2WHBA

Truncation and optimisation of peptide inhibitors of cdk2, cyclin a through structure guided design
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Truncation and optimisation of peptide inhibitors of cyclin-dependent kinase 2-cyclin a through structure-guided design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 75
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2009-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2whbA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2whbA01
1QPCA 3LXNA 1E1XA 4AA5A 4YJNA 2ONLA 3NUSA 5FM2A 4FEXA 4QMZA 3DNEA 2YIYA 3QKLA 3D2KA 5IQCA 2UUEA 5HVJA 2QCSA 5BUIA 2OJFE 3CJGA 3FMNA 5IF1A 2YAKA 2UW8A 2JKMA 3D7ZA 4RWIA 4U43A 4ANSA 3PYYA 1M2PA 4AW0A 3L9MA 4KWPA 4R3RA 3TNHA 1Q3WA 1R78A 2HWPA 3AQVA 3FLWA 4FKOA 5DNRA 3SDJA 1WBNA 4D4YA 4ANMA 4ZZNA 2FSOX 5LMKA 5FRIA 4FL2A 4KSPA 3NS9A 4DAWA 4PP7A 3ZC6A 1QMZA 3TNQB 4ASDA 4FK3A 4BF2A 5I4NA 3LJ0A 4AA4A 1PXPA 4RJ8A 2XEYA 4V01A 3BHVA 1R1WA 1BYGA 3KXNA 4Q9SA 3VBTA 5HNBA 3D7TB 2WQOA 5IA5A 2OZAB 1UA2A 4L45A 2J4ZA 3JXWA 3LXPA 3R00A 3R83A 4E6DA 5IQFA 2O65A 4RT7A 4Z9LA 1LEWA 4IC8A 3O71A 3PVWA 4ACDA 1UKIA 3CTJA 2GFSA 4TN6A 4IJ9A 1QPDA 2VO7A 4C33A 3S2PA 3WZEA 2NRYA 5F4NA 5HE0A 3P0MA 3GENA 4EH3A 3D0EA 3FI2A 1ZOEA 2F7EE 2R2PA 4YZBA 5TOZA 5IDPA 5DEYA 5B2LA 4K18A 3EB0A 4KBCA 2J5EA 5HE3A 4LRJA 1W8CA 3C4CA 4UWBA 5CT7A 4DGOA 4GK3A 3W2RA 4CSVA 3KREA 2IZTA 3QAME 3LAUA 3ZYAA 3V01A 1Y57A 1SVGA 3FMMA 3CY3A 4XV9A 5E8VA 5IQBA 5DMZA 3H4JA 4L46A 4AT4A 4S30A 4L6QA 4FKSA 4NUSA 1AGWA 3HV4A 1ZARA 1XQZA 3ELJA 1CTPE 4GG7A 4JIKA 4C57A 3O2MA 2PYWA 3QXPA 4LOOA 5I3OA 1H01A 2VTLA 2UW5A 3BRBA 5BMSA 5KBRA 3H10A 4MXCA 2YJRA 2XIZA 5HCYA 3LHJA 3VAPA 2CGUA 4O27B 3KXXA 4R8QA 4HNIA 4MBIA 5DHJA 2VX3A 5AV3A 4QNYA 4BTMA 3N51A 4UMPA 3UIMA 2JAVA 