2JC6 | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	303
structure length	278
Chain Sequence	SWKKQAEDIKKIFEFKETLGTGAFSEVVLAEEKATGKLFAVKCIPKKASSIENEIAVLRKIKHENIVALEDIYESPNHLYLVMQLVSGGELFDRIVEKGFYTEKDASTLIRQVLDAVYYLHRMGIVHRDLKPENLLYYSQDEESKIMISPGYVAPEVLAQKPYSKAVDCWSIGVIAYILLCGYPPFYDENDSKLFEQILKAEYEFDSPYWDDISDSAKDFIRNLMEKDPNKRYTCEQAARHPWIAGDTALNKNIHESVSAQIRKNFAKSKWRQAFNAT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__854722184554392__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__854722184554392__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2JC6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__854722184554392__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"854722184554392","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2JC6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__854722184554392__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd41c4712f60aed1d2ea00/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd41c4712f60aed1d2ea00/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd41c4712f60aed1d2ea00/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd41c4712f60aed1d2ea00/pdb.gz): 3100 ms

reading 278 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

278 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:277});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure of Human Calmodulin-Dependent Protein Kinase 1D rcsb
molecule keywords	CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE 1D
total genus	88
structure length	278
sequence length	303
chains with identical sequence	C
ec nomenclature	ec 2.7.11.17: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase.
pdb deposition date	2006-12-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	2jc6A02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	2jc6A01

4Z7HA 4DA5A 3T3UA 4EOPA 1UU7A 5ACBC 4C3RA 4ZTRA 5DG5A 2QOKA 4H39A 3CY2A 3KULA 3O8PA 4RC3A 4E6DA 2WMVA 4DAWA 2BALA 3UMXA 4Y5QA 3O17A 2QOHA 1GAGA 1ZMWA 4I5HA 4J95A 4CQGA 2ZAZA 3KGAA 3R8VA 2VX1A 4OAUC 2J50A 3FMHA 4H3QA 4LI5A 5TOZA 1VEBA 5AR2A 2XK6A 4ASXA 4IQ6A 3D5XA 5F9EA 2PVKA 4DG0E 2BTSA 4R7BA 2FA2A 1OB3A 1V0PA 4XOZA 4MAOA 3FPQA 3QKKA 1OVEA 3KN5A 4HZSA 4RZVA 5DPVA 4EK8A 3C4ZA 1OBGA 4JT3A 4O21A 5JZNA 1GZNA 2R3IA 4FICA 3C50A 2X8EA 4OLIA 