3HNGA

Crystal structure of vegfr1 in complex with n-(4-chlorophenyl)-2-((pyridin-4-ylmethyl)amino)benzamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
356
structure length
288
Chain Sequence
EVPLDEQCERPYDASKWEFARERLKLGKSLGRGAFGKVVQASAFGIKKSPTCRTVAVKMLKEGATASEYKALMTELKILTHIGHHLNVVNLLGACTKQGGPLMVIVEYCKYGNLSNYLKSKRKEPITMEDLISYSFQVARGMEFLSSRKCIHRDLAARNILLSENNVVKICDFGLARDIYKNPDYVRKTRLPLKWMAPESIFDKIYSTKSDVWSYGVLLWEIFSLGGSPYPGVQMDEDFCSRLREGMRMRAPEYSTPEIYQIMLDCWHRDPKERPRFAELVEKLGDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of VEGFR1 in complex with N-(4-Chlorophenyl)-2-((pyridin-4-ylmethyl)amino)benzamide
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Vascular endothelial growth factor receptor 1
total genus 90
structure length 288
sequence length 356
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2009-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3hngA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3hngA01
4FKUA 1WVWA 3OWKA 4MK0A 5T3QA 2PYWA 2F49A 3ORLA 4QYYA 1BI7A 2QOKA 2CCIA 5ANGA 1PHKA 4RIYA 3LPBA 3HECA 3PRFA 2O2UA 3R1YA 4GIHA 3CGOA 2YM3A 3FHIA 4AOIA 5AUVA 1JKKA 2IW8A 3W8QA 4Q5EA 3HV7A 3ORKA 4CRSA 5JSMA 3MV5A 5AEPA 1Q8TA 4ZXTA 3WZDA 4KKEA 2VTLA 3NW5A 4PF4A 4Q2AA 3WZEA 3KQ7A 3VIDA 1L3RE 3NR9A 2X8EA 1GZKA 3S1HA 4YUQA 3D7TA 4O96A 2PUNA 2OIQA 4EZ3A 2VX3A 2BRGA 5DNRA 4JQ8A 4R3PA 3UIMA 3E93A 1X8BA 4BZDA 3IW5A 3I60A 4Q9SA 4HGEA 4E6CA 1HCLA 2WU7A 3V8SA 3T3VA 4XG9A 5EM6A 4O7TA 2X7FA 2IVTA 3GGFA 4O6LA 3UGCA 3UOKA 1O6YA 4USDA 3HDNA 3N51A 5DR9A 2QOCA 1OMWA 2GS6A 2UW3A 3ODYX 3DT1A 4EHGA 5HGIA 3ZHPC 5CLPA 3OVVA 3W2SA 1NVQA 3O71A 5EYCA 4ANMA 4GT5A 3ZC6A 3JVRA 5A4TA 3PA5A 1YKRA 5G6VA 3ZRMA 4DLIA 2PUPA 3L9MA 3PXZA 3MB6A 5ANDA 4ZMEA 5I9ZA 2OWBA 4R78A 2C6EA 4PPAA 2CMWA 3UPXA 4BBEA 4ENXA 3LQ8A 1R39A 2H96A 3FXXA 2B9HA 1QPJA 3AG9A 4U81A 3IKAA 3TKHA 1QPCA 5DEWA 3SV0A 2QCSA 3LFDA 4YJUA 2IVVA 3NW7A 4EK6A 3Q5ZA 3R8PA 1G8AA 2E9NA 4GH2A 5D7AA 4CNHA 2JFMA 2WU6A 5K0KA 1VR2A 5CVGA 2JITA 2XVDA 3R6XA 4A4LA 4IAAA 4RLLA 4AFJA 4EOIA 2XK6A 4G34A 2GNFA 3N9XA 5IA2A 2WXVA 3AT2A 