4AN2A 2PPQA 3FL5A 4QQJA 4EH9A 3QA0A 3RZBA 4FEVA 1Z9XA 3KK9A 2UW7A 3LJ2A 3NAXA 3LFSA 3MFTA 2WPAA 2WTKC 4C34A 4CMTA 4EOJA 4RJ3A 2P2IA 3MFUA 2WXVA 5L8KA 4YO4A 4OGRA 4BB4A 4ACMA 5JFVA 4HVIA 3NNVA 4BI0A 3FEGA 5HLPA 2ZM4A 2J9MA 3KF7A 4EOKA 1WBTA 5I9UA 4LQMA 4E3CA 2JD5A 5L2TA 2X1NA 3CTHA 4J99A 2V7AA 4TWPA 3ENMA 1NVSA 5H2UA 5TT7A 3MIAA 4XP3A 5JSMA 1UKHA 2HIWA 5HNIX 4MF0A 1EH4A 2W99B 4RZWA 4EOPA 4L68A 1PXNA 2Z60A 4GCJA 5AR2A 4ERWA 2VTPA 2RFDA 3Q4CA 1F3MC 4DE4A 4DH3A 4AW5A 3GOPA 1JPAA 3WF6A 3QGWA 3UC4A 4JX7A 4MVFA 4FV2A 4QMYA 5E8WA 3UC3A 3E87A 4E5AX 3ZBXA 2BILB 2IZRA 3TCPA 4OBQA 3F2AA 3WF7A 2A0CX 3AGLA 1OL2A 4U3ZA 1M7QA 4I6QA 3VQUA 3SG8A 2OK1A 4WRGA 2BUJA 4DFZE 3SG9A 5LVPA 2BZKB 2B9HA 4I6FA 5GZAA 3Q5ZA 3AXWA 4C4IA 2HW6A 1XH9A 5IMEA 1YWNA 4MTAA 1WBWA 4FG9A 5CI6A 2HY0A 5H9BA 5AX9A 3P7CA 4UMUA 4PDPA 2ZMCA 4IM2A 5ACBC 5IUHA 4NK9A 4L3JA 2QKWB 2RSVA 4AGCA 4QMTA 1YDSE 3PSDA 4JL9A 4USEA 2WIHA 4EHVA 5HI2A 5F20A 3MBLA 3D7TA 1ZZ2A 3M42A 5AUTA 4IDTA 5EI6A 4ZZOA 1UNLA 5CEIA 4I41A 1KE5A 3MY1A 4F65A 3COIA 3I0OA 2OJIA 2C30A 1KE7A 2EXMA 4PY1A 2Y7JA 3DAEA 5FWKK 5T3QA 5DR6A 4HYSA 4YP8A 2C5VA 3HRCA 1YDRE 3RCDA 3G0EA 3ORNA 2VWUA 2QO2A 3V5QA 3BX5A 4KKHA 4YLLA 3QUDA 3S3IA 4RWLA 1OIQA 2JEDA 2F2CB 4O7NA 1ZWSA 4FTTA 5HO8A 3SRVB 2YA9A 4ACGA 4DG3E 4D2TA 1VJYA 4EJNA 2GTMA 2QO7A 3KXMA 2R3RA 2ZAZA 4C3PA 3UNKA 4PMTA 3V5JA 4HYUA 4TZRA 2HW7A 4M97A 5HG8A 1GY3A 3R8ZA 4U5JA 4DT8A 1YXXA 2WU6A 4N4SA 4FBXA 1PKGA 4PRJA 1PXKA 3VRZA 2V22A 4F9AA 4DG0E 3MVMA 4RX8A 3HDNA 4EKKA 4FZ6A 4LI5A 3ZEPA 3KEXA 5J5TA 2VRXA 4QP7A 3CLYA 3PPJA 2CGXA 4PP9A 4EUTA 3U9NA 4C61A 3R9HA 4CMOA 4GYGA 5HLNA 3I1AA 2WQNA 4Y83A 3OROA 4EZ5A 3FDNA 3LMGA 4RA5A 3EMGA 4BRXA 1XBAA 1OPLA 2IVVA 3MY5A 5D7AA 3KULB 4EK4A 1MRVA 3DFCB 2PVFA 3C0HA 3V5WA 4DH1A 2E9OA 5LQFA 3PJ2A 3UOKA 