3UIUA

Crystal structure of apo-pkr kinase domain
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
288
structure length
255
Chain Sequence
ETKYTVDKRFGMDFKEIELIGSGGFGQVFKAKHRIDGKTYVIRRVKYNNEKAEREVKALAKLDHVNIVHYNGCWDGFDYDPETSRSKTKCLFIQMEFCDKGTLEQWIEKRRGEKLDKVLALELFEQITKGVDYIHSKKLIHRDLKPSNIFLVDTKQVKIGDFGLVTSLTLRYMSPEQIYGKEVDLYALGLILAELLHVCDTAFETSKFFTDLRDGIISDIFDKKEKTLLQKLLSKKPEDRPNTSEILRTLTVWKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of Apo-PKR kinase domain
rcsb
molecule keywords Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein ki
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 59
structure length 255
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2011-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3uiuA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3uiuA01
4DGLC 5EW9A 1OL6A 2OH4A 2CKQA 5AP1A 4K9YA 3SC1A 2XIZA 2J4ZA 4G3DA 2PSQA 5CLPA 2X8DA 4C4FA 1U59A 3RTPA 5J1VA 3HDMA 4X3FB 4BDBA 2Y4IB 1XBAA 5FEDA 3G6HA 2BUJA 1YDRE 3D2IA 5LWMA 5J7BA 2BZHB 4QP9A 4E4NA 4GW8A 3ZYAA 5BVFA 3JS2A 3PE2A 5CEOA 5CF6A 4RA5A 3QZIA 3C4XA 3HRBA 4D1ZA 4FODA 4ANQA 2G9XA 1FINA 3HMMA 4R1YA 2JAMA 4YHTA 3CY3A 2VZ6A 2XIRA 3PIXA 3Q4UA 4D28A 4U81A 3AGLA 3KMMA 2PVMA 3RK5A 5DFPA 2R0IA 4DLIA 3Q9XA 2JKKA 1H08A 3C0HA 4IADA 4O0XA 3ZRMA 3MV5A 4AXAA 4TYIA 4IZ5A 5KCVA 2XMYA 2IVTA 3QZFA 4EHVA 2E9UA 3GC0A 3Q6UA 3NNWA 3FXXA 4XNEA 3NUNA 4B8MA 3BRBA 1MQ4A 4FTCA 4ANOA 2W1EA 4X0MA 2OXYA 5EOBA 5EYKA 2ESMA 3R7VA 4A4XA 4X3JA 3C4EA 4MWIA 3BWFA 5A46A 2GNLA 3LLTA 4YR8A 2OJJA 1H0WA 2GS6A 3F88A 4EOKA 2HZIA 2W1IA 3CR0A 1RQQA 4D2WA 3P7BA 4RLLA 4EBWA 3N4VA 4O21A 4OUCA 4JX3A 3D14A 4LOOA 1S9JA 4GU9A 4NM0A 3KK9A 4M0ZA 3UYTA 4J95A 3SHEA 4C34A 4DG2E 4GH2A 3CC6A 4QP2A 2ITZA 3W2OA 2YACA 3MS9A 3UOHA 4RX9A 4BCOA 4C37A 4ZY6A 2HWPA 4YZDA 4WO5A 3KA0A 5FDXA 4TNDA 4WRGA 2C4GA 5DT0A 