3IDBA

Crystal structure of (108-268)riib:c holoenzyme of camp-dependent protein kinase
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
343
structure length
341
Chain Sequence
KGSEQESVKEFLAKAKEDFLKKWETPSQNTAQLDQFDRIKTLGTGSFGRVMLVKHKESGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVAGGEMFSHLRRIGRFSEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFTEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Novel isoform-specific interfaces revealed by PKA RIIbeta holoenzyme structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
molecule tags Transferase
source organism Mus musculus
total genus 108
structure length 341
sequence length 343
ec nomenclature ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date 2009-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3idbA01
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3idbA02
2NPQA 3F88A 2GPHA 5H2UA 4AW5A 2P2HA 2YCFA 4RIOA 1Y6AA 3W33A 4C3FA 5ETCA 2JDOA 4L3PA 5CSWA 3VF9A 2P55A 2EWAA 4HVHA 4G34A 2RKUA 4EH9A 3AXWA 1YOLA 1H1WA 1JVPP 1NXKA 3HV5A 3LFEA 4MBJA 3AT2A 1Y8GA 1OBGA 2XRUA 3LKMA 4IC7A 2WD1A 4ALVA 4E73A 3UZRA 5ANIA 5FTOA 3QX2A 5CEIA 1WBPA 3TDVA 1NVSA 4WBBB 5LVMA 5KBRA 3L9MA 3ALNA 5ITAA 2GQGA 1W83A 4QD6A 2OF4A 5DRDA 4ZEGA 3BIZA 3CTQA 3QRTA 1K9AA 3AC1A 4Q5EA 3ZZEA 4W8DA 3R1SA 3O7LD 4RJ4A 3UYTA 4C4FA 3V51A 2HYYA 5K3YA 4GSBA 4YUQA 2FSTX 4WD5A 3R8MA 4XRJA 3GFEA 3BE9A 5GINE 2ZDUA 1LEZA 4YSMA 5FDPA 5IA2A 3TDWA 4TNDA 4AA5A 4BFMA 4DFZE 3ZXTA 2B7AA 2WMUA 5AV2A 3DXPA 2PZ5A 3V8SA 2YITA 4IW0A 4G6OA 2CKQA 4V05A 4QQTA 4D58A 4L9IA 5F1ZA 4UYNA 4AZSA 4DTKA 4I41A 4QQCA 4LRKA 4S33A 2CGUA 4O0YA 4ANNA 3MTFA 3NUNA 3NCGA 4KBAA 2XK6A 2XIYA 4FT3A 4M0ZA 2R3MA 3ZXZA 3R0TA 5KMJA 4CKIA 4XRLA 3NCZA 5DEYA 3PSDA 3OWKA 1RDQE 5J5TA 4OTPA 4GS6A 2BRNA 3DKFA 4O0UA 3MFTA 1URWA 4Y85A 2UW7A 3UP2A 3GCVA 3ZC6A 3C51A 3KEXA 3DLZA 2UW8A 4TN6A 2X6EA 3W16A 4OLIA 2BMCA 4QP4A 3PWDA 5EK7A 1U54B 2YDJA 4C37A 3PJ3A 4HCUA 5FWKK 2XIXA 3EN9A 3UQGA 2A19B 2WTDA 3OXZA 3L9LA 4ZTLA 4L45A 5EDPA 3KA0A 3MVMA 4FSMA 4GFGA 2QOLA 3C4FA 1TVOA 