3PWY | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	289
structure length	281
Chain Sequence	PPQPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGCLLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPSFVGTAQYVSPELLTEKSASKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__141085372766402__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__141085372766402__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PWY/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__141085372766402__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"141085372766402","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PWY/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__141085372766402__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffe8cee725ee1fe4aa2f8f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffe8cee725ee1fe4aa2f8f/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Discovery of a potent and highly selective PDK1 inhibitor via fragment-based drug discovery. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus	72
structure length	281
sequence length	289
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2010-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	3pwyA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3pwyA01

4RIXA 3OTVA 3VULA 1YWRA 3POOA 4IADA 4XUFA 4CG9A 1GZKA 4NWMA 4E6CA 4K9YA 4IE9A 4OTFA 3DB6A 4RZVA 4EOKA 1Q62A 4AW2A 3W33A 3UZTA 2JIVA 5DT0A 4A4XA 5CT7A 2OWBA 1V1KA 4KABA 4EOSA 3MH2A 1UU7A 3OC1A 3PIYA 2CHLA 1BX6A 5T68A 3ZSIA 2X9EA 1TKIA 5ANEA 5HOAA 2IW9A 4ZTMA 2GDOA 3MWUA 3FMJA 5JFWA 4MK0A 4WRGA 2ITNA 1REKA 2XIRA 2QOIA 3LFEA 2QI8A 1LP4A 2I7QA 4TYEA 4JBPA 1OL5A 2C1BA 2PE0A 2YA9A 2YM3A 4XG6A 4YZCA 2UVZA 4U6RA 3T3VA 3VUGA 4KAOA 3DBCA 5AR5A 4PDOA 4FNZA 3RALA 5EI6A 2PULA 1Q97A 4AE6A 3SRVB 4OTIA 4A9YA 3DLZA 1O9UA 2J4ZA 3I0QA 3KXZA 3O7LD 4KKEA 4L68A 4QP3A 3DB8A 4YLKA 5IQAA 