2R3QA

Crystal structure of cyclin-dependent kinase 2 with inhibitor
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
298
structure length
286
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKITAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-guided discovery of cyclin-dependent kinase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cell division protein kinase 2
total genus 86
structure length 286
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2007-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2r3qA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2r3qA01
2IPXA 1BKXA 3AMAA 2OSCA 3LFSA 2X4FA 1YKRA 4J1RA 3KFAA 4FIFA 3QZIA 4G31A 3MV5A 4RIYB 3UG2A 5BNJA 5T3QA 2WEVA 4FTIA 3VUDA 1ZYCA 3E62A 4U97A 4W9XA 4DGNA 2OZAB 2X8IA 4FOCA 5CYIA 2EB2A 5C4KA 3MS9A 3DA6A 4BL1A 3PJCA 3E8DA 5AUYA 4Y73A 3E8CA 2B0QA 2XNOA 4U45A 4CFUA 3VVHA 2PZ5A 3K3JA 4MH7A 3ZLYA 3PSDA 3KRXA 4JBVA 1APME 5BMSA 5EFQA 3FMJA 1YI6A 4EEVA 3D4QA 2R0IA 4G5JA 4ZJJA 3V5JA 3ZMMA 4D4YA 4UWYA 5KMJA 3ZLSA 4EOPA 4QP1A 1U59A 1OL5A 1OPJA 2CGVA 3F5UA 3C5IA 5AAEA 3FKNA 4E6DA 3WF9A 3RM7A 3KXNA 5F9EA 5ITAA 3DQWA 1Q8TA 4U43A 3UOLA 2GTNA 2ZMDA 4MCVA 2CJMA 4IWQA 4ZMFA 2RIOA 1AQ1A 2H8HA 2Y6OA 5CAOA 1FGIA 3NCZA 4FV1A 4IEBA 4WSYA 3PE2A 5HX6A 5I0BA 3H0ZA 3ET7A 1ZOHA 2XBJA 3R83A 4C4IA 5AJQA 4U40A 4FTUA 4TRLA 5HNIX 5C01A 3T3VA 2R64A 4DFNA 4KRDA 2IVUA 3P7CA 2BRHA 4L45A 4RJ6A 3O96A 2UVZA 2VX3A 4BFMA 3MFUA 3EN7A 1YRPA 4DC2A 3VUHA 2WOTA 4O7VA 1Q3DA 3V5PA 3NW6A 3MB6A 3ZFMA 2GHGA 2O3PA 3DNEA 3P4KA 4X2JA 3TTIA 5J79A 5AV2A 5L8JA 5E8UA 4XUFA 4G3FA 3TL8A 2JBPA 3AC2A 4DH1A 4TWNA 2IZRA 5CEQA 4R3PA 2UZBA 3K2LA 2X81A 4RRVA 5HICA 4GJ2A 4FTLA 3H9FA 4HPUE 3E7VA 4HNIA 4HYHA 5AR3A 4A9RA 3PPZA 3SA0A 3SW4A 4L7FA 4TWCA 2ITNA 3LOKA 4JR7A 5IZFA 1Q8ZA 3FHRA 4JJRA 4ANMA 4O0WA 