3IW5A

Human p38 map kinase in complex with an indole derivative
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
350
structure length
336
Chain Sequence
ERPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKSQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDSELKILDFGLATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSLESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Screening To Identify Inhibitors Which Stabilize Inactive Kinase Conformations in p38alpha
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase 14
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 336
sequence length 350
ec nomenclature ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date 2009-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3iw5A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3iw5A01
3COIA 4DGGA 4TWCA 5KMIA 3FAAA 5KMJA 3OOGA 3C4ZA 2BKZA 1LR4A 5L6PA 2GNJA 2QI8A 3T3UA 5ACBC 3G0EA 4FIFA 4O0TA 1CKIA 3ET7A 3RGFA 5BUJA 4EOLA 4L3PA 3RPVA 4RJ8A 2VTIA 5KMNA 1RJBA 1KOAA 4PDSA 3D9VA 4W8EA 2QO2A 3GC7A 3WBLA 2PUPA 4E5WA 5DA3A 2OJJA 2QOLA 3DZQA 2EWAA 4FNXA 4WG5A 1XWSA 3GQIA 2WEIA 3KRLA 3VULA 4O81A 4E4LA 3R9NA 3PVUA 1ATPE 3G0FA 5EYDA 4D1XA 4MEDA 3SOCA 3VN9A 3ZO4A 3L8XA 5LARA 4WNKA 3AD5A 2O3PA 3NVMB 5EW8A 5L2TA 2ZMCA 4DN5A 4XHKB 2AUHA 2C1AA 1PXIA 1OUYA 2VGPA 5FEEA 2WTKC 3TN8A 1NVQA 3QKLA 3QTUA 4KKEA 1SVEA 2WTJA 3LJ0A 3KF7A 3CTJA 4IH8A 5KZIA 4DFBA 2XNOA 2F49A 2UW0A 5AUZA 1ZYLA 4WO5A 4YNEA 3QTSA 4D28A 3AC1A 3NPCA 4IDTA 4I0TA 2X81A 3UVPA 3RNIA 3FY2A 5ETIA 5I9YA 5BMMA 5CEPA 1PMEA 3LM5A 4GVAA 5IUIA 4W4YA 2VO0A 5HZNA 5J1WA 3MS9A 1STCE 3LFDA 1Q8ZA 3GB2A 2YCFA 3PWDA 4E4NA 3MTLA 5EQEA 2QHNA 4Q9ZA 2PVHA 5JSMA 4C4HA 4I4FA 3MB7A 4QMMA 4U5JA 3F5UA 5KMKA 4FA2A 1PHKA 3BE2A 1CM8A 4L8MA 3F7WA 1M52A 3NUSA 4J98A 3FEGA 1HOWA 3WZKA 3RK7A 4D2TA 3EQBA 4O6EA 4ZZNA 2QOIA 2DYLA 