3RGFA

Crystal structure of human cdk8/cycc
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
355
structure length
321
Chain Sequence
DKMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase,transcription
source organism Homo sapiens
publication title The Structure of CDK8/CycC Implicates Specificity in the CDK/Cyclin Family and Reveals Interaction with a Deep Pocket Binder.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
total genus 94
structure length 321
sequence length 355
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2011-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3rgfA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3rgfA01
2OJIA 4YZMA 3LFNA 3GCUA 3HMIA 4HNIA 2WPAA 3PPKA 3PVWA 5HIEA 1DI8A 4YZNA 3MY5A 4FF8A 5BVDA 4XP0A 5AAEA 4O7SA 4O86A 3G2FA 3R9RA 3BYSA 3CJGA 3RK5A 4GS6A 1OZ1A 2W06A 5ANJA 3UDBA 3VBXA 2IZRA 4EWQA 4ZS0A 5AEPA 3EFJA 2VU3A 4NM3A 1SM2A 5CF4A 2YIQA 3D5VA 5I0BA 4R7BA 5EDPA 1R3CA 5FTQA 3U4UA 2KTYA 3D94A 5I4NA 3ZFXA 3CPCA 4NUSA 1Q99A 4QTDA 4J95A 4P2KA 4ZTRA 5J87A 3RPSA 3WOWA 1H08A 1UU3A 2ETRA 2BZKB 3JS2A 3BBWA 5EHYA 1PYXA 5M57A 1CM8A 2DYLA 3PSCA 4M69A 4TRLA 2XBJA 4NCTC 4W4XA 3T8OA 4M15A 2IZTA 3WIKA 2HIWA 2R3GA 1P14A 4WSYA 5HG5A 4CV9A 3F5PA 4JDIA 2Y6MA 2UZBA 2JFMA 4KAOA 1XHAA 5AP6A 3TKIA 3KN5A 5GIPE 3A7IA 4WUAA 3JY0A 5EKOA 2YM7A 4JVGA 4AXAA 2R0IA 4LL5A 4M69B 3Q4TA 4QP3A 1U5RA 2A27A 5CQUA 5FQDC 2VTJA 2HW6A 4DG3E 2QU6A 2I1MA 4GFGA 3RK9A 1IG1A 5BX0A 3VUTA 4EH6A 5DT4A 2J5FA 3R83A 5HVJA 4X2NA 3RK7A 4BDHA 3LCSA 3L8XA 1DAWA 4O0RA 5CEOA 4QMZA 3RZBA 4MWHA 3DV3A 3AC3A 5CU2A 3CD8A 5AR4A 3ZFMA 3FYJX 4FSRA 2WU6A 4ZTMA 4ANBA 3L8SA 4DGGA 4MNEB 5M4CA 4B8MA 1ZY4A 5IQIA 4HCVA 4BYIA 4GG7A 4OTWA 3CP9A 2FSMX 3DPKA 4RLLA 4ZSJA 2PK9A 4QNAA 4YZBA 3RINA 4H36A 3KXGA 4HZRA 3QCYA 3HMPA 4B9DA 4IAKA 2FUMA 3RMFA 2YIXA 3V5JA 3OUKA 4I6BA 3LM0A 3VBTA 4LYNA 2ITQA 3JXWA 2O64A 3NCGA 3QKMA 5BVNA 3A4OX 1VZOA 3BEGA 4E73A 3BLRA 5C4KA 5K4IA 3NS9A 4KKHA 3POOA 2YIWA 4FZDB 1ZMVA 3O96A 4C2WA 4U7ZA 1Q41A 1KE6A 1BL6A 4MAOA 