5HG7A 2JDOA 3PY3A 3FSKA 2PTKA 2WMVA 4QYFA 4KSQA 1V0OA 2WAJA 3FQHA 3MB6A 4AZWA 4FNXA 3VUGA 2ZB0A 4XG9A 4O7SA 5KX8A 3NMUF 2XBJA 2WMAA 4TRLA 4XS2A 4AG8A 4OT5A 3ZUVA 3C1XA 3KRJA 3HEGA 5J1VA 1TQIA 3OOGA 2C6EA 2J0JA 2XB7A 4PMSA 5AP2A 1FGIA 2DQ7X 3VUIA 2YCQA 4M14A 3PE1A 4ZTQA 3KMWA 4JQ7A 2DWBA 2IWIA 1FPUA 3CD8A 3E8EA 3IGGA 3LVPA 4M67A 5A3XA 3R8MA 4CFNA 1H08A 3FLYA 5CXZA 4FKPA 5GJDA 3GFEA 3MESA 4JR3A 4Z7GA 2VNWA 3L8VA 5A46A 4NZWB 4HGTA 3S00A 3F69A 3U51A 4DFXE 2V7OA 3ZXZA 3I6WA 4DEGA 2PULA 4JIAA 2QOOA 3H0ZA 1YXUA 3PLSA 3R28A 2CN5A 4MD7E 5EM5A 4CV8A 2R0IA 3FKLA 4S2ZA 4RA4A 5C8NA 1GIHA 2WTKB 3F9NA 4RFMA 4BR3A 4IAFA 4EYJA 4HGSA 1DAYA 4CTCA 4H3PA 4FSYA 3VS6A 4U7ZA 1IASA 3TEIA 3ZEWA 5J5SA 5AV4A 1DI8A 1XO2B 3QCYA 2O5KA 3FZ1A 4XG4A 5CQUA 2BROA 3GP0A 1YXVA 4UYAA 2IZUA 4QQTA 5JKGA 4FT3A 4CXAA 4JDIA 4DH7A 5KMJA 3TUCA 3TNIA 3P23A 3LLAA 3MPMA 4FEWA 4DBXA 3GC0A 2CNVA 4FKLA 4AS0A 1IEPA 2PE2A 4W4WA 5HICA 5BYZA 4LL0A 5FG8A 4BI2A 3PDTA 2HXLA 3ZRKA 5EYDA 2HENA 3SA0A 2PK9A 2WTJA 2QOCA 4FVPA 2BPMA 5B2MA 4ZLYA 2Z7SA 3I5ZA 3QD3A 4RX5A 3WOWA 3WZUA 4I21A 3S95A 4BDBA 3R0TA 2O8YA 3RWQA 4GFOA 4G6LA 3TV6A 4FIFA 5HU9A 4U97A 1GAGA 1I09A 4CG8A 4WNPA 2UZUE 3EN6A 4IAIA 4FICA 4CV9A 4FT5A 3AC5A 4YC3A 3SRVA 2BCJA 5IQDA 4IWDA 2VTIA 4WIHA 4XBRA 2QLQA 3R8LA 2VGPA 4PTEA 3FKOA 4ANLA 4QMPA 4C4HA 4FTNA 3UNJA 2IO6A 5AADA 3KY2A 3EN7A 4WUAA 3ZXTA 4I4EA 3HYHA 2PHKA 4AGDA 4APCA 4R77A 2O2UA 1PW2A 4FSMA 2WMXA 3OCSA 3KRRA 2XNGA 4O81A 4AZSA 5KMKA 4M8TA 5DRDA 3OCGA 4ZOGA 3VS0A 3F3TA 3ZSIA 3A4PA 4GIIA 5EDQA 3HRFA 2IVSA 5C8MA 5M4CA 4HGEA 4UEUA 3B2WA 4JBOA 2F4JA 3HVCA 2QR7A 2GHMA 3W10A 3QQJA 4QNAA 5JGBA 5B7VA 3DDPA 4UZDA 1U5QA 2YABA 4S31A 3UYTA 4C37A 4F0GA 4YU2A 5J79A 3DZQA 1OPJA 4CFVA 3F2NA 4R78A 4K1BA 2QD9A 4TT7A 5DBXA 5KZ0A 2RFEA 4FSTA 3SW4A 2C68A 4FV6A 