3BLRA

Crystal structure of human cdk9/cyclint1 in complex with flavopiridol
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
320
structure length
300
Chain Sequence
SVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The structure of P-TEFb (CDK9/cyclin T1), its complex with flavopiridol and regulation by phosphorylation
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cell division protein kinase 9
total genus 86
structure length 300
sequence length 320
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2007-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3blrA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3blrA01
1OVEA 4HCVA 3UE4A 3BEAA 3ZSHA 3NUPA 2W1FA 2WQBA 3NPCA 2OH0E 4RLLA 4UB7A 3C0GA 3RPVA 2Z7LA 5KZIA 3T8OA 3CJFA 3A4OX 3ZDUA 2GNHA 4BL1A 4PMTA 3ATSA 2ZAZA 4IX4A 4L53A 4F7SA 4NKAA 4O82A 4ZTRA 3FHRA 1XR1A 3FYKX 2R0UA 3QXPA 4L44A 2ESMA 4UWBA 2CMWA 5KZ0A 4BY9E 4FV8A 4TYJA 5EM5A 4UMUA 4F65A 4FG7A 2VTTA 2NPQA 2PVNA 4N0SA 1DAWA 4M69B 1Y91A 1PY5A 2R7BA 3TJDA 1JPAA 4E6DA 1YI4A 5L6OA 3FWQA 4FA2A 3OW4A 4KIKB 4OTIA 3WBLA 4QTCA 4AS0A 2BRBA 2ITPA 3BE2A 3UBDA 5AX9A 2YJRA 3TNPC 4HVHA 2QURA 4I6FA 5CAPA 1Q41A 3P0MA 4M8TA 3FZRA 4UALA 2PVYA 3C0IA 3E7VA 3FL4A 3NEWA 4WHZA 4A7CA 5JQ8A 5IQIA 5HGIA 4QPMA 2LGCA 3PVGA 4ITHA 1NT2A 4U7ZA 3BCEA 2QKRA 3PRIA 2ETRA 4W8DA 4C4JA 5I3RA 2OO8X 2H34A 3A7IA 4IACA 5H3QA 2XP2A 3QXOA 2X9EA 4FZFB 1WBTA 4AW2A 4HCUA 2IVSA 5A4TA 1Y6AA 4MF1A 5AUZA 1P4OA 3SKCA 2OJFE 2GQRA 1WVXA 3D7TB 3Q52A 4YTCA 5HD7A 1H08A 1TQIA 1YRPA 2WTDA 4FV7A 4WNOA 3MJ2A 4CQEA 3O23A 3R71A 4G1WA 2EXCX 5KCVA 4L9IA 1PJKA 4I0RA 3MA3A 5JGDA 4BCKA 3Q2MA 5CTPA 3P7AA 3BEGA 3DKCA 3QRIA 4ZTSA 3H0ZA 1DAYA 4BGQA 5DEWA 2CCIA 3C4EA 3DY7A 3FYJX 5A46A 3FEGA 4K18A 3D5VA 4ZY5A 2HZIA 2B53A 3E5AA 4WUAA 3CY2A 1YXXA 4CCBA 3SOAA 2E2BA 4R3CA 4FNZA 3WF6A 3DXPA 3CTQA 3NNWA 3T9IA 5KBRA 5HLWA 2AYPA 1VEBA 3JY0A 3WIGA 3V51A 4R7BA 4GMYA 3D14A 4L7FA 3VS5A 3FKOA 5CF6A 1JKTA 2XK4A 3TCPA 4GU6A 4FKPA 3LXLA 4I20A 4JQ8A 4OTHA 2O0UA 