3Q9W | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	328
structure length	328
Chain Sequence	GPVPSRARVYTDVNTHRPREYWDYESHVVEWGNQDDYQLVRKLGRGKYSEVFEAINITNNEKVVVKILKPVKKKKIKREIKILENLRGGPNIITLADIVKDPVSRTPALVFEHVNNTDFKQLYQTLTDYDIRFYMYEILKALDYCHSMGIMHRDVKPHNVMIDHEHRKLRLIDWGLAEFYHPGQEYNVRVASRYFKGPELLVDYQMYDYSLDMWSLGCMLASMIFRKEPFFHGHDNYDQLVRIAKVLGTEDLYDYIDKYNIELDPRFNDILGRHSRKRWERFVHSENQHLVSPEALDFLDKLLRYDHQSRLTAREAMEHPYFYTVVKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__871435308546186__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__871435308546186__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3Q9W/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__871435308546186__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"871435308546186","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3Q9W/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__871435308546186__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural and functional analysis of the flexible regions of the catalytic alpha-subunit of protein kinase CK2 rcsb
molecule keywords	Casein kinase II subunit alpha
total genus	112
structure length	328
sequence length	328
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2011-01-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	3q9wA01
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3q9wA02

1OL1A 3DKGA 2C4GA 1GJOA 5CSVA 2V7AA 4F64A 4TYEA 4ZAUA 2VO3A 1O6LA 4GT5A 3CTHA 4TNBA 1PJKA 3DLSA 3QTQA 5BPYA 4AE6A 1JNKA 5H8BA 2ITVA 4M69B 4N57A 4XG8A 3CP9A 3QYWA 4UALA 4IWDA 4O38A 5IQGA 4NM0A 4PPCA 4J95A 2QOFA 4J52A 3IDCA 3Q52A 3U51A 4F0FA 1SVGA 2ITTA 1Q97A 2W9ZB 1H08A 5AR7A 3QHWA 2XCHA 4JS8A 2V55A 5D10A 3MA3A 3HNGA 3R22A 3PY1A 5K3YA 5M08A 1P4OA 3QZHA 4FTMA 4HPUE 4MNEB 3FZPA 4QTEA 4F9WA 5B2MA 4D1XA 4XV9A 4DLJA 5JFWA 4TZRA 2B4SB 4M67A 1UNGA 3PXZA 3QCXA 4FNXA 4TRLA 3ZSGA 1AD5A 5CTPA 4YPDA 2AUHA 3R8LA 3HRCA 1CMKE 3ZC6A 2R3KA 4HGTA 2EVAA 3ZSHA 4B8MA 