2I40A

Cdk2/cyclin a complexed with a thiophene carboxamide inhibitor
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
297
structure length
291
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLTEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 5-(1H-Benzimidazol-1-yl)-3-alkoxy-2-thiophenecarbonitriles as potent, selective, inhibitors of IKK-epsilon kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell division protein kinase 2
molecule tags Transferase/cell cycle
source organism Homo sapiens
total genus 80
structure length 291
sequence length 297
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2i40A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2i40A01
2C6IA 2QI8A 3DZOA 3VBVA 4QT1A 2ZV8A 3LCSA 2QLUA 2NNWB 4M97A 3GOPA 3QF9A 3RZBA 4G3FA 5HCYA 2IG7A 4RVLA 4V0GA 3IOPA 4FV7A 3FMJA 3C0IA 1I44A 4IFCA 2UUEA 2ZV7A 3LCTA 3A7GA 5I9UA 4OAVB 4OTQA 2R3JA 3R8LA 3TL8A 3V8TA 4FOBA 3UVPA 4EI4A 4EOQA 4L45A 2XRUA 2WQOA 4Z3VA 5CNOA 2R9SA 1U5QA 3SD0A 3PYYA 3R9DA 4E5BA 4AGCA 5IQEA 3EOCA 1OIQA 2FH9A 4O96A 2ZB0A 3R7OA 2V5QA 3IW5A 4DLIA 2NO3A 5JEBA 3R8UA 1JSVA 5KNJA 3LMIA 4JG6A 4O7SA 3DKGA 4LUDA 4C8BA 3LXKA 4LRMA 2XNEA 3QLFA 4C33A 4G9CA 5EOLA 5BVKA 5IDPA 2HZNA 4ITJA 2UW6A 2GNJA 3BIZA 3OY3A 3BEAA 3V5TA 3WZKA 1Y6AA 2B9FA 4Z55A 3UNZA 3OTVA 2E2BA 3QYWA 3BRBA 4D28A 2JDTA 2WZJA 3RTPA 4E4MA 3QALE 4F0GA 4XNEA 5GZ9A 4H3PA 5M4CA 1OUYA 5C4KA 3I81A 4I23A 4O0UA 5J1WA 3BBTB 3AC5A 3AD5A 5EM8A 4F0IA 2YWVA 3NCZA 5ICPA 5BPYA 4AA4A 4G2FA 5HORA 4PUZA 3CCNA 4EHZA 5AWMA 3NUNA 4AZVA 3QTSA 1XO2B 5G6VA 5C8MA 4Y72A 4KAOA 4HGTA 3VS0A 4O27B 2R0IA 3MPMA 3I0QA 4R3PA 4W8EA 3HECA 4XLVA 3BZ3A 2R7BA 3BE2A 2VTAA 2CLQA 3C5UA 3SC1A 3TNIA 2GNIA 3G6GA 5H3QA 3ERKA 4OT6A 4M84A 4RIYA 5JGBA 1URCA 4BDDA 4NL0A 4BCKA 3CD8A 5DT4A 3BQCA 3ODZX 4UY9A 4A9SA 2XIKA 2ITZA 5J9YA 1NVSA 5CU0A 1JLUE 1REKA 1UU8A 2BCJA 1AD5A 2WTCA 4OTHA 2C3IB 2XYUA 4RPVA 1ZY5A 4WOVA 4HVGA 3FZRA 4IX5A 4BBEA 3LJ2A 4CLIA 1CM8A 4BIBA 2VX1A 1Q3DA 3L9PA 4NJ3A 4ACDA 2I1MA 3QAME 3NRMA 1GIHA 3HKOA 3RPRA 2OZAB 3OEFX 