3FMKA

P38 kinase crystal structure in complex with 6-(2,4-difluoro-phenoxy)-8-methyl-2-((s)-1-methyl-2-tetrazol-2-yl-ethylamino)-8h-pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
349
structure length
346
Chain Sequence
ERPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLTDDEMTGYVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Discovery of Pamapimod and R1487 as Orally Bioavailable and Highly Selective Inhibitors of p38 Map Kinase
rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase 14
molecule tags Signaling protein, transferase
source organism Homo sapiens
total genus 110
structure length 346
sequence length 349
ec nomenclature ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date 2008-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3fmkA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3fmkA01
3QA0A 4NIFA 4JAIA 4OTQA 3UC3A 4AW0A 2Z7RA 1TQPA 2WTJA 2UZWE 3U9NA 3WF7A 3GQIA 5EHYA 4TYHA 4Z16A 5L2WA 3FI8A 1BX6A 5BYLA 4AN2A 2QOQA 2XK3A 3QHRA 2BDFA 4C36A 3BX5A 3P1AA 1OMWA 5FTQA 4D5KA 3E92A 3ZSGA 3UOKA 4WNMA 3MPAA 3RCJA 4ZY6A 1J1CA 4DLJA 2YM3A 4EH3A 3CS9A 3O23A 2WD1A 2ZDUA 4BGHA 2PZ5A 5EDRA 4I3ZA 3TKUA 3MFUA 2ONLA 2F7EE 4PL5A 5HG5A 3PXRA 4GS6A 5JK3A 3KN6A 4HVHA 2GHMA 5D41A 3PYYA 4X7QA 4NM0A 2JDSA 3F5UA 4M67A 4TYJA 5L2QA 4BDDA 3FLWA 2GQSA 4AN9A 2OG8A 4ASXA 3F6XA 4DE4A 4BWKA 3OOGA 3TG1A 3OWKA 3ATSA 4EK4A 5LMAA 2WQNA 4GVAA 4GK2A 4F9WA 4APCA 5J9LA 2VN9A 3KULA 1H27A 3C9WA 5FTOA 4EK3A 1Y6AA 3IKAA 4MWHA 4BFMA 3DKCA 3TKHA 3R1QA 4AFEA 3KMUA 4I22A 1WVXA 5EQPA 1J1BA 3C4ZA 4BDFA 3BHUA 1ZAOA 4RC4A 3NLBA 1UKHA 4ZLZA 5AADA 1R0PA 4R3CA 3KRXA 3AD5A 4Y73A 4MNFA 3ENHA 4XMOA 2FB8A 2PVNA 3CQWA 2IW6A 4QMMA 2WMSA 5H8EA 5CANA 3BWJA 5JRSA 2QOCA 3QQJA 4I5PA 3JPVA 2OICA 1PXKA 3LCSA 5HIDA 3VJNA 3QZGA 4GFOA 3BQRA 2GTMA 2WOUA 4UZDA 3ZM4A 3QD0A 3A4OX 4U43A 4IX3A 4YZDA 4I94A 3EQRA 3QUEA 3FMJA 1M7NA 4YURA 5HTBA 3IS5A 3DKFA 1JLUE 2ZM1A 3QUDA 2GSFA 3SHEA 2XK9A 5CLPA 1MRVA 4NJ3A 5I9WA 5IA1A 4IB1A 3P0MA 3TV4A 2WMWA 4JX3A 3DK6A 5EI8A 5D7VA 2C68A 3PVBA 