3RK7 | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	298
structure length	294
Chain Sequence	MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRTEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9323413194615755__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9323413194615755__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RK7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9323413194615755__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9323413194615755","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RK7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9323413194615755__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02a79e6417d527115d5514/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02a79e6417d527115d5514/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02a79e6417d527115d5514/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02a79e6417d527115d5514/pdb.gz): 64 ms

reading 294 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

294 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:293});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Development of highly potent and selective diaminothiazole inhibitors of cyclin-dependent kinases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cyclin-dependent kinase 2
total genus	79
structure length	294
sequence length	298
ec nomenclature	ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date	2011-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	3rk7A02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3rk7A01

3CIKA 4DYMA 4O1PA 3OCTA 4GIHA 2X6DA 3CQWA 3PE1A 5AP2A 4ZJIA 5HLWA 2PY3A 4TYHB 5HZNA 1H00A 1JNKA 2R2PA 4MXAA 4O2ZA 4RA4A 4DBXA 5EHLA 4BDJA 3DLZA 3CEKA 2FSLX 3GXLA 4CMUA 3BX5A 4RIXB 1XBBA 3GEQA 3Q9YA 4BY9E 3QCXA 5JSMA 4TYEA 1L8TA 2C6TA 3KRWA 3CS9A 1G3NA 3OW4A 3LFNA 3EB0A 2RFEA 4J1RA 4MXCA 2DWBA 4XUFA 2JIIA 3S1HA 2OO8X 2BRNA 3FI4A 5FLFA 4IM2A 1HOWA 3CSVA 3ZH8A 3ODYX 5CF5A 2V62A 2HZIA 3OTUA 2BRMA 2ITQA 4FKRA 2OG8A 5BVDA 4NL0A 4BKJA 3JYAA 4YMJA 2QLUA 4FSZA 4KBKA 4EORA 1P2AA 2OFVA 2UVYA 2YZLA 4UN0C 3EFWA 3ORIA 1JLUE 1W8CA 2VTPA 4XJ0A 5A4QA 2YLFA 4I92A 4J99A 2Y9QA 5HG5A 2VAGA 4X0MA 4D2VA 3TDWA 2UZDA 4G3CA 5GZ8A 3TTJA 2VUWA 