1RE8A 3GVUA 1YHVA 1P14A 2RFNA 4FT7A 4A9UA 5BVEA 1PKGA 3UO5A 5D7VA 2Z7QA 5E92A 5E4HA 1QPJA 2NRYA 3GBZA 4C58A 3KK9A 4DCEA 5HZNA 1M2QA 4O0TA 3COIA 2WMVA 3UZRA 4YJQA 5HE2A 4O7SA 2XIRA 1PXLA 5TKDA 4QQTA 1RQQA 3BBWA 3DKOA 4HYSA 3VULA 3PXFA 2P3GX 3BI6A 2VGOA 3C1XA 2UV2A 1OZ1A 1M7NA 4HGTA 4K9YA 4V04A 3Q4ZA 4IH8A 4ANQA 1ERKA 2IW6A 4KIQA 1IA9A 4XNEA 4NH1A 3U4WA 3WOWA 3FZSA 4EYJA 4ZMEA 4XG2A 3OT3A 4O38A 5GIOE 1H8FA 3I4BA 1SNXA 2BTSA 2UW3A 1Z5MA 2VTIA 4UZHA 3GOKA 2VU3A 5CNNA 4LOQA 5K9IA 4NJDA 2BILB 2VTAA 4I93A 4JOAA 4RA5A 3VUGA 2VWVA 4J99A 2PL0A 4EZ3A 2X8EA 4XG9A 4XOZA 2CSNA 5AADA 4WNPA 4FTLA 3OXZA 3FLYA 4QP3A 3PLAE 5CENA 3LOKA 3RTPA 4FEUA 3P79A 4O84A 1GIJA 3BX5A 4FIJA 2EVAA 4K2RA 3VBQA 3EQHA 3QQKA 4ALVA 2C6EA 2WXVA 3BHTA 4G6LA 4U5JA 4YZ9A 5GJDA 1VYWA 4LFIA 4C8BA 4GJ3A 5D41A 4DFZE 1UKHA 2VZ6A 4ITJA 4NIFB 2ITWA 2X4FA 3AD5A 3L9MA 3PZHA 4FX3A 2B4SB 4X3FB 1J7LA 2F7EE 3E93A 3LCDA 4I22A 5L2TA 2VD5A 2R3KA 1JOWB 3GU8A 1MQ4A 4FTTA 1PHKA 1REJA 3L8SA 1H1WA 2ONLC 3FBVA 5EYMA 2F7ZE 3R7GA 4O0RA 5A4LA 2XNOA 4JXFA 2BVAA 3R8VA 1JKKA 1FVRA 4EHGA 4PNKA 4YC8A 3HGKA 2X4ZA 3HV7A 5K0XA 3CLYA 4PMSA 3PXQA 4XRLA 5J8IA 4KD1A 4IZ5A 5C01A 2C5VA 5HBEA 3BBTB 2QVSE 4QMUA 4U44A 5CU0A 2XF0A 4EC8A 3D2IA 3LVPA 3GC7A 3Q9XA 5ETCA 3OC1A 3W2RA 4LMUA 4JAJA 3OCGA 2IVTA 3I6WA 3VJNA 5HNIX 5M56A 1ZMUA 4EH7A 2ITXA 4O21A 1UU3A 2Z7SA 3ZUUA 3P86A 4DYMA 4YHTA 4DH8A 5DH3A 3KVXA 4FYOA 3FMKA 5A3XA 5F9EA 5HI2A 3HV5A 3PXZA 4I3ZA 4DH3A 4DF3A 2YITA 3KULA 3MGYA 4KS8A 5TT7A 3COMA 4DGMA 3TNIA 1ZOEA 2H9VA 1R1WA 2IW9A 4IDTA 4I92A 3MTLA 2R9SA 2QOCA 3MY1A 3ZC6A 3R1YA 1CMKE 5BVKA 1OIUA 4DG0E 5GJGA 3QC9A 3R9OA 4BN1A 4FV5A 4AGCA 4L3PA 4KAOA 2PU8A 4YZMA 4QP8A 5DR6A 4EC9A 4O7WA 1VZOA 3QTSA 2H8HA 5AP3A 4XOYA 4EI4A 3TKHA 4FEVA 4PF4A 4CYJA 5CSVA 3GEQA 2CHLA 3GGFA 3VQUA 1O6KA 2J9MA 3E8NA 3FSKA 1UNHA 3NUUA 3O8TA 4WG3A 4AE6A 4F08A 5CAUA 2P33A 4EJ7A 2EU9A 2JKMA 4APPA 2WIPA 4CGAA 2JD5A 4YO4A 3U6JA 2XIYA 4D1ZA 4FKOA 3LPBA 4GUEA 5CSPA 4CRLA 4K0YA 4R7IA 4ITIA 2QG7A 2YDKA 3KRXA 3Q9YA 2I40A 