3ORXA

Pdk1 mutant bound to allosteric disulfide fragment inhibitor 1f8
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
285
structure length
283
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFCFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQRANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Turning a protein kinase on or off from a single allosteric site via disulfide trapping.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 81
structure length 283
sequence length 285
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3orxA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3orxA01
3RAWA 3DXPA 5DWRA 5GJDA 4R1YA 4KIKB 3MPAA 1J1BA 2R3QA 3QKLA 3Q04A 4UWBA 3UYSA 4I23A 4RZVA 3S00A 3KREA 2WMVA 1Q61A 2WTKB 3OFMA 2J0MB 3FZPA 3LVPA 1SM2A 3QL8A 2PZYA 4YHFA 4XG4A 3ZO4A 4HVHA 4O7NA 2REIA 3C13A 3FJQE 3P7AA 1UWHA 2UZBA 3UIMA 1ZYDA 4D2VA 2GS7A 4K9YA 4FT7A 4YZDA 2X7GA 4QMZA 4U42A 5ETCA 4QMYA 4ZTMA 4JBPA 4LGDA 5EW8A 3F6XA 4WUAA 5BYYA 1VR2A 2R3MA 3GC7A 3GCQA 4DH8A 3DB6A 5HIEA 4IB0A 3IO7A 5BVKA 2BDWA 4RIXA 1J1CA 2RFSA 2PSQA 2XNMA 5EYDA 2WU7A 4IAYA 5EDPA 4DEBA 4IX4A 3QQGA 5HG8A 4DGNA 4LGGA 4L45A 4EOOA 3UO6A 3EIDA 4R3CA 2PPQA 4F7SA 5LWMA 2RF9A 3D7TB 4GV1A 2YIQA 3DY7A 5AP6A 3EQDA 3D9VA 4ALVA 5HBEA 4ZSEA 5HBJA 5M53A 5HI2A 1HOWA 4K18A 3SOCA 4F0IA 3QGWA 4GU9A 4YHTA 2B55A 2I6LA 4RPVA 3TACA 3BGPA 1FQ1B 4ZS4A 4BTKA 3UIUA 1YW2A 3DDQA 5AR2A 3V8TA 2HZIA 1ZMWA 4JAJA 2C6KA 2PZRA 5E8UA 4U80A 5M55A 2EVAA 3WZEA 5IQEA 1JLUE 3GUBA 4RZWA 5DBXA 4ERKA 3I5NA 2W96B 4CZUA 5IQDA 2YAAA 4L53A 4BI1A 4EH7A 4NCTC 5JFSA 1WVYA 5DGZA 3KRXA 2C5VA 4YURA 3LQ8A 3R01A 4KAOA 5L6WL 4BYJA 3AT4A 4D2WA 4D0WA 3BHVA 4DN5A 2G01A 3R0TA 5CAQA 3O51A 3CS9A 3HL7A 2E9PA 3K5VA 3P7CA 5ANKA 4RVKA 4FYNA 4JDKA 4KSPA 2JKOA 2XIKA 3NYOA 5J7HA 4LRMA 4GVAA 4TYIA 4PL5A 3HDNA 4I0TA 4M66A 4E73A 2FH9A 4G5PA 2GU8A 3NYVA 4BB4A 3HGKA 3N4VA 4ZMEA 3C4ZA 3VJNA 1MQBA 1PXOA 4IAZA 4JBQA 2B7AA 4NK9A 4XOZA 4O6LA 5JSMA 2PL0A 1TQMA 1CKPA 2IZUA 3BYOA 4FIFA 