4DFLA 2HWPA 2Z60A 3BELA 4LGGA 3G9LX 5FG8A 2XM8A 3TKHA 2LGCA 3DQWA 2R3RA 3QQJA 3HZTA 4L53A 3F88A 2OLCA 1TVOA 4MD7E 2JDRA 3ULIA 5JGDA 2VRXA 5D9HA 3VS6A 3FYJX 3ZSHA 3TIZA 2X7GA 5A6NA 3ATTA 2Y7JA 5HIBA 3ANQA 3ZCLA 2C6LA 2R4BA 3AT3A 3QGWA 3O7LB 4K33A 4XV2A 5CLPA 5DGZA 3ZO1A 4XG9A 4BIDA 4D0WA 5T68A 4ZY4A 5LMBA 4YSJA 5AP3A 3DKCA 4AZTA 3F6XA 3D94A 3SA0A 3F82A 4NTTA 4BC6A 4EL9A 2FYSA 2VTSA 3T3VA 2C6KA 4OTPA 3PRFA 4FUYA 3E5AA 3UC4A 3MFSA 3BQRA 4USEA 5TE0A 3MIAA 2UW3A 2O0UA 4H58A 4W9WA 4YHFA 3RHXA 4FKGA 5DN3A 4I0SA 1BI8A 4F1MA 1GZOA 3HV7A 2J51A 2J90A 4ZTRA 5HBJA 3TXOA 4XS2A 1SYKA 4JXFA 2C3KA 5E8ZA 4AFEA 4O7LA 4LQMA 2CCHA 3KN6A 3DZQA 4ACMA 3QD0A 1YWVA 4QP2A 4ZTQA 3R9OA 4RMZA 5GJFA 4BIEA 4J99A 5AR3A 3REPA 1ZXEA 1Q8WA 4DFUA 4F70A 1AGWA 2GHGA 1OBDA 4EOOA 2I0YA 1G3NA 5GZ8A 1K9AA 2WMQA 2XIZA 2C3LA 4G17A 5KMKA 3QZHA 3F69A 4NJDA 4ONAA 4DEEA 4N57A 2IZUA 3V3VA 4OBQA 4KNBA 1YI4A 4RX8A 1JSUA 2W5AA 3L9NA 2OO8X 3RP9A 4RJ6A 3L1SA 2YABA 1H0VA 4DTBA 4GMYA 4K8AA 5AUXA 2PZIA 5AV2A 3ZU7A 3CSVA 2V55A 3FLSA 1LEWA 3EKKA 3GT8A 3CTHA 3OWJA 4IVDA 3B8RA 2W5BA 4JBOA 4EBWA 4I20A 4LI5A 5CF4A 4AN2A 4LRJA 4M14A 2XIYA 5CANA 1FVRA 4FNYA 4EZ3A 3R30A 2QQ7A 5IA3A 2ITOA 2ITPA 5K5XA 3HDNA 3CEKA 4G6NA 4XJ0A 3LXLA 3HAMA 2WXVA 4BL1A 2F4JA 5LVNA 3FYKX 4QP8A 3OMVA 5IQFA 3KXZA 3SRVB 2YAAA 5KCVA 4YTIA 2YCFA 2Z7LA 1DS5A 2XZSA 2PVHA 2JKQA 2J6MA 3R63A 4NM3A 4GKIA 2YIRA 3E63A 2OIDA 1XH4A 1H26A 4GVAA 2P33A 5D7AA 5A14A 4JBVA 2XEZA 4DINA 2WAJA 5EM7A 5IG1A 3OWPA 3M42A 3CD3A 4MBJA 4DHFA 5C4LA 3PZHA 1UNHA 4IAZA 4AZSA 3D83A 3MTFA 5B2MA 3PXYA 4ZLYA 5IQGA 2B7AA 5DFPA 1YRPA 5DRDA 2YZLA 2O8YA 4RBLA 3QHRA 4XYFA 4F65A 3PA5A 4O6EA 3ID6C 3DLZA 2IVVA 4BI2A 4MCVA 3QUDA 2IVSA 2X7FA 4FNXA 4W8DA 2OG8A 5BVFA 1M7QA 1L3RE 4IWPA 4EQMA 3OROA 4EYJA 3R73A 3EL7A 3L8SA 3BU6A 2OJFE 3M11A 5I9XA 2C30A 3CY3A 2RFSA 4ZOGA 5A4QA 4DTAA 4UALA 4FKIA 2XJ0A 5AUYA 3WOWA 5EG3A 4ENYA 4Y95A 2OI4X 3HA6A 4O0WA 3S2PA 1PYEA 4BDAA 4LYNA 3O7LD 3HV6A 4QP3A 4H05A 3TG1A 3PY1A 4JR7A 3UIMA 3DS6A 3HUBA 3UNKA 2VWWA 4DAWA 2ITNA 2OXDA 3U54A 1KE8A 