2YITA

Structural analysis of checkpoint kinase 2 in complex with pv1162, a novel inhibitor
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
300
structure length
286
Chain Sequence
VYPKALRDEYIMSKTLGSGACGEVKLAFERKTCKKVAIKIISKLNVETEIEILKKLNHPCIIKIKNFFDAEDYYIVLELMEGGELFDKVVGNKRLKEATCKLYFYQMLLAVQYLHENGIIHRDLKPENVLLSSQEEDCLIKITDFGHSKILGETSLMRTLCGTPTYLAPEVLVSVGTAGYNRAVDCWSLGVILFICLSGYPPFSEHRTQVSLKDQITSGKYNFIPEVWAEVSEKALDLVKKLLVVDPKARFTTEEALRHPWLQDEDMKRKFQDLLSEENESTALPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-Ray Structures of Checkpoint Kinase 2 in Complex with Inhibitors that Target its Gatekeeper-Dependent Hydrophobic Pocket.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
total genus 88
structure length 286
sequence length 300
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2yitA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2yitA01
2E9OA 4GH2A 4Y85A 5IEYA 4MCVA 4CMUA 5JKGA 3IOKA 3EQRA 5B0XA 5IU2A 4BTKA 1KOBA 3CTJA 1P4FA 3P7BA 1G8SA 2OO8X 2CKQA 4E73A 4B99A 3A8XA 3EZRA 2F9GA 1CTPE 2GNFA 2GS6A 4AFJA 3KKVA 2X8IA 2FVDA 4TL0A 4D5HA 2EU9A 2QU6A 2PVJA 4RLLA 4C37A 1CSNA 3ZRKA 4RIOA 2YA9A 4OBOA 5EYKA 2C5NA 3GCUA 3ZUTA 5HCXA 4J99A 2JC6A 4C4FA 3FI3A 4FL1A 5HX8A 4GK3A 2GHMA 4D2PA 2YIWA 4FG7A 1ERKA 2X6DA 4AS0A 2J0IA 3EZVA 3ENHA 2OJGA 4WSQA 5HG7A 4AOJA 5LVOA 1OIYA 3HGKA 3Q6UA 3WZUA 5I9YA 2UZWE 3R7GA 4YJNA 4O6LA 2WMTA 4WKQA 3AGLA 4EOQA 4O0SA 2PVFA 5TE0A 3F7ZA 3QU0A 5A4LA 1XH9A 2GU8A 4NU1A 3NUAA 4ANBA 4UWCA 2X2KA 4AX8A 1YDRE 1JOWB 4M68A 4AE6A 4RC3A 4G31A 3WOWA 3BHYA 5DFPA 4ZP5A 2A19B 1WBOA 2YAKA 3MA3A 5FLFA 2PMLX 2BRMA 3U4WA 5J5TA 4UXLA 5CF5A 4DFYA 4YTHA 4I24A 4E7WA 3P4KA 4EH9A 3EFKA 5IQCA 3SOAA 2YJRA 2BTRA 2PVRA 4MD8E 5DPVA 3VS5A 4JI9A 5HIEA 4RZVA 3UQGA 1VYWA 5LXMA 4U44A 4O7YA 2KULA 3LQ8A 3PVGA 2Q0BA 2UVZA 5AUYA 3OBGA 4FSRA 3EN4A 4LL5A 4YLLA 1JAMA 2Z02A 3M42A 4GFOA 4WIHA 3AD5A 4PP7A 3UJGA 4L52A 4F9BA 4M12A 3HA6A 1P5EA 2XBAA 5G1XA 3RPRA 4DTAA 3Q6WA 1Q61A 3PPZA 4ZTQA 2VX3A 5IQFA 3A7IA 4RX8A 4IVCA 5HO7A 4PTEA 3W2RA 1ATPE 1BYGA 1L8TA 3U55A 