1S9IA 4FVRA 3KMMA 4QMMA 5M08A 2W1EA 3ZUUA 1NVQA 1APME 2WMAA 3GBZA 3O71A 3QX4A 4QO9A 4AWIA 5IA3A 4JR3A 3Q32A 3ZLSA 4MWIA 2ITNA 3IOKA 4BDHA 4D2RA 4AZEA 4RJ3A 2HY81 4RJ8A 4RSSA 2Y8OA 4FG9A 2A2AA 4E4NA 2OBJA 3OBJA 3R22A 5FP6A 1ZYLA 3LXLA 3PPKA 1B6CB 5KX8A 1FVRA 3FDNA 3TM0A 2YDKA 4ZTNA 1PKDA 4G9CA 3EQPA 2PVNA 1K3AA 2QLUA 5CX9A 2PZIA 3NLBA 2YISA 3CC6A 4G3EA 4X2KA 1RJBA 3MS9A 5HIDA 3TCPA 1IA9A 3W2CA 1IG1A 2XJ0A 5K0XA 4X6QC 2JDOA 1YRPA 2BMCA 4FL2A 1FGKA 1H08A 4FT9A 4IC8A 5EM7A 4QMVA 5CEOA 2WKMA 3PY1A 5IEVA 3FI8A 4XV2A 5DLSA 5LVNA 2BRHA 4R3PA 4FKOA 3BWFA 2ZAZA 4FV1A 3PVGA 2B4SB 5IPJA 4ZZMA 2GPHA 3Q4UA 4I94A 4TKSA 5CVHA 1JVPP 3GFWA 4ACCA 3FSKA 2JDRA 3P0MA 5GINE 3Q9YA 4TXCA 2H6DA 3PE2A 4YLKA 3GQIA 3AGMA 4KKEA 4ANSA 4FV3A 4D9UA 1OB3A 4J98A 4QMNA 3ZC6A 3WZJA 4Q2AA 5AUYA 2WTKC 3GCPA 5IH5A 3QWJA 2EXMA 2Y6OA 1TQIA 1OKVA 4P4CA 5EOLA 5I9YA 2ETMA 2W1HA 1LPUA 3CEKA 3CQWA 4Z55A 3Q96A 5IA4A 2VD5A 5IF1A 3P1AA 2XRUA 2HIWA 3DKCA 4NW6A 5A46A 4EQMA 4G6LA 5M4IA 3F82A 4RWKA 4AW2A 4D1SA 4O7YA 4JQ7A 4X7QA 1NVSA 4DFLA 4BR3A 4DFXE 2EXEA 3RMFA 3HMMA 5B0XA 2DUVA 4Z7GA 3ORTA 3KRRA 5E8SA 3E5AA 5FEEA 4JLCA 2PVKA 4DBNA 3F88A 1R0EA 1OL5A 1QPJA 5E8ZA 5M06A 4RIXB 3TIYA 3ID6C 4FUXA 1JAMA 4ZXTA 2RKUA 1BL6A 3CD3A 3QGYA 5HZNA 3ZLYA 1PXMA 2ZV7A 3TIZA 2XIYA 2XJ1A 3FMMA 5HO6A 4EH5A 4EOQA 3D5UA 4BCHA 4DGLC 3LW0A 3RAKA 3D4QA 3F3ZA 3HV3A 3QALE 4S2ZA 3KMWA 4DGGA 5L2IA 4FUYA 3TTJA 4CSVA 5HCYA 4M97A 3CJGA 1I44A 4CFXA 3RALA 3ZHPC 3SHEA 3VUMA 4AT3A 3U51A 5DT3A 4U9AA 5IUIA 3CCNA 2I0HA 2W17A 3R6XA 5EM8A 2Z8CA 1T46A 4LGHA 5AR4A 2C6IA 4ANOA 3EYGA 4WT6A 3DBFA 4WG4A 2UV2A 2UZEA 4QP1A 2QOHA 1H8FA 4P5QA 5LVLA 4O0UA 3EQRA 4JBOA 4CLIA 3H9FA 4F0FA 5KO1A 4HCVA 4AN3A 2H34A 3FAAA 3OD6X 3EFLA 5EHYA 2VTOA 4GJ2A 4AGDA 3IECA 3PY3A 3VF9A 4WA9A 1XHAA 3WOWA 4FNYA 4A9RA 3AT3A 3R00A 4N6ZA 4ZSAA 4E4MA 3V01A 5FQDC 4RFZA 3AD6A 3O8UA 4XNEA 3TT0A 1ZMUA 4H3PA 5C01A 2FSTX 2YJSA 2ETRA 3UMWA 4YTCA 5AAEA 4X6RA 3WF7A 1Y57A 3R9DA 4QPAA 4A9YA 1H26A 1I09A 4K6ZA 2E9UA 3UIXA 4QNYA 4EOKA 