1FPUA 4L46A 3W2QA 4D2RA 4C35A 1IA9A 3UYSA 4D9UA 2JC6A 2OZAA 4DTBA 1LEZA 4IZ5A 3PJ1A 4PTCA 5I3OA 5JZNA 5J9ZA 1Y8GA 3KRRA 2W5AA 2UZTA 3Q4TA 1MRYA 1VR2A 4EK8A 2YCSA 5DI1A 2PVMA 3H0ZA 3ENHA 3ATTA 3KU2A 4G3EA 4EUTA 1H24A 3N51A 2A2AA 5AP5A 5CASA 5E1EA 4U97A 3D7TA 4EK6A 4CKRA 3DTWA 3OT8A 3BV3A 2A19B 1H08A 4DGLC 1YDRE 4L01A 2WQOA 3LQ8A 3Q04A 4C36A 5HG7A 3TUDA 3PVWA 3OOGA 3QGYA 4FKTA 4CCUA 4FG9A 5H8BA 5AV2A 4XS2A 4ZTNA 2F7EE 4A9TA 4EHGA 5CF6A 3NLBA 3C4FA 5LMKA 1PXPA 3W10A 4YZNA 4L45A 5T68A 3C4EA 3ZC6A 4NU1A 4RRVA 3T9IA 4NIFA 3HRBA 4FV5A 2PVRA 4QPMA 4IWQA 3FV8A 1FINA 4Y8DA 4C0TA 2C3IB 3UO5A 3R7IA 1PXJA 4AGDA 5ICPA 4BI0A 3B8RA 3DXPA 2J0KA 3NNWA 3QKKA 4K18A 5H3QA 3NAXA 5BVNA 4LV8A 4NM5A 3QTUA 1Q8UA 2GU8A 5HVKA 2W1EA 4TT7A 4KA3A 4LG4A 4EOSA 3DB6A 5CAOA 5J9LA 3KCKA 4RFMA 3AXWA 4LGHA 4BI2A 4O0SA 4JRNA 4O6LA 1KE9A 1HCLA 5DR2A 4GFGA 4QMLA 4TYJA 5AR4A 1O6LA 2WZJA 3TACA 2YM7A 3GOKA 3H4JA 3RK9A 3GCSA 4YUQA 5C4LA 3PSBA 2ZB0A 5DWRA 4FSWA 4RSSA 4AT5A 3TV7A 5A14A 4TWNA 5HE1A 3RKBA 4O7NA 2YA9A 1W98A 2AUHA 2OXXA 4IFCA 5CY3A 2PK9A 2XYNA 3D2KA 3EQRA 3QTQA 5IUIA 5KKRB 3W1FA 3MH2A 4APPA 4BKZA 4DITA 3MW1A 4H39A 3L9NA 2UZOA 5H8GA 1ZAOA 3DDQA 2QKRA 3E3BX 3K5UA 5L8JA 2HW7A 3LMHA 3RPRA 4YTFA 5IUGA 5LMKC 5ACKA 3AC2A 4NH1A 2UW4A 4KB8A 4EJ7A 3MPAA 4HPTE 4KABA 3CBLA 4P2KA 2UZVA 3GOPA 4WNPA 4I1ZA 2UZUE 5FG8A 4K33A 4PP9A 4CFUA 4QMNA 2EXMA 1CDKA 4X7QA 2OICA 4O0YA 5IF1A 4JQ7A 4D2WA 2RFDA 3VUIA 5E91A 4ITIA 3SXFA 5H2UA 4ACGA 4BBFA 4LI5A 3Q5IA 1R0PA 4QMYA 3G51A 4KD1A 4I0RA 2PUPA 4KBAA 4JL9A 2Y4IB 2XS0A 3E7VA 3VBTA 3HAMA 2WNTA 4NKSA 4O22A 3ZC5A 5AAGA 2XK4A 3LFDA 1H8FA 4YC6A 4F9BA 4O0RA 4EH4A 3DBFA 4FICA 4ZSJA 2V7AA 5IQGA 1G8AA 3KF7A 2QOKA 3PPKA 5EDPA 4ZY4A 3SG9A 4FEWA 3TZMA 2GMXA 3LLTA 3FMEA 2EVAA 3DB8A 4PQNA 5CU2A 4EQMA 2C6DA 3AC5A 1Q41A 3HV6A 5HE3A 5FBNC 3I4BA 3BWFA 2ONLA 2PVLA 3KEXA 3UMWA 4DEBA 3NUYA 5FEQA 3W33A 1Z57A 3UNKA 3EKKA 4OTFA 3LFEA 3VS7A 3E8CA 4F09A 3VWAA 3F69A 3P1AA 4LRMA 3R9RA 2IW6A 5DNRA 5TOZA 3P08A 5D41A 2OWBA 2QU5A 5TKDA 2VTMA 4NSTA 4YNOA 3F82A 3EYGA 3SOAA 4AN9A 4DFYA 4BF2A 4HGSA 5HX6A 1Q24A 2RIOA 4ZLZA 4AE6A 4ZLYA 5KCVA 1UNGA 3Q6WA 4ZTQA 4E4XA 4YP8A 2XNNA 3HMOA 4MAOA 3ZRMA 5LCJA 1BKXA 3ZZWA 5CT7A 2GNFA 2REIA 2YDJA 3BHTA 4OR5A 3DT1A 1NW1A 4N6YA 2JDSA 1NA7A 2VO7A 5DA3A 2JBOA 2J2IB 