2QKWB

Structural basis for activation of plant immunity by bacterial effector protein avrpto
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
292
structure length
290
Chain Sequence
PLVDLEEATNNFDHKFLIGHGVFGKVYKGVLRDGAKVALKRRTPESSQGIEEFETEIETLSFCRHPHLVSLIGFCDERNEMILIYKYMENGNLKRHLYGSDLPTMSMSWEQRLEICIGAARGLHYLHTRAIIHRDVKSINILLDENFVPKITDFGISKKGTELDQTHLVVKGTLGYIDPEYFIKGRLTEKSDVYSFGVVLFEVLCARSAIVQSLPREMVNLAEWAVESHNNGQLEQIVDPNLADKIRPESLRKFGDTAVKCLALSSEDRPSMGDVLWKLEYALRLQESVI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structural basis for activation of plant immunity by bacterial effector protein AvrPto
pubmed doi rcsb
molecule keywords Avirulence protein
molecule tags Transferase
source organism Pseudomonas syringae
total genus 74
structure length 290
sequence length 292
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2qkwB02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2qkwB01
4C3RA 2J51A 4IDTA 3QUEA 4GIIA 4LOOA 2Y6OA 4KABA 3LCKA 3M1SA 2W06A 3I79A 2QVSE 5AV0A 1UU9A 4D4YA 4D4VA 2QR7A 3LQ3A 3N4UA 4B8MA 2WMUA 4MNFA 5LVOA 3BE2A 2QG7A 2HZNA 1PY5A 1O6YA 2PVLA 3HRCA 3QHRA 1KOAA 3U51A 4JNWA 3W10A 4EZ3A 5KX8A 2B0QA 2WQOA 3D7ZA 2CHLA 3GP0A 3B8QA 3O51A 4C4JA 4RQVA 4RJ3A 3RK7A 1SVHA 2QLQA 5M53A 5HCYA 4AX8A 4BKYA 5JZJA 3C9WA 3G51A 5CAUA 4FV8A 2QHMA 5M06A 3ZHPC 5BVOA 1M2RA 4RMZA 3MTFA 2OK1A 5I9WA 3JUHA 1E9HA 3U9CA 3ZBXA 4ANSA 4AOTA 3CCNA 3NLBA 4EYMA 4RA5A 3F5UA 2F4JA 3T3VA 3ZO2A 3BPRA 4YNOA 3I6UA 1Q41A 2P2HA 2YIWA 3FLZA 4DFZE 3EJ1A 2WAJA 3SRVA 4AN9A 4IM2A 4C8BA 4I94A 2XYUA 4FSNA 3DY7A 3RPRA 3TJDA 2OSCA 5CVFA 3WILA 3I81A 5HBJA 3ZEPA 3IOKA 3VW8A 4C4FA 3EQBA 4DGOA 4II5A 3FZ1A 2C6TA 5ANDA 1OKZA 2V7AA 3VUIA 1WMKA 2JIUA 4BDJA 4BIBA 5KKRB 3C4ZA 2UZEA 4QP2A 3EQPA 4JQ8A 1XH7A 4O91A 4BZOA 5AAGA 5IUHA 4PDPA 4CKJA 1YXTA 3PXQA 4IJ9A 4YJTA 1YDRE 2VX0A 5ETIA 1M2PA 5EHLA 3CQWA 