3GOPA 4YJTA 3R9OA 1NY3A 4IDTA 4XP2A 5DR6A 4MBJA 3ZBXA 5E90A 2OXXA 3UNJA 1U5RA 4FEXA 3FMLA 5HKMA 3PZEA 5D9HA 2R7BA 1L8TA 3P86A 4OTWA 3A4OX 1Q41A 2HZ4A 4AT4A 3L1SA 5DPVA 3P5KA 4FICA 3C0IA 4USDA 1PW2A 5AX3A 4M0ZA 3S3IA 5CY3A 4F7NA 2YM6A 2JIUA 4QYEA 3KK8A 5AX9A 4L8MA 2X8DA 4I6HA 3OCTA 3R63A 4LQMA 3H4JA 5A9UA 2EU9A 2OO8X 4BDGA 4KUJA 4GU6A 3G9LX 3UQGA 1WBVA 4FT5A 3U9NA 3VBVA 4USFA 4CFUA 3IDPA 3A60A 5DRDA 3AOXA 3FPMA 3C4FA 4YO6A 3HP2A 4WNKA 3F5GA 2QR8A 4BN1A 5IEXA 3QQHA 3GB2A 4V04A 3P9JA 3MFUA 5K9IA 4RX7A 2XZSA 3KEXA 4ZTRA 5CSVA 5GZAA 5L8LA 3A7IA 1WVWA 4O7LA 1W82A 2P55A 3BLRA 3AC8A 2BZJA 1WBWA 5KCVA 3U6JA 3PXYA 1MRYA 2RFDA 3E62A 4ALWA 4MXZA 5IEYA 3LJ2A 3U55A 3AC3A 3NWWA 4UALA 3CTJA 3FSFA 4ZSGA 3DV3A 4DE4A 4FT3A 3TNPC 1DAYA 1SVGA 2BPMA 5C8KA 5H2UA 4CEGA 3KRJA 5JMSA 3CGFA 5AA9A 3AMBA 4XBRA 1RW8A 4HZSA 4HVGA 2R3KA 5FXQA 4U8ZA 3CJFA 3ORPA 2PE1A 3QTRA 2VTMA 4QTCA 4QYFA 3QF9A 3SOAA 3MTFA 3VUIA 4A4LA 1PMUA 4BTJA 5JH6A 3VHKA 3LKMA 3DTWA 3EKKA 4PMMA 2O64A 3VW8A 4E20A 5IA1A 4EEVA 3HV6A 2R3GA 4BIDA 1UKIA 4FIJA 1FINA 3QZGA 2W9FB 4FIEA 2DQ7X 2RFEA 3AG9A 1PY5A 1RQQA 3OXTA 5CSXA 3VNTA 3VUTA 2OWBA 4FA2A 3D83A 4ZMFA 3R9NA 3RHXA 3LE6A 3VHEA 1AD5A 1BYGA 5IG1A 4KB8A 2YCQA 2JAMA 3FMNA 4GK3A 1OIRA 3OHTA 2BAKA 4ZY6A 3HV5A 4XX9A 4FV8A 3CY2A 4ZP5A 4GT4A 3MWUA 5CZHA 4FKSA 4A9SA 3ORNA 4FTNA 5HVJA 5JFWA 1B38A 5CLPA 2OICA 4FEUA 5IISA 4HYSA 5CEIA 1OECA 5FTQA 4FSUA 4NJ3A 4AP7A 4H05A 2WU6A 4PTGA 4DG0E 2IJMA 2YM4A 5B7VA 2X7FA 1SNUA 1H24A 2B1PA 4J1RA 4TZRA 5IMXA 1O6YA 4FT0A 3GC8A 3HMOA 3CIKA 5ETFA 2XNOA 3NUNA 4MVFA 4D9TA 3D94A 2WTDA 3JUHA 1URWA 2Q0NA 4M67A 1URCA 2Y4PA 3IQ7A 4MXXA 4QQJA 1PMVA 3NUUA 4FSRA 4WG3A 5CVFA 4O1PA 2QQ7A 3POZA 4G34A 3BYVA 3D5VA 5J79A 4OTIA 3COKA 2PVJA 3DOGA 3MVMA 3TWJA 2A19B 2ZOQA 3DKFA 4TWOA 4R78A 2WOTA 2G2IA 3ZOSA 4YC8A 3I1AA 4IBMA 4U3YA 4FVPA 3U6IA 3FXWA 4LV5A 2UW6A 3UQCA 5GZ9A 5LMBA 3O2MA 2WIPA 1JKTA 2A27A 3MA3A 1TVOA 4M14A 3KVXA 2RG6A 3OY1A 4NH1A 2QURA 3V6SA 5IQFA 3UC4A 2WD1A 4FEQA 3GU7A 4O7RA 4LMUA 4Y72A 