2VAGA

Crystal structure of di-phosphorylated human clk1 in complex with a novel substituted indole inhibitor
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
335
structure length
330
Chain Sequence
MHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGKVVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHHGHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENILFVQSDYTEAYNKRDERTLINPDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVRHYRAPEVILALGWSQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAMMERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHHDRLDWDEHSSAGRYVSRACKPLKEFMLSQDVEHERLFDLIQKMLEYDPAKRITLREALKHPFFDLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Specific Clk Inhibitors from a Novel Chemotype for Regulation of Alternative Splicing.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords DUAL SPECIFICITY PROTEIN KINASE CLK1
total genus 105
structure length 330
sequence length 335
ec nomenclature ec 2.7.12.1: Dual-specificity kinase.
pdb deposition date 2007-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2vagA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2vagA01
3TZ7A 1SM2A 2PU8A 1OL6A 1QMZA 2DYLA 2JD5A 1BI8A 2PY3A 2C6LA 4F65A 4LUDA 5AR4A 4EYJA 2GU8A 5DG5A 2BRGA 2YCFA 2B53A 2XP2A 2IN6A 2VWWA 5B2KA 5CEOA 3F82A 5M08A 3DTCA 4P4CA 3RKBA 3HV6A 5L6PA 3GNIB 2OKRA 3QLGA 2WQMA 4HPUE 4B8MA 3A99A 3R9HA 3CGFA 2ITPA 5AIKA 3GP0A 5FXSA 1I44A 2W4OA 3GC7A 3L8VA 1XO2B 2IZTA 2P2HA 4Y73A 5T6KA 3BU6A 3ZFXA 2YJRA 2XM9A 2YCSA 1Q8UA 4RC2A 4UALA 5HCXA 4FA2A 5LWMA 1NY3A 3OXZA 2XNEA 3FSKA 2EB2A 1OIYA 4KNBA 4B4LA 4LGHA 3TV7A 4EEVA 1PKGA 2PTKA 2HZ0A 2REIA 2JKMA 3COMA 1AD5A 2ITXA 3SG9A 3W2OA 5EYDA 3N9XA 3Q9XA 4USDA 4EHEA 5M57A 5L2SA 4JAIA 3JY9A 3M42A 2FO0A 4RWJA 1S9JA 3QCXA 4EOJA 2YACA 2XMYA 5J79A 3OCBA 3GVUA 4A9SA 4E26A 3VBTA 5ANIA 5L8KA 4HVIA 3FMEA 2OXXA 4AE9A 5JN2A 4J8MA 5BUIA 4FVRA 2VV9A 4UV0A 3RAIA 4E73A 2OF2A 2GNIA 3VS5A 5H2UA 4AW5A 3UQCA 3DAKA 3F5PA 1M14A 2BZKB 3CQEA 4IZ7A 3NSZA 4QYFA 3R7IA 4ANSA 4OGRA 4ZP5A 3WI6A 3N51A 4QQCA 4HYHA 3F3TA 3MDYA 5LMBA 1P4FA 4G6LA 4DGNA 4BKYA 4RA4A 3IW8A 