3I5NA 3R9RA 2WPAA 1KE5A 3QCYA 3KC3A 2EXCX 3UOJA 5L8KA 4EORA 4RQVA 1P5EA 3D9VA 5AR8A 5KMOA 4WIHA 3MFSA 4GFMA 3FAAA 2C47A 2ITVA 2WMRA 4FI1A 3P78A 4FX3A 2ZV2A 4ZSJA 3VHKA 4NL0A 4BHNA 4FZ6A 4HVGA 2I1MA 3R7GA 4NYEA 1KOBA 3ZLWA 5I9ZA 2X8IA 2R5TA 1R3CA 3L1SA 2JIUA 3SOCA 1Q8UA 3HMMA 4FYNA 3C7QA 2YWPA 3EQPA 4FVRA 4LFIA 1IG1A 4TY1A 5E8VA 4BHZA 4MTAA 4Q5HA 5EOLA 5HLWA 3H30A 4GL9A 1JKSA 1P14A 4WO5A 5D7AA 4RJ5A 3QQHA 5A46A 3PZEA 4P7EA 4TL0A 2JD5A 3E7OA 4HVSA 4UYAA 4EUTA 1JPAA 2W5AA 4L9IA 3JUHA 2WTIA 5E7RA 4DG3E 4ZAUA 1W84A 3VBYA 3NAXA 1ZRZA 5HD4A 4BDIA 1JSTA 2C0TA 3FWQA 1OBGA 1QPJA 4JBQA 5E8SA 4O2PA 5IA4A 3UNKA 2G1TA 1DAWA 4FICA 2XBAA 4IAKA 3H3CA 2BVAA 4KRCA 3RMFA 5JEBA 5KNJA 4RA5A 4FT0A 3BLRA 3EN6A 4K2RA 4A07A 3OWLA 4BRXA 5HLNA 3QLGA 3D2KA 5HBJA 2UW8A 3IDCA 5IEXA 4XG6A 1Y6BA 4QP1A 3ZEWA 3HLLA 4I5HA 4V04A 2UVYA 4F6UA 3QA8A 3OW3A 4CVAA 4R7BA 5JQ8A 3K54A 3DFAA 2WIHA 4ITHA 3FZSA 2IW9A 3DNEA 4I6FA 2X9EA 3EFLA 2J0KA 4X3JA 3KXGA 4FKTA 5FXSA 3R9NA 3JXWA 3EQGA 1YDTE 4O7LA 4ZLYA 3CC6A 4FTUA 3RINA 4I5MA 4GG5A 4RVTA 5C03A 1I09A 2PVRA 4QMSA 3RVGA 2VUWA 2Z2WA 4ZSLA 2B52A 2QU5A 3D15A 5AV3A 3G6HA 2ITZA 4R1YA 3Q32A 3O2MA 4RJ3A 5HI2A 3ZFYA 2VNYA 2PE0A 4QPMA 4D2SA 4O2ZA 4ZTQA 4QT1A 3PFQA 2BAJA 5EQEA 4OT5A 2X9FA 4U9AA 4YZBA 2HY0A 2IVTA 3OXTA 4LOPA 4YC3A 5KBQA 3DTCA 4KRDA 1ZMWA 4O0WA 4ZTRA 2YZLA 5IQIA 4CMUA 3LCDA 4K11A 4MD7E 3LQ5A 3DA6A 4ZMFA 1H1SA 3F7WA 2QOOA 4LMUA 5ANGA 4JG6A 1Y8YA 2QOFA 2C6MA 3QL8A 4UMRA 4CLIA 4QMXA 4AXAA 4BF2A 4FIEA 4AOTA 3S95A 3V5PA 2GNLA 1Q8ZA 3EQFA 2FA2A 4UXQA 5CI7A 4GH2A 3CGOA 4W9WA 2F49A 5DT3A 5BVEA 4ANSA 2PVHA 4C4FA 3WZJA 4FV6A 2A4LA 4QQ5A 5IPJA 3LKMA 3ULZA 2XRUA 3F2AA 2ETMA 4AX8A 3RWPA 4FTAA 4M84A 4O0VA 1AGWA 4DINA 4QOXA 5KMMA 4OAVB 5CEPA 3EJ1A 4RLLA 1JWHA 4NTSA 3GP0A 3VIDA 5AUVA 5M4CA 4U79A 4M0ZA 4DT9A 2ZDTA 2OK1A 1WBSA 2UW9A 3I79A 3CXWA 4YBKA 5BVFA 3DKGA 5AP6A 4AZSA 1NVSA 2OKRA 3GOPA 1VEBA 4AT5A 4M97A 2YHVA 4QP7A 5CZHA 5JSMA 2PL0A 5IA2A 4LGHA 3TZ9A 4NH1A 4Z7HA 4V0GA 4IM3A 2WU7A 5HE0A 3IW7A 2XK4A 3LFFA 2PZIA 4NM7A 3V8TA 4MXYA 3G6GA 3M11A 2YDKA 3S3IA 