3ORXA

Pdk1 mutant bound to allosteric disulfide fragment inhibitor 1f8
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
285
structure length
283
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFCFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQRANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Turning a protein kinase on or off from a single allosteric site via disulfide trapping.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 81
structure length 283
sequence length 285
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3orxA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3orxA01
5AA9A 3TDWA 4U79A 3KCKA 3PPKA 3QQGA 4DLIA 1AD5A 4UWYA 1OZ1A 4JBOA 3UVQA 5E8XA 4MKCA 4XRJA 3IO7A 3TJCA 2C0IA 3UQGA 1G5SA 3E3BX 4B99A 3BLRA 4E4LA 1H1QA 3QF9A 5M07A 1ZOGA 2PVLA 2VX0A 5HO8A 4M68A 2IZTA 4HNFA 3TIZA 4JT3A 3I5ZA 4G6OA 3W1FA 1J1BA 2LGCA 2CN8A 2OH0E 4GJ2A 4PWNA 2BRNA 2BMCA 4BIBA 3CLYA 3OW3A 5GINE 3GB2A 3RCJA 2PHKA 4NW6A 4EHVA 2PZIA 4R3RA 4ONAA 4RGJA 4G34A 2XNGA 3ZO1A 5A9UA 4RVKA 3OBJA 4DFYA 4A9YA 2HYYA 5DFPA 1APME 1I09A 3RI1A 3TT0A 4HVDA 1SNUA 2GMXA 4GG5A 4UXLA 3AC2A 5I9YA 2OJIA 3CSVA 3C4WA 4EH5A 2P55A 4GW8A 4QMSA 3CD3A 1XH8A 3REPA 4AAAA 4HGLA 1URCA 1ZYCA 3G33A 4PTCA 3QHWA 4IX6A 4RX7A 3KXMA 5ANGA 4I4FA 4ALVA 5IUHA 2BRMA 2IN6A 4PTGA 4IB1A 4EJ7A 4M97A 4MF0A 5K0XA 4CXAA 2W1GA 4ZAUA 2ZDTA 2JKQA 3RHKA 3OXTA 1M2QA 5L8JA 1R1WA 2VGPA 2XH5A 3W10A 1VJYA 2OGVA 4EUTA 5CAOA 3HECA 3NUXA 1YI3A 2YIRA 5BVWA 4Q5EA 3NNXA 4DFXE 4YC3A 2JITA 1XH6A 4S32A 3LJ0A 3P9JA 4BWXA 3QCQA 1BLXA 4IAFA 3SDJA 3COIA 5AUTA 3VJNA 3BQRA 1GJOA 4KABA 1UWJA 5I9WA 2FVDA 2VN9A 4DTBA 4R78A 2RFNA 3VHKA 4O27B 4WT6A 2BAKA 4WD5A 5E9EA 1W84A 4NTTA 3TI1A 5JMSA 2GNLA 3GFEA 4JIAA 4JL9A 3HLLA 3Q60A 4KIPA 2HXLA 3UZRA 3DTCA 1IR3A 3PUPA 2ITVA 1VYZA 4YBKA 4L00A 3I60A 3ELJA 1RJBA 3OFMA 3EN7A 3FMHA 3RHXA 5LVPA 3DXQA 2UZVA 4L7FA 2VTLA 3FWQA 5AM7A 2GQGA 3ROCA 4I5CA 3SOAA 2A19B 4JDKA 2W5BA 1Y8GA 4I6QA 2QCSA 4BGQA 3CJGA 3F2RA 2ACXA 1P4FA 