3DNEA

Camp-dependent protein kinase pka catalytic subunit with pki-5-24
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
338
structure length
336
Chain Sequence
ESVKEFLAKAKEDFLKKWENPAQNTAHLDQFERIKTLGTGSFGRVMLVKHMETGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVPGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKDGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFSEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallography-independent determination of ligand binding modes
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Bos taurus
molecule keywords cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
total genus 105
structure length 336
sequence length 338
ec nomenclature ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date 2008-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dneA01
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dneA02
3FZOA 2VAGA 2FSLX 4LV8A 2ZV2A 4FKQA 4D4SA 1XH9A 4D2PA 1TVOA 1V0OA 3DV3A 5AP5A 2GS6A 4AT3A 3UIXA 5AR2A 3DZQA 4HZRA 4I5HA 5H8BA 4QP2A 5A3XA 3FZTA 4QT1A 4DT9A 3KXNA 3QX2A 1PXIA 5CXZA 5I3RA 3CC6A 2ONLC 3BKBA 3KY2A 4BKZA 5AWMA 3MVMA 3Q2MA 4H3PA 3OBJA 2BZIB 3U4WA 4MCVA 1WCCA 3W2SA 4MNFA 3ACJA 5HVJA 4AN3A 3PLAE 4HOKA 3DLZA 5A4CA 5CEKA 4FK6A 5E92A 2JIVA 2C6MA 2NPQA 4ZJVA 4RA4A 5D9HA 4V0GA 1APME 4MQ1A 2E9OA 5H3QA 2XMYA 2XM8A 4FTQA 4FVQA 2BHHA 3RAWA 3DOGA 2DYLA 3QAME 4GIHA 1AD5A 2R3HA 4Y85A 4D0WA 1U54A 4BIEA 3G90X 4C58A 2OJIA 4LUEA 3ZYAA 4XJ0A 3TDWA 5J79A 3TIZA 4H36A 3ZCLA 1J3HA 5K0KA 2PZYA 2Z7LA 5ANDA 2XJ0A 1UWHA 5E8XA 5FEDA 4K2RA 4AW1A 5CSVA 4IX3A 4BDJA 4IVBA 2C68A 2EU9A 5G1XA 4F7LA 1H0VA 4OTPA 4E8AA 1L8TA 2BALA 4X7QA 4O96A 4JBVA 4IWPA 5GZ8A 4PPCA 4YBKA 2AUHA 5KMNA 4YTFA 5LMKA 2VTOA 4Y5QA 2QOLA 4FV9A 4HJOA 1XHAA 5CT0A 2I40A 1Q8TA 4GH2A 2KTYA 3JXWA 3A99A 4YU2A 3UC3A 2ZM3A 4PNKA 3F5UA 5KO1A 3QD3A 4K11A 4Q5HA 3R83A 3MV5A 5M4CA 1JWHA 3N4TA 2X6DA 2FVDA 3GXLA 1SMHA 4BCFA 2JKQA 4O38A 4OTGA 4AX8A 4DEDA 4D1SA 4DINA 4EKLA 3KB7A 4O22A 5CZHA 4N57A 3HMNA 1OGUA 1QMZA 3R7GA 2V0DA 3FMEA 3OROA 4J71A 3RZBA 