4O7YA 4CG8A 2REIA 3OS3A 1M52A 3R63A 4ZTHA 1KOBA 1KUTA 4GU9A 3VAPA 5GJFA 3IPHA 3PLSA 4NT4A 1BX6A 3BQRA 4KIKA 3TNIA 5HTIA 5CQUA 2JD5A 4NTTA 4AA4A 5D41A 2UZEA 4DBNA 4HCVA 1EH4A 4XHKB 3K2LA 4X3FC 4DG3E 1Q3DA 3RCJA 1BL6A 3HZTA 3F5UA 3F61A 3PWYA 4L3PA 4QPAA 4RQVA 4BBFA 2X2KA 3FL5A 4U40A 1W83A 1XH7A 4JT3A 4M0ZA 5CY3A 3T9TA 2UZUE 4I0SA 2XVDA 3SC1A 2C3JA 2I0HA 1GY3A 1F5QA 2NP8A 4QQJA 2OFUA 4RZWA 4HZSA 5DI1A 5BYYA 2IZTA 4ITHA 4HZRA 1BL7A 2CN8A 3NSZA 4O81A 4EHVA 2CGXA 5ETAA 4WD5A 4FEWA 3RPYA 4EOIA 2IZRA 3KXHA 4HYSA 3IG7A 4IWOA 3A2CA 4MF1A 3GQLA 2UVXA 3AQVA 1CM8A 4A07A 3LQ3A 3EFWA 4XRJA 2PK9A 5HD4A 2R3QA 2W17A 3Q2JA 3LFNA 3DK6A 5TE0A 4FE2A 1H24A 4XBUA 3UMXA 3MIAA 2AC5A 1R0PA 4PTGA 2CNUA 4S31A 4DGLC 3QQGA 4PNKA 4C62A 5CZHA 4EOKA 4R6VA 3F7WA 5HX8A 4G16A 2WNTA 5FLFA 4ZTLA 5ITAA 5A4LA 2B9FA 1Z5MA 5DE2A 3HRFA 3OOGA 4A06A 4A9TA 1A06A 2JDRA 4QYFA 3P7BA 5IQFA 1W7HA 4KSPA 3FSKA 4R7HA 5L3AA 4YHTA 2NRYA 4JBVA 2ZDTA 3MVLA 4FBXA 3Q9ZA 3QRUA 3C4CA 5ANGA 3OC1A 1YI3A 2PVJA 1URWA 2Y4IB 3LCSA 1J7LA 5IEYA 5AP6A 3QTSA 5EW3A 4D4VA 3PA5A 4GW8A 5DWRA 5JH6A 5KMMA 4FYOA 4F1MA 4IX6A 4W4YA 3MY0A 4TYGA 4YTIA 4QP8A 2WMSA 3R2YA 3HV6A 3ZRMA 4BCPA 3W2CA 3E5AA 4AW0A 5M4FA 3P79A 4K1BA 1H1SA 3JR1A 4L00A 4RVKA 5ACKA 3KL8A 2XIXA 2EU9A 4IX3A 1F3MC 2J6MA 4OTQA 3U9NA 3C0GA 4WNMA 1YDRE 1WBVA 3LMHA 4FEUA 4FZDB 3BELA 4WG3A 4BBMA 3P08A 1PXPA 1Q41A 3KRLA 1JKKA 4AUAA 4BICA 4R8QA 3ROCA 5HG9A 3DXNA 4YZBA 1I09A 2VX1A 2OWBA 3F2RA 5C01A 4FKSA 4J53A 1IEPA 3H30A 1ZY4A 4MWIA 3O8UA 2XKDA 3FQEA 3F2NA 5LJJA 1YHVA 3BU6A 3RPOA 2PUPA 3F82A 3NCZA 4MX9A 5IZFA 5E90A 3W8LA 2XYUA 3PPJA 4L3JA 5AV4A 1HCKA 3C51A 4AN9A 3RP9A 1XBAA 3OWLA 4EQMA 5EK7A 3SXRA 5KMJA 3Q4CA 4LL5A 2P33A 3COHA 5AX3A 3RHKA 4YZDA 1PHKA 3V8SA 2VWWA 3PG1A 5L6WL 5HVJA 5JFVA 3MDYA 2HXLA 3CKXA 4CMOA 3LLTA 2IVVA 3SQQA 5DGZA 3FYKX 5DR6A 2Y9QA 3TNWA 3R71A 2H9VA 4FC0A 4BKYA 3TKHA 4F9CA 3LCTA 3P23A 1SZMA 4JAJA 5HIDA 3BLQA 5CQWA 2PU8A 4BZNA 4ZK5A 4QOXA 3NUUA 2Z02A 5JN2A 4ZZOA 5L2QA 3AC8A 5E92A 3AMAA 