3DLSA 2W9FB 3NW6A 3IO7A 4JBVA 2XK8A 3G2FA 3QYWA 4E73A 3C13A 2C5YA 2WQMA 2ZV2A 2NO3A 2X7GA 1J3HA 4PX6A 3BYSA 4U44A 3RP9A 1R0EA 4DFZE 4NFNA 2BAQA 4XBUA 3SGCA 4EK3A 3G33A 4BCFA 4BIBA 4YJNA 5KZIA 1YOJA 3NNXA 4F1OA 3PXRA 3R7VA 4CFFA 4BHNA 3LLAA 4O0VA 3MPMA 1FBNA 5M06A 3WF7A 3FPMA 2ITQA 3ATTA 1K3AA 5L3AA 4M15A 4DEHA 1KE5A 5LVPA 4EJ7A 4AU8A 4FT7A 4IAYA 2V7OA 4BDGA 4QNYA 3R9DA 3KXNA 3TUCA 1UV5A 4RZVA 3TCPA 2YFXA 3G9NA 4S2ZA 3JYAA 2CGXA 3V3VA 2DQ7X 5C1QB 4FBXA 1OGUA 3L8XA 4LUEA 3VS7A 4BBMA 2QG5A 4BYIA 3FI2A 4YTCA 1MP8A 4PMSA 4J99A 1OZ1A 5JFSA 2HZ4A 4TYHB 2QQ7A 3QTSA 3R8VA 4DG0E 3TM0A 3NRMA 5EKNA 3EQGA 4F64A 2YM5A 3FZPA 1STCE 2FGIA 3MFTA 3QTUA 2OJIA 5T68A 3O7LD 5BQ0A 5H8EA 1W8CA 3PY3A 1JVPP 4C38A 3UMXA 4EJNA 4PWNA 4GFGA 1EH4A 3PSCA 5FG8A 3Q2MA 5AV2A 4ZY6A 3R83A 4O1OA 3ZONA 4GL9A 4FT0A 2C30A 1XH9A 3G15A 2GFSA 4DGOA 2Z02A 4HVGA 3B8QA 4PP9A 4RJ4A 5CVHA 3PJ2A 3BE2A 3DU8A 3ZC5A 4CKJA 4XP2A 2R7BA 3PZHA 1AQ1A 4EC9A 4AW2A 3LMGA 3NZ0A 3R8UA 3H4JA 3C4CA 2XB7A 2XEZA 4N57A 3PSBA 2Y6OA 5L8LA 1KE6A 4F9YA 2YCQA 3IPHA 2PUUA 2HZNA 3HMMA 3EQRA 3E3BX 4C35A 2HYYA 5J5TA 2UVXA 5EQYA 3F2AA 4Y5QA 5AR5A 4YC3A 3ZLXA 3F3VA 2W5BA 5CVFA 3QTXA 4AN2A 2R3QA 1YOLA 3VWAA 2J90A 2YM6A 5HVYA 4DT9A 4D1SA 2I0YA 3HMPA 1LPUA 2PVRA 4N6YA 2Z7QA 3A7FA 3RPRA 3ZZEA 5AAGA 1ZRZA 2GHLA 4RIXA 4BDDA 4EKLA 2CNQA 3VS1A 2BHHA 3IOKA 4LI5A 5CSWA 2EB3A 3U9CA 3G0EA 2VGOA 4YTIA 2FUMA 2QURA 3F69A 3FLNC 4B6LA 2H34A 3ORPA 4ERWA 5EYMA 1CMKE 3C50A 4XG4A 5K4JA 4XOYA 4W8DA 3LOKA 4U0IA 2BVAA 3NYNA 4C58A 3LFQA 4ACHA 3I4BA 4YZCA 2BKZA 4FIJA 2I0EA 4FKVA 4L52A 5BVDA 4B8LA 3QUPA 3JS2A 2C0IA 2H9VA 4KUJA 3DK6A 3EIDA 2FSMX 3CTHA 3DNEA 3OCSA 3RMFA 4QPSA 4PUZA 2IZRA 3PWYA 4O81A 3NDMA 3QD3A 3E92A 1KWPA 3K3JA 3K2LA 4G3EA 4EWHA 1W0XC 1SVEA 2ITNA 2YZLA 1KOBA 3LVPA 3UYSA 2UZUE 4DLJA 4RZWA 3ODZX 4RJ8A 1V0BA 1A9UA 2YN8A 3QQLA 5CENA 4O82A 4MBJA 5IEVA 4XYFA 5E8SA 2WAJA 1OPJA 2F7XE 3ZSHA 5TO8A 4CLJA 3A8XA 4GV1A 5CWZA 2R3JA 5C4LA 5F1ZA 2QOOA 3PXFA 4J98A 3AC3A 2JBPA 4LOPA 1KV1A 2RIOA 3K3IA 4IFGA 4PY1A 4CSVA 4GT3A 4C0TA 4F7JA 1J7UA 3AMAA 3FQSA 5I9YA 3TZMA 5CAOA 2WNTA 