3IS5A

Crystal structure of cdpk kinase domain from toxoplasma gondii, tgme49_018720
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
272
structure length
260
Chain Sequence
NLYFQGTIDDLFIFKRKLGSGAFGDVHLVEERSSGLERVIKTINKDRSQVPMEQIEAEIEVLKSLDHPNIIKIFEVFEDYHNMYIVMETCEGGELLERIVSAQARGKALSEGYVAELMKQMMNALAYFHSQHVVHKDLKPENILFQDTSPHSPIKIIDFGLAELAGTALYMAPEVFKRDVTFKCDIWSAGVVMYFLLTGCLPFTGTSLEEVQQKATYKEPNYAVRPLTPQAVDLLKQMLTKDPERRPSAAQVLHHEWFKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of CDPK kinase domain from toxoplasma Gondii, TGME49_018720
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Toxoplasma gondii
molecule keywords Calcium-dependent protein kinase
total genus 76
structure length 260
sequence length 272
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.11.17: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase.
pdb deposition date 2009-08-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3is5A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3is5A01
4AS0A 3QQHA 4MWHA 4TWCA 4L44A 2BALA 2NPQA 2PE2A 2ZDTA 3NNWA 3UZPA 4YSMA 3S95A 3Q2JA 4GKHA 3IGGA 2OI4X 5F4NA 2QODA 2ITQA 3PXKA 5D11A 4YP8A 1KUTA 3NUYA 3RVGA 4IWDA 5HBEA 4C2VA 3O7LB 4HCVA 5EM8A 4FT3A 3ALOA 4C3PA 4RVMA 4QP1A 2CNQA 3LM5A 2R5TA 4HVGA 2FSTX 1IAJA 5CQWA 2R3FA 2RFNA 5LJJA 2C6OA 4AOIA 4OTHA 4D9UA 2QO7A 3F5UA 2X2KA 1W0XC 2JBOA 5CXZA 4V05A 2JDRA 1Z5MA 3D5VA 4RX7A 4YJPA 1H8FA 3RAKA 4QQTA 3U6JA 2UW5A 1GNGA 2WD1A 1JVPP 1O6KA 2XMYA 3JXWA 3Q60A 4TYEA 2CJMA 4YLJA 4D2TA 4F0GA 1ZYJA 3RHKA 4ZZMA 2WMRA 4AW5A 5LARA 4F6WA 4AG8A 3O7LD 1WBTA 5IA2A 2OJGA 2R3RA 2BDJA 2HCKA 3KY2A 4IZ7A 4C58A 5HG8A 4WKQA 1Q41A 2OH4A 3LXKA 4BDJA 3QTXA 3GVUA 5GINE 3P5KA 4ACCA 2GQGA 3BHVA 3PTGA 3K3JA 3QD2B 5FRIA 2BFYA 5CU0A 3PIZA 1PRYA 3L9NA 3R63A 2XRUA 4MF1A 4AF3A 3EZRA 4GS6A 1M52A 1Y91A 3VRZA 3QX2A 3V5TA 4E4LA 3AG9A 3C1XA 4ZMFA 4RLLA 4CMTA 3FMHA 1PY5A 