3QQHA 5AIKA 2QOBA 3A62A 3KF7A 3UIMA 3WZDA 4EQCA 1WMKA 4YHTA 3QQGA 3ZBXA 1GIJA 3IDBA 4JDJA 2CGUA 4NW5A 1W83A 4CFXA 3MPMA 2GS6A 3TZMA 4C35A 2R3HA 4A4LA 4QMUA 1T45A 3O8PA 4I41A 5T3QA 4ASXA 3TZ7A 3A8WA 4TTHB 5LQFA 4X0MA 4BTKA 3GC8A 4U3YA 4E93A 3PE1A 5CEMA 4IBMA 3QTWA 5EYDA 3PY3A 3D2IA 4OTHA 5DT3A 3O7LD 1P4FA 3ERKA 2O2UA 3OT8A 2PMNX 3OT3A 4DFNA 5BYLA 4BHNA 3NUXA 3ACJA 4QTCA 5LJJA 3NVKI 4GSBA 2XJ0A 4PDYA 4GUEA 1YHSA 4LFIA 3N4TA 4D2WA 1KE9A 2JAMA 2Y4PA 3FV8A 2CGWA 4WNOA 2ERKA 4FKVA 5IU2A 5JGDA 5L2WA 3HZTA 1H00A 3H9FA 4DCAA 4GMYA 3AMBA 4M66A 4TYJA 4JJRA 4BYJA 4MEDA 5L2TA 2ACXA 2QOKA 2UZOA 3NGAA 2R3RA 3EH9A 4DFUA 4IC7A 1OBDA 4PTEA 5ANEA 4L45A 2ZMDA 2PVRA 1EH4A 4YHFA 2BR1A 3EN7A 4FV4A 4XG7A 4MXZA 3L8VA 4NW6A 3GU8A 2GNJA 3KCFA 4E8AA 3MESA 1MQBA 5JT2A 3PVUA 3LCDA 4FKSA 1UKIA 3WZJA 4AA0A 2C6EA 2NPQA 3BRBA 3D15A 2AYPA 3S0OA 2EXEA 4ZY4A 3FZRA 4QO9A 3OD6X 4IFCA 5IQAA 3E8EA 5AR8A 4XV9A 2IW6A 4F65A 3FY0A 5AV1A 2R3FA 3RHKA 4CEGA 3IGOA 4I20A 2WFYA 5BYZA 3MS9A 2G2IA 4FK6A 4LMUA 5IZFA 5HG7A 5T6KA 4W9XA 1OKYA 1T46A 2QR7A 3BGPA 3PFQA 4JRNA 5AP1A 5AR2A 1XH8A 2JFLA 2WQMA 4UZHA 1NVSA 2ZM3A 3B2WA 4V0GA 5AJQA 3PJ2A 3OCBA 4UYAA 2OFVA 3S1HA 5KZIA 3ZSHA 4ZTQA 2VTAA 3A7HA 4H1MA 4K9YA 1OBGA 4R5SA 3ATTA 4ITIA 4OTFA 2J2IB 5JZNA 4DTKA 4Y85A 4BTFA 2O0UA 2XMYA 4CCBA 5J9ZA 4QPMA 2J0LA 2CN5A 3QTXA 5KCVA 4CG9A 1JVPP 3VUKA 3W8LA 3ZO1A 1SZMA 1Q8UA 2CN8A 4GT5A 3H0YA 5DNRA 4YJTA 4V0GB 3QLFA 4Y95A 4ZSAA 1S9JA 2OXXA 2I0VA 4ZTLA 1PMVA 3TG1A 2Z7RA 2GS7A 5A4LA 3OY1A 3GFWA 5IQCA 3ZM4A 4DYMA 4FYNA 4LOOA 5CTPA 4A9UA 2HWPA 2UW3A 3GU6A 4W4VA 1VJYA 2OU7A 4UBAA 5IDNA 1JKSA 2YFXA 3C0IA 4YU2A 4ZSEA 2IO6A 2CCHA 3PWYA 4PTCA 3UC3A 1G8SA 4CYIA 2YM5A 1CMKE 4DH7A 4N6ZA 4CQGA 4OGRA 2Z2WA 2BZHB 3ZMMA 3U54A 4O0SA 4QRCA 1I44A 4MCVA 2OG8A 4MQ1A 2YLEA 3GNIB 5A3XA 4BCMA 4USEA 3VRYA 5HTIA 3PZEA 5E8SA 5FTOA 2C3LA 4HZSA 1OGUA 3GCQA 1H26A 3N51A 3OHTA 2VWUA 4WHZA 3VS6A 5E8ZA 4YTFA 3VULA 4TWNA 4PNIA 3ZH8A 3PP1A 3D14A 2OH0E 4ALVA 3PLSA 2PUUA 1JKKA 3V8WA 4Q9ZA 5A54A 2VGOA 3RM6A 2DUVA 2NRUA 3ETAA 