3EFKA

Structure of c-met with pyrimidone inhibitor 50
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
298
structure length
276
Chain Sequence
DLSALNPELVQAVQHVVIGPSSLIVHFNEVIGRGHFGCVYHGTLLDNDGKKIHCAVKSLNRITDIGEVSQFLTEGIIMKDFSHPNVLSLLGICLRSEGSPLVVLPYMKHGDLRNFIRNETHNPTVKDLIGFGLQVAKGMKYLASKKFVHRDLAARNCMLDEKFTVKVADFPVKWMALESLQTQKFTTKSDVWSFGVLLWELMTRGAPPYPDVNTFDITVYLLQGRRLLQPEYCPDPLYEVMLKCWHPKAEMRPSFSELVSRISAIFSTFIGEHYVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design, synthesis, and biological evaluation of potent c-Met inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Hepatocyte growth factor receptor
total genus 86
structure length 276
sequence length 298
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2008-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3efkA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3efkA01
3WF9A 5IQHA 4X0MA 5GJGA 3D7TA 3SOCA 4WSQA 1ZOHA 4YO6A 4FKQA 3UO5A 4X21A 1CKJA 5CT7A 2H9VA 3I4BA 4AZVA 5M56A 1ZZLA 4TYHB 3G0EA 1GZNA 3DKGA 4G5PA 1GNGA 1Y57A 1H26A 3HMMA 4ITIA 1URWA 1U4DA 3QF9A 4G3FA 3PPJA 3TDWA 4FV8A 4XV9A 4F0IA 1U5RA 5AIKA 4FV5A 3ZFXA 4I20A 4CEGA 2ZM1A 3FQHA 3NW6A 4JS8A 3PJ3A 5M44A 1QCFA 1DM2A 2PVNA 3BU3A 4RX8A 3VBYA 1VEBA 1KV2A 2XBJA 5CAOA 3P79A 1ERKA 4LG4A 4QTDA 4QMYA 4HGSA 4JDHA 3LE6A 1JKKA 4EI4A 4BBMA 5EYKA 1YOJA 2UW6A 1WAKA 2PWLA 2YIRA 3QLFA 3QTXA 4PDSA 5DNRA 4O0YA 4U3ZA 2A0CX 1OITA 3KFAA 3GVUA 2XEZA 4QYYA 4ANQA 3BLHA 2JDOA 2ITNA 2QO7A 3GOKA 4GKHA 4AFEA 4L3PA 4HPTE 4U7ZA 1P4FA 3ZTXA 5CVGA 4CXAA 4RG0A 4RX5A 2YWPA 3H30A 5J87A 3R7OA 4YZBA 1Q62A 5BUIA 1B39A 4JX3A 1BKXA 2GCDA 4E26A 3FDNA 5TOZA 4O6LA 4X2GA 1UNGA 3PSDA 4XG8A 3ZEWA 2X8IA 2W5BA 3RKBA 3NZ0A 4U42A 4DCAA 3OY3A 5EOLA 2QCSA 3UOLA 3E87A 4YSMA 5DHJA 4ANBA 4EORA 2BTRA 4LV8A 4I5CA 3ORXA 4LGGA 4BCIA 1E1VA 2G2HA 3PLSA 2XK4A 1P5EA 1PXKA 4M68A 4WO5A 2X2LA 5AUZA 2X9FA 3ZONA 4IQ6A 3HDMA 