3V5T | Genus

Total Genus 148

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	148
sequence length	465
structure length	460
Chain Sequence	STAIFSDRYKGQRVLGKGSFGEVILCKDKITGQECAVKVISKRQVKQKTDKESLLREVQLLKQLDHPNIMKLYEFFEDKGYFYLVGEVYTGGELFDEIISRKRFSEVDAARIIRQVLSGITYMHKNKIVHRDLKPENLLLESKSKDANIRIIDFGLSTHFEASKKMKDKIGTAYYIAPEVLHGTYDEKCDVWSTGVILYILLSGCPPFNGANEYDILKKVEKGKYTFELPQWKKVSESAKDLIRKMLTYVPSMRISARDALDHEWIQTYTKDVPSLDNAILNIRQFQGTQKLAQAALLYMGSKLTSQDETKELTAIFHKMDKNGDGQLDRAELIEGYKELMRMKGQDASMLDASAVEHEVDQVLDAVDFDKNGYIEYSEFVTVAMDRKTLLSRERLERAFRMFDSDNSGKISSTELATIFGVSDVDSETWKSVLSEVDKNNDGEVDFDEFQQMLLKLCGN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__205283905474224__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__205283905474224__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3V5T/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__205283905474224__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"205283905474224","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3V5T/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__205283905474224__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Toxoplasma gondii
publication title	Multiple Determinants for Selective Inhibition of Apicomplexan Calcium-Dependent Protein Kinase CDPK1. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Calmodulin-domain protein kinase 1
total genus	148
structure length	460
sequence length	465
ec nomenclature	ec 2.7.11.17: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase.
pdb deposition date	2011-12-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain
A	PF13405	EF-hand_6	EF-hand domain
A	PF13499	EF-hand_7	EF-hand domain pair

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	3v5tA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	3v5tA01

