2VO7A

Structure of pka complexed with 4-(4-chlorobenzyl)-1-(7h-pyrrolo(2,3- d)pyrimidin-4-yl)piperidin-4-ylamine
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
337
structure length
335
Chain Sequence
SVKEFLAKAKEDFLKKWENPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHMETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFSEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Identification of 4-(4-Aminopiperidin-1-Yl)-7H-Pyrrolo[2,3-D]Pyrimidines as Selective Inhibitors of Protein Kinase B Through Fragment Elaboration.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bos taurus
molecule keywords CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT
total genus 107
structure length 335
sequence length 337
ec nomenclature ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2vo7A01
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2vo7A02
4C33A 5L6PA 4YTIA 5HBJA 2UW7A 3EQFA 5HBEA 4G9CA 4XG4A 3RK7A 5A46A 3KMMA 4DCEA 4FNYA 4HYIA 4OT6A 4Y72A 1QMZA 2HYYA 3E8NA 3FMMA 3F5PA 2WTWA 2BKZA 4XMOA 5HQ0A 5BYLA 4E26A 4APCA 2YACA 4IAYA 3PVUA 4LRJA 1Q99A 2DWBA 2Z7RA 4L7FA 4RGJA 4WKQA 5CF5A 1OM1A 2REIA 2X4FA 1MRVA 3HV7A 4E6DA 3LFDA 3WZJA 4ZEGA 3DKGA 4BBFA 2WELA 1Q5KA 5I3RA 2VWIA 2ETRA 4YJOA 5AP5A 3FLZA 4O0TA 3QRIA 3LXPA 3OBJA 5CT0A 3V5LA 4R1YA 2YAAA 4IB0A 2YZLA 4YZCA 3VS2A 5HE1A 3FZRA 3ORPA 4B6LA 2AC3A 5EI6A 2E9UA 2J9MA 4K18A 5ETFA 3BWFA 2YZAA 3CD3A 3RAWA 2YM5A 3MFUA 1FGIA 1XJDA 4DE4A 4KIPA 4FKPA 5CSHA 1SNUA 4E4MA 3PIZA 4EHEA 4I92A 5D41A 4BI2A 4FIGA 2PVHA 3FSFA 4X0MA 3FZ1A 4U44A 3ATTA 2XS0A 1U46A 4FEVA 2YDJA 3QTZA 3H0YA 4PTGA 3IDCA 4FSNA 4X3JA 4XOZA 4HVGA 1KUTA 3TM0A 5HTBA 3A60A 3G15A 1M2QA 2OIDA 3M2WA 5M4IA 4ALUA 3R7EA 4OTGA 4FEQA 2GNIA 2XA4A 4J1RA 2C30A 4MHAA 4BCGA 2I0HA 1ZYDA 2QHNA 3LM0A 5KMIA 4MK0A 3PPKA 3MH2A 5C9CA 1H08A 4JBOA 4AZFA 4OTPA 1OL6A 1NVQA 4FTTA 5AP0A 3DQWA 3TIYA 5KMJA 4QTCA 5JZNA 1ZY5A 4IHPA 3AT2A 5AAEA 5HE3A 2VTMA 3R7VA 2QHMA 4G2FA 1XR1A 5EW9A 4CFVA 3TXOA 3VUTA 2R4BA 2BIKB 3MV5A 3R7OA 4EZ7A 1FINA 4ZLOA 3PE2A 3RK9A 5BX0A 5LWMA 4AZVA 