3DFCB

Crystal structure of a glycine-rich loop mutant of the death associated protein kinase catalytic domain with amppnp
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
293
structure length
280
Chain Sequence
TVFRQENVDDYYDTGEELGSGKFAVVKKCREKSTGLQYAAKFIKKRRTKSSRRGVSREDIEREVSILKEIQHPNVITLHEVYENKTDVILILELVAGGELFDFLAEKESLTEEEATEFLKQILNGVYYLHSLQIAHFDLKPENIMLLDRNVPKPRIKIIDFGLAHKIDFGNEFKNIFGTPEFVAPEIVNYEPLGLEADMWSIGVITYILLSGASPFLGDTKQETLANVSAVNYEFEDEYFSNTSALAKDFIRRLLVKDPKKRMTIQDSLQHPWIKPPQFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title High resolution crystal structures of the death associated protein kinase catalytic domain with a key point mutation in the glycine-rich loop
rcsb
molecule keywords Death-associated protein kinase 1
total genus 93
structure length 280
sequence length 293
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2008-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dfcB02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dfcB01
5A4LA 3D9VA 2UW3A 3BGQA 2BDJA 4FTNA 5EYDA 3F2AA 4AAAA 1XBBA 2QC6A 2C1BA 3OXIA 4GIHA 4KABA 3NMUF 3RPYA 4JG7A 3DTWA 4UB7A 1AGWA 1YXVA 3O8UA 3QD0A 3GU6A 2BTSA 4DFZE 4BGGA 5KZIA 3ZZWA 3W32A 2VTAA 3G0EA 1J91A 2VO0A 3OBJA 4G9CA 4GU6A 4CZYB 3NW6A 4TL0A 4P4CA 3ZLXA 4D1XA 1R0PA 4K77A 1GJOA 5HIEA 3VIDA 4UMRA 3PVGA 4GT5A 4YBJA 4I41A 4BDHA 4QP9A 2HZNA 2HXLA 3LE6A 2CMWA 4E4XA 1XQZA 4LI5A 3H9OA 4QYHA 5HTBA 1A48A 4BI2A 4IZ7A 2QR7A 3Q3BA 3F6XA 4D2VA 2DQ7X 3RK5A 4QMSA 3SRVA 3BPRA 2Q0BA 1YXUA 4QMWA 5FTQA 5CEMA 5B7VA 2ZV7A 5BVNA 3FZPA 2UZEA 3UP2A 3QCSA 5DPVA 1Q97A 3L1SA 3EQGA 4RT7A 3GFEA 3PY3A 3FE3A 2XBJA 4FZDB 3RM6A 4EJNA 2QOOA 5EYKA 5BPYA 2PVNA 1QMZA 4MD9E 3FLSA 4IVAA 4IAIA 5AV3A 3ID6C 1P4OA 4QTCA 1FVTA 2WKMA 4E93A 1WBPA 3SV0A 3HMOA 2YN8A 4PTGA 5CXZA 5E92A 4ZLYA 3EHAA 2XCHA 3ZLWA 1BL7A 3PPKA 1H01A 2XNBA 4JX3A 4XLVA 2F7ZE 5IUHA 4E6AA 5DGZA 4ZTLA 3EFKA 5IG1A 2R3FA 3EZVA 2HW6A 2HY81 4EOOA 3IOPA 4I21A 1KWPA 1OMWA 3ZLYA 2BKZA 2ETMA 4Q5HA 4WNPA 3HP2A 2VGOA 3ORIA 4G9RA 4G3FA 2GNFA 4IQ6A 1YWRA 5J7HA 3TZ8A 2Z2WA 3QTRA 5BUJA 2XJ1A 3CY3A 