3DZQA 4QPMA 3ZSHA 4W4WA 2EXMA 3GCQA 1H4LA 3SXRA 4OTGA 4EOKA 4F9YA 2QOKA 3G6HA 3IK3A 1J3HA 3QWJA 1Y57A 4LM5A 3V5PA 4JBOA 3TDVA 2BIKB 4ACDA 1JNKA 4C8BA 5L6WL 4ASZA 3LMIA 1ZYCA 2YCQA 4D2RA 2ZM4A 5TO8A 3KMMA 5BVFA 2PVNA 2J0KA 4EKKA 5KCVA 2W1HA 4R6VA 2Q0NA 4XRJA 2HXLA 4WD5A 4R5YA 4MXAA 1Q8TA 3GFEA 3LXKA 3GU8A 2BFXA 1AD5A 3EYHA 4UWYA 3WF5A 3FMEA 2UVYA 3WYXA 2KTYA 1YVJA 4K11A 4TYHB 5ANEA 3VS4A 4S33A 3PE1A 2UW6A 3FMKA 2C6EA 4FTAA 3VUMA 5A4QA 2PL0A 5EOLA 3VF8A 5HTCA 2CN5A 2VNYA 4GEOA 4AXAA 4C58A 5TKDA 2JEDA 3ZC5A 4N6ZA 3TUDA 2OXXA 1IR3A 4UXQA 4IB5A 3QUPA 2XK4A 3DFAA 5EM5A 2C5OA 4LUEA 3ZYAA 4CRSA 4EWQA 5L2IA 4LFIA 3F3TA 1XBCA 3MPAA 3HX4A 4IX6A 4WUAA 3E5AA 5L6OA 3ZFMA 2QOHA 3QTIA 4EQMA 3RM7A 3DTCA 1UWJA 4FIHA 4X7QA 5AUUA 4IVAA 2GHLA 4EOIA 3KQ7A 2HZ4A 4YO4A 4BWXA 4OW8A 4BB4A 4HVGA 4F1MA 3O23A 3CEKA 2VO0A 4AW2A 1UU3A 4DT9A 5H9BA 3EWHA 3OP5A 3UOKA 4CT2A 4W4XA 2UW0A 2VWYA 3D2KA 3LFQA 3P23A 4O21A 3QUDA 3FEGA 5I5ZA 2CN8A 3AC1A 3TKUA 3EKKA 3OEFX 5E1SA 4AP7A 4FKLA 5AIKA 4F99A 3G2FA 4PNKA 1G3NA 2F7ZE 2I0YA 2Y4IC 5DNRA 1UU7A 4PX6A 2FYSA 3LIJA 1XWSA 3TNWA 3BGQA 3ORZA 2C6KA 4S31A 3NWWA 5GJDA 3Q4ZA 4O91A 4EJ7A 2R7BA 4N0SA 3D5WA 2QOLA 2ZDTA 5M53A 4IZ5A 4LV8A 3QQFA 4M0ZA 5F95A 3UOJA 4JRVA 4I21A 4X2JA 3PG3A 1PYXA 5E8UA 3WE8A 2ZJWA 1YWNA 3R8VA 1SVHA 5HG5A 2OF4A 2HZ0A 1PXOA 4GW8A 3VIDA 3DDQA 3JS2A 1STCE 4EOPA 2GCDA 3VHEA 3R1YA 4F4PA 2ONLA 4XS2A 4EC8A 5JFXA 3G9NA 2PZYA 3BKBA 3UIBA 4OUCA 2IVUA 1IAJA 3R8MA 3B8RA 3OVVA 2ZV8A 3CQUA 5EDPA 2W5HA 5AX9A 2EXCX 4UMPA 5AP2A 2B9HA 5IUIA 2XNGA 1OUKA 3E7OA 5CT7A 3ZM4A 3R73A 3ALOA 3DKGA 3PA5A 4XG8A 4A4LA 2CMWA 2V5QA 4IWPA 1L3RE 4ASEA 4EONA 4I6QA 5HCZA 2ZV7A 3JY0A 4QYGA 2W1FA 3KREA 5IEVA 3FKLA 1H26A 2CKOA 4L45A 3QZIA 3NDMA 3TXOA 4DEHA 1O6YA 2W1CA 3W32A 3QRIA 1XHAA 4H58A 3VUGA 4NM3A 3TZ9A 5HVYA 1WBWA 4ZLYA 4E6QA 4TZRA 3LE6A 3W2QA 2OKRA 4G6NA 4FKOA 4GL9A 3NSZA 5JZNA 4KINA 4XH6A 3TJDA 4YGAA 4ZK5A 4GKHA 4EOSA 3IQ7A 4M67A 4MXCA 2C5YA 2OXYA 1A48A 5L8JA 4IAKA 2BUJA 4B0GA 5CF4A 4K77A 4K1BA 3R2YA 1Q8WA 3BGZA 5JSMA 4NFMA 4UMRA 3LCOA 2X6EA 3FKOA 3ORMA 1IA8A 4GUEA 