3C13A

Low ph-value crystal structure of emodin in complex with the catalytic subunit of protein kinase ck2
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
GPVPSRARVYTDVNTHRPREYWDYESHVVEWGNQDDYQLVRKLGRGKYSEVFEAINITNNEKVVVKILKPVKKKKIKREIKILENLRGGPNIITLADIVKDPVSRTPALVFEHVNNTDFKQLYQTLTDYDIRFYMYEILKALDYCHSMGIMHRDVKPHNVMIDHEHRKLRLIDWGLAEFYHPGQEYNVRVASRYFKGPELLVDYQMYDYSLDMWSLGCMLASMIFRKEPFFHGHDNYDQLVRIAKVLGTEDLYDYIDKYNIELDPRFNDILGRHSRKRWERFVHSENQHLVSPEALDFLDKLLRYDHQSRLTAREAMEHPYFYTVVKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Catalytic Subunit of Human Protein Kinase CK2 Structurally Deviates from Its Maize Homologue in Complex with the Nucleotide Competitive Inhibitor Emodin
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Casein kinase II subunit alpha
total genus 112
structure length 328
sequence length 328
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2008-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3c13A01
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3c13A02
5L8LA 3QU0A 3PLSA 5I0BA 4HVGA 3TT0A 4DG0E 3DBQA 4QMQA 2AYPA 3KRXA 4H3BA 2JDRA 2X4ZA 4IWDA 4X2KA 2VTOA 5EW9A 4CFVA 5IQBA 3L9NA 5AWMA 4D4RA 3R9DA 3ZEWA 1UVRA 4IM3A 3UOKA 1NY3A 3B8RA 3TNPC 2P33A 3LJ1A 3KL8A 4XV9A 3GBZA 4ZJIA 3VJNA 4D55A 2HW7A 4QMYA 4GU6A 4E4XA 3KFAA 4DCAA 3B2TA 4IFGA 4KIPA 4C61A 3FEGA 5BYZA 4QNAA 5HBEA 3SGCA 2W99B 2VWIA 2HXLA 3ORNA 4DEGA 4FICA 1VYZA 3QRKA 2QR7A 3ULIA 4E6CA 3LXNA 4IE9A 2R3QA 2XK6A 3ZRMA 4DEBA 4CZTA 5CAUA 1OKWA 2OJFE 3HRCA 4FV7A 4R7HA 5IA5A 3V6RA 4XJ0A 3Q3BA 3KXXA 4J53A 4BC6A 3RPVA 3EKKA 4DGNA 4O0TA 5LCJA 5IQAA 3CPCA 3FUPA 4QPSA 3FL5A 4A4OA 1CKPA 4FKOA 5KBRA 1PKDA 5HHWA 3HMIA 2UW3A 3MESA 1OIYA 3DKCA 3QCXA 5GZ9A 2JEDA 2YERA 3FXXA 5E8ZA 2BAKA 2W05A 4EOJA 1Q8WA 3EZVA 4JX3A 4ZSLA 3COMA 4C4FA 2QONA 4CFFA 4IDVA 5AMNA 2R9SA 4XG3A 4C4IA 3QQJA 3E8DA 3V04A 3TTIA 3SHEA 1WBNA 3R9NA 2WQOA 3WIGA 1DI9A 5HVYA 3JVSA 4TTHB 4RT7A 3ELJA 2JBPA 4H05A 3F88A 4LGDA 3R2BA 1YDSE 4WA9A 3MY5A 4G3EA 1CDKA 3MIYA 5HE2A 3WZUA 4FK6A 2JIIA 3E88A 5AR2A 2QLUA 3EQRA 3MH3A 4YJQA 3EQPA 5DG5A 5K9IA 2CHLA 