2R7BA

Crystal structure of the phosphoinositide-dependent kinase-1 (pdk-1)catalytic domain bound to a dibenzonaphthyridine inhibitor
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
285
structure length
274
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Dibenzo[c,f][2,7]naphthyridines as Potent and Selective 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phosphoinositide-dependent protein kinase 1
molecule tags Signaling protein, transferase
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 274
sequence length 285
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2007-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2r7bA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2r7bA01
3GQIA 4BCKA 2WD1A 2PWLA 3HMMA 3PXZA 4TY1A 4K1BA 2X81A 3OMVA 4FKOA 5AR8A 4WD5A 5DYJA 3AD6A 5ETCA 4O82A 3QD4A 3BGQA 1YVJA 5AMNA 3IO7A 2Z60A 2Y8OA 4F7SA 3N4VA 5IU2A 1Q8UA 2UZVA 5BYLA 2W9FB 4G3GA 4FTMA 1I09A 3D83A 2XNPA 2YDJA 3R63A 3CY2A 4YTHA 4QMQA 4K18A 3TG1A 3SG8A 5IISA 3PPJA 2X7OA 1ZXEA 3CPBA 4KD1A 3PRIA 3CSVA 4LGHA 3QZGA 2ZV7A 4CZUA 5TE0A 5DBXA 2IN6A 5KHWA 2QURA 3ZC6A 4R3CA 3EKKA 2YZLA 4MEDA 5HVKA 5HKMA 3JVRA 1NY3A 3ZH8A 1DI8A 2R3KA 3DBFA 2YISA 1OBGA 3BE2A 1OZ1A 4JDJA 3LIJA 5CAQA 1OGUA 3C0HA 2WFYA 2PMNX 3DZOA 3F7WA 3DNEA 4QTDA 5HG7A 3EHAA 3RAIA 3FSFA 2ZM3A 2I0HA 2WTKB 3BRBA 2R3FA 4BZDA 4F7JA 5C27A 4CT1A 5AP7A 4GRBA 3PA3A 4F7LA 3BBWA 3L8XA 4AW2A 4EOMA 4GJ2A 5I3OA 3LMHA 4CV9A 4YZBA 4KIQA 5HG8A 3U8WA 4YGAA 3MESA 1K3AA 4KBAA 2PZ5A 3AGMA 2VGOA 3WE8A 3GEQA 4DFYA 4NM7A 4L68A 2WU7A 3ORMA 2BTSA 3EFWA 3FZ1A 1XH7A 3HKOA 4JOAA 3ZC5A 5IA0A 1RW8A 4IW0A 4KKEA 4AWIA 4TWPA 3FL4A 5FXRA 2QG5A 1WFCA 4DINA 5KBRA 5HICA 3HLLA 2I0VA 3LPBA 2OJGA 2R0UA 3GI3A 4ID7A 4XBUA 3ZUTA 4CLJA 1PXMA 3HVCA 4IX5A 4LG4A 4YHFA 4M84A 3UO6A 2CN5A 3IDPA 4FV0A 4FG9A 3CTQA 3DK6A 