1JKLA 3KULA 2B0QA 5J7BA 5CF5A 4CFMA 1YDTE 4PF4A 3ZO2A 3FXWA 2WQBA 2X9EA 4GT5A 2VWYA 5BUJA 1P14A 3Q9XA 5CF4A 2J6MA 4IB5A 5FDXA 5F9EA 3NGAA 1G8SA 4Y85A 1PKDA 2J2IB 3FZTA 4QD6A 4XCUA 1G8AA 5EW8A 4FL1A 5ANEA 3OTUA 5C9CA 4U0IA 5M09A 3DFAA 4ZY6A 3NVMB 2IW6A 3NPCA 4F9BA 3II5A 4EQUA 3RPOA 4MXZA 4LOQA 2E9PA 3PG1A 4BWPA 3BE2A 3C4EA 2R3QA 3MW1A 2JAMA 3FC2A 2W17A 2YZAA 3DJ6A 4IWQA 4IVAA 2A27A 4FKTA 2FSMX 3R71A 1I44A 3LPBA 4I0SA 3POOA 3ALNA 3VW8A 4GMYA 3HGKA 2W4KA 3A7GA 4WBOA 3EZRA 3BYOA 1T46A 2W96B 4GU9A 4EZ3A 4BTJA 3RBWA 3DQXA 3EN9A 3L9PA 2CJMA 4IXPA 3TUBA 4FUYA 2WO6A 1ZYSA 4L53A 5HBEA 4ACCA 3QGYA 3L8PA 3NIEA 3OP5A 5EFQA 4DGLC 3P1AA 2B54A 2OI4X 3FL4A 3FZPA 3W2CA 3P78A 3G5DA 3GXLA 5A4QA 3HRBA 3CQWA 1B6CB 3QC4A 2E2BA 1ZMWA 3MH2A 5B2KA 4C36A 5L6PA 5C1QB 2ERKA 5KMIA 1U46A 4YURA 2YM5A 4OBPA 3ZZWA 3E8CA 3ZFMA 1WVXA 2PZYA 2ZV8A 2CLXA 4HCVA 3P86A 3LM0A 4Q2AA 3HZTA 1K2PA 1Q8WA 3HECA 4WNKA 3R1YA 1PXJA 4EUUA 2CSNA 4CCBA 4O0RA 4ALVA 5AFVA 2A2AA 2Q0NA 3UO6A 4D28A 4IDVA 1RDQE 3KVXA 4IZ7A 2YACA 4G3FA 4O0SA 5AMNA 2YLEA 4EWHA 1GJOA 4G17A 3QUEA 4AWIA 4C2VA 3PRFA 5J95A 4DFBA 4QMSA 2FSTX 4WNOA 5CASA 2XRUA 4EBVA 1W83A 2BMCA 3HMOA 1JSVA 2VWBA 5HD7A 3ZZEA 4DEHA 5D12A 4J95A 2A4LA 3CXWA 3LE6A 2OFVA 4FYNA 3V6SA 4E8AA 3IW8A 4ZP5A 4O0VA 5JFSA 5JH6A 4I0TA 2C5OA 5HNGA 3BQRA 4EI4A 4MWHA 1TQMA 4DITA 3ORMA 1JQHA 3FBVA 4WD5A 3TJDA 4F6SA 3ULZA 4FNYA 5C26A 4LRMA 3W2PA 3QTSA 4NEUA 3QYWA 4G6OA 5EH0A 4BIEA 3NW7A 2VO6A 2LAVA 2ZYBA 4F7LA 5D11A 3F7WA 3DBEA 4FE2A 4PPAA 1LP4A 3DCVA 4G3GA 4MD8E 4R7IA 5GJFA 3RALA 3KMUA 4O0UA 1YWRA 4YJUA 3PZEA 4AGUA 5HTIA 3QTUA 4RJ7A 4NH1A 3UZTA 3WZJA 4HOKA 3R04A 4OT6A 2GQSA 3OEFX 4IADA 2QO9A 4L00A 2OWBA 3C4WA 3ZHPC 2VX0A 2WFYA 2P4IA 3MIYA 4C4EA 4MF1A 5BUEA 3HUCA 3VHKA 2W9FB 5BVNA 4Q9ZA 2VWZA 4BZNA 5EW9A 5CEMA 