3PXQA 3VUKA 5AM7A 5AV3A 1JBPE 2OXXA 3UMWA 3UO4A 4AN3A 4BDHA 3IS5A 5ACBC 2YAKA 2RFDA 3H0ZA 5IPJA 5BYYA 2G01A 3TNWA 3MY1A 4AGDA 3TNPC 3BGQA 4PP9A 5A46A 4YZNA 4BYJA 3VS5A 3NW6A 1IAHA 3HVCA 1FVTA 4E4NA 3O17A 3I60A 4MX9A 5A4EA 4BI1A 3R7IA 4XUFA 3EQBA 5F9EA 1FPUA 3RWQA 4O81A 3P1AA 3Q9ZA 4CFXA 3QC4A 4IFGA 3V6SA 4F7NA 1WBVA 1Q4LA 2PWLA 5AUTA 2I0VA 3EQCA 5ANDA 4WBBB 4EOMA 1Z9XA 1ZWSA 4JRNA 4WG3A 1XH9A 4S32A 5IQHA 5JSMA 2WNTA 2ITYA 3NS9A 4IM3A 4DEDA 5FRIA 4K77A 3KKVA 1YHWA 2HZIA 2QODA 5EW9A 4FTCA 3NAXA 5CYIA 4HJOA 1VYZA 4YURA 3SG8A 3Q4CA 5JRQA 1BKXA 5EKNA 3S00A 4WNPA 4OLIA 5LVPA 1WFCA 4BWXA 2VTPA 2GQRA 3QCQA 4F6UA 4FNZA 1F3MC 3Q6UA 4X3FB 3T9IA 3VUHA 3VQUA 4P2KA 1DI8A 3ZUUA 3V01A 2JITA 3QX4A 2XNGA 3ZSGA 4LL0A 5BVDA 1M7NA 5CSPA 3BLQA 3S0OA 4IX3A 1ND4A 5HEZA 4ZZNA 3RKBA 3G15A 3FXZA 2C6OA 4P7EA 5HESA 5CEKA 5HO6A 1CSNA 2PU8A 1LPUA 4CFWA 4RFZA 2PZRA 3GBZA 3Q04A 4WT6A 2QOBA 3HA8A 3BU3A 2DWBA 3ACKA 3NNVA 2F49A 4O0RA 1E9HA 3NNWA 2W1IA 4X7QA 5AV4A 5IA4A 3CTJA 4FV6A 3RVGA 2X2MA 4AA0A 2GU8A 2BAKA 1PMEA 2HZ0A 4O0YA 5GJDA 4F9WA 4YR8A 4IB3A 4BCJA 4ID7A 4C38A 3ELJA 3E8DA 3RZFA 3V5PA 4FV4A 4X6RA 4F64A 2XJ1A 2BZHB 3KL8A 4J71A 5AR8A 1OGUA 3MBLA 4CCBA 2RIOA 4IIRA 2XNOA 4CG8A 2VUWA 2YM3A 3QXPA 4FX3A 4MTAA 5FTGA 5IMEA 3QA0A 3VW6A 4WHZA 3U8WA 1W98A 4JDKA 2VN9A 2GQGA 2J9MA 3CY2A 3R71A 4FODA 4ZJVA 4UMTA 4ZLOA 3EL8A 2WMUA 2ZYBA 5KMIA 2UW5A 3EFWA 2UZDA 2WIPA 1SVEA 4HPTE 3WIKA 1UU9A 2HK5A 3BX5A 3E88A 1MQBA 1R0PA 4ITHA 2EB3A 2HOGA 1XHAA 4RWKA 4V04A 4CMTA 4EWQA 2C0IA 1LUFA 4RJ3A 3B8QA 5CZHA 2OICA 3BHHA 5FGKA 4EH9A 2VGOA 4UBAA 4I1ZA 5LWNA 2GNHA 4EH4A 3FXWA 3PFQA 3E8EA 4LMNA 1PMVA 5CEIA 4FV8A 4CYIA 1Q62A 2W9ZB 3KXXA 4O7YA 5EM6A 3ZMMA 5TT7A 3RM7A 1WVWA 4YHTA 2A2AA 4QYEA 3A62A 1BMKA 3Q6WA 2VTRA 4BICA 1M17A 5EDPA 2FVDA 5HX6A 5AM6A 3P23A 4MEDA 5CNNA 4K0YA 4QQTA 4PP7A 4D1ZA 4MVFA 3PE2A 5HZNA 1FMKA 3I5NA 4NH1A 1P2AA 3P7CA 3R7EA 2X7OA 2WTVA 1RE8A 4EK3A 1PY5A 2WOUA 3IDBA 4R5SA 4Y85A 4O0XA 2HENA 2JIUA 5E8TA 5BUIA 4FKWA 5DH3A 2A1AB 2W4KA 4XH6A 5HQ0A 4NM5A 3U9NA 2W0JA 4IZYA 3W8QA 2UZVA 