3DPKA

Cfms tyrosine kinase in complex with a pyridopyrimidinone inhibitor
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
312
structure length
279
Chain Sequence
VRWKIIESSYTFIDPYNEKWEFPRNNLQFGKTLGAGAFGKVVEATAFGLGAVLKVAVKMLKSTAHADEKEALMSELKIMSHLGQHENIVNLLGACTHGGPVLVITEYCCYGDLLNFLRRQLSSRDLLHFSSQVAQGMAFLASKNCIHRDVAARNVLLTNGHVAKIGDFGLARDIMNDSNYIVRLPVKWMAPESIFDCVYTVQSDVWSYGILLWEIFSLGLNPYPGILVNSKFYKLVKDGYQMAQPAFAPKNIYSIMQACWALEPTHRPTFQQICSFLQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Pyrido[2,3-d]pyrimidin-5-ones: a novel class of antiinflammatory macrophage colony-stimulating factor-1 receptor inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor, Fibroblast
total genus 86
structure length 279
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2008-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dpkA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dpkA01
1FMKA 3QTUA 4AN3A 4EC8A 2PUNA 3ZM4A 3U9CA 3KRLA 3DCVA 1LUFA 3HDMA 1A9UA 5DPVA 3JR1A 3RAWA 2UZLA 3Q2JA 2QOLA 2XNOA 2BHEA 4EK4A 5C8NA 4PWNA 1SVEA 2WFYA 3E88A 3JXWA 2XNMA 3WZKA 1HCLA 4E5BA 4GS6A 3PPZA 3R28A 2R0IA 4BC6A 4D2PA 4WRGA 4D4SA 4ENYA 1WZYA 2OH0E 4YO4A 4U9AA 1GNGA 4EOMA 4LL0A 4NM0A 4RA4A 1OIYA 4I93A 4D0WA 4QTDA 5ETCA 2R3HA 4D2WA 2B9IA 1PXNA 3CLYA 4U3YA 4BI0A 3VS1A 1SMHA 3PSDA 5I3OA 3ZEPA 5CEPA 4U79A 1JAMA 3FMMA 4YHTA 4J1RA 5C4LA 4O2PA 2VX1A 3MH0A 3QQGA 1Q61A 4I0SA 3PA3A 1PHKA 2F7ZE 4JLCA 1WMKA 3PIYA 2EUFB 4AZTA 2B9JA 4F6UA 4TKSA 5GZ8A 4FZDB 2X7OA 4FKSA 4RX7A 4RBLA 3GCQA 4FZ6A 3UG1A 3ZRKA 2C0TA 5AUXA 4BCJA 2A2AA 4XLVA 1YOMA 4MHAA 4WSYA 3BCEA 2X8DA 3FY0A 1PXJA 3KXXA 3QF9A 5E8XA 2KULA 4IAKA 3A7IA 3BWJA 3CP9A 4KS8A 3QLGA 4GW8A 3ZM9A 4PPAA 1IA8A 1UKHA 3AT2A 5CU0A 3F3ZA 3UO6A 4J98A 2W5AA 5EI8A 4O7ZA 5F95A 3NX8A 1UU3A 2R7IA 4U42A 3R9OA 4CRLA 2X39A 4XV9A 3KK8A 3WIKA 5LCKA 4ITIA 4AF3A 4FUXA 3JS2A 3OCBA 3H0YA 5B2MA 3OTUA 3FI3A 4OTRA 4Q9ZA 5AP1A 4F70A 4QPSA 2XYNA 3V3VA 1SNXA 5FTQA 3SHEA 3ACJA 4IB5A 3QRUA 4XJ0A 4R8QA 3GENA 3TNIA 3ZMMA 4AGCA 3VBWA 2F2CB 2UZTA 4A06A 4DFUA 4FUYA 2QKRA 3DTCA 