3FMHA 1L3RE 4I21A 4Q9SA 5LCKA 3QXOA 4EOJA 3P9JA 3KEXA 5EQPA 4LMNA 2QU5A 3HDMA 4XCUA 5I5ZA 3F2RA 3QC4A 4V05A 3QQUA 3QRIA 4PNKA 3C4WA 5C4KA 4E5BA 2BZJA 5EDPA 4D5KA 5KUPA 2GU8A 3BGPA 3BLHA 4FOCA 4QP8A 1Q3DA 3BU5A 5D12A 5AV0A 1OMWA 5HTCA 5M57A 5M4CA 3PP1A 2HCKA 4IXPA 3ZOSA 3KXHA 4E4LA 3H0YA 3PWDA 5KMNA 5AWMA 3B8QA 2VZ6A 4YTFA 2XK9A 5J9LA 2R7BA 2YIRA 4AA0A 2I0YA 3VUHA 3MFTA 4CZYB 1B6CB 2QONA 1YI3A 1H1PA 2CGVA 2UZUE 4HYIA 1U4DA 4W4WA 1ZYDA 1FINA 3NS9A 3PE2A 3RTPA 4IM3A 2VTOA 5ETFA 5AUUA 3KN5A 3UNZA 3TT0A 1GZNA 4CNHA 2GQRA 1KV1A 5FRIA 4CKRA 3R7UA 4XV1A 3FXWA 3GCVA 3K54A 5IQAA 4BC6A 4JBVA 5BVOA 4DT8A 4MHAA 4JAIA 3ULIA 4O96A 2G2HA 4R6VA 2B54A 1YRPA 4EOPA 3EKNA 1UKIA 3KXMA 3UNKA 1PHKA 3HL7A 3WZUA 3OUKA 4BKJA 2QHNA 1OIRA 2FB8A 3QTUA 4NCTA 4ALWA 4PL5A 3PVGA 3OFMA 4OBOA 1OECA 4FR4A 3SD0A 4FTIA 2JD5A 3LKMA 3B2WA 5CX9A 4H58A 4RGJA 3ZFXA 3PG3A 5AV3A 4FKPA 4O7TA 1YI4A 5BVEA 4FSZA 3TV7A 4FTLA 4FL2A 3R01A 5AIKA 5IMXA 4C8BA 5DNRA 3BHYA 4L9IA 4ZS4A 4PNIA 4XV2A 4FKUA 3ZZEA 1UWHA 3M11A 4F9BA 1MUOA 3HEGA 3PRFA 2HIWA 3FZOA 3V8SA 5E4HA 4Y95A 5H8EA 3BBTB 3BHTA 2WKMA 3G9NA 4QMPA 1MQ4A 1OITA 3LXLA 5J1VA 1TKIA 1UV5A 2OWBA 3PIYA 4BDJA 4E4MA 4F4PA 2C3IB 3OT3A 4O7SA 4JT3A 3ZZWA 2YCSA 4R8QA 4TKSA 4ZSLA 5FXQA 3LQ3A 4O0WA 3VJOA 2PE0A 2I0EA 3BQCA 3C1XA 4I0RA 3PE1A 2Z8CA 2XNOA 3F82A 4HGSA 5HD7A 3U9NA 2V22A 3EQHA 4M69B 2J4ZA 1W8CA 3K5UA 3A4PA 5CEMA 2HZ4A 2ITPA 2Y4PA 4EBWA 1YQJA 4TRLA 2QG7A 3QQFA 2NPQA 4FK6A 3QTRA 4M69A 3UDBA 5CANA 5EKNA 5DH3A 4GU6A 3QRTA 3N9XA 4QOXA 3UMXA 3VUTA 5JGDA 2XNBA 2H9VA 2JKQA 4FBXA 4O6EA 1Q99A 3FAAA 4MNFA 2XIYA 4S32A 5EOLA 1LP4A 2EB2A 4FEQA 3FYJX 4JNWA 3W32A 3MN3A 2ZOQA 2A2AA 3ODYX 3MVLA 4H36A 4YBKA 3M2WA 2QOIA 3GU7A 3HRCA 4YC3A 5CWZA 4C02A 3UZPA 1PJKA 3LCOA 1GY3A 4AFJA 3FLQA 3SXSA 4S2ZA 2GDOA 2UW5A 3ATTA 5CS6A 3PWYA 4Z55A 4WRGA 3HV5A 4F99A 5CXZA 5LMBA 