3REP | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	268
structure length	268
Chain Sequence	HSGIDFKQLNFLTKLNENHSGELWKGRWQGNDIVVKVLKVRDWSTRKSRDFNEECPRLRIFSHPNVLPVLGACQSPPAPHPTLITHWMPYGSLYNVLHEGTNFVVDQSQAVKFALDMARGMAFLHTLEPLIPRHALNSRSVMIDEDMTARISMADVKFSFQSPGRMYAPAWVAPEALQKKPEDTNRRSADMWSFAVLLWELVTREVPFADLSNMEIGMKVALEGLRPTIPPGISPHVSKLMKICMNEDPAKRPKFDMIVPILEKMQDK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__390672050213348__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__390672050213348__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3REP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__390672050213348__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"390672050213348","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3REP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__390672050213348__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02a0856417d527115d53e4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02a0856417d527115d53e4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02a0856417d527115d53e4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02a0856417d527115d53e4/pdb.gz): 611 ms

reading 268 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

268 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:267});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of the ILK/alpha-parvin core complex (MnATP) rcsb
molecule keywords	Integrin-linked kinase
molecule tags	Cell adhesion
source organism	Homo sapiens
total genus	80
structure length	268
sequence length	268
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2011-04-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07714	Pkinase_Tyr	Protein tyrosine kinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	3repA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3repA01

