2PE2A

Crystal structure of human phosphoinositide-dependent protein kinase 1 (pdk1) 3-{5-[2-oxo-5-ureido-1,2-dihydro-indol-(3z)-ylidenemethyl]-1h-pyrrol-3-yl}-n-(2-piperidin-1-yl-ethyl)-benzamide complex
Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
286
structure length
275
Chain Sequence
PRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI5 (151-154)S1 (82-90)TI1 (91-94)S2 (94-101)S3 (107-114)TI2 (101-104)AH6 (261-277)AH1 (115-121)AH5 (251-256)AH2 (123-136)S4 (145-151)TI4 (139-142)S5 (154-159)TI6 (162-165)S6 (165-166)AH3 (167-174)AH4 (179-199)O1 (174-176)TI7 (214-217)TIV1 (203-206)S8 (211-213)3H2 (208-210)S9 (219-221)TI8 (224-227)TI3 (102-105)S7 (201-202)S10 (228-229)3H1 (79-81)3H3 (246-248)Updating...
connected with : NaN
publication title Indolinone based phosphoinositide-dependent kinase-1 (PDK1) inhibitors. Part 2: Optimization of BX-517.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 82
structure length 275
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2007-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2pe2A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2pe2A01
3EQGA 5D7AA 4I23A 2NNWB 5LMBA 3G9NA 3W16A 4BCGA 2I7QA 1W98A 3JY0A 2PUUA 4FIJA 5JMSA 5FWKK 1OBGA 5EM7A 4YPSA 2R3LA 2W0JA 2CKOA 1YKRA 2GFCA 4FIEA 4AW5A 1FGKA 4AW2A 3LQ3A 3EOCA 5IPJA 3RPRA 4B4LA 1QMZA 2XK4A 4CG8A 3E64A 4FEQA 5EDRA 3COKA 5AP7A 2UW8A 4BGHA 4EK5A 2FSMX 3BYMA 3F2RA 3IO7A 3N4VA 1HCKA 3ALOA 4YTFA 2F2CB 3NYNA 5LMKC 3A7JA 1M2PA 4FBXA 5EYDA 3DT1A 3PXYA 4U3YA 1M2RA 4HOKA 3ZRKA 3PE1A 4YTHA 2OLCA 3N4TA 3KRJA 2HK5A 3HV7A 3RK5A 4FKVA 3A61A 1URWA 2YABA 2WQBA 4Y95A 5KMIA 4EH7A 5GZ8A 3HRFA 3ZFYA 4FKRA 2V55A 1YDRE 3L8SA 5IDNA 4H05A 2F7EE 5ETFA 3QA8A 3Q32A 4FICA 4BF2A 4IAKA 2XRWA 3NW7A 4A9TA 3NNUA 5EDPA 1SVEA 5D11A 4USDA 3GENA 5E9EA 4CFFA 3KF7A 2WELA 2J0JA 2ZV2A 2H96A 4FKSA 5DFPA 4C8BA 2UZVA 3FE3A 4IM0A 1LUFA 2Z7LA 3OCGA 