4RJ3A 5AAEA 3QZHA 2JIVA 2WNTA 3QWJA 4NM0A 4FA2A 4ZZOA 2WKMA 2EU9A 3LCOA 1W83A 4TN6A 4XV9A 1TQPA 2ITOA 2J0KA 3RP9A 3BE2A 3ZXTA 2BTRA 4CFWA 3C9WA 3I6UA 5EM7A 4QMSA 3EQRA 3Q4TA 4DCEA 4B8MA 5CZIA 4OT5A 5H3QA 4PP9A 4GW8A 4M0YA 2ITVA 2W1GA 3OBGA 3ORXA 4M97A 4O91A 2IW8A 4O7LA 4IAAA 2R3JA 3UOHA 3MGYA 3UO6A 4M8TA 1KUTA 1Q3DA 4MNFA 3LLAA 5IMEA 3ZDUA 1FVRA 3DAKA 1Y8GA 3VS0A 4CFVA 2C6TA 3D2IA 2XRUA 5HCXA 3SRVA 4E5WA 2VO7A 4NU1A 2GHGA 3UNZA 3RNYA 3KXZA 4FTLA 5DMZA 5EDQA 3ETAA 3VHEA 4EH9A 1SNUA 4IJ9A 4L8MA 2YLFA 4PMSA 3DBFA 1Y6AA 2JBOA 4TZRA 4L00A 5CF4A 4BTFA 2G15A 4ANOA 4RJ7A 3MV5A 3GBZA 4QNYA 5AUWA 5DT0A 4EHGA 2GQSA 2GNGA 3EB0A 1T45A 4RX5A 4RIWA 3TACA 1QPJA 3C0IA 1OBDA 3R9NA 4L6QA 5LWMA 2IW6A 4LMNA 3LKMA 2R3HA 3JS2A 3LQ8A 4RFZA 4IANA 2UW5A 4K9YA 2C47A 4FIFA 3GFEA 1PJKA 3VUHA 2CDZA 5IA3A 1OMWA 3QBNA 2J4ZA 4D28A 2Z7QA 4FV6A 5BYLA 4NFNA 4G3DA 3QL8A 5HESA 4XX9A 2VWBA 5A4EA 3MN3A 3C4EA 4H1MA 5LCKA 4YBKA 4QP1A 4P5ZA 4TNDA 2B54A 3CR0A 4OBOA 5EYMA 3K2LA 4RVLA 4DH7A 5BPYA 1BL7A 3D94A 3Q4CA 2UW3A 5A4TA 2VTAA 3PSBA 3DXQA 3UQGA 2VD5A 3DDQA 1G5SA 4XG3A 4DFYA 4ZMFA 2BDFA 4QP8A 4S32A 4KKGA 3IOKA 4DYMA 4RRVA 3NR9A 4DFNA 5DYJA 3PRIA 4JR7A 1DAYA 3KEXA 5HO8A 3NIEA 3FZ1A 4HVHA 5HTCA 5EFQA 4UXQA 3VF8A 2WEIA 3MIYA 3SXSA 3KB7A 2RFDA 5B7VA 3HAVA 2BDJA 3Q9XA 5GINE 1NVRA 3A7HA 1H08A 2UUEA 4UALA 3PWDA 2HWPA 3IGOA 3V8WA 2PPQA 2ITYA 4J8NA 5D10A 2OU7A 3R00A 2R3FA 3NUYA 3CTHA 5ACKA 3ZYAA 1TQMA 2FB8A 4U44A 5I9YA 3FUPA 1ZYLA 5GZ9A 3RAHA 4AWIA 3C5UA 3RVGA 1TQIA 3BI6A 4JG6A 3VIDA 2WQOA 4U5JA 3RAKA 2I7QA 3QRUA 4NYEA 3F5GA 3MIAA 4FTIA 4KWPA 5JKGA 4BI1A 2EVAA 4QMYA 3QQLA 3F5XA 1EH4A 2UZVA 4FZ7A 4GEOA 4KBKA 4APPA 4DE4A 4F64A 5J8IA 4BDJA 2XJ1A 4M14A 3TZMA 2W4OA 3EN7A 4EC9A 4V05A 4GIHA 5CANA 1PXJA 2B52A 1PHKA 2V5QA 2OJ9A 3LAUA 4OTIA 2BRHA 4HYSA 4BF2A 1Q8UA 2E9OA 3AMYA 4H36A 4IWQA 4RJ5A 5EW8A 3U9CA 4RG0A 4F08A 3D9VA 2JKMA 4IW0A 4UMRA 2XBJA 2PUNA 2Z7SA 5DLSA 4BDEA 4AFEA 2R3MA 5CZHA 3R8ZA 2GNIA 4CQEA 1SZMA 4CYJA 3MY0A 3ZEWA 4Y85A 3P1AA 1UA2A 4RQVA 5L2TA 2PVHA 4D2SA 4UN0C 4LV8A 4X3JA 4ZOGA 5A54A 3TDVA 1RE8A 5HLWA 4BCGA 5M51A 4EOMA 5AR4A 4MKCA 4C4HA 4JLCA 4NJDA 3ANQA 3N51A 4XG4A 4BIEA 3LVPA 3P86A 2W9FB 2Z2WA 1S9IA 3SKCA 2KULA 3O71A 3ORMA 4FIIA 1FBNA 4J99A 3SOCA 4EH3A 4S33A 3SV0A 5EQEA 4MNEB 4XUFA 3FQHA 3NX8A 5GJDA 4LYNA 4E20A 4GVAA 1XH9A 4CEGA 3DBEA 5DGZA 2PVRA 4TPTA 