3VUIA 3R7EA 2GQRA 3BV3A 4ACMA 3OVVA 3C5IA 3N4TA 1OKYA 3LFQA 4BI1A 3VRZA 4O0VA 4FKVA 3C5UA 3KXGA 2DWBA 3Q96A 1FPUA 1P14A 2JDVA 3PXYA 2PVMA 2IVVA 5AAEA 3LMIA 3PSBA 3QCXA 3RGFA 4FL3A 3TTJA 4YU2A 2Q83A 3HV7A 2RG5A 4CLIA 4DH3A 3R9RA 2RG6A 5CAPA 4GJ2A 4CVAA 4BCKA 3QC4A 2XZSA 4HGLA 4I3ZA 5LVMA 2XIZA 3R7YA 3LJ0A 4BYJA 3W18A 5KX8A 1XH6A 3IW4A 4F1TA 3QD4A 3UQGA 3C4ZA 5IQAA 4N0SA 5TKDA 3K2LA 3R7IA 1Q97A 5IQCA 1UU8A 2OIDA 4FKLA 3UQFA 2A1AB 1ZYJA 3OWLA 3LFBA 4F7SA 3OEFX 3H9FA 2ETMA 5CEQA 2J0LA 2OXYA 3EWHA 3ET7A 3PG3A 4O2ZA 1JNKA 4XV3A 4GMYA 3TV4A 3ZSGA 2I0VA 4OBOA 3VVHA 3FMLA 5AUTA 2F57A 3LXPA 3MY1A 3ZZWA 2E2BA 2V7OA 4XX9A 4TWNA 3VBVA 4FTTA 3ZO1A 4D4VA 4ERWA 5J7HA 3PJCA 5K0XA 3GBZA 1W8CA 4FG7A 2PMLX 2QO2A 2WTCA 2C47A 3ORPA 4G3EA 4PY1A 4CFNA 3B2WA 3OFMA 1GOLA 4NZWB 3DBDA 2HWOA 4F4PA 3QBNA 1YQJA 4YTFA 4AA5A 4I92A 4JAJA 5HG5A 5EDPA 4CCUA 5HLNA 3F9NA 5LCJA 2ERKA 3E5AA 3D5VA 3EN9A 4OTWA 3UOLA 3NUNA 3F7WA 4M8TA 1Y6BA 4OTHA 1WBSA 3RHXA 2QO7A 4ONAA 4C4EA 3H4JA 2HIWA 3CGOA 2Y6OA 2Z02A 1ZYSA 4MK0A 4G9RA 4V01A 1IASA 5TT7A 4WBBB 1Q24A 4IM0A 5EDQA 3VS0A 1G8AA 5JKGA 1KE7A 2OLCA 3NGAA 3P78A 2J0KA 3HMNA 5TE0A 4QQJA 2WU6A 4X7QA 3QFVA 3G0EA 3KU2A 4L52A 3R01A 4JAIA 3DJ7A 2X7FA 2YJRA 3OBGA 3ORNA 3MFTA 3E7OA 4FV1A 3VBTA 2JIUA 3W2QA 4ZZNA 2ETKA 2ITVA 1MRYA 3QRTA 3K3IA 2QKWB 5JRSA 2RFSA 1DAWA 4XUFA 1PMEA 1LEWA 5CNNA 4KIKA 5HD4A 3NWWA 4J71A 2W1CA 4OAUC 3BGPA 3K54A 4AW2A 3S95A 5BVWA 5HX6A 3EQDA 4I21A 3Q6UA 4XG2A 3L8SA 5DRDA 1V1KA 2QOIA 1ZYCA 2UZNA 2HCKA 3NUUA 4FTOA 4DCEA 1VR2A 4IC7A 2C3IB 4UYAA 4YTHA 1VEBA 4FL1A 4S32A 4BFMA 1YWRA 3TL8A 3DT1A 2PSQA 2C5NA 3VS5A 4YJQA 4JDIA 2I0YA 4NYEA 3IW5A 4JDHA 3DK7A 4RJ7A 2C6OA 4PF4A 1OKVA 2XKFA 4TWCA 4ZSJA 5HG7A 5D7VA 3W2SA 5M53A 3PP1A 2BFYA 2DYLA 3OEZA 2W1ZA 3EZRA 3BHYA 3BU6A 4D58A 2HELA 5JZJA 5ANEA 4H05A 2H9VA 3KVXA 3MTLA 4FV3A 4O0WA 4HCVA 3ZCLA 4BIBA 2R3QA 2C6EA 1YOLA 2WTKB 3DOGA 2HZIA 3OG7A 3QTIA 4O0RA 3VUDA 3MIYA 1XH4A 2B53A 2BTRA 3LPBA 3TZ8A 5CASA 4BCFA 2O0UA 4M97A 3QTQA 4MF0A 4U7ZA 2F2UA 3QRIA 3ZBXA 4CD0A 4JX7A 5AAFA 4UEUA 4W4WA 5M57A 3V8WA 4DEEA 4ASDA 