3VS5A 4QOXA 5CZIA 4EK3A 3LMIA 4FOCA 4OTGA 4FKQA 3ELJA 5HEZA 2VTTA 2G1TA 3UVRA 4ANQA 4UMPA 5M06A 3E7OA 3FSFA 3KRXA 3BYSA 4RVKA 5J1VA 1TQIA 2WGJA 4DG2E 4GK4A 2R7IA 5E8XA 3C1XA 4F64A 3IW5A 4Z7GA 4M67A 3AMYA 3LOKA 2YIXA 4Y83A 5A46A 2KTYA 4RPVA 1A9UA 4FEUA 2FA2A 4YPDA 4PNIA 3R7VA 3VC4A 1Q61A 3E5AA 4JOAA 3TDVA 4WIHA 5IH5A 2XUUA 1PMNA 5TO8A 4J98A 2GNLA 2R3RA 5EH0A 4QRCA 1DI8A 5LCKA 3H10A 2B9JA 2J5EA 3OXIA 3FKNA 3BQRA 3PG1A 3PXFA 3VAPA 5I9ZA 5BVFA 2ZM3A 5JH6A 2PZRA 5KHWA 4ZSAA 1JSTA 3LFQA 4L43A 4R78A 4MQ1A 3ULZA 2VN9A 4CD0A 5M53A 4NEUA 4HYUA 3TNQB 2WMVA 4M13A 4F1TA 3F66A 4RX8A 4ACDA 3GCQA 4B9DA 2ZAZA 3TL8A 3L9LA 1YXTA 4FTQA 4YJOA 2BFXA 3A4PA 3VF9A 3CTHA 5EHOA 2KULA 4YJRA 5M57A 1SM2A 1QPJA 2CN8A 4M68A 4FKIA 3Q4UA 2Y6MA 1OITA 5DT4A 5BMSA 2BDFA 3HDMA 1GJOA 3O23A 3PRFA 4GV1A 3UTOA 3GC9A 4I6BA 4C3PA 5BYYA 1P5EA 2QOQA 5LMAA 1JSUA 3FMMA 4UX9A 2W05A 3QUEA 3H9FA 3L8VA 3TZ7A 4IWPA 4AA5A 4QMQA 4PDSA 1L3RE 3UIXA 4B99A 1BL7A 3TKUA 1SVGA 1G5SA 3O7LB 3G6GA 2OJGA 5D7AA 2XNGA 3VN9A 4AZVA 4EC8A 5CNNA 3ZSGA 1P14A 4JG8A 2CKOA 3FHRA 4WRSA 4BICA 2F2CB 4ZY5A 2CLXA 3DU8A 4V05A 3OC1A 3RPOA 3DOGA 3WE8A 5CEKA 1OPKA 4I0SA 2WQMA 4FTJA 3SW4A 4R1YA 4DF3A 5EQYA 1CTPE 3ATSA 2YM3A 4M3QA 2XJ1A 4RJ3A 4AS0A 4PDOA 4DH5A 3OEZA 5JFSA 5I9UA 3UG1A 5KMJA 4QQCA 3RZFA 4QO9A 3NZ0A 4FL3A 4RZVA 2OGVA 1ND4A 5DYJA 5HX8A 1KV2A 3TV4A 3R71A 5EW3A 4O21A 3L8SA 2IN6A 5FM2A 5CENA 3B2TA 2IZSA 3R9DA 1OL1A 1IA8A 3BYUA 2YZAA 4J95A 1AD5A 3TTIA 4B0GA 4C8BA 4F0GA 4C4HA 5EQEA 4MNEA 2WOTA 3G9LX 4IDTA 4W8EA 2Z7RA 3QC4A 4OW8A 3TNWA 5DG5A 4CZYB 4RIYB 3U9CA 5JN2A 3MDYA 4FMQA 4FI1A 1XH4A 4II5A 3ZUUA 4FV6A 4XOYA 4WKQA 1Q5KA 4MYGA 1P4OA 4AZWA 3RWQA 4EH5A 4UWCA 4ZJJA 4AUAA 2Y8OA 5JZJA 4L8MA 3BU5A 2QLQA 3IPHA 3P0MA 4FA2A 1GZOA 2VO3A 4IB3A 1APME 4ZY6A 3T8OA 1OUKA 4YBKA 4L00A 4F1MA 4WOVA 2XKEA 1OKYA 3FY0A 5D9HA 3DCVA 4AOIA 3DKCA 5F1ZA 2HIWA 4F63A 3DGKA 1TVOA 4JNWA 3HV4A 1XKKA 3QQUA 5J5TA 4IJ9A 4F70A 1YI6A 2QNJA 3QF9A 3NW5A 3WF7A 5FRIA 3OT3A 5CSVA 4RIOA 4MBIA 3D5WA 5IA3A 2JIVA 4QTDA 4O7WA 2G2IA 4OLIA 4HVSA 1YI3A 4C34A 3FWQA 1XBAA 4KSQA 1URCA 2YABA 3MTLA 3PY3A 4UXQA 5H8EA 4EOMA 2AC5A 3MH3A 2ZV7A 4NCTA 4F7JA 3D7ZA 3RCJA 2F2UA 3HV7A 2BCJA 4JDKA 3DAEA 4YR8A 3F2RA 4ORKA 5IG1A 4FVRA 5LVLA 5CANA 1IAHA 3TZ8A 4YJPA 3TCPA 3G5DA 3AC1A 5JFVA 2C6OA 