 2IPXA 2E9NA 1YDTE 3R0TA 4A07A 4A9UA 3POZA 2Q0NA 3CR0A 3U9NA 4Z7HA 1I44A 5CEIA 3OBGA 1PXMA 5IQFA 1WCCA 5BUJA 2CLQA 2WMUA 3TKIA 5FWKK 4ZLOA 2C0TA 2BZKB 4IC8A 3QZIA 5IA3A 1JPAA 2GS6A 2AYPA 2B9FA 2JKOA 3FMJA 4XBRA 5GJFA 2JDRA 3LXNA 4FIEA 4ZZMA 3T8OA 3ZDIA 1T45A 4EK5A 5CU4A 2WMSA 1P14A 4RQKA 2Q83A 2G1TA 1CMKE 5GIOE 4JQ8A 2W7XA 2QOIA 3D14A 3Q9WA 5JQ8A 4IM2A 3RK9A 5EI2A 5HTIA 2BCJA 3N4VA 4ASZA 3RK7A 3A7FA 5HOAA 2PMLX 2QG5A 4ZP5A 1JQHA 5ANOA 5LVNA 4GEOA 2ITVA 3RAKA 5FEEA 5HZNA 5AAEA 4NL0A 5AP1A 2ERKA 4DEDA 3D9VA 3LCDA 5K0XA 4FUYA 4XCUA 4ZSGA 4L68A 4JBOA 5CEPA 3TV7A 4XLVA 4B8MA 3D83A 4GIHA 4J8NA 4N0SA 2VO3A 4QMXA 4JNWA 4X2FA 4FKVA 4FNXA 4O27B 1Z5MA 4RIOA 5LVLA 4BDAA 4EZ3A 4AGDA 3NPCA 4E4NA 3DBFA 2R3PA 4NEUA 1GZKA 2XCKA 3SXRA 3Q52A 2NRYA 3IECA 4M97A 4R8QA 1XHAA 4JXFA 4HJOA 4XV1A 3ZM4A 4FSRA 4HNIA 5FXSA 4JI9A 3ZZEA 1BYGA 4FSWA 2OIQA 4FT3A 3F5UA 2W17A 3A60A 4YZDA 2WTVA 3C13A 4TYJA 3ZSHA 2W06A 1PMNA 4N70A 3EZRA 3LXPA 4HCVA 3UIUA 4JDKA 2Y4IB 4EC8A 2QG7A 4ZZNA 3E93A 4CFNA 5DFPA 3KF7A 3DZQA 5G6VA 4KIPA 4FV6A 4MH7A 2GTNA 3OMVA 5JFXA 3CGFA 4EYMA 5CF4A 1OIUA 3S1HA 4FKGA 3ZH8A 4YU2A 5HVJA 5E8ZA 2XIKA 3GCSA 5HE0A 2C1BA 2O65A 2UUEA 5DRDA 1RW8A 4D2SA 4NTSA 3D5WA 4BDHA 5CSVA 3BQRA 3O17A 5AAFA 4MXXA 4RWLA 1YHVA 4W4WA 2EB3A 4UV0A 4UWBA 5FRIA 4BWXA 2A4LA 3MYGA 3QXOA 4MXAA 4HW7A 3A4OX 3RINA 3F7WA 5EDRA 3TEIA 5FTOA 2W9ZB 1U5RA 4TYEA 4LI5A 2AC5A 4PL5A 3ZLYA 3RPOA 1GZNA 4JDHA 5LXMA 4IZAA 4IDVA 3DDQA 1GJOA 5HO8A 2XNOA 4YO6A 2YM3A 5LVMA 5KMJA 5H2UA 3WF6A 3ZXTA 3U6HA 1CSNA 1ZYJA 3QTXA 1REJA 3ALNA 4XRJA 3PG3A 3QQFA 3DBQA 1PJKA 2UW3A 4IAAA 2YM5A 5TT7A 3VNTA 5B2MA 4O0YA 4WIHA 2Q0BA 4MBLA 4R7HA 4W8EA 1J7UA 1AD5A 2ZDTA 4J71A 5L2QA 4YJOA 4BB4A 4JR3A 3E8CA 1U54A 2Z7SA 2R64A 2XH5A 1KV2A 3U8WA 2C6EA 4PUZA 1P5EA 4EHVA 3O50A 1OVEA 4A9YA 2ITXA 3ZCLA 3CSVA 3VS7A 2VO0A 3RVGA 2W1ZA 4BDJA 5J79A 