5KMNA 3HMNA 5KX8A 1BX6A 1STCE 2BIKB 4FI1A 3EQDA 4AZSA 4DH8A 2PUPA 3O8PA 4P7EA 5B2KA 5HLWA 3GFEA 1LEZA 1KE9A 2C3KA 3UODA 5GZ9A 2UZEA 4HVDA 3DNEA 2BAKA 3QTXA 2F7ZE 5KCVA 3FV8A 1PKGA 3A7IA 3P1AA 2XIZA 4KNBA 2QOIA 2QU5A 2XZSA 4JQ8A 3PWDA 2C6OA 3DDQA 3TNHA 5L8KA 3FZOA 1JSVA 3ZFYA 2IZSA 2R3OA 1IA9A 4FZAB 4I5HA 3MVJA 1GJOA 4MQ2A 2Z60A 4EOOA 4YURA 2QNJA 3P7CA 2PUUA 3IGGA 2YDJA 2XB7A 4QMLA 4F63A 4CLJA 3C0HA 1H25A 2GCDA 2F49A 3AC2A 1KWPA 1Q8ZA 2HOGA 2J5EA 2HWOA 2JDVA 3FBVA 3H9OA 3LCTA 4IVCA 2ITTA 3D5XA 3F5PA 4FTLA 4BCKA 5M4CA 4FKOA 3HLLA 3U8WA 2C5NA 2OIDA 3LW0A 5HG5A 3WIKA 4DCEA 3BIZA 3NYOA 3RPVA 4X7QA 5DRDA 2VWUA 4O84A 5BVKA 4JRVA 3TV4A 4UEUA 2W4JA 4EUUA 4TL0A 4Z55A 2B0QA 2C6DA 2WMBA 4IQ6A 3KVWA 3S4QA 3UE4A 3ANQA 3MESA 5BVWA 1I44A 3HMPA 4M0YA 1CKIA 2IVTA 4IVAA 4EBVA 4O7YA 1NW1A 3QQFA 3LLTA 4EYJA 4TKSA 4A9TA 2JC6A 4BCMA 3PP1A 1SZMA 4ZTSA 5AV0A 5EOBA 4GV1A 4D1ZA 4NYEA 2DQ7X 3KXZA 4J97A 4FTRA 5CVGA 3VJOA 2CN8A 2IO6A 4G17A 2P4IA 3EQCA 3AMYA 4F6UA 2PU8A 1B6CB 3RGFA 5F20A 4QPAA 1SM2A 1L8TA 5AA8A 2WO6A 3TCPA 4Q9ZA 3VS5A 4IM2A 4R5YA 2UZLA 3EZRA 4C58A 4YHTA 3EB0A 3ZEWA 4O96A 4D9UA 1Q5KA 5EM6A 4GFGA 3Q2JA 3C4WA 4FZ6A 2ZM3A 2R7IA 3UC4A 2F9GA 3IK3A 2ZB1A 3QZHA 2UVZA 2R3NA 4D2PA 1ZOHA 2YEXA 3NLBA 4AOIA 3NCGA 4D1XA 4YPDA 1DI9A 4FTIA 3KCKA 4NWMA 3GU6A 2IVSA 3HL7A 4D0WA 4D4RA 4A9YA 2NPQA 2PZRA 1R0EA 2GNIA 4K6ZA 4RIOA 3QU0A 1Q8UA 4USFA 4FEQA 3UVPA 4AA5A 3IO7A 4A07A 2OJ9A 1PYEA 4HW7A 2G1TA 3ENMA 3FC2A 4Y85A 2FGIA 4MEDA 3VNTA 3BV3A 2BIYA 4WSYA 1JAMA 5BX0A 4M68A 4UWBA 3ZCLA 5I9ZA 3QKMA 4AQCA 5A54A 4U6RA 4OUCA 3A8XA 5AUXA 3TKUA 2CSNA 3PVGA 5CSWA 5HICA 4IIRA 3MFRA 5IMEA 4B6LA 2C0TA 5KNJA 4ARKA 4AFEA 3DB8A 1ZYDA 3NW7A 3NUPA 4FTCA 5AUWA 3OXIA 3DBCA 3ZBXA 3ZO3A 3ZTXA 2J0KA 5CEPA 3SXFA 2VD5A 2PVHA 3E62A 4LUDA 3UOLA 4MBJA 3GNIB 1QPEA 5IA1A 3VBQA 4CMUA 1KE7A 3A61A 1HOWA 1KSWA 4IWOA 4WT6A 4PDOA 4LL5A 5EQYA 3GCUA 3VUDA 3MVMA 5KKRB 3Q2MA 3CLYA 3MIAA 4QP9A 4D28A 3R9HA 5J9LA 2KTYA 4O7RA 5IZFA 4M67A 3PXRA 3D5UA 4GK3A 2XRUA 4KBAA 4YJPA 2IW8A 2CNQA 2E9VA 1YHVA 1Q41A 5E7RA 4AXAA 1H0VA 4EOIA 3LJ1A 4U44A 3PPZA 4CMTA 1BI7A 3HV4A 4FUXA 4IH8A 2E9OA 1OL7A 4HGEA 2I7QA 3IGOA 4O0UA 2ONLC 1IEPA 3MY0A 4HGLA 5DEWA 4BL1A 3QRIA 4JDKA 5TR6A 4RVTA 3R21A 1OI9A 2QOFA 3F3ZA 3COIA 3LXNA 