3RM6A 4M15A 4RIYB 4D0WA 5HLWA 5IQDA 4G3CA 3MFUA 5IUIA 3SV0A 4MBJA 4YLLA 5LVNA 4UX9A 4OTDA 4UXLA 4QMLA 5BUIA 2VTRA 1OIQA 4BHNA 4LQMA 4AW5A 2V7OA 2Y4PA 3NIZA 1WBWA 2R9SA 4NJ3A 4J1RA 3W16A 5LVOA 3QHWA 1JVPP 2XK9A 2OLCA 3EN6A 3FXWA 1UU8A 4CYIA 5AR7A 4DGLC 1PY5A 4GYGA 3QRJA 4YSMA 1FMKA 4NT4A 3TEIA 5EH0A 4YUQA 5AR2A 4O0VA 5CF5A 3EQFA 2NNWB 2OIQA 3HVCA 5DA3A 4E5BA 3S95A 1ZYJA 3FLZA 4DEIA 4ZZNA 3LCDA 1ZY5A 3EFJA 2LAVA 1URCA 4MH7A 4RIWB 4I41A 5AJQA 4J96A 3ZLWA 4A9UA 4O91A 1OL2A 5C4LA 3GNIB 2CPKE 2C5NA 4AN2A 2YLEA 3DAEA 5IKWA 3UP2A 4XYFA 4BWKA 4C34A 5KUPA 2IN6A 2WMRA 2YN8A 3MH3A 3NNXA 4I6HA 3VN9A 1XO2B 3UGCA 3WE4A 4BRXA 5I9ZA 3NMUF 1UWJA 3UYTA 2ITOA 5C27A 1WZYA 2VWUA 4O1PA 2C3LA 3RWQA 4HCTA 5AV2A 4DH8A 4EJ7A 2WTJA 4O7TA 2J5FA 4FGBA 4IJ9A 4EONA 4X2KA 4FVPA 3A8WA 3NYVA 5KE0A 2R2PA 3GT8A 2X1NA 3C0IA 3MPMA 1J3HA 2GPHA 2X6EA 3C7QA 3KF7A 3QTZA 4WKQA 4GVAA 1QMZA 1R0PA 4AFJA 4O6EA 3VBWA 3FZPA 3SX9A 2PE2A 5A4CA 4TYHB 4U44A 3B8RA 3LXNA 3QC9A 2RGPA 3LFNA 4LI5A 4YSJA 4R77A 3AMYA 4GIIA 3C4FA 4YZBA 4AOTA 2O5KA 3L9PA 5I3RA 4ALWA 3HRBA 5AR8A 5IUHA 3SRVA 3VVHA 3ETAA 3DOGA 3ZC6A 2YCQA 5FGKA 4FZ6A 2W4JA 4IC8A 3ORIA 4AACA 2XBJA 4QYGA 3R00A 4F1TA 1E1VA 2ZJWA 4RT7A 3QUEA 4KIPA 2WHBA 3EYHA 4FTCA 2OIBA 3BZ3A 4QMYA 4RIYA 4Q5HA 5C01A 3CIKA 4EOQA 4CGAA 5E7RA 3EQHA 3Q2JA 1FGIA 3MY5A 5J1WA 2JDOA 2VO6A 5AV0A 3RJCA 4UZDA 3P7BA 5EYCA 4E4XA 3JS2A 3TIZA 5CU3A 4CFVA 3UDBA 2XJ2A 4AFEA 1ZARA 4DTKA 2B9IA 2QKRA 4F9BA 2YDKA 4FKWA 5ANKA 4LV8A 4EQCA 1OKYA 2ITTA 4GT3A 1GIHA 1OUKA 1ZZ2A 2OZOA 5HIDA 3C4XA 3FBVA 4ZS0A 4ZXTA 4RIWA 4LRKA 5CQUA 5L8LA 1MQ4A 3DGKA 5ICPA 4XP0A 4EH2A 5TE0A 4BDIA 2QO7A 2I0VA 3OBGA 3PXFA 1MQBA 4Y85A 3JVSA 4D2RA 3BYOA 2B1PA 2WEVA 3EQIA 3BELA 3CPCA 3GC8A 4PMTA 4YTHA 5K0XA 1P14A 3DK6A 3OD6X 5EW8A 4L8MA 5DT4A 4EOJA 1REJA 3QA0A 3NR9A 4APPA 3WF6A 2PVNA 4YZNA 2QLQA 5CEMA 1F5QA 2BRHA 2PZYA 2YCFA 2XKEA 5E8YA 1PXLA 4GK3A 3BU3A 4FSZA 5H9BA 4AP7A 5M51A 2J0LA 2HAKA 