5CI6A 3LIJA 4FKVA 4FSNA 3F69A 4JX7A 4MVFA 4BZDA 2AYPA 5I3RA 5KBQA 5J1VA 4CFFA 3OCTA 3RCDA 3IW7A 2ITPA 2YCQA 4YJPA 2VTRA 2IZSA 3ORZA 4CFMA 3OW3A 4YZBA 3MTFA 4QQ5A 4IVBA 5T68A 3MY0A 1GZ8A 5BX0A 1FINA 2JDTA 2OF2A 3B2WA 1OPJA 3OCGA 3P7CA 4GFGA 4BDAA 4UY9A 5BQ0A 2UZLA 5JN2A 4J96A 2UUEA 3JUHA 1IA9A 5LVMA 4FMQA 3UG2A 4C3FA 5CSHA 3FKNA 4B0GA 3QQKA 5FUTA 2G9XA 3ZRKA 2GNIA 4WUAA 1U59A 2HY81 5E8WA 5T6KA 4DLJA 2G01A 2GQRA 2BAJA 2XIRA 2UW9A 4EHZA 4YJUA 2HAKA 1Q3DA 1Q8YA 5LVLA 3FQHA 5E8XA 5L2SA 2PUUA 3R6XA 1AGWA 2ERKA 4O1OA 4RVKA 4FIEA 2Z7RA 3R8ZA 5H8BA 4AT4A 4EBWA 4GKIA 2GU8A 4BGGA 4F7LA 5J7HA 4QMLA 3RKBA 3WZUA 4ACDA 4F08A 2C69A 3DOGA 4FV7A 2BIYA 3NYNA 4IAYA 3GFWA 4XOZA 2B0QA 3DTWA 5B0XA 5K4JA 3K2LA 3FMKA 3TM0A 2EXEA 4ZTRA 4YPSA 2ZDTA 3BKBA 2IW8A 4IB3A 4NM0A 3ZUTA 3EIDA 3PXKA 3RHXA 2OXXA 2PVFA 4O22A 3WIKA 5GINE 2GCDA 3IK3A 1GY3A 2UZUE 4NM7A 2ITNA 3GVUA 2P2IA 2XIZA 3ID6C 1P4FA 3CQUA 3CR0A 4IZYA 4DTKA 4M66A 4P2KA 2QC6A 4FSTA 1J7IA 2X2MA 4ACMA 4PDOA 1NA7A 2OJ9A 4XG8A 4CGAA 4I6QA 3CY2A 2PVYA 3RNYA 1PYXA 3LFAA 2C30A 4FKLA 4UYAA 5FG8A 4IDVA 3ZUUA 4BDHA 3MFUA 4NSTA 5AUTA 3I4BA 4EZ5A 2ACXA 4ZLOA 5IUHA 5IA0A 1YWVA 4Z7GA 4QMSA 4AGUA 3LFQA 3FSKA 4TYEA 2F7XE 3U9CA 4U43A 3LMIA 3H0YA 1GJOA 2XM9A 1UKIA 3V6RA 5EI2A 3CJFA 2R3NA 2J0MB 4FZ6A 4XP2A 3RWPA 4FKSA 2JDSA 2QU5A 4X2JA 3ZDIA 5HVKA 5EQPA 2X4ZA 4HW7A 4BIBA 3W2QA 3EFWA 4BCKA 4QMUA 2QOOA 3BHVA 3TEIA 1PRYA 1B38A 3POZA 1KOBA 3LKMA 3OROA 5CU3A 4O1PA 1XO2B 3L9LA 2Y6OA 3PSCA 4G2FA 2BRMA 4JBOA 3UYTA 4EH8A 4U80A 1Q8TA 4KIQA 3NAYA 3B8QA 3HZTA 4DT9A 3ROCA 5L2WA 3OZ6A 4ANOA 3VAPA 5FGKA 4EOKA 1UNHA 4FVPA 3E88A 4X6QC 3RHKA 5K4IA 2XH5A 2PVJA 1U54B 4I3ZA 5HEZA 4IADA 1TQIA 4QP8A 2WXVA 4KBCA 3NW7A 3BYUA 5F95A 4M68A 4QQTA 3ZEWA 2ZB1A 2ETRA 1PXNA 4IMYA 2X8IA 5FM3A 5DMZA 4ZXTA 2YEXA 4DFXE 4F9WA 4KIKB 1OL2A 4DGMA 1UA2A 5EH0A 4W8DA 3NZ0A 3TNWA 3ZH8A 4N6ZA 