4FTUA 5AAGA 3PJ8A 3UNJA 4GK3A 4IAYA 4EZ7A 3U4WA 4IAFA 4WUAA 1YOMA 4LV8A 3DB6A 1FPUA 3BX5A 4FIGA 3LCDA 3DZQA 2VWBA 1XH9A 2QCSA 2WTKC 2BALA 2XIYA 3V8TA 3UMWA 2VWIA 4FL2A 3MI9A 2UZLA 3G2FA 4HYHA 3VNTA 4A4XA 4ZLOA 1PXNA 2ZAZA 2UW9A 3WI6A 1PMNA 3D14A 4TTHB 4C58A 5LXMA 2E9PA 5CEOA 2QURA 1O6KA 3VUMA 1Y8YA 4ITJA 5EHYA 4ENYA 1W98A 3PIYA 4C57A 4A4OA 3MWUA 5TR6A 1PXLA 3H10A 4AW5A 4V0GA 4ANQA 4GSBA 4QP2A 2PZ5A 3TUDA 4FV7A 4KRCA 1ATPE 1YW2A 3KC3A 3QZFA 2VTJA 4IZ7A 4LM5A 5CEPA 4IB0A 2J5FA 2JDOA 2YJSA 3DPKA 2C6MA 4RWLA 4AF3A 5T3QA 2JBOA 5CAPA 2C3LA 1WVXA 4M7IA 2WPAA 4MD9E 5GJGA 4BDHA 4XLVA 4IB3A 3IW8A 3KEXA 4QRCA 5BVKA 3OHTA 3LPBA 5LCKA 2XYNA 3CQWA 4I4FA 3EKKA 5JEBA 2BTSA 4DHFA 3KXMA 3PVUA 2WQNA 4ANMA 3FI3A 2W5BA 4FNZA 5M53A 3OWKA 2OJ9A 3P7CA 2WIPA 4KIOA 2YIQA 4YGAA 4EJ7A 3ZM9A 2CCIA 2OZAB 4D4YA 5CI6A 3IGGA 3C4XA 3FMLA 2OXXA 3R28A 2XIRA 5EQPA 3MB6A 4TYJA 4WSYA 5AWMA 5G1XA 2DS1A 3CC6A 1Q61A 2CKOA 3CY2A 2VNYA 3BE2A 4YZCA 5KHWA 2JFMA 4JIAA 2ZV7A 3R9RA 2X8IA 3H9FA 2GQSA 4X3FB 4BB4A 5AA8A 5I9WA 5J87A 5FXRA 3SW7A 3C13A 3R9HA 2W7XA 4FKGA 2CHLA 4HNIA 4QP1A 3NAYA 3RAIA 3UVPA 4BGHA 3IK3A 3QGWA 3AMBA 3TZMA 3LVPA 4IM2A 1JQHA 2X4ZA 4KRDA 3EIDA 3O7LB 3FYJX 5HNBA 4IW0A 1R3CA 2I0EA 2C6DA 2JBPA 3PP0A 3KMMA 4RVTA 4D1ZA 3VWAA 4N70A 4E8AA 4QMUA 3W2SA 3BBTB 4L68A 4RWIA 4CVAA 2CGVA 4FNWA 2IVUA 2WMQA 2ITWA 3Q9YA 5CWZA 3QD2B 2XKFA 2OSCA 4IB5A 2PULA 1JSTA 3E3PA 3I4BA 4GJ2A 4K8AA 4KA3A 5DR9A 4MXAA 5JMSA 3OWJA 3QX4A 4GVAA 3DNEA 4XP0A 4M97A 5JZNA 3UQFA 2VTAA 2VAGA 2QR8A 1H1WA 4E6QA 4AZSA 3TUBA 5IKWA 4AA0A 4RX8A 4YUQA 3EHAA 3U54A 1G3NA 2BIYA 4FSMA 2B52A 3OROA 4LFIA 4WG5A 2BKKA 3I5ZA 1E9HA 4CT2A 1SM2A 5L6OA 5E4HA 1STCE 3QQLA 3RAKA 3II5A 2O63A 1W84A 3A8WA 1Q24A 4BCOA 4F0GA 1SNUA 1OBGA 1ZZLA 2GNIA 5M06A 4NIFA 4QT1A 1M2PA 2UW3A 3QA8A 2BDFA 4IDVA 4HGEA 4X2GA 4UZHA 3PPKA 1AGWA 4Q9SA 4HPTE 3MFTA 3A7FA 4CSVA 2WEIA 5IA4A 4BDGA 1OL7A 1UU9A 3KXXA 4DAWA 4WKQA 5HBJA 4PV0A 4FT3A 2WD1A 3IOPA 2OO8X 3QTZA 3O51A 5DRDA 2C0IA 5FXQA 1JSUA 