4BCKA 1H8FA 3RAIA 4ZJVA 3UDBA 3D5UA 3ORLA 4ZY5A 3KQ7A 4RA4A 2YIQA 4BZOA 5CF5A 3R1QA 4FODA 4GMYA 3KULA 1GZKA 5I3RA 5DMZA 4FZFB 1R3CA 1OL7A 1P4FA 3A7GA 3L8PA 3MVLA 5EM8A 2WMTA 4D2TA 4G9RA 3KY2A 4IE9A 4A4OA 5E8YA 3O8PA 5BVOA 2X7GA 5M51A 4ENYA 4FL2A 2C6OA 3FMLA 4WG4A 2XJ1A 3BU5A 5AP1A 1FVVA 3MIAA 3NUYA 4PUZA 3BYMA 4IM0A 5BYZA 3EQPA 5CX9A 3MSSA 5AUVA 4U7ZA 3WOWA 4D5HA 3P9JA 4TYHA 2PZIA 4CTCA 4W4YA 2Y4PA 3LMIA 3PJ1A 4EC8A 3TL8A 2R3PA 4QMXA 4J1RA 5TF9A 3BHVA 2W1CA 2XK7A 4NTTA 3PPJA 5FBOA 3R00A 2QO9A 4DGGA 2GHMA 4IAKA 3BYUA 3WZJA 3VHKA 3I0OA 3W8LA 4BGHA 2IWIA 4BDAA 4PMTA 3ULIA 1YI6A 1RQQA 4FBXA 1IRKA 4QMOA 4X3FC 4LFIA 3V5WA 2IVVA 2WMSA 4ZJIA 2W1HA 3GUBA 1H28A 2C3IB 3ENMA 3G6HA 4FG9A 4IAZA 4IB3A 4LUEA 4EJNA 5AR5A 1UWJA 2B52A 4CMOA 4FX3A 1H1QA 2IVSA 2XCHA 3BX5A 3CLYA 3FL5A 3KGAA 2JFMA 3BPRA 2XNBA 3OZ6A 4I5MA 4F9WA 4U5JA 5J9ZA 3GC7A 3Q2JA 2XS0A 3KCFA 2QI8A 4BIDA 2WNTA 4HYHA 4IBMA 3G6GA 3K54A 4FZAB 2C69A 2YA9A 4U3YA 2XKDA 4QMQA 3QTSA 4QTDA 3UOKA 3VS1A 3WI6A 3CPBA 2WTKB 4YNOA 2R3QA 3EQBA 5AAEA 3TZ9A 4IDTA 4DG0E 2OXXA 3QRKA 4U8ZA 5CEPA 2WELA 3EH9A 5CANA 3UC4A 1YRPA 2VTTA 4DE4A 2R3KA 3QZHA 1FPUA 3FZPA 5CS6A 3WF5A 3W10A 2VTOA 2YM6A 2BRHA 2OJ9A 3C5UA 4H3PA 5HD4A 2QOHA 2YHVA 4FKWA 2ITXA 2OJFE 2OF2A 3V5TA 4IAYA 3KF7A 4RZWA 1J1CA 5E1EA 4AGWA 3CE3A 4M67A 4MF0A 4L42A 1QPCA 4FTOA 4AOIA 3S4QA 3PG1A 1UNGA 4RIWB 3G15A 4ORKA 3EKNA 3QD3A 2W5HA 4FG7A 4RX7A 4M13A 1JPAA 1Q8UA 2YCQA 4GJ2A 3TNWA 1OKWA 5A46A 2QKWB 3CXWA 3AD6A 3F3UA 2UZNA 5HQ0A 4I93A 4E26A 5IMEA 4CQGA 2ZV2A 4A9TA 3DLSA 4OTHA 1B6CB 1IG1A 4A9YA 2XP2A 3RGFA 1H0VA 4B7TA 3NNVA 4OT5A 2C6EA 4PV0A 3PZEA 5F4NA 3W55A 3LCTA 3VO3A 4E4NA 4JDIA 3GT8A 4YO4A 3QCSA 5EYMA 2YWVA 1YXSA 4RIXA 2IW9A 3AT4A 4BHNA 1PJKA 3TJCA 2XEYA 4P5QA 5LCJA 3MFSA 1Z5MA 3BWJA 4IDVA 3LFNA 3BHHA 3LIJA 5G1XA 4K77A 4BDIA 4FEVA 2WXVA 1J7IA 3AC8A 2JLDA 4DEIA 4NW6A 3O96A 4PNIA 1YXTA 3K3JA 4M0YA 4JVGA 3AD5A 5HE1A 5CAPA 3SW7A 1JNKA 3OTVA 4FZ7A 4XOZA 5LWMA 1I09A 1W84A 4F4PA 1M7QA 4X3JA 5CZHA 3PXRA 4L01A 3FMJA 4FC0A 2Q0BA 4GIHA 5KZIA 3E64A 4BBMA 4CG8A 2WQMA 5BVFA 3NAYA 