5CX9A 4H05A 5DOSA 4DFXE 5HCXA 1XH9A 4LM5A 5AX3A 4FT9A 4MTAA 5TR6A 3TTJA 4D9UA 4B8MA 4BCQA 4QQ5A 2QOLA 4E4MA 4CLIA 1HOWA 4RJ4A 5EHYA 2BUJA 4RVMA 4M15A 2WTCA 2ZMDA 3KXNA 4JQEA 2VTSA 4OTDA 2YLFA 5AM7A 2B1PA 2C1BA 5AP1A 5TOZA 3VO3A 4Z9LA 3G51A 3VWAA 1FQ1B 4C33A 4IW0A 2VTHA 3C4WA 5EM6A 3UO4A 4AOJA 2JIIA 4Y46A 4UBAA 1H1RA 3QRKA 5I3OA 4O0YA 3HVCA 4ACDA 5JMSA 5EH0A 4G34A 2R3OA 4RJ8A 3KA0A 4IMYA 3ZC5A 3PJCA 5C4LA 2XJ0A 4GV1A 4MK0A 3OT8A 3BV3A 4IWDA 4JRVA 3HMMA 3VUIA 1JSUA 2Y4PA 3F2NA 4G5PA 3BYUA 2P4IA 3DKGA 3VNTA 2XRUA 1AQ1A 3MB6A 4FTCA 4R8QA 3DBDA 2BZHB 4M12A 3R8PA 1MUOA 2XK9A 3HUBA 1FBNA 4JVGA 4NM5A 2F2UA 4WRGA 3MTFA 3O7LB 4YTHA 3MW1A 3UNZA 3LCSA 4I0SA 2YCSA 1U46A 3E88A 1KE6A 4FVRA 3KN5A 2BZJA 3OF0A 3QQJA 3MY5A 3HMIA 5KMLA 2C6TA 2REIA 2ITUA 4MXOA 2XUUA 1YDRE 4ZZOA 2ETMA 3GP0A 4DLIA 3GC9A 3ZEPA 4EH9A 3G15A 1YWNA 4QP1A 3ZO3A 3MFUA 2C3JA 2RSVA 4QMOA 3JVSA 3FQEA 4PUZA 5CVGA 4ZTMA 3EFWA 2WTIA 3TIZA 5DLSA 2G1TA 3BYOA 3KB7A 1OM1A 3QKKA 3QYWA 2FSMX 1LEZA 2F57A 3TG1A 4R6VA 1YVJA 5E7RA 3TIYA 4YUQA 4H3PA 3FLSA 5IUGA 3C4FA 4O86A 2GFCA 2ITQA 4RX8A 5FXQA 1H0WA 4ACMA 4CEGA 3NUAA 2QNJA 3DCVA 3Q9ZA 3WF5A 4LGDA 3L1SA 4J53A 3K54A 3HP5A 1U54A 3FKLA 3OVVA 1OBDA 4DTAA 3BELA 1WMKA 2VWYA 3CIKA 5AAFA 3BU6A 4G3CA 4KBCA 3GUBA 3F5UA 4FR4A 3DDPA 4QT1A 5HHWA 3SA0A 2YM7A 2F4JA 1I44A 2YEXA 2YM3A 5H9BA 3RINA 5K4JA 3U87A 5M4UA 3ZBXA 4ACHA 1NA7A 2BCJA 2QONA 2WNTA 3HLLA 1ND4A 3L9PA 3KRWA 4G5JA 4RVLA 3BQRA 3MVJA 4H36A 4WBOA 3UNJA 4I41A 3IONA 4AT3A 3HDNA 3I79A 5BVNA 4QQJA 2A1AB 4D2WA 2CGVA 4TY1A 4DH7A 3C5UA 3CSVA 2RFDA 1MRYA 2C47A 4KIOA 2G2IA 2BHEA 3HV4A 3LFNA 3R1SA 5B2LA 5IKWA 5ACKA 1J1CA 2W5BA 2OBJA 2R3JA 2C5XA 4OBPA 5BNJA 4E7WA 2C69A 1QPDA 2I1MA 4IEBA 4EUTA 1MRVA 2CKEA 3IW7A 1XH5A 4LOOA 3TV6A 2YCRA 4V0GB 4FYNA 2GSFA 4QTDA 3LIJA 5EI6A 3GCSA 4ZY6A 3UOLA 3DFAA 4IHPA 2W1CA 2C0TA 3SOCA 3E8EA 3LFCA 5IEVA 4ANLA 4X3JA 3R0TA 3EFJA 2WELA 3QTXA 4M13A 3KXHA 3QZFA 1CKIA 5CXZA 4CMUA 3O8PA 5LCJA 3QZGA 2J0JA 3QRUA 4FSMA 3Q60A 3CQWA 1R3CA 4P90A 3KMUA 