3MPT | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	349
structure length	347
Chain Sequence	ERPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLHTDDEMTGYVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__25024734845930707__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__25024734845930707__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MPT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__25024734845930707__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"25024734845930707","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MPT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__25024734845930707__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	The discovery and initial optimisation of pyrrole-2-carboxamides as inhibitors of p38alpha MAP kinase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mitogen-activated protein kinase 14
total genus	114
structure length	347
sequence length	349
ec nomenclature	ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date	2010-04-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	3mptA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3mptA01

5I9WA 5FRIA 3OOMA 4XG7A 4CMTA 1PF8A 3OCTA 4GT4A 4IFGA 5J5SA 4EOIA 3F69A 3QA0A 4UEUA 3SHEA 2YZLA 5CENA 3O2MA 4EQMA 2OIQA 3JUHA 5EI6A 4L46A 4FEUA 3QRJA 4EKKA 4IFCA 3R7VA 3PP1A 4M68A 3RAIA 4E6AA 5HCYA 5HU9A 4FV2A 3HV7A 5IA4A 2F9GA 2X2MA 4L7SA 2QODA 2YZAA 3RHXA 3DJ6A 4YNEA 4QP6A 4FA2A 4RRVA 4GIHA 4YHTA 2WFYA 3O7LD 4PL4A 4NFNA 4CKJA 4O0YA 4UWYA 5AUUA 1YRPA 4PDPA 4PV0A 1YVJA 3ZLXA 5HO7A 4ACMA 3BHTA 5KZIA 3ZEPA 4F1OA 3ITZA 2HXQA 1WBOA 2GNLA 4C38A 3LW0A 3DDPA 4O91A 1YWRA 5HG9A 3ZBXA 2J7TA 3QF9A 3TNPC 4HVDA 4KBAA 3LCTA 4DFZE 1H4LA 2QURA 5ETAA 2OI4X 4C2WA 4C57A 2VNWA 4EI4A 4CYJA 4RGJA 3MPTA 4J99A 4D0WA 3LFAA 1UWHA 4C4GA 4GMYA 1W0XC 3TEIA 2OK1A 2PHKA 4FTMA 