4MKCA 1HCKA 2E9UA 4RX9A 2R4BA 2XK4A 3GXLA 3FUPA 4XCUA 5EQYA 1FINA 3Q96A 4BL1A 4I0RA 4TNBA 3QA8A 1GIHA 3U54A 2B55A 3UQFA 4NYEA 4DGLC 4Q9ZA 4IH8A 5HOAA 4MXXA 4FV9A 4HOKA 3QYZA 4L68A 4FEUA 5AUWA 1JKTA 4ITHA 3VBQA 2NP8A 3DU8A 3KRLA 5IKWA 4QP1A 1KOAA 4BZNA 5LMAA 4AP7A 4GYGA 1NVRA 4ANSA 3CQWA 5HVYA 3DY7A 3ZFYA 3JVRA 2WMBA 3HX4A 5JT2A 4TWPA 3ZEWA 3IQ7A 3MV5A 4Z9LA 3AC5A 3FV8A 4YSJA 5EFQA 1R0PA 4YJUA 3OBJA 2UW9A 4AA0A 4Y5HA 4EOIA 2P3GX 3IOPA 4HNFA 4Y5QA 2J0KA 4DGMA 2YJRA 2BKKA 3A99A 1OPJA 4TWCA 2HZIA 3OROA 4XG7A 1Q3DA 3OS3A 3F9NA 4GFOA 4YTIA 3CQEA 4D4YA 4BF2A 4ZSGA 1ZYCA 3IO7A 1O9UA 2X8DA 4P7EA 3EIDA 4IM2A 3OUKA 4OBOA 3DXNA 3UYSA 5KKRB 4O2PA 4XOYA 4HCTA 3VUTA 4I94A 3FC1X 4FTTA 3KFAA 5HTBA 3NYXA 4DH8A 5CNOA 2WTWA 3EB0A 4TWOA 1WCCA 4D9TA 1XO2B 3PJ2A 3QTQA 5HCXA 5KE0A 3QTWA 4KIKB 4DCAA 4WRGA 3RM6A 4CQEA 2HY81 2KTYA 1YHSA 1MP8A 3UPZA 4O84A 2BROA 2R3FA 3QZFA 2XA4A 4JJRA 1E9HA 2QODA 5CU6A 2EB2A 3RINA 3WE4A 2BHEA 1OPKA 3UGCA 2G2FA 1XKKA 3HAMA 3SKCA 3C1XA 5L2SA 3QLFA 2IW6A 4IZAA 3MA3A 4G17A 4DH5A 4PMPA 4K33A 4Q9SA 2YIYA 2O0UA 1DAYA 4ZMFA 4X2KA 2O8YA 4DAWA 5FLFA 5AA8A 4DG2E 4IC8A 2OIQA 1PMEA 1FOTA 2BAQA 5J1VA 2IVTA 5HEZA 3KXGA 3TNQB 3QCXA 3VS2A 4F9BA 1EH4A 1YI3A 4RWJA 4FGBA 4IADA 4K1BA 4ZS0A 4BCOA 5JGDA 2JBPA 4N6YA 2VWUA 4X6RA 3PXQA 3HA6A 4R1VA 2HW6A 4B6LA 3FXXA 3EWHA 1PY5A 3PIXA 4K6ZA 4I21A 3GU5A 3R7UA 4BDCA 3AD4A 4IVDA 4RLKA 4EONA 2X39A 2ZM3A 2J4ZA 2V7OA 5D12A 5HG9A 2Z60A 3TXOA 3PTGA 3OC1A 2AC5A 2P33A 3FMEA 3BHYA 3FY2A 5HHWA 4DH1A 1G5SA 4PTEA 4AU8A 3KKVA 4UMRA 1OECA 5CAVA 4R3PA 4F9AA 2OXYA 4A4LA 1HOWA 4LV5A 2UZWE 3SOAA 2BZKB 4EQMA 4XV1A 1KUTA 5C26A 4CG9A 5IH6A 1VR2A 4JBPA 4HVIA 2UV2A 4P5ZA 4D4RA 2HY0A 3C50A 4IX5A 3NYOA 2CPKE 4O6LA 4F7NA 2I7QA 4C7TA 4PX6A 2H34A 5ANGA 2CHLA 4GUEA 3UNZA 4GT3A 3QFVA 2IW8A 2ITYA 2IZTA 3EQHA 1URCA 5EHYA 2OWBA 2JEDA 2P4IA 3QXOA 3IOKA 3F3WA 3H9FA 4ASEA 4CKJA 3BGZA 3GU6A 3LXNA 4BKYA 4QNAA 5A4QA 4EHVA 2IG7A 3A7FA 3P1AA 3W2PA 3DT1A 1OL5A 4UXLA 3KVXA 3NPCA 3GQLA 5L8JA 3UOHA 2VTIA 4M8TA 4YJOA 2OBJA 4B8MA 3MDYA 4EZ3A 3U6IA 1Q62A 4LM5A 3GGFA 2FVDA 