1R0EA 4IIRA 4JR3A 4XS2A 3WOWA 3L1SA 4WSQA 3MTFA 4LL5A 5HIDA 3O17A 3OXZA 1IG1A 3R2BA 4KSPA 2UZEA 3LVPA 4QP6A 4AZWA 2W96B 4IACA 5HO6A 3QD4A 5AP4A 5HOAA 2XCKA 3F82A 3MYGA 5CVGA 5I9ZA 4NUSA 4W9WA 4EOKA 4S31A 2W05A 5M51A 3U6JA 4JJRA 2HXQA 1KV2A 2UVZA 3QRTA 4Z16A 3OS3A 2CGXA 4IMYA 4D2SA 2Z7RA 4J1RA 3C5IA 1U46A 4R3CA 3MA3A 3ETAA 1Y6BA 4ANOA 3NUYA 3ZLSA 4U43A 2WIHA 3BZ3A 1O6LA 3F6XA 4WG3A 5CZHA 5JSMA 3SA0A 4FGRA 5H8EA 1PRYA 3TXOA 4I22A 3RNIA 3IOPA 3G51A 4J99A 5EYKA 4GKIA 3DXNA 4MNFA 3VQHA 4CZYB 3QX2A 4FSUA 5BYYA 3LM0A 5DR9A 4B7TA 4R5SA 4BKJA 2YABA 4EOOA 4G2FA 4XOZA 4RIYB 3ZBXA 4N0SA 1FPUA 2R3LA 2UZWE 5DT0A 3CPCA 1CKPA 3AD5A 2G2HA 3C4ZA 4MXOA 5DRDA 4BHZA 2XMYA 3AOXA 3TDVA 2XKDA 2XIRA 4I0RA 2VTIA 4J95A 1J7IA 3NWWA 3R73A 4IAYA 5KX8A 4I93A 3QXOA 4KS7A 4PDSA 5FTQA 5CXHA 4UMUA 3PPZA 4U42A 4NH1A 5FM2A 5HKMA 5M4IA 3TM0A 3QTIA 2I6LA 5HD4A 2VWZA 1KE5A 4Z9LA 2GFCA 4KINA 3TEIA 3IGGA 3BLQA 2X9FA 1PXJA 1XWSA 3UVRA 3VC4A 3RPVA 3VUHA 4QTEA 2CCHA 4FV7A 5DRBA 4QP7A 1UWHA 3ZZWA 4F64A 4BL1A 4MK0A 2X4ZA 4FZ7A 2HELA 2R3IA 3BBTB 3QZFA 3U9CA 4BDIA 4AZSA 5IUGA 2I7QA 3OUNB 3F3WA 4LOQA 3TZ8A 4F9BA 5DG5A 4QYYA 1K9AA 1WVWA 1MQBA 3D2IA 3LFCA 2YEXA 5T3QA 2CNUA 4EYMA 3NZ0A 4DGNA 1B38A 2YM5A 5FM3A 5KMMA 3CY3A 3GU4A 5A14A 4YLLA 5JRQA 3IW7A 2XK6A 4A06A 4B8LA 3IW4A 4I21A 3OHTA 5H2UA 5IA3A 4IAZA 3K3JA 3D5WA 3TNHA 3Q9YA 4QMNA 4MX9A 3HDNA 4FKUA 4BGHA 1P5EA 2HY0A 3SGCA 2C6OA 1ZYJA 3EFKA 5EI8A 4YJPA 5E8YA 5FDXA 4AFJA 4YHJA 4EK4A 3BU3A 1YHSA 4PDPA 2ONLC 4YZDA 5HESA 3LLAA 3CP9A 3LCDA 4I92A 3WZDA 4H58A 4UXQA 3OCGA 3EZVA 3ZRKA 3ZFYA 4DH8A 2ONLA 4EHGA 5AP1A 3GP0A 4K11A 3PFQA 5IEYA 3F3TA 3FMJA 3OD6X 3GU5A 3LHJA 3NMUF 2CJMA 4C58A 5E8VA 4JQ8A 2Y7JA 2W99B 3M2WA 5E8ZA 3RP9A 2B52A 4QMXA 2NRYA 4G3EA 5HE2A 3RTPA 4CMOA 4C3RA 2YITA 3S95A 4AZEA 2ZM4A 3CGFA 4MBJA 3H0ZA 4Y5HA 2WQMA 3F88A 3PG3A 5CSXA 3TNIA 4BTMA 2XIYA 2XIZA 3ZXTA 1UV5A 3QYZA 3L8PA 5FXSA 2HZ4A 4EWQA 3QTSA 5AP6A 2J90A 3KN6A 5DI1A 5ANKA 4NL0A 4BYJA 4EH9A 4USFA 4RIYA 4C61A 2C4GA 3MVJA 2W1FA 1VYWA 