1O6LA 4AFJA 3WZDA 2B9JA 2XF0A 1PXLA 2UZVA 2WIPA 3NNUA 4XH6A 4YUQA 1J7UA 3HMPA 5CAVA 3FKNA 4FSNA 4JJRA 4UMTA 3EJ1A 4QQCA 1UWJA 3VF9A 3NX8A 3VQHA 5LOHA 4S33A 2BR1A 4QYFA 1H27A 5IUGA 4DEGA 2OW3A 2PULA 3QAME 2RFDA 1ZARA 5HD7A 4I94A 4JNWA 3I81A 3W2QA 4NWMA 5CT0A 3L8XA 4LOQA 4DN5A 4WHZA 5I4NA 2Z02A 2PVLA 5DG5A 3DXNA 2JBPA 3O50A 4R6VA 5DEWA 3C13A 2Z7LA 3QGYA 1ZLTA 2ITVA 3CJGA 3EZRA 5I3RA 3FMNA 1JKKA 3LXKA 4QP1A 3TKHA 5FLFA 1L8TA 3NYNA 2WB8A 2XM9A 4I5MA 4IB0A 2R3HA 3SVVA 3LMIA 4EHGA 3HUCA 5IQDA 3BIZA 3BI6A 3EHAA 3IONA 3OWJA 4IW0A 5HI2A 2YIXA 4FSYA 4IBMA 3QXPA 3DBDA 3KU2A 3V6RA 4MWHA 1ZOEA 2YZLA 1WBPA 5E90A 1Q41A 4LFIA 3V8WA 4ZJIA 2UZBA 4V0GA 4YP8A 4AOJA 3BZ3A 3BKBA 3ODZX 4PDPA 2OIQA 4FKGA 2PZIA 3ORXA 5L6OA 2PUPA 3ORTA 3UIUA 5C9CA 2J0MB 5G6VA 3DB6A 4CRSA 3AT3A 4OT6A 5IQGA 2YM8A 4EL9A 3DK6A 4HPTE 2EUFB 4L67A 5CT7A 4BDEA 4W8EA 4MXCA 3ZZWA 4K77A 3DK7A 2WTDA 4RX7A 3GQIA 1ZYJA 2JITA 2O63A 2ONLC 2WEIA 4I3ZA 4RZVA 4YC6A 3WOWA 2OXXA 2YM5A 3GU5A 3UBDA 4K6ZA 2A2AA 3DAEA 4QTDA 2GSFA 5ACBC 3PIZA 3AD4A 2QLQA 1JKSA 3IS5A 1NVQA 1CMKE 4FV8A 4TWOA 3KMWA 1PF8A 3QGWA 1UNLA 3H9OA 4DFYA 5F94A 4FV9A 5M4CA 4D1XA 2XK9A 3DNEA 4ZTRA 4JAIA 3R1SA 2R9SA 2B0QA 1UNGA 4HCTA 2P4IA 1Y6AA 3OF0A 3WE4A 1JOWB 4GSBA 5KMLA 4I6FA 4G3EA 2OH0E 3G0EA 2EXCX 2BCJA 4JOAA 4AOTA 3IDPA 3MFUA 3IW5A 1GIHA 3C4CA 5CX9A 4FTTA 4UY9A 3UP7A 5D1JA 5CU0A 4AW2A 2XRWA 1GZOA 3P0MA 3DDQA 2IN6A 2VTAA 5HE3A 4Q5EA 5HIDA 5K4IA 1UA2A 3QRKA 1UU3A 2RF9A 4IZAA 3LQ8A 1ZY5A 4W4YA 5B2MA 2GNFA 4ZZNA 1FVVA 2QG7A 3EFJA 3TTJA 3R9DA 3JR1A 4I6BA 4XS2A 4RIYB 5KMJA 3ZEPA 1REKA 4WSQA 1OKYA 5E91A 1U54B 3EFWA 3R1QA 3HZTA 3OS3A 4FVPA 4MXXA 3UO5A 4DITA 4IC8A 3WARA 3MJ2A 4L43A 3B8RA 4NFMA 4RPVA 4DGOA 5HIEA 4O7RA 3PVBA 3UNKA 4LG4A 2GNHA 3COHA 5BYZA 5JFWA 3FI4A 4J7BA 4AA5A 3F7ZA 4MH7A 4CMOA 1WVYA 3MN3A 4R5SA 3PJ2A 2XNBA 3EN6A 4FTIA 2VTHA 1UU7A 