2YITA

Structural analysis of checkpoint kinase 2 in complex with pv1162, a novel inhibitor
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
300
structure length
286
Chain Sequence
VYPKALRDEYIMSKTLGSGACGEVKLAFERKTCKKVAIKIISKLNVETEIEILKKLNHPCIIKIKNFFDAEDYYIVLELMEGGELFDKVVGNKRLKEATCKLYFYQMLLAVQYLHENGIIHRDLKPENVLLSSQEEDCLIKITDFGHSKILGETSLMRTLCGTPTYLAPEVLVSVGTAGYNRAVDCWSLGVILFICLSGYPPFSEHRTQVSLKDQITSGKYNFIPEVWAEVSEKALDLVKKLLVVDPKARFTTEEALRHPWLQDEDMKRKFQDLLSEENESTALPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Structures of Checkpoint Kinase 2 in Complex with Inhibitors that Target its Gatekeeper-Dependent Hydrophobic Pocket.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
total genus 88
structure length 286
sequence length 300
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2yitA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2yitA01
1WCCA 4ANNA 2IG7A 3OOMA 3SC1A 2B0QA 4F7SA 2C6MA 3CPBA 3LOKA 4XG4A 4XG8A 2PZ5A 3HX4A 1OKVA 2BDWA 2YLEA 1CKPA 3V6RA 4YTFA 5C1QB 5JZJA 3QHRA 3KF4A 5CWZA 5AIRA 3Q52A 4OBPA 4IC8A 4A4XA 4BRXA 2WEVA 5KHWA 2XNNA 1Q97A 4X3JA 3R8ZA 4FV4A 4O7TA 3N4VA 3C13A 5EHOA 1GZNA 1PMNA 2YABA 2VWUA 3AC5A 2R2PA 2UVXA 4JDKA 4CFVA 4I94A 3QQFA 3FMDA 4O6EA 3V5TA 2ZYBA 4H3QA 2EWAA 4A9UA 3SW7A 2OW3A 4DINA 1R1WA 2YACA 4GCJA 5HD7A 2SRCA 5KE0A 4BTFA 2C30A 2X39A 2UW7A 3AT3A 2ETKA 2YLFA 5E90A 2HELA 1H1RA 3ZEWA 2GNHA 2R3HA 2XM8A 1BYGA 4RJ4A 4V05A 3MDYA 2R3IA 2ZAZA 2A27A 5EI2A 3G0EA 4A7CA 2QOLA 3HV3A 4IB3A 5GIPE 3KVXA 4OUCA 2O0UA 2G9XA 4LM5A 4M12A 1OL6A 3HV4A 5AUYA 1I44A 4YSMA 4DFUA 3C4CA 1KE9A 3HV6A 3IDCA 4FSZA 1ZZ2A 4AOIA 2WIHA 4XG9A 3NYXA 2ACXA 4FE2A 3GP0A 3A61A 3CPCA 4X21A 5K0XA 4PL4A 3NAXA 5F4NA 3R73A 3DKGA 3BHTA 2W99B 1KE5A 1YDTE 1ZZLA 2OSCA 5TOZA 4BDFA 4C02A 5E8TA 5CT0A 5M51A 2J0JA 4W8DA 2GHGA 5JKGA 3UGCA 4I6BA 3W33A 5LMBA 2J0MB 3HEGA 4MNEA 2HZ4A 2W17A 3TNQB 4DEGA 2VAGA 3GCSA 3F2NA 2QQ7A 3BYSA 3OEZA 4XLIA 4LQMA 4QMTA 2EXEA 5EOBA 3BLHA 1YQJA 3NR9A 4TKSA 4FIGA 3RPRA 3UVRA 4O1OA 4UEUA 3OWLA 2BAKA 3WARA 2UW5A 2ZV8A 3K5VA 5JFSA 3KGAA 