3OT3A 4W4WA 2CGUA 5IH5A 1XH5A 4JR3A 4FTNA 1WVXA 2JAVA 3NNUA 2BZIB 2JAMA 4XBUA 3W8LA 4EZ7A 3GOPA 2XNGA 3GBZA 4F7JA 3CD8A 3KL8A 4M12A 4R3PA 5AUVA 1H01A 2PYWA 4XMOA 3UGCA 4YJVA 5HLWA 3IW4A 4QP3A 1MRUA 5J87A 2B9IA 3QYWA 4EJNA 1H1WA 4MD8E 5CENA 4RFZA 2I7QA 3PRFA 4G5PA 3BWJA 3HA8A 5E8TA 2VTAA 2VTJA 3ETAA 3C4EA 5AP1A 2XBAA 3VUTA 4PMSA 3A61A 4O6EA 4MBLA 1Q8ZA 2CHLA 1I09A 3CIKA 4FZAB 3FL4A 3Q2JA 2Z02A 1LR4A 2QNJA 5GIOE 3R1QA 4MBJA 3QTQA 3R6XA 4F7NA 5CAVA 2J51A 2VWIA 3QHWA 2V55A 5AR3A 2OU7A 2BILB 3GU8A 4JQEA 4QT1A 2OJ9A 2Q0BA 3PVWA 5HBHA 2WZJA 2RG6A 4TT7A 3ATTA 5AEPA 2XK8A 4ACGA 4M68A 4EL9A 5TOZA 4FKPA 4GU6A 4QMOA 1PMUA 3GXLA 5CXHA 5CF5A 2XEYA 4I22A 5EM7A 2H96A 5C27A 5C03A 3E8CA 3O8PA 4OT5A 2VX0A 3BGPA 3F3WA 3G0EA 4IW0A 3VJNA 2V7AA 4TWPA 5HICA 2R4BA 2PUUA 4DEHA 4FBXA 4CG8A 4BDDA 5IMXA 4BY9E 1NVSA 3MH3A 4FTOA 5HBEA 1OPJA 2OIQA 3KQ7A 3WYXA 5GINE 1RQQA 4H39A 4O7NA 4QMVA 5DIAA 4MXXA 4BDEA 3O51A 4YJTA 4QYHA 4EK4A 2W7XA 3R63A 3R30A 3DXPA 4YGAA 3V5PA 4F0IA 4ASDA 2ZJWA 4FKOA 3Q4UA 4LOQA 4U3YA 3IQ7A 3TKHA 5HHWA 3ZEPA 1PXLA 2BRBA 4MD7E 2A4LA 1BLXA 1OIRA 2O65A 5LVLA 5JRSA 5GNKA 4D2RA 1YHVA 3F6XA 2HWOA 2VN9A 3AMBA 3BU5A 1SZMA 4NL0A 3GC9A 5DR6A 3O7LD 4JBOA 3VQHA 3G9NA 2VTIA 5DE2A 3SV0A 4BF2A 4I5PA 4GG7A 3OC1A 1TQMA 3FI3A 4MCVA 2QO9A 1WZYA 5EYMA 2XNNA 1ZXEA 2E2BA 2YM4A 3HRCA 3DJ6A 4HZSA 3NAYA 4KKEA 3BU3A 2H34A 3OWPA 4H3QA 5CXZA 2QOLA 3F66A 4FIFA 4D1ZA 3U6HA 4GK3A 4D9UA 2RG5A 1J7IA 5TF9A 1DAYA 5KBRA 3ZCLA 4EC9A 4X2GA 1APME 4LV5A 4UB7A 5JGAA 3AC3A 3P5KA 2W06A 3CXWA 3HZTA 3IECA 2F7ZE 4WT6A 3Q5IA 4E5AX 2RFEA 4ZJVA 4BCQA 3Q3BA 4FSRA 4BBEA 1H4LA 4YJQA 3ORPA 3QRTA 4FVQA 5KMJA 3Q6WA 5JK3A 4EQUA 1ZMVA 3PTGA 2I0HA 1MRVA 4IIRA 3ZHPC 1FINA 5EH0A 3F2NA 3P1AA 4GYGA 2GS7A 5A4CA 4Y95A 2R3KA 1DAWA 3GFEA 3WZUA 5C8MA 5HVJA 5JGBA 2C6IA 2IVTA 3ANRA 5HI2A 4FL2A 2H8HA 2GMXA 4FV8A 4O0TA 2HW7A 4FTIA 4FIIA 4JIKA 2P3GX 4UXLA 4QPAA 3SOCA 3P78A 3V8TA 4X2JA 3W55A 4BKZA 5EKOA 4JQ8A 1OKZA 4TNDA 1H08A 4YSMA 5ICPA 4DT8A 4MXYA 4I5MA 3NVKI 5TKDA 2BHHA 5FDPA 3OCGA 3Q9WA 4GCJA 4AA5A 3C0GA 2Y0AA 4ITIA 1B38A 3DBEA 3MY1A 3A60A 2QC6A 3P0MA 3HDNA 1OPLA 2EWAA 3CTQA 3QCQA 3CLYA 4EK5A 