4YSMA 4AZSA 1U46A 2QOOA 3ZSGA 3VUKA 2XYNA 1ZMUA 2W1GA 2YDKA 5HO6A 3TL8A 3LCDA 3SV0A 1F5QA 1PXLA 2PUUA 3NDMA 4I5MA 4YJOA 4AE9A 3UODA 2B9HA 4F9AA 3VS5A 3HAVA 5DEWA 3T9IA 3P79A 4MCVA 1TVOA 2VN9A 3SAYA 4RWIA 2Z2WA 3GCUA 3IOKA 5HLPA 4G34A 4L3JA 4BKYA 4PP9A 5M4IA 2OG8A 2RIOA 5AR3A 4GFOA 1YHVA 5AUTA 2XNMA 1Y8YA 5TR6A 2X7GA 4XP0A 4E7WA 3RPSA 2VTHA 2GNHA 5TF9A 4FNXA 4HCTA 3LM0A 4HPTE 4FKJA 2CGWA 3QFVA 4IX4A 3D2IA 4O0TA 3CE3A 5E9EA 3QTWA 4EWQA 4LUEA 4EOQA 3P08A 5G6VA 2HY0A 5HLNA 2OF4A 3PUPA 4HYSA 2JIIA 5CALA 4CYIA 2XIKA 4EZ3A 3I6WA 3NW6A 3O96A 4W4YA 3EZVA 3PJCA 3A62A 3F5XA 3ZO2A 4XP2A 2WOTA 2W96B 4KWPA 3MA3A 4QYEA 4PF4A 4W9WA 2Y4IC 2PUNA 2C6KA 5LVMA 4BF2A 3FKNA 4NL0A 3NIEA 3VULA 3NIZA 3CXWA 5G1XA 1ZYLA 4F9WA 4EHZA 4FGBA 4XMOA 3U6IA 5BYZA 1JAMA 1ZYCA 4TYIA 5AR4A 4BDKA 3RK7A 2GTNA 4QYGA 4DF3A 5KBQA 4PUZA 4XLIA 4ANSA 4OTIA 1P4FA 4YZDA 1KE7A 1YHSA 4FC0A 1GIIA 3C51A 3G9LX 3E5AA 2C5OA 3PJ1A 2WIHA 4MXYA 4O2ZA 4ZJJA 4D4RA 5AV4A 3B2TA 1W7HA 5AIRA 3FLZA 4BDDA 3DCVA 1UWJA 3TTJA 1Q8ZA 3POZA 3QA0A 4QRCA 4DH1A 5M06A 4AGDA 4ANLA 1Q8WA 5JMSA 5H8BA 4CTBA 3A7HA 2IVUA 3T3VA 2DQ7X 3EFKA 3HYHA 3Q9WA 5E91A 4NM3A 2J0KA 4HYHA 2XCHA 4UXQA 2HZNA 4IANA 1E9HA 2C69A 4YPDA 3R8UA 3PXYA 4EH8A 3UGCA 5AAGA 1ZWSA 4EH3A 5IQEA 1OM1A 2PY3A 4QMYA 4G6NA 4BTFA 2W06A 3R7YA 2EVAA 4EOLA 1Y57A 4ACMA 1H08A 3AC1A 3GQLA 3LCSA 3LQ5A 4O0SA 3I6UA 3C4FA 5HCXA 3NUSA 1VJYA 4F6WA 5A3XA 3LCTA 2OIBA 1V1KA 3CP9A 3TJDA 5FBOA 3A7JA 3A7FA 4O7YA 4WA9A 4E5WA 4H3PA 4AN2A 1LEWA 4XG4A 2J2IB 2CCHA 4UY9A 3TZ8A 3AC4A 3PJ2A 4BFMA 2BKZA 3W55A 5JGBA 3WZEA 3P78A 3QYWA 4C4JA 3Q9ZA 5K4JA 5M53A 1YI6A 4LFIA 2F4JA 3AC2A 1BI7A 4D2WA 5JT2A 4UWCA 4YO6A 2CKEA 3O8UA 4JXFA 3K3JA 3QD0A 2XRWA 3TKHA 3TV6A 3V6SA 3IQ7A 4EZ7A 3D94A 3DA6A 3WF7A 3VS0A 2VX3A 4GG7A 3LQ8A 5CU6A 3QRJA 1R0PA 2PUIA 3NMUF 5JZNA 5TKDA 3ZDIA 4MKCA 4X3FB 5FTQA 4HZRA 