3RWPA

Discovery of a novel, potent and selective inhibitor of 3-phosphoinositide dependent kinase (pdk1)
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
287
structure length
277
Chain Sequence
QPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Novel, Potent, and Selective Inhibitors of 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase (PDK1).
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 277
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3rwpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3rwpA01
4ALUA 5CZHA 4EH6A 1YI6A 3FMMA 3PJ8A 3T8OA 4AT3A 5T68A 4NKSA 3UP7A 4KABA 3P5KA 2WOUA 2ZB0A 3KCFA 5CU4A 4ENYA 2E9VA 2QR8A 4W8EA 5EKOA 4ZTQA 5AV4A 4M15A 4C37A 3G2FA 4WA9A 1DS5A 3FEGA 4NJ3A 3JUHA 3SC1A 2W5BA 2WU7A 3LQ3A 4ZS4A 2PUPA 3W2RA 1JKKA 4G16A 4IB0A 4KBCA 4HPTE 3THBA 2UZLA 4KSQA 4FGRA 2GNLA 2B9IA 4DEAA 1O6LA 2WNTA 2KTYA 3QD0A 1E1XA 2RKUA 5B2LA 2XUUA 3EZRA 3L9NA 5ETAA 5M55A 4BCOA 1M17A 1VYZA 1ZLTA 5DH3A 4BTFA 1ERKA 4M69A 5E1SA 4AGDA 4G1WA 3F88A 4ACCA 4W9XA 4YHFA 5IA5A 2PE2A 4S30A 3QHRA 4JX7A 3CCNA 3LFQA 1Q61A 2YIXA 4RWIA 3DQXA 4BKJA 4BDJA 4GFGA 1J7IA 1XH4A 4G3DA 4BYIA 3VUTA 4JR3A 4PY1A 4AW5A 3QQHA 3EN7A 3DBDA 4I0SA 2RSVA 1SVHA 2PTKA 4K77A 4NM5A 3AMAA 2PUNA 4EH3A 4HCVA 3ZHPC 1URWA 3GCSA 3VW8A 5IQFA 1IA8A 1OM1A 1FMOE 2C6LA 3F3UA 4CKIA 4A07A 3G33A 4FEWA 4X2KA 5AP6A 5L6OA 4RJ6A 1G3NA 3V5WA 1KV1A 3VO3A 4L52A 4RG0A 4R1YA 1NXKA 4GUEA 4CFWA 4H58A 4IWPA 5J8IA 3LJ1A 1LR4A 4NSTA 4PTCA 2BRGA 2C30A 3L9LA 2EWAA 3ZSHA 3KXGA 4CQGA 2ITUA 5BUEA 5JQ5A 3UDBA 2AUHA 4D1SA 1G8AA 4BZDA 4D55A 3C0GA 4KRCA 4C4HA 1JSUA 5EDPA 2Z02A 4RJ8A 4EHEA 4F64A 4LM5A 5HTBA 3KULA 3V8TA 2WTIA 2ZAZA 3KXZA 3R01A 5C8MA 3BWJA 4FIEA 4JAIA 4EBVA 5KMJA 2OLCA 4FG8A 4QMZA 3KREA 3T9IA 3EHAA 4H1MA 4TYHA 5AP3A 3PA3A 3RNIA 2YIQA 2CN8A 3UGCA 1OB3A 3I79A 4RVTA 1J7UA 4FI1A 4PQNA 4IM2A 4G6LA 5HGIA 4O7WA 4IFGA 2OJIA 4FKGA 5CQUA 2ONLA 3VIDA 5A4QA 5M44A 2BZKB 3ORPA 5CENA 4XNEA 2JEDA 2X8DA 3AOXA 3EQBA 