3W32A 1MRYA 4J7BA 4X2NA 5ITAA 4FKRA 5DLSA 4O86A 2YWPA 2C1BA 3DAEA 4MF1A 4EK8A 1DAWA 4YJTA 4DEIA 3C1XA 3FLQA 4FEQA 2WMRA 5BUEA 5CENA 5M06A 3PE1A 4D2TA 4CV9A 4ERKA 2ERKA 2YEXA 4N6YA 5C1QB 1SNXA 1XH5A 1BL6A 5ANEA 3BCEA 4AT3A 4F9AA 4O7RA 3GU5A 5CAPA 5E9EA 1YXVA 3P0MA 4FV5A 3ANRA 2PK9A 5GHVA 4GFMA 4GUEA 4ARKA 5CXZA 2GPHA 4WSYA 5I9YA 4XEYA 5JQ5A 1ZMWA 2HW7A 3H9RA 4ACHA 3ORKA 5J9LA 2OF2A 4NZWB 3QWKA 2BPMA 4TKSA 5D11A 3MJ2A 5IKWA 5EQYA 3OW4A 1Q3WA 4FIHA 2ZV9A 3IPHA 5E8WA 5E91A 4EONA 4H1JA 2XIXA 2CNVA 5CEOA 3PSDA 5CAQA 2C5VA 3W2SA 5JZJA 4MKCA 4BDIA 3KMMA 4KA3A 4B4LA 4UB7A 4UMQA 4FZ6A 4E5AX 4KBCA 4I21A 3KK8A 3DNDA 3RHKA 3K2LA 2W4OA 2OH0E 4Y46A 4W4VA 3UC3A 2WU6A 4EHEA 3LQ5A 2VGPA 1DAYA 4M69A 1Y91A 5IUGA 2R0UA 5AR5A 4GK2A 5IQBA 2ITUA 2E9UA 4D9TA 4OTDA 2B0QA 5J95A 4V0GB 2FA2A 4GW8A 4XG2A 2LAVA 4NSTA 4RWJA 3VS4A 3RM6A 3DAKA 2FSOX 3PPJA 3ZEWA 4IX4A 2H6DA 2ESMA 3GGFA 4X2GA 4BGHA 3R0TA 3HV4A 3VF9A 4GL9A 4D5KA 4LGHA 3W2RA 3LQ3A 3A7HA 3KRRA 3BI6A 3GQLA 2Y4PA 4GT3A 4TYHA 3VBXA 4C35A 3PA3A 3GUBA 3AC3A 4AG8A 1H01A 3LAUA 5AP2A 2O65A 4HZSA 1L8TA 1PXLA 3MDYA 4PQNA 4QQ5A 4DN5A 3PLAE 2BROA 3Q5ZA 5E4HA 4IBMA 1JQHA 4CYJA 5A54A 5B7VA 5D1JA 3NIZA 1PXNA 4XLIA 3SDJA 5L6WL 3OF0A 4K1BA 2C47A 3ZM4A 2W05A 4ZJJA 3DQXA 4QMUA 1UWJA 4D2RA 3S4QA 4F9CA 5BNJA 4IHPA 4XV1A 3WYYA 5AAEA 3WIGA 3C13A 4FG9A 5BVWA 2PULA 2J0JA 3FI3A 3HV3A 3V6RA 3OCTA 4FR4A 4KIOA 3EHAA 4XG8A 3ZZWA 5IZFA 2R3NA 1J1CA 3UTOA 1H1RA 1YQJA 1YDRE 3MVLA 2OW3A 2PMNX 5FM3A 5LOHA 3FLWA 5C01A 3P86A 2NRYA 4YGAA 5FBNC 4FT9A 4ASZA 1JOWB 3PY0A 4QMTA 2WMXA 2XJ2A 4Q2AA 4DG0E 3AC4A 4I3ZA 1X8BA 1GZKA 2C5NA 4BVUA 3AD6A 2BRGA 3RAHA 3UOKA 4BKJA 3NYOA 3QGYA 3BHUA 3DBFA 2ZMCA 4DCEA 3UJGA 1F5QA 4ASDA 1PXKA 4O6LA 4OW8A 1YI6A 4GG7A 1WZYA 3OBGA 4FSTA 3DBCA 4I5PA 2P3GX 4PDOA 2XIRA 1R1WA 4G3DA 4CKJA 3AGMA 2OJJA 4ZMFA 3C0HA 5TO8A 3H3CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2C6I A;  2QI8 A;  3DZO A;  3VBV A;  4QT1 A;  2ZV8 A;  3LCS A;  2QLU A;  2NNW B;  4M97 A;  3GOP A;  3QF9 A;  3RZB A;  4G3F A;  5HCY A;  2IG7 A;  4RVL A;  