4UZHA 3TJCA 3A2CA 1SMHA 2YIRA 2VZ6A 4ANBA 4BCMA 3BIZA 3ZONA 5JFWA 2WIHA 4WBOA 3BEGA 3LHJA 3BHVA 4G6OA 4NWMA 2C6KA 3DGKA 4JNWA 4PRJA 1ZARA 2Q0BA 5HEZA 2ZDUA 4ZTNA 3BYOA 3T9TA 5IA1A 4RJ8A 4FKLA 5AAGA 4EWQA 4YR8A 3FI8A 3W16A 1H00A 4QP7A 2QOFA 3C5IA 5CEKA 3HDMA 1DM2A 4JDJA 2ITNA 3KCFA 1YI6A 4H05A 5AX3A 3BEAA 4E4MA 4O96A 1XBCA 2VX0A 4M84A 5AUZA 5BVNA 3AT2A 3NNUA 1O6KA 1OGUA 3BELA 2P4IA 5CYIA 2X2LA 1JPAA 5C8MA 1K2PA 1MQBA 3FZRA 4LOPA 5E91A 4O81A 4KIKB 4YURA 5CU6A 5FUTA 4AF3A 2ZM4A 2X8IA 3QUDA 2FYSA 4GYIA 2PVMA 4K11A 3HECA 4L52A 3PXQA 2GQGA 1R3CA 1XQZA 4MTAA 4C62A 3MW1A 2QO2A 4AZTA 4AGWA 4ITIA 3U8WA 4GKIA 3QAME 3CJFA 4FV1A 2JITA 3F3WA 4RZWA 2X0GA 2QOIA 3LFDA 2PE2A 4QT1A 2BDWA 4GG5A 5CNNA 3Q3BA 4KRCA 3EQFA 2Y4IB 3DKCA 5K5XA 5FDPA 5IDPA 3OXZA 3T3VA 5KMKA 2OW3A 4G6LA 4IZ7A 3PSCA 4CFNA 4IZYA 3LCKA 5J79A 4RPVA 4BDGA 2X7FA 5HO7A 4FYOA 2LAVA 3DK6A 2C3LA 3PIZA 2P3GX 4I0TA 2WTWA 5IA4A 5GIOE 4B4LA 5IDNA 4IX4A 2ZVAA 2IG7A 2QHNA 1B39A 4DEEA 5K3YA 4EK6A 3K54A 3RZFA 4NK9A 2B9FA 4IJPA 5EHOA 1JWHA 3CP9A 4FSNA 4R7HA 4ALUA 3FY0A 4AW0A 4D0XA 1AD5A 2E9NA 5L8KA 2OZAA 3KRJA 5D1JA 3MESA 3MY5A 1H25A 5ANGA 4A4LA 4QNAA 4KSQA 3BLRA 4V04A 5HBEA 1OPKA 5I9XA 2AUHA 3PVWA 2GS7A 4IDTA 1V1KA 2G01A 4WSQA 3IW7A 4BWXA 1NXKA 2DQ7X 2RKUA 2B9IA 1PMVA 3DFAA 4HYIA 4V01A 4YZBA 5AUVA 1FMOE 5IQBA 2ZMDA 4DEHA 2PVJA 2WQEA 5M55A 3BGPA 3IG7A 3VJOA 3WZUA 1OIUA 1NY3A 2Y6OA 4D4YA 3EQIA 3CJGA 3GC7A 2UW6A 4IVCA 3HMMA 2WOUA 1ZLTA 3OWPA 1ZMUA 2CGVA 4WT6A 2CSNA 2C5VA 3R2YA 1JKKA 1OITA 3TDWA 4O27B 3VW8A 4EOQA 5IISA 3QD4A 3MY1A 3OOMA 5BVEA 4F9WA 3TKIA 4I3ZA 4IX5A 3NIZA 4K33A 4NM5A 4ZSEA 3SVVA 4TY1A 5LARA 1LUFA 2OLCA 3PPZA 3A7FA 3FKOA 1CKIA 3ZM9A 2HZNA 4IADA 4MX9A 1XBAA 5G6VA 4BWKA 3CY3A 5KNJA 3LIJA 4CRLA 3R1NA 1BX6A 4IWOA 3P9JA 3A8WA 2VV9A 3I1AA 3TZ8A 3ZFMA 1JLUE 2BZHB 3MTFA 4G9RA 3VUIA 2BCJA 2R4BA 1BUHA 3SW7A 4WRSA 4R3PA 5I0BA 1UNGA 4IE9A 3EFJA 4IM2A 4MK0A 3V8TA 4B9DA 2X7GA 4KSPA 4AOTA 4KBCA 1YXVA 2HZ0A 2WTVA 4G34A 5KZIA 3BWJA 4YPSA 2PVFA 5L6PA 3C13A 3PZEA 4BGHA 4C7TA 1YHVA 5T68A 4IC7A 4QPAA 3ANRA 4N4SA 5DRDA 4EQMA 5JGAA 1H27A 3VUDA 1PYEA 3DKFA 3GC9A 5CENA 3ZO1A 4AZFA 5KUPA 1SVGA 3HRBA 4GK2A 1G8SA 2E2BA 3U6HA 1L8TA 3HA6A 4F9BA 4AT3A 2PU8A 3WF9A 1QMZA 4ZXTA 4JAIA 3ZO4A 3BZ3A 5FEQA 1P2AA 3IGGA 2YM7A 4B0GA 1IA9A 2E9PA 5KBQA 1UKIA 5DA3A 4R7IA 4UMPA 2GTNA 4GV1A 4DTBA 3PTGA 3FXWA 4X2GA 