3R00A 2AUHA 2X8EA 2XK3A 2NPQA 4FYNA 2C30A 2X1NA 4DBNA 5FXRA 4IVDA 3FQHA 4KIOA 4H1JA 5CQWA 3UG1A 3MFTA 1YWRA 2P0CA 3NW5A 3VS3A 4DEEA 3ZUTA 4OBOA 5E91A 4EH4A 2YITA 4JDKA 5EG3A 2R3GA 3FPQA 3SG8A 1KOBA 2IVVA 2QVSE 4ZSLA 5CEMA 4I24A 4LQMA 2XIZA 3I81A 2IVSA 4CFVA 4OTPA 3H3CA 4FSQA 3MA6A 2UVZA 1J7LA 5DR9A 3FZ1A 3KRWA 3L8XA 4EOOA 4L68A 4F9WA 3SOAA 5BQ0A 4KAOA 3UPZA 1PXOA 3PG1A 3QRKA 2C4GA 4FSYA 3OWJA 4L44A 1LEZA 4HZRA 5EK7A 4X6QC 2VRXA 4AT4A 3DJ7A 3P7CA 3QBNA 3FZTA 4AGDA 3KF7A 5EM5A 3MW1A 3R8ZA 3ZBXA 2R2PA 3RPOA 2OWBA 5HNIX 5C4KA 4FNYA 5CS6A 1FGIA 3D14A 2W05A 3WOWA 5K9IA 2W1EA 4O0VA 5E8UA 3LFEA 3NCGA 3R7UA 2PUIA 4CEGA 3BLHA 3IOPA 4PMMA 3E88A 4RMZA 2HIWA 3CY2A 4KBCA 5DGZA 3EIDA 3UO4A 3SXFA 4LM5A 5C8KA 3BWFA 4GT3A 2XK9A 2XVDA 2HAKA 4LFIA 4Y46A 3HDMA 4AW1A 1F5QA 3FMDA 3ZO2A 4FODA 5I9VA 4FK6A 1H00A 5IZFA 2YIRA 4DH7A 1M17A 2WMWA 4AQCA 3UMWA 2NNWB 4FT7A 4O0WA 3NNWA 5BVDA 3COKA 3IG7A 1GOLA 2WFYA 2BKKA 5D12A 5KMNA 4ZSEA 2FSTX 4L43A 5TR6A 4XLIA 3NUNA 2YWVA 3FZOA 4G31A 3D15A 3O17A 2O0UA 3P86A 4YSJA 3MY0A 5FWKK 4TYEA 5H8EA 3MJ2A 3UMXA 4CV8A 4KKHA 3G51A 2B55A 3F3VA 3FHIA 4O6LA 3H4JA 2WAJA 3FZPA 5EHLA 5CF8A 3RINA 4UBAA 2CKPA 3F9NA 3UIXA 3C9WA 5CWZA 3GENA 3G90X 5LCJA 1H24A 3CCNA 1XR1A 3F5UA 2C5XA 4D1XA 5HIBA 5E8XA 3LMHA 2YM8A 2YN8A 4GMYA 5CU4A 1H27A 4FT3A 4R3CA 5D41A 3ZH8A 4PDSA 4Z9LA 2OJJA 5CSXA 4MKCA 3WZJA 4APPA 4O1OA 2W17A 3F2AA 4X7QA 5DT3A 1ERKA 5J5TA 1JLUE 4M3QA 4UXQA 2NP8A 1PMNA 4OR5A 5EDPA 3KU2A 4YNEA 3V5WA 4NKAA 2BRNA 4FIEA 4RJ3A 5HE2A 3FMKA 5HOAA 1WMKA 5BYYA 2ITOA 2QOIA 3LQ8A 3KRXA 5HG5A 5FEQA 3PFQA 3K2LA 3UP2A 4F9CA 3QX4A 3IS5A 4FTCA 4GH2A 4N0SA 3ZM9A 2VTNA 1H1SA 1OUYA 4FG9A 4XLVA 4FL1A 5EYKA 3OFMA 4NKSA 2JEDA 5EW9A 3NS9A 4P7EA 4QPMA 2VO0A 5DHJA 3BZ3A 4PNIA 5A46A 2ACXA 4MD9E 4R77A 2YM5A 3FLNC 4XG6A 4AZFA 5LJJA 3NX8A 3RAHA 3EHAA 4MBIA 3NYVA 2QI8A 4R5SA 2EXCX 4F7SA 1PJKA 5A9UA 3CPBA 3ORIA 3OZ6A 1ZARA 3CE3A 4TPTA 3OY1A 4Y72A 4ZLOA 4MXZA 4USFA 5C4LA 2PL0A 3O50A 3D7ZA 5D9HA 2PVYA 5KMKA 2YWPA 3D94A 5BVFA 1OZ1A 4ZEGA 1REJA 2A19B 1VYZA 5A6NA 5E7RA 2X8DA 2XH5A 3C1XA 4P5ZA 4LMNA 4TKSA 5E92A 3ZSGA 4BTFA 3V01A 5IA3A 3E7VA 4JX3A 3F7WA 3LCSA 