1IAJA 2UW6A 5AM6A 3ZDIA 1ZMWA 3WZUA 3EH9A 5HQ0A 5GJGA 3SHEA 5J9YA 3AC8A 4XOYA 3F2AA 3WILA 3HV6A 3QQHA 3FJQE 2Q0BA 3LXKA 1JQHA 1HOWA 4IW0A 2PE0A 4H3QA 3QXOA 4M84A 5AR5A 4F99A 4I92A 3NIEA 3FI3A 3U9NA 4FKGA 4L9IA 2V62A 1H28A 3O8UA 4YTHA 4KIOA 5F1ZA 1M2PA 2PK9A 3MIYA 4ORKA 2GNHA 2IW8A 5HHWA 4GUEA 3F5GA 1LP4A 5IPJA 3VBYA 4FKLA 3W8LA 4OBPA 1UU7A 2WTDA 1HCKA 4ZP5A 5AV0A 3U9CA 3K5VA 3A4OX 4FA2A 3MPTA 4O7WA 5CAOA 5EDPA 5AUUA 2W4KA 4UZDA 4DH5A 2GU8A 5DR9A 3WIGA 4EK4A 2XK9A 4Z3VA 3FC2A 3VS7A 1PXNA 2JIUA 4MWHA 4QPAA 4BIDA 4U3YA 2ITYA 5HE2A 3VS4A 4IJPA 2PVRA 3G9LX 3AOXA 5FEEA 3AMYA 4EK8A 4QP6A 1OUYA 3OTVA 1QPEA 3COHA 4FG7A 4AAAA 5HO7A 5HEZA 2FB8A 3DQWA 4YC3A 3LFQA 2A0CX 4ZSLA 4AE9A 4QMOA 4V0GB 2R2PA 1YI6A 5D1JA 4KIPA 4W4WA 3Q60A 4TN6A 4DEAA 3C4CA 3DBQA 5T6KA 4UYAA 5L3AA 4WUAA 2EB3A 4QP3A 4APCA 4TRLA 2WO6A 3R6XA 4AW0A 1PKGA 3EFKA 4NTSA 3D94A 3LPBA 3Q5ZA 4ANBA 3UIBA 4E1ZA 3M1SA 5AUYA 3RPOA 2RL5A 2BRHA 4H58A 4FTCA 1IAHA 3QBNA 3RWQA 3WF6A 4D4RA 4XUFA 1YI3A 3JVSA 3LFDA 2VO0A 4NWMA 4PY1A 3EQFA 4CYJA 3GCQA 4TWOA 4JBQA 3AQVA 3QQGA 3GU4A 4ACGA 4GJ2A 4I5CA 5EI2A 3DKCA 5FP6A 2Y6MA 4MVFA 2PSQA 2W1FA 3ZLYA 1UWJA 1IRKA 2YDJA 3PSCA 3BBWA 2QO7A 4G3EA 3ZFMA 4N4SA 3CPBA 3PXFA 2A1AB 3GGFA 5LMBA 4GRBA 4KD1A 4G16A 3W55A 4B9DA 2Z02A 4J1RA 2ETMA 4XOZA 4CQEA 3PWYA 2PVMA 4IAAA 2YIQA 1MRUA 4FIFA 3KRJA 3EKKA 4FT3A 3MVJA 1YW2A 5HBEA 1GIIA 1E9HA 3R1NA 4FV4A 4GL9A 4KS8A 4ACCA 1YI4A 4A7CA 5IA1A 2VWVA 5JFXA 4GK4A 4R5YA 3H4JA 2X7FA 2VX1A 3MFRA 3I79A 5A9UA 4I1ZA 4RZWA 2UZUE 2UZTA 4IZ5A 4CCBA 2WMVA 4QYFA 4OLIA 2PZ5A 2XK6A 1UU8A 4O91A 4R78A 4NUSA 4GMYA 3E8NA 3W2CA 4FTLA 4ITJA 3QCSA 4MF1A 5AIKA 4WRSA 2X7OA 4BDAA 4YMJA 2UZVA 5JRQA 4YHFA 2GFCA 2XJ1A 2XNBA 1PYEA 4IDVA 5C27A 3NYXA 1U5QA 1KV1A 2IVUA 2OIQA 3TZ8A 4DG0E 4E3CA 3BZ3A 3D5WA 2HWPA 3LCSA 5CZIA 2PVKA 4QTCA 3ZSIA 4C02A 3FY2A 5AV2A 5TF9A 1J7IA 4NYEA 2XIXA 3FLWA 5HORA 3GNIB 4EI4A 2H34A 4W9WA 4BB4A 3KCFA 5AFVA 2W5AA 3O17A 4DT8A 3ZEPA 2UZOA 4FSQA 3VUMA 2X39A 4GK2A 3RHKA 4QMLA 4A4OA 5K5XA 5FTGA 1SZMA 4M15A 4C62A 3OHTA 4BTJA 3FKNA 5JFSA 3ZONA 5JEBA 4JDKA 2BZJA 