3R8ZA 3QCQA 2QOLA 2XIZA 3FLWA 4X3FB 4YPDA 5FXRA 3BYUA 2QLQA 4NTTA 4YURA 2QG7A 4QMYA 3GQIA 5CVGA 3BHUA 2FYSA 4D5KA 4XHKB 1OITA 4BTMA 4EONA 4ZS0A 4FSNA 4IB1A 4UWYA 5E8TA 4AACA 5CEPA 3U54A 3OFMA 3RCDA 3FLYA 4EZ3A 4KKEA 3AC8A 4MXYA 2RG5A 3C1XA 4JJRA 4L45A 5DT0A 1IG1A 1NW1A 3TN8A 4DEBA 4FTAA 1H0WA 4BCIA 1B39A 2PMNX 4GSBA 3EL8A 2XK7A 4I20A 5D1JA 1Q8YA 4BDAA 4RWLA 2C5OA 4XX9A 5EQEA 3TZ7A 3LXKA 4E1ZA 2C3IB 5LVOA 4O22A 5AV1A 5E1SA 3R8LA 4L00A 4E26A 1ZYCA 3RM6A 5HORA 5IUIA 3GU6A 4S30A 5EI8A 2GSFA 4CYJA 4C33A 3DB8A 3R9OA 1T46A 4YSJA 3OROA 1YXTA 5CF6A 4HGSA 4FSQA 4QPMA 3D7TB 3RVGA 3MESA 3QQUA 3CJGA 1VYWA 4R77A 2YDJA 3R1QA 3F7ZA 5L6WL 4YR8A 2UW6A 3GCQA 3COMA 3V01A 1CDKA 5I0BA 2OW3A 4CV9A 2IWIA 4RJ3A 4FV9A 2JITA 3BIZA 3C0IA 3DDPA 5A4CA 4AQCA 2I40A 2R2PA 3PLSA 3K54A 2XKEA 3G9LX 3ROYA 5JFXA 3VUKA 4P5QA 4RVTA 2XVDA 4FC0A 4CLIA 4QTBA 3SQQA 3TZ9A 4N6YA 3HLLA 4EEVA 4GW8A 4YNOA 3C9WA 4JR3A 2J2IB 3MY5A 4U80A 5AA9A 3DTCA 1OVEA 4PMSA 2ITYA 2XRUA 5E92A 2PULA 5L3AA 4JBPA 4TWOA 3UP7A 5KX8A 3QZHA 5L8LA 2ZJWA 3G90X 1K9AA 2OJFE 3VRYA 1DAWA 5IH6A 1KV1A 3H4JA 1MQBA 4JAIA 5LMAA 3CEKA 3LE6A 3QRIA 4JXFA 4QQ5A 4L46A 2X0GA 3KXNA 3E8NA 4BTFA 3QQFA 5CEQA 3PVUA 4ZTQA 2PZRA 2WMRA 4OTIA 5IF1A 4PPCA 2QNJA 4OTFA 5JZNA 3WIKA 4MVFA 2CMWA 2PWLA 3QA0A 3S1HA 2OZOA 2PZIA 4I41A 3E5AA 4EOMA 1KE6A 4A9YA 5DMZA 1UKIA 2J7TA 2RFSA 1VEBA 3F7WA 4PNIA 3KEXA 3NNWA 4YC8A 1YI6A 4IWOA 3VBQA 2WKMA 4GT5A 2UZNA 3S3IA 4F0GA 5F9EA 3DQWA 4K8AA 2V7OA 3DFCB 3A60A 3QC9A 2W9FB 4IB0A 5HE1A 5B2LA 4YO4A 3EWHA 4AN2A 2VTIA 3QQLA 3KN6A 4CTCA 3LAUA 4QQTA 1Q24A 2QVSE 3UE4A 5J5SA 2WTVA 4TPTA 3W1FA 4BVUA 2QOIA 1W8CA 1CM8A 2A19B 2DUVA 2Y6MA 3P7CA 3UQGA 2W9ZB 3UNKA 4XOYA 3R71A 3P5KA 4WUNA 2C3KA 4IHPA 2PVJA 3B8QA 3UC4A 3ZSGA 3VS5A 4B99A 2GS6A 4QP3A 5DR9A 4EYJA 2HY0A 4FTQA 3UO4A 4NYEA 3SOCA 2VX3A 5CT7A 5CAVA 5LWNA 3D5XA 2JAVA 4ZTSA 5EI2A 1WVYA 3EN9A 3ORKA 2XNPA 3PA3A 4NFNA 4YZDA 5C8MA 3ZHPC 4NT4A 5HQ0A 4D1XA 