1XH4A 2VWUA 4PUZA 4V0GB 5AR8A 3AT2A 5JH6A 1O6YA 5AUZA 4BFMA 4MH7A 4CG8A 5F95A 5H9BA 3BHUA 5M53A 2J0KA 2CSNA 5EOBA 5HKMA 4L8MA 3TV7A 3GC0A 4ANSA 2JAMA 3CBLA 4YJSA 4IX5A 2FSMX 4RJ5A 4DT9A 5BX0A 4IE9A 2B9FA 5AV1A 4BGHA 1PXNA 4O1OA 4ALWA 3S00A 5CAVA 4O82A 1IAHA 2OJJA 3C1XA 3C9WA 4WT6A 5KMNA 5KNJA 3TUDA 3UO5A 3EQCA 2Z7RA 4NFMA 3ZTXA 4A4OA 1Q61A 5DEWA 4RVLA 1F5QA 4EUTA 1ZOEA 2PU8A 1BLXA 5IZFA 2QHNA 5C4KA 5M44A 2PULA 5JFVA 4RIWA 4PDOA 4YMJA 5CAPA 1J7IA 4L53A 4LV8A 4RIXA 5HO7A 3COHA 4MAOA 5E1EA 5AUYA 3KXGA 4PMMA 2B1PA 5GNKA 5JT2A 2JIIA 5KMOA 2P2HA 3D2IA 4CG9A 3EB0A 4B99A 4WOVA 4I0RA 2WTDA 4XP3A 1QL6A 3RJCA 2R4BA 3SXFA 2FH9A 2P55A 5J1VA 2YLFA 1PKGA 3QZFA 4YGAA 3OCBA 2VU3A 2JDRA 4FL3A 2VTRA 4YC6A 4DFBA 3GU8A 4I92A 3UZPA 4AZFA 4IZAA 2VNYA 4TRLA 3R01A 4U0IA 2W5AA 3QRUA 4DLIA 4UWBA 5FDXA 4IH8A 5AR5A 3WF8A 4OTQA 1OI9A 3AG9A 3C0GA 4O0UA 1LEZA 3FL4A 3ORPA 3P5KA 3QLGA 4B0GA 3FMEA 3UBDA 2J0JA 5KBRA 3EWHA 5E90A 1GIIA 3OP5A 1YQJA 3OBGA 4FSNA 3DB8A 2R3NA 4YJOA 4GT4A 4L46A 1WBTA 3PP0A 1IASA 1OBGA 3KN5A 5DFPA 1Q62A 3NYXA 1CKJA 3FXXA 3BHTA 3QYZA 1UU8A 2YERA 2QURA 3QUEA 4M15A 4IB0A 4FEXA 5DT3A 5DOSA 4YZ9A 2CNQA 1K2PA 3PLSA 4X2JA 3QBNA 3ZEWA 1K3AA 3HMNA 4RJ4A 4AT3A 2ITWA 2X7OA 3MY1A 1KE8A 2J7TA 2YIXA 4D28A 4F64A 4Z7GA 2XK6A 4UZHA 4QMXA 5H8EA 3BWFA 5CYIA 4L45A 4WUAA 4AA4A 4AXAA 4CZTA 4RIWB 4ZSAA 3Q4UA 2JDSA 3MYGA 4HW7A 3PLAE 3B8RA 4H36A 4USDA 3TJCA 1WBOA 4KIKA 2IZRA 1M2QA 1Q99A 3FYJX 3KXZA 3WZJA 3EYHA 3ZUTA 4ZOGA 3HNGA 1REKA 3Q52A 5HEZA 2XIXA 2WQMA 3DKCA 4OTGA 4IAZA 3SGCA 4NFNA 2J0MB 3DY7A 3E8NA 4LOPA 4PRJA 3HYHA 4F9BA 4N57A 1M2RA 3U4UA 1E9HA 4EH5A 1HCLA 5I9ZA 1JSTA 3AMBA 4R5YA 4F0IA 5A4EA 3Q60A 5IH4A 3D5UA 4DT8A 4EH4A 4PL3A 3K3JA 4AGDA 4IC8A 2OZAA 3F5GA 5CWZA 4QTDA 5AP6A 2PVFA 3AMYA 3LQ5A 3WYXA 5FRIA 3KQ7A 4KBKA 1UWHA 3FKOA 4I20A 1BX6A 4MXAA 2XKDA 4PMSA 4M7IA 2C69A 4CFMA 4WNOA 1H0WA 3FI4A 4JBOA 5IA5A 3THBA 3LCSA 4KBCA 3D0EA 4FZAB 4MCVA 3S1HA 3OW4A 4H3BA 5M08A 2R3JA 4CFVA 2W17A 2I7QA 3OEZA 4X2KA 1KE6A 4L3PA 3L9LA 4N6YA 4D55A 4IAYA 3AC8A 5FBOA 1Y6BA 3QU0A 2CN5A 3FDNA 5DIAA 3N9XA 3AT4A 4E20A 4L43A 3GCPA 3AD6A 