4XG2A 1E1XA 3FYKX 2ZV7A 2XKEA 4P90A 2JITA 3P78A 3QCYA 3H4JA 1H24A 4EI4A 3HRCA 5IQIA 4J97A 5D11A 4XUFA 5BPYA 5EYCA 4F9YA 2PSQA 3QD0A 4KKGA 4ZSLA 4M15A 5IQGA 4GU6A 2VO7A 4YJPA 2WQNA 4QPSA 1GY3A 1KSWA 3CY3A 4L3PA 2QOOA 4X2KA 4QMOA 3RALA 3F66A 3OROA 2QC6A 4J95A 5KKRB 1UNLA 1YHWA 2IN6A 4D2RA 3OCGA 3A61A 4V05A 2PUPA 4I92A 1HCKA 3UG2A 4UZDA 3PUPA 5M06A 3PXRA 4CKRA 4RIXB 1Y57A 5H3QA 5HLNA 4A9TA 4IBMA 2DS1A 2UW6A 4ARKA 1J7IA 2E9PA 3TCPA 5KMKA 5AR3A 5CU6A 1YWRA 3FSKA 4FV0A 2GHMA 4MF1A 2HY0A 4YJVA 1GAGA 5DYJA 4O86A 3DOGA 5DMZA 3TWJA 3LFQA 2VV9A 2WTKC 2OSCA 4G34A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5DBX A;  3GC8 A;  3GNI B;  4ZZO A;  1P2A A;  5H8E A;  3DBE A;  3QWJ A;  5IH5 A;  4O7W A;  2HEN A;  5DPV A;  2F7E E;  3KMW A;  5EG3 A;  2F49 A;  3R7G A;  4WO5 A;  5F95 A;  4KKH A;  4FG8 A;  4QMT A;  4G9C A;  1SVG A;  2WU6 A;  2YIQ A;  3OD6 X;  3EQG A;  5AR7 A;  5JK3 A;  4FTC A;  4L52 A;  5CU2 A;  4FL3 A;  4FIC A;  1R78 A;  1WMK A;  1KV1 A;  5CQW A;  4GK2 A;  4ZTQ A;  3KMU A;  4ZY5 A;  2IWI A;  3THB A;  4EC9 A;  2G2H A;  4MWH A;  4QP2 A;  4N4S A;  4RX7 A;  4L9I A;  3QTI A;  2QKR A;  1GNG A;  1VEB A;  4ZOG A;  3ZUU A;  4YZN A;  4EQM A;  2EXM A;  4I21 A;  4FTQ A;  2ITN A;  2YJR A;  4FNZ A;  5E8V A;  4R5Y A;  4K18 A;  3ODZ X;  4FGB A;  4AA4 A;  4RMZ A;  1JOW B;  2C5Y A;  3DTW A;  5ITA A;  4XJ0 A;  4X0M A;  1H27 A;  5AUV A;  4MNE A;  3HA6 A;  1AGW A;  2C6L A;  4AA0 A;  4I4F A;  3LCS A;  2HK5 A;  5FBN C;  3GFE A;  3ORT A;  4XNE A;  4ANB A;  4CFX A;  3AQV A;  3EL8 A;  1LPU A;  4IB3 A;  4PQN A;  1XH9 A;  4B9D A;  4QMN A;  4FVR A;  3H9F A;  1Q8Z A;  3BYV A;  4GJ2 A;  3V8S A;  1XH8 A;  2EVA A;  5DIA A; 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2HOGA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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