1NXKA 3CKWA 4GEOA 4BCMA 4EWHA 3QA8A 5D10A 3RHXA 3R8LA 4PMSA 3NR9A 2QR7A 3FZRA 1XH7A 3ZXZA 2KULA 4BF2A 1NVQA 2W0JA 2I40A 3LOKA 4OAVB 4UMQA 4RJ5A 2J2IB 2OW3A 4X6RA 3OWJA 3ZC6A 3VUKA 4BZNA 4DEBA 4YUQA 2VWYA 2QOLA 4GG7A 1YHSA 4RIOA 1RW8A 4N0SA 1REKA 4EJ7A 3CPBA 5EM7A 1CKIA 1P14A 1PXJA 2W7XA 2HXLA 3GQLA 4JG8A 5CU6A 5EHYA 3SQQA 4ZSJA 3RZBA 4BGHA 3FUPA 4UYNA 4EORA 4EK5A 1FMOE 3A7FA 4RG0A 4G9RA 2PVNA 2ITVA 3MIAA 3ETAA 1R0EA 2PTKA 3ZDIA 4CMUA 2F2UA 4QP2A 3AC3A 2BRBA 5GZAA 2BKZA 1ZLTA 1XH9A 5AEPA 4GG5A 3GI3A 4CFWA 2R3MA 5KMNA 3DBCA 5H8EA 3LW0A 1OL5A 4HYIA 2QI8A 4L9IA 3R8PA 5HU3A 3FPQA 4EYJA 4RFYA 4DTBA 3FMEA 1SM2A 4G3DA 3FYJX 5DGZA 4DTKA 2YIWA 4U8ZA 5CY3A 5HTIA 3QWJA 3FDNA 4LL5A 5KNJA 3TWJA 1NT2A 1FINA 2XBJA 3MTFA 4O2ZA 2B55A 2QQ7A 3DB8A 2PUNA 5AFVA 3KMMA 3V5PA 2BRNA 3E64A 1W84A 5AUYA 4D55A 2R3GA 4HGLA 5GZ8A 2AC5A 3CQEA 4CFVA 3WZKA 4YLKA 2VV9A 3GU4A 1A9UA 4WT6A 2VTJA 2FYSA 4XV9A 4I24A 3VC4A 5BUJA 5K5XA 3OZ6A 3NGAA 4AT4A 4FG9A 4PP7A 5A14A 3EKNA 3K54A 4DH5A 3V5QA 3I5NA 5A6OA 3L8XA 2ONLC 3NYXA 5EH0A 2WTDA 3R7UA 5LVMA 4O0UA 3ORZA 1QMZA 4IZ5A 5FWKK 5IEXA 4O7LA 2BDFA 3F3UA 4JL9A 4RGJA 3FZTA 1PXMA 2C1AA 1UV5A 4HCUA 5FLFA 2JKMA 2XNPA 2WQNA 2PUIA 4JQ7A 4PRJA 4QTCA 2HZ4A 4FTUA 3DKGA 2CPKE 4QYFA 1MP8A 4L00A 4KINA 4Y8DA 1FOTA 3QQFA 4BICA 3KF7A 1GZ8A 4KSQA 4GH2A 5ANKA 3DJ7A 5L6WL 3SXFA 2Y9QA 2WQEA 3DZOA 4BB4A 5JFSA 4PDOA 4KKHA 4ZXTA 4EOKA 2J9MA 3WYYA 3Q52A 3QTIA 5IEVA 4FKOA 5G6VA 3THBA 3D83A 1M14A 5I9WA 4FMQA 1KOAA 1CMKE 3F3WA 2XNOA 4JBVA 3U4WA 5JFWA 3POOA 4BWKA 5L8JA 3ATSA 3VS6A 3TZ7A 1U54B 4NTSA 4APPA 3KF4A 5FP6A 5A4TA 2F7EE 3MFSA 4KA3A 5H8BA 4PMPA 5M51A 4L7FA 4YPSA 1ZMVA 2YABA 2IZUA 5IQEA 2I0VA 5EG3A 4ANBA 2X0GA 1OKWA 4RIYA 2P0CA 2Q0BA 4FVQA 3U6HA 3PDTA 2QOQA 4U6RA 3DBEA 4BIBA 3IOPA 1ZY5A 3A7JA 3PPKA 2HY0A 3R7YA 2OGVA 4GFGA 5KMKA 5AP6A 3ZH8A 2QNJA 5LVLA 4HVSA 5M44A 3ZUVA 2P2IA 4BR3A 1T46A 3WF9A 3ZDUA 4ZY5A 4GIIA 