3HECA 3S1HA 2C6DA 3OMVA 3IO7A 5FEEA 4XG9A 3R2BA 3R6XA 4O2ZA 3BPRA 2QHMA 3H0YA 2YIRA 2ZDUA 5KZIA 3TN8A 4DEIA 5HLWA 3RBWA 2VRXA 4DAWA 2HOGA 3HV7A 3R28A 4RIXB 5EHYA 3CQEA 1J3HA 4LGHA 4U43A 4X2GA 3R8UA 4ANSA 5J9LA 5F95A 2XB7A 3LMIA 5HD7A 5C4LA 3WF5A 4QTBA 4BDFA 5M4IA 3GXLA 4J96A 4XG3A 2EU9A 4YLKA 4FR4A 2EXEA 2X2KA 3V51A 4E4XA 2VAGA 3R9NA 3ANQA 4QP3A 2GSFA 2OZAA 3ENMA 3HYHA 4V04A 3K5VA 2YCQA 4HGLA 4RQVA 5CVFA 4IAIA 3RCDA 3GC0A 3ZDUA 4E6QA 3QQGA 2W4OA 1UU8A 3EWHA 3FJQE 4KIOA 2FB8A 4PF4A 1FGKA 1OVEA 4TKSA 5IDPA 1YXVA 4G6OA 1Z5MA 2WO6A 5H8EA 4XEYA 3R83A 3UYSA 4BHZA 3A7GA 4EQUA 3F69A 3WF7A 5JEBA 2WQOA 3AC8A 3UIMA 3D7TA 4BI0A 3ZM4A 5K0XA 5M4CA 3C5IA 5CYIA 1W7HA 3GC9A 3FI4A 4IM3A 4UMUA 5AAFA 2W99B 3WYYA 4GT5A 3KA0A 5DR2A 3ZXZA 5KUPA 3DLSA 2WMAA 5LVOA 4FZDB 2OG8A 4MXOA 3OBGA 2CGUA 1PMNA 2X1NA 3BU5A 2OJFE 2R9SA 4L43A 4ZSGA 3BLRA 2PWLA 3I4BA 2X6EA 4OT6A 5C1QB 3H0ZA 3DXPA 5DE2A 4FOBA 3MH0A 2C69A 2OIQA 2Z7QA 4Q5HA 1SMHA 5EKNA 5CY3A 4YUQA 3MVMA 4UZHA 3NIZA 5TO8A 4D5HA 3DTWA 3D7ZA 4L53A 3BV3A 3ELJA 3COKA 3KRRA 5H9BA 5HLPA 3Q9WA 4BCIA 1ZYSA 5GIOE 4GT3A 3QF9A 5KBRA 5IQGA 3IQ7A 4D4SA 3R7UA 3D2KA 2IPXA 1DM2A 1BLXA 3O8UA 4JBQA 3KB7A 4O82A 4D9UA 4I5MA 4ACDA 5J79A 2VWVA 4FKOA 5CSHA 4C4EA 1V0BA 2WTJA 3PJCA 4L42A 5JFSA 4D2PA 2CKQA 4ZY6A 2RG5A 3GNIB 3TTIA 4AN2A 2I40A 1PJKA 2OXDA 4KAOA 1PXNA 2ESMA 5AUXA 4C4FA 5CEOA 4CG8A 5EOBA 4BCNA 2EVAA 3DOGA 3RHXA 4C3FA 5FRIA 4AW0A 4KA3A 3D15A 4USEA 5IUHA 4O0TA 1OBDA 4RVMA 3A7JA 2VWXA 4FEQA 4QTAA 4O7LA 4MD9E 4MEDA 3P78A 2R3KA 3AMYA 3IW6A 4ZTHA 4I5CA 5DG5A 3VUIA 2XIZA 1H25A 3FMKA 1WVXA 5HNBA 2ITXA 4OGRA 3TZ9A 3FAAA 2AC5A 4EOLA 2VWUA 5AR2A 1WBSA 3MFSA 4FV6A 1U46A 4C36A 3OXTA 1EH4A 2X8IA 3V01A 4F0FA 3VN9A 3LVPA 3R2YA 3LCOA 5CI7A 5DR6A 5CAUA 3GCQA 3PVWA 4QRCA 5AP4A 1J1BA 2PVMA 3QCSA 1ZXEA 3F7ZA 3HP2A 4JDHA 5DWRA 3UTOA 3R8PA 2OJGA 2R0IA 4EHGA 3TCPA 3BQCA 3ROCA 4F1MA 3ORLA 3OXZA 2XMYA 2YM5A 4BI2A 3SDJA 3QX2A 5CS6A 3REPA 2QCSA 3QKLA 4RZVA 4TW9A 4YJRA 5JZNA 4D2WA 4EYMA 3HV3A 