5DT4A 4J96A 3OY1A 4FSUA 3D2KA 3WZUA 3D83A 1UU3A 4KAOA 4PL3A 2W1CA 1ZYJA 3BYMA 3EN5A 3WF7A 2YIXA 2RG5A 4EKKA 1UV5A 4DFUA 3EFJA 3M1SA 2F7XE 4I5CA 4UN0C 3E3BX 1XHAA 2W05A 4CFVA 2C30A 3HV5A 3HMPA 3C5UA 1LEZA 5AM6A 5I3RA 3CD3A 3EB0A 3IW4A 2BDWA 3BU3A 1SNXA 2FO0A 2VTQA 4BFMA 2W5AA 1CSNA 3RM7A 3PSDA 4YZMA 2UZDA 1FGIA 5JT2A 4Y5QA 5D7VA 5BYZA 5TKDA 3BGPA 4FKLA 3QRTA 4ASZA 4HGLA 3RNYA 4IHPA 2CPKE 4EH9A 2J0LA 1H27A 3OMVA 4GKHA 5HE3A 4XX9A 3V5LA 5IU2A 3TUCA 3ALNA 4G6NA 4ZS0A 5HD7A 5IQCA 5J7BA 4HVGA 2VRXA 4JQEA 3JY9A 2XNGA 5CNOA 5FXSA 4EQCA 4GT4A 4KNBA 3TXOA 3VS3A 4FOCA 4WNOA 5AP4A 4O82A 3GQIA 4NFMA 5EOLA 1ERKA 3QXPA 5HNIX 5HZNA 2W4OA 2PSQA 2XK4A 3DS6A 4UWBA 1OPLA 3GUBA 1ZOEA 5EYCA 4PPAA 4AZWA 1MRUA 3OXIA 5LMAA 4HJOA 4RIXA 4QMQA 4FZAB 4Z3VA 3O17A 3PXQA 4L01A 4LOQA 4TY1A 3R01A 2XF0A 5EM7A 4C4GA 3FEGA 4FTKA 2IW6A 5DG5A 1ZMUA 3Q9WA 3RVGA 4GFGA 4O7SA 4AACA 3DOGA 3QD3A 4FVPA 4IZAA 4AWIA 5HNGA 1V0BA 3EQCA 1UA2A 3DFCB 2PMIA 2EXEA 2C6TA 2YDIA 3KA0A 1UVRA 1IRKA 2Z7RA 1P2AA 2BAJA 5D1JA 2QG5A 4FSNA 5GJDA 1TQIA 4D0WA 3KVXA 2R3NA 3L9NA 4PDOA 2HZ4A 4WOVA 3F2AA 4N0SA 3HLLA 4RA5A 4B99A 2G1TA 3RJCA 1YWRA 3RBWA 3GU4A 2XP2A 4RIYB 4RQKA 5CS6A 3TIZA 5JKGA 3LKMA 2BDJA 4A9SA 2GQRA 3A62A 2ITNA 3EMGA 4JAIA 3UIUA 2PE1A 5IA3A 3CS9A 1Q8TA 3ZDUA 1J7IA 2IG7A 5AV2A 4X21A 1ZYSA 1A9UA 3TDWA 4RWJA 3QCYA 2WQEA 2Y6MA 4GFOA 2VTRA 1TQMA 1GOLA 3DTCA 4DFBA 4CFFA 3QZIA 4WIHA 4AAAA 4EOJA 4JBOA 4OTIA 4ZTMA 5EI2A 3OT3A 1BI7A 3DV3A 4RWKA 2I1MA 3K3IA 2GNFA 2BZIB 4PP9A 4S33A 2R7BA 3NAXA 1HCLA 4CD0A 2Y6OA 3FL4A 3TWJA 3SVVA 2CKPA 3DGKA 5LMKC 5FG8A 1CKPA 3PPZA 3UQGA 3UO5A 4E5BA 5IEXA 4L6QA 1Q3WA 1CTPE 4ZIMA 3KREA 1U5QA 4WNPA 4KKGA 3WIKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RPS A;  5CAS A;  4DE4 A;  3GCU A;  4ARK A;  3GT8 A;  4FTN A;  3V6R A;  3T9I A;  3FMJ A;  2W4J A;  3O8P A;  2WTJ A;  3TKU A;  1XJD A;  2X1N A;  3VO3 A;  3ZOS A;  4LYN A;  2BPM A;  1YHS A;  2X7F A;  3K3J A;  1J1C A;  2CKQ A;  4G6L A;  4CT1 A;  4G31 A;  5HBE A;  