4ZAUA 5C4KA 3LPBA 5IUGA 2PPQA 4E6AA 5AIRA 4FK6A 3BWFA 5BYZA 2R3HA 1JWHA 2W5AA 4BIDA 4L01A 3SV0A 2PULA 4BTMA 3QGWA 4F0IA 4ITJA 4JBQA 4NCTC 5J79A 4BN1A 5CF8A 4KBCA 4MTAA 4YTCA 3LLAA 4N6ZA 2QOOA 4IM3A 2CGUA 1WCCA 3NCGA 3IPHA 3LCKA 3P79A 3QTWA 4MXZA 5L2WA 3EQDA 3P9JA 2XNBA 3DDQA 1XKKA 2WTVA 3C4ZA 2X9EA 2AUHA 3MPMA 3WF8A 3KK8A 4C3FA 3WZJA 2Z7RA 2YCQA 4TXCA 2VTQA 4L8MA 5FDXA 5LMKA 5HX8A 4FE2A 4FNYA 3BLQA 4AZTA 2CKEA 4TRLA 2WIHA 5HTCA 3FMLA 3W2SA 2VD5A 4IX6A 3MIYA 5AUVA 3BQCA 5E8XA 4O83A 2HW6A 2B1PA 3R30A 3DOGA 4PDSA 4EQCA 4H3BA 2IVTA 1FVTA 3DKOA 4FZ7A 2WMXA 4RQVA 3MYGA 5HCYA 3ZLSA 3UIBA 5LWMA 2SRCA 4IJ9A 4C38A 4TTHB 1XH8A 3D14A 5D41A 4RA4A 3GU8A 3OW4A 4J53A 5JGDA 3FHIA 5AR3A 3KGAA 2V62A 2W4JA 4O7ZA 3LJ2A 4HVIA 3TI1A 2PVRA 3R7GA 4R77A 2GCDA 1OB3A 4J99A 4HGEA 4BCFA 3C13A 4CQGA 1GZOA 4LRMA 4MBIA 1WZYA 3SW4A 3WIGA 5IMEA 4C35A 1QL6A 1JSVA 4ZTRA 3UG2A 3HZTA 5HICA 5I0BA 4G6NA 2JITA 4GL9A 4B9DA 2B9JA 3NUNA 3QZIA 4DEAA 1E1VA 3F2NA 4FSQA 4AGWA 4ZY4A 1NW1A 2JDTA 3ENMA 5AP4A 4QO9A 4BTKA 1Q3DA 4BZOA 4YJOA 3EN4A 3H4JA 4YZBA 1OKVA 4MXXA 3MH2A 4NKSA 5BX0A 5ITAA 3C0HA 1CKJA 3MVMA 2HYYA 3I6UA 3H9RA 4ZS0A 4FKPA 4AACA 5AUUA 3DK3A 1H0VA 3DV3A 3BEGA 3AGMA 3Q9ZA 2RG6A 3AD5A 3DK7A 4F64A 5CF4A 2C6TA 2IWIA 4ANLA 2UZOA 1QPDA 5IG1A 2F2CB 2XJ0A 4G31A 4PTCA 3TV6A 4AZEA 5AAGA 3UPZA 2HENA 2WNTA 3HA8A 3PIYA 3AT4A 4IAFA 4IM2A 4U44A 4WD5A 1FBNA 1KE6A 3GCUA 4FSRA 2YIXA 2YZAA 5CI6A 4FYNA 5DN3A 4M0ZA 3UO4A 4CGAA 3I7CA 1P4OA 2NRUA 4GK3A 3SKCA 4EH6A 4NKAA 1BYGA 4LUEA 3MA3A 4USFA 1U54A 2BPMA 2XA4A 2FUMA 3E8EA 3HRCA 5K4IA 3QD0A 2Z2WA 3VULA 4CFMA 4A7CA 4EC9A 4QNYA 3C9WA 5HE3A 2HZNA 4I1ZA 1YI4A 2RL5A 1AQ1A 2UW8A 3IKAA 5ANJA 4BCJA 1JBPE 2PMIA 4UN0C 2ITYA 3RJCA 2GS6A 2IO6A 4RVTA 2VTAA 3D9VA 3ZBFA 4RSSA 4B8MA 5LXMA 2OJJA 3T3UA 3DDPA 4XLVA 3R22A 4QMQA 2W4OA 5GJDA 2WTKC 5CANA 5JRQA 4G3EA 2Y4PA 1A06A 4MQ2A 5IDPA 2REIA 3MDYA 1Q24A 3NW7A 3IK3A 2VO3A 