4NKSA 3RM7A 4ZMFA 4NJDA 3KY2A 4ASEA 4D2SA 5AAEA 4R78A 1H0VA 4XHKB 5EQYA 4ZLOA 3MY1A 4C4GA 1JQHA 1SMHA 2YITA 1YWNA 3MWUA 4FKIA 4X3FA 3JR1A 2Y7JA 4CFXA 4JS8A 3QCQA 5CU0A 3HRBA 4LL5A 2F7EE 5E8XA 2O2UA 4PQNA 3SXRA 3AGLA 3LXKA 3AG9A 2WEIA 3CTJA 4UN0C 2FYSA 3NUUA 4YJQA 3ACJA 3E62A 2BRMA 3CBLA 1OL6A 3JPVA 1URCA 5ANDA 4AG8A 5HBEA 1OIYA 2C6LA 2W4KA 3O23A 5CEOA 2O65A 2ZV9A 2HY81 3JS2A 2JIVA 2XEYA 4NU1A 3RNIA 1UU8A 4O1PA 4X2NA 4FA2A 2XMYA 5KMIA 3Q96A 2IZTA 1RE8A 3NX8A 3O7LD 4V0GB 2VWWA 4YNEA 3RAHA 2O5KA 3GVUA 2WMXA 3PFQA 3EL8A 4CFWA 2GNFA 3H9OA 4FT7A 4U80A 3UVPA 4B0GA 4BTKA 2BZHB 4CEGA 2IW9A 3UP7A 4GK3A 4V0GA 3W2QA 1T45A 5I0BA 2VWIA 2BRGA 3AOXA 3V8WA 3EN6A 2OH0E 3F3ZA 1V0OA 3NNVA 4F65A 2QOKA 5IH4A 4I22A 2JFMA 3QHWA 4RMZA 4EONA 2C68A 2V7AA 1IA9A 2X4ZA 3MPAA 1SYKA 1FGKA 4FVRA 5C26A 1W0XC 4FKTA 4USEA 1GZ8A 3N51A 4AW1A 1JWHA 3OOMA 2CGUA 4USFA 5FQDC 2R3MA 3F88A 4D2RA 2W5AA 3NUNA 3H9RA 2OSCA 4O38A 2YDIA 3R1NA 1JVPP 5KHXA 4BR3A 3FC2A 4Z3VA 2SRCA 4DCEA 5IQBA 5E90A 4OR5A 1Q4LA 3QTIA 3SOCA 3V5PA 4JJRA 2OJJA 5F94A 2QR8A 2UVYA 4FVQA 4YLKA 1R78A 4QQTA 1CKPA 1RJBA 3ZUVA 5CEPA 3FV8A 4RVKA 3NUAA 3QCSA 2FGIA 3R7VA 3ULZA 2B9JA 5HO7A 3RGFA 2JBOA 1FGIA 2YIWA 5CLPA 4YU2A 3TXOA 4AT5A 3F2NA 2XF0A 2R3QA 4ZTNA 3DK3A 4BL1A 4BZNA 4AACA 4EK5A 3WF5A 5CU4A 4Z7GA 3AD4A 3FMJA 1YOLA 3KA0A 3LXNA 3FSKA 2OBJA 4JQEA 4CFFA 4CCBA 3QALE 4GVAA 4U97A 5EYCA 3L8PA 5EDQA 3QQHA 2W1CA 3KF7A 4FSNA 4QT1A 4IAYA 1LPUA 3KCKA 2Q0BA 2OJ9A 2ZDTA 3NEWA 1WVWA 3NLBA 5E8UA 5EI2A 5KMMA 4DFUA 2CSNA 4RVLA 2PTKA 2OZAA 3CLYA 3NCZA 2XS0A 3BIZA 4I6BA 4RFMA 3VIDA 3SVVA 4KBCA 1NXKA 3D7TB 3OWKA 3DLSA 4N6ZA 4NT4A 4FIHA 3A8XA 3ZHPC 4ASDA 3P4KA 4AE6A 3AXWA 4FEWA 4UMTA 3DXNA 3D7TA 5GJFA 3H4JA 1JBPE 4N57A 1ZAOA 5AUYA 2VWZA 3R04A 5EW9A 5A54A 3F3UA 1MRYA 4FSRA 1J7IA 5GJGA 3R0TA 5A4CA 2GCDA 4RLKA 3G6GA 4MF1A 2WTCA 3ZYAA 5AA9A 