2R0UA 3KB7A 2OSCA 5L2QA 4KUJA 2YJSA 3DDPA 1ZZ2A 4ASDA 2VD5A 1GNGA 2ETMA 3HVCA 4D1SA 3C5IA 3FI8A 4RWLA 3TKHA 2E9PA 3CJFA 1JPAA 3EQFA 5ETAA 3R7IA 4GUBA 2WZJA 3VUHA 3KU2A 5JEBA 5HG8A 1K9AA 4CFMA 2QOOA 4USEA 3BYSA 3Q4UA 3SG8A 2PYWA 5BVWA 4M97A 4U42A 5CNOA 5DEYA 1TKIA 1IAHA 5CTPA 3MS9A 3ITZA 4R78A 5EH0A 5CU2A 1E9HA 4BBMA 4WG4A 2RFDA 4YZBA 4BI1A 5JH6A 4QO9A 4LGGA 2VX0A 3L8SA 5J79A 5J8IA 3H4JA 5AM6A 3KRWA 3VBVA 4CCBA 3O51A 5HORA 3MDYA 2BDFA 3C0IA 3P86A 4RJ7A 5BPYA 3R00A 4EHVA 5A4CA 5C4KA 4TWCA 3MVLA 3E87A 1YHWA 4R77A 1Z5MA 3NVKI 4P5ZA 5EHYA 5K9IA 3PA4A 5M4IA 1JSTA 3A61A 2R4BA 1FMKA 4I0SA 4FIJA 1H27A 3FLNC 4R1VA 4BDCA 5IQDA 3EQPA 3POOA 4FSMA 2CGXA 3BYOA 5HE2A 3N4UA 1GY3A 4QMOA 2HY81 2W4OA 3BU5A 3AG9A 3QTUA 4HVIA 2EXEA 3AD4A 3KRRA 3AC4A 1GZOA 2QHMA 4MVFA 3ZTXA 4HNFA 2B55A 2OW3A 4KIQA 4JBPA 4EUUA 3ZH8A 3C4EA 4JNWA 2Y0AA 5F94A 4AACA 5LVMA 2A2AA 4BFMA 4BCQA 3FL4A 1UV5A 3BCEA 1QCFA 4CFFA 2X4FA 1Q3DA 4QP9A 2OXDA 4CYJA 3ET7A 1T45A 4AU8A 4ZTNA 3IG7A 3AC8A 5L2TA 3LOKA 5EFQA 4L44A 5KMNA 2PUNA 4BVUA 2C6DA 5CAVA 4S30A 5CYIA 2ITVA 4EHZA 2A1AB 3EQBA 2XYUA 4QPAA 5FXQA 1EH4A 2W1DA 1QPDA 4D4SA 3I6UA 1Q41A 2YDKA 4DITA 3W33A 3VO3A 4FI1A 5IEXA 3FZOA 5BNJA 4QTCA 4O1OA 3LMHA 2GNIA 4QYYA 4UYAA 1YXVA 4RVTA 2EWAA 5AP6A 2CGWA 3TNHA 3QKKA 4RA4A 5EKOA 3ZCLA 3ZSGA 2FSTX 3RINA 2YCFA 4LYNA 5BYYA 4I5CA 5FD2A 4E4MA 5FDPA 2XK7A 4PDOA 1JBPE 2YAAA 2P55A 3BEGA 4KD1A 3HV3A 4FVQA 1Y8YA 4RSSA 5E7RA 4P7EA 4PDSA 4GV1A 3FE3A 4I4EA 3DV3A 3GU6A 3UE4A 4JIAA 5CSWA 3GFWA 5M4CA 5CWZA 4I4FA 4D2TA 1Q24A 4CLJA 4USDA 1FGKA 3RVGA 5M09A 2WMBA 2ITYA 5AP1A 2NRUA 4EWHA 4IADA 2WMWA 5LMKC 3FLZA 4DLJA 4CGAA 5GIPE 4CG8A 4DH7A 1DI9A 5AR5A 5ETIA 5CU0A 5LMBA 3E92A 5EQPA 2JDRA 3GU4A 4FSNA 5M08A 1TVOA 2YERA 4DTKA 4DTBA 5KBRA 3O17A 3NRMA 2RGPA 4KWPA 4S34A 3DK6A 2NP8A 2BRBA 4QP6A 5ICPA 3WI6A 2C5VA 1M2PA 3F66A 3ORNA 4DFBA 2C68A 4QMMA 2HAKA 2BAQA 3ZO3A 3EN9A 2PWLA 3EOCA 4FKWA 4CTCA 3FLQA 2HK5A 4BBFA 2HOGA 3I1AA 4BCHA 4WA9A 3WF9A 4DA5A 3EMGA 3BWFA 4LMNA 3GOPA 4G9CA 3KVWA 4YPDA 4C4HA 4F0IA 4DG3E 3QA8A 4FTKA 3FC2A 2Q83A 1WMKA 2ITUA 