4F64A 3V6SA 3MVMA 3SQQA 2X1NA 3OCTA 2EB2A 3FMHA 3F3UA 5EH0A 4CEGA 3SXRA 3I4BA 4TTHB 2GHGA 3ZLYA 1JOWB 4PTEA 5H9BA 4CTBA 4C33A 5EKNA 5GIPE 2VWWA 4DG0E 4CLJA 2CKEA 5CENA 4EOMA 3KF4A 3SOAA 3ZFMA 3L8PA 3BGPA 3F5GA 4LYNA 3B2WA 3NYNA 2PE2A 1OL5A 4O86A 5CXHA 4FKUA 5IUHA 4B4LA 3LMGA 2J7TA 1JAMA 2PTKA 4MXXA 4QQTA 3FLQA 4RFMA 3H9FA 3ZO1A 4DC2A 4K77A 4TRLA 2VNWA 1OM1A 3D5XA 5CWZA 1IASA 3HKOA 3OT3A 4C2WA 2RG5A 2GHLA 2BR1A 4S33A 4BIDA 3FLYA 3QZHA 4L00A 2BRHA 5C9CA 3KXHA 4O96A 5EW3A 4I0SA 2H9VA 4BCQA 4FYOA 4USDA 2OF4A 2OU7A 3FKOA 2R3OA 1BUHA 3HUCA 3MN3A 5HICA 4ANNA 3SW7A 3C4CA 3FLZA 4LOQA 3KCFA 3UG2A 2W1DA 2ZV9A 3OG7A 1XBAA 5T6KA 3MH1A 4EKLA 2JDTA 4FIIA 2W05A 4MBIA 5F4NA 3W2OA 4OW8A 4HNIA 3E62A 5CZIA 1OUKA 3ZBFA 4QP8A 2RFSA 4ALUA 4KS7A 2W1GA 2B54A 1IA9A 2XYUA 2A19B 3DV3A 3EMGA 3MB7A 3UOHA 4EQCA 4MD9E 3BHTA 4PPBA 3O0GA 4DITA 3V6RA 4AF3A 1EH4A 4KNBA 4YPSA 4E93A 3ZLSA 3KGAA 5AIRA 2EVAA 4ZMEA 3OEFX 3TNWA 4C38A 4EOOA 5A14A 1YHSA 5IDNA 2R3GA 2W99B 3GC7A 3DJ5A 3T3VA 4C57A 1P2AA 1GZKA 3FC1X 4EK8A 1MRYA 3O50A 3QKKA 4NJDA 3PUPA 1T45A 2P2HA 4QTBA 4MXCA 3RAIA 3W8LA 4E73A 4QP9A 4KBKA 5EW8A 3CY3A 3EIDA 4F7JA 5LVPA 4G3EA 4JDHA 3SRVA 2V7OA 3TNHA 3R28A 4PPAA 4R3PA 2ZV8A 4O1OA 4AE6A 3KK9A 4R7HA 2H6DA 4YJQA 2FVDA 3GBZA 5FXQA 3LFBA 4J7BA 1Q24A 4RQKA 4E4MA 1U5RA 4IDVA 5AP0A 2GQRA 1OKZA 3MS9A 4GIHA 4RBLA 4BGQA 5M55A 1U46A 5E8XA 4BC6A 1FVTA 4AW1A 3REPA 4JG7A 3TUBA 3PXQA 1ATPE 2BZHB 2CN8A 2XMYA 3ENMA 2VWUA 1YXXA 2C5OA 3BYVA 3C4EA 3QZFA 4I6BA 4CFXA 3NMUF 4YNOA 3QQUA 4Q5EA 4D4VA 4RT7A 5CVGA 2QONA 4FKSA 3IDPA 1Q4LA 4G1WA 3G33A 4F9BA 3SLSA 1BL7A 3PJ3A 2OXXA 1XH5A 3UYTA 2X6DA 3ET7A 3QCSA 3DB6A 4JIKA 4GUBA 4YSMA 2PE1A 2YCRA 3FJQE 5E92A 5HORA 2PZRA 4UWYA 4E3CA 1YI4A 3L9PA 2P2IA 3MJ2A 5D12A 3P9JA 1QPCA 4EH6A 2B55A 3R1SA 3K5UA 4JIAA 5IISA 5I9XA 5HBEA 5EQYA 2VU3A 2WQBA 4A4LA 5IEYA 3UPXA 4UMPA 5HX6A 5CAPA 3OVVA 3AC8A 4X6RA 3LJ0A 3RTPA 2UZNA 3IGOA 3GFWA 5M07A 4FT7A 3F5PA 4IB5A 4J99A 1DI8A 3EKNA 5GZ9A 4CQGA 2QLUA 4DF3A 2DYLA 4I21A 4YLJA 5F1ZA 4BIEA 3NSZA 3TACA 1YWVA 1OIUA 5FEEA 4J96A 4XG9A 3FYKX 