5KX8A 4CTCA 4AW2A 2Z60A 4U6RA 4Y72A 4YHTA 1VR2A 4QMYA 2IPXA 4CG9A 2OIBA 3SHEA 1MP8A 1J7UA 2WMQA 3GBZA 3SQQA 4UV0A 3C9WA 3LW0A 3MH1A 4RIWA 3OY3A 1UU9A 4X21A 3UOJA 3O2MA 3W55A 2O0UA 3D5XA 2Y4IC 4IC8A 2W9FB 4HJOA 4DFYA 5LMAA 4YU2A 2KTYA 2VTHA 4GIHA 5HICA 3C51A 2WMAA 4O91A 4X7QA 4E6CA 3BU5A 1T45A 3C4FA 5AM7A 3U4UA 2UZTA 3F9NA 2BVAA 5DIAA 4BBEA 4K2RA 1FGKA 2YIWA 1OBGA 3IPHA 4M14A 2HW7A 3VBQA 4F6WA 3JY0A 3UO5A 2JC6A 2VWUA 4M7IA 4UN0C 3E8NA 2HIWA 4V01A 3OXTA 3R0TA 2VUWA 3GI3A 4PY1A 3VUIA 4CT2A 1G8SA 3FPMA 4AN9A 1CKPA 3R30A 2FSMX 5EM6A 1KV2A 4BWXA 5HLWA 2CLXA 2FSTX 3GFEA 1YKRA 1FPUA 3OUNB 5DRBA 5JZJA 2YN8A 4G16A 4BI0A 3HV7A 3OWKA 3R73A 4FTRA 3LAUA 2R3JA 4IZ5A 2XBJA 2BTSA 4H05A 5AJQA 4BHZA 4BYIA 3VWAA 2F4JA 2FSOX 4M0ZA 2B1PA 3R7VA 2XK4A 3UBDA 1V0PA 1DS5A 1YI3A 4LOQA 4O7SA 1S9IA 2BRNA 4GFOA 3G5DA 4LRKA 5AP0A 2IZRA 2V5QA 2W0JA 2WIHA 4L67A 4RIYA 4JG6A 4EOPA 5JKGA 1PXLA 3LVPA 4O0XA 4IAAA 3BX5A 4FV8A 1ZY5A 3TIZA 4D0WA 4C33A 2VD5A 1WBVA 2CNQA 2WELA 3FMMA 4EONA 5AUXA 2WHBA 4LGGA 3HV6A 1DAWA 3NIEA 3KCFA 3KU2A 2UV2A 4II5A 3QL8A 1YDRE 3NUXA 4NJDA 2QURA 1PMVA 4PUZA 3T9IA 3CQWA 3VJOA 3VBVA 4ZY6A 4LL5A 4LV8A 3DBQA 5AR5A 1Q8UA 3BWJA 3COMA 4RVTA 2FB8A 2PTKA 3GCSA 4BWKA 5CAVA 3FLYA 4BR3A 2JEDA 2YIYA 4ANBA 4JQEA 1E1VA 1W84A 5JGDA 4GCJA 4RWIA 3TJDA 1PF8A 4ZTSA 4FGRA 3R9DA 4FKPA 4AW5A 5EHYA 3CIKA 4C4JA 2PUNA 3EQHA 2XEZA 3NNVA 1UVRA 3ZM4A 1H0VA 5EI6A 1LEZA 4N4SA 5M4IA 3AD6A 3F3TA 3S0OA 5J9LA 4WRSA 5LVOA 1XBBA 2C3JA 4Q5EA 3I5ZA 3M11A 3UO6A 2W1IA 3P7BA 5CX9A 2YLFA 3MJ2A 5ANIA 3R71A 5HU3A 4GT3A 5H2UA 5I9WA 5TKDA 4RWLA 5E90A 2RG6A 2VWIA 4PMTA 3LHJA 3Q4UA 4YO4A 3BU6A 2VU3A 1UNLA 3IONA 3L9MA 4C8BA 3KRXA 3IG7A 1PMUA 4QP6A 2GHGA 4O0VA 3EQRA 3FLWA 4XLIA 3O0GA 5CTPA 2OH0E 3HGKA 4CNHA 4GEOA 4YNOA 4KUJA 4ASXA 5KHXA 3ZFMA 1YDSE 2JD5A 1QMZA 1ZARA 3IW5A 4RX9A 4TZRA 4XBRA 4QP2A 4BGQA 3Q9ZA 1KE9A 1ZOHA 