4L3JA 3U54A 3C9WA 3M1SA 1YI4A 4IFGA 4UX9A 4CTBA 2UZOA 2CHLA 3IW8A 4RBLA 1XQZA 3FZRA 4GFOA 1Q3DA 3UODA 3CTHA 3RI1A 1DS5A 4V01A 4YO4A 4WRSA 5C4LA 3RNIA 2ONLA 4PDSA 4R1VA 3TZ9A 4QPSA 4QTEA 2VTMA 5K4JA 4PNKA 2RG6A 3LCOA 4R7BA 3UVPA 4B8LA 3E7VA 1JVPP 2WMVA 2GCDA 4IZ7A 3D5XA 4U0IA 4UB7A 3SXRA 3UQFA 3CSVA 3VW6A 4KKHA 4DFNA 4ZTLA 3V5LA 2O5KA 4PTGA 3U4UA 4CYIA 4G5PA 3AC8A 2R7BA 2J50A 2JC6A 2QU5A 3QUEA 4GUEA 1QPEA 2QO2A 4KSQA 4B9DA 2RL5A 4DFLA 3BHHA 3D5VA 3V5TA 3HV3A 3O7LB 3UVQA 5HZNA 3O96A 1OVEA 4CFVA 4ZMFA 3QHRA 1GZ8A 1AQ1A 4AGUA 3UZPA 2GDOA 5ETCA 3GQLA 4FT7A 5F4NA 5HCYA 2BTRA 2R3JA 3RPSA 1H24A 4YPDA 3GCSA 5H3QA 1TQPA 2ZB0A 3RMFA 4YHFA 4BN1A 4XG8A 3RINA 5C4KA 4FIFA 4ANBA 5JGBA 4RQKA 2YFXA 3LKMA 3VUGA 3RBWA 5CZHA 3VS2A 4DBNA 4GYGA 1J3HA 1H8FA 3MPMA 4O84A 2OO8X 3NAYA 2UZNA 2WD1A 4NYEA 5HO6A 4UN0C 4HGTA 5BUJA 2B55A 3FY0A 4QPAA 3GB2A 3L9LA 3VBTA 3P9JA 2P55A 5T68A 2W99B 4RVKA 2PYWA 1O9UA 4M7IA 5H2UA 4XUFA 4C2WA 2IWIA 2PVFA 1OPJA 2A4LA 4ITHA 4QMTA 4ASEA 3NVKI 3F82A 3D7ZA 3REPA 4EOPA 4O86A 4X2KA 4ALUA 3R00A 5CXZA 5IQFA 3GCQA 3HNGA 4X2GA 5HX6A 3V8SA 2OFUA 2JFLA 3ZBFA 1FMOE 2WTKB 2X39A 3CPCA 2OGVA 3QQFA 1FVRA 4AF3A 5TR6A 2P3GX 4ZSGA 4CV8A 4EOQA 5HORA 5HU3A 5AR8A 4QOXA 4DG0E 2HW7A 4CT2A 3E8NA 3A4PA 5HVYA 3ZUTA 5CAUA 1H1QA 3CP9A 4FF8A 2UW7A 2Z60A 4IACA 2GS7A 3E88A 4IXPA 5HBHA 4UWYA 4JBPA 4JG6A 4KBKA 5EHLA 4NKSA 5L6WL 3GU7A 3P78A 1X8BA 3LXNA 4XG3A 4ZS0A 3RM7A 4IZYA 4YC3A 3R2BA 2OG8A 3H3CA 3LFEA 4FK3A 5HE0A 4O83A 1Q8YA 2ZDTA 5DBXA 4DT9A 3DTWA 1FGKA 4Y5HA 2F9GA 5CXHA 3TWJA 3HV6A 3GFEA 4EUUA 1XH4A 3OROA 2XA4A 4W4XA 1CSNA 4YNOA 1W98A 4FYOA 4M15A 3KXHA 5FTOA 2X6EA 2GNGA 2VV9A 3ZBXA 4BI1A 4E8AA 5IDNA 3PJ1A 5DIAA 4HVSA 5CTPA 5C01A 3NUUA 3PDTA 2B7AA 4X2NA 1MQBA 5EM8A 3TJDA 2C5NA 5CU4A 4JT3A 4UMUA 3BLQA 2ITUA 5FD2A 4IB5A 4F9YA 3R1YA 4V04A 2WTJA 3Q04A 3ZUUA 5BQ0A 1NW1A 3N4UA 3UIXA 