5AV1A 3OZ6A 5A9UA 1NVRA 4QMPA 5GNKA 1H0WA 1YHWA 4E6CA 1ZYLA 5EM6A 5CF6A 1JVPP 5CQWA 4DFUA 4L6QA 2VO0A 3ZO4A 3V5JA 4WNOA 4FUYA 5EOBA 3IW8A 5EM7A 3VWAA 4A9SA 3WZUA 5IH5A 4C62A 1Y91A 4TZRA 3W2RA 5I4NA 4QO9A 4RWIA 2WNTA 4EYJA 3OXIA 1YWNA 4DGMA 4BTKA 2VTTA 3VC4A 4IVAA 5IQDA 2CLXA 2VTRA 4QMVA 3Q2MA 2BTRA 2P3GX 5HNBA 3NX8A 3RAHA 4JBVA 5AX3A 4CT1A 2UW3A 1SVHA 4FKOA 5LJJA 5FD2A 4L68A 2VTMA 4TYGA 4CV9A 4FG9A 3SA0A 2GQGA 2GU8A 2BRBA 5H3QA 2E9NA 5JQ5A 4AT4A 2UZUE 3ORPA 5J87A 3OC1A 5CF8A 2BPMA 5CVFA 3OROA 3ORZA 4W4YA 5HHWA 1H0VA 4IM0A 4JR7A 4FKIA 4JDIA 2WB8A 2WMTA 3M1SA 4Z7GA 3NS9A 5CXZA 4AOIA 5L4QA 3D7ZA 5ICPA 5L2SA 2PVFA 2OH0E 2X4ZA 2Q0NA 1SMHA 3C1XA 3AT3A 5A4CA 4WUAA 4F08A 3D5UA 3R02A 3HL7A 4IVCA 2B0QA 5IEVA 4IZAA 3RNYA 4EI4A 2IVUA 4DTAA 2OJIA 2RGPA 3HX4A 3I81A 4FTOA 4FV7A 4IVBA 2BIKB 3ANQA 4IX5A 2GCDA 2W1EA 4AGCA 2XNBA 4Y46A 1W0XC 1YXSA 2J51A 3GQLA 3FZPA 4K8AA 3PZHA 4B99A 5J7HA 4V01A 2RSVA 1ZMVA 3R1NA 1SM2A 1QMZA 5K5XA 3OWPA 4II5A 2C3KA 4EC9A 1Z57A 2WXVA 3R83A 1TVOA 1LEZA 3RWQA 5KCVA 5GJDA 2XJ0A 5AR3A 2PUIA 4XLIA 3DOGA 5CSVA 2R9SA 1CTPE 3MSSA 4HYHA 4DH1A 3LAUA 3FY0A 2YDJA 3R7VA 4C2VA 5A4EA 4PNIA 4FKJA 5DR6A 3NAYA 5M44A 4FNZA 3A2CA 4V05A 4IADA 2I40A 1FQ1B 4QYYA 4O7ZA 5HO6A 4D2WA 3QWKA 1HCLA 4RFYA 2PULA 3LCKA 2QHNA 4FV2A 2XNGA 3DK7A 4G5PA 1M2PA 3DZOA 1PXIA 4XV2A 3RK5A 4XRJA 5C8MA 3WIGA 2V55A 5K0XA 2JIVA 3GENA 4H05A 2Y6MA 3DZQA 3DTWA 3NUYA 4BYIA 2IZUA 2OSCA 3QXOA 3PSBA 4AZVA 3VW8A 3QTRA 2BROA 2J0MB 3O71A 4JQ7A 5JH6A 3GU6A 3V5QA 4AZTA 4AGWA 3A7GA 4MBLA 4IC7A 2B9IA 4RX9A 3NVKI 3TWJA 2JEDA 2JKMA 3EH9A 5CNNA 3TNPC 3ZO3A 2Z7LA 2ZV7A 1KE8A 3WF9A 3DAEA 2DS1A 4GT5A 3ZXZA 3UIUA 2C6KA 4GVJA 4QYFA 5FBOA 4AZFA 2HENA 3R7IA 3FMDA 4NFNA 4AWIA 1VYWA 3LJ1A 3T3UA 3ZOSA 4ZXTA 2XIKA 4XG8A 2LAVA 3ZUTA 5CEKA 1CKPA 2YIWA 4TWOA 2PUNA 2X7GA 2BILB 5CT7A 5M53A 2O5KA 4L46A 1BI7A 3U6HA 4GIIA 3R8PA 2ACXA 3CJFA 4LM5A 5DOSA 1O6LA 2B9JA 3R71A 3GU4A 1FGIA 2P33A 3AGLA 1F5QA 3D5VA 3R1YA 3OXZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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