4M68A 4O0SA 4AA0A 4D58A 5J87A 4WIHA 3C0IA 3D2IA 5ANKA 5HG5A 2YIWA 5IUGA 3SW7A 2VTTA 1OL5A 4I0SA 1KOBA 1ZOHA 4U3ZA 3QQLA 5TE0A 1LPUA 5IF1A 1PXPA 4ERKA 3DBEA 3V5LA 4USEA 2WEIA 3RCJA 3VO3A 4CXAA 3QCXA 4IZ7A 4ZTQA 1STCE 3CCNA 4IFCA 5EKNA 4QO9A 3FDNA 5L6OA 1URWA 3MFTA 4EOSA 4X2JA 4U44A 2XBAA 5AUVA 3CS9A 3DY7A 4I6QA 4IAFA 4WNOA 4G6OA 4IWQA 3TT0A 4NFMA 3WF5A 1S9IA 4UEUA 3KXXA 5A46A 3NSZA 4W8EA 2ITNA 4CMOA 3WE4A 3IKAA 3UP7A 1KWPA 4F7NA 2XM9A 3GFWA 4X3FB 5E8YA 4EOIA 5IQFA 3QQFA 4LMUA 4ANQA 4UMPA 4Y73A 3GBZA 4LRJA 3COMA 4K8AA 1G5SA 2IVSA 5JZNA 5AR7A 5LCKA 3NLBA 4NEUA 5FEQA 4EK5A 4GKHA 3RK9A 2YZAA 3VS2A 1PXLA 2C6EA 4B0GA 4DEEA 3P79A 4EOMA 4K18A 4RQVA 4IFGA 3ZRMA 3PXKA 5HCXA 4TPTA 4DFLA 3LFCA 5JGBA 4E6QA 2Y9QA 3R9DA 3RALA 1W8CA 1OBDA 4LFIA 4QMXA 2WTJA 3KF7A 3FSFA 4DH3A 3GB2A 4OW8A 2UV2A 3SX9A 3FMDA 3BLQA 4RX5A 2CGUA 4E7WA 3TKIA 3IDCA 3ENMA 3OF0A 2HXQA 4QMMA 2QI8A 2O5KA 3D5VA 5I9UA 3FI4A 3A2CA 4U79A 4O0YA 3MPAA 1JKTA 1J7LA 4PMPA 4AUAA 3VS5A 4WRGA 1ZOEA 3WZJA 2W1ZA 4IB5A 2VV9A 2GCDA 3TJDA 5JQ5A 3DBFA 2PZRA 2VO3A 3SOAA 3IONA 4IXPA 4NTTA 3D15A 4UXLA 5J5TA 3FC1X 1GIHA 4JG8A 4O21A 4P5QA 4CFMA 2XBJA 2WQBA 1G8AA 4FKOA 2B9IA 4XV3A 4GFGA 4KBKA 5DN3A 5L2TA 4BTFA 4FKIA 4YLLA 2NRUA 4E6DA 1XBAA 3Q52A 5GNKA 2PUPA 1PXKA 2RSVA 3P7AA 3WF7A 4BI0A 2F9GA 2XS0A 3TNIA 5BVNA 2XIRA 2WQNA 4FEUA 5AJQA 4CTCA 5E7RA 2XEYA 4WBBB 5LMKC 3LQ5A 1U59A 5CSPA 5DYJA 4MD8E 2GFSA 3CE3A 3IECA 5L2QA 5FTOA 1CSNA 4GV1A 1PXOA 2O64A 3HAMA 3MA6A 1H0WA 1MQ4A 4HYSA 4IH8A 1DI9A 5HNGA 3NUNA 4EH4A 3OXZA 5CF4A 3U6HA 3SD0A 4YJRA 2H9VA 4FKVA 3MH3A 4EBVA 4BICA 5CY3A 3EQDA 2G15A 5EYMA 4LRMA 3GI3A 1FMOE 2UZDA 3VWAA 3HRBA 3UODA 2JD5A 2YCQA 4F6SA 4F70A 3EYHA 3NEWA 4C4HA 5CI6A 5BVFA 4ZMFA 5HBHA 3VBQA 3FZPA 4O2PA 2QHMA 3ETAA 3MFUA 5A4EA 1U4DA 1VZOA 4EOPA 3PE1A 4MBLA 5E8VA 4FTKA 4MBIA 2EVAA 5BMMA 4J7BA 5TOZA 1LR4A 4RWIA 3K5UA 3KRRA 2ITWA 4FV1A 4YC8A 2WU7A 3LFAA 5IQEA 1V1KA 3MJ1A 4P5ZA 3I0OA 3A8XA 3QGWA 1XQZA 3BU6A 2NNWB 2WU6A 4YR8A 5KX8A 3NCGA 2OJGA 5L6WL 5A54A 4FSNA 4C4EA 3E62A 5HLNA 2CN8A 2IZUA 4I93A 1GZKA 1P14A 3ORMA 4AW2A 3KRWA 