3R8MA

Cdk2 in complex with inhibitor l3-3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
298
structure length
286
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRTEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-guided optimization of novel CDK2 inhibitors discovered by high-throughput screening
rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 2
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 79
structure length 286
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3r8mA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3r8mA01
2J0LA 4XCUA 5IA5A 4TYIA 2X2LA 4EHGA 2XNOA 3G33A 3ZU7A 4E3CA 1Y6AA 3DPKA 1QPDA 5EHLA 4E5AX 1LUFA 4F99A 1BX6A 5EYDA 3OXTA 4CKIA 3BIZA 4WNOA 1TQIA 3LCOA 4WNMA 5HEZA 4S31A 2ZB0A 3FLNC 4FC0A 4EORA 3ZYAA 4D1SA 4FL1A 2C6EA 3Q6UA 2C47A 2JKQA 5BVOA 5IH4A 3QGWA 4AAAA 2J0IA 4XV9A 4JDKA 3RPYA 5K0XA 5EOBA 4GT3A 4F1OA 3SG9A 2Y0AA 2C69A 4FZDB 4E5BA 3WF8A 4V0GB 3UNJA 3V3VA 2YIXA 5FXSA 2X4ZA 5H9BA 3HKOA 4C4IA 4O7ZA 3GOPA 1NVQA 3F2AA 3OBGA 3F5GA 4MCVA 4S34A 2VGOA 4Y72A 3RNYA 4BCOA 4DFZE 3EQCA 3WZUA 1QMZA 1Y8GA 3AC2A 3OHTA 3MH1A 3RPSA 2W05A 3PA4A 4AW5A 3FPMA 4MQ2A 5BVKA 3IW5A 5LCKA 4DG0E 5CSVA 5AWMA 3E64A 1Q8WA 2VGPA 4PMSA 4E6DA 4ZK5A 5EM7A 4QMQA 5BQ0A 4FNZA 1XR1A 3E88A 3EQDA 4JDIA 4CKRA 1H28A 3SW4A 4FMQA 4AWIA 5L4QA 3EN5A 5D11A 2R3LA 3E8DA 4RBLA 4E4NA 3GOKA 1T46A 2UVXA 4ZS0A 4EHEA 4ID7A 4M69B 4EJ7A 1P5EA 2HOGA 5EDQA 4L7FA 2WTKB 3QRUA 4MXAA 4RJ8A 3TN8A 3VBWA 2JDRA 4G9CA 4GCJA 4TWCA 3UMXA 3N51A 4JDHA 2F7XE 3CQWA 4FOBA 3BHUA 4IVCA 4GIIA 4D4VA 5FM2A 4RZVA 3CGFA 3RAHA 5M4IA 5CEPA 5KMJA 3C50A 3FLYA 3CQEA 3KXNA 1SZMA 3PUPA 5G6VA 2J0KA 4EC8A 3NUYA 4TKSA 2F2UA 4IAIA 5TF9A 4BDDA 2C3KA 3F6XA 4RFZA 1PW2A 5AMNA 1ZOGA 2ITNA 4YPSA 3ZUVA 4AN3A 4FV1A 4C02A 4ZEGA 2OH0E 2CLQA 2YM5A 2UZLA 2J7TA 4UALA 2QKWB 5CYIA 4IVBA 5CT7A 3V5TA 3PE1A 2W4OA 4TN6A 3NEWA 3D7ZA 3DU8A 3MI9A 2OGVA 3P7AA 5JZNA 4EZ7A 1S9IA 1RQQA 2Q0NA 2UZNA 4O6LA 5EQPA 3JY9A 1WBWA 3PSBA 1T45A 2P4IA 4EQUA 4YZ9A 2JDTA 2IW6A 4JX3A 