3R2BA 5HD7A 2QO7A 3MFSA 2QC6A 4Z9LA 3S3IA 3ORLA 4NM7A 3QQGA 4HCTA 3GOKA 4F7NA 4FGRA 1YKRA 4B4LA 5BQ0A 2YM5A 3Q3BA 3NNWA 3OFMA 3S1HA 4G34A 4NIFA 5CSHA 1KE8A 4GK2A 3DXPA 3DY7A 1M2QA 4O0TA 1E1VA 4D28A 3BV2A 4D0XA 4FZFB 2RG5A 3QD2B 2IW8A 4X3FA 4DCAA 4NEUA 3IW5A 4FNXA 5C4LA 3S2PA 1NVSA 4XLIA 5E8TA 5A54A 4B8LA 4ANQA 1CKIA 3VS2A 5EOBA 4KNBA 3ELJA 2HENA 1ND4A 4IWOA 1GOLA 2AYPA 2R5TA 2GSFA 3VHKA 5M56A 2F57A 4OTWA 4PWNA 2PZPA 1URWA 4J8NA 5HU9A 3U4UA 3C4WA 5L3AA 3LMGA 3O8TA 5AA9A 5HLNA 4E6CA 4QYEA 5IA5A 5JGAA 4XG9A 4U41A 3DLSA 4RRVA 4C62A 3MVJA 1IEPA 2YM3A 4MNEA 4L3PA 3IW8A 1JQHA 1M7QA 2ZB0A 1P4OA 3BQRA 2PUUA 3KXNA 4FZ7A 4JDIA 4NIFB 2BMCA 2XNPA 3DQWA 5E90A 4M66A 4C4IA 2BAKA 1QMZA 3FQSA 3FV8A 4RVMA 4S2ZA 3BLRA 1OL7A 1T46A 3NAXA 4CTBA 5KX8A 3BHUA 5K0XA 3LM5A 1OPJA 3ZLYA 3UIMA 3QTSA 3FPQA 3Q53A 4FT3A 1NA7A 5AP5A 3GENA 3KA0A 5CEQA 3CD3A 4FTRA 3RP9A 4F63A 1KWPA 3WIGA 1W98A 2BVAA 2ZV9A 3UYSA 4H39A 3QBNA 4APCA 1WBSA 2C69A 3JUHA 3SAYA 3Q60A 4MBJA 4Y8DA 2X4ZA 4EK5A 4GSBA 2WTIA 4Y83A 2C6MA 3NAYA 3QLFA 4EOOA 3QTXA 5E8WA 3TUBA 3NX8A 2YM8A 2PVMA 1FPUA 2AUHA 1V0PA 4G17A 2JKQA 4H3BA 1YDTE 4ERKA 2PHKA 5IA0A 3QGWA 1KOAA 4DN5A 4P4CA 4ZTLA 3COKA 4AGWA 4L3LA 4NKSA 4EHGA 2RFNA 3O71A 3MVMA 4FTUA 3KL8A 3QC9A 5LCKA 3ZZEA 1ZYSA 3KMWA 4RQKA 3W10A 3MY1A 4QP8A 4L3JA 2OIQA 5HI2A 1SNXA 4F0FA 3L8XA 3DKOA 3NUYA 3TV4A 3C4ZA 4PV0A 4O7ZA 4CKRA 4NKAA 2IG7A 2PMOX 3H0YA 3D2IA 4FKJA 4YJUA 3R83A 1H1RA 3SDJA 3JR1A 2BZJA 4U0IA 5IA1A 5D7VA 3IDPA 4RJ5A 5BVKA 4MF0A 3PLSA 4EOJA 4JG7A 1GJOA 3DT1A 3H9RA 3HUBA 5KE0A 5HVKA 4FV7A 2FGIA 2WO6A 5CAQA 5IUGA 5DR9A 3EN5A 4YZDA 3C0HA 3FLYA 4AOIA 4UMUA 4RIWA 4FC0A 2WTJA 2OICA 4FODA 1ZRZA 2R3JA 3UG1A 5HVJA 1WCCA 3FSFA 2X2MA 4RFYA 4XOZA 2BRHA 4O83A 4I92A 3UBDA 4EBWA 3R01A 4O0WA 4EK3A 4RLKA 2VTRA 4HNIA 4YBJA 5E8VA 1UU8A 4CZYB 4V05A 3AOXA 4BCFA 5GIOE 3FKNA 5LQFA 4CZTA 1MRUA 3KC3A 5AAGA 5D9HA 3NIZA 4BGGA 4EH3A 1U59A 4GVAA 4L42A 4GS6A 2W1ZA 4JQ7A 1YXTA 4IEBA 3NIEA 3ULZA 3ACKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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