4IX5A 3NS9A 5CU4A 5FBNC 2VWUA 1WVYA 4APPA 4AW1A 2YCRA 5L2WA 5F9EA 5HG9A 2GU8A 3DY7A 3SW4A 5LJJA 4XG9A 1J1CA 1XHAA 3DPKA 2HCKA 1V0OA 3FMMA 3R2YA 3VNTA 3RVGA 4MWIA 5JKGA 5LMKC 2XA4A 4JRVA 3GC0A 4GL9A 4C3PA 3UQCA 5BQ0A 2B0QA 5FEEA 4PNKA 1JWHA 2RGPA 4YPSA 4QQTA 5LMKA 4OAUC 2X39A 1LUFA 5GZAA 5KKRB 1PW2A 3FLYA 1FQ1B 2H96A 4LGGA 1FVRA 4ZP5A 4ZK5A 5IMXA 3C51A 4NM0A 3C0GA 1SYKA 5D7VA 3WZJA 4YNOA 3ZC6A 4BCJA 3EFJA 5CASA 5J9ZA 1B6CB 3PJ1A 3R63A 3ULZA 2UZUE 5HLWA 4FZ6A 5K3YA 2PVNA 3IECA 3G6GA 4G5JA 2J6MA 4CCUA 1JKTA 4FTIA 4RJ6A 4S34A 5BUEA 3O7LD 5C03A 4FKRA 3UOKA 1OL1A 4L53A 4L68A 5FEDA 5AAGA 3P86A 1XO2B 5KMLA 3EYHA 3V8WA 3O8PA 2YJRA 4GSBA 4A9TA 4EL9A 4FKQA 3EN9A 5HE3A 3GUBA 4DAWA 3MVLA 3QCSA 3TG1A 4PMPA 4K33A 2HWOA 1ZOHA 2R7BA 3ORTA 5CU3A 1HOWA 5BUIA 1ZRZA 3ALNA 5JZJA 4JXFA 4DT9A 4CFUA 1VEBA 4DEAA 3BWFA 3I7CA 1TQMA 4KIKB 5DN3A 4C4IA 3PXYA 3Q2MA 4UN0C 2JFLA 3WZKA 4F9YA 3ACKA 3BHYA 4DH7A 5IDNA 1BI8A 1OBDA 5CF8A 5HEZA 4RX8A 1RW8A 4E6AA 3EWHA 4BDKA 1A06A 3O71A 5CTPA 3DDQA 4CMTA 3EL7A 5AIKA 2C47A 2V22A 4BDJA 5JT2A 3UPZA 3ERKA 4XOYA 3VBYA 2R9SA 5FTGA 2JBOA 3GCVA 2WZJA 1IAHA 2PUUA 4H05A 4JX3A 2VWWA 4XJ0A 3GCPA 4IEBA 4CLIA 2UV2A 4FV5A 4ENXA 3P08A 4X3JA 4FICA 2XBJA 3FE3A 5JGBA 3DB8A 4GYGA 3R7GA 2IVSA 1A48A 4Y5QA 5FGKA 4CKIA 4ZJVA 4XG3A 3QL8A 3BHVA 3CS9A 5KMOA 4XNEA 5BVDA 2IVTA 2YA9A 2C6EA 4BDEA 2JIVA 4H36A 2FSTX 3OWLA 3ZUTA 1YWRA 2ITTA 2J0KA 3UNZA 3V04A 3UC3A 5CU0A 4CFWA 1SNXA 4ZSEA 4MD8E 5EOBA 5G1XA 4EH2A 2V55A 3SX9A 5KKRC 4DA5A 3OP5A 4RVTA 3R7IA 5HTBA 1BL7A 3V6SA 4GVAA 4GYIA 3SXSA 3PDTA 3QTRA 5HNGA 3CJFA 4AX8A 3MPTA 3JPVA 4BCHA 3UNKA 2X4FA 4BDDA 5AX3A 2JEDA 4EK5A 4L6QA 1OIYA 3KK9A 3EQDA 3JUHA 2WMSA 3GGFA 5DOSA 3VS6A 3W8LA 1KV1A 2W06A 1FBNA 1W83A 4M0YA 1WZYA 2QKWB 1M2PA 5IA1A 3VBQA 2XNPA 5IG1A 5IDPA 3QA0A 3QLFA 2CLXA 4FIEA 5GZ8A 4PDOA 1LEWA 3QTQA 4DEHA 3CQWA 3RPSA 5FP5A 1W7HA 2ITPA 3F3VA 1MUOA 1MRVA 1WBSA 3BV3A 3EH9A 4RIWB 4AQCA 4UWBA 3TNWA 4GK4A 4D55A 4FIJA 1WVXA 4RWKA 3V5LA 3VW6A 3FYJX 4PP7A 3GT8A 3V01A 3PSBA 