4R77A 3I81A 4W4XA 3EYHA 4R3RA 3VBYA 2Y8OA 3OS3A 4XHKB 1H1RA 4FSTA 1OITA 4ZZNA 3QTZA 4AZVA 5I3RA 4IC7A 1F5QA 2EB2A 4MNEA 2C6KA 2O8YA 4ZXTA 2BFXA 3VS4A 4HZRA 4W4WA 2QD9A 4O0VA 4OT5A 5FXQA 3ZO1A 5B7VA 5FDPA 3UNKA 3ORTA 4BCGA 4WG5A 4HYUA 4FKSA 1IG1A 2OIDA 4IZAA 4U7ZA 4XV1A 4BTJA 5BUIA 4OBQA 5IQDA 2R64A 4DEEA 5IDNA 4NCTC 4FV8A 4PX6A 4YTIA 5HIDA 4E3CA 4EOOA 2CNUA 2IVVA 4G3GA 4DGLC 3LHJA 4FVPA 3D94A 1PYEA 3HDNA 4IH8A 4M13A 5AADA 3BQRA 1W84A 4KUJA 4JJRA 5ACKA 2BROA 3KRWA 4IAFA 4W4YA 3C9WA 4FIIA 2BTRA 5AX3A 3BHVA 4FUYA 5HNIX 3NNVA 3Q60A 4EZ5A 4FTOA 3L8XA 4EOJA 5LCKA 4IZYA 5JZJA 5IISA 3IDBA 4RIWB 4NM0A 2E9OA 4PMTA 2C5XA 3L9PA 4V0GA 4CMOA 3W2PA 4CFNA 5ETFA 5E8XA 5JQ8A 3TNQB 3WI6A 5J7BA 3TUDA 4BFMA 4B8MA 4BDAA 3BGPA 4AT4A 4FZAB 3DGKA 4AN9A 2IZSA 1YW2A 4OTRA 1XH9A 4BI1A 4CT1A 5CAQA 2FO0A 3N4VA 1ZY4A 4I23A 3PIXA 4WD5A 4BYJA 4XLIA 4YBKA 4DFYA 5BQ0A 2FSMX 2VTJA 3LCTA 4QMNA 5ETIA 3VQHA 3V6SA 2J0JA 2CCHA 4D2VA 4EOSA 4PP7A 4DC2A 2VX0A 1ZMWA 4X0MA 4M68A 4C33A 4FTLA 5HO7A 3HMMA 2XF0A 3WE8A 4FK6A 4XG7A 2C3LA 2WHBA 5AAGA 3ZO4A 4DTAA 5CSVA 3QLGA 4DLJA 4OTIA 1H01A 3VWAA 4I5HA 2W17A 3M42A 3EYGA 1PKDA 4FL1A 4FV0A 4M66A 2OO8X 3DK6A 3NCGA 5EYKA 4ZLZA 2VNWA 3QTSA 1GZKA 2OSCA 1FGIA 3FQHA 3BU6A 3G0FA 4Y83A 5AP5A 3B8RA 2QU5A 2C6TA 3HRFA 3OROA 2ITVA 2GFSA 1UKHA 4F63A 4XRLA 2YAAA 2CDZA 2R3IA 2VO0A 3UJGA 5L2SA 2JITA 2CLXA 5LMKA 5ANKA 4DH5A 1Y6AA 5TF9A 4B99A 2PMNX 5BYYA 3AGMA 4C58A 2GDOA 3KMWA 2R3RA 3TV6A 4DH1A 2JBPA 3FZTA 3GC7A 3UZPA 2C6OA 2WFYA 4XJ0A 1H00A 2BALA 2J9MA 3VRZA 2IN6A 3AC4A 3G9LX 3FL4A 3SQQA 5CNNA 2C5OA 3Q53A 5E91A 3OHTA 3UC3A 2CHLA 1CKJA 4AGCA 4CZUA 4ZJIA 3DXNA 3NRMA 4C62A 3W2QA 3U4UA 2YZLA 3DPKA 4X7QA 3BRBA 3COMA 3PDTA 4YR8A 1M7NA 4GJ3A 3TM0A 1Q8ZA 3Q5IA 2H8HA 3R7VA 5CWZA 3VS1A 3VUHA 3PXYA 4FKVA 5CT7A 3FXWA 4H39A 4FG9A 4EH8A 1MUOA 3OEFX 2X9FA 4IVDA 2J5FA 4DBNA 4AWIA 2QC6A 3MBLA 4DGOA 1UKIA 5IUIA 4ALWA 2H6DA 4WG3A 1DAWA 1GZOA 3GFWA 3LAUA 5EM7A 2R3LA 4Z16A 5B0XA 5KKRC 4F9WA 4EZ7A 4CKRA 2O3PA 