2W96B

Crystal structure of cdk4 in complex with a d-type cyclin
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
289
structure length
267
Chain Sequence
SRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGEEGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALDPVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Cdk4 in Complex with a D-Type Cyclin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Cell cycle
source organism Homo sapiens
molecule keywords G1/S-SPECIFIC CYCLIN-D1
total genus 57
structure length 267
sequence length 289
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2w96B02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2w96B01
1Q41A 3DKGA 5DLSA 3R8PA 3QD2B 3FAAA 4XRLA 4BN1A 3FZSA 4IB5A 2JDRA 2VTHA 4HGSA 5LWNA 1PXKA 3O17A 2I6LA 3U9CA 4C33A 2XJ0A 4G9CA 2BROA 4ZMEA 4C57A 2PSQA 2QOBA 1PHKA 4FGBA 4LV8A 1PYEA 3W18A 5E91A 5HGIA 3R9DA 3MB7A 2R9SA 3UVQA 3ZFMA 3F3TA 1XHAA 5JSMA 4FNXA 3O8PA 2OZAA 3LFFA 3LZBA 4G3DA 3UP7A 3ZYAA 3Q9ZA 3E92A 2QLUA 1OB3A 2UUEA 4O1PA 4E6AA 4KRDA 3CR0A 3FE3A 3ZLXA 4CYJA 3F2NA 4N6ZA 1BKXA 3UDBA 5CEOA 1ZZLA 2BMCA 4FUXA 2GFCA 4GFOA 3RWPA 5IA3A 1H24A 1OPKA 2CGWA 4F9BA 4RFMA 2UW3A 1Y91A 3F3ZA 5BVOA 4OAUC 3UC4A 5EI6A 1NVRA 1ZOGA 4BICA 2VD5A 2XKFA 2RFDA 3G0EA 5HLPA 4EH7A 5EQEA 4X2FA 3F2AA 5F1ZA 3D5XA 4KIKB 2CNUA 3BHUA 2Z7LA 5EYCA 2R3OA 4FZ6A 4G16A 4XRJA 4C4JA 1OIRA 2JBPA 5DNRA 3QQKA 5D11A 5E8XA 4RVKA 2Z7SA 2XNNA 3ZC6A 3MESA 3DY7A 4FICA 3P4KA 1YI4A 4IADA 4RIWA 5F95A 4DCEA 5M06A 3V5JA 3MGYA 3PFQA 4IX3A 4IM2A 3IGGA 4WNKA 2NNWB 2WQEA 4FIFA 3W33A 1H0VA 5M53A 2OWBA 2YISA 4FV8A 4L43A 2EB3A 3BYVA 4X3FC 4W8EA 2VUWA 5FUTA 3PJ3A 5KMJA 3PSBA 3FKLA 5D12A 5I9ZA 4TRLA 4PTGA 2BRHA 4XP0A 4C59A 2C6OA 2CPKE 3HKOA 3MJ2A 4C4GA 1H4LA 2J0IA 3P7BA 4JX3A 5CI6A 2PHKA 1Z57A 4DGNA 3GOKA 2WD1A 3BGPA 