2JD5A

Sky1p bound to npl3p-derived substrate peptide
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
363
structure length
353
Chain Sequence
FHPAFKGEPYKDARYILVRKLGWGHFSTVWLAKDMVNNTHVAMKIVRGDKVYTEAAEDEIKLLQRVNDADNTKEDSMGANHILKLLDHFNHKGPNGVHVVMVFEVLGENLLALIKKYEHRGIPLIYVKQISKQLLLGLDYMHRRCGIIHTDIKPENVLMEIVDSPENLIQIKIADLGNACWYDEHYTNSIQTREYRSPEVLLGAPWGCGADIWSTACLIFELITGDFLFTKDDDHIAQIIELLGELPSYLLRNGKYTRTFFNSLLRNISKLKFWPLEDVLTEKYKFSKDEAKEISDFLSPMLQLDPRKRADAGGLVNHPWLKDTLGMEEIRVPDRELYGSGSDIPGWFEEVRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Rgg Domain of Npl3P Recruits Sky1P Through Docking Interactions
pubmed doi rcsb
molecule keywords SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE SKY1
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 102
structure length 353
sequence length 363
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2007-01-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2jd5A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2jd5A01
2BTRA 3UO6A 5AA8A 1YXSA 4JAIA 2VTMA 2OH4A 1Q8WA 3EFLA 3BE2A 2PVRA 5D11A 2VWUA 3V5JA 2BR1A 3A99A 4RWIA 3DQXA 3TTJA 4I5PA 3UC3A 5EM7A 5J95A 4FZ7A 4EHVA 2GHMA 3C0GA 4FF8A 3QU0A 3F3WA 4CVAA 3LVPA 4I92A 4XBUA 4M15A 3UQFA 2Z7RA 5CT0A 2XNOA 4F4PA 5HNIX 2WU6A 4EYJA 4WKQA 2BKKA 4XV3A 2OJIA 2W1EA 3ACJA 3IDPA 5CU4A 4JBOA 3TUCA 4YZBA 4YJVA 5FDXA 4ANQA 3DV3A 4H05A 2PVNA 5AR7A 1OECA 1E9HA 4A9TA 1ZWSA 4DAWA 3PUPA 2YIXA 4IW0A 4KIKA 5K4JA 2QHMA 4LMNA 4N0SA 4YJPA 4BZNA 4F6SA 1FVTA 2A27A 5L6PA 2EXCX 4PMPA 4Z7HA 5AUTA 5KMLA 4NCTA 5DMZA 2GQGA 3ELJA 2JAMA 2JC6A 2Z7QA 3KMMA 4MYGA 4S2ZA 5FGKA 4BBFA 3CEKA 4Z55A 1G8SA 3Q9ZA 3JS2A 3CIKA 2C47A 4BDEA 3UTOA 2F9GA 3FZRA 4QP7A 2XUUA 2J5EA 2UZBA 4O21A 4Y46A 3QKMA 3QX4A 4DFLA 3ITZA 3L9PA 2PZ5A 2VU3A 5FBOA 3VBYA 4AGUA 3ZLXA 4M8TA 3DBCA 5FEDA 5EM8A 4IVBA 2X8IA 4IX4A 5ANIA 3UIUA 5J1VA 1Y57A 5DH3A 2VWVA 2JDVA 3M2WA 3R9OA 4MK0A 2BMCA 2WAJA 3QQFA 2R3FA 4IEBA 4X2NA 4XRJA 4JBPA 2UZWE 4IB3A 4BDKA 4FIJA 1OIYA 4ZTSA 2BAQA 1XH6A 3CY3A 1DI9A 3HVCA 4XG8A 2ITUA 3MW1A 4TWPA 3BPRA 3UIXA 5E9EA 4GG7A 4GK4A 3VUGA 