5L2WA 4PTEA 3UYSA 2B4SB 4W4WA 3C4WA 1OM1A 3I0OA 2DQ7X 3A4PA 3P1AA 5I4NA 1S9JA 1U59A 4DE4A 5KHWA 2YISA 3NNUA 4L00A 1HCKA 2YM6A 4W4VA 3SXSA 3UDBA 4H1JA 3WF9A 1PKGA 4FKOA 4ANMA 1R0PA 2IWIA 3ORLA 4IBMA 4YSJA 3TNWA 2BFYA 4BBFA 4UB7A 3QTIA 5L3AA 3MY1A 4K0YA 2QCSA 3QCQA 4M8TA 4D55A 3GCVA 4IWQA 3L1SA 2ZV8A 1MUOA 2PZ5A 2YZAA 5HOAA 5M53A 5KUPA 1NA7A 3CXWA 3MDYA 3VW8A 3EL7A 4F1MA 2VWWA 2ITNA 3FZOA 1Y8YA 5DR9A 5L8LA 4AA5A 3VS3A 3EQDA 3EYGA 2EWAA 4O86A 2BVAA 5CSVA 1OECA 4AXAA 5FLFA 3P79A 2BCJA 2OO8X 3AG9A 5EOLA 5HX8A 2OBJA 1CKPA 3LJ2A 4WO5A 4CZUA 3BX5A 3U4WA 2UW8A 3RAWA 5M4UA 4YJQA 1WCCA 3W33A 3FQEA 3NW5A 4CMUA 2W17A 3C1XA 1W83A 4X3FB 4YJOA 3COIA 5CX9A 4O7RA 4FTUA 3UPZA 3FLWA 3JY0A 3PE2A 2GTNA 2QO2A 2QODA 4ASXA 2WOTA 4B7TA 4G16A 5EW9A 3FMMA 3DKFA 4RJ4A 3LFBA 3EQRA 3QQUA 4S32A 4A07A 4TTHB 4EZ5A 3I6WA 5ANOA 4N0SA 3OD6X 1Q62A 2IZSA 3DNEA 2PUPA 1DI9A 1GY3A 1WBPA 2ZDUA 3KRRA 3TACA 3C0HA 1GIHA 2WTKB 3V5TA 4EH7A 5HCYA 5CI6A 3TJCA 4BZDA 4F08A 4MXAA 3ET7A 4TWOA 4XG2A 4XP0A 4EOLA 4UBAA 3AC5A 5EM8A 5ACBC 3RP9A 3T9IA 4BZOA 2W7XA 5C8KA 3E93A 3DB6A 4FKVA 4BCOA 2V55A 4NEUA 4AOIA 3IOKA 4LRJA 4MNEB 4ZIMA 2BROA 4E5AX 5A4CA 1ZYDA 3G51A 4LL0A 4YZ9A 1CDKA 5KKRB 3OROA 3RAKA 5HBJA 2XJ1A 3FMLA 5AX9A 3MVLA 4DG2E 3TUBA 1JQHA 2YLEA 3EN7A 4MNFA 2IW8A 4BTJA 5HU9A 1YHWA 3HA6A 5EHYA 1URWA 1WVWA 2HAKA 2YDKA 4GJ3A 4K8AA 3AT2A 3M11A 3VUTA 4XP2A 1S9IA 3G0EA 5IA2A 1IA9A 3TXOA 3L9MA 1Y6AA 2YN8A 3SGCA 3QQHA 1PY5A 3DQXA 4ZTLA 4ACGA 1OVEA 4R77A 4QMOA 3R71A 1W7HA 5KO1A 5E92A 4XH6A 2GTMA 3KMWA 3R00A 4LG4A 5CLPA 4D4VA 3W2QA 3QZIA 3W16A 4EQCA 3R7IA 2C3LA 3S4QA 4E1ZA 3LVPA 1O6LA 4XYFA 2BRBA 3VVHA 2ETRA 4EOOA 4USEA 2JKQA 4DG0E 4FK6A 3TM0A 3DK6A 2CGWA 2OFUA 2OICA 4NM7A 5A3XA 2UZBA 4D4RA 2DUVA 3O7LB 3OP5A 4JBVA 5HIBA 5LMAA 5BVOA 2O5KA 3WF7A 5H9BA 2PPQA 5CU3A 4K77A 2CDZA 3RZFA 3P7AA 4BI0A 5LCKA 2GS2A 4F6SA 4O2PA 3ZTXA 3LIJA 4FEWA 3C5UA 4RJ7A 5CSHA 4E5WA 4EOPA 4WG4A 3ZM9A 4JXFA 4WT6A 4YHJA 2A27A 5C01A 4U0IA 2QO7A 3ZLYA 4FZ7A 2IPXA 4PDYA 2J4ZA 4OBPA 4BKJA 2BZJA 1BI7A 5AJQA 4AFEA 2P2IA 3UQCA 4FKGA 1J7IA 3I0QA 2PVMA 2J6MA 3KRJA 5HBHA 4JOAA 1XHAA 5K3YA 3ORXA 2W1GA 3GU7A 4BDCA 4V01A 4ZTHA 4FNXA 5EKOA 3GNIB 3QRIA 3ANQA 3II5A 4YZNA 2BAKA 3V01A 3QD2B 4V05A 5AV1A 4AT3A 4TNBA 4LM5A 3JY9A 4KBCA 3BZ3A 3ROCA 2XEYA 