4ZSEA 4EQCA 4YJOA 3PY1A 2VZ6A 1B6CB 3HMNA 4HYUA 1FVTA 3TNHA 1Q62A 4QYFA 4BL1A 4I20A 3LXNA 4C34A 1FMOE 5AV1A 3VO3A 5A4EA 4DBXA 4UY9A 1YWNA 4CCUA 3NW6A 3SDJA 4OTDA 1IAJA 2W1EA 4TRLA 4BC6A 4I41A 3V5WA 2B52A 4I24A 4TXCA 3PSCA 1E1XA 4FKPA 1FMKA 2QR8A 3HX4A 2YDIA 4C62A 5FG8A 5DYJA 3UPXA 5CAVA 2JD5A 5FP6A 2HENA 3TKHA 4FKQA 5AP4A 3S0OA 4DGNA 3QHWA 3W2QA 2CJMA 4DGGA 3SRVA 3QZFA 4LI5A 3O8TA 4LMNA 4PWNA 3PJ3A 1SVGA 4LQMA 5IA0A 5ACKA 2PK9A 4CMUA 2XM8A 4ACMA 3KRRA 2JLDA 4O0UA 3D5WA 2CGVA 1XKKA 4UEUA 4BKJA 4FIIA 4QMTA 4LGDA 2BAQA 4EEVA 4BY9E 3KF4A 1XWSA 1ZLTA 3CSVA 3LPBA 2PUUA 4FGRA 3KN6A 4DLJA 4RX5A 1H0VA 3RWPA 2RG6A 4C0TA 3PVWA 1TQPA 3PA5A 5L2TA 4ITHA 2BRBA 3QUDA 4L68A 4PL3A 4B9DA 2ZMCA 4GFMA 3LOKA 2VTOA 3ZSIA 3LLAA 3JPVA 3L8SA 2R0IA 5AUYA 5AV3A 3C4WA 1FGKA 3O0GA 3AT4A 4H58A 4J7BA 3U87A 1J1CA 2YAAA 3BV3A 2JIVA 3FI3A 4AA4A 3QXOA 4GJ2A 5DR9A 3ZFYA 4BICA 3SD0A 5BVDA 2W5BA 2YDKA 5ANDA 3QLFA 5D7AA 3QRIA 2R7BA 2XJ2A 4QMXA 2X7GA 2RIOA 3BEGA 2C0IA 3QQLA 1YWVA 4O86A 3A4PA 2OBJA 2AYPA 4FKOA 4O0VA 4RGJA 3RI1A 3UP7A 4S30A 2RFSA 4LOQA 5H2UA 2C68A 2BUJA 4NKAA 2QOFA 5HO6A 2B9JA 3U8WA 5HZNA 5HVKA 4I0SA 3AGMA 3QRJA 4MAOA 2Y6OA 5HGIA 4OTHA 5HBEA 2VWIA 5E92A 3BHTA 4ZJIA 5IA2A 1ZOEA 4DGOA 3NIZA 1OKWA 4QTBA 3V6SA 2J51A 3ERKA 3DAKA 3H3CA 3W55A 4BBFA 2J2IB 5IU2A 5IQBA 3CS9A 3DDPA 3DNDA 2XF0A 5JFVA 4EKLA 4F1MA 1GIIA 4KBAA 4W8DA 4CLIA 5HX8A 3VBVA 5AM7A 3MPMA 3C1XA 3ZUUA 4IQ6A 1NT2A 1JKKA 3GFWA 1J7IA 4PMPA 1UA2A 5HO8A 5K3YA 1PXKA 4QYHA 3KGAA 4YGAA 5DIAA 2HK5A 2PZYA 4I4EA 3QD4A 5JGDA 1QPCA 2JAMA 2YISA 2X7OA 4QPSA 4XNEA 2XS0A 3FQEA 5DBXA 1JQHA 1W84A 3ORLA 3NPCA 5AV0A 3MVJA 4RC2A 4O2ZA 4EH2A 5LVMA 3PLSA 4HGLA 3U55A 2GHLA 1SMHA 5I0BA 3NAYA 4WG5A 3QD2B 2WIHA 3UBDA 3HRCA 3UVRA 3LAUA 3BZ3A 4O0SA 3DXPA 1H8FA 3ULIA 4FNXA 5CVHA 4KIKB 1PMEA 4XG7A 3RWQA 4CNHA 4I6HA 3R8UA 2DWBA 4FG8A 5BNJA 5JT2A 2B7AA 5AAGA 4AW1A 2IG7A 2A27A 3BEAA 4EOQA 4U81A 3OTVA 4QMMA 4IJ9A 4GKHA 5C4LA 5AAEA 1RDQE 5HESA 4I5MA 2BAJA 2WIPA 2C5XA 1OGUA 3G2FA 3I6WA 4FTTA 3VW8A 2XEZA 3QKLA 