3U8WA 1GZ8A 1ZOHA 3EOCA 4DFNA 2GQRA 1IG1A 5AV1A 4BCJA 4F4PA 3QQGA 4BTJA 5AA9A 5D11A 1XH4A 3O17A 5IU2A 4GRBA 4TYHA 5IDPA 2OG8A 1I09A 3HECA 3HV5A 3VBYA 3QXPA 3FSFA 1RDQE 4NCTC 3DNEA 2XIZA 4ZY4A 2O2UA 4MBIA 2X7GA 3OCTA 5AUZA 3CEKA 4BTFA 3KVWA 4O81A 2EB3A 3NUUA 4E4NA 2JKOA 2OXXA 1OMWA 5HIBA 1STCE 4CXAA 4HOKA 3DPKA 2NRYA 4HPTE 5EFQA 5AUXA 1ZWSA 2BIYA 4ZSAA 3EN7A 3UIXA 1WBTA 4BDJA 3WZUA 2IZRA 3AC2A 2WKMA 3CP9A 2O3PA 3F5XA 3VRZA 5DMZA 4HNFA 1VJYA 5KBQA 1YDRE 3PY1A 1QPEA 2VO7A 2W1IA 4J8MA 2P0CA 4FOCA 3U4UA 3CLYA 3UPZA 4QMQA 5AADA 4BN1A 5J7BA 3U55A 3LFAA 4QNAA 3NGAA 2PE1A 3G6HA 5F20A 3VS0A 1FQ1B 2WXVA 3UOKA 3KN6A 1I44A 4BI1A 3AXWA 3A2CA 5CAVA 2HXQA 2PMLX 4DFZE 4NSTA 5HCYA 1Y91A 3JPVA 3H4JA 2VV9A 1JSUA 3D7TB 5LVMA 3NYOA 4LOQA 5I4NA 1ZMWA 3O7LB 2QD9A 5JQ5A 1QL6A 5KX8A 4QT1A 5HX6A 4ASXA 4BDFA 4FL3A 3FZ1A 1FMOE 1IAJA 3PA3A 5FRIA 1ZYDA 1CM8A 4FTIA 4PX6A 2XIYA 4ALVA 2RIOA 4E6AA 3L8VA 3R7YA 3HV4A 4NIFB 5IA1A 4MNEB 3QGYA 4L52A 2HZNA 4Q2AA 4PMSA 4JXFA 5CXHA 4GK2A 4ANBA 5CANA 3NUSA 3NAXA 2YERA 3K3IA 4QQCA 3U6IA 3IOPA 3CJFA 4FKIA 5HKMA 5ETFA 2VWVA 4AA5A 2PMOX 4XNEA 5IQEA 5I9XA 2B53A 4NM7A 4YJTA 3KK8A 2F7ZE 4FKUA 2BR1A 3EKNA 2WMQA 3R02A 2QVSE 4MKCA 4RQVA 3OG7A 5CT0A 4JDIA 5GJFA 3FHRA 1VYWA 5BYZA 4DEGA 2A27A 4XV1A 2W7XA 3TG1A 5BPYA 1LEZA 1VZOA 5FTOA 2CLQA 4C33A 2OK1A 3ANRA 3ANQA 3QQHA 1LPUA 5J8IA 2CJMA 4YJSA 2A0CX 4TWPA 3BHTA 4L01A 3VC4A 2R3PA 1IEPA 3DA6A 4FKPA 3NAYA 4I5PA 3VJNA 4AGUA 4FKQA 4BDCA 1WMKA 2GU8A 2FB8A 3D94A 1ZOGA 4IAIA 3BLHA 3TJCA 2QOQA 3LJ0A 2X8EA 2FSLX 4O7NA 3WZEA 3W55A 4FV6A 4USFA 2W1CA 4RWIA 4L53A 4AN3A 4B8MA 4C4GA 3VS7A 2G2FA 4YJOA 3GC7A 3QRIA 3SG8A 3I7CA 4L43A 4NL0A 2PUPA 4IW0A 4P2KA 5FUTA 3PWDA 3QXOA 2QLUA 5ANGA 2VTPA 3E3BX 4EBWA 1BL6A 3V8TA 2Z7RA 3ORXA 2W1ZA 4EWQA 4MBLA 4C58A 2CKEA 3FLNC 4OLIA 4D1XA 5FBNC 2WQOA 4OTRA 3AGLA 3GB2A 3D7TA 3COIA 2ZOQA 3VW6A 2VGOA 4B8LA 3BHVA 2YIXA 3CKWA 4GKHA 3MVLA 1OBGA 1QPDA 4JBVA 3AG9A 2UVYA 5AWMA 