4R8QA 5A4CA 5H8EA 1FBNA 3A61A 3HLLA 3VUIA 5EI2A 5EQYA 2YEXA 1KE5A 3VUDA 5HHWA 3HGKA 3FQEA 3VIDA 4O27B 4NFNA 4CKIA 1YVJA 5LVPA 3IK3A 3N4TA 4C4HA 3LM5A 3RK9A 2FGIA 4BCNA 5T6KA 4RWIA 1VYZA 1URWA 3OTVA 3QFVA 4CLJA 3NWWA 4UWBA 3OXTA 4GT5A 3WI6A 2ZMCA 2R3IA 3QF9A 4K2RA 3ZZEA 2WOTA 1F3MC 5IISA 1GNGA 3QKKA 5DOSA 2QO7A 4RRVA 5HTCA 3LFNA 2C1AA 4AZWA 3COIA 5HOAA 4CRLA 5HEZA 4UMPA 4M97A 2IW6A 3C5UA 4FSMA 2OJFE 1AGWA 3VC4A 4FZFB 5LXMA 2WQBA 4G3FA 4GIHA 2UZLA 4IANA 4UZHA 5DR9A 2GFCA 2VD5A 2YITA 3PG3A 5CF8A 1MRVA 2HW6A 4W9WA 3R22A 4Y72A 5KBQA 4BCFA 2CGUA 4FKIA 5KNJA 4QYEA 1ZYSA 3F7WA 3IW4A 1QPDA 4BL1A 3FMDA 3VBVA 2XKFA 2I1MA 2V7OA 3KEXA 4G34A 3RGFA 4C58A 2CSNA 3V8TA 1G8AA 3HA8A 4BCKA 2UW9A 4JIAA 3LFQA 5DPVA 1PMNA 4GK4A 1YW2A 2XS0A 3FL4A 3D2KA 3TKUA 4IM0A 2W1ZA 4OTWA 4AT3A 3A7IA 5HIBA 5EKOA 4AZVA 4E6CA 5CNNA 1U46A 4IJ9A 4JXFA 4FEUA 2I6LA 1BKXA 3TXOA 3SLSA 5AUWA 5KE0A 1KUTA 4CV9A 5FM2A 3BGQA 4ERKA 3RJCA 2Z8CA 3OEZA 4DH1A 3A62A 4QMXA 1I44A 2UW5A 5AX9A 4DC2A 2X2MA 2X6DA 1A48A 3NUXA 1WAKA 2VNYA 5IA3A 3AC4A 2DYLA 4U5JA 2XK8A 4ASZA 3PVWA 3FYJX 3VUTA 3ZRLA 2G2IA 3EQBA 3MTFA 3TV6A 5FG8A 1S9IA 5CAQA 3IQ7A 2X8EA 3BBWA 5HG8A 2VWBA 3LIJA 4FIEA 2XYUA 1PJKA 1LPUA 3DFAA 5E9EA 3ZO4A 4EC9A 4X2JA 4BZNA 4ASDA 3RM6A 3TJCA 3QD0A 3RZFA 3W8QA 2ZVAA 1PMVA 4RLKA 2BFYA 4IM2A 5LMKC 2J0KA 3TUCA 4OTIA 4FTKA 3HVCA 2YZAA 4RX5A 5KMOA 5L2SA 3SG9A 3D83A 3RWPA 1XJDA 2QOOA 2ZV9A 2VO0A 3A7GA 3I0QA 4X2FA 3VS5A 3DS6A 4D2RA 2R3QA 4YJUA 1GY3A 3FMMA 3QTZA 3ROCA 1QPJA 5CQUA 2XNNA 4Z55A 3W16A 5M4UA 3CTJA 4FEVA 3NCGA 1W83A 3HAMA 2I7QA 2J90A 3FMHA 2X7FA 1OPLA 4PV0A 2FSOX 2W05A 4OTGA 3JYAA 4AT5A 4YJVA 3NW6A 4YJOA 4D9UA 4XRJA 4IMYA 5I9XA 3BLHA 4L9IA 2XIXA 4EK5A 4PTCA 4BWPA 4FL2A 1YDTE 4FKUA 4IDVA 3IW6A 2YERA 4MTAA 1M7QA 1W7HA 3BHVA 2YISA 2IVVA 3NNVA 3FV8A 5HG5A 3BHTA 4IVDA 3Q2JA 2YA9A 3BHYA 3BWJA 3OFMA 4FVQA 