2QO2A 4AZEA 5L2WA 5IA4A 3TACA 4U79A 1PMNA 1PXPA 3QD2B 3RJCA 3ACKA 3LOKA 3KRWA 2WTJA 3GGFA 4H3QA 4JX7A 2R0IA 1PXIA 5HX8A 4I5PA 3QKMA 2O8YA 3F5PA 1IA8A 3CPCA 5FTOA 2HZ0A 4S34A 1JKSA 3IGOA 4ZY6A 4UYAA 3I0QA 4R5SA 3NYVA 4DFBA 4BDCA 4PMTA 2NNWB 3FBVA 5HIBA 4ZMEA 3EIDA 4FZDB 4MYGA 4ZTRA 2R3PA 2GTMA 2PVFA 3F2AA 4RWKA 1KE5A 4BI0A 2PVRA 5DVRA 4OT5A 4WO5A 4BBMA 2GQSA 4UYNA 2G2FA 3EN7A 1A06A 3FXXA 4IMYA 4QP1A 4IB3A 3UIMA 4HJOA 2IWIA 4ZZMA 4TWCA 4ZZOA 4RRVA 4X21A 4IFCA 4PDOA 5LWMA 2XJ0A 4DEIA 2QU6A 4RT7A 5A4LA 4WSYA 4B7TA 2ESMA 2R3RA 4QMSA 3O71A 4L52A 3NW5A 4EQMA 2UZDA 4FV1A 3KKVA 5A4EA 3FUPA 5M09A 4MQ1A 1ERKA 2R9SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GQI A;  4BCK A;  2WD1 A;  2PWL A;  3HMM A;  3PXZ A;  4TY1 A;  4K1B A;  2X81 A;  3OMV A;  4FKO A;  5AR8 A;  4WD5 A;  5DYJ A;  3AD6 A;  5ETC A;  4O82 A;  3QD4 A;  3BGQ A;  1YVJ A;  4O4F A;  5AMN A;  3IO7 A;  2Z60 A;  2Y8O A;  4F7S A;  3N4V A;  5IU2 A;  1Q8U A;  3W0R A;  2UZV A;  5BYL A;  2W9F B;  4G3G A;  4FTM A;  1I09 A;  3D83 A;  2XNP A;  2YDJ A;  3R63 A;  3CY2 A;  4YTH A;  4QMQ A;  4K18 A;  3TG1 A;  3SG8 A;  5IIS A;  3PPJ A;  2X7O A;  1ZXE A;  3CPB A;  4KD1 A;  3PRI A;  3CSV A;  4LGH A;  3QZG A;  2ZV7 A;  2IEW A;  4CZU A;  5TE0 A;  5DBX A;  2IN6 A;  5KHW A;  2QUR A;  3ZC6 A;  3NFF B;  4R3C A;  3EKK A;  2YZL A;  4MED A;  5HVK A;  5HKM A;  3JVR A;  1NY3 A;  3ZH8 A;  1DI8 A;  2R3K A;  3DBF A;  2YIS A;  1OBG A;  3BE2 A;  1OZ1 A;  4JDJ A;  3LIJ A;  5CAQ A;  1OGU A;  3C0H A;  2WFY A;  2PMN X;  3DZO A;  3F7W A;  3DNE A;  4QTD A;  5HG7 A;  3EHA A;  3RAI A;  3FSF A;  2ZM3 A;  2I0H A;  2WTK B;  3BRB A;  2R3F A;  4BZD A;  4F7J A;  5C27 A;  4CT1 A;  5AP7 A;  4GRB A;  3PA3 A;  4F7L A;  3BBW A;  3L8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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