5CU6A 5EG3A 3RAKA 4MD8E 2ZOQA 2DS1A 4AACA 3VNTA 4L67A 2F7XE 4HW7A 3RI1A 1H1WA 4G6LA 4X6QC 5ITAA 5JFSA 2OIBA 4IWPA 4DGNA 3ZTXA 3FZ1A 2WTIA 4G9CA 5L2QA 4BKYA 5HNBA 4F65A 4CMUA 3C1XA 3LCOA 4APCA 1V0PA 4EOLA 3UG2A 1OKZA 4K0YA 2GNIA 4KNBA 2C0OA 4BDGA 4IDTA 4PMPA 4UZHA 3KGAA 4FVQA 4KBAA 5CX9A 4QT1A 3G51A 3FZSA 4FT5A 5HO7A 4IAIA 3UNJA 4AN9A 5CF6A 2HZ4A 3ZUTA 1W7HA 4R3CA 3BLRA 4FSNA 1JVPP 4C61A 3AG9A 2C3JA 5CEMA 4JNWA 5L8KA 1ZZLA 3NYVA 3F3VA 4TXCA 2BKKA 2YN8A 4FKGA 3FL5A 3ZXTA 2CMWA 3PJ1A 3EJ1A 4RIOA 5GJDA 3FMKA 2R3RA 4UALA 4XYFA 1YXUA 4F1MA 1OBGA 4FZAB 5L2IA 3I0OA 1L8TA 2FSTX 3DAKA 3MBLA 3ID6C 4NFMA 2WELA 4FKWA 3RCJA 3MV5A 5D10A 2JFMA 2IWIA 2CKOA 5IQIA 1H26A 1A48A 3DQXA 4H36A 3SVVA 3TZ7A 4OR5A 4JOAA 2PZRA 4N4SA 4NM7A 3R63A 2VO6A 2XH5A 3KRJA 3NUAA 3ZEWA 3BYSA 3NUPA 1Y57A 5IUHA 4EUTA 4TYEA 2Y8OA 3FMHA 3L9MA 4MVFA 5EYMA 2J9MA 2O5KA 4CFWA 3W8LA 4DH8A 4PNIA 3MYGA 5KKRB 3DXPA 4U6RA 4WNOA 3DBEA 4QP2A 2OH4A 3ULIA 3HV6A 3SD0A 1OL6A 3EQPA 4I6BA 4QMVA 3CY3A 4C8BA 3E87A 4E4NA 4D2VA 1ZARA 3KXMA 4J97A 2A19B 3RBWA 2ZAZA 2WAJA 4I6FA 4QQCA 3PSCA 1A06A 4X6RA 5BVKA 1H1QA 3M42A 3OWKA 3R00A 1MRVA 5BMSA 3KK9A 4QRCA 3W8QA 5AX9A 3QQLA 2J2IB 3RK9A 3A7JA 3ZRMA 3HMMA 5E8WA 4DITA 3Q04A 5D1JA 4R6VA 2R3NA 2FA2A 4PL4A 3SX9A 2ITYA 3F2AA 4MXZA 4YPSA 2DUVA 3KULB 4C4FA 3DAEA 2XA4A 3AC1A 3BE2A 4FEXA 4B8LA 1JSUA 4L8MA 3RCDA 2O2UA 3R8LA 1O6KA 4EKLA 2O64A 3FHRA 4IVAA 3B8RA 4EQUA 5DBXA 5HKMA 2ACXA 2PVYA 2R3OA 1KV1A 4BHNA 3DK6A 1ZMVA 3AT3A 2R9SA 4Q2AA 1PXMA 2VGOA 5FLFA 5DMZA 5FTOA 2C1AA 4BF2A 2IW9A 1OL5A 4QNYA 3PTGA 2VAGA 5AUZA 5HE1A 3T8OA 3WZEA 4F0IA 4F6SA 4G3GA 5CF8A 5LMKA 5AV0A 5E8VA 4J52A 4CYJA 2E9OA 3C4FA 4RIWB 3VIDA 4BY9E 4I4EA 5K4JA 2JBOA 4C3FA 2GCDA 3R30A 3GC7A 3MSSA 3R2BA 2BAQA 3CBLA 5IQFA 3EQHA 3Q4UA 3IGOA 3PXKA 2YM7A 3SC1A 2OKRA 1PY5A 4KWPA 3BHUA 4HCUA 2ZM4A 2YABA 2IG7A 4L44A 5BNJA 4JX3A 4RIYB 5HESA 5CAVA 1JBPE 5IDNA 4B9DA 2FB8A 3UIMA 3WE8A 4J53A 4F08A 2QG5A 2CNVA 3THBA 1FQ1B 4DGLC 4LOOA 3R8MA 3VS7A 5HICA 4KKEA 3FBVA 3PJ2A 3EYHA 2UVXA 3TKUA 5JGBA 5C9CA 1ATPE 1J3HA 4J8MA 1NW1A 3R8ZA 3VBYA 4CLJA 