3UIUA 2FSOX 4EKLA 3QHRA 2E9UA 3U8WA 4EH3A 5BNJA 3VF8A 2HZ4A 3OY1A 4N4SA 4FTLA 2W5BA 1M7NA 2QODA 2YDKA 2ZVAA 3Q4TA 5EW9A 1ZMWA 5EM5A 4EOMA 4O81A 5E8XA 1Q4LA 3PXQA 4F7SA 3FEGA 2EVAA 4TYHB 2IO6A 4TW9A 4U3YA 3GB2A 4BZOA 3BV3A 2OIBA 3SW7A 3QFVA 2IW9A 2YZLA 2GNLA 4M69A 3Q6WA 3RNIA 4RJ3A 5M56A 2XK9A 2BRMA 3LQ8A 4J52A 4IM3A 4R7BA 2GS2A 5IQEA 4JX7A 2W4KA 4AOJA 4LG4A 4YHTA 3A4OX 5AP0A 3PXKA 3UZTA 1YOJA 3B2TA 1MRVA 5DEYA 1KE9A 4HVSA 4I1ZA 2KTYA 4D2PA 3FC2A 2EUFB 5AV0A 1ERKA 3AOXA 4H1MA 3FC1X 3FXZA 3SXSA 3L9MA 2YCFA 4BDKA 3GCUA 2XKEA 4IIRA 4KKGA 1ZOHA 5FTGA 4RFYA 2O0UA 4X2FA 2YWPA 2V5QA 5EDPA 5DLSA 4D9UA 1WVYA 2X7FA 3MESA 4IANA 1WVWA 1BUHA 2C6EA 4QYYA 5KO1A 5EQYA 4OBOA 5C9CA 3OEFX 4UMTA 4FKPA 4IW0A 4JDIA 3ZSHA 2UZVA 3MPTA 2XNNA 3TNWA 4BIEA 2RG6A 2ONLC 4E5BA 3C4EA 3T9TA 4JS8A 5KZ0A 5LVPA 2W1IA 2WMXA 3BWJA 2PHKA 4H1JA 4XOYA 2HZIA 4A4XA 2PMNX 2BRHA 2X0GA 2NRYA 2QG5A 4GU9A 3QTWA 2H34A 4H58A 4NIFA 1IR3A 4YZBA 4W9XA 3KB7A 1IG1A 3SXRA 4G3DA 3VNTA 1BMKA 3BHYA 4IADA 3W2OA 5TT7A 2YABA 3PRFA 4L67A 3QD3A 3ZS5A 3RZBA 5EFQA 4W9WA 2VWBA 3NLBA 1UU7A 5IKWA 2PZYA 1WBVA 1PHKA 2FUMA 1H1SA 2C4GA 1PMUA 4W4YA 2CJMA 5ETAA 2CKOA 4KRCA 2Y4PA 5TKDA 4EJ7A 2ZV2A 3KMUA 3MB7A 4FUXA 4FUYA 3TDVA 3H9FA 5AR3A 3CE3A 2QQ7A 4M69B 4FEWA 2HZ0A 1H00A 4AG8A 4KKEA 3ODZX 5HU9A 2Y8OA 2J9MA 2QOKA 1SM2A 4W4VA 3OMVA 3BV2A 3HECA 2YHVA 2O65A 4ZK5A 2J51A 2ITYA 5EW3A 2RF9A 1IRKA 4FV4A 3IOKA 3ORLA 3ZYAA 4YU2A 4PP7A 1STCE 3KF7A 4O0XA 3EJ1A 5LVLA 1FPUA 4DH7A 5KHWA 3GC8A 4I6HA 4F9YA 4ZTMA 4E4NA 3DFCB 2YIWA 2X81A 4QPSA 5CEIA 1QPDA 2ZV9A 4FKUA 3DV3A 1KV1A 1GAGA 5LARA 1KSWA 2VTNA 3R28A 5M4CA 3AC3A 5CX9A 4IWPA 3MTLA 3P0MA 4MD7E 4WUNA 4BKZA 3HAVA 4TWOA 5L8KA 3CEKA 1I09A 5JSMA 4DBXA 4OT6A 3IGOA 2OGVA 4JL9A 2EXCX 3QKKA 1RQQA 2B9IA 2W9ZB 3PJCA 2E9PA 3JY9A 1Q5KA 2OXDA 2W1HA 3FL5A 4BKJA 1UKIA 2CGXA 2BCJA 4MF1A 5HX8A 4O7VA 5EDRA 3ZXZA 4GJ2A 1Z57A 4BTFA 1M14A 4PNIA 4RC4A 2W99B 4NIFB 3UODA 5CT7A 3EQHA 3HA6A 4XUFA 2GFSA 3IW4A 3ZCLA 1JWHA 3FY2A 4NT4A 2FVDA 3HVCA 4MXYA 3IW5A 4QT1A 4BDCA 3TNQB 4F0FA 2IVVA 4ZZNA 1PMVA 2XVDA 5LCKA 5J87A 4Q9ZA 3IKAA 2G2HA 3G51A 3CTHA 