4BCQA 5BUJA 1GZ8A 2ZV2A 3KVWA 3NNVA 3CKXA 4GYGA 4RJ3A 4XS2A 5J95A 1UWHA 4UWCA 5DVRA 5A6NA 2X8DA 3NVKI 3VUKA 2BTSA 2Q0NA 1H1SA 3PRFA 3PUPA 4MX9A 4QP3A 1BL6A 2B52A 3ZH8A 1WAKA 2XYNA 4HGSA 3EH9A 3BV2A 2C5OA 2QKRA 3KB7A 2QHNA 2CKEA 3D5WA 3R7VA 2XNEA 2R3OA 3OW3A 5HG8A 2WMQA 3K5VA 4C3FA 2XIYA 3CQWA 2J2IB 3VNTA 3BI6A 4YSMA 3BQCA 2OJIA 3CCNA 4QP8A 3CY3A 1OBDA 4TYIA 4AE9A 1GNGA 2QO9A 3NUNA 4BFMA 4EK8A 2C6IA 3SVVA 4W4WA 3MVJA 2WHBA 3U4WA 2UVYA 4XP2A 5CS6A 3PIZA 5AX3A 2ZDUA 3D94A 3DDPA 5E8SA 5CTPA 5LVOA 4C38A 4JAJA 1U59A 4EWHA 5CU0A 5C4LA 3DS6A 2LGCA 5GZ8A 3R8UA 4APCA 3Q6UA 3HUCA 3MB7A 1OIUA 4AUAA 4Z7GA 5CEKA 1I09A 3DAJA 4AZWA 5CSHA 1G3NA 3U6HA 2XK7A 5HNIX 4YHFA 3TIZA 3R73A 1URWA 4BDBA 4BGHA 4PPCA 5KMJA 1ZOHA 1XH5A 4B8MA 3V01A 4G5PA 1UA2A 3BBTB 4NWMA 4Y83A 2XIRA 1A9UA 1H1PA 4KBCA 5C03A 2X2MA 3EQHA 3GT8A 4PX6A 3G90X 2WKMA 1KOAA 1Q8UA 3P7BA 3R8MA 4FVPA 4I4EA 3PSBA 3ZLYA 4D28A 4ASZA 3FHIA 4FTIA 2DWBA 2E9PA 3OFMA 4YLJA 2R3FA 4D9TA 4IQ6A 1PKGA 2B7AA 4XG9A 4D5KA 4HGEA 3D5XA 2CDZA 2BFYA 2YM5A 4PP7A 4ANBA 3GCQA 3RK7A 3KREA 5GNKA 4K9YA 1OITA 3NYXA 2O8YA 1WBWA 2F2UA 2GNJA 4UEUA 4YZMA 5IA4A 2JBOA 3THBA 4V0GB 4A9TA 4WSQA 4BCPA 4C35A 3SV0A 2QU5A 5CQWA 5CY3A 4NEUA 2GQGA 5HCZA 2WU6A 3OVVA 5BVKA 1M7NA 4QT1A 4RSSA 4DBNA 3SXRA 1WBSA 4RFYA 1PW2A 1FOTA 2BRBA 3FZ1A 4GEOA 3QC9A 4I5CA 4FSMA 4P2KA 3II5A 1T46A 4PDSA 1YKRA 4FGRA 2YIWA 1Y57A 1JSVA 4ZK5A 4ACCA 3COIA 2C3JA 3HV7A 2Y6MA 2OZAA 2JKOA 2X8EA 4NU1A 3QD0A 4I20A 2PVNA 5G1XA 4D4SA 1R1WA 3IOKA 3UZPA 2VTHA 5EW3A 4MCVA 3D5UA 3K54A 4FV4A 4C37A 2YM3A 4AZFA 4E6AA 5I9VA 1XR1A 4LYNA 4JI9A 3FKNA 4M68A 4H1MA 5H8EA 3DQXA 4C4HA 4W8EA 4IAYA 3D5VA 4IX5A 2WMXA 2Y4IB 3DOGA 1QPEA 4HJOA 5AADA 4F9AA 4RFZA 4IDTA 3S95A 4MD7E 3QBNA 3V5PA 1OL1A 1YOMA 2GHLA 4PY1A 2XCHA 3BGQA 2EB3A 5EOBA 4YBKA 5HGIA 5D12A 2E2BA 5DPVA 5CZIA 3TN8A 5TT7A 4EH7A 3F61A 3MPMA 5FDXA 5HBHA 3VBVA 4E5BA 4V05A 4O0SA 2YJRA 2PZPA 3P7AA 3BU6A 4R3CA 4AW2A 4BF2A 5CAVA 1ZLTA 5HNBA 2RFNA 3UBDA 3QC4A 3MJ1A 4GG5A 3P86A 4EOMA 5BPYA 4Q9ZA 5IA2A 3EN5A 4NSTA 5TO8A 3IKAA 4JDKA 3QRUA 3C5UA 1V0OA 2LAVA 4FKSA 3UZTA 3C4WA 4Y72A 3LQ3A 4O27B 