2QOQA 4RIWA 1FVVA 5M07A 5DOSA 1U46A 1FBNA 4ZIMA 4QP1A 2GS6A 4IZYA 3HLLA 5I9WA 5DT3A 3CKXA 3V51A 2X1NA 4I4FA 2YCRA 2OGVA 3QKLA 4L01A 4Y73A 4G31A 3QA0A 2C3LA 2JEDA 4FMQA 1X8BA 3E62A 2QU5A 5CZIA 4RIYA 4B8MA 4G3CA 4RWIA 4YJOA 4BDFA 2C1BA 3C0IA 3UC4A 5DIAA 5C8KA 5I0BA 1TVOA 1UWHA 2EB2A 3HX4A 4PV0A 4WG4A 3R0TA 3PLSA 3G6GA 1F5QA 5KE0A 3E8NA 3U87A 3V5TA 1S9IA 2VGPA 3C9WA 3OS3A 3GC0A 4YSJA 4FF8A 5LQFA 3RKBA 3UPXA 3CR0A 3PVUA 5A54A 2VTOA 4MBIA 3VO3A 4YHFA 3BLQA 5AP5A 2PZYA 4PTGA 4CMOA 4QMNA 3KVWA 5HO6A 5AUUA 4FR4A 2GQGA 5D11A 3AC2A 4D55A 2JKKA 3OY1A 2XK4A 4BR3A 5AR2A 4KBCA 5L8JA 3E64A 2O3PA 3AD5A 1V0BA 4AP7A 4D2TA 5M51A 1Q5KA 4IVDA 5DEYA 1WAKA 2JDRA 3EKKA 3I0QA 4XS2A 3FMNA 4D28A 3Q9XA 2WQNA 4QQ5A 2AUHA 3AGMA 5E1SA 4EOJA 4CFXA 4PTCA 1CSNA 3UIBA 2OJGA 3VC4A 3BEAA 2QC6A 4G17A 2E9UA 4K6ZA 5AM6A 2A4LA 2YM5A 3FE3A 4ZTQA 5IEYA 3EQCA 3QYZA 3MPMA 3QZGA 4WKQA 2VN9A 2HOGA 4MCVA 5K3YA 2XK6A 3WZDA 2WD1A 2BDWA 4QP6A 3PWYA 1L3RE 3LQ5A 4KABA 5E8YA 4WA9A 5EI6A 3REPA 3TZMA 1SYKA 1KSWA 1TQPA 4FT3A 3TN8A 3VS2A 4LL5A 4HVGA 1H08A 4YR8A 3A61A 4USFA 4K2RA 2HY0A 4XV1A 4YJSA 5AR7A 3F2RA 2W4OA 2JKQA 4C34A 4YC8A 5CEOA 2VTHA 4FL2A 5FEEA 2JIVA 4O82A 3RZBA 4RT7A 1KE9A 5E92A 5J8IA 4IZAA 3HNGA 1ZWSA 4AZEA 1H0WA 1YHVA 2CKEA 2XNPA 4YP8A 2WQBA 2R5TA 1Q4LA 2QR7A 4UMPA 4ZSAA 3I81A 2XJ2A 5AR4A 2XK8A 1CM8A 2B55A 4EKKA 4R5YA 4QQTA 1J91A 2GU8A 1SVHA 2JITA 3OF0A 3A2CA 1YW2A 2IO6A 3MJ1A 4IE9A 2OK1A 2VRXA 3DGKA 4LV8A 4GH2A 3D7TB 2GTNA 4W9WA 3OWJA 3H9OA 3OOMA 4JQEA 3RALA 3C0GA 3IONA 1NT2A 4RQKA 1BMKA 3ZSIA 2C6MA 2W5HA 3KCKA 3NPCA 4PMTA 4QP3A 5J5SA 1VYWA 5A4EA 3VUMA 5KMLA 3DKGA 3MB7A 1M14A 2PZIA 4FIHA 5FP5A 1XO2B 4QYFA 3IDCA 1I09A 4YJNA 3AMBA 2WNTA 3HVCA 5M09A 4YSMA 4GUBA 4MH7A 3A7GA 5A4LA 4TYHB 2BRBA 3R2YA 4D4YA 4FSYA 4YHJA 2CLXA 4E20A 3FQSA 1E1XA 3JVRA 1BL6A 4JVGA 4FSRA 3MJ2A 1W98A 2G9XA 3F6XA 2XK9A 5EW3A 4W4XA 4AT5A 1JSTA 4WG5A 3ZZEA 3LKMA 1XJDA 4A9UA 4K1BA 3QTXA 2C6LA 3AC8A 1GZOA 4E5AX 1Q8WA 4IZ5A 3B8QA 3HEGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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