4CLIA 3GXLA 3KXNA 4MBJA 2PVLA 5EQPA 4X3FC 4S31A 2PYWA 3A61A 4JRNA 4GK4A 3RP9A 4ZJJA 1BMKA 1V1KA 3CPCA 3COMA 4JG8A 2GHMA 1A06A 1XBCA 3UDBA 3FPMA 3MN3A 4DAWA 4O82A 3NCGA 2XUUA 4R77A 4BIEA 3UGCA 4BDBA 4P90A 3BWJA 4C57A 2GNLA 3CLYA 1XH9A 1IAJA 3KRXA 3RK9A 4GJ3A 2R0UA 4X3FB 4C0TA 3LCKA 3R6XA 2ZM4A 4QP8A 2PVRA 3WYYA 2HELA 2HWOA 3F5XA 4XEYA 3HNGA 5BYLA 2ITOA 2HYYA 2V22A 2QOIA 4FV1A 4CRSA 4F9WA 4NFNA 5HTCA 5FUTA 1T45A 4H1MA 4FVPA 3LHJA 3AG9A 3TTJA 4D28A 2WMTA 3U51A 2VN9A 2YHVA 2GNJA 3NLBA 4AW5A 4M97A 4CV9A 4O81A 4CKJA 2R7BA 3TV6A 1H07A 2V62A 3S4QA 2PVFA 4RZWA 3U9CA 4R3CA 4EH2A 1BLXA 3I7BA 1CMKE 5H9BA 4O7LA 4D58A 1OIRA 4BI2A 5J7BA 4H05A 4K6ZA 2OJFE 2ZVAA 4J99A 3ZBFA 1Y8YA 5FXSA 3MVJA 3MY1A 3P86A 1FVVA 4EYMA 5J7HA 4FIGA 2E9UA 4FL3A 4YPSA 2QOKA 3FE3A 4FIJA 3PFQA 3BHVA 3L9MA 3QKLA 3FMKA 4DFZE 4NJDA 3UO6A 1R0PA 2IO6A 3C4CA 4I3ZA 3ZXZA 3V5WA 1UV5A 2Y4IC 3NUNA 2B4SB 2J0JA 2JIVA 2Z2WA 2ETKA 1J1CA 2PY3A 2W1ZA 4OTPA 3EFKA 4MYGA 4UZHA 1KE8A 2PMOX 4PY1A 5DWRA 3RCDA 3A60A 3GCVA 3SW4A 1JKLA 2R3JA 5E8UA 2JITA 4EH3A 4ORKA 5BUEA 4BY9E 4GK3A 3LM0A 3E92A 2WMRA 4FIFA 5HBEA 4ANLA 3P78A 5C8KA 5IDPA 2IVSA 4C02A 1T46A 3KU2A 2Y4IB 1OIUA 3DBCA 1ZLTA 4BCPA 4C61A 3PUPA 1ZMUA 4G3EA 5BVWA 4FGBA 2JDVA 2ZMDA 5B0XA 3RM6A 2VWIA 3DGKA 4MD7E 4Y8DA 3QA8A 5EM8A 4AXAA 1KUTA 4LGHA 4HVDA 4AE6A 1GAGA 3FZPA 5EYDA 4UMPA 1XH5A 3OHTA 2FSTX 4GVAA 4DBXA 3WIKA 2OK1A 5AP2A 4FTNA 3JYAA 2IZSA 3GP0A 3QTQA 3UZPA 4BB4A 5AUTA 3LMHA 3ZMMA 4TWCA 4B0GA 3V5JA 2F49A 3AMAA 2XKCA 2EXCX 3MY0A 5F4NA 4UYNA 1WBVA 4ZTSA 3F3WA 1X8BA 5CEIA 5F95A 4FNYA 4BR3A 5KMJA 2XK9A 4HCVA 4Z7GA 1GY3A 2HENA 2J0IA 2C3JA 2XS0A 3AXWA 4NIFA 3CJFA 2P3GX 3DV3A 5EM5A 1PW2A 2BKZA 4I41A 3ZRKA 3HRBA 1OI9A 2VTOA 3NNVA 5DR9A 4NM3A 4QRCA 5HBHA 4Z16A 1OUYA 4UZDA 2EB3A 3R1SA 4MBIA 5C03A 5CT0A 3W2SA 2JLDA 3EQRA 4FVQA 3NX8A 5F1ZA 5CALA 4RX7A 5LWNA 4OAUC 3H0YA 4M67A 3V5LA 1OL1A 4CYJA 3OT8A 2P0CA 4RJ4A 3BU5A 