2VAGA 5J5SA 3BPRA 2XM8A 3D83A 1FINA 1SVGA 2ZOQA 2GQGA 1FMOE 4NSTA 4EQUA 5H8BA 1W82A 3MH0A 5AV4A 4XLVA 4KKHA 3VN9A 3PLAE 4PDYA 4L6QA 2OF4A 4MF1A 2QO2A 3C4CA 3UO5A 2VWBA 5EW8A 1M52A 2HAKA 3BU6A 5HE1A 4C4JA 3VBTA 4W4VA 4FE2A 5CAVA 2CPKE 3BEGA 4IAZA 4PNKA 4YHFA 4O1OA 3W1FA 4GK4A 4LRKA 1VZOA 1WVWA 4WHZA 3SDJA 1PRYA 3QKKA 2C3KA 3UMXA 5AX3A 4HGLA 5AADA 5LARA 3R28A 4D4VA 4M8TA 1XH9A 2QR7A 5DR6A 5M53A 2R3KA 3TKHA 2QD9A 3DAEA 1Q62A 4BCFA 4Q9ZA 3LJ1A 4DGLC 2HENA 1Z57A 2Z7QA 2F4JA 5DGZA 1ZOGA 2XEYA 3AQVA 3NAXA 2Z8CA 3DJ5A 3OEZA 4GRBA 4NUSA 2GFSA 3UQCA 3DV3A 2PVFA 2PZIA 4IQ6A 3R7VA 4HVHA 4G9CA 3CR0A 5AR8A 3GXLA 4NIFB 3RK9A 5AAFA 4F70A 4FEXA 4MF0A 4OTHA 4BDDA 3O8TA 4X0MA 1YQJA 4ZEGA 4RX7A 2FUMA 3IW8A 4O22A 3U6HA 1QPEA 4GFGA 2YIYA 3PPJA 3CXWA 2JAVA 5M4FA 2Y4IB 5HE2A 3Q9XA 5H8EA 3EFLA 5E7RA 4DN5A 5AUXA 3IG7A 4R3CA 4IACA 3U4UA 2C5VA 4QMQA 3OBGA 4YBKA 4BDJA 2IJMA 2Z02A 5FG8A 3O51A 5AP6A 4UEUA 2OBJA 3CQUA 1GOLA 4JQ8A 5HO6A 5B2MA 1ZY4A 3COIA 1F5QA 4CT2A 1A06A 5HVJA 3GBZA 4OTIA 4AZSA 4IB1A 3IS5A 3FMDA 4FTOA 1GZNA 4G3GA 5CEKA 3PFQA 5FDPA 3ZO3A 5I4NA 5FTGA 5IUHA 2BHHA 4QMMA 2OG8A 3FI3A 1OUKA 3DXNA 3KN6A 3DXPA 2XK6A 4BGGA 2IZSA 4LL5A 4EC9A 5K5XA 3WI6A 5ACKA 1T45A 2CLXA 2FSOX 2B9IA 2J0KA 4U3YA 4PMTA 4O0SA 4IHPA 4WRGA 4GT3A 4ANSA 4TL0A 3RINA 1P4OA 1YHSA 2PK9A 2RL5A 3GCVA 1YI4A 3LJ0A 4RIWA 4S32A 4U44A 4HVDA 1XH5A 3BHTA 4H36A 4TW9A 2GTMA 2HZNA 3MDYA 4IAIA 3EHAA 4UWCA 3ELJA 2GFCA 3VBWA 3FI4A 3R7EA 5A4QA 3U55A 4GU9A 5E8ZA 5C8MA 2VUWA 3IOPA 3F88A 2X0GA 4KAOA 3SG9A 1UWJA 2ZV9A 5FRIA 2OI4X 4UMPA 4I6BA 4YZ9A 4QP6A 5HCYA 2WMTA 4FZDB 5BMMA 4JBQA 3G33A 4ONAA 2QHNA 5TKDA 5DT4A 3C1XA 2ITTA 3VHEA 3GP0A 4IJ9A 3THBA 4KRCA 4FEUA 2ITVA 4FT9A 5CEOA 5BVEA 3VBYA 1P5EA 2W06A 3C4WA 3BHYA 3TM0A 2Y0AA 3P23A 4E73A 5G6VA 3F3ZA 2G1TA 4OLIA 2XZSA 4F9YA 4FK3A 2BDFA 3A7FA 