3MGYA 4J71A 3BGZA 4EJNA 4GCJA 4F7NA 4JBOA 1SNXA 3QLFA 4ASEA 4UEUA 2QONA 3P0MA 5L2QA 5CEPA 2O0UA 3MH1A 3FV8A 3ANQA 2R2PA 4DAWA 5L2IA 3HAVA 4C34A 3QC4A 4I21A 4O7VA 3LJ0A 4H1MA 2ZM3A 3ULIA 1OL1A 1FVVA 2C3IB 2H96A 2OXDA 2YHVA 3EFLA 4K33A 2ZYBA 4TYJA 2VGPA 4AN3A 1IA8A 2IG7A 2ACXA 2WGJA 3OCBA 2RFDA 3PY0A 2VWWA 3B2WA 4U42A 5TR6A 3PJ8A 1V1KA 4JBPA 3K5UA 4X3FB 2OIQA 2VZ6A 3NYVA 4YZMA 2X9FA 5CVGA 4CZYB 1A48A 4F65A 5DOSA 2B54A 4C4GA 4FV4A 4GK4A 2IJMA 5B2MA 4A9RA 4N6YA 3QZHA 5A4CA 1UNHA 5L2SA 3A60A 4WNOA 5TKDA 3FWQA 5CSWA 2UZNA 3KA0A 4O22A 2CGWA 3LE6A 2GNLA 2PMNX 2QOBA 4ZZOA 3O8UA 4I23A 3FAAA 3CXWA 4ZLZA 5J9ZA 2BR1A 4FKIA 5L8KA 4FK3A 5J5SA 3D94A 3LHJA 4DG0E 4QP6A 3WI6A 3KQ7A 1YOLA 3OROA 4XMOA 4NH1A 3UVPA 3VBWA 2W17A 2WMBA 4ACGA 2UW9A 1OUYA 1ZY4A 2OWBA 1W83A 1SVHA 2R3PA 4YO6A 1YOMA 3FKLA 4E26A 4E1ZA 2XM8A 5CLPA 5HU9A 5I9ZA 3PWDA 3TTJA 2B9IA 5ICPA 1SNUA 1P4FA 4ZEGA 3PRIA 2GQSA 5DIAA 3WZDA 2X81A 3MTLA 3BYOA 4D9TA 2YDJA 4KS7A 2W1IA 1Q8UA 4FEWA 4NM0A 1PXPA 4ANSA 4E20A 4ITIA 2YM7A 4QPMA 3CGFA 3MSSA 4JNWA 4E8AA 5EW8A 5TO8A 3DLSA 3DXQA 2C30A 4DFZE 3PVUA 4ENYA 4GFMA 4PQNA 3QRKA 4LL0A 3NUUA 1VZOA 4QRCA 5AX9A 3SA0A 5FDPA 4QD6A 3QKLA 4FIGA 4M13A 2HK5A 4U3ZA 4E5WA 1VYWA 4H05A 3E7OA 4JT3A 1L8TA 4C62A 5J9LA 2GMXA 2YIYA 5EI8A 3TJCA 4XBUA 4IIRA 3UPXA 4JI9A 1Q8YA 4V04A 2FSLX 3HX4A 2WQOA 3NW5A 4FSYA 2C3LA 4PDPA 1RQQA 3DQWA 3NX8A 4UV0A 3BX5A 1ZAOA 5JQ5A 3O23A 2W4KA 2Y7JA 1O6YA 4DGGA 3BI6A 2XIKA 3COMA 3UC3A 2X6DA 3NWWA 4RFMA 5G1XA 5HCZA 3CS9A 3CCNA 5HTBA 2PVKA 3OXZA 5IZFA 1XJDA 2WQBA 2W1GA 1J1BA 2BDWA 5FBOA 4LFIA 2EXMA 1PKDA 2Z7LA 2ETMA 1J91A 1T45A 4I22A 3R7VA 3ORLA 2C6LA 3UOKA 4EKLA 3W2RA 4M8TA 3L8VA 1H25A 4NSTA 4G17A 3COHA 3BIZA 2VX3A 4I20A 4AZSA 3FZOA 2RFSA 3RBWA 4QMTA 5K4JA 4FZ6A 2ITOA 3AC1A 4BYJA 4PPBA 5BVNA 3AMBA 3TZ9A 5FXRA 4MEDA 2JLDA 2O65A 4L3JA 2G15A 2VAGA 4LRKA 5HD7A 4DLIA 5CALA 3FQSA 3C4XA 5J1VA 4YZCA 4BYIA 3LIJA 