3JYAA 3JPVA 4A9SA 2UZVA 3HUCA 4QMSA 3A60A 5EW9A 1ZWSA 4KKHA 2YACA 4F6UA 4FG8A 2E9NA 4KS7A 4PPCA 5G6VA 1O9UA 2VWZA 3NYXA 4H1JA 4D55A 1B38A 3DFCB 4DT8A 2PZRA 4CFMA 1L3RE 3BYVA 3DXNA 2EUFB 4BYJA 1AD5A 4CV8A 3GT8A 4ID7A 3V5PA 4IAFA 3EQIA 4RMZA 3ZZWA 3R30A 4HZRA 3R8UA 3AGMA 3R00A 1GNGA 3ORPA 3GCUA 3D5UA 3H9FA 3PPJA 3W2PA 4EK8A 3UDBA 4XEYA 4FMQA 3QCSA 4EOPA 2HW7A 5HO6A 4K33A 4YURA 4Z7GA 3WE8A 4TNDA 5CYIA 2OJIA 1LPUA 4EQMA 4KB8A 4QMMA 2PUIA 3QGWA 3DK7A 4QYFA 4TN6A 4CFWA 5KHXA 5DNRA 5J9YA 5C4KA 1OITA 3E7OA 4KABA 4TYIA 3U8WA 3R02A 4CMTA 3VW8A 4FKSA 3MH1A 1NVQA 2OIDA 5K5NA 5A6NA 4BGGA 3Q96A 4TW9A 3R7UA 3UVPA 5DI1A 3I5ZA 1M14A 3HECA 2E9VA 3O50A 5F94A 3A7HA 1S9JA 4NWMA 4IADA 4F1TA 3SHEA 4IZAA 1YXSA 5AR3A 3R7VA 4UMRA 2WTJA 4ZZNA 5DWRA 3H10A 4X6RA 4IM0A 2VV9A 2Y0AA 3R1NA 2VGPA 2QO7A 4JDKA 3NWWA 2A2AA 4FKGA 2BHHA 3EFLA 2W9ZB 1NY3A 3BLRA 4OR5A 4EJNA 4AXAA 1M7QA 1TKIA 3MWUA 2B9JA 1FVVA 4MNEB 2QOFA 1Q8WA 2Y4IC 3NZ0A 5AP5A 4WNKA 2F9GA 4IB0A 3WF7A 2Z7RA 3QALE 4Z55A 3VN9A 1IR3A 2VTPA 4D1XA 3F3VA 4B8LA 5CAQA 3IKAA 4CT1A 5D9HA 3RPYA 5JFVA 1IEPA 4ZSAA 4JG7A 3FUPA 1YQJA 3TUBA 3BWFA 3CPBA 4C4EA 4EK6A 3C4ZA 4BF2A 4MBIA 2QKWB 3BHYA 4R5SA 5GZ9A 3RK7A 1WBPA 4YZNA 3PXRA 4JNWA 3IG7A 5ANIA 2YM5A 2YZAA 1XHAA 5CNOA 3FQHA 4YJNA 5AP7A 3V3VA 2YHVA 3UQCA 4ZK5A 2WMAA 4C38A 4RRVA 2J2IB 4NCTA 3I60A 3WI6A 1HCKA 3QQGA 3KCFA 3K3IA 1PW2A 2X8IA 5E8YA 1G5SA 5E8WA 5H8EA 1OKWA 4C2VA 4F9AA 4RWIA 5EYDA 1LR4A 5M57A 1XBCA 4UX9A 3G6GA 1BUHA 5DMZA 2PMOX 2WD1A 3EKNA 4BTFA 4W8EA 5FQDC 2A27A 2HK5A 4AACA 3LM0A 2C1AA 3DAKA 4USFA 5M08A 5CXHA 3F82A 2ZOQA 5DA3A 4G9CA 3E3BX 3DBEA 5TO8A 3PJ3A 2HWOA 2QG5A 3A4PA 4KSQA 3P1AA 3V6SA 4ASDA 4WA9A 3EZRA 5L2QA 4C4IA 4AN3A 2GCDA 4M7IA 4J52A 2GFSA 3F7WA 4FTKA 5KUPA 2GPHA 3E8DA 3EYHA 4J71A 5FXSA 5CEQA 4RIWA 4BCMA 4DLJA 3NDMA 3SD0A 4CYIA 5J5SA 2R4BA 3ZMMA 5EKNA 1Q4LA 1ZZ2A 2XNMA 3FMMA 4O0SA 2X81A 5LVNA 1TQMA 4LGHA 3I0OA 4D5KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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