3DAJA 4IAKA 4FI1A 4J8NA 2Z60A 3F9NA 4ZJJA 3RCDA 3S1HA 2QO7A 3QTZA 2BAQA 4KABA 4C37A 4EZ3A 3I4BA 4NEUA 4E6DA 5A3XA 4E6CA 1OBGA 5K4IA 1ZRZA 2GHLA 5AP5A 4GK3A 3VBVA 3DLSA 3R02A 5ITAA 3QTSA 5A14A 5HO6A 3D5UA 1VJYA 4O0WA 4PMMA 3VVHA 2C5VA 1H00A 3OW3A 5I3OA 3TWJA 3HDNA 2YM5A 2Q83A 1AGWA 5IA5A 2E9VA 3CKXA 5BUEA 3TNHA 2XIZA 1TQPA 2XCHA 1G5SA 5HG9A 3O51A 5CENA 5AR8A 3R83A 4P2KA 4NUSA 4F9AA 2XNBA 5B2KA 5HG7A 5CU6A 2PY3A 2WMTA 1XH8A 4YPDA 3TM0A 1F0QA 3GC9A 4WA9A 3HUBA 3DBQA 5HIBA 3UIMA 2WELA 4OTGA 4APCA 1YWNA 3BYOA 2EU9A 3BELA 2HZ0A 2YM3A 5IDNA 1H07A 1NVQA 5K0XA 3PSCA 4DT8A 1JSTA 3GGFA 1PF8A 4FTIA 2HY0A 4QYYA 4WRSA 1BYGA 2OZAB 3QZFA 2OF2A 3ZXTA 1J7UA 2WXVA 4O1OA 4QQJA 5HTBA 2XK9A 1U4DA 4A9RA 5AR4A 2BDJA 4O0VA 4YZBA 3RWQA 3WF6A 1V0BA 2ZV2A 3FZ1A 4Z9LA 5CF6A 4IFGA 3H9OA 3OC1A 3GENA 4ZSGA 3OXTA 3OOGA 3IO7A 5JZJA 3WOWA 2BRNA 5IG1A 3A99A 4F0FA 2ZMDA 2WMAA 5GJGA 4O7RA 2ITYA 2J2IB 2WO6A 3R8MA 3EQFA 2VGPA 2O64A 4Y83A 3SLSA 2XEYA 4MWHA 3A62A 5EI2A 3C4FA 2WEVA 3MFUA 4JAJA 3LVPA 3AD4A 2OZOA 3OCBA 2B1PA 3U4UA 3LMIA 2OXYA 3RVGA 2OH0E 1CTPE 3OCGA 4U8ZA 4JJRA 4RIWB 3BLHA 4PP9A 3AGMA 3BLQA 4O21A 3LLAA 3HP2A 1UU9A 5IEXA 4MWIA 3Q2MA 4AGWA 4DTAA 4BDIA 1XH9A 5E7RA 2OJGA 2R3RA 4IWDA 3HUCA 3R8UA 4ZZOA 2RGPA 2P0CA 4G1WA 1BUHA 3ORKA 4IACA 2IVTA 3PLAE 3AC3A 4BC6A 3MFRA 2GQGA 1ZYJA 4ZIMA 2QCSA 4ITJA 1URCA 5CU2A 4BDKA 5AV2A 4GG5A 4MNFA 4NW6A 4RFYA 3DCVA 5CS6A 2C68A 1Q3DA 3AT4A 4N57A 3EKKA 4AFJA 5KX8A 3KK8A 3WZKA 2UZWE 4YJOA 4C2VA 3ORTA 4AW5A 4M15A 2YEXA 3OEZA 3I81A 1PY5A 3BHHA 3Q4ZA 5GJFA 3GCUA 3CC6A 3DZQA 3ID6C 3IK3A 1KOBA 3C9WA 3MJ1A 3OF0A 4MQ1A 5AV1A 3QTWA 4M67A 3TZ8A 4PF4A 4B7TA 2J5FA 1UVRA 4JBOA 4UMRA 4RWKA 2C6DA 3EFLA 4FZFB 3P7CA 3IONA 4MXAA 1UWJA 1FPUA 3MFSA 3ZRKA 5TO8A 4GMYA 3JY9A 5H8EA 2QU5A 4UXLA 3FMHA 5DT4A 1NA7A 3QCQA 4ZSLA 2B7AA 4ERKA 5J7BA 5EQYA 