2R7BA 4BGQA 4QMVA 1OITA 4J7BA 2XNNA 4ONAA 5E8XA 4L3PA 4P5QA 3HV6A 4IB1A 3VUKA 4AOJA 4C0TA 4EH2A 4W8EA 4DG2E 3IDCA 2XM8A 3LFAA 4HJOA 2JKKA 4L8MA 3EQHA 2G1TA 3D15A 4FIGA 1J7IA 4O21A 3PP1A 4K8AA 3V04A 2VO3A 5EI2A 2BZHB 2WTCA 3T3UA 2REIA 3ZC5A 4B4LA 5LMAA 2B1PA 4F1MA 4TXCA 3UOLA 4U40A 3R02A 1J3HA 3GB2A 4RC3A 3HAMA 2YEXA 4BDJA 3QZIA 5AA8A 3EFKA 3F88A 3SQQA 2XRWA 2XK4A 5E8SA 4PL5A 2Z7RA 5D10A 4QPMA 2XH5A 3KMMA 3OUNB 1ZYJA 4UALA 3AC4A 4LRKA 4MEDA 3MDYA 4V04A 2O63A 3FAAA 3OFMA 3EQGA 4D2RA 2XJ1A 5K9IA 4RLLA 2PZ5A 2YDJA 2C6DA 3HMMA 5HX6A 4OUCA 4UWCA 2I7QA 3MVJA 3OT8A 4HPUE 4FIHA 2ZDUA 5EYCA 3COMA 3RNIA 1NXKA 1A9UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QPC A;  3LXN A;  1E1X A;  4AA5 A;  4YJN A;  2ONL A;  3NUS A;  5FM2 A;  4FEX A;  4QMZ A;  3DNE A;  2YIY A;  3QKL A;  3D2K A;  5IQC A;  2UUE A;  5HVJ A;  2QCS A;  5BUI A;  4JMQ A;  2OJF E;  3CJG A;  3FMN A;  5IF1 A;  2YAK A;  2UW8 A;  2JKM A;  3D7Z A;  4RWI A;  4U43 A;  4ANS A;  3PYY A;  1M2P A;  4AW0 A;  3L9M A;  4KWP A;  4R3R A;  3TNH A;  1Q3W A;  1R78 A;  2HWP A;  3AQV A;  3FLW A;  4FKO A;  5DNR A;  3SDJ A;  1WBN A;  4D4Y A;  4ANM A;  4ZZN A;  2FSO X;  5LMK A;  5FRI A;  2X0P A;  4FL2 A;  4KSP A;  3NS9 A;  4DAW A;  4PP7 A;  3ZC6 A;  1QMZ A;  3TMO A;  3TNQ B;  4ASD A;  4FK3 A;  4BF2 A;  5I4N A;  3LJ0 A;  4AA4 A;  1PXP A;  4RJ8 A;  2XEY A;  4V01 A;  3BHV A;  1R1W A;  1BYG A;  3KXN A;  4Q9S A;  3VBT A;  5HNB A;  3D7T B;  2WQO A;  5IA5 A;  2OZA B;  1UA2 A;  4L45 A;  2J4Z A;  3JXW A;  3LXP A;  3R00 A;  3R83 A;  4E6D A;  5IQF A;  2O65 A;  4RT7 A;  4Z9L A;  1LEW A;  4IC8 A;  3O71 A;  3PVW A;  4ACD A;  1UKI A;  3CTJ A;  2GFS A;  4TN6 A;  4IJ9 A;  1QPD A;  2VO7 A;  4C33 A;  3S2P A;  3WZE A;  2NRY A; 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