3QTIA 4P5ZA 4S32A 4ZEGA 4CRLA 5L2TA 2REIA 4GFGA 4MK0A 5I3OA 3PG3A 5FEQA 3OBGA 5BVDA 3R73A 3I5NA 5HTIA 3DZQA 4KS7A 3L1SA 3VVHA 2ONLC 2GS2A 4G34A 2HCKA 4AS0A 3OXTA 5AM7A 2YCFA 5ANKA 3V5WA 1RDQE 2WHBA 2H34A 3OCTA 2DQ7X 3PPJA 4C2VA 3AT4A 4GK4A 4D28A 2DS1A 1YI4A 2XH5A 4FKTA 1WVWA 3AGMA 3BU3A 3UBDA 4I4FA 4KIQA 3VUHA 1JLUE 4OBOA 4FE2A 1J1CA 1KOBA 4N57A 4OTQA 2WU6A 3WARA 4DEIA 1UU3A 3QFVA 3ZLXA 3E8CA 4FV6A 4LRMA 3PRFA 3KCKA 1OUYA 2B1PA 3CBLA 4RWKA 4Y46A 5EHYA 4QTEA 5DEWA 5HBJA 2VTAA 2YDKA 3SLSA 2C1BA 3VQHA 3O2MA 2PVFA 3LLTA 3F5XA 3MB6A 4J8MA 2ERZE 4NIFB 5E8VA 5FP6A 3C4WA 3O50A 3Q4UA 1XH5A 2AC3A 4JG7A 2BRNA 3KC3A 2JKOA 4FT7A 4IDTA 4RSSA 4IAZA 4A9SA 2OU7A 2VTMA 2W17A 3KGAA 3G5DA 4K18A 3FXZA 1OL1A 3PJ2A 3WZDA 3CLYA 4QOXA 1A9UA 3Q4CA 4IXPA 1F5QA 4S33A 4EBVA 5BYLA 2YLFA 3TV6A 2HW6A 5CS6A 4RJ8A 5AAEA 1KOAA 4N70A 3VAPA 2ZM4A 4FIHA 4PP9A 4XRJA 2VTPA 4YJPA 5DI1A 4BKZA 5AADA 5L2WA 5HLNA 3DA6A 4JS8A 4AXAA 4BCFA 4WSQA 4DCAA 2QHMA 3QTSA 2VO6A 4F1OA 5KMKA 3EN7A 4AG8A 3R9NA 1MUOA 1OIUA 2YN8A 3KN5A 4ANSA 4DT9A 2KULA 5CAQA 1YWRA 2X4ZA 2WTJA 4DA5A 4XOZA 4CQGA 2EB2A 3HZTA 2QO9A 5HHWA 4EL9A 3IOPA 3MV5A 2C30A 3UOHA 5IZFA 1J7UA 3NX8A 5DYJA 2VNWA 4O0UA 2B4SB 3BQRA 4DINA 2WTCA 4O83A 3D2IA 4H36A 4GS6A 5M09A 3ZEWA 4Z55A 2B9FA 4DH7A 4DTBA 3TNQB 3A7GA 4PTEA 2QOHA 2LGCA 3LM0A 4QPSA 2E9OA 3GCPA 2GQRA 3TV4A 1O6YA 3FMJA 3QTQA 2ZOQA 4OTWA 5HD7A 4U5JA 4DGNA 5DBXA 5C8KA 1Z9XA 3QX2A 4FI1A 3UG1A 2B54A 3DOGA 2VUWA 3Q5IA 3S2PA 4E6AA 2VTHA 3WZUA 2R3KA 3T8OA 5I9XA 3QKKA 5LMKA 3R28A 3ZSIA 3P23A 3PXFA 4HVHA 3VUTA 4CZTA 4DE4A 4C38A 1OKVA 1GZ8A 3TJCA 5IQIA 2OJGA 2C6EA 1GY3A 2G2FA 2YZLA 4GKIA 2IZSA 5J9YA 3NIZA 4ZSGA 3ANQA 4RJ4A 2H8HA 2P2IA 5FTQA 1KE8A 2YCRA 4F9CA 4NH1A 4WG3A 4EZ7A 5AR7A 3R7UA 4A06A 2C4GA 1SNUA 2AYPA 2B9IA 2Z7RA 4C3FA 4IE9A 5B2MA 4RX5A 3NVKI 4BHNA 3W33A 1M14A 1R78A 3QTUA 4FZ6A 4IB3A 4MXXA 2YDIA 3EZVA 4YJQA 2QKRA 3A8XA 3FLZA 3B8RA 4JR7A 4C4EA 2X9EA 1JSVA 