5HKMA 3R9OA 1SVEA 5JN2A 2BTSA 3QTQA 2XJ2A 4FG8A 5BUEA 2ITUA 3O96A 2BHEA 3BGZA 4KWPA 1OPJA 4FL1A 4BCJA 4HNIA 3ZSHA 4BGHA 4JX7A 3WYXA 2EU9A 5CVHA 3PA4A 2WQNA 5AUWA 2VTPA 3B8QA 5IEYA 1OKZA 3UE4A 3QHWA 5CT7A 4J8NA 2HOGA 3U6HA 4MXZA 4QQ5A 4S34A 3LXNA 4IJPA 5DEWA 1A9UA 3OTUA 2ZV7A 4KS8A 2FSTX 4FKRA 3E8DA 4E26A 3I7CA 5J7HA 5LVOA 2XUUA 2JFLA 3GGFA 3P9JA 3PG3A 2A2AA 3OBJA 2UW9A 4S33A 5CQUA 2CCIA 5M4IA 2HZNA 2DS1A 1K2PA 2ZV2A 3QQLA 4IWOA 3CE3A 2VUWA 5HVJA 4D0XA 1NT2A 4K11A 4NFNA 5BVEA 4K2RA 2J0IA 3EB0A 4ENXA 2W1IA 5LWNA 3QZGA 5HCXA 2PUNA 2R0IA 3PPZA 5BVWA 4UMRA 3A7IA 5L2QA 3UO4A 4CTCA 4QMTA 4FGRA 3DZOA 4EI4A 3AC4A 3CP9A 4Z16A 1OKYA 2PVLA 5H8BA 4BICA 3R30A 4JDHA 3DDPA 4EOQA 5FUTA 2J90A 4Z9LA 5FXSA 2ETMA 4XV2A 4Y5QA 3VS4A 2A1AB 2VTQA 3ZRKA 5HD4A 2WTJA 3HMIA 3V5LA 5CANA 2RIOA 5JT2A 3DAKA 4X3JA 3WIGA 4FEUA 4MWIA 4F64A 3BV3A 3HRFA 2R2PA 4EHVA 5EQYA 5FEQA 3FXZA 4XCUA 3EQGA 4TNDA 2WIPA 2FB8A 2YDIA 3VBYA 3H0YA 5HU3A 1O6YA 3QKKA 4RIYA 4E6DA 3QYWA 1OBGA 4WKQA 4J52A 1NW1A 3O8TA 5DT0A 3R28A 3N9XA 4RRVA 3FDNA 5C26A 3THBA 5GZ8A 4YJSA 4FSZA 5E8UA 3QAME 3TV6A 1PF8A 4M7IA 3ENMA 2R3OA 3S95A 3VBVA 3H3CA 5HTBA 4AQCA 3KL8A 3L8VA 1ZRZA 5DPVA 2VTNA 4AS0A 4HVIA 2EXEA 3C4XA 3MSSA 4XLVA 3L9PA 5E8VA 5A14A 5A4QA 3FI4A 3OY3A 2E9UA 3FE3A 2Y9QA 2QVSE 2WZJA 4FKJA 3BLRA 1L8TA 3EQFA 4CKJA 3AQVA 2YM8A 4ZAUA 5K4IA 5J87A 3F2AA 4AW1A 2BRMA 2JDRA 3EZRA 4IM0A 3EFWA 4M12A 4CT1A 4D1SA 5IG1A 4WOVA 4UY9A 2QONA 3IDBA 5M57A 3U51A 4FTCA 4FTKA 4FZAB 2XM9A 2WMWA 4I93A 3VS0A 4GH2A 4FSUA 4K6ZA 3ZO2A 4KKHA 2WQMA 3EHAA 1YVJA 5JFXA 1NVQA 4FSMA 1OPKA 3IDCA 4MVFA 3TN8A 4HGLA 3HV6A 1Q8UA 4TWNA 3W32A 1JNKA 5HGIA 3L9NA 4GKIA 4X21A 2GQRA 4B8LA 1OMWA 5LCJA 4PMSA 3UOJA 4M69A 5GHVA 3L8XA 2VX1A 3ROYA 3TV4A 4L67A 4C37A 3QX4A 1E1VA 5G1XA 4DFUA 2AC5A 3AT3A 2X4FA 2ZMDA 1JKSA 4TYHB 4EHEA 1UWHA 5AV0A 3EZVA 4QOXA 4BIBA 4DTAA 1BKXA 2VTHA 4FKLA 1H27A 2AYPA 1BX6A 3B2WA 1M2PA 3EN4A 3L9LA 3QTUA 3WF8A 4MF0A 5E8WA 1M7QA 4M3QA 4FIHA 5HIDA 2PE2A 2W1EA 2B9FA 3TZ7A 4MAOA 1IAHA 3AC3A 3T3UA 4IB1A 5IQAA 4S30A 2HWPA 4FNYA 5CAOA 2PMNX 5KE0A 