4NFMA 2WQOA 3FMEA 1W8CA 4FGRA 3KB7A 2XKEA 3EKKA 4FYOA 2P4IA 3GGFA 4GUBA 3G15A 5AWMA 3DB8A 2QU6A 4I92A 4QMOA 4OR5A 2GTMA 2OIDA 4HYSA 3R9DA 1RW8A 3KK8A 3MY5A 5GZAA 1A48A 2X39A 2YJSA 2E2BA 4G9CA 3W2CA 3ZM4A 3U6JA 1H25A 3EQIA 4PX6A 4DEEA 4BHNA 4IAIA 5JZJA 3VRYA 5HLPA 4FR4A 4IMYA 2FSOX 5IH5A 3OOGA 3QCYA 4I6HA 4RFMA 1QPCA 2RL5A 4K0YA 4LRMA 5CX9A 4AZSA 4XLVA 2NNWB 5GINE 2W17A 5DBXA 3TKIA 4A06A 4UALA 3K5VA 4A9YA 5LMKA 3QXPA 5I9XA 4JRVA 1TKIA 3F69A 3VQHA 5BVOA 3PXYA 3QCXA 3VUHA 4CRLA 3W8QA 3IW8A 4UWYA 3PYYA 5CZIA 5IUHA 2ERKA 4FF8A 2UW7A 4YLKA 1H24A 4JQEA 1IR3A 3O50A 4FSTA 5LJJA 5DE2A 5EI8A 2YAKA 4M66A 2PHKA 1PJKA 4L42A 1IA9A 2X0GA 5J9YA 4Y46A 4UXLA 5HIEA 5JGDA 4Y95A 4NYEA 4FVRA 2W7XA 5HCZA 4GMYA 2OGVA 3CD8A 3MS9A 4KSPA 4UWCA 4IX6A 5IMXA 3I0QA 3SA0A 4EOLA 4KIOA 2Z7SA 3PA3A 4XS2A 2YIQA 4QP2A 3MH3A 4BF2A 4EH6A 2QQ7A 4FV3A 2UW3A 4DEDA 4NWMA 3RWPA 4DHFA 4DH8A 3QUPA 4I0TA 4NTSA 5B2KA 2VO0A 3TN8A 2W9FB 1Y8GA 5JQ8A 2WQBA 1AD5A 3OG7A 2WTIA 2XCHA 4CMUA 3Q04A 4XV3A 4EOKA 3GU6A 2CKQA 2E9OA 4DG3E 3KVXA 4K9YA 4O7TA 3VRZA 3F5PA 4DFBA 2G1TA 3GC8A 4PF4A 3P23A 2R0IA 3B2WA 3IW5A 3V04A 4X2KA 4AA0A 4MCVA 4PDPA 4ZY5A 3OBJA 2R3KA 3KN6A 4MWHA 3BHYA 4J53A 3HA6A 4WD5A 5AV0A 5DLSA 4IDVA 4BDJA 3ENMA 4USFA 1Z57A 4QPSA 5AAFA 4AGCA 5IPJA 4QYHA 5L2QA 3SRVB 1MRYA 1KE5A 3CTJA 4PWNA 4TYGA 4MWIA 4S30A 2YCRA 3RALA 3UZTA 4E5BA 3I0OA 3ZC5A 4O22A 3TIZA 3GCQA 2PK9A 4RIWB 4K77A 4G5JA 1VYZA 4YHFA 5DRBA 4BDIA 2QHMA 2WNTA 1M52A 3PSCA 3R02A 4KD1A 4K1BA 4A4LA 5DR2A 3H9RA 3W2RA 1TQPA 5AUXA 1BX6A 2GQGA 3AMBA 3KKVA 4Z7HA 2YCFA 5CEOA 4AP7A 5E9EA 3D7ZA 5FEDA 4FYNA 2XIXA 4OBOA 3HV4A 4PQNA 1FOTA 4UYAA 5IU2A 5KE0A 4M7IA 2BCJA 3R28A 4IZYA 4OTFA 4LI5A 5GZ9A 4D4VA 3HMNA 1IA8A 4QMVA 4FV2A 3ZUVA 2O65A 3TZ7A 4YZDA 2BRMA 2G15A 4B8LA 3CQUA 2IW6A 4GRBA 4EL9A 4F6UA 4CVAA 5FP6A 2GS7A 3BLRA 3S2PA 1FINA 2BFYA 3HMIA 5LARA 3VS5A 3L8VA 3BGPA 3BQRA 4RMZA 4UMQA 4OGRA 4BCNA 3FYJX 