3HRFA

Crystal structure of human pdk1 kinase domain in complex with an allosteric activator bound to the pif-pocket
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
285
structure length
284
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure and allosteric effects of low-molecular-weight activators on the protein kinase PDK1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 86
structure length 284
sequence length 285
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2009-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3hrfA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3hrfA01
3MJ2A 5E8WA 4RX5A 3TTJA 4PPBA 2GHMA 3F69A 3MS9A 5HICA 3RAKA 1T46A 3RI1A 1OUKA 3R1NA 4YPSA 5EYCA 4TYHA 4ZOGA 3FI4A 3OTVA 5HBHA 3BYUA 1BYGA 3TKHA 5JFSA 4IX6A 4BR3A 1JQHA 3F7WA 2FH9A 1X8BA 4GRBA 5LARA 2WTJA 4FUYA 4U9AA 4AA5A 4W4XA 2B55A 2OWBA 4FTRA 5AV0A 2AC5A 3PA3A 4Z55A 4PL5A 3PXFA 4IX4A 3LFAA 5KZ0A 1NVRA 4XG9A 5HESA 3LQ3A 4XX9A 4ZTLA 3EN4A 4APPA 2OXYA 4BDIA 4CSVA 4YZNA 2RF9A 1CKPA 1PMEA 2VO6A 3PIZA 4RX7A 4XJ0A 5D7AA 5AP1A 4J8NA 3FLSA 4AOTA 4BCGA 4BDAA 4EKKA 3I0OA 4XH6A 1U59A 2BDJA 1P2AA 1JBPE 3EQIA 4AP7A 4XHKB 4DGGA 5I5ZA 5CZIA 5HIEA 1TQMA 3D5WA 3R2BA 3N4TA 1AGWA 3VUDA 2WQEA 4B8LA 5JK3A 4MHAA 4EOJA 5EW9A 4G3FA 1UA2A 4CG8A 5KBRA 3I7CA 2RFEA 1SMHA 5I9ZA 3DK7A 1WBNA 3ZTXA 4GU6A 1WZYA 4FV4A 3DKFA 2Z7SA 3F3VA 3EKNA 3G9NA 4O27B 5J9ZA 5E9EA 2IVTA 4PF4A 5LCJA 4QP7A 4JQEA 3MYGA 2UW5A 3P9JA 4FNZA 4A9SA 5CF5A 1Q5KA 3FC2A 2OBJA 4I0RA 2PE0A 4BL1A 3DKOA 4LV5A 3VO3A 2PVFA 3K5VA 3EIDA 4L45A 2ZAZA 4E8AA 1WBWA 2F7ZE 4NCTA 5HG8A 4FSZA 4AN2A 5IQEA 4BCKA 1H08A 5BVKA 4G1WA 5JEBA 4GU9A 4E7WA 4O2ZA 3DFAA 5IA5A 2Z60A 4EOSA 3DDQA 3RNIA 3UIXA 2UVZA 3WZEA 4E4LA 3FDNA 1ZMUA 4IFGA 4LMUA 5IPJA 3V6RA 3GT8A 2X2MA 3FLYA 3GVUA 1YXSA 3CEKA 3FAAA 