3CQWA 3BHVA 1OKWA 3F5XA 2PMIA 5AADA 2VWVA 4JI9A 4RFYA 2CLXA 5I0BA 3UP7A 4BCFA 4HVDA 4Y5HA 3OHTA 4OR5A 2R3GA 3RPVA 3KXGA 2JC6A 2O2UA 4LL5A 2X6EA 4KAOA 5HO6A 3HECA 1KV1A 4BR3A 2QD9A 3K5VA 4Y8DA 3ZEPA 3MTFA 3SAYA 1H1SA 5H8EA 4HCTA 2Z7LA 1PYXA 4FL2A 1PMNA 5AV3A 3AOXA 3NDMA 5CI7A 4P2KA 5ANEA 3MV5A 3NAYA 3NWWA 4F9WA 5EOBA 2C6OA 5DNRA 4PL5A 1R39A 3MY0A 5DRBA 3LLTA 3P7BA 5DLSA 4RX5A 3SC1A 3KB7A 2JFMA 5DEYA 5TT7A 1JAMA 3VS2A 3Q32A 4YJUA 4JBPA 2QQ7A 5FGKA 5AX3A 3DOGA 4PPBA 4X0MA 1MP8A 3V51A 4C3RA 4KA3A 5B7VA 5TE0A 3NYOA 2XZSA 1ZMVA 1XJDA 2RF9A 2GDOA 5K5NA 5JMSA 4EHZA 2OFVA 3VJNA 4APPA 3SD0A 3TG1A 4IZYA 3DK7A 4EWQA 4P4CA 4QT1A 5GZAA 4OAVB 2CNUA 5I3OA 2R3FA 4BY9E 5DE2A 2HXLA 3PP1A 3ZZWA 4ACDA 3Q3BA 4HPUE 3VBTA 4AW0A 3VRZA 2B7AA 3CKXA 4AW5A 3UTOA 3CGFA 1U4DA 3JYAA 2G2IA 2NRYA 3PZHA 4RWKA 2PWLA 5E1EA 5JRQA 5C4LA 4AN9A 4XX9A 3S0OA 3QTSA 3W2OA 3EQHA 2RFSA 2XB7A 4JRVA 3R9RA 4FSWA 2GNLA 4CGAA 2F7XE 3V5JA 5K5XA 5I5ZA 4A9RA 5JKGA 2WU7A 3QA8A 5E91A 4MD7E 3OS3A 2X6DA 4EORA 2WEIA 4J98A 3BU6A 5HE3A 5IQBA 3TKHA 2YFXA 4MNEA 4WBOA 1SVHA 3WF5A 4FSTA 4ZZOA 4G31A 2P55A 3AXWA 5ITAA 4L9IA 3RK7A 3OVVA 2BAQA 2RG6A 3TZ9A 4CKIA 4D2TA 2G1TA 4KS7A 4CFMA 4D28A 3MN3A 4I23A 5HTCA 4G3EA 3RWQA 4F7NA 2NPQA 4G6LA 4IANA 4RLLA 1YI3A 3A2CA 4R1VA 3VS1A 2XNNA 5HESA 3ERKA 4EOJA 5IEXA 2B52A 2O63A 3DKCA 5ANKA 4F6UA 2WELA 4RFZA 4F0IA 3RVGA 1A48A 4GYGA 4YJTA 4EJ7A 1JSUA 3C4CA 4JJRA 2ONLC 4XG8A 4QPSA 3DJ7A 5AP3A 2XVDA 3EN5A 4RWJA 4DAWA 4EH4A 3NLBA 3Q5ZA 4YTCA 3PXQA 4YTFA 2XIYA 2WB8A 2UZWE 4EK3A 4QYEA 4C4FA 4NKSA 4F63A 3I60A 3LCSA 4KBAA 3SQQA 4CZTA 1K3AA 4R1YA 3BWJA 1ZY5A 4FTJA 4X2KA 3IK3A 3LFNA 1H1WA 1M14A 1T45A 3A7JA 3DFAA 2JDTA 2ZB1A 1R78A 3NUYA 3NX8A 4PDSA 5L4QA 3PJ8A 3GC0A 2XIZA 4YC6A 5GNKA 5A6OA 3NNXA 4Y46A 5EM5A 2CKEA 5M06A 3I7BA 4RJ3A 4QTAA 3BU3A 4HCUA 3QXOA 5E8TA 2IZUA 3BHYA 3EQIA 4N4SA 4E4MA 4K18A 3TI1A 1KE5A 3BV2A 4FK3A 3BQCA 4O0UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3V5TA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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