2YERA 2PVKA 2PVHA 4UEUA 4YJQA 4H1MA 4EOOA 3COKA 4O96A 3CCNA 4O0XA 4HVGA 4IB0A 4CNHA 3A61A 4HYIA 4LOOA 3ZO1A 4ZTQA 3DZQA 3A8WA 3LQ3A 2FUMA 3ZOSA 3IPHA 4RJ3A 4E4XA 3BU3A 5KMMA 4JG6A 4RX5A 1Y57A 1Q8ZA 4C2WA 5CSVA 2Y4IC 3CY3A 5AV0A 3DK7A 4FIEA 2H8HA 2PU8A 2C0IA 4D0XA 4C4JA 4N57A 2V7AA 5LVOA 2UZEA 3JY0A 4FSNA 3HP5A 5CTPA 1PXOA 2X9FA 5HI2A 3QXPA 5M06A 3FYKX 1Q8WA 2HAKA 3A7IA 3HDNA 3PG3A 1WZYA 3ANRA 3L8XA 3L8SA 3R28A 4YZNA 4CKRA 1V0BA 5EH0A 4FF8A 1PMNA 4V0GB 3UE4A 5EQPA 5JQ5A 2OZAA 5AR2A 4CXAA 4FE2A 3C5IA 1JKKA 3PYYA 4YBJA 5T68A 4JQEA 3RWQA 1UNLA 5CENA 5CF6A 4PL5A 4TKSA 1QCFA 3MVHA 1PXPA 3IECA 2PVLA 2WQBA 3OF0A 2W4JA 3BHUA 4HGLA 5BX0A 4BDBA 5CSXA 1JBPE 4H3QA 2GNIA 3U4WA 2W5BA 2WQOA 4B0GA 5JFWA 4FNWA 4ITJA 3E7OA 5FD2A 3NRMA 2B9JA 3HYHA 3D7TB 3TUBA 4EKLA 2PHKA 3QRJA 3PUPA 3QCYA 4TYGA 5HESA 3WZDA 4BN1A 5KBQA 2C0OA 4IZ7A 3U8WA 4BZDA 4ZMEA 4DT8A 2YABA 2PVRA 5JEBA 4ZTMA 3QGYA 3OG7A 4O27B 4FV6A 4YJSA 1B39A 1QPJA 4QMTA 3QKLA 4FKPA 3QWJA 4FV3A 3NSZA 3UIXA 5AAGA 3KXNA 4YPDA 4NFNA 5M55A 3PLSA 3E8CA 4QOXA 3AC4A 2JDTA 3F61A 4X2GA 4C58A 2UVXA 3QGWA 1GZNA 3ZUVA 4USFA 3FZTA 4XP3A 4RPVA 3HMIA 5E90A 3UG1A 4NJ3A 5HE2A 3QA0A 4UMTA 1OIYA 4BWPA 5DT3A 4QPMA 2XCKA 2Z8CA 1X8BA 1F5QA 3QTUA 4JQ8A 4NFMA 2BR1A 4O83A 4O7RA 4ARKA 4BICA 2IO6A 3OBGA 3Q60A 4ACHA 3PWYA 3KRWA 3LXPA 4PDOA 2VO0A 2GQRA 2BRGA 5J8IA 5E7RA 4JDJA 5M57A 5E8XA 3D14A 5AR3A 1JSUA 4HGEA 3LCSA 2QNJA 3LFCA 1A06A 3I1AA 3SHEA 3EQFA 4AT3A 2WMAA 4XX9A 2EXMA 4AQCA 4QTEA 3B2TA 4ZSLA 4NCTA 5GZ9A 5D7AA 2GHGA 3CBLA 4MNEA 5H8GA 4F7LA 2C5YA 4QYGA 1MQ4A 2G2HA 2PE1A 1GIIA 1JOWB 1YOMA 4U6RA 4EWQA 3O71A 5A4EA 3EQCA 2Z7SA 5DHJA 3ORXA 5DEWA 2NNWB 4ANMA 4FGRA 3PA5A 4IM3A 3AC3A 1ZLTA 1Q61A 4Y83A 3A8XA 1GIJA 4QTCA 3FPMA 5KO1A 4MWIA 5CEQA 5JFSA 4ENXA 4CLIA 4G31A 4JRVA 5AWMA 3BWFA 4TYEA 4EUTA 5C27A 5EW8A 2UW5A 1ERKA 4J7BA 2QHNA 1LPUA 3EN6A 2B9IA 3GVUA 5T3QA 5I0BA 2QHMA 3OP5A 4JR7A 5FP5A 4O81A 4XLIA 3R2BA 2WU7A 1F0QA 1BMKA 3E3BX 5IG1A 2GS2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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