4C57A 1BYGA 4O7YA 3AXWA 3GEQA 1NW1A 4BDDA 4DGOA 1NVSA 4YP8A 2Y7JA 2IPXA 4FV5A 5FDXA 4U80A 3BX5A 3Q52A 4NW5A 4YGAA 3SXRA 2BROA 4EHVA 4I21A 4QMVA 1KE5A 4DCAA 4F0FA 4BDHA 3N9XA 5AUUA 4HPTE 5KX8A 4N70A 4E8AA 3F2RA 3E62A 5EM8A 2ONLC 3MVLA 3FSFA 3ZSIA 5D7VA 5JZJA 4NFMA 3WF8A 1PF8A 3QQUA 5AV4A 5KMNA 4KUJA 1WCCA 3NYXA 3VUKA 4OTRA 3ZLWA 4OBQA 5AV3A 4P90A 1WBSA 4E6AA 4Q5HA 5TR6A 3RPOA 4HOKA 4YTIA 4EKLA 4HJOA 4F1MA 2WPAA 3V6RA 5ANDA 4QP3A 4QYGA 1HOWA 3R9RA 4F1OA 3TKHA 2PHKA 4LRJA 5D7AA 3RK9A 4R5YA 4FKQA 4QYFA 3ZUUA 2EWAA 3P0MA 4CRSA 3NVKI 5ETIA 2GTMA 2RF9A 4QMXA 3H9RA 2RFEA 4FL3A 5AP5A 2HZIA 2XNPA 3OY1A 4IB5A 5AM7A 5BVOA 4AUAA 2A0CX 4JDHA 2R7IA 4JG8A 4YNOA 3TN8A 4BKZA 4I6HA 3ZM4A 2EXMA 4O2ZA 2W1HA 2PZPA 4L3PA 4C35A 2XKDA 3HYHA 4GJ3A 4UYNA 4XBRA 4TT7A 4DGLC 2OXDA 3F66A 2F2CB 2QO7A 3SLSA 4U0IA 4TTHB 3N4VA 4TL0A 3CXWA 4DBNA 3OT8A 1P14A 2X6EA 3NWWA 5GJGA 2Z60A 4OTDA 3QCQA 2O64A 3V6SA 2HY81 1W84A 3U87A 2JC6A 3F3VA 4FK3A 1ZZLA 2A4LA 2YM4A 2C1AA 4IXPA 2PZRA 4D1SA 4PTGA 3E88A 5B0XA 1Y8YA 3R0TA 3VBVA 3VS5A 5LQFA 3UOJA 3PPJA 4E7WA 5FTGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4Z7H A;  4DA5 A;  3T3U A;  4EOP A;  1UU7 A;  5ACB C;  4C3R A;  4ZTR A;  5DG5 A;  2QOK A;  4H39 A;  3CY2 A;  3KUL A;  3O8P A;  4RC3 A;  4E6D A;  2WMV A;  4DAW A;  2BAL A;  3UMX A;  4Y5Q A;  3O17 A;  2QOH A;  1GAG A;  1ZMW A;  4I5H A;  4J95 A;  4CQG A;  2ZAZ A;  3KGA A;  3R8V A;  2VX1 A;  4OAU C;  2J50 A;  3FMH A;  4H3Q A;  4LI5 A;  5TOZ A;  1VEB A;  5AR2 A;  2XK6 A;  4ASX A;  4IQ6 A;  3D5X A;  5F9E A;  2PVK A;  4DG0 E;  2BTS A;  4R7B A;  2FA2 A;  1OB3 A;  1V0P A;  4XOZ A;  4MAO A;  3FPQ A;  3QKK A;  1OVE A;  3KN5 A;  4HZS A;  4RZV A;  5DPV A;  4EK8 A;  3C4Z A;  1OBG A;  4JT3 A;  4O21 A;  5JZN A;  1GZN A;  2R3I A;  4FIC A;  3C50 A;  2X8E A;  4OLI A;  4RJ3 A;  5AAE A;  3QZH A;  2JIV A;  2WNT A;  3QWJ A;  4NM0 A;  4FA2 A;  4ZZO A;  2WKM A;  2EU9 A;  3LCO A;  1W83 A;  4TN6 A;  4XV9 A;  1TQP A;  2ITO A;  2J0K A;  3RP9 A;  3BE2 A;  3ZXT A;  2BTR A;  4CFW A;  3C9W A;  3I6U A;  5EM7 A;  4QMS A;  3EQR A;  3Q4T A;  4DCE A;  4B8M A;  5CZI A;  4OT5 A;  5H3Q A;  4PP9 A;  4GW8 A;  4M0Y A;  2ITV A;  2W1G A; 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2JC6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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