2IVTA 3QTQA 4FKOA 2FSTX 3QD3A 4GIIA 4FTCA 4O0RA 3WZKA 2EUFB 3KVXA 4CZTA 2OIBA 5HU9A 2PY3A 2R3HA 4ALWA 2PUUA 2XNEA 2ITOA 4J98A 4MKCA 3EZVA 3ZLXA 1ZRZA 2PVNA 4G34A 4Y85A 4MXAA 3CGOA 4E6QA 4WBBB 3QTUA 4EUUA 2PE0A 2C5YA 4FOBA 4M0ZA 4MQ1A 3HA6A 4B7TA 4YBJA 1PXPA 3PA5A 2GNGA 3Q4UA 3QHWA 3NYNA 2CN8A 4S34A 3CD3A 4EONA 1JBPE 4S31A 1S9IA 5KX8A 5CU3A 1KE5A 3CJGA 1CKIA 2XKEA 3BGPA 3GI3A 4FT0A 2OJGA 4C4GA 3UBDA 3UVRA 4FKJA 1REKA 2WFYA 1XR1A 4GYIA 3RPVA 4AG8A 4B6LA 1QPCA 1YHWA 2OW3A 1YW2A 4NJ3A 4RZWA 4I22A 2ITUA 4EH2A 3DT1A 5HNBA 2VN9A 2XNPA 1FVTA 1H25A 4AS0A 3OWLA 1NXKA 4AACA 4MYGA 5IQBA 3UC4A 2WTKB 2CNUA 2ETRA 2UZDA 3R71A 3DAKA 2KULA 3PY3A 1ZWSA 4YC3A 4JBPA 3R21A 4PUZA 3HV4A 2VO6A 3MTFA 4XG6A 5CANA 4ZZOA 4PPAA 5ETCA 3HGKA 3FQSA 4ANNA 4L46A 1J1CA 4U7ZA 3LFFA 1MP8A 3Q2JA 3S1HA 3V5TA 2X6EA 2XEZA 3G6GA 3R30A 3HVCA 3FZOA 1PXOA 4XG8A 5HIDA 1PYXA 4A4LA 5I3RA 5HLNA 3ROYA 1XH8A 2VNYA 4WBOA 3G0FA 1DI9A 4L3JA 4DGMA 4NW5A 4ZSGA 3I4BA 5E8VA 2WQNA 5M55A 4O7NA 5CSVA 2J6MA 3MFSA 4LOQA 2NP8A 4OR5A 2XKDA 4LOOA 4RQKA 3L8XA 4C35A 4L43A 4D2PA 4CLJA 3FLNC 4B8MA 2VX1A 2BKKA 3QC4A 3E93A 4KBCA 5IH5A 2UZWE 4TXCA 1PW2A 1WMKA 2GPHA 2QOIA 3OROA 1ERKA 2GS2A 2QO9A 2XIZA 1Q24A 4WG5A 4JDHA 3MPTA 3VBXA 5I9UA 4BWXA 3F7ZA 3R1QA 4AZTA 2ACXA 4EHVA 4OTPA 4FTKA 2FSLX 1J91A 4FC0A 3MWUA 4YC6A 2IW8A 3CD8A 3EKKA 2VTSA 4LGHA 2PVRA 3FY2A 2REIA 4QP4A 4WG4A 3EQPA 3KK8A 5E8XA 4EK5A 2JIVA 3OXIA 1VR2A 4DFYA 3W10A 2OIQA 2YJRA 4DG0E 3PP1A 4RFZA 4G3EA 2YERA 2F9GA 3D15A 3ID6C 3QTZA 2HY81 3V3VA 5ANEA 4BHZA 5EKNA 3A8XA 3HV6A 2YM3A 3DTCA 4V0GB 3MVHA 3KXGA 5CF4A 1TQPA 2G2HA 2JDVA 3P08A 3NSZA 4O7RA 1QPDA 3R7OA 2HY0A 5CF6A 4XJ0A 3GC8A 3ATSA 4YNEA 3D2KA 4XS2A 4RVKA 1XBAA 2VZ6A 3A4PA 4QP9A 3RCDA 3P79A 1CKJA 5HCXA 3HMIA 3KA0A 3QFVA 2BPMA 3F3VA 1H1PA 5FLFA 5C9CA 5LOHA 4NYEA 3FLYA 1Q41A 3R8PA 