4R1VA 3DBEA 4AZSA 3OTUA 3D4QA 4U40A 1Q8ZA 4BTFA 2CKPA 4FYNA 3K5VA 4TRLA 4IE9A 3QC4A 2B0QA 1KE9A 2ONLC 1PXKA 4FG9A 5GJFA 4MD8E 1WBSA 1PMEA 5GINE 3EYHA 4D2SA 5IKWA 1W98A 3C0GA 4WRGA 3EOCA 3QXOA 1H25A 3EQIA 3M2WA 3D83A 2OO8X 5ETCA 3VVHA 5J87A 5H8BA 5EKNA 2Q0NA 2P3GX 2J9MA 1QPJA 1YXUA 4JIAA 4XLVA 5CANA 1XH4A 4KIPA 4B6LA 1P4FA 4O0VA 3AC1A 4E4LA 3VUDA 3A2CA 3KRLA 2XJ0A 3VO3A 2Z2WA 4YJQA 3HRBA 4KABA 4A9TA 5BVFA 3ACJA 1XH8A 3LFCA 3NCZA 3HGKA 3FI4A 4FKVA 2V62A 4K8AA 5DR2A 1JKSA 2RKUA 4TYIA 4GL9A 4AX8A 3HRCA 1IRKA 3UG1A 4C2VA 2QHMA 2XJ1A 3FMEA 4PWNA 4R3CA 3EJ1A 2XCHA 3G5DA 2WTCA 4JIKA 3GU8A 3DAEA 3GC0A 3HMIA 3B8RA 4XHKB 2OGVA 2FSTX 3H9RA 5IQBA 3UIBA 4XBUA 4YJRA 3GNIB 1PJKA 4WIHA 4D55A 5CVHA 4QP1A 4EC9A 5LMKC 2Z8CA 3P7CA 4DFUA 3RBWA 3ZFYA 2ITPA 4G17A 4R7BA 4KKGA 5AV2A 4CVAA 5C8MA 2CLQA 2UZNA 3KXMA 3MV5A 3PXFA 3QKLA 5BYLA 2B9HA 3FLQA 1RE8A 4D2WA 2GMXA 3LJ0A 3FLSA 4IAIA 4DEIA 3U54A 1OKYA 3EKNA 3WF9A 3KKVA 2WB8A 4CD0A 3G9LX 1REKA 3LPBA 4F0GA 3ZSGA 4IB0A 5E1EA 2QOCA 3PVUA 3BCEA 4W4VA 4DTBA 5I3OA 3KXXA 4FKWA 3ZHPC 4D58A 4IXPA 4YTHA 1UNGA 2PWLA 2LAVA 3DOGA 1ZOGA 4OR5A 4EL9A 4Q5EA 5F20A 4BWXA 2ZDTA 3H4JA 4IMYA 4ZY6A 5K4IA 1W82A 2R3JA 4FIHA 1PXLA 4MD7E 4YC6A 4LM5A 2YHVA 4DFLA 2HZ0A 4QTCA 4FTLA 4LMUA 3VS6A 3GQLA 3PLSA 2XMYA 3D5VA 3KL8A 3NUSA 2CCHA 2JEDA 4M84A 3DGKA 4CFWA 1ZMVA 4CGAA 3LXKA 1P2AA 2E9UA 4C7TA 3O23A 2QO2A 2XNMA 3F6XA 3I0OA 4UXQA 4ZS4A 2BIKB 4QPSA 3QFVA 5EG3A 4FSZA 3ZUUA 5CSVA 4EJNA 4CT2A 4FKTA 5E8ZA 3ZUTA 3R1YA 3ZLWA 2VV9A 2GNIA 1J7IA 2CNUA 2WELA 4WG4A 3RNIA 2HELA 4BC6A 5KMKA 2SRCA 2YM6A 4FK3A 3PXZA 4U97A 4QMLA 4QYFA 4H05A 2I40A 2A4LA 3OG7A 5LWNA 4YZCA 4IH8A 4QYHA 3U4UA 2PMNX 2QLQA 4O6LA 4EWHA 3WE4A 4QMTA 3HP5A 1S9IA 3ULZA 3A4OX 3VAPA 4D4RA 3EIDA 1OL1A 3FZSA 4UMQA 4FOBA 3UC4A 4O7TA 1QPCA 1Q8TA 1ZOEA 2RSVA 4IB3A 4ENXA 5KKRB 3PG3A 5M08A 3NVKI 2QKWB 1L8TA 3HZTA 4I94A 2QOIA 4R6VA 3KK9A 3LXNA 