2BKZA 2OZOA 2VO6A 4A07A 3OY1A 4IH8A 4NTSA 1QPJA 4RWIA 1JOWB 4BCKA 2NPQA 1H27A 2X39A 3HV4A 3WE4A 1J7UA 3R01A 3NW7A 5G6VA 3UQFA 3P79A 4WNMA 2UW0A 1XBAA 5M07A 3A7GA 4UXQA 3EN4A 2XIKA 3HEGA 3TZMA 3PWDA 4HNFA 2XNBA 2YJSA 2HK5A 3EJ1A 4H39A 3UVPA 1ERKA 4A9YA 3ZS5A 5BVOA 3F5PA 4EOQA 3QUEA 1YHSA 4E26A 4F6WA 4UXLA 5K4IA 4F7JA 3KMUA 3JS2A 3NUUA 5IDNA 3AGLA 2FYSA 2OH0E 3DKOA 4L68A 4OTQA 2Y7JA 4G31A 4UYAA 5BMSA 5AUUA 1H1WA 4M97A 2PVFA 3KC3A 4X3FB 4YSJA 4N57A 4EYJA 4ZSEA 3NZ0A 3W2CA 4QTAA 4AT3A 5CF6A 3QQFA 4A7CA 2V22A 5AUTA 5EYDA 4QP2A 2B9JA 5J5TA 2JFLA 4O2PA 3BU5A 4AOTA 2BVAA 4KB8A 1U5QA 4X21A 4U5JA 1W84A 3RGFA 5FWKK 4WG3A 3OEZA 3KY2A 2YDJA 4J52A 1IRKA 4NK9A 3MS9A 4LRMA 3CS9A 1UKIA 3I5NA 3ZFMA 4KKGA 4R1VA 3EQBA 4E1ZA 4I3ZA 2UUEA 2BRNA 3ZXTA 4FG9A 4FTJA 4C36A 4DFYA 3PA3A 4TNBA 1LP4A 3EFLA 4IAKA 4IVDA 5AUWA 5BUIA 5E91A 4I23A 4QD6A 3ZYAA 4GJ3A 4RJ5A 2CMWA 3FLWA 3ZRLA 4FKTA 4AW5A 3QHRA 3V8TA 3DTCA 5LVPA 1XH4A 4BDIA 1OPLA 4CT2A 4FL2A 1H0VA 4OBPA 5JFVA 4X2GA 5CEIA 3EFKA 4G17A 3CC6A 5L6WL 3BYMA 4E5AX 2BALA 4LRKA 4MEDA 4NJ3A 4IBMA 4U6RA 5LARA 5DWRA 1PY5A 1WVWA 4BBFA 2O64A 4UMPA 1KWPA 3R30A 2W1HA 3NEWA 1Q5KA 2C0OA 4I6QA 4PP9A 4XG7A 5E9EA 2VTTA 4ZJVA 3BU3A 4GH2A 1YHVA 2CN8A 3AC2A 3HV5A 4EH6A 1PYXA 3TNIA 1KE7A 4RIOA 5CI7A 4DGOA 4M0ZA 1R78A 2CKOA 1UU3A 4QNYA 4YJTA 5J9LA 1SYKA 3IOPA 4EQUA 3NR9A 4FIIA 4Z3VA 4KSQA 4BZNA 3KGAA 3RNIA 3Q6WA 5HLPA 3V51A 4C33A 4QMVA 1IEPA 2CJMA 3MH1A 3E92A 4ONAA 2GQSA 5KMNA 1Y6BA 4RVMA 1PXMA 2X8IA 2PMIA 4L00A 3E93A 3HNGA 4DG3E 2QR8A 4FEWA 2XNGA 5ANGA 5EW8A 5BX0A 2QOIA 3Q9WA 4ZTHA 3RTPA 3QQHA 4ANNA 5GINE 3C4CA 4FTNA 5EQYA 3NS9A 4N6ZA 5DE2A 4FV3A 4EHGA 1AGWA 3SOCA 3D0EA 4RC3A 4QOXA 5ACKA 3GCPA 2DQ7X 3KXHA 3OUKA 1KE8A 2C47A 3WYYA 4FL1A 2EVAA 4BDAA 4YC8A 3JPVA 4DH8A 3OHTA 3CJFA 5LMAA 4FZ6A 3BHVA 3LCOA 3QL8A 4D2TA 3NVMB 5IEVA 2HZ0A 2R7BA 4ZZNA 4HVIA 3K3IA 2QG5A 4BICA 4OR5A 4E4MA 1SZMA 4CMOA 3EYGA 3FMHA 2UZVA 4K0YA 2HZ4A 2J0KA 3VRYA 2WIPA 2VX1A 3KULB 2XH5A 1JBPE 4AN9A 2KTYA 5HLNA 3W10A 2WEIA 4MNFA 5AR3A 4AOIA 3B2WA 2UW8A 1V1KA 3MA3A 1UU7A 3EYHA 4EH8A 4XG8A 4BGQA 4XCUA 3OCTA 3NMUF 2WGJA 4JR3A 