5CAPA 2UW6A 3GENA 3HRFA 1L3RE 1PKGA 1K9AA 2VWIA 4O7WA 4JQ7A 3POZA 2C3KA 4O22A 4EYJA 2YM4A 3F5UA 1OIUA 4Y5QA 5IA4A 5CU6A 4NIFA 2C6MA 5AA8A 4MNEA 3GP0A 4AT3A 2ZM4A 3IQ7A 4GS6A 4JAIA 2PPQA 3S1HA 3Q60A 3OUNB 1Y8YA 4I5MA 3DXNA 3W2SA 1BL7A 3CQEA 2QNJA 3LLTA 4IM2A 4BGHA 1YXXA 2G9XA 4FT5A 5K5XA 1MRUA 4U79A 2OF2A 3C4ZA 1X8BA 4IVAA 2X4FA 4RVLA 1ERKA 4RG0A 3RAWA 1FOTA 3ENHA 4IH8A 3R7IA 4X3FC 1DAWA 2ERZE 4TW9A 5FTGA 2WU7A 4O0UA 2PVJA 4C4HA 3CD8A 3PXQA 3QLFA 4EHZA 5I9WA 3E3PA 1ZOEA 4LL5A 4R1VA 3HYHA 5HICA 4FTMA 5IG1A 2GFCA 3VBVA 3SGCA 4AAAA 3N51A 3JY9A 1XH8A 2WZJA 1OKZA 2BAJA 3PFQA 2XNGA 3RMFA 4E7WA 1SVGA 3UC3A 4X7QA 3TV4A 3G15A 3I6WA 2UW7A 3IPHA 3Q4CA 4HYHA 4M12A 1OUYA 5J9YA 1XH5A 5JSMA 4G9RA 4BI0A 4BGQA 1PXIA 2J0MB 4EOOA 4JT3A 3MJ1A 3RAKA 4FTOA 4CCBA 5E4HA 3PWYA 1XWSA 3KXGA 5G6VA 2WAJA 2BZHB 2Z60A 3GGFA 3UPXA 2I1MA 3DTWA 4YNEA 2VTSA 4RMZA 3FI4A 2ITQA 4HVHA 3FI3A 4LGDA 3A7IA 4CD0A 2ZVAA 4I0TA 4G3DA 1J7LA 4YJVA 4AU8A 3C0HA 4FVQA 4C4EA 4D2VA 4EK6A 3MB7A 5H3QA 3AT2A 3F2NA 4GJ3A 5L6PA 5DR9A 4D0XA 5L2SA 5M56A 1KE9A 3COMA 3LFDA 4X2JA 2EUFB 3B2TA 2ZMDA 4FTNA 4PMPA 4HGSA 1WVWA 3QBNA 4AOJA 4RJ5A 4C0TA 2REIA 4QD6A 4XOZA 3GU4A 2C4GA 2G2HA 3HP2A 4WUAA 3RNIA 3W1FA 2IZUA 5F4NA 3C13A 2YM7A 1JKTA 3TV7A 4FVRA 4YJPA 2F49A 3QX4A 1SYKA 5IA5A 2LGCA 1K3AA 3WZKA 1RW8A 2CMWA 4IWOA 4AT4A 4E4MA 3I5NA 1H4LA 4GCJA 4C8BA 1MRYA 2UZUE 5J87A 4XCUA 3LW0A 5AUTA 2XCKA 5DVRA 3UIBA 3HEGA 4ZTRA 2IO6A 3BPRA 2R7IA 4JDHA 3R7GA 4HGLA 3SC1A 4ASDA 4DT9A 1FVVA 1PF8A 3V8WA 3EFLA 5DFPA 4L3LA 4O96A 4AN9A 4RX5A 1GZNA 1YDSE 3IGOA 4I6QA 5AV3A 1JQHA 1W8CA 3UNZA 2C3JA 5L8JA 3VQUA 2CKOA 4R78A 3KA0A 3KXMA 3ACJA 2BALA 4Y72A 5HLNA 4RJ3A 2FA2A 4D4VA 3MIAA 4FKGA 2XK3A 4LUDA 1R39A 3KRRA 3ZSHA 4NKSA 1PW2A 3HNGA 4FT9A 3CE3A 4IX3A 4UYAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PWYA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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