1KOAA 2BFXA 3EFLA 2CPKE 3NPCA 1H25A 5TF9A 3P1AA 3MFRA 4FKLA 4AN3A 3FZTA 3R71A 5M44A 3G15A 5IQEA 3R9RA 5A6OA 1MRUA 2YM6A 1PXNA 3CD8A 3R30A 2B7AA 2PVFA 4ALWA 1YDRE 1X8BA 3GC7A 4KIKA 4MD7E 5J7BA 3AC3A 2REIA 3KXNA 3FYKX 2HY81 2XKFA 2VTSA 3AMYA 2VTOA 3Q3BA 4DEIA 3CEKA 4OT5A 3EQFA 3R7UA 4AT5A 4QP4A 4FZFB 5CAVA 3UG1A 3KRXA 2WIPA 4CEGA 4IB0A 3DS6A 3SXFA 2HZ0A 4E6CA 3A4PA 4QQCA 4ZSGA 2OI4X 1L3RE 3VBXA 3AC4A 4GUBA 5M06A 3F9NA 3EZRA 5A3XA 2GHGA 5GIOE 4NM5A 1F5QA 4ANLA 5AV0A 1GZ8A 3PJ8A 4F0FA 2R64A 3W2OA 3VF9A 3DZQA 5CNOA 3R21A 3LXKA 4FKJA 2E9NA 1PXMA 2XYNA 4FV8A 4BCMA 2GTNA 4FG9A 5DNRA 1CSNA 3DK3A 4HCTA 4O21A 3KEXA 4F9AA 3ODYX 4G9RA 5B0XA 4MXAA 2BZHB 3A61A 4FSZA 5ICPA 4JS8A 4EH4A 3DAKA 3A7HA 4BDGA 4OTWA 3UIMA 2JKOA 5AMNA 4C0TA 3R7OA 4DEDA 3TKHA 2W1EA 3QFVA 4AW2A 3NUSA 3FMEA 2XJ2A 5CEQA 3SOCA 2W1CA 2ERZE 3QC9A 4OR5A 3ULIA 4HVIA 4K6ZA 3CY2A 4TYIA 3UZPA 4FIFA 4IXPA 1Y8YA 3MA6A 3R9HA 3QHRA 3VQUA 4D2PA 4E4XA 4G6NA 1ZWSA 3D7ZA 1ZZ2A 3U6HA 4FOCA 2VTPA 5IU2A 4IM0A 3C4FA 4K2RA 2JAMA 1M52A 5LVOA 3I0OA 4DBXA 4O0XA 4MQ1A 4BI0A 1GAGA 2C69A 3ANQA 4HCUA 4M66A 3UOHA 3WF7A 4BTJA 5HU9A 4YJRA 4C4HA 2BRBA 1YWNA 1UVRA 3FMNA 4XG6A 2GCDA 4FVRA 4AGCA 4RFMA 3TZMA 5M08A 3Q9ZA 3LFDA 5ETFA 2OJGA 3KXHA 3Q5ZA 3PA4A 3QRIA 4FT3A 4RIWA 4D4RA 5ANJA 5IA2A 5EDQA 5ANIA 4DCEA 4V05A 1YKRA 4IANA 4X6RA 4GFMA 4LI5A 4YJSA 5EHOA 1CKIA 4FIHA 5IUIA 4JVGA 4BKYA 4ORKA 3D7TB 4FYNA 5LMBA 4CD0A 4QP9A 4F6UA 3TTIA 1PXIA 2V5QA 2WMQA 4GV1A 1HCLA 2WMXA 4KKEA 1XH9A 4WNOA 1GOLA 2J51A 3QWKA 2FYSA 1Z5MA 4XV3A 3RK5A 5HORA 4YZCA 1OKYA 3E63A 3QTZA 3JYAA 2B9HA 3F5GA 1FOTA 2BIKB 5EW8A 5HIEA 3P5KA 2YAKA 4XLVA 2OFVA 4AZTA 3VW8A 2F57A 2P33A 3TZ9A 4AFEA 4X7QA 5D11A 2C30A 4HPUE 1YQJA 2WB8A 2XM9A 5C8NA 5AV2A 5AWMA 2ZYBA 4PPAA 3ANRA 4NKSA 5ETAA 4ITHA 2UW0A 3HV6A 2WQEA 3BCEA 4BCGA 3QTUA 3OTVA 3FL5A 3TV4A 2QG7A 2V62A 2RKUA 4E3CA 4QP1A 3EQBA 1PMNA 3VS0A 2OF2A 3FQHA 4BBEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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