3D83A 5E7RA 1PY5A 3QA8A 4C02A 4CTCA 4L8MA 5ANDA 4DA5A 3R7GA 2ZDUA 3AQVA 3KY2A 5DFPA 4J96A 3E8DA 4BIBA 4UWBA 3LMIA 3PXRA 3QTRA 3MA6A 1NVQA 4U3ZA 3FQSA 4O0UA 3MVLA 4C4FA 4S30A 3TNWA 1WVWA 4L3PA 4BC6A 1GIIA 2HY0A 3GFEA 4RC3A 4ARKA 2X8IA 4QYHA 3UQGA 4G31A 3TACA 4H1JA 1W82A 3UIXA 4CSVA 5FEDA 4AX8A 2IVTA 5CAVA 3OFMA 4RJ7A 2YAKA 4ANNA 4ZZMA 2QODA 3JVSA 1URCA 2H6DA 2BKKA 5AUXA 4TKSA 4YBKA 3HUCA 4CKIA 1KV1A 3WF5A 4F7SA 4XV1A 2VO7A 2ZDTA 3COHA 4YPDA 5EM7A 3VO3A 3VF9A 3LLTA 3EKNA 1MRVA 1XBBA 4QMSA 1AQ1A 5BVFA 4F6WA 3QU0A 3ZONA 3TV4A 5I5ZA 3DK6A 4OT6A 3NYNA 3NMUF 4KA3A 2XK8A 3NVMB 3Q32A 3G6GA 3NIZA 2ITZA 3EL8A 1ZOEA 4NM0A 1TVOA 3OS3A 2VGPA 4J53A 4XHKB 4Y72A 2F4JA 1PXLA 3V8SA 3M2WA 4PTGA 4D9TA 4EOMA 2YJSA 3PY1A 3ZLWA 5M09A 2J7TA 3IOPA 2W1GA 1Q8ZA 3EQGA 3ORPA 4U5JA 4XG2A 2I0HA 4O82A 2CGVA 4PWNA 4Z55A 4ZZOA 3EQRA 2NO3A 3DOGA 2JBPA 4HYHA 3UTOA 4DINA 3FUPA 4RVKA 2WIPA 2PZIA 5EHOA 1KWPA 3BI6A 4CLJA 4NH1A 4FT5A 4KABA 2BHHA 4ANQA 3IOKA 3AMYA 3DLSA 3O51A 3UG2A 4BF2A 2E9UA 4F08A 2ITXA 4OTIA 3TNIA 3TNPC 3UVQA 2X1NA 3CY2A 5BYYA 4QP4A 3TZ8A 2HCKA 1UU8A 2Q0NA 3KRLA 3AC2A 4RBLA 3Q9XA 3AMAA 2OWBA 2X4ZA 1WZYA 4EC9A 5DPVA 3I60A 4E4XA 5JQ8A 3I4BA 3BV3A 4EBWA 3V01A 1K2PA 1FVVA 4AE6A 5I9UA 4O91A 4V05A 3R8LA 1QL6A 3MY1A 4DFLA 4BBFA 5HD4A 1WBPA 1MUOA 2B9JA 4GT4A 5E8VA 5CSPA 1JKLA 4FIGA 3TI1A 3DDPA 3U87A 4MTAA 4CKJA 5DHJA 2Q83A 4U81A 4MXXA 3P1AA 3DGKA 4FSWA 5CAOA 3CKXA 3PPJA 2QOLA 5BVOA 1H1RA 4BR3A 4QMXA 4ANOA 5AP4A 4DHFA 4EOLA 3FQHA 5J79A 3TUCA 4IWPA 5H2UA 3I6WA 4FV1A 3E92A 3C1XA 4W8DA 5EG3A 1PRYA 4D2PA 4QYFA 2BDWA 3PG1A 4AW0A 4UV0A 1YOLA 4M14A 3W2OA 4YLLA 2RF9A 2UW4A 3HP2A 2ITPA 2VV9A 2ONLA 3DBDA 3EIDA 4MD9E 3RNIA 5A6NA 4CMTA 3ATSA 2HW7A 2J0KA 4F0IA 3AT4A 3EQDA 3SD0A 4C61A 3C51A 4DEGA 3ZO2A 2YDJA 4XUFA 3PE2A 2FO0A 3CKWA 3NAYA 4HGSA 2IG7A 4XNEA 2CDZA 4AZSA 5L2IA 2E9PA 3R7VA 4RZVA 4I6FA 2C0IA 3ZXZA 1ZYLA 5CVFA 1JWHA 2C5YA 3BX5A 4I5PA 4BDAA 2X2KA 3RJCA 3TJCA 3EFKA 1YVJA 5IA2A 4DTBA 4YLJA 3QQFA 3EQHA 4JNWA 4FEUA 4O81A 3JY9A 3I5NA 3JUHA 3OXZA 3KCKA 1UWJA 