4NKAA 3D2IA 3R8LA 4J97A 4W4WA 1SVGA 2O3PA 3DTWA 5E8VA 2J2IB 4TWCA 3RHKA 3NGAA 3PIYA 3DFAA 3NAXA 4I0TA 1QCFA 4ZOGA 1PJKA 2UZOA 1UU8A 3F3UA 4MKCA 4WNMA 3FQHA 4BDHA 4IX3A 5KUPA 4MEDA 3GC9A 5IQGA 1YOMA 1ZYCA 2R3GA 2JD5A 5B2KA 4LMNA 2OBJA 3WZUA 4YR8A 1XHAA 2PVFA 1LEWA 3NYVA 3IDBA 2WOTA 5DH3A 4G5JA 4QYGA 5FD2A 1OBGA 2JDTA 5BYYA 2YITA 4BTFA 4HGTA 5CXZA 3VS6A 4P5ZA 3L9LA 1YHVA 4M67A 4TXCA 4GUEA 3W2QA 4CG8A 4GG5A 1PXPA 1P5EA 4IAFA 4YJQA 4IVCA 3V01A 5BVNA 4IFCA 1W82A 5LMKC 3FI3A 5AP7A 5AX9A 3HRCA 2VD5A 3F7ZA 4RVMA 1DAWA 3LE6A 3D9VA 2WQBA 2CNVA 3C4EA 2W1CA 2JKOA 3BLRA 4EH8A 3KF4A 2VTNA 4MXCA 3OY1A 3QF9A 4I92A 2H8HA 4FYNA 3DA6A 4UYNA 2JLDA 4GUBA 5IISA 1H27A 3H0YA 4EORA 1YHSA 3BHHA 4W8EA 4U41A 2RG5A 2V22A 4ALVA 2A2AA 4MQ2A 4IM0A 5A4LA 3MY0A 2PY3A 1Q61A 1JBPE 4FV0A 4MCVA 4BTKA 2CKQA 3IG7A 4YJPA 4RJ3A 3VUKA 3QCYA 1LR4A 4K77A 1P4FA 5JH6A 2X1NA 5HVJA 5KE0A 4ZZOA 4ZLOA 3LAUA 4FTMA 3K5VA 3FEGA 4PRJA 2IPXA 1IA9A 1P4OA 1ZLTA 5BVEA 4OUCA 4QP2A 5ACBC 3RAWA 3UO6A 5J7HA 4ZSJA 4FKWA 5C26A 2OZAB 3QWKA 4DH1A 1IAJA 2UZNA 5HU3A 4KRDA 3EL8A 1KV2A 4DAWA 4EOLA 3HYHA 3A7GA 2X6EA 4JR7A 4PPBA 4F6SA 5BVOA 4ORKA 4CGAA 1UU3A 2BUJA 2QOHA 2XNBA 4FVQA 4I6BA 5J87A 1URWA 3DDPA 3OZ6A 4A7CA 1MRVA 3UNKA 1VEBA 4J52A 2HW6A 3FYKX 4O1PA 4R7BA 2CCHA 3FMJA 2V0DA 3R01A 5D9HA 4S34A 1S9IA 4D5HA 4U6RA 3FLQA 3COHA 4IXPA 3QKLA 5EYDA 5I9WA 3R9HA 2RKUA 4JR3A 4KIOA 3A4PA 3R9OA 2NRYA 4RWLA 1BUHA 2JDOA 2ZV7A 4RIWA 4EUTA 3PPJA 4GK4A 2AUHA 5HQ0A 1Q3DA 3PY0A 2E9VA 4ZTSA 2ZM4A 4OLIA 5HTIA 2CHLA 2GTNA 5FTQA 3RZFA 2XK3A 4M68A 3SLSA 4BI1A 4K1BA 4FF8A 5FM3A 3OBGA 2JC6A 3NUUA 3OT8A 2A0CX 1YWRA 3VVHA 2JDRA 4QD6A 4DEEA 3PTGA 5AUWA 4BKJA 2W05A 1GZ8A 1UKHA 2BPMA 3JPVA 3E7VA 4FODA 3IGOA 4UZDA 3FMLA 4WRGA 5BVWA 3CTJA 1CKJA 4Y72A 3HVCA 2VNWA 4LV5A 2J51A 3PP1A 5CX9A 5EG3A 4D1ZA 4KBAA 3BYMA 3BV3A 4FK6A 1FVVA 4D4SA 2PHKA 3CKXA 3KRJA 4XV3A 5AV0A 4O0XA 2PZPA 3D2KA 5EYKA 5HKMA 2VTIA 4NIFA 5C8MA 4IZ5A 4AXAA 3FLSA 3QLGA 3FMDA 5ETAA 4M3QA 2WPAA 1H1SA 1Q8UA 3Q4CA 4IB1A 2GHMA 3M11A 3P79A 3R73A 4FNWA 5EKOA 3ZEPA 2QR8A 2IZTA 2R3KA 5IUIA 4OAVB 4DG2E 3EN7A 3DPKA 4MH7A 