1JKTA 3F82A 1FOTA 5AIRA 3BGQA 3DBDA 4I3ZA 2F7EE 5H8GA 5A9UA 2BIKB 4O0SA 3B2WA 3VW8A 5CSPA 5IQAA 2X7OA 3F3UA 3RK5A 2QOHA 4CFXA 4GKHA 4L01A 1O9UA 3FMJA 4ZZNA 1H08A 1OKYA 1DAWA 3BHTA 3COIA 5FQDC 4F65A 4G6LA 1MQ4A 3GU7A 2CN5A 2XRWA 4I5CA 4MXZA 2WMQA 1IRKA 2GNJA 3QQJA 2QOCA 4C61A 4EK5A 4GU9A 2UV2A 3FDNA 3CKWA 2Y8OA 4M84A 5D1JA 3JVRA 5AP3A 2J51A 3UG2A 1RDQE 3G6GA 4F1OA 3GOPA 5CI7A 4R77A 3QD0A 3D15A 5J9ZA 3KULB 3DV3A 3FWQA 4FKSA 4I94A 4L00A 4RBLA 3U6JA 3QHWA 4RX7A 2PZYA 1FVTA 3LQ3A 1WBNA 4DEEA 5ACBC 2JITA 2H8HA 3K5UA 5FLFA 4CQGA 4D5KA 4DF3A 4BI0A 3N4UA 5L8KA 2C3IB 4HZRA 3ROCA 3HX4A 3OROA 4RG0A 3POZA 3A4OX 4G6OA 2E9NA 5G1XA 2ESMA 4D1ZA 5CXHA 2WOUA 1JVPP 5HNIX 4EK6A 4CZUA 2J4ZA 4FTLA 1PXJA 3D7ZA 2C6IA 5AIKA 4F7JA 1ZMVA 3CD8A 5CZHA 3MA6A 3VS1A 4DG0E 2QVSE 4O2ZA 5CU4A 4DFXE 5EM8A 3DA6A 3NR9A 4Q9SA 3OVVA 4RJ6A 5EK7A 4ZTQA 3BLRA 4W4VA 5C9CA 4S2ZA 3E3BX 5D9HA 2PVHA 3QD4A 1JSUA 1ZMUA 4C7TA 1BL6A 4O7TA 1ZYCA 1ZZ2A 2QO9A 4J95A 3IKAA 4O0YA 3NUXA 4FUYA 4AZVA 3CCNA 3P79A 2YDIA 2CKEA 4LL0A 5T68A 4XOYA 4XG6A 3QYZA 5LARA 1WAKA 3VUGA 4E26A 3QGYA 4EH4A 2YA9A 5DE2A 5KKRC 3G15A 3PIYA 4I6FA 4RJ5A 4PMTA 2IW8A 4ZY5A 5HU9A 1NW1A 4H05A 3ZSIA 3W2SA 4DFZE 3BYMA 5TR6A 3ZSHA 4M12A 5AV3A 1B6CB 3HZTA 3FPMA 3FQSA 4GV1A 5J9LA 5J5TA 5AP4A 2J6MA 4NFNA 4NKAA 4TTHB 3H30A 4EK8A 3GCQA 4BYJA 4ITIA 3OY1A 5HTCA 3IECA 2I0VA 3HAMA 4C38A 2W5AA 2R3JA 4EC9A 2PZIA 4Q2AA 4IWQA 2W4JA 2PZ5A 3DOGA 3TKUA 2WTIA 4QOXA 1P4OA 4JDKA 3ULIA 3S3IA 2C5NA 3PY1A 2WHBA 3SG9A 4D28A 4JG7A 4BKJA 5A54A 4DH8A 2NPQA 4JT3A 3E87A 2PE1A 3DKCA 3DQXA 3TV7A 3Q4UA 3ZC5A 3EN5A 5CVGA 1OL7A 3D5VA 3VUMA 4O82A 2BCJA 2QHNA 2OIQA 4NIFA 2IPXA 2C5OA 3W2CA 2UZOA 1H1WA 3BQCA 3U9NA 4HVDA 2GMXA 4YO6A 3T8OA 4Y85A 3A8WA 1YI3A 2NRUA 3EZVA 4I4FA 4NCTA 2IZRA 1PXNA 1PXMA 4X2GA 4CKJA 2JLDA 4J8MA 2EUFB 5C8NA 5HD4A 5IQBA 3VUKA 