3UO6A 2XNEA 5HZNA 4LQMA 1ZY5A 3UVQA 3DXQA 3U4UA 5A4QA 2UW3A 2WTIA 2Z2WA 2PVKA 3HGKA 4QT1A 4A9UA 4MD8E 3QTRA 4WG5A 3UZRA 2HCKA 2ZB0A 3AXWA 3FBVA 3PFQA 4FTTA 5FEDA 4I3ZA 4IDVA 5KKRC 5FXRA 4FEUA 1UVRA 4EHEA 2H96A 4GT5A 2RG5A 4LL0A 3BQRA 4FNXA 1U54A 4GRBA 2CMWA 2WTKC 3GUBA 4NW6A 3TN8A 4K11A 2W4KA 4C3FA 3QQUA 3BKBA 3KC3A 4QMXA 2XKFA 4XG9A 4YHFA 4ZTNA 3TI1A 1YXVA 4B4LA 4FC0A 3UO4A 4OUCA 3DQXA 3FMLA 2H9VA 3QQLA 4M8TA 2GHLA 4PV0A 5KO1A 4CLIA 4ZEGA 3E8NA 4PPBA 3QTXA 3MS9A 4EBVA 5JGAA 4FSZA 1J7IA 1URWA 1ZYCA 3EFLA 2CCHA 2DYLA 4CLJA 4WT6A 4CMTA 3VS7A 3ZUVA 5HG9A 3REPA 1OPKA 1OVEA 3LVPA 4E3CA 1P4OA 1MRYA 2YN8A 4DH5A 4EZ7A 4Y95A 3VIDA 3R01A 4AS0A 4TY1A 2JDOA 4MXYA 2OWBA 3Q6UA 5HD4A 2JKKA 2VNYA 4QMMA 5HO8A 3ENMA 5HVJA 4AA4A 4ZAUA 1GZKA 3VBTA 4FTUA 3RPVA 3ZO4A 4CZTA 1XWSA 2W1EA 2PHKA 3KFAA 3TZ9A 2PSQA 2BZJA 3QTIA 1NXKA 2C4GA 3P7CA 4YSMA 4BBFA 4CGAA 2GS7A 3GC9A 2WB8A 5A4EA 4YZNA 3SAYA 4ZMEA 2HAKA 1S9IA 3C0GA 3G2FA 4GVAA 1T46A 2JITA 4WD5A 1J7LA 5IISA 5J7BA 2VAGA 3VAPA 4BRXA 3R28A 3FKLA 4O0UA 4DBNA 4EL9A 5FLFA 4CFWA 3PA3A 4KSQA 3F6XA 2JKMA 1VZOA 1F5QA 3FYKX 5IU2A 4ANLA 4JBPA 1H08A 5HOAA 4CT2A 5CVGA 2ZV2A 4UMRA 4FICA 1CM8A 4BICA 4CFNA 3I5ZA 2ZV7A 5FQDC 4H36A 3NS9A 1U5RA 4AXAA 4N6YA 4C02A 4EQUA 1BMKA 2ZDUA 3R7GA 3R9NA 3QF9A 2Z02A 5AV3A 2XK3A 4QQCA 5AUWA 4JL9A 4PL5A 1W8CA 4HYUA 4GK4A 3BHYA 4PDSA 3T3UA 1Y6BA 5DOSA 3NYNA 4ZSJA 4DEBA 3ACKA 5FTOA 4FZFB 2NP8A 2W1CA 5AA9A 5M4CA 4GKIA 4RLLA 3A7IA 4XCUA 4BYJA 4F9AA 4N4SA 3R8PA 3PDTA 2BROA 1JOWB 3HMNA 3MH2A 4HCTA 3OW3A 4LV8A 4MCVA 4WA9A 4UZDA 1KOBA 4HCUA 3RP9A 2OIDA 3UVRA 3ZC6A 3VS2A 2ITVA 4W4WA 3ZTXA 4BCOA 4ZLZA 3FEGA 3FY2A 2F57A 4IANA 4LV5A 2VGPA 4L68A 4D2RA 3KMUA 5I9XA 1I09A 4HYSA 3UIUA 3UO5A 3LMHA 2ZAZA 3EYHA 1ZWSA 4FT7A 5HLNA 3E8EA 1YOLA 3VNTA 1JKSA 3F82A 4FTMA 5HG7A 1PRYA 1JKLA 1LPUA 3NUSA 4BCQA 1YKRA 3ITZA 4ASEA 4BBEA 5BYYA 3ZBFA 3D7TB 3TJCA 