3KRLA 5JN2A 3F61A 4HCTA 3UPZA 2XRUA 3OD6X 5EFQA 4GEOA 5KX8A 4O38A 3EFLA 4X2KA 3ZRKA 4M69A 3GC8A 2R3IA 1UWHA 4USFA 4PTGA 3ANQA 5AP0A 5H8GA 4FOBA 5FQDC 4BRXA 4NM0A 3E7OA 3THBA 5AR7A 3QCQA 4CQGA 3VBTA 2QLQA 4BGQA 5CF6A 2WB8A 5HCXA 2EUFB 3T3UA 2W1EA 5BUJA 1NXKA 2DWBA 3BEAA 3MDYA 4H3PA 4LFIA 2BZJA 3C7QA 3DBEA 4U8ZA 3RK9A 2UZVA 3DBFA 4WSQA 2HENA 3CPBA 1DM2A 3DBCA 4FTOA 5EOLA 3VJNA 4DYMA 1UKIA 5B0XA 5JFXA 4HGLA 4CQEA 1SMHA 3FYJX 3DKOA 3EH9A 5HHWA 1K2PA 2W5AA 2GS2A 3CC6A 4X2FA 2R3MA 2IVUA 4I93A 4ANLA 2AC5A 3MGYA 3V8WA 5JFVA 4JIKA 4TY1A 3TNWA 3GQIA 3KU2A 2XCHA 1PXNA 1JOWB 5IPJA 2YDJA 5E8YA 2XIKA 5IA3A 4AOJA 1WZYA 4U5JA 1ZYJA 1RQQA 2XBJA 3RK7A 3BCEA 5AP3A 4RX9A 2UW0A 4I5CA 2X9EA 4BTJA 4XBRA 4KS7A 4MNEB 4X3FB 5EI6A 3A99A 3HDMA 3QAME 2OO8X 3ORMA 4X21A 2W4JA 5JGBA 3COKA 2W7XA 3ZMMA 2YCSA 4FX3A 4KB8A 4AX8A 3CSVA 3R8ZA 4BTMA 4C4JA 4FEXA 1PYEA 3TKIA 1OIQA 4OTQA 3QRIA 4TWPA 4RA4A 2XF0A 4G31A 4KSPA 5KKRB 4OTRA 3DDQA 1YWNA 4I0SA 3VBVA 5AUTA 4D5KA 1FINA 4RWIA 4LM5A 3KA0A 4CFXA 5AAFA 5BX0A 5E9EA 4FKPA 3HUCA 4E4XA 5GJGA 3HAVA 4E1ZA 1PKGA 2PU8A 2WIHA 3ZYAA 2FB8A 2AYPA 1WBNA 2OJFE 2OSCA 2PE1A 3C51A 3COMA 3LXKA 3PXYA 3QXPA 3TV7A 4A4OA 3DQWA 2JAMA 3NUPA 4E6AA 5DMZA 3IECA 4YJOA 3RCDA 4YSJA 3SD0A 4GJ3A 3PLAE 4BGHA 4D58A 4F9AA 1UNGA 2UW9A 3UBDA 4FEVA 4DEGA 1PMEA 4QMUA 2ITYA 1ZARA 4RLKA 4FI1A 2Y4PA 4NSTA 3UOJA 3RWPA 2WMVA 4IC7A 2X7OA 4TN6A 4G3FA 3W33A 2YZAA 4FSRA 4L6QA 2I0HA 1R0PA 2B9FA 2W96B 2WMRA 4S30A 4XUFA 1CM8A 2E9OA 4DG3E 1PKDA 3DAJA 2QODA 5C9CA 1KE7A 4ASDA 1GZOA 3U6JA 3RGFA 3N4TA 1U54A 5FBNC 4CT2A 4O6EA 4UEUA 3BHUA 5GZ9A 2EXMA 5ANEA 1F0QA 2RSVA 4TW9A 2BDJA 4C34A 5HD7A 3S00A 3U6HA 4QP7A 2WGJA 4D2PA 1ZWSA 5A46A 5CU6A 3CJGA 3BRBA 4WNOA 4U42A 4X2GA 3EQIA 4QTDA 1ZXEA 4FTJA 2J0LA 3OXZA 5LVOA 5HNBA 5HIEA 3PA3A 2V55A 2WTKB 3HP5A 2YISA 4BWXA 5BYLA 1R78A 2RL5A 5IQDA 3G9LX 2XKDA 3EZRA 3HLLA 4FV4A 2LAVA 4P90A 3VUHA 4DH3A 3QZHA 5DGZA 2WMXA 2ZYBA 4F08A 4II5A 1FOTA 2H6DA 3DB8A 3WILA 2YM4A 4HPTE 3HZTA 2P4IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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