3Q4UA 4JI9A 3SLSA 1DAWA 1YWNA 5FRIA 4FGBA 5DMZA 4O81A 4NW5A 3W33A 3E3PA 1FGIA 3KXZA 4UX9A 4M3QA 1J1BA 4RJ5A 4EH3A 4UALA 4DCAA 5CXHA 4L6QA 3RI1A 3LMGA 3QD4A 4QOXA 2B1PA 3C4FA 3E5AA 5LOHA 3PPKA 2XB7A 3SXSA 4DGNA 3F9NA 3QLFA 4I4EA 3EQIA 1H08A 4HNFA 3QCQA 4L8MA 4OBQA 2WMRA 5A4QA 2UZBA 4BCPA 2W9FB 3OY3A 4NM7A 2X4FA 3MS9A 3PVBA 3DJ5A 4R5SA 3R21A 4EYMA 3O0GA 3O96A 4FZDB 2IPXA 2YLFA 1CM8A 2RFEA 4C4GA 2C0IA 2UZLA 4KB8A 5E90A 3OG7A 5IH4A 3MB7A 4ANNA 3F69A 4CYIA 4LOOA 1WVWA 4UWBA 4D9UA 5K4IA 5E4HA 3JY9A 4AZVA 2J0IA 5M08A 3Q96A 1SVEA 3F7ZA 4PDSA 3PJ1A 4MBJA 4CZTA 2F2CB 4R1VA 2R3JA 4X3FC 4UWYA 5KMMA 1ZZLA 2UZWE 5T68A 5AUZA 4DLJA 5HNIX 5I3OA 1GZOA 4TNDA 2QO9A 1JSVA 2PTKA 3GU6A 4D28A 1BYGA 5AP6A 3PIXA 4TYGA 4CT1A 3BHUA 4FSMA 5JT2A 2P3GX 4R3CA 3KU2A 4BCKA 2Y7JA 4ZZOA 3SG9A 5CNOA 5CWZA 2DUVA 3Q04A 3RPYA 5IA2A 3FMKA 4F9CA 5M53A 4PTEA 3FBVA 4IZYA 2QKRA 4KIKA 4GKIA 5GHVA 4YTIA 3W1FA 3PIYA 2B9HA 2Y4IB 4RC3A 4Z9LA 3R7UA 2F7EE 1ZOGA 3W2RA 4Q9SA 4RSSA 1WBOA 3FI2A 4ZXTA 1PXMA 2PMLX 1P2AA 4HNIA 3U4UA 2WTVA 2ZJWA 3DNDA 3RNIA 4CFXA 3TUBA 4ZSEA 1YRPA 4NJ3A 3OMVA 4NH1A 3H9OA 3TIYA 4DFZE 4I41A 4F1MA 3IGOA 3D0EA 4EUTA 3Q9XA 2PVJA 4X6QC 4RFMA 2PE2A 2BRBA 3RPSA 4RVMA 4ZZNA 1Q3WA 4JDJA 5CEQA 3C4WA 5HE1A 3TWJA 3NVKI 4WSYA 3BYUA 2W06A 2BRNA 5J9ZA 4YJOA 3ORKA 5IISA 2JAMA 2R3KA 3FV8A 5L4QA 1WVYA 2PPQA 3I6UA 5HD7A 2BUJA 2QR8A 3F5XA 4MTAA 1VR2A 2Z7SA 4JIKA 3TL8A 4TXCA 2XF0A 3EN7A 3VQUA 3PXRA 4A9RA 2JGZA 3F5PA 3QUDA 3DAKA 1UKHA 5IKWA 4AP7A 3EN9A 3NYNA 3VUDA 4BCMA 3CQWA 3GCVA 5EM7A 2JFLA 5LWNA 4U6RA 2CKEA 3DGKA 1Q3DA 2J2IB 2VO6A 3OOMA 1OL7A 2VTIA 3PJ8A 2XK7A 4HPUE 4TYIA 4CLIA 3RPVA 5KMIA 3V6SA 4G3CA 4L01A 4NIFB 1KSWA 3HNGA 5DRBA 3V5WA 3UC4A 4FIHA 4HYHA 1Q97A 2BR1A 3OS3A 4BFMA 4PRJA 4ASZA 4AS0A 5B2LA 3DKOA 2X6EA 3PP0A 1M17A 3N9XA 3D5UA 1DI8A 4FTIA 4V04A 1R1WA 3QTXA 3UGCA 3AT4A 3COIA 2IZTA 3S3IA 1NT2A 2O0UA 4IB0A 2GNLA 3QCYA 4XRLA 5AA8A 2C30A 1OIQA 2VWZA 3F6XA 4O7VA 4D2SA 2GNGA 1XKKA 2XJ2A 1ZYCA 4LGGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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