4FV0A 1YXUA 4QQJA 2BKKA 3EN4A 4JIKA 4M3QA 2IZTA 4X6RA 2VTTA 3TUDA 3TNPC 5GJGA 2IJMA 4FVRA 4U81A 4JOAA 2ESMA 3OCSA 2ITPA 4BZDA 5HI2A 3OVVA 3L8PA 3F5GA 4O96A 3SKCA 3TL8A 4AZFA 1XWSA 5HVJA 4EUUA 3UOLA 2PU8A 4BDDA 3CC6A 3DY7A 3L8XA 4HYIA 4RIWB 4XBUA 1ZMVA 2XK6A 3FZRA 3R02A 1JVPP 4FODA 1ZAOA 3VBWA 2I0VA 4A4OA 3PIZA 3MVJA 3OY1A 4RC2A 3U51A 4BCPA 3KMMA 4Z3VA 4IX3A 3OT3A 4W9WA 3ODYX 5DPVA 5AR3A 5IH5A 4D0WA 5HX8A 1WMKA 3P7BA 5DRDA 5CAPA 4M8TA 2WMVA 2W5AA 5I9UA 3MTFA 2NPQA 3QD4A 5CU3A 4NJ3A 3ZC6A 4ASDA 3HV6A 4DFNA 5KBQA 4U44A 4MBJA 5J79A 5CEMA 4DT8A 4I94A 4U9AA 3GC9A 4GH2A 4Y8DA 3P4KA 5HTBA 2SRCA 4IX5A 3IS5A 4AOJA 2XZSA 2CDZA 1JBPE 2UZEA 5ETIA 3UP2A 3W2SA 4ZSEA 3MDYA 4A07A 4XS2A 2QONA 3QTXA 4J71A 4X2JA 3P08A 5I3RA 4BC6A 4FV3A 2WU7A 2V62A 1ZMWA 2W1HA 3KRRA 1PXMA 3IW6A 4R5YA 5L8JA 1MQ4A 4YU2A 5AP6A 4USFA 5IDPA 4MF0A 3FY0A 2PHKA 4QP9A 4GYIA 5DT4A 4ZTMA 3RWPA 1W84A 3GT8A 3R8PA 3MIYA 3PYYA 4FEVA 3OG7A 4DG3E 4QTDA 1IEPA 1Q4LA 3FUPA 4FEUA 3ORPA 3KB7A 4O7WA 1TQPA 2ZAZA 5ANGA 3KF4A 4S2ZA 4L67A 3QKMA 5IMEA 1JPAA 2ITQA 1L8TA 2E9VA 4O1PA 3AMYA 4ANLA 1Y8GA 1KSWA 4LV5A 2JIIA 2VTOA 3ACKA 4HNIA 2UVZA 4ZXTA 2FSTX 3HDMA 4DEDA 3Q6WA 4F9AA 2EWAA 3W10A 3MJ2A 3NLBA 3PJ3A 3BI6A 3E92A 4UYNA 4ALUA 4OW8A 3PVBA 3PA4A 4M97A 1PY5A 3ZO4A 4ITJA 1TVOA 3L8VA 3Q5ZA 1H1PA 5BVFA 1AQ1A 1ZXEA 1GIHA 3PVWA 4F1TA 3LFNA 5JFVA 1BI8A 3MGYA 2CCHA 2OZAB 2W1FA 2J0LA 3PPKA 4AA0A 3CSVA 3LXPA 4FV7A 5KNJA 4BYJA 4BIBA 2BILB 3PIYA 2FA2A 4GV1A 4MKCA 4OT6A 5B7VA 3QALE 1OKWA 3KFAA 4FG9A 4O2ZA 4Y5HA 3RP9A 2XYUA 3ZLSA 3MVLA 3BZ3A 1GZKA 3POZA 5JN2A 3ZLWA 4S34A 3JY9A 2B9JA 4GG7A 4O0TA 1REKA 3LM5A 2JAMA 4B9DA 5EKOA 3W2RA 3SD0A 4A4LA 2XBJA 3Q4TA 4YGAA 2F57A 2GMXA 4FNZA 5CZIA 2WFYA 3V5TA 3Q4ZA 2ZV8A 4G9CA 2XMYA 3UMXA 3BGZA 1OGUA 4P2KA 4RIXB 5EW9A 5AAFA 3R01A 2QHNA 4CTBA 3OT8A 4EOKA 1R39A 4O0VA 4IWQA 3C4EA 3CTQA 4KIPA 3AC5A 4ORKA 3PY3A 3QQJA 3C0GA 4XMOA 2G9XA 3NDMA 3MTLA 4RBLA 4QO9A 3R22A 4PRJA 