4CKJA 1DAWA 2YIQA 3LZBA 4CT1A 1ZMUA 1W8CA 3NW5A 4UXQA 3R9RA 2OIQA 4RT7A 3N51A 3TV7A 5HVYA 1KUTA 4IX3A 3FZPA 5HI2A 2YIXA 1PRYA 3CQEA 2NO3A 4IX4A 3ENMA 4KB8A 2W4JA 4I20A 1SVGA 1APME 2XKDA 1SNXA 4D4SA 5AAGA 3OC1A 4BBMA 2VNWA 3RI1A 2C6LA 4XBUA 4I3ZA 2J6MA 4WG3A 3ZOSA 1NW1A 2VUWA 2HY0A 3VS7A 4Z55A 5IA0A 1VJYA 4IVAA 4J7BA 3UOHA 3D14A 4FSNA 4KS8A 4UMUA 5F9EA 3I6UA 1YXVA 3MY1A 3F3UA 4H39A 5HTIA 2J90A 3EFLA 4NZWB 1W84A 1WMKA 3BELA 2YM7A 3FPMA 4ZTLA 4FEQA 3LFNA 4ZZOA 1U46A 4TWCA 4D9UA 2JBPA 3PIZA 4GJ2A 4U40A 3TL8A 2R7BA 4YNEA 5KX8A 2P33A 4XS2A 2C3JA 3PWDA 3IDPA 5AX9A 3FZOA 4CFUA 1PYXA 5IG1A 2PY3A 5ANDA 5CYIA 5JGAA 3QA8A 4LYNA 2QI8A 4G6OA 3R00A 3OOGA 5E91A 5CF8A 3EHAA 1FMOE 3BLRA 2QHNA 3QUPA 4FT5A 5DPVA 5ETIA 4D5KA 4K8AA 4DGMA 3LAUA 3D0EA 4II5A 3L8PA 2AC3A 3QTIA 5JQ5A 2BTSA 3MFRA 4AWIA 4F9AA 1OPLA 3DK7A 5DEWA 5CEMA 4FTCA 4C0TA 2QVSE 4IWDA 3V5QA 1XH9A 5CTPA 4ALUA 1J3HA 3LKMA 3OY1A 3ZC6A 3NVKI 2XRWA 3KVWA 5EW9A 3NW7A 4CLIA 4BCOA 5ANJA 4GG5A 2QO9A 4OT6A 2VTRA 2PMIA 4KAOA 3NS9A 3HDMA 5BVKA 4CKIA 1IEPA 1XHAA 1ZWSA 3CY2A 3UZPA 3WZDA 5GIOE 3IW6A 2JDTA 5IQFA 2UV2A 3OXTA 5CI7A 5I3OA 3R8LA 4AS0A 1SMHA 2B52A 3HECA 5EI8A 4C35A 2PE1A 2UZLA 3OHTA 4IZAA 1S9JA 4DFNA 4HVHA 4PX6A 3V5WA 4U45A 3H3CA 3E93A 4OTPA 5E9EA 4CG8A 2QLQA 3DNEA 4UBAA 4MWHA 3VBYA 1YHSA 4BCKA 3Q4CA 2E9PA 3A8WA 4YZBA 2X4ZA 3F61A 4A9SA 2A19B 4BWPA 3ZBXA 2PVHA 4XYFA 3R63A 3ZO1A 4S33A 1U59A 4CTCA 5AR8A 2OXDA 3UO6A 3NNXA 4K18A 3POZA 4ORKA 3ZLYA 5T68A 4ANBA 2BZHB 3U8WA 4A9TA 4E5AX 1UU3A 1T45A 3HKOA 4FIIA 2VX0A 4FL3A 3JY0A 3KK9A 4JOAA 1R3CA 3OBGA 1SVEA 3TT0A 3EL7A 4GUBA 5CZIA 5HTCA 1TQMA 2OJ9A 2R3OA 3F3ZA 3FC2A 3I7BA 5ANIA 4XV2A 5AP0A 5AUTA 2Z02A 1OM1A 4BIEA 3EQBA 2VWZA 2BR1A 3PE2A 2W1HA 4LRJA 5F95A 1O9UA 4TYHA 3GU6A 4BC6A 3B2WA 1VR2A 3OZ6A 4AGWA 4ASXA 3F66A 4M3QA 4DTKA 4L01A 5L6WL 3F3VA 3H4JA 2YM6A 5CF6A 4I24A 5KMNA 3F2AA 4B9DA 4MH7A 2I40A 3BIZA 5ANOA 3HV5A 3DA6A 4E5WA 2FSMX 2XIRA 1VZOA 4IEBA 4NFMA 5JRQA 2BZJA 3EFJA 3D4QA 2CGWA 4RZVA 4XP3A 4DLJA 4IBMA 5IZFA 5AV2A 3DKCA 3MPTA 2VX3A 3FLYA 3PRIA 2GQSA 4U44A 1J7UA 3FE3A 