4I5MA 3QQHA 4I23A 5I9WA 4K6ZA 3TI1A 5ANIA 1XH9A 3C9WA 4RC3A 3LM5A 2XZSA 3ZXZA 1MRVA 3UMXA 5EDRA 3P7CA 3P4KA 2X8EA 4FT5A 4BBMA 3PJ3A 4PPBA 3QA8A 2CSNA 4HZRA 4LYNA 2BZIB 3HLLA 5AP6A 4WHZA 3QBNA 4EOOA 2VTNA 3I0OA 3IW7A 5EHYA 5HBHA 4BIEA 4HVIA 2G2FA 3R7UA 3A62A 4IFGA 2OXDA 3TZ9A 3PJ2A 4FG8A 1UWJA 4OGRA 4U3YA 1QPDA 2E9OA 2WTKC 5FXRA 4GSBA 2NO3A 4YC8A 4EHVA 4NJ3A 3MS9A 4BZNA 4X3JA 5EYKA 2YIRA 5BVKA 3UZPA 4A9UA 4UMTA 3DFCB 4YSMA 3V5WA 4QMWA 1KUTA 4QP9A 3ZEPA 4PNKA 1A48A 4BRXA 3IECA 3ENMA 5B2KA 4FSMA 3UE4A 1H0WA 3HRCA 5CAUA 2W1DA 4I93A 4H3QA 5DBXA 3VW8A 5ETCA 5FDXA 1GAGA 3MIYA 2HZ4A 3EFLA 4BCQA 2C5XA 3HECA 1UVRA 2JITA 2C5VA 4GFMA 3JS2A 1ATPE 3F61A 3LXKA 4IB5A 4U79A 4F1OA 3R7OA 3FYKX 4BDBA 5E7RA 4U0IA 1WBPA 4YJQA 2OXYA 2VTRA 5EQPA 3W2CA 4F9WA 5CXZA 1GZKA 4N0SA 2CJMA 3HP5A 5IH6A 2R64A 3ZO2A 3BBTB 4ZTMA 4RMZA 2PMLX 4C4EA 3LCTA 4QP2A 5EM7A 4RQKA 1M2RA 2ZDUA 3V01A 2B1PA 3QD3A 3SDJA 3ZDIA 4X2GA 5B7VA 4UWBA 1H25A 1J7UA 4F0FA 3GU7A 3C50A 4I4FA 3KVWA 2VTJA 4EOPA 1W82A 3C0HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CIK A;  4DYM A;  4O1P A;  3OCT A;  4GIH A;  2X6D A;  3CQW A;  3PE1 A;  5AP2 A;  4ZJI A;  5HLW A;  2PY3 A;  4TYH B;  5HZN A;  1H00 A;  1JNK A;  2R2P A;  4MXA A;  4O2Z A;  4RA4 A;  4DBX A;  5EHL A;  4BDJ A;  3DLZ A;  3CEK A;  2FSL X;  3GXL A;  4CMU A;  3AKJ A;  3BX5 A;  4RIX B;  1XBB A;  3GEQ A;  3Q9Y A;  3VON A;  4BY9 E;  3QCX A;  5JSM A;  4TYE A;  1L8T A;  2C6T A;  3KRW A;  3CS9 A;  1G3N A;  3OW4 A;  3LFN A;  3EB0 A;  2RFE A;  4J1R A;  4MXC A;  2DWB A;  4XUF A;  2JII A;  3S1H A;  2OO8 X;  2BRN A;  3FI4 A;  5FLF A;  4IM2 A;  1HOW A;  3CSV A;  3ZH8 A;  3ODY X;  5CF5 A;  2V62 A;  2HZI A;  3OTU A;  2BRM A;  2ITQ A;  4FKR A;  2OG8 A;  5BVD A;  4NL0 A;  4BKJ A;  3JYA A;  4YMJ A;  2QLU A;  4FSZ A;  4KBK A;  4EOR A;  1P2A A;  2OFV A;  2UVY A;  2YZL A;  4UN0 C;  3EFW A;  3ORI A;  1JLU E;  1W8C A;  2VTP A;  4XJ0 A;  5A4Q A;  2YLF A;  4I92 A;  4J99 A;  2Y9Q A;  5HG5 A;  2VAG A;  4X0M A;  4D2V A;  3TDW A;  2UZD A;  4G3C A;  5GZ8 A;  3TTJ A;  2VUW A;  1FPU A;  4L46 A;  3W2Q A;  4D2R A;  4C35 A;  1IA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RK7A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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