3Q9ZA 5CAOA 4IZYA 4RIYA 2PUPA 4XLIA 3PG1A 4ZZNA 4XP3A 4WOVA 4CV8A 3MB6A 4XNEA 3OOMA 5K5XA 5E8UA 4Y83A 1PXNA 5LARA 3QQKA 4HVSA 3AMYA 4YO6A 2YWVA 2WQEA 3ZZEA 2YAKA 1TVOA 5HCXA 1ZOEA 3QRUA 4EQMA 2W5HA 2GS2A 5M07A 2JIVA 3AOXA 4ZY6A 2F2UA 3P79A 2PTKA 3JVRA 2XEZA 4D5KA 1RJBA 4L3JA 1OKYA 3VUTA 5CF5A 3UNZA 5DRBA 5AP7A 4EQCA 3F69A 4GT4A 4ZSLA 4A9SA 4CQEA 3R9RA 3UDBA 4EC9A 1S9JA 4ANQA 4FIEA 4AE9A 5CEPA 1M17A 4IQ6A 2X7GA 3NCZA 2GFCA 2QR8A 4MYGA 5GIPE 3CPBA 2RFSA 3TKUA 4GUBA 2O8YA 3TTIA 2R64A 2G9XA 1W82A 2GU8A 4RIXA 4L52A 4XOYA 1YXUA 2UZOA 3FZOA 4BWXA 3CEKA 4EHZA 3PXFA 1KE7A 2GPHA 4QOXA 4ZY5A 3LMIA 4G5PA 5L4QA 5BMSA 1ZY4A 3R8VA 3FJQE 5D10A 4BI1A 4K18A 1SMHA 3WOWA 3EZRA 5AUUA 1DM2A 4NIFA 4WSQA 3H3CA 5KMIA 2XEYA 4FOBA 3ZFXA 5IZFA 3UNJA 1PXMA 3AGMA 1Q8TA 2F7XE 3OS3A 3MFTA 3A7HA 1JQHA 3PXYA 2Z7LA 1Q8UA 2P55A 1UKHA 4K9YA 3W55A 3JYAA 2WTWA 4QD6A 2UW4A 2DQ7X 2WFYA 3QXPA 3BU6A 3FXWA 4O0VA 2XKDA 2Y7JA 4R5SA 3LFSA 3EH9A 3POOA 4L3PA 1OIYA 3PY3A 2VTOA 4LGDA 2I6LA 4Z3VA 2R3QA 2W4OA 5FXSA 4BIDA 3NIEA 4ITIA 5BNJA 2Y4IC 4RFZA 4KIOA 5CT0A 4DHFA 2W1ZA 4HOKA 1IG1A 4L45A 2GDOA 2X6EA 5AX3A 4QMVA 3ZLYA 4IAYA 4L6QA 2G2IA 5FRIA 5HNGA 2PMLX 2AUHA 2FH9A 3ZSGA 4AUAA 4TNDA 4NYEA 3LW0A 5ETAA 4FTJA 4J96A 4AA5A 5HVKA 1ZARA 2WQBA 1YHVA 2QLUA 3MWUA 3PVUA 4D5HA 2UVXA 2BTRA 4MHAA 1OBDA 3GB2A 1PXPA 5I3RA 2VWUA 2BR1A 3LM5A 4MH7A 3GC8A 5AR8A 4CG8A 3QCQA 2WKMA 4DC2A 5JZNA 3NVMB 3OXIA 3QFVA 2YISA 2WNTA 3TNWA 4XBRA 5HO6A 2UZDA 2GSFA 4HGSA 3IQ7A 2GHMA 3QZGA 5GZ9A 5KNJA 3OTVA 2BDJA 4BZDA 5M4IA 2WPAA 4J97A 4KUJA 2UZWE 5J95A 1UKIA 3KY2A 4BCPA 1XR1A 5L2IA 4FTIA 2YJSA 4DTAA 5AUVA 3KXZA 5AX9A 5AWMA 3UG2A 3VS6A 4CKIA 4EOLA 3O8PA 3TUBA 1KE5A 2X8EA 4EH5A 1OPLA 2ZOQA 4M66A 4Q9ZA 3BHTA 4GG7A 3SGCA 4FKGA 5AR4A 5ETCA 2WOTA 3PE1A 4GUEA 4KKGA 1NVQA 2Q0NA 3MVMA 5CNOA 5IQHA 3FPQA 4ZIMA 5IEVA 2WMTA 4RIWB 4M69B 3ZM9A 3FV8A 4KAOA 3F66A 