5IA4A 3ZO3A 2F57A 4AUAA 1OKWA 2X2LA 4OTRA 3EN9A 4MKCA 2RFEA 3OY3A 2WTIA 3A61A 5FP6A 5K9IA 3ZSIA 2XKFA 3NCZA 3RKBA 3P7BA 3EQBA 4YZMA 3QQKA 4YC3A 4FMQA 2J2IB 4DEGA 4UWYA 4FKWA 3QLFA 2PZ5A 1IAJA 4EQUA 3DA6A 2C47A 2HWOA 2OF4A 4BCOA 3B8QA 3NDMA 4D2TA 1YOLA 2PZIA 5JGDA 3P08A 5FEEA 5IH6A 3LJ1A 4JNWA 5DRBA 2OJ9A 4OT5A 4QP2A 4BZDA 5ANIA 2XBAA 2VN9A 5FP5A 4U41A 4ARKA 5ANJA 4I5CA 3RNYA 4AW5A 5L3AA 5IQFA 3CD8A 3ET7A 3MH1A 3DT1A 5AMNA 5C8KA 5CXHA 2OI4X 3QD2B 2ZJWA 5C1QB 5IEYA 1JQHA 3O50A 3VO3A 5L2SA 4LQMA 4EOPA 4K11A 4I0TA 3PWYA 4CNHA 4GSBA 3LMGA 4GYGA 4LGHA 3L8SA 4X21A 5CSXA 2BAJA 3LLTA 4E5AX 3KFAA 2CGWA 4RQKA 3V5TA 4ANMA 3WE8A 4EHEA 3UMXA 1ZYDA 4ERKA 2WOTA 2I1MA 3BZ3A 3W2QA 4KNBA 3Q2JA 2E9OA 5IQDA 2X8IA 2JEDA 4HYSA 3RHXA 2C6DA 3F5PA 3QC4A 4NCTA 4XHKB 1CM8A 3O7LD 5C26A 2ZAZA 1WBNA 3CIKA 4W4WA 3Q5ZA 5EG3A 4ZZMA 1NVSA 4DFNA 5J7BA 3C5UA 5LWNA 1J7UA 5BMMA 3TKUA 4F09A 4QP3A 3ETAA 3JVRA 3ZC6A 4D5KA 4RMZA 4NM5A 2DUVA 4S33A 5J95A 4BYJA 3R7YA 3TACA 5AV4A 3E93A 3FMKA 4IHPA 1CMKE 4JG6A 4WD5A 4ZTHA 4DH8A 5CSWA 3R21A 3TI1A 4PF4A 2ETRA 4QMZA 1SYKA 1U54A 2WQEA 3DTCA 5JGBA 3MB6A 3PG1A 5T3QA 3HMMA 3R8UA 4L7FA 3V8TA 4EZ5A 4C58A 1PF8A 5M4FA 5BYLA 4F99A 3COMA 1SNUA 2ERKA 2UZNA 2CN8A 3A7FA 4R1VA 4YZCA 4FTUA 3OUNB 5AX3A 5JFWA 4TN6A 3HMIA 3PP1A 2VWZA 5E8SA 2ITOA 2PVLA 2GHLA 4BY9E 5JRSA 3EYGA 4ZTNA 4BI0A 4RGJA 2HW7A 5LJJA 1L8TA 3DOGA 4ZJJA 4DTAA 4YO6A 3FMMA 5EYMA 3ALOA 4I5HA 1GNGA 2O63A 4EK4A 3TV6A 1ATPE 2C0OA 4X2GA 4ZSEA 4ZTQA 3UG2A 4DFUA 1R39A 2HCKA 2WMAA 3CD3A 4KIOA 3QUDA 5FD2A 3QAME 3D7TB 3VQHA 2WMRA 2DS1A 3FYKX 4GVJA 3R9HA 3TTJA 3BIZA 4RC2A 5CASA 3RBWA 5LMKC 4FTIA 2VX1A 1FQ1B 2ETKA 4HYHA 4XV3A 3F5XA 3QZGA 3H3CA 4B8MA 2BIKB 5IPJA 3SVVA 4BDJA 3C5IA 2C3LA 4RJ8A 3RM7A 2PZRA 3QRKA 3WOWA 3BQCA 5CQUA 3ZH8A 4YTCA 4FTMA 3KKVA 3QKLA 4NH1A 4FA2A 3DAJA 5J9LA 1NA7A 4MYGA 2ZDUA 5CI7A 2X8EA 1CKPA 3I5NA 3OT3A 4Y83A 3V5JA 2QOLA 4AGCA 4U79A 4ORKA 4RRVA 3C4CA 3S2PA 3R9RA 4FKTA 3IONA 4C3RA 4J8MA 4LOQA 4CFUA 2WB8A 3W2RA 5HTIA 3EL7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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