4B9DA 3ZSIA 4BZNA 2FSLX 5E8TA 2HXQA 2JDOA 3OEZA 3ZSHA 4IVBA 1F3MC 4CKRA 4CMOA 2C6EA 3F3ZA 2QOHA 3LW0A 1OUYA 2P3GX 2F49A 3GCPA 4I0RA 3TTJA 4JJRA 2WFYA 4EZ5A 4JG7A 5DR9A 3ZXZA 3IO7A 3ZRMA 4OBQA 4HGEA 3ENMA 4RWKA 5HGIA 3E3BX 4NIFA 5I5ZA 1AQ1A 2FSMX 3FLQA 2PVMA 4UEUA 3HYHA 3LCSA 5EM5A 4XEYA 1EH4A 4J8MA 4EEVA 2X2MA 4RSSA 4EH7A 1CKPA 2W1FA 4JOAA 4XRJA 5JQ5A 4TYEA 2BRBA 4BDKA 4E5AX 3REPA 3AD6A 4RIYA 2WOUA 1XH8A 1U54B 3FV8A 1PYXA 3NRMA 4IFCA 3SXFA 4S2ZA 2O63A 2BRNA 5HTIA 2Y6MA 1SVGA 3LFFA 3PA4A 4RX9A 5IUIA 3R2BA 4H3BA 2ZJWA 1IA8A 3V8SA 2DQ7X 5GZ9A 3TJCA 3UG2A 3OCSA 3FY2A 4AWIA 4BIBA 5H2UA 4CLJA 3NYNA 5KBQA 4EOLA 4EH2A 5A4QA 3KCFA 1YOLA 2XIZA 2ITVA 1YXTA 4PDPA 3VS4A 5A6NA 1R39A 4DH8A 1YRPA 2X7OA 4J99A 2WAJA 3DJ6A 3MJ1A 5LVMA 3PWDA 4EC9A 2J90A 3SW7A 1FVTA 2Z7SA 3VIDA 3K3IA 4RJ6A 3ZLYA 1ZYSA 3MY1A 2QD9A 4HYHA 1B38A 3OW3A 3QQUA 4IAAA 5HCZA 1TQPA 2UW8A 4ZZMA 2XK3A 3MVHA 2JIUA 3VO3A 2WMQA 4QPSA 5JFXA 3QGYA 2C6LA 1JSVA 1LP4A 3DDPA 1VYWA 3FHRA 3FKOA 4Y46A 4F7LA 3ATSA 4O83A 3LXLA 5J8IA 3HVCA 5K5XA 3ORIA 3W2OA 1MQ4A 5FGKA 2HZ4A 3DFAA 3DFCB 4C3PA 4BIDA 4ZMFA 5C8NA 1U5RA 4MCVA 5CT7A 5JN2A 1PXLA 4PPCA 4IADA 3JR1A 2EB2A 3NDMA 3FC1X 4Y73A 1MQBA 3OS3A 4GRBA 1REKA 4JLCA 4ANMA 3PTGA 1GJOA 4BCKA 4UX9A 3LFAA 4XS2A 3VQHA 5CU0A 4G5PA 2OICA 4TXCA 3V6RA 3BGZA 4GW8A 4JAJA 3DK3A 3CGOA 1GIHA 2ITOA 4ZS0A 3MI9A 4APPA 3MFTA 1OL1A 1KSWA 3LFBA 4OTHA 5CY3A 1SYKA 3N9XA 1OKYA 4GYIA 3ZOSA 3ORXA 5LCJA 3HECA 4AW2A 4WSQA 2CLXA 2ITQA 4MXZA 5G6VA 1E1XA 4F7SA 4JDJA 4LL0A 3R21A 4QYHA 4XP0A 5CZHA 3R7UA 5LVOA 3ID6C 2HWPA 2H9VA 2P0CA 3FAAA 1APME 4KWPA 4YZDA 3MTFA 2OJGA 3DAJA 2OZAB 3IG7A 3FZSA 4U79A 1BI7A 4O22A 5CZIA 3BLQA 4FSUA 2BAKA 1RJBA 1H26A 3CTHA 5DVRA 1Z57A 2DUVA 4PPAA 3Q9YA 2W1GA 3FXZA 3L9LA 2CDZA 5IQAA 2IJMA 4KRCA 5I9UA 2FGIA 2X0GA 4O0SA 3DV3A 3I1AA 2OGVA 5FP6A 2R3NA 3LE6A 2EWAA 2WMUA 1G8SA 4FV8A 4LGHA 4NK9A 1ZYLA 4YZBA 2V7AA 5CXHA 2PVYA 2EU9A 2PVJA 2WTDA 3BHVA 4FUXA 4QNYA 3UVPA 4C4JA 3FMLA 3OOGA 4FSZA 4EHGA 2WTIA 3A7IA 3QXPA 3S1HA 2GHLA 3R83A 1OVEA 1PMVA 2YITA 3KXMA 4EK8A 4EZ3A 4J98A 5FLFA 4AW5A 