4BCKA 2YAAA 1X8BA 4BR3A 4M15A 2V7OA 5EW9A 2PULA 2WEVA 3UZPA 3CTJA 1IAJA 4JX3A 5EM7A 4FTCA 3LLAA 4HVDA 4DH8A 5JMSA 2BKZA 5I9ZA 5EK7A 4ZZMA 3W2CA 3HMOA 4IMYA 3P4KA 5FTQA 3RK5A 4FEVA 5LJJA 2R7IA 3I6WA 5LMAA 3ALOA 2CNUA 3ZLWA 5AAEA 5C03A 1WCCA 5B2LA 3V6SA 2VTSA 4WSYA 2ITXA 3EQFA 4DG2E 1RDQE 3IS5A 3D14A 1QPDA 2CNVA 5D9HA 2Y4PA 3KXNA 4IXPA 3UP7A 3DB6A 4FVPA 1QMZA 4G3FA 4QMWA 1G8SA 3QL8A 5F94A 1G5SA 5C01A 2C68A 5EM5A 2NRYA 4H3BA 4EH6A 4DN5A 4E5BA 3MFRA 3SW7A 3CP9A 2C3IB 2QO2A 3DFAA 3EN9A 1J91A 4YZDA 3ANQA 5B7VA 4RT7A 4NWMA 4G16A 5DR2A 2QOCA 3WF5A 4FT9A 4CNHA 4CRSA 3HAVA 4JBOA 3NGAA 2XJ2A 3D15A 4BDBA 3U87A 1CSNA 2WMAA 4HJOA 2UZNA 3DBEA 4IE9A 3ZSHA 3ORPA 5HCZA 5A4TA 2OJGA 3O7LD 3OVVA 2PUNA 3VRYA 4K1BA 4NT4A 4W4VA 3WF6A 4OT5A 2IW9A 2YZLA 3FSFA 4L7SA 2WTVA 5D11A 3C7QA 3CGOA 1QPEA 2C3LA 2H6DA 3OTUA 3Q5IA 4B0GA 2PYWA 4C37A 4TN6A 5AUXA 4DLIA 3OUNB 4D9UA 3FE3A 1OPJA 4F9WA 1M7NA 1XH4A 3NZ0A 5EOBA 3TIYA 4O0WA 4QNAA 3CC6A 1H01A 2YCFA 1FOTA 3PSDA 3GU5A 1H0WA 5AUTA 1H0VA 3DZOA 3LFEA 2XK9A 1PHKA 4FSWA 3NRMA 5I9YA 2CN5A 4PMSA 3ZM4A 4TNBA 2PE2A 4C62A 5AR5A 5HG8A 5JH6A 4O83A 3OBJA 4V01A 4ZJJA 4ERWA 2YM4A 3NYXA 3PVBA 5D12A 3RAHA 3OUKA 2J9MA 2X4ZA 4CCBA 5DT4A 1Q97A 3MY1A 1OL1A 1ZMUA 4FKRA 3RZFA 4ANOA 4USDA 5CX9A 4R78A 1Y57A 4NCTC 4G9RA 2B9FA 4IFCA 2V55A 5E8ZA 4YJSA 2X4FA 4EH8A 3KXXA 2GCDA 1GZNA 3ANRA 3EHAA 3LCDA 4C59A 3FI3A 3RPYA 1FMOE 1TKIA 1YI4A 3IG7A 5AIRA 5D1JA 1MUOA 3BBWA 3V8WA 3V04A 3QWJA 3KRXA 2YIRA 4FK3A 4YTIA 3UC4A 3WI6A 1PXIA 4C57A 2KTYA 4FZDB 2WIPA 5CF8A 1GJOA 2WMQA 4Q9SA 4I0RA 4U45A 4C4HA 3JR1A 4G6LA 4I0SA 4TYIA 3FMJA 1A06A 4XYFA 2BRMA 2PK9A 4FYOA 4FTQA 3HKOA 3OZ6A 4GFOA 4HPTE 4LMNA 3R22A 3PWDA 2FYSA 4LFIA 2XNPA 4K2RA 3PP1A 3SRVB 3TG1A 3ORKA 1DI8A 1SZMA 1U46A 4PTGA 3MH1A 4D28A 2QONA 3DJ5A 3VQUA 2QODA 3ZUUA 3ORLA 4BTMA 4A9RA 4BDCA 5IDNA 5LVPA 3I60A 5LWMA 2A19B 4MTAA 3LJ1A 4ANBA 3CXWA 