1PHKA 1YXTA 2BFYA 2P0CA 2YHVA 3E8DA 2V5QA 2UZOA 3QX2A 1H24A 3LFSA 3N4UA 1W7HA 5CAVA 4MNFA 5I3RA 4RIXA 1GAGA 2JDVA 2HXQA 2Z8CA 2EXCX 3QTXA 4I93A 1KOBA 4KS7A 3Q9YA 3NZ0A 3K3IA 4XCUA 5D7AA 4HGLA 5AV3A 5H9BA 3SKCA 4TT7A 1KE6A 4QYEA 3ZC5A 3RGFA 4P5ZA 2JAVA 2OFUA 3W16A 2WFYA 5EI6A 3CTJA 4F0GA 3QTRA 2CKPA 3EN5A 2NRUA 1HCLA 2ZMCA 3G90X 4NFNA 3MESA 3ZFYA 5LVOA 1H0VA 3U4UA 4MQ2A 3G6HA 3EIDA 4IHPA 4MYGA 5D1JA 3K3JA 4W9WA 5HGIA 2YM5A 2GQGA 4FV5A 5BUIA 2QHMA 2RIOA 3HL7A 1Q3DA 4GT3A 3GB2A 4NK9A 4F64A 1TQPA 3MPAA 4PV0A 1MRUA 4IADA 4TZRA 2W4OA 5AP4A 4APCA 4ZMEA 5IQCA 1P2AA 3K5UA 5EHLA 4GFMA 4DGOA 4DTBA 1Y57A 1PXIA 4ZY4A 2BDFA 4AT4A 2W4KA 5JSMA 3N4TA 4RVKA 2YCSA 3DAJA 2JFMA 3ORKA 4KBCA 1YI6A 4R5SA 5HQ0A 4UMPA 4JNWA 5DT3A 2CGVA 3ZTXA 1CDKA 5M4CA 1BI7A 4D1SA 5CEQA 5HLPA 5IUGA 5ETAA 3QCYA 2CKEA 4BDGA 3R1SA 4B6LA 4I41A 3R21A 5AV0A 5CF5A 5KBQA 3PJ2A 4PUZA 3VS0A 3DXNA 4DLIA 3FQEA 4DH3A 5IA5A 3DOGA 4YR8A 3SRVB 3DBEA 2EVAA 3R04A 4ERKA 3MVMA 4FZAB 4MTAA 5CSHA 3IONA 5G6VA 4CYJA 1PXOA 2YCQA 4WBBB 2F2CB 1V1KA 2RG5A 4EKKA 2BKZA 2QCSA 5J9ZA 4TW9A 3HUBA 4MBIA 4XP0A 3FAAA 3PP0A 2Z7LA 4YO6A 1MRYA 5CT7A 3HV7A 3P9JA 2WMWA 3F5GA 2C6KA 4BICA 1O6KA 2I0YA 2X0GA 2CJMA 3FXWA 3I4BA 3JXWA 3KKVA 4HYHA 4I5HA 3UNJA 3V5LA 1XWSA 5D12A 3GFEA 4G34A 3WZKA 4BWXA 4QTEA 3PXYA 2VTMA 2Z7RA 1UNGA 1M7NA 3DS6A 3VJNA 5M4UA 4LRKA 3VBXA 5CQWA 4G3EA 3LIJA 3FZSA 4FVPA 4I22A 4B4LA 4YHJA 4WD5A 2VWIA 1H4LA 4LGGA 3GU8A 4GV1A 5FWKK 3G9NA 4ZEGA 2J9MA 3KQ7A 5CU2A 4KIOA 4DGNA 4RGJA 5J5TA 5K5NA 2HW6A 4QMNA 4FMQA 5CZHA 1CM8A 3KXZA 5ITAA 3Q4UA 3C9WA 2ERKA 3DQXA 5CEPA 5D11A 1GJOA 2B9FA 2XNGA 4RVMA 4JQEA 5HZNA 3HMOA 4KSQA 3I81A 2YFXA 2Q83A 4YZMA 3K54A 4EH8A 2UW3A 4O91A 2UZEA 3COKA 4UYAA 5HNBA 5B2LA 5J1VA 2BMCA 1OB3A 2XBJA 4XP2A 1CMKE 3RPOA 4EQUA 3WILA 4EH3A 4HZSA 4NM3A 4W4WA 4BDAA 4AZSA 4YZCA 5CSPA 4P5QA 5EYDA 1YOMA 3QRUA 4FKTA 3EB0A 4RIOA 5HBEA 3VS1A 3AD4A 1ZY4A 4C2VA 1A9UA 3UZTA 3TV6A 2VTHA 3QCSA 3DAEA 3NSZA 4MEDA 4EK8A 3LXLA 3S0OA 4E6CA 4FIFA 3BU5A 3GBZA 2PYWA 4QP2A 4RBLA 4L7SA 3MW1A 4XHKB 1OIYA 4RWKA 5J7HA 3QQJA 3GT8A 3IKAA 