2X4FA 5M55A 2BFYA 3TDVA 3QA0A 3R7EA 2X9FA 2FA2A 3ZCLA 2BTRA 4EOOA 4AW1A 2IO6A 5CAQA 3C4CA 3IW5A 5DI1A 3VHKA 3WYYA 3E64A 1H0WA 2V7AA 4S33A 2AC3A 3BI6A 3F69A 3FMNA 3PY0A 4L53A 2C6TA 5HHWA 2QR8A 2WPAA 3NW5A 4QQTA 5CEIA 3F5UA 2UZEA 4L42A 4L6QA 1SVGA 4BWXA 3IG7A 4X3JA 4L52A 1FINA 4EJ7A 4B0GA 3UVRA 4EOMA 4F1MA 3VJNA 4IEBA 3NYXA 4E8AA 5CALA 3RPYA 5JQ8A 4FKJA 3FV8A 2Z2WA 3E5AA 4OTPA 2YIWA 2VU3A 4I6HA 4MBIA 3UODA 4FG9A 3DBEA 3O7LB 3QRTA 3SRVA 2J0KA 3FLYA 4FV0A 4DFNA 4R5SA 5L3AA 2IVUA 4UB7A 4ACDA 5JFWA 4MEDA 4XMOA 1GIJA 4NM5A 5A46A 4BDGA 2WTJA 4TWNA 3GI3A 1NVSA 4FNWA 3R71A 3ZDIA 4BDEA 4AW2A 3ZSGA 2YM4A 4MF0A 4S31A 2ZAZA 1CSNA 4F7LA 3LLTA 2W0JA 5AP7A 3Q32A 4YBKA 3MPAA 3OS3A 4QYGA 4OTWA 2GS2A 2WTWA 1FMKA 4QMQA 2C4GA 3EQDA 4M7IA 4DGOA 4D4RA 5EM6A 5KMKA 5CLPA 5C27A 5GZAA 2W4KA 4CCUA 5IQGA 1YWRA 3NS9A 4RA5A 3FMLA 4IAAA 1UU3A 5HU3A 3R8LA 1OIQA 3DXPA 3BIZA 5EHLA 4XLVA 4USFA 1S9IA 2HZ4A 3BHYA 4Z7GA 3H0YA 2P33A 4UWCA 5HIEA 4HYSA 5HTIA 1AQ1A 4BBMA 3Q04A 3QQHA 2XM8A 3AD6A 4PWNA 4DFBA 1CM8A 4M14A 4OBOA 4O7SA 3FSKA 3ZH8A 3RM6A 1WZYA 4LOPA 4B6LA 4RC2A 3GQIA 4E1ZA 5JFXA 3ZLWA 5I9WA 1OUYA 1WMKA 1IR3A 3CPBA 5IISA 3PPJA 2UW6A 3R9HA 4CNHA 2CLQA 3DJ6A 4WNOA 1IA8A 1Q5KA 4U45A 4WIHA 5M4UA 5CY3A 4MNEB 1QCFA 5DOSA 5AAEA 2W4OA 3JY0A 4GT4A 4NWMA 4P90A 1CKPA 5JT2A 2GQSA 5BVEA 2CCIA 2VX3A 5AP6A 1GNGA 3G33A 5DT3A 2F9GA 4BIEA 3ORLA 4KWPA 3ZRMA 4H3PA 4O81A 4IBMA 1YW2A 3PLSA 5KHWA 3FYJX 3OTUA 1E1XA 1WFCA 3TL8A 1L8TA 2ZOQA 4NIFB 3NCZA 1JKKA 3WZEA 1PXLA 3L8PA 3ZHPC 2WIPA 4O0TA 2BHHA 1Q3WA 2JIVA 3QZIA 4R8QA 4DFYA 3U6IA 4EORA 5J8IA 3BEGA 4BB4A 4DT9A 3FC2A 4PPBA 4EQMA 2LAVA 3DAKA 4DG3E 4EH2A 1WBTA 3QCSA 3GC8A 3E8CA 2B4SB 4I21A 3Q2JA 1UWHA 3DZOA 4M0YA 4CRSA 5CANA 3R22A 2VWXA 3SDJA 3S00A 2WTDA 3JPVA 1OPJA 5JFSA 3BZ3A 3C0GA 5CTPA 4Q5HA 3FKNA 4CGAA 4EWHA 2X1NA 3TJCA 3ZONA 