3ZEWA 4XV3A 1KSWA 3ZUTA 4O0TA 3R9RA 2QD9A 5I9YA 4ZOGA 3PY0A 2XKFA 3EYGA 3PSDA 2C4GA 3G90X 4M13A 5CT0A 4Z7GA 3SKCA 2ITQA 4O21A 4PQNA 4FZAB 3NS9A 4CEGA 4EJNA 2Z7QA 3MS9A 4FTRA 4L53A 3TV7A 4O84A 4I6BA 2PMLX 5TT7A 4NM0A 3LQ8A 1H07A 4HPTE 5LOHA 2B55A 1O6YA 4XG9A 4FBXA 4FKWA 4ZP5A 5HE3A 3GI3A 3BRBA 3DTCA 4O0WA 4OTWA 1YWRA 2ITOA 1NXKA 2J0JA 3CKXA 3LHJA 4U40A 4W9XA 2VTNA 4WG3A 3LFBA 3ZC6A 1RW8A 3HV7A 5ICPA 2E2BA 1JAMA 5H3QA 5IQHA 1H27A 2H34A 4QQCA 2CGWA 4WBBB 3PFQA 4IADA 4WRSA 3C4FA 5AP7A 4AS0A 3KREA 1WZYA 2CKPA 4UB7A 4BWPA 4G6LA 1Q97A 3HLLA 5EG3A 5LMKA 2GS7A 1W82A 2X4FA 5AP6A 4XH6A 1OL1A 2PVKA 4UZHA 1XH5A 5C4KA 4HYHA 3ANQA 3BYMA 2H9VA 3LFDA 4ZTLA 4F9WA 2ZV8A 3FMNA 4N70A 1PMNA 1KV2A 4JT3A 3LCDA 3Q6WA 4MH7A 3U9CA 3W2CA 5IA1A 3MFUA 2UZOA 4DFBA 4YJVA 3QTSA 1R78A 2Z8CA 3FWQA 4DG2E 1IASA 3BU3A 3F3WA 1TKIA 3OUKA 3F7ZA 4EUTA 4O7VA 3FMLA 4X3FA 4W9WA 3C7QA 4MD9E 3ORTA 1JPAA 4U97A 5DG5A 3DXNA 4FV2A 2PUIA 3D2KA 2BRNA 2FSTX 3CY3A 1FOTA 1MUOA 4FV6A 3CE3A 4BDKA 5E8ZA 4O91A 3R8VA 2OICA 3E93A 2GSFA 2UW5A 4BCNA 4C38A 3Q4TA 2XYNA 2YIWA 2CGXA 3CBLA 3OEFX 3TM0A 4P90A 2QLQA 2Y7JA 3UC3A 4GVJA 5CSWA 5EM5A 3AT2A 2EVAA 3KVXA 2EXMA 3ZMMA 2O65A 5DMZA 4FTMA 5HQ0A 4K11A 1PYXA 2OI4X 4O1PA 4G3DA 4F9BA 1ZY5A 2W1FA 2QCSA 3JY0A 2CN5A 4QT1A 4FL2A 3PZEA 4FSQA 5CSPA 5T68A 2PE1A 1E1VA 1X8BA 2QO7A 4H05A 4Z55A 3O51A 4F9AA 4YTCA 2CLXA 4W4YA 4Z3VA 4NU1A 2C0OA 2QHMA 3KN5A 3HUCA 2OJFE 4JS8A 2BHHA 3DZOA 4FSUA 3CD8A 5EFQA 2ITXA 3F82A 3HL7A 5AP5A 4ZXTA 3VF8A 3GB2A 3LM0A 3RZFA 4GS6A 3Q4UA 1OBDA 3KFAA 5G1XA 3R9OA 3V5QA 3EFWA 3UNZA 3S95A 3ACJA 3HRBA 4JQ7A 2WMUA 4RX7A 3TEIA 3TJCA 5A9UA 2NP8A 3OY1A 2V55A 1KE6A 4L3JA 4NSTA 3ORPA 4DYMA 5E4HA 2ZVAA 4EWQA 1B38A 1VR2A 4ENYA 2WELA 5CXHA 5DOSA 4EOSA 5HX6A 3T9TA 3FL5A 4TYHA 3UDBA 1UNGA 2CDZA 3HV5A 4F7NA 5C26A 4FE2A 5E1EA 4A4LA 1VJYA 4FTNA 1GOLA 2GU8A 3HP5A 3MN3A 3F2NA 3NUNA 3PY3A 4RIYB 4EHVA 3ZRLA 5K5XA 4IAFA 5KMNA 2W1GA 3A7IA 3U54A 3OFMA 4J97A 1KUTA 3ID6C 3UZTA 5CLPA 3FMHA 3ZLYA 4EI4A 4NZWB 3MDYA 3QTQA 3VJOA 5FTQA 1IR3A 2HELA 