5I9WA 4ACHA 2HW6A 2A4LA 4YBJA 3TL8A 3WZJA 4K1BA 3ENHA 3JS2A 5IQFA 4XMOA 4AXAA 4QMTA 3EZVA 3QQFA 4II5A 2ZB0A 3NLBA 2EB2A 4C7TA 5FXRA 4PTEA 5AX3A 3RBWA 4HVIA 4ZY4A 4G3DA 3Q4TA 5J5TA 2WOTA 3ACJA 1DM2A 3FXZA 5AR8A 2OXXA 4E93A 4AW2A 4D1SA 1UWHA 4WNPA 1KE6A 5K4IA 4OAUC 2ZJWA 2P55A 4FKIA 4HYUA 4CNHA 5KKRB 4Y72A 3JR1A 5BYZA 4IZAA 1IRKA 4KRCA 3P7AA 2OO8X 3OWKA 2QC6A 2YN8A 1WVWA 3FKOA 2BZJA 3FE3A 4LYNA 1IA8A 3SOAA 1XR1A 3O8UA 2ZDUA 3E62A 5I4NA 4BHZA 5H3QA 3FKLA 3ORLA 4YSJA 3V5PA 5KMLA 5M09A 3SG9A 2C6OA 4QYFA 1P4OA 3LFBA 4RX8A 4ZP5A 3LCTA 3MTLA 4YTHA 5K3YA 4O1OA 3MH1A 1LEZA 4RJ7A 4RWKA 4NCTC 4PMSA 5D7VA 3F5UA 2HY81 2J0IA 2IW8A 4BGQA 4BN1A 4E73A 2JDTA 3GCQA 2UZDA 4AFEA 3MDYA 1J7IA 1A06A 4XLIA 4LMNA 4PX6A 1U46A 3H0YA 3NX8A 4DEAA 1GIIA 4KNBA 4BYJA 3OWLA 2QLQA 1XO2B 1Y91A 5CT0A 4BKZA 4CFFA 5J79A 4GYIA 4LRJA 4F9YA 1QPDA 3R01A 4AG8A 2VWBA 2VTHA 4FICA 4PUZA 3V3VA 1UNHA 3QD3A 4QMPA 3ODZX 3QZGA 3EMGA 3NUUA 5AUWA 3UOLA 2OF2A 1YDTE 3CC6A 2UV2A 4FTAA 4RFYA 5BVEA 4F6SA 3KRXA 3FZOA 4UN0C 2VTOA 1KE5A 1FVRA 5EM5A 4AGUA 4G6OA 4KKEA 4JX7A 2VD5A 2QU6A 2PULA 4DLJA 2EVAA 3R02A 3KULB 4I22A 4NEUA 5CEIA 4QYYA 4HVSA 1LEWA 4GIIA 5JH6A 2J7TA 1UU7A 2UZBA 4WRGA 4EC9A 3NW5A 4AWIA 4HOKA 4KA3A 3MFTA 2BFXA 3UDBA 1Y8YA 4NJDA 3U54A 1VR2A 3ITZA 5HBJA 4IWDA 5HCXA 2A0CX 4QMMA 3FZ1A 4C38A 5C4KA 4FTTA 4FZFB 2C3LA 4QQ5A 5CALA 3CGOA 3EWHA 3FY2A 4IAKA 3GU8A 3RM7A 1OGUA 3W18A 3OZ6A 3OTUA 4ZTSA 3CD8A 4I0SA 2DWBA 4EC8A 5C03A 2C5VA 4IAIA 1H26A 4M84A 2PVYA 5IDPA 4A7CA 3FLQA 2C6EA 4FZDB 2XP2A 1J1BA 1NXKA 3KA0A 4FTUA 4U6RA 3LCKA 5J1WA 2UW6A 3KXMA 2F4JA 5BUEA 5CEPA 4RZVA 4H1JA 2RKUA 2HY0A 4AW5A 2WD1A 3LW0A 4YJRA 4TNBA 2B9HA 2JDRA 4TKSA 5AM6A 5HG5A 2QU5A 3VBQA 4RSSA 4X2KA 3THBA 4JR7A 4AGCA 4TY1A 1Z9XA 4MNEB 2IVUA 4ACCA 1JPAA 4EOOA 4YO6A 3W2QA 4U80A 4N57A 5LVNA 5E92A 2IZSA 