3A7JA 4N70A 4O0WA 4RQKA 4G2FA 3KRJA 5IA0A 4CMUA 3OCTA 3D2KA 4MF0A 4AG8A 1OIUA 2DWBA 3WF9A 4OT5A 3TM0A 3DKGA 2UZWE 3I1AA 2ZB1A 3GB2A 3QRTA 3NDMA 4EH3A 3A4PA 3FHIA 5DR9A 3UODA 3IW5A 3HUBA 4MXCA 2WEIA 2VRXA 3OWJA 5ANKA 1YXUA 1OITA 5CAQA 3TUDA 2JIIA 4C59A 2XRWA 2VTMA 3DY7A 3KB7A 5ACKA 4AN3A 3PRIA 2B53A 5CS6A 2P2IA 5D10A 5AR7A 3E64A 5B2KA 5EQYA 4NFMA 2WMRA 1LEWA 4LOPA 3FY2A 1GZ8A 2YIRA 1L3RE 3DQXA 4D4SA 1J1CA 5CF6A 1PF8A 3AD5A 2XM8A 1J91A 3HNGA 2EB3A 3FMNA 4IWDA 5EQPA 4JX3A 3THBA 3RAKA 1LUFA 4HPTE 2GU8A 3OTVA 2QHNA 4IANA 4FEVA 2UVXA 4GYIA 4M12A 3TTIA 1ZAOA 2QOCA 3R1NA 5AV2A 2Z7SA 2CMWA 4JQEA 3P7BA 1H0WA 3SW7A 1NW1A 2QR8A 3LXKA 3R9NA 5TF9A 2VUWA 3PA5A 3PXYA 4G6LA 3U9CA 3GC7A 1RJBA 1OECA 3CD3A 3QD0A 5HG9A 4RWJA 4XRLA 5LVOA 3W2PA 3HX4A 2WTKB 5CI7A 4HGLA 3NRMA 3G9LX 3NW7A 4PL4A 3BU5A 4FKTA 4IZYA 3ZRLA 4QYEA 3DAJA 2QQ7A 4D2RA 4PPAA 1L8TA 3ET7A 4USDA 1OL1A 2BALA 1O9UA 1V0OA 4K2RA 3DB8A 3ZBFA 4IB1A 5GZ9A 2BHEA 3DLZA 4FG8A 5DG5A 5DWRA 5I9VA 2UUEA 2Z02A 2ZAZA 3KA0A 5BUEA 3QX2A 2GHGA 3MVJA 3UOKA 4M67A 2OF2A 2GDOA 2J0IA 4U8ZA 4OAVB 3PXQA 1STCE 1WVYA 5AR5A 3DKCA 2R64A 3VHKA 2B54A 4XYFA 3RZFA 2YN8A 4QTEA 3OEFX 1U5QA 3ZFYA 4I92A 2Z60A 4M8TA 5IA5A 3VUHA 3DFAA 3FLSA 4YJQA 5IUGA 3QAME 5LWMA 1XH6A 4ZS4A 5DBXA 4TYIA 4O6LA 3HYHA 3EFLA 5EW3A 4E3CA 4LGHA 4BWPA 3LPBA 1UNHA 3NUPA 1JPAA 2W4OA 3PSDA 4BDKA 4D1XA 3QTQA 4FSUA 3RPYA 3RKBA 4IW0A 4KBCA 4EOPA 5IA4A 5IQHA 3OROA 3F66A 4RA4A 5D12A 3VJOA 3HP5A 4RIYA 5G1XA 3HGKA 4F7LA 5CEIA 4ZLOA 3DNEA 4ZTSA 5CXHA 5J9LA 3A99A 3CGOA 3PJCA 4XV3A 1ZZLA 4FA2A 3G0FA 4NZWB 4PL3A 4ENXA 1O6YA 4KSPA 5KKRB 2I40A 3KRRA 4I22A 3EOCA 3OXIA 1U46A 2YDKA 4O0YA 2QOOA 3OOGA 4IAAA 4QMQA 1PMUA 2W9ZB 3V6SA 3LKMA 2O63A 1FVRA 5EDRA 5F1ZA 2WMUA 4QQCA 4MVFA 4RIYB 3W55A 1Y57A 3CTHA 4RZWA 4CG8A 2J90A 3DJ6A 4R7IA 4ZOGA 4F9YA 4ENYA 5B2MA 1PXPA 4BDGA 3FZPA 2WMSA 2UZTA 1H1PA 4FIHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OJI A;  4YZM A;  3LFN A;  3GCU A;  3HMI A;  4HNI A;  2WPA A;  3PPK A;  3PVW A;  5HIE A;  1DI8 A;  4YZN A;  3MY5 A;  