3D7TB 5JGAA 3GCPA 1JOWB 4BHNA 4LQMA 4R1YA 5AAGA 4XHKB 4IW0A 1QCFA 4PDSA 2E9UA 3VUTA 5CLPA 2OF2A 4RMZA 2BALA 5ACBC 4ARKA 4ASXA 3WF8A 3FSFA 2PUPA 3LXKA 2WMUA 5TO8A 3F69A 3MESA 2W4JA 3QYWA 3N9XA 3HAMA 4BYIA 1P4FA 3CJFA 5IEVA 2W9FB 3ZZEA 3NDMA 3RI1A 2E9NA 5J7BA 1QMZA 1FGKA 2E9OA 2R7IA 3E3BX 4UBAA 4N6YA 5IQGA 3PRFA 5IUGA 3TZ7A 5HTBA 4AAAA 5GNKA 1JNKA 4GUEA 2NRUA 2VTNA 3FZRA 2X2KA 3DS6A 2ITPA 2QQ7A 1FQ1B 4JG7A 2XF0A 3QQHA 2QOHA 2OJ9A 5HNGA 3BX5A 1UA2A 3OP5A 4DLJA 4A9SA 1WVYA 4ZSEA 1O6KA 4BZNA 4BTFA 5TR6A 4J99A 3E63A 5DPVA 3UIBA 5BYZA 3AC4A 5DT3A 4ZIMA 4D0XA 3EQBA 3V8TA 5K5NA 2RFEA 3UPXA 4BCHA 2UZTA 2HXQA 4FV7A 2BZIB 4XG7A 5KMIA 4CVAA 5HQ0A 4RJ7A 4QNYA 3QUPA 5JQ8A 4QYEA 5IPJA 3P78A 1SNXA 5LVNA 3I6UA 5HCZA 3TXOA 3Q5ZA 3HL7A 2PZRA 3PUPA 4GG7A 1UKIA 4I0SA 5ANJA 3OOGA 1QL6A 1WBOA 5AP0A 3HV7A 1OPKA 4CKJA 1JSVA 3NYXA 4LFIA 1K2PA 2W17A 3U9NA 4O86A 5GJGA 2YN8A 4L8MA 3ZFXA 4NKAA 4H1MA 1YXVA 4C3FA 3UC3A 5T68A 4CLIA 3U54A 2C69A 2QOOA 4ZS4A 5EM6A 2W5BA 4NIFA 3S3IA 4GK3A 4I93A 4F6WA 3FMHA 3PVWA 2XJ1A 3H0YA 2IVSA 1CSNA 4UWBA 2ITYA 5ETAA 3FKLA 2PVYA 4QP2A 1MRVA 3M2WA 3ZLWA 3G9NA 4JX3A 4HVIA 2C3JA 4EOLA 4NH1A 1B6CB 3W2RA 2BR1A 5E91A 4DH8A 4ITIA 5CEPA 4WSQA 4AA0A 4ZP5A 4F1OA 2I0HA 5L6OA 2JFLA 2GNFA 2PE1A 1WVXA 3UVQA 4IWPA 1XHAA 5J87A 4BDKA 2RFSA 4RIXB 5D10A 4DEAA 5HTIA 1SM2A 1YVJA 1YDTE 4BTJA 3QUEA 3R7IA 3VQHA 2NRYA 3OXTA 4YZNA 5LMKA 1YOJA 2X8EA 3BE2A 1UKHA 3SXRA 5KBQA 1H07A 2R3LA 4IANA 2PU8A 3PVBA 1OL1A 2P2HA 4TYJA 3AGLA 1GAGA 3PIXA 3AOXA 2OJFE 2Z7SA 3MH3A 3MA3A 3ORIA 4M66A 5E8YA 3R00A 4UX9A 5CZIA 5FQDC 5BUIA 2YLFA 2EVAA 3QZHA 3FJQE 4HGTA 2FB8A 4M84A 3E7OA 5EH0A 2YZLA 1LUFA 3ZU7A 2WGJA 1BX6A 2NO3A 2PVKA 3D94A 2XIYA 3DPKA 3OT3A 2XB7A 5CSHA 5HBJA 2PSQA 4QTAA 1OIYA 4FIIA 4IC8A 3ZEPA 2UZVA 2O8YA 1YDSE 5KMOA 3AD6A 3R2BA 4NFNA 2YCSA 5HIBA 2H9VA 