3FXWA 3IK3A 3PJ8A 4S30A 1Z5MA 3DPKA 1PXNA 2VGOA 4RWJA 4RLKA 3IOPA 4C02A 4USEA 2VWVA 3FQEA 5IMXA 3PFQA 4KIKA 4MX9A 1OVEA 4JXFA 4FKOA 1VEBA 5FQDC 3SX9A 3C4WA 1J1CA 3Q32A 4RQKA 3IONA 2YAKA 4NM5A 3A7IA 3DB8A 3DK3A 3UO5A 5DYJA 4XEYA 1YXVA 4OBOA 1PY5A 3MA3A 1ZAOA 4O7YA 3LFSA 4IB1A 3VW8A 4AT5A 5GZ9A 2WMAA 2WMQA 2OXYA 1OM1A 4EYJA 4F09A 2AC5A 3Q5ZA 3TZ7A 3IW6A 3W2OA 5IEVA 4XP3A 5E1SA 4J8MA 3PVBA 4NZWB 4I0SA 1M7NA 3MFRA 4FKGA 4WOVA 3ORNA 4U44A 3DQWA 4CZTA 3GVUA 5HIDA 3PP0A 4P5QA 2GNGA 3GQIA 4ARKA 3ET7A 3TUDA 4MNFA 3TDVA 1H1RA 1XH6A 2ITWA 3QXPA 5EW8A 1YKRA 4F99A 2XKFA 4ACHA 4BCHA 4IX3A 2G15A 4AE9A 4MQ2A 5LWMA 4IADA 3OVVA 5AR4A 2A27A 2VO7A 5CU2A 5K5XA 3ZZWA 5I5ZA 3BZ3A 4R3RA 3KA0A 4UXLA 3MH2A 3HAVA 4F70A 5JFWA 4WG3A 3KVWA 3F3WA 2VO6A 4ANBA 2CN5A 3HL7A 4FICA 4E5WA 4ZJIA 3HNGA 4IZYA 1GIIA 4ZZOA 2XP2A 5EQYA 3WZEA 1UU7A 3ZXTA 4FGBA 3ATSA 4YGAA 5J1WA 5H9BA 3Q4TA 4MH7A 3SW7A 3ORTA 1ZZLA 4A4LA 4C35A 3C0HA 3OC1A 2CJMA 1P4OA 2JBOA 3AD4A 4LGHA 4NJDA 2ESMA 2OH0E 4X21A 4C62A 4B7TA 4MTAA 3RK7A 4OLIA 2YM8A 5A4QA 4ZSEA 3I5ZA 1ZMWA 2P55A 1OIYA 5J1VA 2PMIA 4O0RA 5FDXA 2W1IA 4GEOA 2VTMA 4U8ZA 2VWBA 4CFNA 5TT7A 5GZAA 2BZJA 4H1JA 4YJNA 3MBLA 2UW8A 2ZM4A 3G9NA 2PVLA 2OJJA 3MB7A 1CKIA 1MRYA 2UZVA 2Z7LA 3R1SA 3ZU7A 5K4JA 1FPUA 2ZMDA 3KCFA 1W8CA 3HECA 4QP8A 4AT4A 4F1TA 4H3PA 1XH5A 5L8JA 4BKJA 1W83A 3HUCA 4RX5A 3MVHA 4KKEA 1KV2A 3TUBA 4GJ3A 3A7GA 2IN6A 1WBTA 2WMSA 5C1QB 4RIOA 3ZO4A 4E6CA 4FX3A 5FP5A 4ZEGA 4JG6A 5KCVA 4F9AA 2XYNA 1LPUA 4CZUA 4D2PA 3P78A 3ZRLA 3BQRA 4DH1A 2HW6A 3PE1A 3TG1A 4CG9A 4IAAA 2HZ4A 2BALA 3FMMA 2WMBA 4LGDA 3C13A 4G6OA 1OPKA 2WNTA 1GZ8A 3OFMA 4GK4A 4LUDA 5C27A 5CAOA 2YACA 5CSWA 5FXQA 5L4QA 3LMHA 1QL6A 3UO6A 2I6LA 4HPUE 1H8FA 4L7FA 1K2PA 1XH7A 2W9ZB 3I6WA 2VTTA 3NNWA 5ANGA 3EQCA 4E93A 5CASA 4ALWA 4KWPA 3BLHA 3D94A 3R1NA 4YSMA 3R7UA 2GNHA 1JSUA 4QP7A 5JKGA 3CY3A 2WHBA 4LL0A 2GQSA 2JDRA 4FNYA 