1KV1 A;  4BVU A;  4FV1 A;  4IVD A;  3UC4 A;  2YM7 A;  2A4L A;  2JGZ A;  3MIY A;  4GVJ A;  1G8A A;  3E8E A;  3TTI A;  4DCE A;  5DPV A;  1WBT A;  4HVS A;  5ANE A;  2ETK A;  4QTC A;  3R00 A;  5I9Y A;  4X6R A;  3A61 A;  2JED A;  2O64 A;  5DBX A;  4YJR A;  3WBL A;  4FG9 A;  4H39 A;  5HCX A;  3BL9 A;  5IUI A;  5I0B A;  3O8T A;  3FY0 A;  3ITZ A;  3NYO A;  1L3R E;  2VTI A;  4ZY4 A;  3UZT A;  3GC8 A;  3BRB A;  3Q6W A;  2FST X;  2GTN A;  4D4S A;  2HYY A;  1H0V A;  2CSN A;  2BRH A;  1O6Y A;  2YHV A;  3WF5 A;  1Z57 A;  2R5T A;  3SAY A;  2P0C A;  3FZT A;  4DF3 A;  2Z7S A;  4FTQ A;  2V62 A;  4YLJ A;  1ZMV A;  5HTB A;  2B9J A;  3FAA A;  4JLC A;  3GVU A;  3QGY A;  2O65 A;  2QOB A;  2YJR A;  3ACK A;  1Y8G A;  3C4W A;  4QMZ A;  3KF4 A;  5CYI A;  4AOT A;  2DYL A;  3LHJ A;  3R04 A;  5FDX A;  3R1Q A;  3ET7 A;  3FQS A;  3KK9 A;  4IM0 A;  4LRM A;  3UVQ A;  5A9U A;  4HCU A;  3ZRK A;  2A2A A;  2YCS A;  4R1Y A;  4RPV A;  5AIK A;  3ID6 C;  4BI2 A;  3BLA A;  4NYE A;  4AT3 A;  4J8M A;  3UPX A;  2O3P A;  3DT1 A;  3RNI A;  4AZT A;  4W8E A;  4C4J A;  4DGG A;  4YSM A;  3FE3 A;  2W06 A;  5J8I A;  3W55 A;  3ZEW A;  4FG8 A;  4CFW A;  4L67 A;  2OZO A;  2YCF A;  1XH5 A;  4G9R A;  3FBV A;  2QOK A;  4O21 A;  3RPV A;  3A8X A;  3FXX A;  3ML1 A;  4TYH B;  2ZM1 A;  3MGY A;  3R7Y A;  4IEB A;  3F3T A;  4J1R A;  1YQJ A;  3SGC A;  5IMX A;  4O7N A;  2B55 A;  2Q0N A;  3N4V A;  3CGF A;  4TPT A;  4BZD A;  1IA9 A;  4A9U A;  3KMW A;  4FST A;  5EDQ A;  1OM1 A;  3KRR A;  4JOA A;  4L53 A;  3ZS5 A;  2BVA A;  4GK4 A;  4BI0 A;  3RZB A;  2CNV A;  3FI2 A;  4RT7 A;  1P5E A;  3I79 A;  1XO2 B;  4FV3 A;  1NVQ A;  1OIU A;  2UV2 A;  2YIT A;  2VNW A;  4QMV A;  4BTK A;  2B9I A;  1S9J A;  4MD8 E;  4JG8 A;  4F9Y A;  1ZYL A;  1QMZ A;  5HO8 A;  2BRG A;  4FK3 A;  3E92 A;  2HEL A;  3CD8 A;  4N4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3Q9WA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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