2WTVA 4I20A 3FLZA 1H4LA 1VEBA 2ITZA 5LVPA 3FYJX 1PXMA 4LRJA 4RPVA 3WF7A 5E8TA 5I9WA 4O0XA 5AP4A 4AQCA 4BGQA 2BTSA 2GSFA 3WIGA 3ZS5A 4LMUA 4S30A 2XK7A 5HBEA 4DEGA 2A2AA 1IRKA 3GQIA 3UVPA 3VC4A 3F2NA 4BTKA 3N4TA 3BGZA 4Q5EA 4IIRA 3R7YA 5HZNA 1KV2A 4M97A 2HWOA 5AV1A 4V01A 2WTWA 3I79A 2XYNA 4YJUA 1W7HA 2JKOA 4BI2A 1S9JA 2XRUA 4ZAUA 3DJ6A 3QXOA 4GUBA 4CFWA 4GG5A 3W2QA 3E92A 2X4ZA 3KGAA 3GU8A 2BRBA 3MSSA 4UN0C 2C6IA 3EQRA 3N51A 3P9JA 3QTRA 3F61A 4L00A 1ZYDA 5CSXA 1YOLA 5HHWA 4BCGA 2OU7A 4BCOA 2WQOA 2VTAA 3COMA 2VWUA 3D14A 1ZYJA 5D7AA 4F99A 4IB3A 3E8EA 3EQFA 1JKTA 1DI8A 4GSBA 2OIDA 3R63A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IPX A;  1BKX A;  3AMA A;  2OSC A;  3LFS A;  2X4F A;  1YKR A;  4J1R A;  3KFA A;  4FIF A;  3QZI A;  4G31 A;  3MV5 A;  4RIY B;  3UG2 A;  5BNJ A;  5T3Q A;  2WEV A;  4FTI A;  3VUD A;  1ZYC A;  3E62 A;  4U97 A;  4W9X A;  4DGN A;  2OZA B;  2X8I A;  4FOC A;  5CYI A;  2EB2 A;  5C4K A;  3MS9 A;  3DA6 A;  4BL1 A;  3PJC A;  3E8D A;  5AUY A;  4Y73 A;  3E8C A;  2B0Q A;  2XNO A;  4U45 A;  4CFU A;  3VVH A;  2PZ5 A;  3K3J A;  4MH7 A;  3ZLY A;  3PSD A;  3KRX A;  4JBV A;  1APM E;  5BMS A;  5EFQ A;  3FMJ A;  1YI6 A;  4EEV A;  3D4Q A;  2R0I A;  4G5J A;  4ZJJ A;  3V5J A;  3ZMM A;  4D4Y A;  4UWY A;  5KMJ A;  3ZLS A;  4EOP A;  4QP1 A;  1U59 A;  1OL5 A;  1OPJ A;  2CGV A;  3F5U A;  3C5I A;  5AAE A;  3FKN A;  4E6D A;  3WF9 A;  3RM7 A;  3KXN A;  5F9E A;  5ITA A;  3DQW A;  1Q8T A;  4U43 A;  3UOL A;  2GTN A;  2X0Q A;  2ZMD A;  4MCV A;  2CJM A;  4IWQ A;  4ZMF A;  2RIO A;  1AQ1 A;  2H8H A;  2Y6O A;  5CAO A;  1FGI A;  3NCZ A;  4FV1 A;  4IEB A;  4WSY A;  3PE2 A;  5HX6 A;  5I0B A;  3H0Z A;  3ET7 A;  1ZOH A;  2XBJ A;  3R83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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