4HNFA 1DAWA 5EQPA 5ITAA 4BCIA 4ZLZA 3G6GA 5CU4A 3VUTA 5HO8A 3EMGA 3TKHA 5E7RA 2UV2A 5IDPA 5E91A 2HWPA 3EKKA 4BGQA 4HW7A 4FNXA 3GENA 2G2FA 4K77A 4FT9A 2OJFE 3QUDA 4JDHA 2QVSE 3WOWA 4CFVA 4BFMA 5CALA 1O9UA 2CSNA 3SLSA 5TF9A 2GU8A 2YITA 1U46A 4ZTQA 2YLEA 3COHA 2VZ6A 5CZIA 4AA5A 5HBEA 4Y5HA 1GZOA 4BKYA 4U9AA 4BIDA 2W1FA 4U5JA 4F9CA 3EN9A 4EZ7A 4FL2A 1IG1A 4PMSA 3GUBA 4ASDA 3ANRA 4FKPA 4H3QA 2O65A 2W1HA 1LR4A 4QMSA 3FLYA 3EQFA 3KC3A 3ORPA 4IVCA 4UB7A 3F61A 1SZMA 1TQPA 1OL5A 4QQCA 3VQUA 4BN1A 4J52A 4EZ3A 3I5NA 3Q96A 4JNWA 4KIQA 4D4YA 4Z55A 5FTGA 4RJ3A 3TI1A 4EJ7A 2QI8A 1JPAA 3OUKA 2EXMA 3DT1A 1NVSA 4FZ6A 4NW6A 5K3YA 5IA3A 4ORKA 3JY0A 1FVTA 1H0VA 4ZSGA 3UP2A 1CTPE 5AX3A 2W5HA 1PXPA 4NIFA 5DEWA 5HNBA 3OWJA 3SRVA 3PJCA 2WD1A 4JT3A 4TYHB 3TWJA 4HOKA 4O1PA 2WQEA 3IDPA 3QWJA 4IBMA 4LL5A 3N9XA 4S33A 4RT7A 1F0QA 4YHJA 3NW6A 3L9PA 3VUIA 3TACA 3KULA 4DTKA 3NX8A 5DRBA 4FEVA 1ZARA 3PJ2A 3R8ZA 3BHHA 2BRNA 1UNHA 3BHYA 3F5PA 4C34A 4PPAA 5C8NA 1KE6A 2R3NA 4JBVA 4DEGA 3FZRA 2PSQA 5J8IA 3IGGA 3MJ1A 3QC9A 3C5IA 3CS9A 3NW5A 4E5AX 2UW9A 3BI6A 5BYYA 3ZEWA 1GIHA 4ZSLA 3LHJA 3UO4A 5EH0A 3CD3A 5CF8A 3FBVA 4EH2A 4G3FA 3E93A 2C3JA 1G3NA 3KF7A 3CIKA 4MNEA 4JDJA 5FEEA 4RZWA 3HYHA 3W2RA 1WCCA 4RWKA 3UIUA 3II5A 4CTBA 5CEMA 3OWKA 3BYUA 1L3RE 4L9IA 3P7BA 3R2YA 2QNJA 4DLJA 4L44A 5DVRA 5E90A 2VX3A 3VRYA 4DG2E 5BVNA 5JRQA 4EHVA 4F64A 4FEXA 3GB2A 1M2PA 4FSWA 4J95A 4JBPA 3KXHA 4EH4A 1X8BA 4BWPA 4Y72A 3KU2A 3RPYA 2ZV2A 4AFEA 2I0EA 3KXNA 2R3PA 4FIFA 4N6ZA 3VS3A 4ZY4A 4ZXTA 2V5QA 2Y4IB 3CJGA 3BHVA 3UODA 3QTQA 5FXSA 4GT5A 5DFPA 3VC4A 1WBWA 2UW7A 3T3VA 1KWPA 3QUPA 3L8PA 4AZTA 4V05A 3OW3A 1REJA 4NH1A 4WNKA 5J9ZA 1CMKE 3PJ1A 4FTQA 4QMXA 5C03A 1Y91A 4KRCA 5JZNA 4TPTA 2X4FA 2A0CX 4O2PA 4E73A 4YZDA 3LFEA 5AJQA 4BDHA 2VTLA 3O50A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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