4FF8 A;  4MUQ A;  5BVD A;  4XP0 A;  5AAE A;  4O7S A;  4O86 A;  3G2F A;  3R9R A;  3BYS A;  3CJG A;  3RK5 A;  4GS6 A;  1OZ1 A;  2W06 A;  5ANJ A;  3UDB A;  3VBX A;  2IZR A;  4EWQ A;  4ZS0 A;  5AEP A;  3EFJ A;  2VU3 A;  4NM3 A;  1SM2 A;  5CF4 A;  2YIQ A;  3D5V A;  5I0B A;  4R7B A;  5EDP A;  1R3C A;  5FTQ A;  3U4U A;  2KTY A;  3D94 A;  5I4N A;  3ZFX A;  3CPC A;  4NUS A;  1Q99 A;  4QTD A;  3UDZ A;  4J95 A;  4P2K A;  4ZTR A;  5J87 A;  3RPS A;  3WOW A;  1H08 A;  1UU3 A;  2ETR A;  2BZK B;  3JS2 A;  3BBW A;  5EHY A;  1PYX A;  5M57 A;  1CM8 A;  2DYL A;  3PSC A;  4M69 A;  4TRL A;  2XBJ A;  4NCT C;  4W4X A;  3T8O A;  4M15 A;  2IZT A;  3WIK A;  2HIW A;  2R3G A;  1P14 A;  4WSY A;  5HG5 A;  4CV9 A;  3F5P A;  4JDI A;  2Y6M A;  2UZB A;  2JFM A;  4KAO A;  1XHA A;  5AP6 A;  3TKI A;  1VLR A;  3KN5 A;  5GIP E;  3A7I A;  4WUA A;  2ZFY A;  3JY0 A;  5EKO A;  2YM7 A;  4JVG A;  4AXA A;  2R0I A;  4LL5 A;  4M69 B;  3Q4T A;  4QP3 A;  1U5R A;  2A27 A;  5CQU A;  5FQD C;  2VTJ A;  2HW6 A;  4DG3 E;  2QU6 A;  2I1M A;  4GFG A;  3RK9 A;  1IG1 A;  5BX0 A;  3VUT A;  4EH6 A;  1G8K A;  5DT4 A;  2J5F A;  3R83 A;  5HVJ A;  4X2N A;  3RK7 A;  4BDH A;  3LCS A;  3L8X A;  1DAW A;  4O0R A;  4FJV A;  5CEO A;  4QMZ A;  3RZB A;  4MWH A;  3DV3 A;  3AC3 A;  5CU2 A;  3CD8 A;  5AR4 A;  3ZFM A;  3FYJ X;  4FSR A;  2WU6 A;  4ZTM A;  4ANB A;  3L8S A;  4DGG A;  4MNE B;  5M4C A;  4B8M A;  1ZY4 A;  5IQI A;  4HCV A;  4BYI A;  4GG7 A;  4OTW A;  3CP9 A;  2FSM X;  3DPK A;  4RLL A;  4ZSJ A;  2PK9 A;  4QNA A;  4YZB A;  3RIN A;  4H36 A;  3KXG A;  4HZR A;  3QCY A;  3HMP A;  4B9D A;  4IAK A;  2FUM A;  3RMF A;  4JMQ A;  2YIX A;  3V5J A;  3OUK A;  4I6B A;  3LM0 A;  3VBT A;  4LYN A;  2ITQ A;  3JXW A;  2O64 A;  3NCG A;  3QKM A;  5BVN A;  3A4O X;  1VZO A;  3BEG A;  4E73 A;  3BLR A;  5C4K A;  5K4I A;  3NS9 A;  4KKH A;  3POO A;  2YIW A;  4FZD B;  1ZMV A;  3O96 A;  4C2W A;  4U7Z A;  1Q41 A;  3BLA A;  1KE6 A;  4DDG A;  1BL6 A;  4MAO A;  3QQH A; 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