2ONLA 1DM2A 4OUCA 3AT3A 2PVYA 1IR3A 3FBVA 4R1YA 2XK8A 5EYCA 4ONAA 4IDVA 4L68A 5FXSA 3C4ZA 4RX8A 5H3QA 5CANA 4GU9A 5H8GA 4APCA 4RX9A 4Y72A 2JC6A 1Y8YA 3W2PA 2HZ4A 3O7LB 4MBLA 3RKBA 3GFWA 4EWQA 5ICPA 4XV1A 3L9MA 4RQVA 3SRVB 5IISA 2E9NA 4QQCA 5IQHA 3GUBA 4FV8A 5CI6A 3PTGA 3U8WA 5GIPE 4PMTA 4I1ZA 3R2YA 3IPHA 3PWYA 4O38A 3F66A 4TY1A 3THBA 4HVSA 5E8WA 5K0XA 2UZWE 4LV8A 3ZC5A 3TDVA 2ETMA 3QD3A 4O0SA 3QWJA 4ZJIA 5AX3A 3HMPA 4GK2A 3OW3A 3R8MA 3IGOA 4L52A 1PXPA 4RC4A 3ROCA 4F63A 4AP7A 3CE3A 1PJKA 2XIRA 3FZ1A 2H9VA 3GC7A 3LFCA 3QCSA 3MA3A 4ZZOA 2WGJA 4FTTA 2YZAA 5F20A 3F3VA 2XJ2A 4F70A 2P33A 2R3HA 2PVMA 3KULA 3W2QA 2JFLA 4I0TA 5FQDC 3SW4A 3E8DA 3II5A 3FWQA 3IECA 3EIDA 4HCTA 1NVQA 4QNYA 5CXHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EQG A;  5D7A A;  4I23 A;  2NNW B;  5LMB A;  3G9N A;  3W16 A;  4BCG A;  2I7Q A;  1W98 A;  3JY0 A;  2PUU A;  4FIJ A;  5JMS A;  5FWK K;  1OBG A;  5EM7 A;  4YPS A;  2R3L A;  2W0J A;  2CKO A;  1YKR A;  2GFC A;  4FIE A;  4AW5 A;  1FGK A;  4AW2 A;  3LQ3 A;  3EOC A;  5IPJ A;  3RPR A;  4B4L A;  3W0S A;  1QMZ A;  2XK4 A;  4CG8 A;  3E64 A;  4FEQ A;  5EDR A;  3COK A;  5AP7 A;  2UW8 A;  4BGH A;  4EK5 A;  2FSM X;  3BYM A;  3F2R A;  3IO7 A;  3N4V A;  3BLA A;  1HCK A;  3ALO A;  4YTF A;  2F2C B;  3NYN A;  5LMK C;  3A7J A;  1M2P A;  4FBX A;  5EYD A;  3DT1 A;  3PXY A;  4U3Y A;  1M2R A;  4HOK A;  3ZRK A;  3PE1 A;  4YTH A;  2OLC A;  3N4T A;  3KRJ A;  1G8J A;  2HK5 A;  3HV7 A;  3RK5 A;  4FKV A;  3A61 A;  1URW A;  2YAB A;  2WQB A;  4Y95 A;  5KMI A;  4EH7 A;  5GZ8 A;  3HRF A;  3ZFY A;  4FKR A;  2V55 A;  1YDR E;  3L8S A;  5IDN A;  4H05 A;  2F7E E;  5ETF A;  3QA8 A;  3Q32 A;  4FIC A;  4BF2 A;  4IAK A;  2XRW A;  3NW7 A;  4A9T A;  3NNU A;  5EDP A;  1SVE A;  5D11 A;  4USD A;  3GEN A;  5E9E A;  4CFF A;  3KF7 A;  2WEL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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