2ACXA 5DMZA 4MAOA 1Q24A 2UZTA 3L9PA 3RWQA 2RG5A 4YNOA 2OW3A 3DPKA 1RE8A 3FXXA 3H3CA 5H3QA 2BR1A 3FQHA 3KXZA 4NT4A 3R8UA 3VBXA 3ZRMA 5CALA 2CKOA 5KMMA 1VEBA 3RWPA 4C4HA 2X39A 3QZFA 3KXMA 2VWBA 4NIFA 5CQUA 3G51A 1OKWA 2QCSA 3LZBA 4TL0A 5CF4A 3PA4A 2H8HA 3V51A 5M09A 4PWNA 2HW7A 3U8WA 3FPQA 2VO0A 3PJ8A 4HZRA 3ATSA 5FXSA 4ERWA 5EHOA 4GW8A 3O50A 4QQCA 3LXKA 3QTUA 4XG7A 3PXFA 3Q5ZA 4FV7A 4GKIA 2VTJA 1QPEA 2IVTA 2GHLA 2YABA 3BLHA 4FL1A 3KMUA 4DHFA 2O63A 5I9VA 4Y8DA 3FY0A 1A06A 4FKLA 3ZXTA 4Y95A 2E9VA 4DG2E 4DTKA 3UGCA 2CKQA 3OWKA 3FKLA 2C3KA 2ZM4A 3ZTXA 5F20A 5FM2A 3DQXA 1J3HA 4YP8A 2W1FA 3NCZA 3UVRA 2QR7A 3AC4A 2OIBA 3PP1A 4RX9A 2GMXA 4I41A 4RJ4A 4LG4A 2ITYA 4NEUA 4CCBA 2PU8A 2Q0BA 4BZNA 2QG5A 1XBCA 4EHVA 1BI8A 2P4IA 3VQUA 1Z5MA 3LHJA 3ZLXA 5D7AA 5EI2A 4FZ6A 1QCFA 1JKKA 5EYKA 3HP5A 2BZKB 3IW4A 4UWCA 5D7VA 4PPBA 4AAAA 4ANBA 3GU4A 3MH1A 3HA8A 5H9BA 2BRMA 3RKBA 4WG5A 5JFXA 3I7BA 5AJQA 4I6FA 3F9NA 4IX5A 4FMQA 4YJVA 3EL7A 5IA0A 4ACDA 3RK9A 2J0KA 4CT1A 3FMDA 3PSBA 4C35A 4RC3A 1OITA 1W84A 3NUYA 4K1BA 4NFMA 2P2HA 4U43A 1MUOA 5CAUA 1XJDA 1BKXA 1MQ4A 2QI8A 3BU3A 3AC1A 3FY2A 4JRNA 2JEDA 3F5UA 1OI9A 2BIYA 2VO6A 3S2PA 3U9CA 4AZSA 4NKAA 4CXAA 2IW8A 1Q62A 4D0XA 2FVDA 3G2FA 5HU9A 2C0OA 3RPOA 4UYNA 4FKUA 4RGJA 3FXZA 2QONA 4BBMA 4IMYA 4AE9A 3FKNA 3F69A 3MBLA 3MJ1A 3MV5A 3R28A 3TNWA 2O3PA 4AZFA 2GDOA 4F7JA 4J97A 2YAKA 4FIHA 5FRIA 2WMUA 2BZHB 2YEXA 3QRIA 5EYCA 1UU7A 1OL6A 3H0YA 1OIQA 4N6YA 3VS0A 1PJKA 4E6CA 5AAGA 5C8NA 2VTRA 3A7GA 4CGAA 4ZOGA 3V5TA 3L9NA 2QVSE 2CN8A 3TZMA 2G2HA 2OFUA 4I5HA 4Q9ZA 5FG8A 4X2NA 5I5ZA 5E91A 3BX5A 2WTJA 3IW5A 3MB6A 3VN9A 3B2TA 4C61A 3KN6A 3T3UA 3SGCA 5E1SA 1OZ1A 1O9UA 2R3FA 5AIKA 3MIAA 3Q2JA 4G9RA 5AP3A 3CTHA 3TUCA 4RBLA 4I6BA 4AUAA 5TKDA 5IQCA 2PZ5A 3NX8A 2C6TA 5F1ZA 5AA8A 4X0MA 4BDIA 1KOBA 3UO5A 5CEMA 3HLLA 3LXPA 4D4RA 1PMEA 4DG3E 3FLSA 2A4LA 4MHAA 4F70A 4UMPA 5EH0A 2HOGA 4FEVA 4O7SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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