3G6GA 4PL5A 4FR4A 3R9NA 3BQCA 3KULA 3KGAA 4ITHA 1W7HA 4XP2A 4EYMA 5IDPA 2UVXA 1KE7A 3Q4CA 2BZHB 3KULB 5FM2A 3MESA 3BHUA 2O2UA 4FGBA 3PA4A 5C26A 4BGGA 1NT2A 3P08A 1Z5MA 4BCKA 3EWHA 3GGFA 5JQ8A 4QYYA 2YLEA 4ENXA 3EZRA 4BZDA 1OVEA 3MH2A 2HZNA 2VTOA 5E8VA 1JKLA 2PMIA 4IC7A 1S9IA 5ANGA 1XH4A 2G01A 2XNOA 3L8PA 4EZ3A 4HGTA 5EI8A 2WMBA 1WFCA 3LVPA 4ZIMA 3EFKA 4JQ7A 5BUEA 2B0QA 3BQRA 2UW7A 3BGZA 2DQ7X 4K33A 3RPYA 3QA0A 1R0PA 5B2MA 2UW3A 4IE9A 2WIHA 3F2RA 3EKNA 2R0UA 5HVKA 5J1VA 3DXNA 4HYSA 3QQKA 4PDYA 4J71A 4HNIA 4UMQA 3WIGA 4E3CA 5L4QA 1UA2A 4ASXA 3TDVA 5E8ZA 2HZIA 4OUCA 1XJDA 2VAGA 4WUAA 3KXMA 3ROYA 2WMRA 4YJPA 4L00A 3QX2A 4PV0A 4ACDA 2Z60A 2YDIA 5IQBA 2E9PA 2I0YA 2OGVA 3QTUA 2CNUA 5IQHA 1W83A 3OBGA 3D7TA 3FMMA 2UZTA 2QU5A 2X8IA 2PZYA 3I5NA 2R7BA 4R5YA 4RJ6A 3KN6A 3D7TB 3Q52A 2ZV8A 4F64A 2PWLA 3KK9A 4C37A 3G15A 4LOOA 3IDCA 3DBCA 1CTPE 5IISA 5IEYA 3QUDA 4QMLA 3MA3A 4PRJA 5BYLA 5JFSA 3PA3A 2OICA 1R78A 3JVSA 4O2PA 3NRMA 4RVTA 2V7OA 3ULIA 4EUTA 3I6WA 4U6RA 3EFJA 4AAAA 2GHLA 3VBXA 2WEVA 3HMPA 3BELA 4R3RA 4I6HA 2YDKA 4EONA 5CEQA 2Z7LA 3KXZA 4KSPA 1K9AA 2C6DA 4B8LA 4CZTA 2WOTA 3VUHA 3A62A 4FTTA 1ZZLA 1JSVA 3NW6A 2YZLA 2HK5A 1J91A 2EU9A 2OIBA 2ZB0A 3EH9A 3OOMA 3C4XA 2WU6A 4FTRA 4QMWA 4XJ0A 1OBGA 4ZY6A 3COIA 2Y4PA 4IC8A 4FV1A 4L3PA 5IKWA 1IAJA 1GNGA 5AM6A 3WBLA 3DJ5A 2W1HA 3DB6A 3D5WA 5CF4A 5HLNA 4I21A 3IW5A 4XOYA 4EH9A 2G2FA 3GB2A 3KA0A 1QPJA 3G2FA 4IX3A 4MXAA 4U8ZA 5JFXA 4CQEA 4ALUA 5AP3A 2CJMA 3UPXA 3UVPA 4DLIA 5HE1A 4W4VA 4WOVA 3NZ0A 3Q32A 3C7QA 3LFAA 3A4OX 2PMOX 1A06A 2PZPA 3MH1A 4NIFA 5J95A 2VX3A 3QRJA 1VR2A 5DN3A 4QO9A 3U4UA 4EK3A 4NIFB 3UO5A 4C36A 3FEGA 3FI4A 2WMVA 3AQVA 2J6MA 4NH1A 2UW0A 3ZM4A 5D7VA 5JZNA 3H9RA 4EOPA 2PVKA 4ALWA 5CQUA 3TUCA 3FXXA 1URCA 3C5UA 2H9VA 3AGMA 2C3LA 2ITVA 5G6VA 3R8UA 3OD6X 4TRLA 3FY2A 4IDTA 2CKQA 2J9MA 5AV1A 4ACMA 1SVHA 4K8AA 3LXLA 4QQJA 3UTOA 2PUPA 2UZVA 3QCSA 5I3RA 1SNXA 3O23A 4BTKA 4C4IA 2WEIA 4BIDA 3LQ5A 5HTBA 4YZNA 4BL1A 5IA1A 2C6OA 4BR3A 5IPJA 1DS5A 2YIWA 4U5JA 2VGPA 4NSTA 4DFBA 4XG8A 2WMUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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