3R7GA 4ZTQA 2X7GA 5AUZA 3LMHA 3S2PA 3PG3A 3LOKA 5F4NA 3UTOA 3R7EA 3PRFA 2WQEA 3Q9ZA 3LCOA 4O2PA 3PVUA 3ZO4A 2NRYA 4ERKA 5GZ8A 3FZSA 4GL9A 2BPMA 2PSQA 4YZBA 4EH5A 4GVJA 5J95A 2YCSA 3W55A 3FLQA 2XNNA 5H3QA 3DJ5A 5IH4A 3NX8A 1FVRA 3CJGA 2XRWA 2Y7JA 5JSMA 1H1SA 3K5UA 3ROCA 2C1BA 3KXMA 4G3CA 5LOHA 3EN4A 4JIKA 4X3FC 4ALUA 4FTTA 4HVHA 1XKKA 3UNJA 4ZLZA 1CMKE 3HA8A 4RJ3A 4XG3A 4GFOA 2E2BA 2UUEA 2Y4IC 4BBEA 4LMUA 5CS6A 3TDWA 2J0MB 4HNFA 4RFZA 3CKXA 4NIFA 5FEQA 3UMWA 2RIOA 2X7OA 4ACGA 4AGUA 3H0YA 3W2QA 2X6EA 3RCJA 4H1MA 5FD2A 2HK5A 2YCFA 5DEYA 2XCKA 3P0MA 3VUMA 1YXXA 4BGQA 3F9NA 5C9CA 2HELA 1E9HA 3DU8A 3KMUA 4AAAA 3MGYA 3FLNC 2XKCA 5AP7A 1ZZ2A 2B53A 3WZKA 3BGQA 2HAKA 4S34A 1QL6A 3A4PA 3B8QA 3U6HA 3MVLA 1YI6A 2QO9A 2XH5A 2QG5A 3MPTA 4JNWA 4UMRA 3LQ3A 3E64A 3LCKA 4QQ5A 2UW0A 4NM5A 1ZYJA 4BZOA 3HV3A 3OW3A 4YO4A 3UP2A 4RWIA 4EH2A 4DBNA 4J96A 4ZTRA 1IAHA 2OZAB 3EKKA 2I1MA 3LXPA 4I4FA 3LFCA 4P4CA 5TO8A 5CU0A 4EBWA 4MNEA 4TTHB 4QP2A 4KIOA 4FX3A 2BRGA 4U41A 2PUIA 1GY3A 1OL1A 1ZXEA 2PVKA 3FMEA 4WRGA 3SDJA 3OZ6A 4CYIA 4ZLOA 1UWJA 2RG5A 4QP7A 3R1NA 3W8QA 5IG1A 2YIQA 2IG7A 3FKOA 4D2TA 3L9PA 4IHPA 3UBDA 2WQBA 4PX6A 1J3HA 3PVWA 4K8AA 3R7VA 4L53A 4AE6A 2QURA 5BVNA 1NVSA 3K3JA 4F1MA 2GQRA 2ITYA 1KV2A 4ASEA 4RX9A 4PMPA 2IW6A 3VQUA 4D2RA 2FA2A 4JT3A 4WO5A 2GDOA 5CU6A 3DKFA 4FC0A 2EB3A 3QRJA 4CZUA 2F7XE 5J9ZA 5K5NA 4GU6A 4YLJA 3BU5A 4MHAA 3Q4TA 3C5UA 2G2FA 4K18A 3FAAA 4IB5A 3FMDA 4E73A 3P5KA 4UYAA 5M56A 1OGUA 3OTVA 4FSWA 2I0HA 4OTFA 3BGZA 4R1VA 4CXAA 4YTFA 4MD9E 4W8EA 3PJ3A 5IH6A 3VF8A 4OBQA 5AJQA 3RZBA 5LARA 1TQIA 4GH2A 3NGAA 1H4LA 3C51A 3JYAA 4FMQA 3C1XA 4TYIA 1J1BA 2CLQA 3KU2A 3ZC6A 4A9SA 3TJCA 3TI1A 5IEYA 3QQHA 2GNLA 2REIA 4YZMA 2UW6A 4U42A 4ZTHA 3VUKA 3GBZA 2CGVA 4CFVA 5I9XA 2H34A 4H1JA 3ZSIA 5E8SA 2VGPA 5FG8A 4F9BA 5IA0A 3N4TA 4FV8A 2C6KA 3MFUA 4YJNA 4EYMA 1M52A 4MBIA 4ASDA 1MQBA 2WTWA 3PWYA 5LMBA 4FEUA 3GB2A 4I5MA 1UNGA 4LRKA 3NUSA 3KFAA 2PK9A 2VWWA 4FIEA 4YC3A 4E4LA 3VQHA 1GIHA 3HRFA 2W99B 3DNDA 4QMNA 3IW8A 3NUUA 5M53A 4FYNA 2F7EE 4M8TA 2PE0A 4NH1A 3EQIA 2YDIA 4JAJA 5AR8A 