4Q2AA 4TPTA 2BALA 4AGWA 4WG4A 3UVQA 3A2CA 3MFTA 1K9AA 2O63A 2RFSA 2C0IA 3BCEA 3MIYA 2H8HA 2W1GA 3C0IA 4AGUA 5JEBA 4J95A 3TG1A 4KSQA 4R7BA 4B99A 3PLAE 4HGTA 3QD3A 4OBQA 5KKRC 2ITQA 5A6NA 5JRQA 4YZNA 5E8WA 4CT2A 4EHEA 5HOAA 4CKRA 5HCXA 3I1AA 3QRKA 4TNDA 1JAMA 2DQ7X 4XMOA 4XRLA 1BI8A 3RPRA 1M2PA 5CVHA 3WILA 5LWMA 4IACA 4NUSA 4YJNA 4ANOA 3TI1A 4OTWA 1PXIA 5E8XA 3VUIA 4IB3A 4QMSA 1H8FA 3WI6A 3KMUA 4ZTNA 4R7HA 4AF3A 2HCKA 4AW0A 1QPEA 2X81A 2B52A 5FEQA 3UIUA 4TZRA 4W4YA 2VTIA 5EW9A 4P4CA 3OUNB 3HZTA 2CCIA 2C6IA 3VVHA 3OMVA 5FEEA 5KKRB 1G5SA 5BNJA 3ZS5A 3A8WA 5CU3A 4Y5QA 4DEBA 4IC7A 5AR4A 4EZ7A 1UNHA 3P0MA 5HVJA 4EC8A 4FSYA 4BVUA 3HDNA 4D1SA 4ZMEA 3R8LA 5C26A 4YR8A 2VWXA 5IA2A 5IEYA 4H3PA 3C51A 4BDAA 4MQ2A 2I1MA 2I0VA 3CP9A 3PZEA 3B2TA 1OKWA 2JBOA 1FGKA 3O0GA 2VWYA 4QP6A 4YMJA 4BTKA 1U46A 4W4WA 2VV9A 3QD4A 4CYIA 4L00A 3SW7A 1Q3WA 4FKJA 2JAVA 2CLQA 3NAXA 3EQPA 5HBJA 4FZ6A 3BGZA 5ICPA 3ORIA 3DA6A 5CTPA 5KMOA 1J91A 1Q97A 3HRFA 3QZFA 2OKRA 3D7TB 4FKWA 4TRLA 3TM0A 2UVZA 4L3JA 4RIXA 3LJ2A 1E1XA 4XJ0A 5A14A 3W8LA 5IMEA 2JKMA 5CEPA 4BYJA 2QD9A 2RGPA 3I5ZA 2R3MA 4OAVB 2XYNA 2YLEA 3CPBA 3FY2A 3G2FA 4RVMA 4C33A 4RQVA 1XBAA 3GU4A 2G9XA 5E91A 5EYMA 5EK7A 4I0RA 1W84A 3ETAA 3E63A 3R7VA 3ULZA 4AWIA 5AR2A 4HYUA 1F3MC 3GCUA 4GEOA 4X6RA 1J3HA 3LOKA 3EQCA 3GC9A 3LPBA 2YM3A 2BIYA 4N0SA 3HP2A 4KBCA 4FG9A 4X2FA 1V0BA 3O96A 3T3UA 4AGDA 2V0DA 2HY0A 3KN5A 5KHWA 4UX9A 2BZJA 3FUPA 3PJ8A 4AW1A 4WOVA 1QL6A 4FSWA 5IG1A 3FKOA 5HE3A 2PVJA 3UNJA 3TDVA 2F57A 4JQ7A 4A4XA 2O5KA 1JBPE 5FWKK 1NW1A 3NGAA 4BGGA 1FGIA 1WVXA 4FKTA 2X1NA 1ZMVA 4IWPA 3Q5ZA 4ZZNA 3MV5A 5AEPA 4CMOA 3ORMA 1P14A 4IM3A 3FWQA 3MWUA 3Q60A 4J8NA 4ZY4A 3O8TA 3DKOA 2R3NA 4O21A 3TJCA 3VS3A 2BRHA 3NYVA 4FC0A 3QQKA 4O0XA 3QYWA 4ACCA 5DT4A 2IZRA 3O7LB 4GSBA 4YTFA 3ROYA 4U43A 3HV7A 4ZEGA 4EZ3A 4I1ZA 3PA5A 3C5UA 3FZOA 2BAJA 2FUMA 4AT5A 2C1AA 3O71A 1U5QA 1IAHA 2BHHA 4FG7A 5HG8A 4YUQA 