4I6HA 5CT7A 3DAEA 4WIHA 4D2SA 5F95A 4RX5A 5CNNA 3QGYA 3RGFA 5CX9A 5IQDA 4BTJA 2P55A 1FMKA 3VHKA 2PVFA 4NIFB 3O17A 4UALA 1XQZA 3G6GA 1RDQE 1DI8A 1CSNA 4D4SA 4DT9A 3S00A 3N4TA 4ZZNA 3R8VA 3LM0A 4R7BA 3BE2A 3VS7A 2NNWB 4FL2A 3C0GA 1WBPA 3I0QA 4FSWA 3VF9A 4FKQA 4TPTA 4X3FA 3BHYA 2GNGA 4BTFA 2CDZA 3L1SA 1UNLA 4Y5HA 2C0IA 4OT5A 4J8MA 4XS2A 3UYSA 4XJ0A 2ERZE 3D15A 2R0IA 3FKNA 4QP3A 3N4VA 5DEWA 4RA5A 3OF0A 5AAFA 5HG5A 3LFDA 3FPMA 3JYAA 3RWQA 1U5QA 1OL6A 4K9YA 3BHTA 5I9UA 2QHNA 3PE2A 4EOIA 4AZFA 3REPA 1JKKA 3MS9A 2PZYA 1GZNA 2JAMA 1XH5A 2BZJA 3HNGA 2HW7A 3GU6A 5CEIA 3GC7A 4BI2A 2V55A 4DH3A 4PTEA 4C2WA 2O8YA 5CZIA 4FC0A 2R9SA 4D2RA 2XJ1A 1F0QA 2JBPA 4IVCA 4JDKA 4OT6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1CKP A;  3OC1 A;  5FEE A;  4IB0 A;  2BZI B;  2JAV A;  4X21 A;  4XG6 A;  3ZO2 A;  3K3I A;  4S2Z A;  5FXS A;  2UZT A;  5DFP A;  4AWI A;  1KE5 A;  1UU7 A;  3ORX A;  3PJ1 A;  2XJ2 A;  3OVV A;  4RMZ A;  2W1H A;  4DEH A;  5E8U A;  4CRS A;  2Q83 A;  3MJ1 A;  4IB3 A;  4OGR A;  3TT0 A;  5JZJ A;  4O27 B;  4TN6 A;  3ZRL A;  4AFJ A;  4E4N A;  1H1W A;  1ZOG A;  2CLQ A;  2WMU A;  3HMI A;  3OY3 A;  4Z3V A;  2I7Q A;  1JKT A;  1MUO A;  3JPV A;  4W8D A;  3WF6 A;  3OBG A;  1YDS E;  1F3M C;  4FKW A;  3NSZ A;  4I0S A;  3RPV A;  2Y6M A;  3POZ A;  4JAJ A;  5CSV A;  3FZP A;  5TE0 A;  4YJU A;  4EH3 A;  5E92 A;  3V51 A;  4JRV A;  4CG8 A;  5M07 A;  4GT5 A;  2VRX A;  5FG8 A;  4YZ9 A;  5EI6 A;  3TNP C;  1K3A A;  5AV4 A;  3QF9 A;  3FY0 A;  2PHK A;  3KN5 A;  2PVH A;  4U43 A;  5A6N A;  2OIC A;  3FSF A;  4RC3 A;  3EYG A;  4OBQ A;  1XBC A;  4WNM A;  5AJQ A;  3D4Q A;  3VBX A;  4F1T A;  2XEY A;  4ZTQ A;  3ZEW A;  4GMY A;  4FZA B;  3EB0 A;  4WOV A;  4NU1 A;  4PL4 A;  4CEG A;  3BU5 A;  3CTH A;  3CR0 A;  4FNX A;  4GT3 A;  5DVR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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