2E9PA 3QZIA 2PSQA 2I0YA 2KULA 2BRHA 3I6UA 4GS6A 4EOKA 3FZSA 4FA2A 4XLVA 5JGAA 1M2QA 3MIYA 2GS6A 2XKFA 4CFXA 3MTLA 4IM0A 4XG6A 3QD2B 3DJ7A 5HG8A 3F61A 2VTIA 4IBMA 4YJSA 4AF3A 3R9OA 4F1OA 1MRYA 3E62A 1SM2A 5HORA 2UZEA 2IVTA 3UZTA 3FQEA 4ZY5A 4IB3A 3C4ZA 4N6YA 4FV5A 4CT2A 4F7NA 4PUZA 2UW5A 4O7NA 3QGYA 4EJ7A 2XS0A 3ALOA 4MWIA 5AR5A 4CZTA 1VZOA 3TZ7A 4XS2A 1PXIA 5AR3A 3IDPA 2P4IA 4NYEA 1OL5A 2WD1A 3ODYX 4JRNA 4YJTA 3SRVB 4MXYA 3O8TA 2C3IB 2IG7A 4E8AA 4PL5A 5JN2A 3WZKA 3QWKA 2X4ZA 4X3FB 4CTCA 2EB3A 1OKVA 2XBJA 2BIYA 2J50A 3MH1A 3W32A 1JKSA 3GT8A 3K54A 3ZFXA 4LL5A 1LEWA 3KMUA 1OIUA 4RT7A 2UW9A 1NVQA 1ZZ2A 3HUCA 4EK3A 3K5UA 1FVTA 3PXKA 1BI8A 4IAKA 3LFAA 3MH2A 5HO8A 5I0BA 2BPMA 3KXNA 2A4LA 4ANBA 1H27A 2WQMA 2G9XA 3GCPA 5ANOA 4C7TA 3MJ1A 1BMKA 4HPUE 5AUYA 2CMWA 3QTUA 3T3UA 4D9TA 2PMLX 3FY0A 1IR3A 4JDIA 4UWYA 4JBOA 4FVRA 2VX1A 4M0YA 4ZSEA 2QURA 1UV5A 4J95A 2PZYA 1V1KA 4BGHA 2CNVA 4O7TA 4IZ5A 2QI8A 2GMXA 4HCTA 2VN9A 3FPMA 2A2AA 3UE4A 2J0MB 4GG7A 3EZVA 1XH5A 5AR4A 5CANA 4Y72A 3II5A 3TUBA 5L2TA 4O0RA 3RAKA 3ZLSA 4DH3A 1PW2A 4IANA 1CM8A 4QMYA 1P2AA 3U6JA 2WEVA 3PP0A 4AACA 4ZSAA 4BTMA 3RGFA 3MW1A 5AV0A 5IEYA 1QPEA 1PXPA 2B4SB 4NW6A 3N4TA 4G3EA 3UC4A 4A7CA 4Q9SA 2GNIA 4TWNA 2A27A 3UVPA 2XIRA 5KNJA 4RIOA 4DFBA 4A4LA 3CBLA 2PU8A 2QONA 5L2IA 5BMSA 3R7OA 5JK3A 3DY7A 4X6QC 4C3PA 4F6WA 4H3QA 4BDHA 1H4LA 2JKQA 1Q3DA 3FHRA 2JDVA 3QL8A 5HICA 2V0DA 1R1WA 2XM9A 3OP5A 2Y6OA 3M2WA 5FTOA 4CZYB 3QYWA 3W8QA 5AP2A 2XK3A 4Y5QA 2GQGA 4N4SA 5FLFA 5HE2A 5JFVA 4U3ZA 4E20A 3I7BA 2XNNA 2WKMA 4P2KA 3UBDA 3KVWA 3BHHA 4ZLOA 4FEUA 3NNXA 3PIYA 4J8NA 3ZXTA 5I9VA 2UZVA 2YISA 5EI6A 3WIKA 2RFNA 3A8WA 5F9EA 4ACHA 5A46A 3WF8A 3LM0A 4G3CA 3HMNA 1Y8GA 3CSVA 4IQ6A 3R00A 4FYOA 1OUKA 4X2FA 5HU9A 2PY3A 4ANMA 5CSXA 3R04A 4BDCA 3ZSIA 5BVOA 2FGIA 4I41A 2JDSA 4O0SA 3MSSA 4WSQA 5CU2A 4Y73A 5M53A 5E1EA 3VS3A 1UVRA 2HZIA 3EQRA 2VV9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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