4F7SA 4IQ6A 3KGAA 3HRCA 2EWAA 1ATPE 4M68A 2CGUA 2OXDA 1H25A 2RG5A 3ET7A 4QPAA 3TIYA 2X8DA 3H0ZA 5D41A 4AZEA 5A4CA 1ZLTA 3FHIA 3ODZX 2O0UA 1Q61A 4J97A 4WNMA 3A61A 3UMXA 2JAMA 3ORXA 5AP0A 1G8SA 3D83A 3LAUA 4XP3A 2PUIA 2YAAA 4MD8E 1APME 3OXIA 4GFMA 3I79A 2HENA 3DQWA 1U54B 5HCYA 1UKIA 3BU3A 2ZDUA 5HI2A 2F49A 3EQHA 4UYAA 4UMUA 5K5XA 3I1AA 4L67A 2WQMA 2FGIA 4FV9A 5CAOA 5JMSA 4FT5A 3JVSA 2F57A 4ACMA 2BRBA 2Y4IB 5IQFA 3LE6A 3Q52A 4A9YA 3OBGA 5AX9A 3DTWA 2B9JA 3R30A 2GPHA 5DR9A 4EK3A 4PDOA 3HVCA 4XX9A 4ACCA 4FV5A 2VWBA 4U5JA 3NYVA 3PE2A 2W1ZA 3QRJA 3GXLA 4GEOA 4TYJA 2ITPA 4DN5A 3NVMB 4B8MA 4NT4A 4OTQA 3CJGA 3EQIA 3EQGA 5L6OA 3EN9A 5C4LA 4AF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Q41 A;  3DKG A;  5DLS A;  3R8P A;  3QD2 B;  3FAA A;  4XRL A;  4BN1 A;  3FZS A;  4IB5 A;  2JDR A;  2VTH A;  4HGS A;  5LWN A;  1PXK A;  3O17 A;  2I6L A;  3U9C A;  4C33 A;  2XJ0 A;  4G9C A;  2BRO A;  4ZME A;  4C57 A;  2PSQ A;  2QOB A;  1PHK A;  4FGB A;  4LV8 A;  1PYE A;  3W18 A;  4F78 A;  5E91 A;  5HGI A;  3R9D A;  3MB7 A;  2R9S A;  3UVQ A;  3ZFM A;  3F3T A;  1XHA A;  5JSM A;  4FNX A;  3O8P A;  2OZA A;  3LFF A;  3LZB A;  4G3D A;  3UP7 A;  3ZYA A;  3Q9Z A;  3E92 A;  2QLU A;  1OB3 A;  2UUE A;  4O1P A;  4E6A A;  4KRD A;  3CR0 A;  3FE3 A;  3ZLX A;  4CYJ A;  3F2N A;  4N6Z A;  1BKX A;  3UDB A;  5CEO A;  1ZZL A;  2BMC A;  4FUX A;  2GFC A;  4GFO A;  3RWP A;  5IA3 A;  1H24 A;  1OPK A;  2CGW A;  4F9B A;  4RFM A;  2UW3 A;  1Y91 A;  3F3Z A;  5BVO A;  4OAU C;  3UC4 A;  5EI6 A;  1NVR A;  1ZOG A;  4BIC A;  2VD5 A;  2XKF A;  2RFD A;  3G0E A;  3W0M A;  5HLP A;  4EH7 A;  5EQE A;  4X2F A;  3F2A A;  5F1Z A;  3D5X A;  4KIK B;  2CNU A;  3BHU A;  2Z7L A;  5EYC A;  2R3O A;  4FZ6 A;  4G16 A;  4XRJ A;  4C4J A;  1OIR A; 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