4O0WA 3BE9A 3SXFA 4W8DA 4EH4A 4DEEA 4WNOA 4DCAA 4FV3A 1H1SA 3AT2A 4GIIA 2IPXA 3VJNA 3VAPA 2XJ0A 3LVPA 3QC9A 5ANJA 2ETRA 3R1NA 5KBRA 1DM2A 2RG5A 3DOGA 3KK8A 3HMNA 5D9HA 3QRIA 1YHVA 3PP0A 3Q53A 2IZSA 5DMZA 5DA3A 2XNOA 5M55A 2BVAA 4BTFA 1XHAA 4B0GA 5DVRA 5KZIA 1SVHA 4JDIA 4AOIA 3KN5A 4XP0A 4NIFA 2NPQA 2WTCA 5EOLA 2C6KA 2FSLX 1PKGA 4YTFA 1YXSA 3WZEA 4TPTA 4EOIA 4O0YA 4D1SA 3GC9A 4OTHA 5BVNA 4H39A 4H3PA 2YIYA 4AW1A 4BZOA 3PXYA 5A6NA 2AUHA 2BROA 4IVAA 2IO6A 2QVSE 3MY5A 3NYOA 2ZMDA 4CFFA 4JLCA 5CF4A 1XBCA 1H28A 2R3KA 3MB7A 4ZSEA 1ZOGA 4E93A 4BY9E 1GIJA 4FKSA 2UZWE 4FR4A 5LQFA 3A7JA 2C3IB 2PMIA 4Q5HA 5LWNA 5L2WA 3L9NA 2YCQA 2G2HA 1ZYCA 4QO9A 1ND4A 2QR8A 4I6HA 4OTPA 5ANIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DGL C;  5EW9 A;  1OL6 A;  2OH4 A;  2CKQ A;  5AP1 A;  4K9Y A;  3SC1 A;  2XIZ A;  2J4Z A;  4G3D A;  2PSQ A;  5CLP A;  2X8D A;  4C4F A;  1U59 A;  3RTP A;  5J1V A;  3HDM A;  4X3F B;  4BDB A;  2Y4I B;  1XBA A;  5FED A;  3G6H A;  2BUJ A;  1YDR E;  3D2I A;  5LWM A;  2ZFY A;  5J7B A;  2BZH B;  4QP9 A;  4E4N A;  4GW8 A;  3ZYA A;  5BVF A;  3JS2 A;  3PE2 A;  5CEO A;  5CF6 A;  4RA5 A;  3QZI A;  3C4X A;  3HRB A;  4D1Z A;  4FOD A;  4ANQ A;  2G9X A;  1FIN A;  3HMM A;  4R1Y A;  2JAM A;  4YHT A;  3CY3 A;  2VZ6 A;  2XIR A;  3PIX A;  3Q4U A;  4D28 A;  4U81 A;  3AGL A;  3KMM A;  2PVM A;  3RK5 A;  5DFP A;  2R0I A;  4DLI A;  3Q9X A;  2JKK A;  1H08 A;  3C0H A;  4IAD A;  4O0X A;  3ZRM A;  3MV5 A;  4AXA A;  4TYI A;  4IZ5 A;  5KCV A;  2XMY A;  2IVT A;  3QZF A;  4EHV A;  2E9U A;  3GC0 A;  3Q6U A;  3NNW A;  3FXX A;  4XNE A;  3NUN A;  4B8M A;  3BRB A;  1MQ4 A;  4FTC A;  4ANO A;  2W1E A;  4X0M A;  2OXY A;  5EOB A;  5EYK A;  2ESM A;  3R7V A;  4A4X A;  4X3J A;  3C4E A;  4MWI A;  3BWF A;  5A46 A;  2GNL A;  3LLT A;  4YR8 A; 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