3RINA 4EL9A 2YZLA 3QGWA 1IEPA 4ZAUA 1ZWSA 5C8KA 4UMQA 4FKTA 5DR2A 3FXZA 1ZMUA 3UPZA 4I20A 3Q32A 4EH9A 1TVOA 2R9SA 3BLRA 4UMTA 4B4LA 3MY1A 4FEQA 4BKJA 2R7BA 5KMLA 4QMVA 3IOPA 1M2PA 3OP5A 5FM2A 4O0SA 4FL3A 2QONA 4B9DA 3S2PA 3L9NA 3QTWA 5J87A 2J5FA 4NW6A 2E9OA 3RAIA 1MRVA 1YI6A 5A4QA 1P2AA 2FVDA 2PVMA 3E93A 3C4EA 3Q60A 3LQ3A 3NNWA 2ITXA 3JVSA 2H6DA 2C47A 5E8YA 4PDPA 3QX2A 5HKMA 4C34A 4IFCA 5A14A 4IM0A 5AA8A 3NUAA 3EQPA 4LMNA 5DBXA 2GPHA 4L53A 5EM7A 4EC8A 4Y5QA 4BI1A 2R3FA 4EKKA 4ERKA 3R00A 3EFKA 2VTPA 4QTBA 3RAHA 3P7AA 1U5QA 2OBJA 3HNGA 5M55A 4UMUA 3A4PA 3TV4A 4RRVA 4ZSLA 5IDPA 2W96B 4QMQA 4EH3A 1BKXA 5C4LA 3PPJA 2R3RA 1E9HA 5I3OA 2WEVA 2JDOA 2PE1A 1PXJA 2P33A 3CTHA 4E4MA 4E93A 2X7OA 4ZSEA 3UZTA 3LCSA 4FX3A 3IDCA 5E8TA 4Q9SA 3A99A 3HRBA 4YJTA 1HCKA 5A4LA 4N0SA 4BCQA 5CXZA 1GIJA 3B8RA 4FG9A 4KRDA 2V55A 3R01A 4JG7A 5K3YA 4D4SA 4U42A 3UNKA 4O38A 4JRNA 5EDQA 4ZTQA 2I1MA 4IACA 2I0YA 4RFYA 4HVSA 5CEIA 1OKWA 3NUNA 2FSLX 3GOPA 1DI9A 4I5PA 4F1TA 2WMBA 3PJCA 4GYGA 3FMHA 4O82A 5E8ZA 3QQJA 4L3JA 2RFDA 2C4GA 4G9RA 4WIHA 4G6NA 3ULZA 3Q9WA 4FTNA 2RFSA 4QQJA 4FTQA 2B7AA 4A4OA 4BWPA 5FBNC 5D41A 5ETCA 5JFSA 4ZMFA 1DAYA 5IH4A 3R63A 5EYCA 3T9TA 1I44A 3O23A 4AG8A 5I5ZA 4EHEA 4AF3A 2OO8X 1NY3A 1O6YA 2YM3A 3FWQA 5FRIA 3HMMA 4W9WA 4BI2A 2YLEA 4RLLA 1IASA 5IA3A 5IEVA 1V0BA 4AZFA 1XBCA 4UMRA 4QPSA 2C6KA 3SGCA 4EYJA 2PMLX 4DEDA 3NUUA 5FEQA 2PE2A 1ND4A 2VWBA 5IMEA 1OPKA 3VUKA 4XV3A 4TWOA 5M56A 4JDHA 5GZ8A 2CKPA 3EKNA 3EL7A 3GCPA 5DG5A 4O96A 4TWPA 3QQUA 4AZWA 4XV2A 1M7QA 4I22A 4KA3A 3EZVA 4FTTA 3ZLWA 4MYGA 1H25A 4MWIA 5IQGA 3V8TA 2W1HA 2GFCA 5AV1A 5DH3A 4LV5A 4JBPA 3GXLA 3A7FA 2YM4A 3D14A 4PL3A 4RT7A 4DEAA 4HVDA 5AP1A 3VUHA 2HY0A 2ZJWA 4BC6A 1Y57A 4AU8A 2CN8A 4GT5A 1ZMVA 1JSTA 2G2HA 3G90X 4U7ZA 3Q5ZA 4MF0A 4OBOA 2WPAA 4GVJA 4EHGA 3D5VA 3PA3A 3I7CA 4TRLA 3JS2A 4LOOA 5EI8A 4IB0A 1H8FA 3A7IA 5HE2A 