4C02A 4EH3A 3TUCA 3L9NA 4IEBA 1XO2B 3LLAA 2W17A 4EORA 2A4LA 1M2RA 5C4LA 4CKJA 2OO8X 4ZSLA 3DKCA 4EOPA 3N4VA 3QFVA 4NL0A 1J1CA 3LCDA 3VIDA 5EYMA 3ZSGA 4Y73A 4CKRA 3ATTA 2WMWA 1ZYCA 4FKPA 4RX7A 1KV1A 3EZVA 3PPKA 3FQSA 1GOLA 4NKSA 4U0IA 4TZRA 2J5FA 3R1YA 3ZSHA 4C35A 5D11A 2HZ0A 1VYZA 2I0EA 2X4ZA 4DF3A 4X21A 4F64A 2HZIA 4TWNA 2R3RA 3CR0A 4J1RA 3U6JA 2B9JA 5IQDA 2EB2A 1WBWA 2XF0A 3HECA 3OC1A 4HCVA 4M15A 4D2VA 3O8TA 3PA5A 4IM0A 5IQHA 2XMYA 5IU2A 5JQ5A 2BRMA 5EYDA 1Y8YA 3P4KA 2YA9A 2NP8A 4TNBA 4C59A 1S9JA 1ZYSA 2UZVA 5HVKA 4PP9A 4DEIA 4QP1A 2Z7SA 3MI9A 4YLLA 3VS4A 4E6DA 4CFMA 4O7LA 4L46A 5K3YA 3F5XA 2ITVA 3QLFA 1JKSA 4AOJA 4O83A 4P5ZA 3S3IA 1UV5A 4RJ6A 4IWQA 4EJNA 4WUAA 3KULB 2JDSA 4ZOGA 3NYNA 2OLCA 3D2KA 2C6LA 3H9RA 3HDMA 2QHMA 2R3MA 3UIBA 2VTRA 2PZPA 1U59A 3EFKA 4MWHA 5CEKA 1JSUA 2B9HA 3ZH8A 5HKMA 3OD6X 1YVJA 3VBXA 3TXOA 1YWRA 2YLEA 2VN9A 3D83A 4AE9A 2YJRA 4EC9A 4HGTA 3W18A 3FSFA 5B2LA 1WBOA 2LAVA 4BGHA 2VO0A 5KMOA 4YJSA 3DT1A 4PP7A 4BCJA 2I40A 4IDTA 1VZOA 4NUSA 3ZOSA 4EH8A 3BYMA 1YWNA 5CALA 4H05A 3V5JA 3F5GA 5IUHA 4NT4A 1I09A 4I94A 4YNOA 4BCGA 5HE3A 3OHTA 4RWLA 3NW6A 2XYNA 4G6NA 4FTMA 4LOOA 3WF6A 4D55A 4DAWA 4EKKA 4YC6A 2F2CB 2OIQA 3ZDUA 4CFUA 3F3UA 5L3AA 4AN2A 3SRVA 3E87A 3PXZA 2IPXA 4OTQA 3UPZA 1YOMA 2WMTA 1WVYA 1ZAOA 3MH3A 3CD8A 4WIHA 4C4IA 4JR7A 3DTWA 4YTHA 4O7WA 3O7LD 5B0XA 3CPBA 3KK8A 3U87A 1UU9A 3NSZA 1A06A 4E4XA 3DS6A 2Z2WA 3KRXA 3VS6A 4F0IA 3R1QA 5T6KA 3FQHA 3EYHA 3SV0A 2UVXA 3HNGA 3GXLA 4BDEA 1KOBA 3NUAA 2AC5A 3C13A 1RQQA 2XEZA 1OPLA 3F2AA 3HV6A 4JDJA 3LZBA 5L6OA 2YISA 5I0BA 4QMMA 2C5OA 1NA7A 4UZDA 3RALA 2HCKA 5JFWA 4BY9E 5JK3A 3DCVA 3PJ8A 5FP5A 3A4OX 2QLUA 3UNZA 5IISA 4QYFA 1UNLA 2XK9A 3BWFA 2ZMDA 4YC8A 3MJ1A 3NDMA 3QTUA 3QYWA 4W9XA 5KZIA 2C3IB 3HZTA 1ZWSA 4P2KA 5DI1A 4Y5HA 3R30A 3ORMA 3OWJA 3R8MA 5LJJA 2C3JA 2FSTX 2H8HA 4NJ3A 4G31A 5F1ZA 5K0KA 2JAMA 4IJ9A 4L3PA 3TIYA 1F0QA 3DK6A 5IQCA 4TWCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3REPA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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