2C6LA 4CTCA 5AAEA 3KCFA 4MNEA 2NRUA 1H0VA 4R3PA 4D9UA 4F6WA 2XK7A 4I6BA 4U81A 2VWWA 2QVSE 4QMSA 5HO6A 2V7OA 1KE9A 4D58A 3KN6A 4Y5QA 5HVYA 4HW7A 2BCJA 2IVVA 3QRUA 4DBNA 4F64A 3H9OA 4L9IA 3HDMA 4IM2A 1YI3A 2PYWA 3KA0A 4RJ6A 4OW8A 4K18A 5M53A 3QXPA 2LAVA 3LW0A 3K5VA 2ITNA 3OROA 4RIXA 4XMOA 4C7TA 4DGNA 2UZVA 5LXMA 4AW2A 4IM0A 4B9DA 4AT5A 5BVWA 5E8UA 2IW9A 3DQWA 3FHRA 5T6KA 5LVMA 5I9UA 4KNBA 1DAYA 3F7WA 3O17A 3MSSA 4EK5A 3OBGA 3DNEA 5IDNA 2IZUA 4FT7A 4LGDA 4C34A 3LJ2A 3PJ3A 4R3CA 5DT4A 4GKHA 4R7HA 3H0YA 3CR0A 5IH5A 2PZYA 5L4QA 2C3JA 2X9FA 3VUIA 1J1CA 2OBJA 1UVRA 4FV1A 3W8LA 3CGFA 1RE8A 3OOMA 4ZZNA 4CFWA 2CPKE 3C7QA 4QQTA 3ANQA 2YHVA 3O96A 4LRMA 2OZAA 5KCVA 3PY3A 3BYSA 3TM0A 4QMZA 1F5QA 4RWJA 3FI8A 5LJJA 3IW7A 3IO7A 1ZXEA 4BDAA 1GJOA 1XKKA 1SVGA 4FOBA 5LCKA 3F6XA 4DA5A 4M69A 2XKEA 4QTBA 1PXLA 3OBJA 4BHZA 4B0GA 4FEXA 3C4WA 4Q5HA 2VX0A 3RK7A 4B7TA 3R7GA 4APCA 4LOPA 5LQFA 4IZ5A 3WZKA 4R78A 1OPKA 4DCAA 1OBGA 4EH9A 4UMPA 3FMHA 4CV9A 3DZQA 2C5NA 2ZDUA 5I3OA 4A06A 1UKIA 2YITA 4NM0A 1U5QA 2YCQA 5HD7A 1OI9A 5HX6A 4C4IA 2R7IA 4FKLA 3NDMA 4QNAA 1ZRZA 4FZAB 4XP3A 4ACGA 4D1XA 3I0OA 2RIOA 3VIDA 3PTGA 2QODA 2VWYA 4NU1A 3DB6A 2J0LA 3H30A 1IEPA 2QURA 3GCUA 3HP5A 3WYXA 5IEVA 2WNTA 3COIA 3II5A 1F3MC 3KVXA 3MVHA 4FSNA 4N6ZA 4DGMA 5A6OA 5C01A 3RWPA 4D55A 2W5HA 2J0JA 4CGAA 3FLNC 2A0CX 4KKGA 3C50A 4UZHA 2XK9A 3TACA 4EOOA 1KUTA 4I6FA 5AIRA 4DEGA 4EK4A 2QD9A 3P7BA 1PMNA 1WBSA 4EONA 3AT4A 4NJDA 3D7ZA 3UBDA 4EZ7A 3UP7A 5L8LA 4AF3A 3H9FA 3ANRA 2YWPA 5IH6A 3QLFA 4FKQA 3PJ2A 3OXZA 4MVFA 4G3FA 5EK7A 2W99B 3GOPA 2ITPA 3FMNA 2PMNX 3HEGA 3KVWA 4NKAA 5T68A 3G51A 3VUKA 3HKOA 4FKOA 4PNKA 3QC4A 4C37A 2JDOA 5A3XA 5DA3A 4ZTHA 3C4FA 1PXOA 3ZM4A 4EOMA 1PXIA 3LFSA 4N57A 2Z60A 4H3BA 4C3RA 3HECA 2X2MA 3AT2A 3PZHA 4MEDA 4YNEA 4MKCA 5AR3A 4D2PA 2YM7A 2YLFA 3VJNA 5KMNA 2PWLA 3FC1X 2Y4PA 4HCUA 4EH7A 2BTSA 4FV9A 2OXYA 3W32A 2CDZA 4ASZA 3PVWA 4BCOA 4I0SA 2ERZE 2IZTA 3OG7A 5IH4A 1W8CA 3DA6A 4JDJA 5AR4A 2V22A 5AV4A 2YCSA 4YC3A 1EH4A 4AA0A 4FGRA 3NNVA 3LCSA 4PTCA 2OF2A 3E3BX 4A9YA 3OCSA 4CV8A 4F9BA 3RAKA 5EH0A 3GC7A 5ACKA 1YVJA 3ROCA 2WTIA 1OKWA 5AADA 4N70A 3UO5A 4YTCA 3EYGA 2C6DA 4KBCA 3OWJA 3QQGA 1M14A 5L2WA 5EW8A 4S33A 3M1SA 3D7TB 1JLUE 2OIDA 5M09A 4IVDA 2OJFE 3QQLA 1Q8UA 4JLCA 1RJBA 1WAKA 5CQUA 4O0UA 4S30A 4M13A 2W7XA 4A07A 4OTRA 4FEWA 4Q2AA 5DOSA 3KKVA 3THBA 3TKUA 3GQIA 1BLXA 2WQMA 4HVDA 4V05A 3LXPA 4CMUA 3UO4A 2YM6A 2WTDA 4RX9A 3TZMA 4HVHA 2ONLA 3A7IA 5CU0A 3I0QA 3LJ0A 4FT0A 4L6QA 3PZEA 4LFIA 4NYEA 3PIXA 4AFJA 3HRBA 3HV3A 3ZOSA 3N9XA 4X2FA 2VTSA 4PL4A 3TL8A 4W9XA 4B4LA 4F0GA 5HO8A 1WBVA 2ETKA 1CKIA 5E8ZA 1CKJA 2WKMA 5K0KA 3SGCA 1VJYA 2WTWA 4BN1A 5HI2A 3C0IA 2QC6A 3OWLA 3C5UA 4QP6A 3W1FA 4CG9A 3OY3A 3UMXA 2ITWA 5FQDC 2WMAA 1XJDA 3DKOA 2X1NA 3UVQA 3QKLA 3FXWA 3SRVA 4DCEA 1PF8A 5HESA 2HAKA 1YXVA 3TDWA 3QRIA 2UZUE 2WTKB 2EU9A 4FVPA 4O38A 3PE1A 2ITYA 5A4TA 3AC5A 3AC1A 2HY0A 1Y6BA 4ZLOA 4EH4A 2OKRA 5EI2A 5I9WA 5HORA 4JQEA 4E4MA 4EQMA 4AACA 2CKPA 3ENHA 3GU8A 3TUBA 5KNJA 1H0WA 3LAUA 3HYHA 3WZDA 4XG6A 3KXMA 2X8EA 2F4JA 3VF8A 1YRPA 3G0EA 1JKKA 4ZOGA 3GNIB 5AP3A 5L6WL 4RJ3A 4ZIMA 4PP7A 4CKRA 2ZM1A 2BAKA 3AT3A 2VTQA 2YCFA 3MWUA 4QYYA 1PKGA 3UODA 3OCBA 5IMXA 1Q24A 3CKXA 2DS1A 4GFOA 5J87A 2PMOX 3EQGA 2V62A 4NFNA 2BZHB 4AE9A 4D2SA 3NR9A 4JVGA 5L2QA 4BCHA 4O82A 4I6QA 3R1NA 3TKIA 2X2LA 2VTHA 2YM8A 2C5XA 4XEYA 3HZTA 3S00A 3ZC6A 1P5EA 1JVPP 4JI9A 4MCVA 4OTFA 4BZOA 4CMOA 2GS7A 4ANBA 4GYGA 5AA9A 2X7OA 5TF9A 1ZMUA 2PU8A 4XG3A 4IANA 2GTNA 3UNZA 4O0TA 3L8XA 3R00A 4QNYA 3RM6A 3TZ8A 3AXWA 3MY5A 1YXXA 4KD1A 5GJFA 3CGOA 3U9CA 4U6RA 4CFXA 4JDHA 3HMPA 2CHLA 5DVRA 3FQEA 1WFCA 4AX8A 5CALA 2WD1A 5LWMA 2E9OA 1G8AA 3GOKA 3HV7A 3ORKA 4DEAA 4HVIA 4FYNA 3ET7A 4Z9LA 5JK3A 3FI4A 2P0CA 4FV8A 2WMBA 4KABA 3GCVA 4FKTA 4YJUA 4GJ3A 1V0OA 4U9AA 3T3UA 3RPVA 3D9VA 3VHKA 2NNWB 2Z02A 4ZP5A 3LFFA 2OJJA 5IA2A 2LGCA 3E88A 1WBOA 3JPVA 3OWPA 4NCTC 5AUZA 4FTLA 3MESA 3GU4A 1WBNA 2A1AB 2VTNA 3V8TA 4A4LA 3GUBA 4KWPA 4GJ2A 3ZEPA 3EN6A 4D5KA 2YWVA 4BCQA 4D2TA 5HOAA 1KV1A 2Y6MA 2QKRA 3T9IA 3O50A 5CSVA 2I1MA 4YJTA 2BRNA 5HZNA 5J8IA 1OMWA 4ZS0A 3MJ2A 2C5YA 3FXXA 4Z16A 4P5QA 4RG0A 5EI8A 5HIDA 2XIYA 3W2QA 1IR3A 3LFEA 4K0YA 4TWCA 1O6YA 4C4EA 3QUPA 4I0RA 4G16A 4UYNA 4W8EA 3VBTA 