3BHTA 2P2HA 4ACGA 5HO8A 4LUEA 3AC5A 1YHVA 2UZWE 2QODA 2XJ0A 3KRJA 3DQWA 4NSTA 3QQUA 4ZLZA 5IQBA 1SNUA 4AN3A 3FC1X 3I81A 5A4QA 4X3JA 4ZSGA 4GW8A 4KIKA 4BWKA 4I23A 3LCTA 5HO7A 3A8XA 5CSPA 4AT4A 5J1VA 2PZ5A 3U6HA 1GOLA 2ITYA 5CAQA 3C50A 1CSNA 4XV2A 4CKIA 3BIZA 3LCDA 5IZFA 5KHXA 3F5UA 1APME 3EKNA 4E73A 3UNKA 4NCTA 4P2KA 2ETMA 3ZO3A 2X8EA 5ANJA 5J1WA 3EB0A 2H96A 4UMTA 1JLUE 2C3KA 3TIYA 4DG2E 2ITUA 4LYNA 3SKCA 4DFLA 4AZWA 5HG5A 4MD8E 4RWLA 3LLAA 4JBVA 2CKOA 2WKMA 3OF0A 4EEVA 4KUJA 3N4TA 3FMMA 2QKRA 3UVPA 5IEVA 4EK4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3EN9 A;  5FXR A;  3LZB A;  4R3R A;  4FTM A;  4M8T A;  3VF9 A;  3VO3 A;  3QD2 B;  3DT1 A;  5LCJ A;  3SGC A;  2BDW A;  3F3U A;  4K18 A;  4NM0 A;  5HNB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WF9 A;  5IQH A;  4X0M A;  5GJG A;  3D7T A;  3SOC A;  4WSQ A;  1ZOH A;  4YO6 A;  4FKQ A;  3UO5 A;  3BL7 A;  4X21 A;  1CKJ A;  5CT7 A;  3PFY A;  2H9V A;  3I4B A;  4AZV A;  5M56 A;  1ZZL A;  4TYH B;  3G0E A;  1GZN A;  3DKG A;  4G5P A;  1GNG A;  1Y57 A;  1H26 A;  3HMM A;  4ITI A;  1URW A;  1U4D A;  3QF9 A;  4G3F A;  3PPJ A;  3TDW A;  4FV8 A;  4XV9 A;  4F0I A;  1U5R A;  5AIK A;  4FV5 A;  3ZFX A;  4I20 A;  4CEG A;  2ZM1 A;  3FQH A;  3NW6 A;  4JS8 A;  3PJ3 A;  5M44 A;  1QCF A;  1DM2 A;  2PVN A;  3BU3 A;  4RX8 A;  3VBY A;  2X0O A;  1VEB A;  1KV2 A;  2XBJ A;  5CAO A;  3P79 A;  1G8K A;  1ERK A;  4LG4 A;  4QTD A;  4QMY A;  4HGS A;  4JDH A;  3LE6 A;  1JKK A;  4EI4 A;  4BBM A;  5EYK A;  1YOJ A;  2UW6 A;  1WAK A;  2PWL A;  2YIR A;  3QLF A;  3QTX A;  4PDS A;  5DNR A;  4O0Y A;  4U3Z A;  2A0C X;  1OIT A;  3KFA A;  3GVU A;  2XEZ A;  4QYY A;  4ANQ A;  3BLH A;  2JDO A;  2ITN A;  2QO7 A;  3GOK A;  4GKH A;  4AFE A;  4L3P A;  4HPT E;  4U7Z A;  1P4F A;  3ZTX A;  5CVG A;  4CXA A;  4RG0 A;  4RX5 A;  2YWP A;  3H30 A; 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