4AS0A 2B54A 4IXPA 4GKHA 1G8AA 2UZUE 1J91A 4DITA 1Y91A 3DAKA 1Y8GA 5EHYA 3RM6A 5E8TA 3DJ6A 3FMJA 3TKIA 4ANLA 4FNYA 4U41A 5DH3A 5JKGA 1ZY5A 2F2CB 5A4TA 3R71A 2DYLA 4IAZA 4V0GA 5FXQA 2WAJA 3VUGA 4WRGA 2JAVA 4OGRA 4BVUA 2OIQA 4BDJA 4G3GA 4H3PA 4BZOA 5JGBA 1O6KA 3TKHA 5CAOA 1MRUA 5HLWA 5E8WA 4CT1A 3MFRA 1YHWA 3MV5A 3NUPA 4AG8A 1ZYDA 3OBGA 1BI8A 5LVMA 3R7EA 4ACHA 4GIHA 3DCVA 1REJA 3KRRA 2XM8A 3GU8A 1WZYA 4KSPA 1OBGA 5HESA 4B6LA 2EXMA 4O0UA 3BEAA 3CY2A 4MHAA 4NTTA 4XP3A 5CI6A 5KNJA 3C0GA 3IW6A 1OMWA 3VW6A 1H1QA 2J51A 2XJ2A 4G6OA 4IB1A 3FLSA 2WMRA 3M42A 2IZUA 1M7QA 3S00A 1W7HA 5ITAA 5AV2A 3ZMMA 2VWYA 2CNUA 1JKTA 3PVGA 3IK3A 1YRPA 2V62A 3L8XA 4LUEA 4O1PA 5A3XA 3UNJA 4LOOA 4ZOGA 4XG2A 4HYSA 4CLJA 5HZNA 3F2RA 4GK2A 5ANJA 4AFJA 4Q2AA 4BCGA 2OG8A 4KRCA 4AT4A 2W96B 1OZ1A 4CSVA 2OSCA 5M55A 1OB3A 2UW6A 4EUTA 3V5QA 4W9WA 4FYOA 1REKA 2PVMA 4J71A 4X2JA 1IAHA 4PV0A 5CVGA 2GQRA 2QHMA 5FEQA 2YHVA 4CCBA 5I9ZA 4L53A 2VTQA 3FQEA 3UMWA 4RQKA 4O7YA 1KV1A 4ZTSA 2R3HA 2W1DA 4E6DA 5J5SA 4FI1A 4XG4A 3TM0A 4RRVA 4BKYA 3PXZA 4P5ZA 3R1QA 3E8NA 2O3PA 4AFEA 3OT8A 4RG0A 2OXDA 4WBBB 4R5YA 4AW1A 4MK0A 3RCJA 5FLFA 4ALWA 2GS7A 2X2KA 4BHNA 4C2WA 4NKAA 2GMXA 2R3JA 3IQ7A 3ENHA 2P0CA 3VUIA 1YI4A 4QP4A 1Z5MA 5KHWA 4F70A 4XRJA 4IWPA 2WTIA 3PZHA 2XMYA 3HMNA 5AIKA 2PZRA 4OTDA 4UZDA 5AIRA 4C8BA 4JT3A 3DU8A 3AD5A 5I9YA 3QTSA 1Q3DA 1H4LA 3CD3A 4PL4A 4WT6A 4CCUA 4CMUA 3U87A 3I0QA 5LJJA 4FVRA 3Q9XA 3OCBA 3GOPA 3BX5A 4XHKB 1FGKA 4YLLA 3QKKA 1JQHA 3D4QA 3CP9A 3QA8A 4FKQA 5IA3A 5HO8A 2CGXA 4BI1A 5F9EA 4CNHA 4ZJJA 5AAGA 2PVHA 4KIOA 3LKMA 4O7ZA 4X3FA 3GU5A 3QA0A 3N4UA 1XQZA 4BTKA 4EJNA 2OIDA 4EOIA 3O50A 4U80A 3QX4A 3EQIA 3OBJA 3QZFA 5HQ0A 3OCGA 3ZO2A 1JVPP 1XH7A 2GS2A 1OL6A 2B9HA 3FMEA 3DTWA 5KMKA 4I24A 4QP9A 3MSSA 4CV8A 5BVFA 1DM2A 1OIRA 2B53A 4PUZA 4XYFA 5DEYA 4AOJA 2GU8A 3OROA 3LQ8A 3R22A 3QZGA 3BCEA 4TKSA 3FZOA 5HIBA 3RK5A 3UIMA 4HGLA 5GJGA 3UOJA 3DJ7A 4AW0A 5CEPA 3RNYA 5E8VA 1H25A 3FKLA 5CALA 2HY81 3O8UA 4EOKA 4OTFA 3C13A 4RVLA 3FLNC 5AP0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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