4F0FA 3QQGA 5FQDC 1NW1A 4TWCA 3KXHA 2JKQA 3ZDUA 3ZUTA 4TWOA 4JDHA 4QPAA 5E8UA 2B1PA 4A7CA 3UQGA 5LJJA 4O6EA 2RGPA 5K9IA 3W2RA 4FGRA 5JMSA 2W4KA 3BCEA 2FO0A 4QMXA 2OF2A 3Q9WA 3UIMA 3KFAA 4CFXA 1NT2A 2ZV2A 1FVRA 2ZM1A 3KQ7A 2RL5A 4WG5A 2OIQA 5AR7A 4IANA 5ANJA 3NX8A 3CBLA 4BGHA 3HEGA 4QD6A 4FNZA 4IXPA 4WNMA 4EH3A 2VWZA 3AMYA 3F2AA 3H0ZA 3GOKA 3OD6X 4CCUA 4FL3A 5I9WA 5E1SA 1H1PA 4E3CA 2JIIA 3OT3A 5ETAA 2IW8A 5JFWA 5E8XA 1H4LA 3SLSA 4Z9LA 3PJCA 4M84A 4NWMA 1XH6A 4WT6A 4E4XA 3Q5IA 5K5NA 2WTCA 4DT8A 4ZZOA 3HV5A 3POZA 3R1NA 4DGLC 4BWKA 2J0JA 2I0EA 4HNFA 5EH0A 4ZSGA 1O6YA 2ZDTA 5EW8A 3H30A 2VN9A 4YBKA 4FBXA 3IPHA 4ANBA 4D28A 3DOGA 2HIWA 2ZM4A 3ZUUA 3MPMA 4DLIA 3V51A 4DEDA 5CU2A 4C4FA 3FQSA 3Q2JA 5B0XA 3MW1A 5BMSA 3ZLSA 3Q9XA 4MEDA 3P7AA 1GZKA 3EFJA 4PF4A 5EM7A 3WE8A 4QYEA 2DYLA 3UMWA 3W18A 1YI4A 4U45A 4XG6A 3AG9A 4C4HA 2QR8A 2BAQA 3DJ7A 1OZ1A 2J7TA 2IVVA 5EHOA 3OCGA 4CT2A 2P2IA 4L3PA 4D9UA 2RG6A 2B54A 2VWBA 3FSKA 2Y4PA 2W1CA 4JRNA 4JQ8A 4NSTA 1JBPE 4O21A 4AU8A 1S9JA 4UZHA 4FSMA 5JGDA 2CLQA 3OZ6A 1YHWA 4K0YA 4KIOA 3BX5A 4G16A 3VS3A 4C35A 5HG9A 4QMNA 4QP3A 1ZAOA 3A4OX 4RZWA 4PPBA 3WE4A 4F7NA 2GQGA 4UMTA 3B8QA 2YERA 4P90A 4XG3A 5CVGA 3RTPA 4BY9E 2E2BA 4YJVA 3TKIA 3RPYA 3JVSA 1R78A 4WNKA 3TZ9A 5HNIX 4UMQA 4DF3A 2C5VA 5BVEA 2C0TA 5IH4A 4FK3A 2E9PA 5AV1A 3ZFYA 1V0OA 4DEBA 3OXTA 3C0HA 2BPMA 4NT4A 2QO9A 3QRKA 5CEMA 3HRFA 3HL7A 3LFQA 3QTUA 3ZC6A 3BPRA 4IDVA 4BN1A 3LJ0A 3OUKA 3ZCLA 4H58A 1V1KA 3KU2A 4PNIA 5IQIA 3DXQA 4C4GA 4C2VA 5JGAA 1M2PA 4EJNA 4W9XA 5IKWA 3AD4A 3QHRA 2OW3A 2VU3A 5EKOA 3UIBA 3PA5A 3D5WA 2ZV7A 3QKKA 4CRSA 4RC3A 3OP5A 4B4LA 2KTYA 3VRZA 2UZVA 4ALWA 3O23A 2X1NA 1UV5A 4ZP5A 4M69B 1Q8UA 3VS7A 3QLGA 3NUUA 2O65A 3SOAA 3FYKX 3IW5A 1A48A 3RPRA 5HLPA 4ZK5A 4FTKA 4L42A 2ITTA 4WG3A 4OW8A 4F1OA 2UZUE 5KMNA 3IQ7A 4IVAA 3ZRKA 5A4TA 4HOKA 3ZDIA 4E7WA 4L7SA 1P4FA 4FVQA 5CANA 1J7LA 3DGKA 3F61A 4BDDA 4USEA 5ANIA 1CM8A 1TQMA 4ANLA 4I21A 4K9YA 1IA9A 1XBCA 3I79A 1I44A 3LIJA 3RWQA 4KNBA 4IM3A 3RNYA 4PL4A 1FVVA 5F9EA 3C4XA 5DFPA 5IQEA 2XM8A 2J5FA 3F3VA 4BCPA 1YXXA 2WGJA 2OF4A 