4U45A 1PXNA 4KINA 4FG9A 2BILB 3CTQA 4FKRA 4U41A 3HMOA 1UV5A 2BZIB 4CG8A 3CCNA 1I09A 4CSVA 1ZMWA 2UVYA 3GQLA 3R83A 4E5AX 3NUAA 4MBLA 3NVKI 3HV5A 4M7IA 2VTLA 4F6UA 3VQHA 3KY2A 4G2FA 5IUIA 3RZFA 3QL8A 3R8UA 4FIEA 4QMQA 4GU6A 4AN2A 4ASEA 5J7HA 2R3NA 2HZIA 4DBXA 3FHIA 3L9MA 2GNHA 5CWZA 2QLUA 1W7HA 1H00A 4HVSA 3NS9A 3PSBA 1OPJA 4ANMA 3KF4A 5J5SA 4FSYA 2JIUA 3B2WA 3KCKA 5J1WA 4OTDA 5FTOA 3POZA 3VW8A 4YJQA 4J96A 4IIRA 3NUYA 4YP8A 5EKOA 1BL6A 3NCGA 5E90A 4H3PA 4U42A 4NH1A 4JR7A 5AP2A 3LKMA 4V0GB 1JSUA 4BI0A 4GVJA 4EEVA 3NZ0A 1YQJA 4XV2A 1REJA 2GNJA 4QOXA 4DH5A 4IZ7A 3NNUA 3F88A 4YBJA 3VS0A 4JR3A 3W10A 3ZDUA 1AGWA 3MVLA 5EQYA 4AT4A 4FICA 4E8AA 5LWNA 2GPHA 4FC0A 4ALWA 5CEKA 2BRGA 2R3LA 1DI8A 2P55A 3QRJA 1JKSA 2ACXA 4EH2A 2FVDA 3KRRA 4AGDA 5HVKA 4BB4A 4U0IA 4ZTRA 4LUDA 3EL8A 5CEPA 4A9RA 2WB8A 3IDBA 4EUUA 1Q97A 1FGIA 4ITJA 1FBNA 5GIPE 3GENA 2HXLA 4IC7A 4F9AA 3LIJA 2DYLA 2VN9A 3PFQA 3CPBA 3M11A 5TT7A 2ETRA 4C4GA 5CF4A 5FUTA 4X6RA 4UB7A 5BMMA 4CLJA 2ZV7A 3DCVA 2WMWA 4A9SA 4BWKA 5IEYA 3NWWA 4IACA 2GNLA 2DWBA 2G2FA 4YHFA 2GCDA 3A62A 4IDVA 5T3QA 3U8WA 3V04A 4I20A 4EOKA 5IA0A 4C57A 5ANEA 1Q99A 3SXRA 5IDPA 4IJPA 4QMMA 4LMUA 4QYFA 4J95A 5IG1A 2J6MA 4AE6A 3LXLA 4ZSJA 2WTVA 3EOCA 3ZFYA 3JY9A 4DFUA 3LM0A 4ZMFA 4CNHA 1J7IA 5HCYA 2GDOA 3CTJA 5CYIA 4M0ZA 3VUMA 4BIEA 1JPAA 1GZOA 4PWNA 4ANOA 2DUVA 5CVHA 2CGUA 4PMSA 5FXQA 4WNMA 4BWPA 2BIKB 4EYMA 4H1MA 3H0ZA 3QTUA 1NVRA 3VS7A 2R3KA 4NW5A 2FA2A 3R7OA 3KEXA 2Y4IB 3P9JA 2EXEA 4XUFA 5F94A 3MA6A 3O8TA 3ORIA 4WG4A 2CKOA 1UWHA 4EH3A 4R7IA 3KU2A 1IA8A 4ORKA 2VTOA 4RZWA 4W9WA 3LHJA 2IG7A 1X8BA 5M55A 4JX3A 2EB3A 5BVDA 4DF3A 2C3LA 4YBKA 2CMWA 3BWJA 1XHAA 4E6DA 3TNQB 3VNTA 4DE4A 1FVVA 1QPJA 4Q5EA 1NW1A 3LFNA 2IPXA 2OF4A 3EZVA 3AMBA 5AP5A 2EUFB 2C0IA 5HO7A 2HIWA 3FSFA 2OXDA 3I5ZA 4I93A 3A60A 4TN6A 5D1JA 3RINA 3PWDA 4Z3VA 1BMKA 2WTJA 4D4VA 3UG2A 3QZIA 3V5LA 1XH9A 4XS2A 2RSVA 2BDWA 4TY1A 4KIKB 4ENXA 4NSTA 3VWAA 4C4HA 3RCDA 1Q3WA 4C33A 2C1AA 3FL4A 5HHWA 4WIHA 3S1HA 4ANSA 1ATPE 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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