4H3BA 3F7ZA 4KABA 2JIIA 4FSRA 4PP7A 2J5FA 3DZOA 3MH1A 4G3GA 3CTQA 3PPZA 3UIUA 1H1QA 4C4IA 4BGQA 3F3WA 3MVHA 3VS5A 4FIJA 1JSTA 2VWVA 1U54A 2WQBA 2ITOA 1RDQE 2ITNA 5TKDA 4FYNA 2UZUE 3D7TA 3PVUA 4M14A 3UC4A 3UYTA 4RPVA 3ZXTA 2B55A 3KXXA 4I6QA 2WTKB 4K77A 4RFYA 4QPMA 3UQFA 2R3LA 4R7HA 4O0WA 3C4FA 2BPMA 4TN6A 2CKQA 3RNYA 4OAVB 1Q8UA 4RVTA 3UPXA 4YUQA 4R1VA 3FMJA 4FKQA 3JY9A 3LCTA 5JK3A 4LRMA 2GTMA 3CKWA 3F5PA 4W4VA 3OUKA 3RINA 3A8XA 3R1YA 3NRMA 4WBOA 4BCNA 4IZ7A 4JS8A 4F09A 3PXKA 4P4CA 3T3VA 5C8NA 4DBXA 4FZFB 2PVMA 3TN8A 3OD6X 4EHGA 4NYEA 3FXXA 2VO3A 4ZP5A 5LMKC 4E6AA 5AP2A 4ZZNA 2YEXA 3A7FA 1W0XC 3LMIA 2X8IA 4FV0A 5D7VA 3ORLA 2W5HA 3KRRA 3L8VA 4L52A 5KZIA 4G6NA 1V0OA 4LOOA 3VUHA 3Q9WA 4YJRA 3DKOA 3Q60A 4ZSGA 4PF4A 5K5XA 1P4FA 4Y72A 4BY9E 3FMHA 3HZTA 2C5NA 4NH1A 2BRGA 3U54A 4DEAA 4EBWA 4I6HA 4GH2A 4IACA 4ZSJA 3DJ5A 4NJ3A 4YJTA 3RWPA 1WBVA 2PPQA 2YM4A 3DQWA 4G3FA 3ZM9A 4CRLA 1BLXA 2X2MA 4WNKA 3ROCA 2PVLA 4FTLA 1GY3A 4B7TA 4BYIA 3JS2A 5A4EA 4IIRA 2OF4A 4C37A 1F0QA 2OH4A 4RC4A 3AC4A 4NM5A 3AQVA 4LV8A 3UJGA 5KKRB 5AIKA 3RK5A 3U6IA 3PDTA 3WYYA 3DCVA 3QUEA 5EYMA 4C8BA 4F4PA 2WB8A 4IC7A 3OFMA 3KCKA 2PL0A 4B99A 4YURA 3VNTA 2CPKE 4ITJA 5BYYA 3CC6A 2CKOA 2JKOA 5EKNA 4FG9A 4FR4A 4IWOA 3QUDA 4UV0A 1W98A 4MXCA 4EHVA 5F1ZA 4KIKB 1OZ1A 4JI9A 3TIYA 3QTQA 3MVLA 1J1BA 2H96A 4E4XA 3FHRA 5A4LA 4AFEA 2FSOX 2XCKA 1HOWA 4QP1A 5K4IA 2Y9QA 5FRIA 3TUDA 2GCDA 3EFWA 4MF1A 1H8FA 2CN5A 3OG7A 4F6SA 4MWIA 1H0WA 3E8EA 3E5AA 4X7QA 4D2PA 2F7XE 3F6XA 1DAYA 3MFTA 3QZIA 3ENHA 1TVOA 3QCXA 4L9IA 4PMSA 5HLNA 4WA9A 4DTAA 3QL8A 4IXPA 4NTSA 5L8KA 1IA8A 2R0IA 3MSSA 5HO6A 3W55A 2J51A 2WELA 3P0MA 3QTUA 3VC4A 4CZYB 4E6QA 3FDNA 3GGFA 3MJ2A 1H1SA 2VGPA 4YC6A 2FSTX 2ITVA 3ORNA 4D4YA 1F5QA 5EQYA 2X2KA 5LWMA 4C34A 2IVSA 2XH5A 3ALOA 2VN9A 3EQGA 2I7QA 3D94A 3ERKA 1R0PA 4WHZA 4CVAA 3QTWA 3AC1A 3HVCA 5DBXA 4DH7A 4L45A 1G5SA 3GI3A 4YJOA 2OIDA 3SQQA 4UXLA 3IW7A 5IQIA 4BCHA 2GS6A 5M09A 2C4GA 3GC7A 3F7WA 5DYJA 4B8MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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