4YZCA 3Q6WA 1WVYA 2FA2A 4IDTA 2PVRA 3DBDA 4ZJJA 1OL6A 4YU2A 2VNYA 2CN8A 2BRGA 2VO3A 2OW3A 2Y6OA 3D7ZA 2XYUA 4FG8A 3VHEA 4X0MA 3W55A 2SRCA 2W1ZA 3PJ8A 4YHJA 4IZ7A 1YW2A 4H3PA 3AQVA 4RQVA 4LL5A 5LMKA 1RE8A 3QUEA 2W0JA 4FTMA 2WEVA 4RIYB 2C5NA 2QO2A 4C4HA 2W96B 5CU4A 2GS7A 5CQWA 5CENA 4OT5A 3CXWA 2JKKA 4DH7A 3ZC5A 4ALVA 5HE3A 2BHHA 3I0QA 4C4JA 3D5VA 5JSMA 3K3JA 4FKLA 2CGVA 3H9RA 3TNHA 5E8YA 3COHA 3ZFMA 5EK7A 4CV9A 4DFNA 3LCSA 4G16A 3EH9A 3LKMA 3WZDA 3KVWA 3GCPA 4IEBA 5IG1A 3KKVA 2C3KA 4L3JA 3OCGA 3OW4A 4O96A 2BZKB 2F9GA 4RWJA 5K0KA 2JLDA 5DRDA 3U4WA 3D7TB 4FVQA 4M14A 5LVMA 3BEAA 5M08A 4M3QA 4EUUA 4FNXA 5C27A 3RPOA 1XBCA 4OTQA 4N70A 3S4QA 4A4LA 3CPBA 4X2JA 3CJGA 3BE9A 3A61A 4H36A 4MWHA 3SOCA 4USDA 5E8SA 3HP5A 5BNJA 3ULZA 2X9FA 2YCQA 4FOBA 1REJA 4KABA 3CD3A 1R0PA 2HXLA 2W99B 3AD6A 3E8EA 1M2QA 3PE1A 4FR4A 4C59A 5KHXA 1M17A 4R7HA 3BLQA 4RX9A 5DA3A 3ZFYA 5CTPA 1OIRA 2OXDA 3FZRA 3KXNA 5I3OA 3WYXA 4GVAA 3AC8A 2Y8OA 5IA0A 4QP9A 2C30A 4NL0A 4GK3A 3HVCA 3SV0A 5LMKC 3CKWA 4ZS4A 4ZJIA 2R64A 4AS0A 5BYYA 3ORZA 5HO6A 2XZSA 3C4EA 4RVMA 5FEEA 3QUPA 3RZBA 4D0XA 5IA3A 3R7IA 3VULA 4JX3A 4UMTA 4NIFB 3F82A 4JIAA 4FSRA 4OTFA 3QALE 4L53A 4FV3A 4HCTA 1G3NA 4F0IA 4FEUA 5F1ZA 1PXLA 4XBUA 4JG7A 4QMOA 5ANEA 1J7LA 4BDFA 2HAKA 2WPAA 2X2KA 4WA9A 3DJ7A 3HV6A 5L8KA 2X1NA 4ZLOA 2VO7A 4U0IA 3UQFA 3ORNA 4MK0A 3HZTA 2J50A 1W7HA 2XIYA 4IJPA 1YQJA 3QGYA 4WRSA 2XJ2A 3D0EA 2ZV7A 1HCLA 3HUCA 4HGSA 3CY3A 4BCIA 4YJTA 5IA2A 2CNVA 3NUYA 2UZLA 3A62A 4GIHA 5JMSA 1PXKA 4FSUA 5AAFA 1YWVA 5IISA 2JKMA 4CGAA 2C6IA 3D14A 5HE1A 2NP8A 2PMLX 3V04A 2WOUA 4F9BA 4PMPA 1WCCA 4IANA 2I7QA 4K33A 2JFMA 3G2FA 3VWAA 3U4UA 5L2QA 3OXTA 1J91A 2JDOA 4BDGA 2HOGA 4RGJA 2O65A 3MV5A 3Q6UA 3QWJA 3B2TA 4BBEA 2OG8A 1GY3A 4H58A 4FTQA 1ZYDA 5H8BA 3PXZA 5EQPA 3FV8A 4F7LA 1A48A 3V5QA 2ITVA 