2O0UA 3HMNA 1K9AA 1FMKA 4XYFA 2O64A 3EOCA 3NYXA 1Z5MA 2QQ7A 3HGKA 3IOKA 4LYNA 5H9BA 3H4JA 3NMUF 4DEHA 3NIEA 4TPTA 4CFUA 2FSTX 5AUYA 3FMNA 4K11A 3ANRA 4QNAA 5CENA 4FSTA 2XIRA 4AUAA 4I6FA 1RE8A 3GU8A 3GCSA 1QPDA 3QKMA 4X7QA 2YDIA 3DZQA 4L67A 3FEGA 4RVLA 3ZO1A 1U54A 2BAJA 1R3CA 5E8ZA 4JX3A 1Y6BA 5HE0A 5HX8A 3QL8A 1ZYCA 3KF4A 4TL0A 3EN7A 3PSCA 2C0OA 2UW6A 3JUHA 1FQ1B 1OKWA 4UYAA 2IZRA 3RJCA 4F65A 3ENHA 4AXAA 4X2KA 5DN3A 3GC0A 2P4IA 4DEEA 5KUPA 5H8EA 3O96A 4IBMA 4X6RA 2VX1A 3P79A 5K0XA 5IQHA 4LOOA 4FK6A 4EQUA 1ERKA 4A4LA 3C51A 4PMPA 3VN9A 2IG7A 4BDEA 4B8LA 2BUJA 4OLIA 4BTMA 4C3RA 1JAMA 4IX6A 2CKEA 3RK5A 3UO4A 2J50A 3WZDA 5IA0A 4U81A 3HAVA 3E8EA 3UMXA 2QOQA 3DKFA 3LQ8A 4RQKA 4OBPA 1AGWA 4YPDA 5HNGA 4RC4A 4WNOA 3HV6A 3FQHA 4OTDA 4R7HA 4V05A 3E5AA 3N4VA 2PMOX 3DXPA 4QTAA 1ZMWA 5HKMA 4G3EA 2OH0E 3QQFA 3QCQA 5CI6A 3BKBA 4BCOA 3IDPA 2YIRA 1T46A 2O8YA 2H6DA 2YLFA 3BBTB 5H8GA 3EIDA 1V0BA 3P23A 3ZBFA 4YHFA 2ZV9A 3DBEA 4YGAA 3OXZA 2YWPA 5FXQA 5HO7A 5ITAA 4X3FB 2BVAA 2R3RA 1YKRA 3BHHA 4QMWA 3UO6A 3BHTA 2R9SA 4B7TA 4H39A 4EK3A 4NW5A 2QU6A 1J91A 4W4WA 1Q8TA 4QYFA 4WO5A 3CC6A 2B9HA 3U6JA 3PFQA 4H1MA 5E91A 4RJ7A 5JFVA 2I7QA 3V5TA 4R5SA 1WCCA 2WKMA 5T3QA 2CNUA 2GPHA 2J6MA 4ITHA 2WU6A 4FKLA 2PVRA 1H07A 2CKQA 3FLYA 5G1XA 4R8QA 5H3QA 4A06A 3PJ1A 4QMUA 4F09A 3EN4A 4S33A 3R1QA 1DAYA 3P9JA 4QMYA 5EDQA 4B8MA 3ZSGA 5E4HA 4IAIA 1Q3WA 5EK7A 4FV7A 4Q2AA 4FZDB 1KE8A 2X2LA 4O7SA 4MNEB 2IN6A 4ACGA 3PSBA 4NTSA 3HUCA 1MUOA 3OUNB 4YPSA 2XK9A 3NPCA 3G9LX 4FC0A 3WARA 5M4FA 4H36A 4FVRA 4W4VA 4HZRA 1DI8A 3FL5A 1LPUA 2QOLA 2XBJA 4RIXB 3IW6A 3O50A 5ANGA 5L2WA 3BYVA 4GUEA 2ERKA 3WIGA 5IUHA 3F69A 3TZ8A 4EORA 5A4CA 1KV2A 5D1JA 3CQEA 4XV3A 4CSVA 1KE9A 2PYWA 3Q04A 3DU8A 4FTQA 4NUSA 4FIJA 3BU3A 3ZU7A 5JQ8A 3JYAA 1QPJA 3R9NA 4FKOA 3QC4A 4K33A 3UTOA 4A9UA 4EUTA 3KN5A 3L9PA 5M57A 4FTJA 3OC1A 4X6QC 1P4OA 2H34A 2ZAZA 2WZJA 1ZZLA 2E9OA 4HGLA 5CVFA 2XZSA 2BR1A 5KZ0A 4A07A 3PUPA 4DEAA 4BTJA 4EWHA 2A2AA 5LQFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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