4XG3A 3VUGA 3NX8A 4UMPA 4YTFA 1VYWA 4X6RA 3EKNA 1YI3A 3R73A 4FKPA 3W2RA 2NNWB 2PMOX 4RIOA 1WVXA 5IA0A 2X0GA 3LE6A 2EU9A 4TYJA 3SG8A 4U9AA 1A9UA 2LAVA 4EOJA 5JQ8A 4GCJA 2GHGA 3BHVA 3HNGA 4H58A 4QQJA 4FV2A 3VUMA 1B39A 4GK2A 2QURA 4EWQA 3E8DA 5L3AA 3MYGA 3CBLA 1YQJA 3E63A 4FT3A 4YHTA 2XK6A 3RNIA 2PE0A 3BRBA 4KIQA 5IUIA 4CEGA 4X21A 3RJCA 4BKZA 4AZSA 3QRIA 3DCVA 3PG3A 2I0YA 3JXWA 5M55A 3HP5A 3RAKA 4EOOA 4YU2A 1JVPP 1REJA 2IZRA 4IWOA 1U54B 1Q3WA 2PMNX 4O0YA 4OT6A 3KMMA 4WRGA 3H9RA 5HEZA 3F3WA 3QTQA 3EN4A 4IJPA 4YZMA 5IQEA 2X1NA 2JIIA 3F2AA 5ANJA 3IDBA 4RA4A 4G31A 2JDTA 4FSUA 5AV4A 4O0RA 3AC5A 5I4NA 3H0YA 2NRUA 3MV5A 3R2BA 3HUBA 5BQ0A 4ZZOA 3KRLA 3BQCA 2EB2A 3G90X 3U8WA 1HCKA 5FUTA 4I1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2JBP A;  4UMQ A;  5EW8 A;  3MA3 A;  3I0Q A;  4ASD A;  4YP8 A;  3K3J A;  5GIN E;  2J6M A;  4M3Q A;  4OGR A;  4ZJI A;  4DAW A;  4OTG A;  4KIN A;  4RWK A;  2YM6 A;  4Z55 A;  4NJD A;  1OIQ A;  1J3H A;  4PPC A;  3BLQ A;  3F5X A;  4QTA A;  1OL7 A;  2PVH A;  3BIZ A;  3CY3 A;  4DTK A;  4AAA A;  4ALU A;  4U7Z A;  2R3J A;  4FE2 A;  3BBT B;  2CLX A;  4JRV A;  4JRN A;  2OJF E;  4IX5 A;  4JT3 A;  1Y6A A;  4PDO A;  5TKD A;  2OJ9 A;  4LL5 A;  4D2T A;  3WF7 A;  3D5V A;  4H3P A;  3COK A;  1ND4 A;  1WBW A;  2F2C B;  4AZE A;  1OGU A;  3BCE A;  4KRD A;  4IAC A;  3NMU F;  3SV0 A;  4USF A;  3RAW A;  4Z16 A;  3KK9 A;  5DE2 A;  3F5P A;  4JVG A;  4CMU A;  1Q24 A;  4U40 A;  3OT8 A;  1ZMV A;  4P5Z A;  3SDJ A;  5I5Z A;  4MXA A;  3U9N A;  4EK5 A;  2OBJ A;  4NST A;  2BRG A;  4FUX A;  2QG5 A;  2W1I A;  4HVI A;  5B2M A;  3UE4 A;  4NM5 A;  3FZP A;  4L9I A;  3W8Q A;  1GOL A;  4PP9 A;  3PE2 A;  3BV2 A;  5LVN A;  4FL3 A;  5K3Y A;  5CAL A;  1H1S A;  4CV9 A;  5A4C A;  4BY9 E;  3PPZ A;  1Q8Z A;  4IVC A;  3KF7 A;  4IAK A;  4AG8 A; 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