3IPHA 2WTIA 5FBOA 5L6OA 2VTQA 3GC0A 3R30A 4L9IA 3S00A 3Q60A 3H9FA 4UMUA 1BI7A 3OHTA 4FT3A 4XNEA 4FSMA 3CE3A 2X6EA 4M8TA 2CKQA 4YJQA 5FEDA 3U9NA 4NW6A 4WO5A 4LOPA 2B9JA 4YLKA 2YIXA 4YJSA 5HLPA 2OFVA 3QTRA 5IKWA 1UU9A 3H3CA 4S30A 1UU3A 3EFJA 1UV5A 2OH4A 3OS3A 3TV6A 1BLXA 2A2AA 2X7GA 1K3AA 5I0BA 1ZZ2A 3D4QA 3TUBA 3QLFA 4PP7A 4Z7HA 1ZRZA 4FT0A 4NUSA 3FSFA 3ZZWA 4F6WA 1OIUA 5DI1A 3TN8A 5KMOA 3R9OA 2HYYA 3CLYA 4IDVA 2R2PA 3L8VA 2YCRA 4UMRA 3OBJA 3TZ8A 5G6VA 2C0TA 1XH9A 4EOQA 1RDQE 5LQFA 3OOMA 4QP4A 5AM7A 5CVGA 2J4ZA 4RC4A 4V0GB 2GMXA 3IW7A 2VTRA 4FBXA 5C26A 3FXXA 4Y5QA 3WE8A 1GZOA 4I3ZA 2GHGA 4JQ7A 3H10A 5JGAA 5D10A 2X6DA 3W1FA 2YM4A 4JJRA 5CI6A 4M69B 4YZMA 3FL5A 2W5AA 4NK9A 3F2RA 4YNOA 3MFRA 2XNGA 5TT7A 5M53A 5FLFA 3V01A 4C3FA 4OW8A 4ACDA 4DTAA 4E4NA 5J87A 4CTCA 5EW8A 2B52A 3SKCA 4BWKA 2X8DA 3OUKA 2R3RA 4KS8A 1OL2A 2XF0A 2V7OA 2XKCA 3RM6A 2B0QA 3MPTA 3FLWA 4DH5A 1PMUA 4U79A 2G01A 2ZM4A 4U41A 4BDHA 3IGGA 3RMFA 4ASDA 5IQCA 3K3IA 4G31A 4E5AX 4LG4A 4O7YA 4CKIA 1ZY5A 3QQLA 4FSQA 1WVXA 2J2IB 4Z7GA 3FKNA 4M0YA 2RFSA 1QCFA 5F20A 1M2PA 1OKZA 3PWDA 4MXZA 2GPHA 3ZS5A 4D2PA 3C7QA 4BYIA 3ANRA 4O0XA 4CVAA 3F5PA 5AR5A 4KIKA 5DWRA 3UZTA 5C4LA 5J7BA 3LQ5A 1IAHA 4B8MA 4JDHA 4XP0A 4KBKA 3UVPA 2I0EA 5DEYA 1FQ1B 3I7BA 3UTOA 3CKXA 2C68A 4FA2A 3WF9A 3BGZA 1PXOA 3RPRA 3ORMA 2XIKA 4FIHA 3A99A 1YWRA 4HZRA 3IO7A 3DAEA 3GENA 2P33A 3SXRA 4QYHA 4JL9A 3KB7A 2ZV9A 5ETAA 2BAKA 4UV0A 1LP4A 5C01A 4CFWA 3ZYAA 4NWMA 5FP5A 4FV2A 3A7FA 5DG5A 1GZNA 3FY0A 2ITNA 2PY3A 3F3ZA 4YC6A 2XK7A 3RCJA 5CASA 5HTBA 4KUJA 2XEYA 2AUHA 3M42A 4C4GA 2ZYBA 3SX9A 4D4RA 5JT2A 2W1DA 2JKOA 4FKVA 3HRCA 1VYWA 4FIFA 5FGKA 4CXAA 3QKMA 4G5JA 2ERKA 4EK3A 3P7BA 4IJ9A 3EFKA 3A7HA 2O63A 2BKZA 1KOAA 4NH1A 5E90A 4AACA 3EQCA 4CZYB 4ZLYA 4FOCA 5ICPA 1JNKA 2W4OA 2I6LA 2WTKC 5ANGA 3LFDA 3B2WA 