4V0G A;  3IOP A;  4FV7 A;  3FMJ A;  3C0I A;  1I44 A;  4IFC A;  2UUE A;  2ZV7 A;  3LCT A;  3A7G A;  5I9U A;  4OAV B;  4OTQ A;  2R3J A;  3R8L A;  3TL8 A;  3V8T A;  4FOB A;  3UVP A;  4EI4 A;  4EOQ A;  4L45 A;  2XRU A;  2WQO A;  4Z3V A;  5CNO A;  2R9S A;  1U5Q A;  3SD0 A;  3PYY A;  3R9D A;  4E5B A;  4AGC A;  5IQE A;  3EOC A;  1OIQ A;  2FH9 A;  4O96 A;  2ZB0 A;  3R7O A;  2V5Q A;  3IW5 A;  4DLI A;  2NO3 A;  5JEB A;  3R8U A;  1JSV A;  5KNJ A;  3LMI A;  4JG6 A;  4O7S A;  3DKG A;  4LUD A;  4C8B A;  3LXK A;  4LRM A;  2XNE A;  3QLF A;  4C33 A;  4G9C A;  5EOL A;  5BVK A;  5IDP A;  2HZN A;  4ITJ A;  2UW6 A;  2GNJ A;  3BIZ A;  3OY3 A;  3BEA A;  3V5T A;  3WZK A;  1Y6A A;  2B9F A;  4Z55 A;  3UNZ A;  3OTV A;  2E2B A;  3QYW A;  3BRB A;  4D28 A;  2JDT A;  2WZJ A;  3RTP A;  4E4M A;  3QAL E;  4F0G A;  4XNE A;  5GZ9 A;  4H3P A;  5M4C A;  1OUY A;  5C4K A;  3I81 A; 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 2LGC A;  3DQW A;  2R3R A;  3QQJ A;  3HZT A;  4L53 A;  3F88 A;  2OLC A;  1TVO A;  4MD7 E;  2JDR A;  3ULI A;  5JGD A;  2VRX A;  5D9H A;  3VS6 A;  3FYJ X;  3ZSH A;  2X0O A;  3TIZ A;  2X7G A;  5A6N A;  3ATT A;  2Y7J A;  5HIB A;  3ANQ A;  3ZCL A;  2C6L A;  2R4B A;  3AT3 A;  3QGW A;  3O7L B;  4K33 A;  4XV2 A;  5CLP A;  5DGZ A;  3ZO1 A;  4XG9 A;  4BID A;  4D0W A;  5T68 A;  4ZY4 A;  5LMB A;  4YSJ A;  5AP3 A;  3DKC A;  4AZT A;  3F6X A;  3D94 A;  3SA0 A;  3F82 A;  4NTT A;  4BC6 A;  4EL9 A;  2FYS A;  2VTS A;  3T3V A;  2C6K A;  4OTP A;  3PRF A;  4FUY A;  3E5A A;  3UC4 A;  3MFS A;  3BQR A;  4USE A;  3BL7 A;  5TE0 A;  3MIA A;  4AAY A;  2UW3 A;  2O0U A;  4H58 A;  4W9W A;  4YHF A;  3PFY A;  3RHX A;  4FKG A;  5DN3 A;  4I0S A;  1BI8 A;  4F1M A;  1GZO A;  3HV7 A;  2J51 A;  2J90 A;  4ZTR A;  5HBJ A;  3TXO A;  4XS2 A;  1SYK A;  4JXF A;  2C3K A;  5E8Z A;  4AFE A;  4O7L A;  4LQM A;  2CCH A;  3KN6 A;  3DZQ A;  4ACM A;  3QD0 A;  1YWV A;  4QP2 A;  4ZTQ A;  3R9O A;  4RMZ A;  5GJF A;  4BIE A;  4J99 A;  5AR3 A;  3REP A; 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