5EG3A 1Z9XA 2VTLA 3RZFA 5DWRA 1A48A 4BYJA 2E2BA 1YQJA 1H00A 3PPKA 3AD4A 5HOAA 4UX9A 3ORIA 2CGUA 4NCTC 2JLDA 3QXPA 4UXLA 4X3FA 2PZIA 4WBBB 4XV9A 3IW8A 4OAUC 3THBA 3W8QA 4RSSA 3ZZEA 2GS2A 3TIYA 3NUYA 3OG7A 4MXYA 3KFAA 4YJRA 3KRJA 5FBOA 4OAVB 3C5IA 4ZTMA 5C1QB 3OWPA 4BCHA 5AMNA 3QF9A 3VJNA 4ALVA 3H0ZA 5B2MA 4C37A 1L3RE 3QC4A 4JAJA 1KE6A 2PSQA 3EFJA 5IH6A 4PMSA 4AA0A 4F4PA 3F2NA 4LRJA 4XS2A 2PYWA 3FBVA 4EH5A 4YURA 2VNYA 4GIIA 3LFBA 4IM2A 2R3LA 4A4XA 2WKMA 4EK3A 1XH9A 2WFYA 3FYKX 3FZRA 5HD7A 3UZRA 4EOMA 4XP3A 1ZOGA 4R5YA 2YDJA 3FLNC 5A4TA 5HU9A 3LJ1A 2RL5A 3P5KA 1X8BA 1QPDA 4RIWB 4C3RA 2X2KA 4E1ZA 2J50A 3PFQA 4D9UA 3UIBA 4CFNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3COI A;  4DGG A;  4TWC A;  5KMI A;  3FAA A;  5KMJ A;  3OOG A;  3C4Z A;  2BKZ A;  1LR4 A;  5L6P A;  2GNJ A;  2QI8 A;  3T3U A;  5ACB C;  3G0E A;  4FIF A;  4O0T A;  1CKI A;  3ET7 A;  3RGF A;  5BUJ A;  4EOL A;  4L3P A;  3RPV A;  4RJ8 A;  2VTI A;  5KMN A;  1RJB A;  1KOA A;  4PDS A;  3D9V A;  4W8E A;  4AQK A;  2QO2 A;  3GC7 A;  3WBL A;  2PUP A;  4E5W A;  5DA3 A;  2OJJ A;  2QOL A;  3DZQ A;  2EWA A;  4FNX A;  4WG5 A;  1XWS A;  3GQI A;  2WEI A;  3KRL A;  3VUL A;  4O81 A;  4E4L A;  3R9N A;  3PVU A;  1ATP E;  3G0F A;  5EYD A;  4D1X A;  4O4C A;  4MED A;  3SOC A;  3VN9 A;  3ZO4 A;  3L8X A;  5LAR A;  4WNK A;  3AD5 A;  2O3P A;  3NVM B;  5EW8 A;  5L2T A;  2ZMC A;  4DN5 A;  4XHK B;  2AUH A;  2C1A A;  1PXI A;  1OUY A;  2VGP A;  3W0P A;  5FEE A;  2WTK C;  3TN8 A;  1NVQ A;  4DDI A;  3QKL A;  3QTU A;  4KKE A;  1SVE A;  2WTJ A;  3LJ0 A;  3KF7 A;  3CTJ A;  1W2D A;  4IH8 A;  5KZI A;  4DFB A;  2XNO A;  2F49 A;  2UW0 A;  5AUZ A;  1ZYL A;  4WO5 A;  4YNE A;  3QTS A;  4D28 A;  3AC1 A;  3NPC A;  4IDT A;  4I0T A;  2X81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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