4DAWA 3UMXA 5E8TA 4AZEA 5CXZA 3CP9A 3ATSA 3DT1A 3SAYA 1WBSA 1OPLA 2OIQA 3D5UA 4FV9A 3L9PA 3TKUA 4NW5A 3R9HA 5HNBA 2CGWA 4V01A 1YDSE 3CR0A 5DBXA 2XB7A 2YERA 4I6QA 5CNNA 2Y4PA 4A4OA 5CEMA 2BILB 2HK5A 3HDNA 3PPKA 4GK2A 2UZVA 5AUXA 2V7AA 2VV9A 5T3QA 3LQ8A 3UIUA 5IQIA 4TYHB 3QTQA 3CPCA 3EB0A 3BIZA 2BDFA 5CQUA 4CFXA 5HORA 3RJCA 1W98A 3QCXA 4IVDA 1JSVA 4WNKA 3PWYA 2BRBA 3ODYX 3IW6A 3ZCLA 4RC2A 3C0GA 5M51A 5FWKK 3TZ7A 3TJCA 5HBEA 4QNAA 2BALA 4F1MA 4FTIA 4D1ZA 1BUHA 3OCTA 4YTIA 4IB3A 1YHSA 4TPTA 3ZFXA 4F7JA 2BFYA 3CTQA 2R9SA 3F61A 3GU4A 4GYGA 5CX9A 5EM6A 3WF8A 4F9WA 3TT0A 3EYGA 4TN6A 2GNFA 4RJ5A 5A4LA 3UNZA 3HMMA 3ZHPC 3H9OA 3VW8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MJ2 A;  5E8W A;  4RX5 A;  3TTJ A;  4PPB A;  2GHM A;  3F69 A;  3MS9 A;  5HIC A;  3RAK A;  1T46 A;  3AKL A;  3RI1 A;  1OUK A;  3R1N A;  4YPS A;  5EYC A;  4TYH A;  4ZOG A;  3FI4 A;  3OTV A;  5HBH A;  3BYU A;  1BYG A;  3TKH A;  5JFS A;  4IX6 A;  4BR3 A;  1JQH A;  3F7W A;  2FH9 A;  1X8B A;  4GRB A;  5LAR A;  2WTJ A;  4FUY A;  4U9A A;  4AA5 A;  4W4X A;  2B55 A;  2OWB A;  4FTR A;  5AV0 A;  2AC5 A;  3PA3 A;  4Z55 A;  2X0Q A;  3PXF A;  4IX4 A;  3LFA A;  4PL5 A;  5KZ0 A;  1NVR A;  4XG9 A;  5HES A;  3LQ3 A;  4XX9 A;  4ZTL A;  3EN4 A;  4APP A;  2OXY A;  4BDI A;  4CSV A;  4YZN A;  2RF9 A;  1CKP A;  1PME A;  2VO6 A;  3PIZ A;  4RX7 A;  4XJ0 A;  5D7A A;  5AP1 A;  4J8N A;  3FLS A;  4AOT A;  4BCG A;  4BDA A;  4EKK A;  3I0O A;  4XH6 A;  1U59 A;  2BDJ A;  1P2A A;  1JBP E;  3EQI A;  4AP7 A;  4XHK B;  3W0N A;  4DGG A;  5I5Z A;  5CZI A;  5HIE A;  1TQM A;  3D5W A;  3R2B A;  3N4T A;  1AGW A;  3VUD A;  2WQE A;  4B8L A;  5JK3 A;  4MHA A;  4EOJ A;  5EW9 A;  4G3F A;  1UA2 A;  4MUQ A;  5KBR A;  4CG8 A;  3I7C A;  2RFE A; 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