3TDVA 2QOHA 2WNTA 3D83A 5BX0A 3OWLA 1CKJA 3NW7A 3P7BA 4B7TA 4O7YA 2X6DA 4JBOA 3U6JA 3EFKA 4JL9A 1WCCA 2OZAA 1VEBA 5KBQA 4BKZA 1JVPP 5AIRA 3BGPA 2ZM4A 2I0EA 2BFYA 4YZNA 3RBWA 4XBRA 5EQYA 1PXMA 3VULA 4F70A 4BI1A 1Y8YA 5C03A 2XB7A 5J7BA 2VN9A 2BIKB 4QP6A 4A9UA 4CZTA 2F7ZE 1WBSA 2Y4IC 3IG7A 1KOAA 4M0ZA 3UIMA 5DT3A 5JFSA 2X81A 5A4LA 5CAQA 3DBEA 4S2ZA 1Q3DA 2XBAA 2UW9A 2ZM3A 4ZTHA 4X0MA 3Q4ZA 2CHLA 2WZJA 3RK9A 4CD0A 5EH0A 3LFFA 3OWKA 3AMBA 2XBJA 4N0SA 2GQSA 4ZS4A 2I7QA 4FSZA 2NRUA 3RPOA 3VS0A 3W2PA 4WNPA 4NUSA 1QPEA 3FLWA 3C0HA 3FLSA 3WIKA 2AC3A 3UG2A 4XV2A 4ZJJA 4L00A 4UX9A 3QU0A 2GNLA 5AR4A 5A4QA 2JITA 4OT5A 2FYSA 4K77A 3RCJA 5BVFA 2FSLX 2PPQA 5AP2A 3RHXA 5DEYA 4IWQA 3K3IA 3DBCA 1Q8YA 3V8TA 2VU3A 4ZY5A 3CD3A 4NFMA 2E9UA 4WG4A 5HORA 1G5SA 2XM9A 4UN0C 5CEIA 2CMWA 5L2QA 3E3BX 4ONAA 5KHXA 5K9IA 2R3GA 1QL6A 3EHAA 4Z9LA 4QMYA 2OF2A 4EHZA 4L45A 4M3QA 3C4CA 1FQ1B 4HVHA 1W8CA 4N6ZA 2OXYA 2C6MA 3I4BA 3D7TA 3BWJA 4UMQA 3W2OA 4ANLA 5CAUA 3KC3A 3R04A 1CKIA 3UPZA 2ETMA 3NIEA 4Y95A 5BYZA 5LVOA 5KMOA 2PY3A 3ZHPC 3C9WA 3LFCA 5TR6A 1FINA 1AQ1A 4GV1A 3R7OA 5HKMA 1V1KA 4YBKA 3L1SA 5AIKA 4AZEA 4XX9A 3MVMA 3PJ8A 4IFCA 4KRDA 5C8MA 3UQCA 2XNGA 4BI2A 3E8EA 5FGKA 5M57A 4U7ZA 2Z7RA 4NKSA 2G01A 4WRGA 4IVDA 3HRFA 3FMJA 2W1ZA 3RMFA 3H4JA 4KKHA 4IM3A 4ANOA 4DH8A 2IVSA 4PDSA 5EYKA 2IN6A 3EKKA 3PWYA 4EH9A 3NUAA 5BUIA 4EOOA 1APME 3R7GA 4H3BA 1MQ4A 1HCKA 4I94A 5M56A 4L7SA 3QHRA 4F65A 3I5ZA 3QGYA 2PWLA 4FV4A 5E8TA 2JIUA 4FKVA 1ZZLA 4WIHA 3FZ1A 1OL6A 4MKCA 3ZZEA 5D12A 2Z7SA 3IDPA 3WZKA 3I7CA 1PRYA 5CU6A 3F5PA 5A54A 5BUEA 2BFXA 4MD7E 4U79A 4MBIA 3R71A 1BMKA 4YTIA 2HW7A 4YHFA 3BWFA 1YDRE 4QYEA 4IW0A 2C6OA 3TCPA 5JH6A 3IKAA 3EIDA 4EC9A 5HIEA 2FSMX 2VO3A 4WD5A 3O2MA 1YHVA 3EL8A 3WF7A 1KE9A 4ANQA 4IB0A 2PMNX 4YO6A 3PJ1A 4UWCA 3BCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2PZP A;  3ZSG A;  4CRS A;  5EDR A;  3WE8 A;  2GNI A;  4LUD A;  3EOC A;  4I93 A;  3THB A;  4GVA A;  2YFX A;  3QXP A;  4MXC A;  3P4K A;  4HYS A;  2LGC A;  3L9P A;  3MIY A;  4EOJ A;  4ZZN A;  3TIZ A;  3D7T B;  3MY0 A;  5CXZ A;  4QQT A;  3KMM A;  4RIX A;  1SVE A;  4PUZ A;  3TJD A;  4MNE B;  2YAC A;  2CNQ A;  1W7H A;  2OFV A;  4E6A A;  2J4Z A;  2P55 A;  3IW8 A;  3ZOS A;  4J98 A;  4BFM A;  4FT9 A;  5A14 A;  3EQB A;  3KU2 A;  5ANO A;  5D10 A;  1OPL A;  4G2F A;  3O23 A;  3AC1 A;  4F0F A;  1ZY4 A;  2C30 A;  3IPH A;  4BWX A;  4G5J A;  2KTY A;  4LFI A;  4AZS A;  4RWK A;  3Q5Z A;  4QP8 A;  1VZO A;  3TZ8 A;  1Z5M A;  4IMY A;  3UOJ A;  1M17 A;  1BLX A;  2HY0 A;  1HCL A;  2PUL A;  5J5S A;  1U5R A;  2QUR A;  2ITT A;  3MJ1 A;  4J8M A;  4RIW A;  5EKN A;  2WB8 A;  5AUU A;  1J3H A;  4PNK A;  2RFN A;  1UU7 A;  2OG8 A;  3IQ7 A;  3NLB A;  3OOM A;  5EHY A;  3VBY A;  4BGQ A;  4RJ7 A;  3OWJ A;  4PRJ A;  4BCJ A;  5HE1 A;  1YXS A;  2YWP A;  4HNI A;  3EQP A;  4P2K A;  4DT9 A;  5CZH A;  5BVW A;  4G3C A;  2VTJ A;  3DS6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2J0L A;  4XCU A;  5IA5 A;  4TYI A;  2X2L A;  4EHG A;  2XNO A;  3G33 A;  3ZU7 A;  4E3C A;  1Y6A A;  3DPK A;  1QPD A;  5EHL A;  4E5A X;  1LUF A;  4F99 A;  1BX6 A;  5EYD A;  3OXT A;  4CKI A;  3BIZ A;  4WNO A;  1TQI A;  3LCO A;  4WNM A;  3AKK A;  5HEZ A;  4S31 A;  2ZB0 A;  3FLN C;  4FC0 A;  4EOR A;  3ZYA A;  4D1S A;  4FL1 A;  1ST0 A;  2C6E A;  3Q6U A;  2C47 A;  2JKQ A;  5BVO A;  5IH4 A;  3QGW A;  4AAA A;  2J0I A;  4XV9 A;  4JDK A;  3RPY A;  5K0X A;  5EOB A;  4GT3 A;  4F1O A;  3SG9 A;  2Y0A A;  2C69 A;  4FZD B;  4E5B A;  3WF8 A;  4V0G B;  3UNJ A;  3V3V A;  2YIX A;  5FXS A;  2X4Z A;  5H9B A;  3HKO A;  4C4I A;  4O7Z A;  3GOP A;  1NVQ A;  3F2A A;  3OBG A;  3F5G A;  4MCV A;  4S34 A;  2VGO A;  4Y72 A;  3RNY A;  4BCO A;  4DFZ E;  3EQC A;  3WZU A;  1QMZ A;  1Y8G A;  3AC2 A;  3OHT A;  3MH1 A;  3RPS A;  2W05 A;  3PA4 A;  4AW5 A;  3W0S A;  3FPM A;  4MQ2 A;  5BVK A;  3IW5 A;  5LCK A;  4DG0 E;  5CSV A;  5AWM A;  3E64 A;  1Q8W A;  2VGP A;  4PMS A;  4E6D A;  4ZK5 A;  5EM7 A;  4QMQ A;  5BQ0 A;  4FNZ A;  1XR1 A; 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